4AM6A

C-terminal domain of actin-related protein arp8 from s. cerevisiae
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
623
structure length
623
Chain Sequence
EIDLNDPTATIVIHPGSNSIKIGFPKDDHPVVVPNCVAVPKKWLDLENSEHVENVCLQREQSEEFNNIKSEMEKNFRERMRYYKRKVPGNAHEQVVSFNENSKPEIISEKNDPSPIEWIFDDSKLYYGSDALRCVDEKFVIRKPFRGGSFNVKSPYYKSLAELISDVTKLLEHALNSETLNVKPTKFNQYKVVLVIPDIFKKSHVETFIRVLLTELQFQAVAIIQESLATCYGAGISTSTCVVNIGAAETRIACVDEGTVLEHSAITLDYGGDDITRLFALFLLQSDFPLQDWKIDSKHGWLLAERLKKNFTTFQDADVAVQLYNFMNRSPNQPTEKYEFKLFDEVMLAPLALFFPQIFKLIRTSSHKNSSLEFQLPESRDLFTNELNDWNSLSQFESKEGNLYCDLNDDLKILNRILDAHNIIDQLQDKPENYGNTLKENFAPLEKAIVQSIANASITADVTRMNSFYSNILIVGGSSKIPALDFILTDRINIWRPSLLSSASFPQFYKKLTKEIKDLEGHYVNAPDKTEDENKQILQAQIKEKIVEELEEQHQNIEHQNGNEHIFPVSIIPPPRDMNPALIIWKGASVLAQIKLVEELFITNSDWDVHGSRILQYKCIFTY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Nuclear protein
molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8
publication title Interactions between the Nucleosome Histone Core and Arp8 in the Ino80 Chromatin Remodeling Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 186
structure length 623
sequence length 623
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am6A01
3.30.420.580 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am6A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4am6A02
3FE1A 4HTLA 4ISEA 1NMDA 4CZJA 3CJCA 1BOTO 3RSEB 5AQXA 1IG8A 2D1KA 4O5FA 4BRPA 3ULEB 4H5WA 3ATUA 2QM1A 2AP1A 1ZBSA 3FZKA 4JD2A 4XH5A 1TYQB 4E1JA 2F9WA 2ASPA 3CJ7A 2FLOA 5I9EB 2ASMA 5EY4A 3VESA 4JD2B 4RWTA 3H1QA 4CZMA 3HBTA 3UKRA 1HKBA 3MN6A 5AZJB 3GG4A 4HWIA 2HMPA 4BGAA 5BRHA 1SAZA 1DKGD 4BC2A 1DGKN 2BUPA 2CGJA 3D2FA 1HLUA 3FZLA 4MLHA 1YUWA 3CERA 2CH5A 1K8KA 1NGEA 4EIAA 4BRQA 3ID8A 2GWJA 2ZGZA 1MWKA 4QS8A 4EHUA 1RDWX 2W41A 2P9SA 4M7XA 3O4WA 3H1VX 1E4GT 3DXMB 4BC5A 3VEXA 2P9IA 4H5VA 4B9QA 4H0VB 2P9LA 1X3MA 3CIPA 4M7YA 4FO0A 3VENA 1GLDG 2FF3B 4FPBA 1HPMA 2Q31A 3C0BA 5KPTA 3L6QA 4GY2B 2P9LB 3SLCA 3LDQA 2E88A 5KQDA 4FWNA 4I6MB 1BG3A 3U9ZA 3O1WA 4FWLA 3U9DA 3SMPA 1CZAN 1DEJA 4DCHA 1R59O 3BF1A 5EXWA 4MLEA 3LM9A 4QS7A 5B8HA 4FL9A 5AQNA 1ZC6A 5AQTA 3VGLA 1NM1A 4MO4A 4FWQA 1X3NA 3VEWA 1ESVA 4BRIA 3ZETA 3AAPA 2V51B 3IDHA 5BREA 4LC9B 4CBWA 4A62A 2I7PA 2EWSA 4BC3A 2VYPA 4EHTA 3ZETB 1SZ2A 5AQHA 3UKUB 4CZEA 4F9OA 1QQNA 2E2NA 3HI0A 4BRNA 5AQOA 3I8BA 2Q0RA 3GL1A 3A8YA 4BR2A 3IMXA 4K43A 2OANA 3CQXA 1HUXA 3D2EA 3EKUA 1LOTB 3VOVA 3DXKA 5F2RA 3CJBA 5EVZA 3QFUA 3M1FA 2QWOA 1WUAA 4ISFA 5AZIA 2FSNA 3P4IA 1D4XA 3U8XA 3H6EA 3FZMA 3JS6A 3GBTA 4H03B 2W40A 3JXUA 5AZIB 2YHXA 2NZTA 5E26A 4XH1A 3C7NB 4PKGA 4XH4A 4WYBA 3MN7A 3VEZA 5AQKA 3RSEA 3IFRA 3MK6A 3EO3A 4H5TA 4BROA 3ULEA 3VEYA 3QBWA 1E4FT 3VF6A 2P9UB 1TYQA 4H5NA 5AQFA 3SK3A 4BG8A 4B1ZA 3MN9A 3HM8A 1ATRA 4H0OA 3WQUA 4PKIA 1HJOA 1HKCA 5BPLA 3KHYA 5BPMA 5AZJA 3DJCA 3ZEUB 4BQZA 3LDPA 4CBXA 4CZHA 1QZ6A 3G25A 1YVNA 1P8ZA 2A42A 3GE1A 4BRKA 1HX1A 2A5XA 3FFKB 4BR7A 5ELZA 1JCFA 3O80A 5AQUA 1C0GA 4L3QA 4FPAA 2GUPA 5AFUH 2HOEA 3R9PA 1GLLO 5BRFA 4O8KA 4CZLA 3ZX2A 5TKYA 3CHWA 3UE5A 4M63C 3CJ9A 2UYTA 1Q18A 3DXMA 5BN8A 5KQ8A 4BR4A 2WUSA 3TPQA 2E2OA 4H0PA 1QQOA 3R8EA 3CQYA 3LDLA 1ZXOA 4B1XB 1NBWA 3FR0A 3HZ6A 1NGFA 3WUHA 3D7EO 3QMLA 3WXJA 5BR9A 4I6MA 1KAXA 3FGUA 2F9TA 1YAGA 1Z6RA 4K42A 4WQ5A 4FOEA 1MWMA 5E84A 1KXPA 2PAVA 2IIRA 2Q97A 4B1WB 2D4WA 3O8MA 1BA1A 1GLEG 1G99A 5AQRA 3WXIA 4IWVA 2FF6A 4XEIA 3A5OC 3KZBA 3QICA 1V4TA 1TUUA 3OHRA 3F9MA 2CGLA 3B8AX 3EZWA 1QZ5A 4H0TB 5AR0A 3FLCO 1QQMA 1KAYA 3CJAA 3R6MA 1SQKA 3VGKA 3UKUA 4CI6A 3MDQA 4YDUA 3VGMA 3DWLA 5AQQA 3WQTA 1U6ZA 3ENHA 1GLFO 1X9JA 4JHDB 1OKJA 1H1VA 1J6ZA 4JN4A 2IVNA 3FZFA 3QB0A 4BRHA 3TU5A 3WEEB 2CH6A 5FPEA 3IUCA 2NLXA 4C23A 3W0LA 4CBUA 5AQWA 2AA4A 5ADXA 1QHAA 5BRDA 4BRMA 1ATSA 3WXLA 4AM6A 3VERA 3M3ZA 5JLHA 2ASOA 1BO5O 4A2AA 1NGCA 4WQ4A 5BPNA 5AQZA 2YCHA 3C7NA 4BR5A 3MCPA 2QWPA 4J8FA 3I33A 2P9PB 2P9KA 2KHOA 2NRHA 2QWQA 4CD3A 2E1ZA 2YHYA 1Y64A 4CJ7A 3CETA 3H3OB 4ISGA 3O1BA 3M6GA 2V52B 3W3DA 2P9KB 2Q0UA 3LDOA 5AQSA 3VF2A 4DQ8A 5AQJA 4BQLA 4BGBA 3AY9A 4CD1A 2P9UA 3LL3A 1EQYA 2DPNA 4IXCA 1BA0A 4WQ5C 4B1VA 1KAZA 4DHYA 2J4RA 3LDNA 5AQIA 2E8AA 3O6WA 2YJEA 4BRCA 2IVOA 3QFPA 4IZ9A 2V7YA 4A61A 3ZEUA 4RTFD 5EOYA 3L4IA 3ENOA 1GLBG 4PKHA 4FWSA 4BG9A 2ZWHA 2Q2RA 4NO7A 3J8AA 1BU6O 1U2VB 4MO5A 3HSCA 2CGKA 3QDKA 4YDUC 5AFUA 4BR0A 3DAWA 1NGBA 1BUPA 4K25A 5AQYA 4IJNA 2Q36A 1C0FA 4QS9A 2E2PA 3SJHA 2HF3A 4FWOA 5AQVA 2D0PA 3A0IX 4H0XB 1S3XA 4FOIA 3VEVA 2ZF5O 1MA9B 4IO8A 2GTDA 5FPDA 4BRLA 1XQSC 2GWKA 4B1UB 2P9NA 1NGJA 2V7ZA 3WXKA 4JAXA 2VCPA 3VF4A 1NGIA 4FSVA 4WQ4C 4FWMA 3O08A 1YXQA 2P9NB 3SMSA 3UKRB 3H3NO 5F0XA 5EX5A 4RCHA 3H46O 3BP8A 5JLFA 5LY3A 1GLCG 1JCGA 3ZX0A 3MN5A 2PBDA 2FSJA 3D2FB 4BRDA 1NGAA 1BDGA 3KVGA 2A40A 4KBOA 4BVOA 1NLVA 1K8KB 3VETA 4GNIA 1HKGA 5CE3A 3GDQA 4FWKA 4H5RA 2P9SB 2H3GX 5AQPA 2QWLA 3GOIA 1JCEA 1WOQA 4CZFA 2P9IB 5AQLA 2FSKA 2E1YA 2QXLA 5F1XA 2YHWA 2QW9A 4JHDA 3VEOA 3ZX3A 1T44A 1IJJA 3U4LA 1Z05A 2ZGYA 5FPNA 3WEEA 5JMVA 2A41A 1S22A 4Y0WA 1XC3A 1BWFO 3CI5A 4IJAA 5LJVA 5AQMA 5KPZA 4EFHA 4DB3A 1GLJO 1RGIA 3BF3A 4FWPA 4Z94A 2YI1A 2I7NA 3FZHA 4JNEA 5KPRA 3O5BA 1ATNA 4A2BA 1GLAG 4BRAA 2YJFA 1NWKA 5BN9A 4BC4A 1T6CA 2Q1NA 4BVPA 2P9PA 4NB4A 1NGHA 2FXUA 2VWBA 3EN9A 3HTVA 1TUYA 3AARA 3BEXA 1NGGA 5LJWA 3L0QA 1V4SA 1XUPO 3S41A 1RFQA 2A3ZA 4H0YB 4FWRA 5AQGA 4CZGA 3CJ1A 2ITMA 4PL7A 4K41A 3AAQA 2HF4A 2GEMA 4EAHD 3ATVA 5FPMA 1LCUA 4CZIA 3A5MC 3H45C 2QWNA 3LM2A 3D2EB 4PL8A 2GELA 3EKSA 2QWMA 3QBXA 3DXKB 3WT0A 5ADXH 3VPZA 4AM7A 2IVPA 4BR9A 4BRFA 5JICA 1MDUB 1T6DA 2E20A 2E2QA 3BUZB 4BRGA 3EL2A 3UB5A 4BREA 2QWRA 4B1YB 2A6AA 1NGDA 2BTFA 3MMVA 3A5NC 1U2VA 3A5LC 2D0OA 4CZKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NMDA 5AQXA 2DFEA 4ZTJA 4C8OA 1RT3A 5EU7A 3ZYYX 3EYZA 5CHIA 1CLQA 4FM0A 1ZBSA 3O9UA 3TSUA 1Q86O 2QKKA 1S1TA 3P1GA 1T7PA 1FK9A 4XH5A 1TYQB 3PX0A 4E1JA 4A5BA 4DS5A 1OH8A 3SQ2A 2ASMA 2BE2A 4JD2B 4HUFA 3SV4A 2NRWA 4C1NK 1VQ7N 3U6FA 4WFAL 1B9DA 1YT3A 4FJKA 3EZ5A 5BRHA 3NCIA 4KB0A 1SAZA 1DKGD 3FZLA 1WNSA 4MLHA 3V9WA 2X6SA 4NXNK 3SAGA 5DK5A 3I0SA 5CR4A 3MEDA 2ZGZA 3KLEA 3KTQA 4QS8A 5C10A 4GKJK 2E4LA 4O8UA 5HL7L 3QEPA 1EWQA 3DLHA 4CGGA 4CVNE 2P9LA 4M7YA 4CF0A 1GLDG 1WSFA 3OS1A 1VQON 3C0BA 1QVFM 5KPTA 1VSDA 3TI0A 2O4IA 3BF1A 1GOCA 4CEEA 3J7AP 1SKSA 2O4GA 4JKHA 4OKJA 5B8HA 3TAMA 4FL9A 1M90O 2IC3A 3KKRA 2P5OA 3NGIA 2Z1IA 1X3NA 4E1NA 5MLCQ 4BRIA 1QTMA 4LC9B 5HLFA 1SL2A 3KIOA 5KGWA 1TK8A 1SZ2A 2NRTA 5AQHA 4CZEA 3NMUA 1S1UA 1KD1O 1XHXA 3KJVA 3ZLJA 3GL1A 3A8YA 1RDAA 4BR2A 4CHNA 1HNVA 1TAUA 3O3FA 1CZ9A 2OANA 1J54A 3HOTA 2VQEK 3D2EA 5JS1A 4KRFA 3EKUA 3RRHA 2P1JA 3PSFA 5EVZA 2PZSA 2VG6A 4ISFA 4JKGA 3VQ9A 2FSNA 1D4XA 3FZMA 3GBTA 2W40A 4JI5K 2NZTA 4XH1A 4XH4A 1W97L 4XIUA 3T1HK 4DMNA 5AJ3K 1CZBA 2XHBA 1VRTA 4MDAA 3IRXA 3MK6A 3EO3A 2OTLN 4FK4A 4H5TA 2D5RA 4BROA 3TSQA 3RR8A 1E4FT 2UUCK 4ELUA 3PUFA 1NKEA 4DTPA 2DTUA 4AF1A 2HNYA 4H5NA 5AQFA 3SK3A 4PY5A 5DM7L 4Z4GA 4E7KA 3HM8A 3WXMB 3CCUN 4YOYA 1ATRA 2HNZA 1T3VA 5CYMA 4DFMA 1ZBLA 3V9ZA 3K5LA 3AVIA 5AZJA 1BI4B 4JI1K 1KLMA 3ZEUB 4BQZA 3K0SA 4LF6K 1P8ZA 1QHTA 1N5YA 3MWTA 4CJ4A 4O0IA 3AO2A 2A5XA 3NGYA 4BR7A 4B9LA 3O80A 4L3QA 4FVUA 3CCVN 1BGXT 3CCEN 2HHUA 4B3RK 3ZX2A 5C15A 3UE5A 4F8RA 1Q18A 3DXMA 4JRQA 1IBKK 3DLBA 3TPQA 2HMIA 4CEFA 3VQ6A 4DQIA 3SUNA 1O13A 4B1XB 4OVLA 4GMJB 3WUHA 3AVJA 3CPWM 3WXJA 3AO5A 2QTDA 4I6MA 4JK8A 2QEXN 3FGUA 2F9TA 4K42A 1RT4A 4CJ3A 4FOEA 5E84A 1TL1A 1L3TA 4JK9A 3PX4A 1RT5A 1SL1A 2Q97A 4B1WB 2RF2A 5T7BA 4Z4IA 2HSTA 3M5RA 4CIEA 5KTQA 3DYAA 1G99A 5AQRA 4XEIA 1TKDA 3OHRA 4FZXC 4H0TB 3SUQA 1FKPA 4CECA 1J5EK 5C2FA 3ITHA 3DOKA 1OVYA 2YV0X 3ENBA 3IS9A 3O3HA 5KRSA 2KTQA 4FYDA 1OKJA 1FJGK 1H1VA 1J6ZA 1KCFA 3QB0A 4CJQA 4BRHA 4W5RA 1UWBA 5FPEA 2XO7A 3TAQA 4CCHA 4I2PA 4CBUA 5JVHL 1QHAA 1NK8A 2D0BA 5BRDA 1ASWA 1ATSA 1S72N 3S5TA 3WXLA 3VERA 3M3ZA 3AVLA 2ASOA 4WQ4A 3AVBA 1WSIA 2C1GA 2YCHA 3LALA 3MCPA 2KFNA 2G8IA 2P9PB 4CJTA 4CD3A 2O8CB 2JWKA 3SCXA 1F21A 2WFBA 1LWEA 2V52B 3DLRA 2P9KB 4NCGA 4OLAA 4DQ8A 4BQLA 4BGBA 3JSMA 4DR1K 2G8KA 4KHUA 4CFBA 4GVEA 1SKRA 1J9AA 3NFAA 2IAJA 3QEWA 4DG1A 4WQ5C 4FLZA 5AQIA 3O6WA 4CESA 3BZKA 4BRCA 3CC2N 4FJ5A 4CJKA 3O9QA 2V7YA 3CCJN 4A61A 4DTXA 1VSHA 1Z26A 3L4IA 1G15A 1UAXA 2GX9A 2VGMA 2ZWHA 2OCEA 3RMDA 3HSCA 4DSEA 2CGKA 3QDKA 4YDUC 1ZBUA 1RDCA 1BUPA 3MX2A 5AQYA 4IJNA 5SWMA 4K8ZA 2O8DA 4IFYA 4QS9A 2R7YA 4N56A 4FWOA 1FW6A 1VRUA 1KTQA 2D0PA 1T8EA 4IO8A 2HHXA 3ZSXA 1ILYA 3CMEN 3O9SA 2GWKA 2P9NA 1D8YA 1NGJA 2V7ZA 3WXKA 2QK9A 5A2QO 3P39A 3O08A 2HHHK 1I39A 2IDOA 1B9FA 4RCHA 2F96A 4IEIA 3V1RA 2NUBA 5GAHP 1TKXA 3AO3A 3ZX0A 4CK3A 3V9XA 3D2FB 3NVMA 1KLNA 1NGAA 4BVOA 5BR8K 5CE3A 3GDQA 3P83D 4KHQA 4M42A 5JENA 2H3GX 2QWLA 3GOIA 1JCEA 1WOQA 1HYVA 1LAVA 4BWJA 2YHWA 4CEZA 1XI1A 1C0TA 5FPNA 3WEEA 5JMVA 4PQUA 1IKYA 4RW6A 3VQ5A 4JKCA 4Y1CA 1TKZA 4AQYK 4JI0K 1LV5A 1RGIA 4Z94A 2YI1A 3C95A 5M1QA 1S5JA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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