4ZS9A

Raffinose and panose binding protein from bifidobacterium animalis subsp. lactis bl-04, bound with raffinose
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
384
structure length
377
Chain Sequence
b'QVTLDFFQFKAEAADWFKQAAQEFEKENPDIRININNLRTRFVKDRVPDVITFNGDYSFGTFAASGVFHDFTDDPLVSELNEGMVNIAKNLVQTSDPAKKRLYGLPFAGNASGYIYNKDLFRKVGLDPDNPPQTWDEFIAMLKKFRDAGINPVQATLADAWTTQAPLASLAGTLVPESEYAALKSGDTTFKQIWTEPIEKEIELFKYADSEKGVTYQQGTQNFAKGTAAIIPLGTYAIPQITMVNKDIDLGFAQMPATNDASKQILTAGDDVILTMGANSRHKEQSMRFIRFLMSKKQLENYADAQSAITPLKETYFGNKALEPVRPFFESNRVADFCDHYIPSSINIGGYLQSAIMSGNVNQFIDSMQNEWNKVQA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An ATP Binding Cassette Transporter Mediates the Uptake of alpha-(1,6)-Linked Dietary Oligosaccharides in Bifidobacterium and Correlates with Competitive Growth on These Substrates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sugar binding protein of ABC transporter system
source organism Bifidobacterium animalis subsp. lactis bl-04
molecule tags Transport protein
total genus 138
structure length 377
sequence length 384
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-05-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zs9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zs9A02
1XHYA 1MY2A 3K0VA 2RINA 4GL8A 2O7IA 1VSOA 1UQWA 1LFGA 4QF9A 1I6AA 5KCJB 1LAGE 1Z7ME 3UK4A 3FUZA 2R71A 3KOSA 3SDFA 1B3LA 3LSFB 3ECRA 1Y20A 3PMWA 3Q26A 2F35A 1IXCA 1ZTYA 4OEUA 4I8CA 3FJ7A 3IB1A 3FXUA 3M8UA 1PB8A 3E13X 1YTVA 4OENA 2Y84A 4C1UA 2V93A 1VFEA 3UN6A 2BJJX 3Q27A 4GWOA 2ONRA 4NTLA 3JV9A 3C9HA 3CFXA 2NVUB 3ONMA 2P2AA 3KBRA 1M5BA 4PETA 3T9UA 4JWYA 4ESXA 4BDNA 3PMXA 2XXRA 3K2DA 1QUJA 4GRKA 1MRPA 4XIGQ 4IO2A 3TKDA 3M3FA 3KGCA 2QRYA 4KQPA 3SEXA 5CM6A 3C34A 1SDXA 4KCCA 1FW0A 1MQJA 1NNTA 5H8NB 3PPPA 3DELB 2D5WA 5BUUA 4DCYA 2QL3A 4RA1A 5I58A 3EHUA 1N0TA 4QHQA 5F1QA 4ONYA 4LVQA 3SEWA 4OTEA 5AA4B 3FASA 4R6KA 3V89B 4BLAA 4IO6A 4OXVA 3VXBA 3OEKA 1H45A 2F5XA 3FZVA 3FXRA 3FVNA 1BP5A 1FQFA 1MXWA 3IJOB 1MPCA 3HO7A 1US4A 5A5XB 4ISUA 4OEVA 3FIRA 2F78A 1ELJA 2REJA 1WODA 1JEUA 3C33A 1RYXA 1B6HA 1B1HA 5HBCA 3O9PA 3V5AA 4ZDMA 1A8FA 2VGQA 3OEMA 3RT8A 1N84A 3B6WA 4R73A 3KG2A 4DIGA 3VFJA 1BLFA 2OWSA 4LQ2A 4KCDA 1S7YA 3MZ9A 1B7HA 3W15C 3RN8A 3WAEA 1OQGA 2Z22A 3GBAA 5EHSA 3N94A 3IB0A 3QYTA 3N6UA 2DVCA 3T9HB 3PU5A 1L5TA 1LB9A 4RJZA 5CBRA 4F2QA 3RTFB 1LGBC 3ILUB 5EYFA 3IOVA 2XXTA 2X26A 4AB5A 2VD3A 5B7DA 4LZ7A 5FTIA 2DWHA 4JDFA 5AA1A 3CIJA 3OO9A 1P1UA 1FCKA 1JETA 3MVXA 4BDOA 4NF4B 3RGYA 5H8HB 2XXPA 5ITPA 2DSFA 3THIA 4H8IA 1SW5A 3UP9A 2DWIA 1WDNA 3KOTA 1A55A 3OO8A 4IGTA 4F3BA 2I3VA 3LSWA 1B51A 5DT6A 2HCAA 4LQ5A 1B3HA 3OO7A 4GIZA 1N76A 3R6UA 3KJTA 1SYIA 4EXLA 2YPNA 1N7XA 3CG3A 3PPNA 5IKBA 1RYOA 4G68A 4IO4A 4H67A 3HPIA 1IEJA 4IO5A 4ZEFA 4DLDA 2RKMA 2XXWA 5I84A 1EZ9A 3KSJA 1NKXA 4TLMB 4PE5B 3KN7A 4U1ZA 4OHNA 1QW0A 5CI5A 1IXHA 1R6ZA 3TTLA 4ZZEA 4N07A 1FTKA 1MXYA 1AL3A 3VVDA 4X1BA 3ZSFA 1QKAA 1USYH 2OWTA 4ESWA 2DWJA 3HCQA 4ECFA 3FJGA 2ZYKA 3KEIA 4XKPA 2P0SA 1LFHA 2H99A 3KJ7A 4R74A 1MQDA 1QULA 3O2AA 1UTHA 4I1DA 3TODA 3IR1A 4GVOA 3DP4A 4G8HA 5AA2A 3QUJA 3M3KA 1ANFA 4YU0A 4EXKA 3TELA 3T22A 2O69A 2OBGA 4OVJA 4ELPA 1N04A 2DE2A 1QVSA 1B3GA 3TCGA 3GLBA 4F31B 4THIA 1N3WA 3QUFA 1LSTA 1D9YA 4RK2A 1UIVA 4YKJA 1MS7A 3G3HA 3Q28A 1RKMA 2OZZA 1OIBA 3FGSA 4PFYA 3L6GA 2XX7A 1M5EA 2XXUA 2VP1A 1US5A 3OSQA 2F8DA 5I59A 3T66A 3ZKLA 4BDMA 1B9JA 4ZE8A 1II5A 4QFOA 1R1NA 3OENA 4F29A 4IB2A 2I49A 5CMMA 2QMXA 4GXAA 2RCAA 1JW1A 3K01A 2UXAA 3L6HA 4ZEBA 3HHFA 1ZLQA 5JTYB 4F1VA 2A5SA 2Z8EA 2ZNSA 3V83A 4YMBA 3PPQA 1IUDA 5KZTA 1O7TA 3S9MC 1PB7A 1M5CA 2Z23A 2Z8DA 2AYSA 3CFLA 4YKPA 4XKNA 4FIMA 1GTKA 4GD5A 1MPDA 2YLNA 2XXXA 2E1SA 4UACA 5M2VA 4HTGA 1LCFA 4QSCA 4U1OA 3VXCA 5I57B 4FE8A 1MDP1 3FVOA 5I56B 3SESA 3H03A 4KFQA 3IOTA 4EF1A 4QRZA 3K1NA 1FQDA 3K6WA 4TLLB 5H8FA 2CMOA 1D3KA 5CRYA 4P0GA 1GVCA 4GFRA 3TAJA 4E0XA 3G7WA 3H7MA 1MH4A 3U92A 2PBWA 3UA8A 3EHTA 1JVYA 1FTMA 3TTNA 4LA9A 4QFLA 3O97A 3BBRA 4XTCQ 1B1XA 3SEYA 3MJNA 3U93A 1OVTA 3Q25A 3MVZA 2UYEA 3MWBA 4FATA 2XX9A 4JWXA 4JSDA 2DXYA 2OCUA 2F36A 2F97A 3RLFE 1MM7A 4U2RA 4E0WA 1AH5A 3AXFA 4YICA 4WEDA 2UYFA 2I3WA 3U94A 1N3XA 2OLBA 2Y7IA 3MBPA 2D3IA 4FJPA 4GXSB 5L8DA 3JYRA 1LCTA 3T93B 4Q30B 2P1SA 2Q89A 2R9JA 4H5GA 4BDRA 1D4NA 3TPAA 1IZ1A 2QS4A 1MDQA 1GV8A 1N7WA 5H8QA 4I62A 4NF6B 1HSJA 1H76A 1TXFA 2OJTA 3TTKA 3UORA 4MLQA 1LBBA 3FJMA 3IL1B 4IY6A 2O68A 4DXCA 2Y7WA 5FTHA 4RK9A 4MF3A 3H06B 2GH9A 4HCWA 2HZLA 4LONB 5L9OA 1XVXA 2V3QA 4NWCA 5DYHA 2XD2A 5KCJA 4JBZA 3PPOA 4F2OA 4EUOA 3H6UA 1MXZA 4LATA 2NWJA 1FQAA 3G3GA 3IAZA 3T96B 3DP6A 2WKYA 2O7UA 4Z0IA 4QSDA 3RQTA 1TT1A 1B5JA 1MY1A 2HQ0A 2PMSA 1OQHA 3MAMA 4P11A 3IO6A 3VLWA 3T9VA 3MUQA 2XX8A 4RXLA 4F1YA 1MH3A 5CMCA 4JWOA 3OXNA 1SQYA 4OFOA 1MQHA 3F11A 4NWDA 4HCYA 2ZNUA 3E4RA 4WKMA 4PP0A 3LBSA 5H8NA 1B05A 4XKQA 4NF8B 2VD2A 5CMKA 4BDLA 1UTBB 3FD3A 3DP8A 2DYXA 3EPEA 4F19A 3U8QA 1IQ7A 1I6BA 4YKKA 2AIXA 4R9FA 3O29A 3VLVA 3MVWA 3RTWB 3MPKA 1A40A 2HAVA 1XS5A 3OD7A 3C35A 1TFDA 5FHNA 1EZPA 1Q1KA 1I69A 1Y1ZA 5A5XA 5KDTB 1AOVA 4X1DA 5TPAB 3TYHA 3O6HA 2F6PA 2ONKE 4H0WA 1B40A 2IEEA 2FNCA 2Q88A 3A3UA 3TZAA 3OSRA 1POY1 1VE4A 3KN8A 2RC8A 2ABHA 1H44A 1WVJA 4OETA 3IX1A 2I0BA 3GZGA 2UVHA 1PBQA 1JVXA 4R6HA 2PX1A 5JK4A 2Q2CA 1SI1A 1LBCA 1QJMA 2I58A 3TUSA 2XHDA 3PUXE 4BDQA 2KLFA 4LZ5A 3W9VA 1JW5A 1B2HA 3LC8A 3BFTA 2DVZA 3S9LC 3H6VA 5ICQA 1Q35A 4GOTA 4TOZA 2V3UA 4C0RA 5I2KB 4GQOA 1ZIUA 1JW4A 1HSEA 3IORA 1FQCA 1IITA 1OMPA 3UIFA 4YAHX 2RF1A 4RNSA 2DXRA 2A5TB 2I6EA 1FQBA 5K2XA 4NF4A 3KN3A 5H8HA 1SVXB 5DEXB 1YAEA 2Q8JA 4F1UA 2DQVA 4ZEDA 3ZKKA 4MH5A 1URGA 4OFLA 1S50A 4H8JA 2XXHA 1PC3A 3TCHA 5TP9B 1Y9UA 4KPTA 4I9DA 4NF5B 3OELA 4MFIA 2UVGA 3M3LA 5J1DA 2QSXA 4YB7A 3OOAA 2XXQA 3OMBA 2R6GE 3G3IA 3MZBA 2ALUA 3PUYE 4YMAA 3B7DA 2DOJA 2F7CA 1MPBA 4O3BA 4X9TA 3MQ9A 3IO4A 3IJXB 3BFUA 4F3PA 1BTJA 1NMUA 3G3KA 3I5OA 1B5HA 5DVIA 3O6IA 1BIYA 2F34A 5ELVA 4ELOA 1NNPA 1PBPA 4ZE9A 5F7VA 1B3FA 1AMFA 2HAUA 4AQ4A 3H3GA 3D4GA 1TWYA 3QIMA 2X7QA 1LB8A 1SW4A 2YJPA 3SKPA 2QJEA 2M8CA 4FEDA 3FVGA 5TU0A 3MPLA 2Y7RA 5B70A 2G93A 4G8NA 2XXYA 5CBSA 3PD9A 1MG1A 3FV2A 3P7IA 2ZYOA 1P99A 1XVYA 2X7PA 4IO3A 3V8XB 2B3FA 1MQIA 1P1WA 3ILTB 1FTOA 5ISUA 1LFIA 3QSLA 3EQ1A 4DZ1A 1DTGA 3H6WA 4EF2A 4OMBA 1JNFA 4OESA 3UGWA 4R9GA 4EQ7A 2DE3A 3TMGA 1Y3QA 4JXIA 1Y3PA 2VOZA 2XXVA 3MW0A 3D4CA 4H6DA 3TQLA 2DS9A 3PUWE 1LAFE 3ODBA 4ZS9A 4H5FA 4G68C 4EQ9A 1ZU0A 4F18A 4M4GA 1P1OA 2XD3A 1PEBA 1T0KA 3S9EA 3K6VA 3PUVE 4L17A 3N5LA 3LR1A 5L9MA 1MQGA 4U23A 3T9XB 2GFEA 3O6GA 2LAOA 4ZEIA 1B4HA 5I58B 2V84A 3SEVA 2ZXTA 1H43A 1I6QA 3MC2A 1ZMGA 5DTBA 3K6UA 4IGRA 5JTYA 3EF7A 2GRVA 3MP8A 4JB7A 4O3CA 3VDFA 4DE8A 5H8SA 1ZBMA 3C32A 2CZLA 2ESNA 4U21A 3BKIB 1M5DA 5IAIA 1Z7NE 1EU8A 3RPWA 4PFTA 5K2YA 3O28A 5JEIA 4LP2B 1DOTA 3C31A 3TCFA 1Y3NA 3N6TA 4OFJA 1D9VA 2O51A 4FECA 4EDPA 2NOOA 2I48A 2REGA 1SYHA 4YKIA 4PFWA 3VE1B 5I57A 2IA4A 3SEUA 4N6PA 5I56A 2Y7PA 4Q5TA 1B52A 3FVKA 5I2NA 5AE4A 1EH3A 1MY4A 1ATGA 2FA7A 1UIUA 4XKRA 1MM6A 2OK2A 4NEDA 3KFMA 4M1VA 4HW8A 4H65A 3LUYA 3KSXA 1QUKA 3A3CA 2H5YA 4G8MA 4G77A 1IXIA 2B65A 1XC1A 4Q0CA 4KYEA 4GL0A 1TFAA 4IY5A 3O66A 1AIVA 5LOMA 3A09A 1R9LA 3WAFA 3C4MA 1HSLA 1VFDA 3SERA 4R6YA 3VV5A 4Z7EA 3QAXA 1NFTA 4EQBA 3HN0A 3E3KA 4FAJA 3PD8A 4H1XA 5ICTA 3EHSA 4GLIA 3PV0E 1VR5A 3HHGA 1JQFA 3IK6B 4RPOA 1URSA 2F7AA 4PFUA 1MY0A 1OLCA 2O1MA 4OQOA 4ELQA 5HM4B 4NF6A 1B5IA 1LLSA 4ELRA 4U4SA 4XXUA 2HZKA 4POWA 3DM0A 4DDDA 2H25A 3LSLA 1MXUA 1GR2A 3R26A 4R75A 2VHAA 2UVJA 1MXVA 3DLNA 5CC2A 1SW2A 1R9QA 2ZMBA 1USYE 5HPQA 3I6VA 4G68B 4DCXA 2ZNTA 1PDAA 3Q29A 3IOUA 4U22A 1A54A 4TQUQ 2GHBA 3S9NC 4HS7A 2QMWA 4G2ZA 1DSNA 3H6TA 4DXBA 2QS2A 1Y4CA 1M5FA 1P1QA 1IXGA 1DMBA 5AA4A 1LAXA 4MLVA 1URDA 1O64A 1B0LA 5DVFA 2Q9TA 3U1OA 4O3AA 1H3DA 4N13A 1B3EA 2ZYNA 4R2FA 3TQWA 3CRBA 4YZZA 3G3FA 1B7UA 1YPNA 4F39A 2Z8FA 3FXQA 3CVGA 4AB6A 3TTRA 4FORA 4RY1A 4NE4A 3PUZE 3TTMA 4LUBA 1KWHA 3MZ1A 1SBPA 4P0IA 3W9WA 1IIWA 2O84X 1B32A 1B46A 3IB2A 3RUMA 1FQEA 1NNKA 1NL5A 3B6TA 1UTHB 2QS3A 2DP8A 5AA2B 3U72A 3C36A 4KYDA 1B58A 1MY3A 2W7YA 4DXUA 2PT2A 4UA8A 2I0CA 5EHMA 2G29A 4OZ9A 2NXOA 4WXJA 3B6QA 4NF8A 1XOCA 2H4IA 1UTBA 4ZEKA 4K3FA 3HSTA 4YB5A 3PGFA 4RYAA 2Q2AA 4OYVA 4G4PA 4U4XA 2GHAA 1CE2A 4YB6A 5L9SA 2DE4A 4MBPA 3G3JA 4JSOA 1JEVA 3QK6A 1Y4TA 3FV1A 4ZZAA 4QSEA 2H9BA 4Q8RA 1NH7A 3KZGA 3TDJA 1S9TA 1POTA 5I59B 1FTLA 4QFKA 2F7BA 4C1TA 1XT8A 2AL5A 3IOWA 3USDA 3GBBA 1CB6A 2V3TA 4R2BA 5KDTA 2UVIA 5TPAA 1SI0A 1BKAA 3TFLA 2HXWA 1ZJLA 2PVUA 1SW1A 2B3BA 3VLUA 2QPQA 3RNNA 1OVBA 2I4CA 3SETA 1DPEA 2F6GA 2I4BA 2RC7A 3CFZA 3MVYA 1B4ZA 2DWAA 3HV1A 2QS1A 3K02A 2Y7KA 3CSGA 4KR5A 3MP6A 3GXAA 1YCJA 4IO7A 1A8EA 3VVFA 2PYYA 3ZS6A 1EZOA 1NNFA 3S4UA 5FHOA 3I3VA 4NMYA 3VVEA 4OERA 3JZJA 3MP1A 3RT6B 5I2KA 1B7ZA 1FTJA 2ANJA 1QUIA 3N26A 3CSBA 5FHMA 5BWJA 4KD5A 4PQJA 2A5TA 3FATA 1P1NA 2PT1A 3E9XA 3LSXA 5H8FB 2E0SA 2XXIA 4WEPA 5DEXA 2THIA 1QKBA 1DTZA 4F3SA 1GGGA 4GF8A 4KHZE 2O6AA 4ZECA 1A7LA 3K1MA 2ONSA 3K4UA 3RY3A 3CI8A 2ZYMA 3S2VA 3K6XA 4FEBA 1MXXA 5TP9A 5ITOA 4POXA 1PB9A 3PMVA 3QXMA 4NF5A 4R72A 1Y1MA 3TEPA 1A99A 4F3GA 5AA3A 4OWDA 2O1LA 4KI0E 3EN3A 2V25A 1LAHE 1DPPA 4QFPA 4X48A 3H4ZA 1J1NA 2RC9A 2H98A 1SD3A 2AL4A 2NUVA 4ND9A 2RCBA 2FYIA 2HFBA 2HEUA 1F9BA 3K00A 3K1PA 4F22A 5AA2D 2D21A 4RPNA 1ZKBA 5H8QB 1OLAA 3OO6A 3CG1A 5CMBA 3CR9A 4KYSA 5I2NB 1NH8A 5DVJA 3R7XA 4QFNA 4LZ8A 3PPRA 1B0HA 1O63A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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