4ZSMA

Bace crystal structure with bicyclic aminothiazine fragment
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
389
structure length
389
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Preparation and biological evaluation of conformationally constrained BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 389
sequence length 389
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zsmA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zsmA02
3DCRA 3I8WA 2VIEA 3OQAA 1W6IA 2AQUA 4WTUA 1M43A 3KMYA 5P2XA 4Q1WA 1G2KA 5P2GA 4K8SA 5P4EA 4DUSA 2ZE1A 2ZHTA 4IVTA 1MUIA 2EWYA 2F3EA 5P7ZA 5P64A 4J17A 5P75A 3ZKMA 3L5CA 3UCBA 1K1UA 2Q55A 3G70A 1LYAA 4Y5CA 4AA8A 3OY4A 3SA8A 1RV7A 4NPUA 4J5JA 5P6UA 1HIVA 2HM1A 4J1IA 5P0JA 1BILA 5OZLA 5P8RA 4ZSRA 3O9FA 5IS4A 1FQ7A 4Y41A 1SIVA 3RSXA 4AZYA 5P12A 3K5GA 4MC6A 3ZMGA 4Y3GA 3ZPTA 2OHSA 5OYSA 3KT2A 2J9KA 3T7XA 5P3FA 5P87A 3VYEA 4GB2A 5OZEA 1KJGA 3I7EA 3QPJA 3ZOVA 5E5JA 4Y5LA 3K4VA 3EM3A 3ZPUA 3K5FA 3GI0A 1IVPA 2J9JA 5P0IA 3FNSA 2QMPA 3ZPSA 5P3PA 5P4UA 2WL0A 1T6GA 4NJTA 2QHZA 5P0NA 4H3GA 2ASIA 5P7HA 4Y4BA 5P1MA 5P13A 4Y3HA 5OZOA 5P8IA 2G1RA 1LF4A 4EP2A 2G94A 3F9QA 5P4XA 2WF4A 4OD9B 1SBGA 5P1AA 2ZJIA 5P4IA 1HOSA 3APRE 5P1BA 1U8GA 4Y3ZA 2AVSA 4I0ZA 4LBTA 4GJDA 1JLDA 1ZBGA 2G1NA 5P6NA 2MIPA 4BFBA 4RRNA 4CPRA 4CKUA 3TOHA 2VKMA 5P4PA 2WECA 5P4LA 2AOIA 2XFJA 1XE6A 4B00A 5DQ2A 2BBBA 4GIDA 3UF3A 2NMYA 5OZTA 3ZKIA 3QVIA 5P2UA 4Z2ZA 1HVIA 5P08A 2CEJA 4EJKA 2I4UA 4DJUA 3KDDA 5KQFA 3T7QA 5P73A 5P3DA 5P3OA 3VF3A 5P5XA 1MSMA 5HE4A 4Y54A 5P84A 2NNKA 3QS1A 1MESA 3INHA 2AZ9A 4Y3SA 5P25A 4PZXA 5OYQA 5P2LA 3O9AA 4DQCA 2Q15A 3VV7A 4Y6MA 1HIIA 1BWAA 1ZSRA 5P4DA 4HE9A 2NNPA 4Y38A 4I0IA 3CKTA 4ZLSA 2I1AA 3SO9A 3DJKA 3BGCA 5P4BA 5P17A 1GVTA 2RMPA 2OHQA 4DPFA 1HPVA 5DGWA 2R9BA 3K1WA 2FXDA 4Y4EA 3PI5A 4Q1YA 4Y5AA 2G1OA 2RSPA 2F80A 5P44A 3EM6A 5P7NA 3ER5E 2HS2A 2QP8A 1M4HA 3PM4A 2QU2A 5FIVA 3LINA 2P3BB 3O9IA 5P7YA 1W5YA 5P2IA 3IXJA 4DJRA 1LZQA 1AJVA 3NU5A 4DJOA 5P1EA 5DR4A 1C6ZA 5P2RA 3L5FA 4TVHA 4YOBA 4I0FA 2QI0A 2F81A 4Y3TA 5OZQA 3FKTA 2G1YA 3AUPA 3IN4A 4Y57A 3UQWA 5BS4A 4DI2A 2HB4A 5P10A 1PROA 3PRSA 5P3AA 4ACXA 1XN3A 1KJFA 1DPJA 5P5VA 3L5BA 3L3AA 5P1RA 3QN8A 3SPKA 1YM4A 2XFKA 5P6YA 5JG1A 3IGBA 5P5GA 6APRE 3EKYA 5J25A 2WF1A 5P0KA 3OQ7A 3SABA 1EPRE 5P57A 3OQDA 3UDYA 1A8KA 4COEA 3QBHA 1B5FA 2WF0A 5KR1A 5OZJA 4ER1E 1C6XA 2PWCA 3PSUA 4TRZA 3PBZA 4Y58A 4OBZB 3TOFA 2PYMA 5E5KA 5P6FA 4HDPA 1CZIE 3SA4A 4Y3AA 4FRJA 3MSLA 5P5PA 1C6YA 5P5IA 3O9CA 5P6JA 2NTRA 5P6CA 3LIXA 5P0MA 5P1KA 5P4NA 3QRMA 5P5KA 2PQZA 3VSXA 2QCIA 4OC6B 1A94A 4U8WA 4D89A 3FNTA 3OQKA 1E80E 2ZJHA 1K6PA 5COPA 5AH8A 4FIVA 2BKTA 2BPVA 1MEUA 1IZEA 3K5CA 5F00A 2OHKA 2O4NA 5P8UA 1XDHA 5P3HA 1XE5A 2XYFA 5P1CA 2PSUA 1RL8A 4EPJA 3OOTA 5OYTA 3D3TA 5B18A 3SACA 3SA5A 5P6WA 1LS5A 5P8DA 1WKRA 4LP9A 2WKZA 5P5UA 3PLLA 4Y39A 2VIJA 2V00A 3NUJA 2F3KA 5P56A 3SAAA 1MT8A 2PC0A 5P05A 3T6IA 3WB4A 1HEFE 1EBKC 5P8NA 5P3KA 3UDPA 4F74A 3S56A 5OZZA 2VA7A 1WBMA 4B1CA 3T7PA 1EPQE 5P1FA 5P5DA 5KQZA 2QMDA 2FDPA 5P5LA 1BVGA 4K4QA 5BRYA 2OHRA 3APPA 5P40A 3URJA 4JPCA 3VLAA 1FMUA 4OD9A 3VG1A 4Y4XA 1F34A 3N4LA 1PSNA 2HS1A 1APTE 5SY3A 1HWRA 5P2WA 3NXEA 2IQGA 5P1DA 4I0EA 4F76A 5P6SA 4RVIA 1FB7A 2QNNA 4LXKA 4APEA 1W5WA 3HBOA 3OXWA 4Y44A 5P4QA 3KFSA 4YDFA 2IL2A 5P2EA 1KJ4A 5OZPA 4Y48A 3VFBA 8HVPA 2ZHUA 3UQPA 5P6LA 4OBJA 5KR8A 5P52A 4EXGA 5AH9A 4B70A 2I4XA 2QU3A 1BXQA 5P1QA 5P03A 5P26A 5P7WA 1ENTE 2VS2A 5P7MA 3ZKXA 5P2VA 2FS4A 5P8BA 3CICA 4XX4A 5P6AA 5OZKA 5P7DA 2Q64A 5P55A 2IGYA 4Y9WA 3H5BA 1CPIA 1MRWA 2PSGA 4S1GA 5P1XA 1PFZA 4H3FA 2PK6A 3Q5HA 3UDRA 5KR2A 2AVVA 3GW5A 1AAQA 4FRIA 4KE1A 1HHPA 3GGVA 4TVGA 2B60A 1AJXA 5CONA 5IVSA 3ZKGA 1E5OE 1W51A 1HPXA 5P07A 5P8GA 1LEEA 1IZIA 5P6BA 1MTRA 5P5EA 5P1NA 1BIMA 1D4KA 3DUYA 1EBYA 4J1HA 5OZ8A 1EC0A 4UPJA 5P0DA 4A4QA 4NJSA 2OF0A 1APUE 3KDBA 1UPJA 5P78A 1B11A 3SA7A 5OYRA 5P6QA 1BV9A 4EJ8A 4Y3NA 2P3BA 3K4VC 5P38A 3S7LA 2QZWA 2G24A 1ZPKA 1BVEA 1G35A 1DIFA 3CIBA 3DM6A 2HPEA 2I4VA 5HVPA 4PPHA 2FGVA 5P06A 5P8TA 3VF7A 5P8FA 5P7FA 1HPSA 1FQXA 1LYWB 3ST5A 3SA3A 4LC7A 5P7AA 2NMZA 1ODWA 3RVIA 4R92A 5OZRA 4FM8A 5APRE 2PH8A 5P5WA 4DQFA 5P0YA 4Y51A 4KUPA 1MSNA 2ZJJA 5P48A 3SM1A 4NJVA 5P77A 1FG8C 3NU6A 5P8QA 1BDQA 3VV8A 1FMXA 3O9HA 3LZYA 1IBQA 4I11A 2PYNA 4Y3MA 3IVHA 1B6MA 4ZE6A 2FGUA 3OTSA 3LZSA 5EZXA 1BDLA 2R3WA 4Y3DA 3SKFA 2Q3KA 3BVBA 5P23A 5P5MA 5P19A 5AGZA 3NWQA 5OZHA 4Y4GA 4QJ2A 1BDRA 4OBZA 3QRSA 2CEMA 3PWRA 1HEGE 4DFGA 4YHQA 3OADB 4Z50A 3GI4A 4YCKA 4Y37A 2QZKA 2RKGA 5P3QA 2R38A 5P35A 2WF3A 4DJQA 1YX9A 5P62A 2QAKA 4H3JA 2RENA 3TH9A 5P02A 5P1LA 2P3AA 5P1IA 3PHVA 1A30A 5P36A 4OC6A 5OZ1A 5P1PA 4GJAA 3O9BA 2VNNA 3PJ6A 2WF2A 3PMUA 3LIYA 3NR6A 4B72A 3I6OA 1DAZC 5C9DA 3S2OA 1N49A 3VLBA 3UPJA 3H0BA 3DK1A 4FCOA 4I0JA 1SGZA 1TSQA 1NSOA 4BFDA 7HVPA 4LAPA 4Y4DA 5AHBA 3IXKA 5OZAA 3S8IA 5OZ4A 2ZJLA 4HDBA 1HTGA 2R8NA 4J1KA 2JXRA 4YD3A 5OZGA 4FM7A 1HVCA 2QMGA 3S85A 3EC0A 4JECA 5P31A 5P8HA 4Z4XA 3ZLQA 4NKKA 3D1ZA 2V10C 5I3WA 2CENA 5P33A 4XXSA 2FXEA 5P2SA 3Q6YA 4D83A 4CPXA 5OZ5A 4Y3FA 5P4YA 1Z1HA 4U7QA 1TZSA 3PI0A 3FSMA 1GVXA 4CPQA 5OZDA 3UQRA 4CPSA 5DR7A 3ZKNA 5P0SA 4EHCA 2PSVA 5P4WA 5P1VA 3EL4A 3OHFA 5OZ6A 3UDKA 3MWSA 1F7AA 2I4WA 1K1TA 2AOGA 4B0QA 3IVIA 2AOHA 2F3FA 1G6LA 2ER6E 5P5TA 3NXNA 3OHHA 1OD1A 3EKPA 4DQEA 3ECGA 3UDQA 2QZLA 3O9GA 5P3IA 4Y45A 1D4HA 5P2AA 3OUCA 1EC3A 5OZSA 3O9DA 3INDA 4DJXA 1QBSA 1DP5A 2IDWA 2WEZA 3HZCA 4EXHA 1C70A 4RCFA 1IVQA 5P2CA 4I8WA 4Y5BA 5OYVA 1K6VA 4RGHA 4F75A 3I25A 3T11A 2P3CA 3FV3A 1SMRA 2P83A 2V12C 1FIVA 3SA6A 1ZPAA 1AIDA 2O4SA 1HTEA 4Y5NA 5P3MA 3OU1B 4NJUA 5P3EA 5P82A 5P4OA 5P2YA 2PH6A 4JP9A 5P01A 5SXNA 3BUHA 4R91A 5COOA 1AVFA 2QI1A 5P43A 2R5PA 5P7QA 1MT9A 5BWYA 2A4FA 3UDHA 3OUBA 3L38A 5P8CA 4FM6A 4GJ6A 5P2KA 5IVTA 3NU9A 5TOLA 2OHTA 3D91A 3D1YA 4BEKA 1D4SA 3BC4A 1XL5A 1SP5A 4FSLA 4YBFA 1LF2A 4FAFA 1MT7A 4L7HA 5P4RA 2ZGAA 4X7IA 2ZJKA 5OYUA 3R1GB 2O4PA 5AHCA 5P8LA 3UDMA 1AM5A 5JFPA 4TRWA 3HVGA 5UPJA 3DOXA 1GVWA 4KB9A 2AOEA 3R4BA 3GGXA 5P0UA 3TL9A 1MPPA 3TPPA 3OK9A 1LYWA 1NH0A 5DQ4A 3BGBA 1NPAA 4AMTA 4Y3PA 4ER4E 4MC1A 1HXWA 3L5DA 1BBSA 3PCWA 1GNNA 1EBZA 2AVOA 4OBKA 1B6PA 2ZHVA 5P3CA 3OUDA 3S43B 5P0LA 5P7EA 3CKPA 5CLMA 1FFIC 1IIQA 1MIQA 5P4AA 5IVRA 2NXMA 1EPNE 5HU1A 3BVAA 4GZFA 1PSAA 1ZLFA 5DQ1A 1IDAA 5P7KA 4GJ5A 2IRZA 1HVJA 2AOFA 4EQJA 2QI5A 4B05A 3HAWA 3NU3A 4U7VA 5P71A 4ACUA 5P0OA 5P7RA 5P79A 4ER2E 5P1ZA 5P8JA 3AIDA 5P22A 4HZTA 3OADA 4YD5A 5P24A 3S54A 4M8YA 4QJ9A 3QVCA 3PVKA 5P04A 5OZVA 4D85A 5P3BA 3EM4A 1MRXA 4WY1A 3VCMA 3JW2A 3KT5A 1FF0C 4J54A 5P8PA 4CP7A 2FNTA 3OGQA 3KM4A 4Y4JA 4WY6A 2QI3A 5OZ7A 5I3VA 3NU4A 5KQXA 1RPIA 3LHGA 1EC2A 4EP3A 5P51A 4L6BA 1A9MA 3L59A 4Y3JA 4J0PA 3R2FA 1OEWA 3UDNA 5ER2E 3VFAA 2AODA 5P7SA 2FLEA 2P4JA 4Y4AA 5P54A 3TOGA 5I3YA 3KF0A 2Q5KA 5IVQA 5P7VA 3QP0A 2B7FA 3NYGA 3OQFA 1FMBA 4QLHA 3NDWA 3L5EA 1SIPA 2JJIA 2QI6A 4J1FA 2FMBA 5KQYA 1BV7A 3FX5A 3OXXA 3URLA 3SM2A 4J0VA 5P2QA 2UPJA 1GNMA 3CYXA 5P8AA 3U7SA 2AVQA 4ZPGA 2R43A 5P49A 2QK5A 4Y4ZA 5JFUA 1KJHA 4CMSA 4K4PA 5HDVA 2BJUA 3KFPA 4RRSA 4GJ7A 5P4ZA 6UPJA 2ANLA 3URIA 5P8VA 3RSVA 4Y4TA 5AH7A 1SDTA 4Q1XA 3WB5A 1HVHA 1HTRB 1BXOA 4R8YA 3K5DA 1APWE 3EKXA 4A6CA 4FGXA 1EPPE 3EMYA 3QBFA 4FS4A 1J71A 4HVPA 1YM2A 1SDVA 5P6GA 3N3IA 5P5AA 3UHLA 4DH6A 5P3VA 4J1CA 5P3GA 1Z1RA 2ZYEA 2NXLA 2V13A 4NPTA 4YD6A 2A1EA 2JJJA 2P8HA 3VF5A 4I8ZA 1HTFA 4J0ZA 5P0BA 2ZHRA 5HD0A 1QDMA 1PPME 5P2TA 5P7LA 1GNOA 3OUAA 2G27A 1EPOE 2V0ZC 4M8XA 2R5QA 2HB2A 3LIVA 1ZTZA 5DR3A 3I2LA 5P2OA 1FGCC 4Y35A 5P47A 5P8SA 5P53A 3OU3A 2ZHSA 3HLOA 4QJ8A 2QMFA 4CPWA 4FSEA 3RTNA 5AHAA 3NDXA 4AUCA 2H6SA 4D8CA 4H1EA 1OHRA 5P4GA 2G1SA 3S45A 3MXDA 3NSHA 5P42A 2QZXA 3CYWA 4Q1NA 3OU1A 3LPIA 3QIHA 1ODXA 3U71A 3O9LB 4LXMA 5DGUA 2IS0A 3PWWA 1TQFA 4GMIA 5P5JA 1MTBA 4GYEA 2G21A 4YDGA 4Y3YA 4YE3A 5SZ9A 5OYWA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3DCR A;  3I8W A;  2VIE A;  3OQA A;  1W6I A;  2AQU A;  4WTU A;  1M43 A;  3KMY A;  5P2X A;  4Q1W A;  1G2K A;  5P2G A;  4K8S A;  5P4E A;  4DUS A;  2ZE1 A;  2ZHT A;  4IVT A;  1MUI A;  2EWY A;  2F3E A;  5P7Z A;  5P64 A;  4J17 A;  5P75 A;  3ZKM A;  3L5C A;  3UCB A;  1K1U A;  2Q55 A;  3G70 A;  1LYA A;  4Y5C A;  4AA8 A;  3OY4 A;  3SA8 A;  1RV7 A;  4NPU A;  4J5J A;  5P6U A;  1HIV A;  2HM1 A;  4J1I A;  5P0J A;  1BIL A;  5OZL A;  5P8R A;  4ZSR A;  3O9F A;  5IS4 A;  1FQ7 A;  4Y41 A;  1SIV A;  3RSX A;  4AZY A;  5P12 A;  3K5G A;  4MC6 A;  3ZMG A;  4Y3G A;  3ZPT A;  2OHS A;  5OYS A;  3KT2 A;  2J9K A;  3T7X A;  5P3F A;  5P87 A;  3VYE A;  4GB2 A;  5OZE A;  1KJG A;  3I7E A;  3QPJ A;  3ZOV A;  5E5J A;  4Y5L A;  3K4V A;  3EM3 A;  3ZPU A;  3K5F A;  3GI0 A;  1IVP A;  2J9J A;  5P0I A;  3FNS A;  2QMP A;  3ZPS A;  5P3P A;  5P4U A;  2WL0 A;  1T6G A;  4NJT A;  2QHZ A;  5P0N A;  4H3G A;  2ASI A;  5P7H A;  4Y4B A;  5P1M A;  5P13 A;  4Y3H A;  5OZO A;  5P8I A;  2G1R A;  1LF4 A;  4EP2 A;  2G94 A;  3F9Q A;  5P4X A;  2WF4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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