4ZSQA

Bace crystal structure with tricyclic aminothiazine inhibitor
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
389
structure length
389
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Preparation and biological evaluation of conformationally constrained BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 389
sequence length 389
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zsqA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zsqA02
3K5DA 4Z22A 1EBYA 4LXKA 4CMSA 4GJ7A 1UH8A 5P8LA 5P28A 5P67A 1FFIC 5P8TA 1K1UA 5BWYA 4GJ6A 4TRZA 3NU3A 4JPCA 5P7XA 4DV9A 5P72A 2QI1A 4Y4BA 3VYEA 1FKNA 3SKFA 1XE6A 5P8UA 5P7LA 3ZKQA 4Z4XA 1AXAA 3ZKGA 3UQUA 5P86A 5HD0A 5C9FA 3HZCA 5P5UA 5OZMA 3K4VA 1A8KA 3EC0A 3OUAA 1KJGA 1GKTA 3L5EA 4ZSRA 4ZSQA 1MUIA 4Y5NA 2CEJA 2PWCA 5T4SA 2ZJIA 5P6HA 4LHHA 3DCKA 3VV7A 3KFSA 4Y53A 4B1EA 3EL4A 1APTE 1FF0C 3TPRA 5P0LA 5P7WA 3RSVA 1LYWB 4RYCA 4Y35A 5P78A 2FS4A 1MT9A 5KR8A 4EHCA 5P58A 2ZJHA 4R93A 5P87A 2VA6A 5P5WA 5P3CA 3EKTA 1LYWA 5P3DA 2I4QA 3LZYA 4J1FA 1PSNA 4YDGA 1A9MA 5OZ6A 1LEEA 4K8SA 1B6PA 5OZ7A 1APVE 3OQAA 2OHNA 3UDMA 1LF3A 1AJXA 5P4XA 3U7SA 5OZ3A 2P3AA 3QN8A 5P61A 1G2KA 3FNSA 4Y4EA 1APWE 3PLLA 5P1CA 5P3QA 4Z2ZA 3UQRA 2VJ9A 1D4JA 4J1EA 3QVIA 3OUBA 5P82A 4FM6A 2QI3A 4OBKA 2G94A 4RVIA 4D83A 1B6LA 3EL9A 5KR0A 1SDUA 1ZJ7A 4DQCA 3MXDA 4I12A 4Y3AA 5P0FA 3NDUA 4HLAA 2PC0A 5P6FA 1KJ4A 5P1MA 1M0BA 5OYWA 2WEAA 3QI1A 2JJJA 1VIJA 4FM8A 5P7AA 2QD6A 5P6NA 5P16A 1QS8A 5P10A 3EBZA 3Q3TA 5P5GA 5P6ZA 4DJWA 3CYXA 5P0OA 5P19A 4NPTA 5P4CA 1GVVA 4Y5PA 5P8PA 2Q3KA 1SP5A 4XX3A 5OZXA 5P6VA 5P0YA 4WY1A 5P6PA 5P4EA 4CPRA 3UQPA 3AIDA 5P49A 5P4UA 4B05A 1ZSFA 4I0JA 1N49A 4FRIA 5P1VA 5FIVA 3D20A 5C9BA 5C9DA 3EKPA 2JYSA 3L38A 1B11A 3FV3A 3VF5A 4DJQA 1IZHA 2PSUA 1T6GA 5P5YA 5P63A 5P5NA 3TPPA 5P3TA 3SA5A 3L3AA 3GW5A 1W5YA 2FLEA 1BV9A 3OHHA 5P26A 5P6TA 5P3RA 4I0EA 2QNPA 5P4GA 5P2BA 1FQ7A 3OHFA 5P6CA 1KZKA 5P2CA 1ZTZA 2BB9A 4ZSMA 2RMPA 3C9XA 4Q1WA 3DJKA 5P8BA 5P3GA 4ZPGA 5OZFA 5P7OA 3BVAA 1HVKA 1TW7A 5P22A 4B72A 4COEA 3SA3A 4FRKA 1ZPKA 5P0UA 3OU3A 5P3AA 1RQ9A 5P6QA 1W6IA 1QBRA 1SIPA 5J25A 5P73A 1GNMA 2O4PA 5P1JA 1C70A 3OXWA 5P80A 3VFAA 5P32A 5P6MA 5P2JA 3KA2A 2VA5A 5HDUA 1BBSA 1E81E 5P3FA 5P4IA 5HE4A 5P4BA 3R0WA 5P1UA 3CIDA 4B70A 3QRMA 1HVRA 4MC9A 4QJ6A 4Y3JA 4NKKA 4Y5GA 4XX4A 4DJVA 4OBGA 2IRZA 3O9LB 1SIVA 3O9EA 1EAGA 4FRSA 3LZSA 4UPJA 5ENKA 5P4KA 4I0FA 1MTRA 4YDFA 3PVKA 5P1TA 5OYQA 1FEJC 1HIHA 2QZXA 1DW6C 3O9LA 1T7JA 5P7BA 3OXCA 4CPUA 4Y4TA 1BXOA 5TOLA 1LYBB 4Y6MA 2AZ9A 3LITA 3VSWA 3ECGA 3SA6A 5P5EA 2P3CA 2WKZA 3PSGA 4JP9A 3NU6A 1NH0A 3BRAA 2HC0A 3OK9A 1LYBA 5KQYA 2HS1A 1WBKA 2B7ZA 3INEA 5OZEA 1SGZA 2I0DA 3BC4A 3PM4A 1ER8E 5F00A 5P5KA 5P5TA 4Y47A 4RCDA 3NXEA 2G1RA 5OZ9A 4AA8A 1E5OE 3N3IA 2ZJMA 2OHTA 5P55A 2HIZA 3SA7A 1HVSA 1A94A 4J1IA 2FXEA 2PMAA 3CKTA 3H0BA 3IA9A 5OZGA 3LZUA 3OGQA 4FAFA 5I70A 2ZJNA 3IXKA 3I25A 3K5FA 9HVPA 4Y4XA 3NDXA 2RSPA 1HEFE 5P1EA 1HTRB 2ZYEA 3OOZA 5P1XA 4CPWA 3DOXA 3QRSA 5P7EA 4OC6B 1IIQA 5APRE 4K4PA 1C6YA 1MPPA 2O40A 5P0NA 3I6OA 4YBIA 4OC6A 2VIZA 4FRJA 4GJ8A 5P51A 5P5DA 5P8IA 2I0AA 3ZKIA 5OYZA 2VIEA 1G0VA 2QHZA 5P34A 1MESA 5OZYA 3OQKA 2NR6A 4Y5BA 4IVTA 5ER1E 3OU4A 3VCMA 5P20A 2QI7A 4RLDA 2VA7A 1IDBA 3HVGA 5P5VA 2NPHA 1SDTA 5AH8A 3WZ7A 3L5BA 1YTHA 5P6DA 1RPIA 5P8MA 5P29A 1D4SA 4GJBA 5P40A 1ODYA 1K6PA 2G1NA 1HPXA 4H1EA 5P0SA 5P59A 2PWRA 1LYAB 4J1KA 3IXJA 4CPTA 2QK5A 5P50A 4DQEA 5IS4A 1TCWA 4TRYA 1XL5A 5OZZA 5P7QA 2QHYA 2FXDA 1EBKC 5P74A 1EC3A 1LYAA 3EL5A 3SA4A 3OTSA 5P2AA 5DQ4A 3O9HA 4HA5A 5KQFA 5P2WA 3PRSA 3T3CA 3KT5A 3KFNA 2QMFA 3D1ZA 5AH9A 5P2QA 3DUYA 1DAZC 5P5MA 4Y3GA 5P66A 5P7GA 5P06A 3NU5A 4J0TA 1NPAA 5P52A 3ZOVA 1HSHA 5P30A 2NTRA 5P60A 5I3WA 1B6JA 1HSGA 2AVOA 2VIJA 5P2UA 3EM6A 2IKOA 4QJ7A 1NSOA 4GJ9A 4B0QA 4EJKA 2QMDA 1AIDA 3NU9A 1IBQA 5OYTA 1IZIA 2IDWA 5IVTA 4QJAA 5COOA 5P7NA 3PCZA 5AH6A 1FMXA 5P6UA 2RKFA 4RROA 5P4FA 5P1HA 1HPOA 1MT7A 3MSLA 4AUCA 4AA9A 4RYGA 4A6BA 5HDXA 5P42A 5P35A 1HOSA 5P4HA 4YOAA 5P7PA 3LIQA 2ZGAA 4L1AB 4Q1YA 4Y44A 2ZJKA 5KR2A 2QZLA 3IN4A 5P3PA 4I11A 5P3HA 2A4FA 2ER0E 1W5XA 1T3RA 1K6TA 1WBMA 3U71A 2AOCA 4D88A 3OQDA 1IZEA 4APRE 4FSLA 4L1AA 5DGUA 2O4LA 5P5LA 4R92A 4YCTA 4Y3SA 5P7FA 3O9GA 2JE4A 3QBHA 4I8WA 1OEXA 3KMYA 1EPME 5P5JA 3S43B 3EM3A 4IVSA 2OAHA 2NNPA 5P4LA 1BIMA 5DQ5A 2ZDZA 4L6BA 3GI5A 3ZPUA 5OZ4A 2H6TA 2QI6A 5AHBA 3O9BA 1K2CA 2Q55A 3PSYA 2G69A 4QJ9A 5P1SA 2R38A 3BUFA 2ZJJA 4R8YA 5P0RA 1UPJA 3UFNA 2P3DA 5DQCA 1EBWA 1BWAA 3KYRA 5P4DA 2I1AA 1CPIA 4NPUA 3PB5A 1ME6A 4L7GA 5P85A 2I4WA 4J17A 5P8OA 3RTMA 4Y4JA 3VG1A 3GGAA 2IEOA 3FNUA 2WF4A 3PMYA 5P76A 1XE5A 4F73A 4CPSA 1YTGA 1LV1A 1Z1RA 5P6EA 3SABA 5DQ1A 5P3XA 3DCRA 7HVPA 4AZYA 3I8WA 2OHSA 5P11A 1HWRA 4FS4A 3TOHA 1XS7D 3T7QA 2OHQA 5P3BA 2B8VA 1T7IA 3URIA 4X2LA 1EPOE 3O9DA 4Y5MA 4Y4GA 4DFGA 3H5BA 2FNTA 3RVIA 3URLA 3O99A 1MSNA 2P3BB 4Y37A 1META 5P09A 4EQ0A 2WF3A 4KUPA 2WF0A 4RRSA 5KOQA 2AVSA 4LXMA 4Y3NA 2IKUA 5P04A 2P3BA 4Y3LA 5P2YA 2PK5A 5P1PA 2AIDA 4RCEA 4PZWA 1YX9A 5KOSA 5OZ5A 4ER4E 5HE7A 4YD4A 3ZKXA 1GNOA 5P5BA 3OOTA 1EC1A 5OZPA 4NJUA 2H6SA 2Z54A 4OBFA 5OZVA 4JPEA 3ZL7A 5BS4A 4B00A 5HU0A 4YOBA 4DVFA 2PYMA 3UDYA 3OQFA 2AOEA 3ZPSA 4Y3FA 3M9FA 1BVGA 2NMYA 2XYFA 2BQVA 5JFPA 2Z4OA 5P7DA 5P79A 4DJUA 5P3SA 4ER2E 1W5VA 4TVGA 5DR8A 4L7HA 5DR0A 3ER5E 5P0HA 5P3EA 4EJLA 1KJFA 2BBBA 3RSXA 2NNKA 2F80A 1DPJA 3CKPA 5P2EA 4DJPA 3PBZA 2VNNA 2RKGA 4H3GA 2WL0A 4KE1A 4PYVA 3ZKSA 4Y3MA 1B5FB 5OYYA 2R3WA 2PSGA 1FB7A 1RV7A 3TKGA 1MEUA 2B42A 3D1XA 3VF3A 5P2IA 2WJOA 5P0BA 2AODA 5P3MA 4GJAA 3SFCA 5HTZA 3KDCA 1MSMA 2V0ZC 4Y5CA 5P1RA 4FSEA 2HPEA 4TRWA 4K9HA 1MTBA 1ZSRA 1YTJA 1FQ5A 4YCKA 1DIFA 3HDKA 4DQFA 5P3WA 4KB9A 3LINA 2FDDA 5OZRA 3QPJA 1VIKA 4GB2A 1KJ7A 5P7SA 2JJIA 3PGIA 5P2GA 1PPKE 2BPYA 3D3TA 1E80E 5P1OA 3UCBA 3K5GA 5P4VA 5ISJA 3EKVA 1C6ZA 1FIVA 1GVWA 1B6KA 1TQFA 2OHKA 1YG9A 5P0QA 1WKRA 3K1WA 5P1LA 4OD9B 3Q5HA 5P44A 4CPQA 5HDZA 1ZBGA 5P5PA 3PI5A 5P4PA 3VF7A 2NXLA 2F3EA 5P3UA 5P4YA 4R5NA 4OD9A 5P0IA 3CICA 2QU3A 3O9CA 2HB2A 4N00A 2AZCA 5P4WA 1FGCC 3PLDA 2PK6A 4Q1NA 5P2HA 3CYWA 3GI6A 5P1KA 3NXNA 2B60A 5P2FA 3BUGA 3TOGA 1HTGA 4LP9A 3T7XA 2OHUA 5P2XA 2G26A 4J54A 5P7ZA 5AH7A 3K4VC 4GZFA 3FKTA 3S54A 1XN2A 3APPA 4HDFA 2PYNA 5OZ1A 4U8WA 5OZNA 4ACUA 4Y57A 5OZLA 4Y5LA 3LIZA 5P31A 2VKMA 3L5CA 5P6XA 4HZTA 4I0GA 1D4HA 5DQ2A 4EPJA 1MRWA 5P53A 2ASIA 2ER7E 1PSOE 4R91A 5P0AA 5KR1A 4L7JA 4XXSA 2WEZA 5P4MA 3VFBA 2V00A 1T6EX 5P56A 1A8GA 3PWRA 4I0DA 3QAAA 4OBZB 4YA8A 4QJ8A 5KQXA 4Y56A 4QLHA 5OYVA 5DR4A 5P6WA 3ZKNA 1FQ8A 5IE1A 4OBZA 3L5DA 1HSIA 3LPJA 4Y36A 5P5CA 2CEMA 3IN3A 2WF1A 3SM1A 8HVPA 4LL3A 2QD7A 2HM1A 2CENA 1ZPAA 2BPVA 5P7YA 4RVJA 1QRPE 1HVCA 4Y3PA 5EZXA 3UDPA 5P2OA 3TKWA 2WEDA 3G6ZA 2QNNA 3G70A 5OZWA 5OZHA 5P1DA 4PPHA 1D4YA 3ER3E 4Y38A 5P7KA 5OZ2A 3NUOA 5OZQA 2QNQA 2QZKA 4NJVA 4Y3YA 1G35A 1F7AA 2F81A 5P0VA 1ODXA 4Y3WA 1LF4A 1GVXA 5P54A 5P8HA 5P3ZA 4HDPA 5P83A 5OZBA 4E43A 4HE9A 3KDBA 2QP8A 5P43A 5IVRA 4J0YA 1T7KA 3UPJA 2F3KA 4Y43A 1AVFA 5OYUA 3HD8A 3VV6A 2AOHA 2HPFA 2I4XA 5P1AA 2XFIA 5P48A 5IVQA 5P8VA 1BAIA 4I0ZA 3I7EA 1QBTA 1W51A 3PWWA 2FDPA 5OZAA 3KT2A 3QS1A 2QD8A 3R1GB 4GJDA 3SA8A 2UXZA 3NR6A 5P2MA 2QMPA 2B7FA 3T6IA 3RTHA 5P1QA 2Q15A 3BUHA 5P2VA 1MIQA 4DJYA 1Q9PA 5P0DA 3NLSA 3L59A 4Y3QA 5P02A 5B18A 3S2OA 1W6HA 3GI0A 1SH9A 4Y4UA 1UH9A 3MSJA 4EXHA 3VYDA 5P65A 4FL8A 1XN3A 3SO9A 5P17A 2B8LA 4EYRA 4FGXA 1CMSA 5P3JA 1EC2A 4GJ5A 2APRA 4NJTA 1W5WA 1MRXA 3EXOA 1MVPA 4Y39A 5P2KA 1Z1HA 4OBHA 4YD5A 3UDNA 1SDVA 3URJA 5HDVA 5P25A 3OXXA 4J1HA 4FE6A 5P0KA 2IL2A 3INFA 5P7MA 3HW1A 2XFJA 4J0PA 4DI2A 3PBDA 3D91A 5P6SA 3SQFA 3S85A 5P5IA 3RTNA 5P4NA 3SLZA 4BELA 4ZIPA 3SAAA 2R5QA 3I2LA 3NWQA 1MERA 2QHCA 1TSUA 5P6RA 3BXRA 5P7VA 4Y58A 2OHRA 3KF0A 4OBDA 1FG6C 5OZOA 2VNMA 4DJRA 4B77A 4YE3A 2G20A 3LIYA 4NJSA 1YTIA 3OY4A 5P07A 5ER2E 1A30A 1D4IA 5P71A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3K5D A;  4Z22 A;  1EBY A;  4LXK A;  4CMS A;  4GJ7 A;  1UH8 A;  5P8L A;  5P28 A;  5P67 A;  1FFI C;  5P8T A;  1K1U A;  5BWY A;  4GJ6 A;  4TRZ A;  3NU3 A;  4JPC A;  5P7X A;  4DV9 A;  5P72 A;  2QI1 A;  4Y4B A;  3VYE A;  1FKN A;  3SKF A;  1XE6 A;  5P8U A;  5P7L A;  3ZKQ A;  4Z4X A;  1AXA A;  3ZKG A;  3UQU A;  5P86 A;  5HD0 A;  5C9F A;  3HZC A;  5P5U A;  5OZM A;  3K4V A;  1A8K A;  3EC0 A;  3OUA A;  1KJG A;  1GKT A;  3L5E A;  4ZSR A;  4ZSQ A;  1MUI A;  4Y5N A;  2CEJ A;  2PWC A;  5T4S A;  2ZJI A;  5P6H A;  4LHH A;  3DCK A;  3VV7 A;  3KFS A;  4Y53 A;  4B1E A;  3EL4 A;  1APT E;  1FF0 C;  3TPR A;  5P0L A;  5P7W A;  3RSV A;  1LYW B;  4RYC A;  4Y35 A;  5P78 A;  2FS4 A;  1MT9 A;  5KR8 A;  4EHC A;  5P58 A;  2ZJH A;  4R93 A;  5P87 A;  2VA6 A;  5P5W A;  5P3C A;  3EKT A;  1LYW A;  5P3D A;  2I4Q A;  3LZY A;  4J1F A;  1PSN A;  4YDG A;  1A9M A;  5OZ6 A;  1LEE A;  4K8S A;  1B6P A;  5OZ7 A;  1APV E;  3OQA A;  2OHN A;  3UDM A;  1LF3 A;  1AJX A;  5P4X A;  3U7S A;  5OZ3 A;  2P3A A;  3QN8 A;  5P61 A;  1G2K A;  3FNS A;  4Y4E A;  1APW E;  3PLL A;  5P1C A;  5P3Q A;  4Z2Z A;  3UQR A;  2VJ9 A;  1D4J A;  4J1E A;  3QVI A;  3OUB A;  5P82 A;  4FM6 A;  2QI3 A;  4OBK A;  2G94 A;  4RVI A;  4D83 A;  1B6L A;  3EL9 A;  5KR0 A;  1SDU A;  1ZJ7 A;  4DQC A;  3MXD A;  4I12 A;  4Y3A A;  5P0F A;  3NDU A;  4HLA A;  2PC0 A;  5P6F A;  1KJ4 A;  5P1M A;  1M0B A;  5OYW A;  2WEA A;  3QI1 A;  2JJJ A;  1VIJ A;  4FM8 A;  5P7A A;  2QD6 A;  5P6N A;  5P16 A;  1QS8 A;  5P10 A;  3EBZ A;  3Q3T A;  5P5G A;  5P6Z A;  4DJW A;  3CYX A;  5P0O A;  5P19 A;  4NPT A;  5P4C A;  1GVV A;  4Y5P A;  5P8P A;  2Q3K A;  1SP5 A;  4XX3 A;  5OZX A;  5P6V A;  5P0Y A;  4WY1 A;  5P6P A;  5P4E A;  4CPR A;  3UQP A;  3AID A;  5P49 A;  5P4U A;  4B05 A;  1ZSF A;  4I0J A;  1N49 A;  4FRI A;  5P1V A;  5FIV A;  3D20 A;  5C9B A;  5C9D A;  3EKP A;  2JYS A;  3L38 A;  1B11 A;  3FV3 A;  3VF5 A;  4DJQ A;  1IZH A;  2PSU A;  1T6G A;  5P5Y A;  5P63 A;  5P5N A;  3TPP A;  5P3T A;  3SA5 A;  3L3A A;  3GW5 A;  1W5Y A;  2FLE A;  1BV9 A;  3OHH A;  5P26 A;  5P6T A;  5P3R A;  4I0E A;  2QNP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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