The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
79
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sequence length |
299
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structure length |
268
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Chain Sequence |
EVDISHLDPRMQQIVEKQITTAVKQYHAKSGVIAIADPQTGNIIAFAESSKNKGLESWKSRIFSPGSTIKPFIAAAAINSASLADAIAKSINVCLIRVSQEAGVPVIRKKLTEFGFDMNSWWQADQSDDLQLAMAALGENIPVTIESLIKSYAILANKGHSFDRGNSAIISETSTNSINHMLENAVTNGTGKLAVIPGVSVAGKTGTVIENNDKYLALFAGYVPADNPRYVLLVVIEEGYFSKNGKTLVSGGELAAPVFRNVAMDALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Transpeptidase domain of FtsI4 D,D-transpeptidase from Legionella pneumophila.
rcsb |
| molecule keywords |
Cell division protein FtsI/penicillin binding protein 2
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| molecule tags |
Transferase, cell cycle
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| source organism |
Legionella pneumophila subsp. pneumophila atcc 43290
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| total genus |
79
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| structure length |
268
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| sequence length |
299
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-05-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Beta-lactamase | DD-peptidase/beta-lactamase superfamily |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2PBY A; 3HLB A; 1BLP A; 3Q7V B; 4WZ5 C; 3QNC A; 4KQR A; 4KZ9 A; 3DWK A; 4OOM A; 2Y2O A; 3CZD A; 3OCL A; 3Q1F A; 5EEC A; 1SHV A; 1TVF A; 4H8R A; 1K4F A; 1K56 A; 2OLU A; 5DF8 A; 1YMS A; 4DE1 A; 1PW8 A; 1PYY A; 4R4R A; 2Y2L A; 2XFS A; 3GSG A; 3FV7 A; 3ISG A; 2WGI A; 1DJC A; 2FFF B; 3G34 A; 4JF6 A; 2Y59 A; 3LCE A; 1MWT A; 4R1G A; 1H8Z A; 3O3V A; 1WE4 A; 1RGY A; 2ZC7 A; 4Y0O A; 3W4P A; 4UA6 A; 4PM5 A; 1YLT A; 3V50 A; 5F82 A; 1I2S A; 1H8Y A; 1L0E A; 2OLV A; 3JYI A; 2A49 A; 2Y91 A; 1PIO A; 2HPB A; 1SCW A; 3C4O A; 3N8S A; 5FA7 A; 4DXB A; 4PM6 A; 2RCX A; 3MKE A; 3MZF A; 1TDL A; 2Y2H A; 4N1H A; 3IXD A; 2Y2Q A; 4S2J A; 4KZA A; 2JBF A; 3HLF A; 4BEN A; 1JVJ A; 4ZBE A; 2ZLY A; 2WZZ A; 4QU3 A; 1Y54 A; 3OZH A; 1L0G A; 1XA1 A; 3IWI A; 3BFC A; 3MZE A; 4WEL A; 5I94 A; 4MNR A; 3PBT A; 1DJA A; 5CHJ A; 1PWG A; 3HVF A; 5FAO A; 5J8X A; 4OLG A; 2Y55 A; 2EXA A; 1NYY A; 2XD1 A; 1E3U A; 4MBK A; 5AQ7 A; 5E2G A; 4PM8 A; 4OOY A; 3VP2 A; 5HW3 A; 2Y2M A; 2I72 A; 4KZ8 A; 2EFU A; 3W4Q A; 3MXS A; 5CGS A; 1GHI A; 5GLC A; 4IVK A; 3N6I A; 4DXC A; 5L2F A; 5HFO A; 1QME A; 2HDU A; 1FR6 A; 4Y7P A; 4QJG A; 2WGV A; 4IBX A; 4LV2 A; 1KE3 A; 5DTT A; 3CMZ A; 3WS4 A; 2C6W B; 3IF5 A; 4IVI A; 4LCL A; 5CRF A; 5F83 A; 5TFQ A; 3I7J A; 5CER A; 4EBL A; 3FWL A; 1LL5 A; 2OV5 A; 3RXX A; 3HLW A; 3IXB A; 4LV0 A; 3FZC A; 3IXH A; 1IYO A; 2JE5 A; 4S2L A; 2DCF A; 1VM1 A; 1XP4 A; 2OSU A; 3V39 A; 1H5X A; 4DKI A; 2XQZ A; 3V3R A; 1BTL A; 2P74 A; 3N8L A; 2ZC4 B; 4LV1 A; 4E3I A; 1YLP A; 2P9V B; 3OPH A; 5KSH A; 3C7U A; 4JBF A; 4KZ4 A; 1PWC A; 1KDS A; 1DJB A; 4EBN A; 5EUA A; 3DTM A; 3EQV A; 4S2P A; 2HDQ A; 2WYX A; 5GHY A; 1BLH A; 5E2H A; 1NZO A; 1LLB A; 2DNS A; 3GQZ A; 4JXW A; 2HP9 A; 1ALQ A; 2Y2I A; 3TSG A; 5FI7 A; 3FYZ A; 5FQ9 A; 3IWQ A; 4JXV A; 1WYC A; 4YFM A; 5FQQ A; 4BL2 A; 4GDB A; 4BQM A; 1CK3 A; 2EXB A; 3PTE A; 3NCK A; 3BFF A; 2XDM A; 1K38 A; 1ZG6 A; 4N1X A; 1C3B A; 3HLG A; 1BSG A; 4OON A; 2X02 A; 2IWB A; 3EQU A; 1J9M A; 3BM6 A; 4WYY A; 4OPZ A; 1MKI A; 2PU4 A; 3SH7 A; 3BLS A; 4U3T A; 3E2L A; 5GLA A; 1KVM A; 3NBL A; 3ZG5 A; 3A3F A; 5M19 A; 3UDI A; 4S2I A; 4UHU A; 5HAR A; 3VFF A; 4B4X A; 5CEB A; 1O07 A; 5FI2 A; 4U0T A; 4KZ6 A; 2J8Y A; 2XH9 A; 4HBT A; 4QD4 A; 2WKI A; 4E3J A; 4X69 A; 4JXG A; 3C7V A; 3AGF A; 1MWU A; 2PU2 A; 4OOL A; 2WAF A; 5GL9 A; 3UPN A; 1EWZ A; 2WKH A; 3OC2 A; 4E6X A; 3B3X A; 1W8Q A; 1N4O A; 4R3B A; 4R3J A; 5E43 A; 3NIA A; 1YMX A; 4ID4 A; 1Z6F A; 5DF9 A; 2WAE A; 4DF6 A; 4OP8 A; 2ZM0 A; 4OVD A; 4NK3 A; 4XUZ A; 3Q7Z A; 5E2E A; 1PZP A; 1MWS A; 2HP6 A; 4BD0 A; 1IYP A; 3BYD A; 3BFG A; 1PI4 A; 1GCE A; 1K54 A; 3AGE A; 3IXG A; 4KEN B; 1JWZ A; 4EQI A; 4DE0 A; 3HLC A; 3MBZ A; 1HZO A; 4D2O A; 5A90 A; 4JLF A; 3ZCZ A; 2Y2P A; 1S0W A; 1SDE A; 3VP4 A; 5KMW A; 2XFT A; 4BLM A; 4K0X A; 1EI5 A; 1FCM A; 4ZAM A; 3M2K A; 4FH2 A; 5F1F A; 1PZO A; 4OQH A; 3GVB A; 3UNW A; 4N9L A; 3WS1 A; 1ES4 A; 1XPB A; 5EE8 A; 4S2N A; 4CJN A; 1KGF A; 2J9O A; 4FCF A; 2ZC5 B; 1K6S A; 2ZQC A; 1RP5 A; 2EX6 A; 4M3K A; 4OPQ A; 4GNU A; 2Z2L B; 2DRW A; 4OQI A; 4GB7 A; 3LY4 A; 2HP5 A; 3HUM A; 3RJU A; 5DTS A; 3S1Y A; 5CTM A; 4ZJ2 A; 3FKW A; 4KQQ A; 4ZJ1 A; 2Q9N A; 4OH0 A; 1ESU A; 2QZ6 A; 2EX8 A; 2Y2G A; 3QHY A; 4DE3 A; 2XF3 A; 4EBP A; 4GZB A; 4YIN A; 3V5M A; 4BJP A; 1RGZ A; 4GD6 A; 4KQO A; 3WS5 A; 1K54 C; 1NY0 A; 3A3D A; 4E3K A; 3AGD A; 5CHM A; 4E3M A; 1BLC A; 3D4F A; 2JCH A; 3SH9 A; 3NY4 A; 3V3S A; 4NET A; 3IWO A; 2Y2J A; 5AQ9 A; 3BEB A; 3BFD A; 4UAA A; 1XX2 A; 3CJM A; 4DE2 A; 5GHX A; 4X56 A; 2G2W A; 4ZDX A; 3PBR A; 3UPO A; 2VGK A; 3LY3 A; 4S2N C; 1ERO A; 1M40 A; 3PAE A; 2Y2K A; 2ZM2 A; 3HBR A; 2ZJ9 A; 3ZG8 B; 1JWV A; 1K55 A; 2ZMA A; 1W7F A; 5FQM A; 1IKG A; 4JF4 A; 4IBR A; 1LI0 A; 4PM9 A; 5HAI A; 3HUN A; 4KG2 A; 4O7D A; 5EVI A; 1KE0 A; 4QB8 A; 1NZU A; 5HX9 A; 3G4P A; 3MKF A; 4GD8 A; 1FR1 A; 3N7W A; 1AXB A; 3VMA A; 3G30 A; 1M6K A; 4RA7 A; 2R9X A; 3CG5 A; 5AQA A; 1LHY A; 4QY5 A; 4WMC D; 3UO9 A; 3PBO A; 5KSC A; 2V2F F; 3O86 A; 3WRZ A; 5FQJ A; 3ITB A; 3UPP A; 1IYS A; 4WBG A; 1TDG A; 2IWC A; 4WEK A; 5EVL A; 4X6T A; 1K57 A; 2Y2N A; 4QHC A; 4C75 A; 4P85 A; 1IKI A; 3NC8 A; 5EOE A; 4JF5 A; 3UE0 A; 5CEC A; 3MFD A; 5EVI B; 2GDN A; 3UN7 A; 5F1G A; 4WZ4 A; 3DWZ A; 5FSR A; 2H10 A; 3WS2 A; 2HDS A; 1PWD A; 3Q81 A; 4LCM A; 3ITA A; 1XGJ A; 5FDH A; 1FSW A; 3G31 A; 5FAP A; 2CC1 A; 5DVA A; 1K55 C; 3ZHH A; 4JXS A; 1FSY A; 1L0F A; 4A5R A; 5CGW A; 4KZ7 A; 2WGW A; 1CI8 A; 5EVI C; 1GHP A; 3ZNT A; 2WK0 A; 3IH9 A; 3Q82 A; 1BLS A; 2Y4A A; 3IQA A; 1ERQ A; 1I2W A; 4JKT A; 3SH8 A; 2XEP A; 1BUE A; 1NYM A; 3GTC A; 1YQS A; 1JWP A; 4ZTK A; 4P0M A; 4N9K A; 3OPL A; 3ZGA B; 4LEN A; 1ZKJ A; 1LI9 A; 3P09 A; 1K57 C; 2XD5 A; 3SS4 A; 5FQK A; 3PBS A; 4OLD A; 5GHZ A; 5GLB A; 2R9W A; 4MEZ A; 2H0T A; 2IWD A; 3MXR A; 1HVB A; 1KDW A; 2J9P A; 1ERM A; 4FSF A; 5M1A A; 3TG9 A; 5KZH A; 1BZA A; 3O88 A; 4FH4 A; 1SKF A; 2ZM8 A; 3DW0 A; 1L2S A; 1ZC2 A; 1FCO A; 1ONH A; 3M2J A; 4QY6 A; 3HLE A; 2WUQ A; 2H0Y A; 3G2Y A; 1XKZ A; 3IF6 A; 3UY6 A; 1I5Q A; 4WM9 A; 4DDS A; 2XGN A; 5CHU A; 1W5D A; 3IH8 A; 1E25 A; 3W4O A; 3G2Z A; 2ZQD A; 5E2F A; 1IYQ A; 5FAT A; 4BL3 A; 1YLY A; 3UDX A; 1ESI A; 1K25 A; 3UE1 A; 4Y0T A; 4EV4 A; 5FAQ A; 3NI9 A; 5BOH A; 1ZG4 A; 2WAD A; 1E4D A; 4R23 A; 5GLD A; 3GMW A; 1OME A; 3N8R A; 2ZQ7 A; 1U60 A; 1ES5 A; 1MBL A; 3GV9 A; 4ZJ3 A; 3GR2 A; 3TOI A; 5HL1 A; 3VP1 A; 3IF6 B; 3WRT A; 4S2K A; 2A3U A; 5HAQ A; 1N9B A; 2EX2 A; 1K4E A; 1O7E A; 5CGX A; 5CTN A; 1PI5 A; 1BUL A; 2XK1 A; 3ZFZ A; 5IHV A; 4IED A; 2VGJ A; 4Z9Q A; 4C3Q A; 4OQG A; 3SS3 A; 5FQI A; 1ES2 A; 3SS5 A; 1MY8 A; 3IT9 A; 4K91 A; 3GRJ A; 2Q9M A; 5DTK A; 1KGE A; 4B4Z A; 4E6W A; 1QMF A; 1CEG A; 3IF6 C; 2E8I A; 2BG1 A; 1MWR A; 1NRF A; 3Q07 A; 3VP3 A; 1IEL A; 4WMC A; 5M18 A; 3BEC A; 4K0W A; 4GKU A; 4S2M A; 4GN2 A; 3ZVT A; 1VQQ A; 1GHM A; 1Q2P A; 4S2O A; 1WYB A; 3HLD A; 3O87 A; 1BT5 A; 4MBF A; 2V20 A; 4EWF A; 4PPR A; 4XUX A; 3A3J A; 3VOY A; 4Q8I A; 1KE4 A; 3ZNY A; 1K56 D; 4B88 A; 1KGG A; 4E3O A; 1YLZ A; 1W79 A; 1FQG A; 1NJ4 A; 3A3I A; 2J7V A; 3OPR A; 4RX3 A; 4X68 A; 3UDF A; 5HAP A; 1YM1 A; 2FFY A; 3BLM A; 5AQB A; 3E2K A; 4KZ5 A; 4KZB A; 4Y0U A; 5D3O A; 3WS0 A; 3N4I A; 2ZQ9 A; 3NDE A; 1YLJ A; 3PBQ A; 1NXY A; 3S22 A; 4GOG A; 1GA9 A; 3G35 A; 3P98 A; 1KVL A; 1DY6 A; 3C5A A; 3PAG A; 2P9V A; 4RVA A; 3VSL A; 3ZDJ A; 3S4X A; 3ZG7 B; 1K6R A; 1G68 A; 1HTZ A; 4CPK A; 4C6Y A; 3VSK A; 5EPH A; 1YLW A; 2HDR A; 4BD1 A; 1MXO A; 1PW1 A; 1TEM A; 4WEJ A; 2QMI A; 3IHB A; 4FD8 A; 1XA7 A; 2XR0 A; 3C4P A; 3PBN A; 1ES3 A; 1HD8 A; 4JPM A; 1CI9 A; 2X71 A; 4N92 A; 5A92 A; 3ZVW A; 3BFE A; 3FKV A; 4E3L A; 1E3U D; 3BRM A; 2V1Z A; 4UA7 A; 2ZD8 A; 5G18 A; 3HUO A; 2B5R A; 5A91 A; 3LEZ A; 1JTD A; 3M6H A; 4KG6 A; 4HES A; 5A93 A; 1YT4 A; 4P6B A; 4OQ0 A; 2WKE A; 3M6B A; 4RX2 A; 1FOF A; 4X55 A; 1RCJ A; 2XLN A; 4E3N A; 2Z2M B; 3IHA A; 1S6R A; 2WZX A; 2X01 A; 3OPP A; 4DRT A; 1MPL A; 2C5W B; 3VOZ A; 1XXM A; 1W8Y A; 4R4S A; 4X53 A; 4F94 A; 4WZ5 A; 1CEF A; 4MBH A; 4KG5 A; 3LO7 A; 4HEF A; 5FI6 A; 1ONG A; 1FCN A; 2JC7 A; 4LV3 A; 4U0X A; 3RXW A; 1GA0 A; 4OPY A; 4R0Q A; 4L0L A; 2EFX A; 1LL9 A; 5TR7 A; 3A3E A; 4P87 A; 4OPR A; 3VP0 A; 5FAS A; 3MZD A; 5JYO A; 2H5S A; 3HL9 A; 5EVI D; 3VFH A; 4UA9 A; 1Q2Q A; 2WGW B; 3WWX A; 2EX9 A; 5DF7 A; 3OCN A; 3Q7V A; 4PM7 A; 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