4ZSPA

Bace crystal structure with bicyclic aminothiazine inhibitor
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Preparation and biological evaluation of conformationally constrained BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 106
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zspA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zspA02
2ZJNA 3OY4A 4Y4EA 3PJ6A 1MRWA 1YM4A 3KMYA 1EPRE 2G26A 2VJ6A 4ZE6A 2PYNA 2QCIA 3FV3A 5OYQA 4OD9B 3PB5A 4HVPA 5P24A 5P3VA 5P5MA 3Q70A 3MSJA 5DR8A 5P6PA 1HVLA 3K5CA 5OYSA 4AZYA 2FS4A 1BAIA 3D91A 3OAGA 3WZ8A 6APRE 2IGYA 5P5ZA 4M8YA 4QJ7A 4Y38A 5P8EA 1YT9A 3TOHA 1XS7D 1GKTA 5OZAA 4J5JA 1ZSRA 2IS0A 5P2BA 1PSOE 2R43A 3KM4A 5P77A 1EC0A 3APRE 2OHKA 4D8CA 5P29A 1GVWA 7UPJA 7HVPA 2QMFA 1TCXA 1WBKA 1ZLFA 4GJ7A 3KF0A 4LC7A 5P36A 4LHHA 1YG9A 5P4LA 3R1GB 2V10C 4QJ8A 5P26A 5BRYA 1BV9A 1BV7A 4Y3ZA 2Q5KA 4B0QA 3O9EA 5P7TA 4OBZA 3G72A 2PYMA 3SACA 3OUAA 5P7UA 2UPJA 2FGUA 3FNUA 3I6OA 5P0HA 4L1AA 4RYCA 1APVE 2BPVA 5P5QA 3I7EA 4NKKA 1IBQA 3OADB 5P1VA 4B1CA 5DQ1A 4I0DA 5TOLA 5IE1A 1HBVA 5P4EA 1ZSFA 4I1CA 4EXGA 5P6TA 5P1DA 5P54A 4YOAA 4LL3A 4Y5MA 1SMRA 5P41A 4CPUA 3UTLA 3ECGA 3O9GA 2BKSA 4WTUA 2VIZA 5P33A 5P4NA 4GJ8A 2NXDA 5P7CA 4Y3GA 2ER0E 3O9LB 3SKGA 2ANLA 3EL0A 3G70A 5P5OA 2NNKA 5OZ5A 4FS4A 5P6SA 5P7PA 1SBGA 3QRVA 2B7FA 4CPQA 3GW5A 3QVIA 5CONA 4JPEA 3SQFA 1MIQA 5BS4A 3QAAA 5HDXA 5P6JA 4U7QA 2F3FA 2IQGA 3SA8A 4J0ZA 2R38A 1SDTA 4OC6A 5P1NA 5P62A 2G21A 1HEFE 2QU2A 5P6EA 4R95A 4TVGA 5I3VA 4Y3JA 4NPTA 3GGXA 1QDMA 5F01A 3GI5A 4GJBA 4RVJA 2V11C 3OUDA 1UH8A 1HHPA 5P31A 4DQEA 3L5EA 2VIEA 3HW1A 4Y58A 1E5OE 2VIJA 4GMIA 3NU4A 5P7RA 1B5FB 4RRNA 5DGUA 3H0BA 1ER8E 3OHFA 4I8WA 5P85A 2G1OA 3RU1A 4Y4GA 1SIPA 1TQFA 1XL2A 5CLMA 1K1TA 4DJUA 4U8WA 1HIHA 5P6YA 5P73A 2SAMA 4IVSA 5OZNA 1RL8A 3URJA 4FAFA 3ZLQA 5P3QA 4J0VA 2NXMA 5P8TA 2G94A 5P55A 4Y56A 5OZCA 1IIQA 3D1ZA 3OU1B 5SY2A 5F00A 3ZKMA 1J71A 5P5PA 4Y3NA 5P7YA 2B8LA 5P1TA 5P2YA 4D89A 2ER9E 2A4FA 3BUGA 4ZSMA 2Q63A 1Z1RA 4GZFA 4BELA 3LINA 3TLHA 1APTE 5IVSA 3OXWA 4CMSA 2Z4OA 5P34A 3VLBA 2NNPA 2BKTA 9HVPA 5JFUA 3DCKA 3O9AA 4JP9A 2NR6A 2ZHVA 4QJ2A 1GVTA 5HU0A 5P02A 4Q1NA 3VF3A 2BB9A 5P51A 4JPCA 4Y3EA 4PHVA 4MC6A 1PROA 1FMBA 4Y5KA 5DQ2A 1ODYA 4K4RA 5C9FA 5P0YA 3INFA 3OHHA 1VIKA 4R91A 2VS2A 3KFPA 3O99A 3EC0A 3OUCA 1YTJA 5P1ZA 4LXKA 5P19A 1GVUA 3K1WA 1FIVA 5P1KA 4Y53A 5P43A 2PWRA 1M0BA 2ER7E 3INEA 3OQKA 5P1HA 2JYSA 1BBSA 1YX9A 1C70A 4Y3LA 1ZPAA 3OK9A 3OU4B 1UPJA 3EKYA 5SZ9A 5OZTA 1LF2A 5DQ5A 2Z54A 3BUHA 5P2RA 3SO9A 3KT5A 1FMUA 4NJVA 1AAQA 1BXQA 1TSQA 3S7LA 2QD7A 3KFRA 1D4SA 2IKOA 2F8GA 1G0VA 1MUIA 5P3TA 3QN8A 2AODA 3PM4A 3AUPA 3LHGA 1AXAA 1B11A 5P6DA 5P2EA 5P6OA 3H5BA 3S8IA 3I8WA 3QBHA 3T7XA 2FDDA 4I0JA 5P0PA 3L5FA 1W6HA 3ZKNA 5P0OA 5P6BA 4HA5A 1IVPA 2FXDA 4AUCA 3OAGB 5P8QA 2EWYA 3LZYA 5P2UA 4I0FA 2ZYEA 1C6ZA 5P7GA 5P44A 5P8CA 4FM7A 5P1YA 1NPAA 1MT9A 3LNKA 5P72A 2HB4A 2I1AA 5P7FA 1VIJA 1D4KA 2ZJKA 1B6PA 1K6PA 3CYXA 5OZ1A 4RROA 2HPEA 3TL9A 4ZLSA 3PLLA 4ER2E 4FRJA 4ACUA 2I0DA 2AIDA 3QI1A 3WSJA 5P4PA 5P3EA 3VSXA 1G35A 1HVJA 4FL8A 2CENA 1FLHA 4H3GA 3ZMGA 5OYTA 5P3JA 1A30A 2B42A 2OHPA 5P7VA 3Q4BA 5P1QA 6UPJA 3JW2A 4OBZB 4FGXA 5P16A 5P2DA 2ZHSA 5OZ7A 3K4VA 5OZ6A 3O9BA 4EWOA 1FQXA 1AM5A 3UDPA 4L1AB 5P52A 5P0SA 5OZMA 5OZDA 5P01A 3SPKA 5OYRA 3L3AA 5P6GA 3OOZA 3OQFA 2UXZA 3HZCA 4YCYA 5P4JA 1M43A 5P3YA 3HD8A 4Y43A 5P7AA 4TRZA 1OHRA 1EPOE 1TZSA 2O4SA 3LPKA 2RMPA 5DR3A 1IDBA 2P3DA 4Q1YA 5P80A 3KYRA 5P5IA 3NDWA 4FRKA 3LIQA 4Y3MA 5P7NA 3WB4A 5P04A 5P1PA 2V13A 1C6YA 3BVAA 3DOXA 2ZHTA 3PI5A 3WZ7A 5OZPA 1HWRA 5OZBA 3N4LA 1K6CA 5P50A 1BDLA 2AZ8A 3RTNA 1IZIA 3OOTA 5P5SA 2QAKA 2CEMA 4Y3DA 4RVIA 1EPNE 5P4UA 4FIVA 4J1KA 4Y3XA 3ST5A 3BGCA 3VUCA 4OC6B 3PCZA 4Z2ZA 5P2OA 2QK5A 2QHCA 4GJ9A 5HCOA 5OYXA 1QBSA 3I2LA 4TRYA 4QJAA 3OTYA 4I0EA 1KJHA 5P4FA 4Y5BA 2AOJA 3NU9A 2JJJA 2VJ7A 5IVTA 4EP3A 4Y3AA 5P8IA 2WEZA 1LF4A 4YBIA 4DQCA 3OUDB 4GJ6A 5P3FA 1LF3A 5P4HA 1HPXA 5KR1A 4PPHA 4ER4E 2VA6A 5P2IA 1B6JA 2WF4A 5P69A 4H3IA 4I10A 1YTHA 3KT2A 5P40A 1K6VA 2Q64A 3R2FA 5HE7A 5P5JA 5P3MA 1HTFA 4Y9WA 5P83A 5P18A 3D1YA 3VF5A 5P4ZA 2ZJHA 3O9HA 3D3TA 4Y3HA 5P1OA 3EKWA 1RPIA 2I4VA 1T3RA 5OZ4A 5OZSA 4ZIPA 2I4QA 2I0AA 3HDKA 2NMZA 1ZAPA 3EXOA 5P4IA 5P5BA 5P13A 3NU6A 1D4YA 5OZKA 1SP5A 4D85A 5OZ9A 5P4TA 5P5GA 4CPTA 4FSEA 5P3IA 3LIXA 5P1GA 4Y3FA 2AOFA 5P2JA 5P86A 1XN2A 2IENA 2OHRA 3ZPSA 5P4RA 5P23A 5C9BA 5KR0A 4JOOA 4Y50A 2AOEA 4DPFA 5P15A 3UDQA 3S7MA 2FNTA 5B18A 2IKUA 5OZQA 4Y4JA 5KAOA 4J1HA 1EC3A 1XE6A 3QRSA 3OTSA 5P7BA 3EL1A 3NSHA 5P67A 3DJKA 4Y35A 4DH6A 2PK6A 3LPJA 4Y5NA 5COPA 1DP5A 2J9JA 2VJ9A 4YD6A 5P2FA 4Y47A 2VKMA 4Y4TA 5ER2E 4KUPA 5P42A 1HVSA 2Q54A 3DCRA 4L7HA 4YOBA 1GVVA 3LITA 5P5YA 3S85A 5P2KA 5P6FA 5J25A 2OHNA 1AIDA 5P6VA 1FG6C 2I4XA 2V16C 2XYFA 5COKA 3A2OA 5P5EA 3NXNA 1BIMA 4K8SA 2V00A 5OZUA 5P5CA 4HEGA 1EC2A 5I3YA 1G6LA 1EPPE 5P3HA 5P4SA 1NPVA 1IZHA 2G22A 2FNSA 3KA2A 3LZSA 4DJVA 4I0GA 1A94A 4OBFA 4PEPA 3UCBA 2P3BA 5P6MA 5KR8A 1K2CA 3T7QA 2RKFA 5P1SA 3HBOA 3SM2A 4Y36A 4XXSA 4Y39A 5DR1A 4Y3TA 4I12A 2B8VA 5P7ZA 1EBWA 3PMYA 3OWNA 1DPJA 1IVQA 2I4WA 5P1FA 5P2GA 4Q1WA 4PYVA 5P7LA 5P1JA 3PI0A 1XL5A 2QD6A 1FMXA 4B72A 5OZIA 5JODA 1HVCA 5P3PA 2QI3A 1W5WA 5P2WA 5OZZA 4J1CA 1EEDP 4J1EA 3NDXA 1YM2A 2J9KA 4Q1XA 3CIDA 3K5FA 4QGIA 2NTRA 5P30A 1BDQA 5P68A 1META 3VSWA 5OZGA 1GVXA 1PPLE 4EJKA 3AIDA 3OXVA 2WL0A 4J0YA 3SAAA 3L5CA 5E5JA 5P2QA 4HDFA 1BXOA 4DJXA 1SGZA 3S43A 1T7IA 3HLOA 1Z1HA 5HE5A 5P5WA 3QS1A 5P2LA 5JFPA 3U71A 3IGBA 1CMSA 3FKTA 1ENTE 5I3XA 1FGCC 4L7JA 5P0CA 4J1IA 1ZBGA 3OU3A 3BUFA 5P6NA 3EM3A 1RQ9A 1MT7A 1XE5A 4YCKA 5P3RA 4DJYA 4DPIA 3PBDA 3OQ7A 5OZLA 5P12A 4AA8A 5P05A 1FFFC 1C6XA 3PRSA 5P4WA 3IXJA 2V12C 2PK5A 2OAHA 4I8ZA 4CP7A 2F3EA 1DMPA 2OHQA 5BWYA 4Y4XA 1W5XA 3RSXA 2PQZA 1LYWA 1U8GA 4ER1E 3INHA 3FSMA 2G27A 3IAWA 1EBYA 1PSAA 4ZSQA 5P1XA 5P5TA 2IEOA 5P81A 1DAZC 4QJ9A 1KJ7A 3CKTA 3D1XA 1KZKA 5P8PA 3LIYA 2AOIA 2QZXA 3GI4A 5P79A 5P1EA 1HVIA 2PWCA 4B78A 1NPWA 1HVKA 2OHSA 3EKTA 5P0MA 1FQ6A 2HB2A 4Y4AA 4Y4DA 4EXHA 5AGZA 4Y4ZA 5FIVA 1W5YA 1N49A 5P0IA 5P6ZA 3ZPUA 5P09A 1FG8C 4RVXA 1RV7A 5P14A 1B6MA 2FIVA 4ACXA 4F74A 2ZHRA 5P1BA 1FEJC 5P0RA 5P0BA 3T6IA 5P4XA 4Y3SA 5P32A 4J55A 5P22A 2QMDA 5P6AA 3VV6A 3F9QA 5OZVA 4R5NA 5P6HA 3UDJA 2WECA 1D4JA 4XX3A 1W51A 5P4GA 5DPZA 3VCMA 5P2ZA 2WEAA 3TOGA 4Y6MA 4Y5AA 5P7EA 4GB2A 5P2MA 3QRMA 2O4LA 5P66A 4YBFA 4Y44A 4KE0A 1HTRB 5P4MA 5DR4A 4Y5GA 3C9XA 3INDA 5P6RA 5AH7A 5P8FA 2P8HA 2QZWA 1LV1A 5EZZA 1APWE 2XFKA 3OGQA 4UPJA 2P83A 3PSGA 3MWSA 5COOA 5P8JA 3NU3A 2BJUA 4K4QA 4QLHA 4TRWA 2WF1A 3SLZA 1E81E 3IXOA 1EPLE 3NXEA 1M4HA 5P4YA 3EKVA 5P7SA 5KQFA 3EL4A 2OF0A 1HIIA 5P8NA 5P4CA 4Y54A 5P74A 1HSHA 3VF7A 2AVQA 3CYWA 1MSMA 2HS2A 5T4SA 5P3UA 4CPRA 5P45A 5I3WA 3L59A 3PGIA 5P3XA 1GNNA 3B7VA 3URIA 2WJOA 3VV7A 2PSGA 3UFLA 4CPWA 4OBDA 2B7ZA 4DQBA 1PSNA 2PSVA 1EC1A 1UH9A 5P4OA 4Y5CA 2AVMA 4EQ0A 4HDPA 5OYVA 2R8NA 2PMAA 3DUYA 3OGPA 3TTPA 5P06A 1FQ8A 3NDUA 1BWBA 4FM6A 5KR2A 4FM8A 5P70A 4R92A 3M9FA 3JVYA 4ZEAA 5ISJA 5DR0A 3UQRA 4Y3QA 1GNMA 1WKRA 4J1FA 2OHLA 5P2NA 4L7GA 3UPJA 2NMYA 5P89A 2HPFA 3ER3E 4A6CA 1EBZA 4F75A 1BILA 3MXDA 5OZEA 4B05A 1PFZA 2ZJMA 3Q3TA 2J9JB 1AVFA 5P3LA 3RVIA 5P1CA 5P3AA 5ENMA 5P65A 4D83A 2FGVA 5P2VA 3O9IA 3L58A 4Y3RA 4EP2A 3DM6A 3VFAA 1D4IA 2PH8A 4OBJA 3SA5A 4RGHA 5E5KA 1FQ7A 2XFIA 4RCFA 1IDAA 5HE4A 5P84A 2CEJA 5OZWA 3B80A 4YD3A 5P8AA 1T7JA 1XDHA 2R5PA 4Y45A 4APRE 5P0TA 1PPME 2I4UA 2G24A 2G69A 2ZGAA 1XN3A 1QBTA 2AVOA 2P3BB 4GJ5A 2H6TA 1BWAA 1ZPKA 4H3JA 2I4DA 5AH8A 1HVRA 3DV1A 5P60A 5EZXA 4MC2A 3EM4A 3UFNA 5KOQA 5PEPA 1HRNA 3VG1A 4DI2A 5AHBA 3NWXA 2IRZA 3S56A 3KDDA 3MSLA 5P63A 1JLDA 1AJXA 3SA3A 3UQUA 4GJDA 4YDGA 2QNQA 4Y41A 2A1EA 1DIFA 5P0WA 1ODWA 3UDHA 5P38A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZJN A;  3OY4 A;  4Y4E A;  3PJ6 A;  1MRW A;  1YM4 A;  3KMY A;  1EPR E;  2G26 A;  2VJ6 A;  4ZE6 A;  2PYN A;  2QCI A;  3FV3 A;  5OYQ A;  4OD9 B;  3PB5 A;  4HVP A;  5P24 A;  5P3V A;  5P5M A;  3Q70 A;  3MSJ A;  5DR8 A;  5P6P A;  1HVL A;  3K5C A;  5OYS A;  4AZY A;  2FS4 A;  1BAI A;  3D91 A;  3OAG A;  3WZ8 A;  6APR E;  2IGY A;  5P5Z A;  4M8Y A;  4QJ7 A;  4Y38 A;  5P8E A;  1YT9 A;  3TOH A;  1XS7 D;  1GKT A;  5OZA A;  4J5J A;  1ZSR A;  2IS0 A;  5P2B A;  1PSO E;  2R43 A;  3KM4 A;  5P77 A;  1EC0 A;  3APR E;  2OHK A;  4D8C A;  5P29 A;  1GVW A;  7UPJ A;  7HVP A;  2QMF A;  1TCX A;  1WBK A;  1ZLF A;  4GJ7 A;  3KF0 A;  4LC7 A;  5P36 A;  4LHH A;  1YG9 A;  5P4L A;  3R1G B;  2V10 C;  4QJ8 A;  5P26 A;  5BRY A;  1BV9 A;  1BV7 A;  4Y3Z A;  2Q5K A;  4B0Q A;  3O9E A;  5P7T A;  4OBZ A;  3G72 A;  2PYM A;  3SAC A;  3OUA A;  5P7U A;  2UPJ A;  2FGU A;  3FNU A;  3I6O A;  5P0H A;  4L1A A;  4RYC A;  1APV E;  2BPV A;  5P5Q A;  3I7E A;  4NKK A;  1IBQ A;  3OAD B;  5P1V A;  4B1C A;  5DQ1 A;  4I0D A;  5TOL A;  5IE1 A;  1HBV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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