4AM7A

Adp-bound c-terminal domain of actin-related protein arp8 from s. cerevisiae
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
623
structure length
623
Chain Sequence
EIDLNDPTATIVIHPGSNSIKIGFPKDDHPVVVPNCVAVPKKWLDLENSEHVENVCLQREQSEEFNNIKSEMEKNFRERMRYYKRKVPGNAHEQVVSFNENSKPEIISEKNDPSPIEWIFDDSKLYYGSDALRCVDEKFVIRKPFRGGSFNVKSPYYKSLAELISDVTKLLEHALNSETLNVKPTKFNQYKVVLVIPDIFKKSHVETFIRVLLTELQFQAVAIIQESLATCYGAGISTSTCVVNIGAAETRIACVDEGTVLEHSAITLDYGGDDITRLFALFLLQSDFPLQDWKIDSKHGWLLAERLKKNFTTFQDADVAVQLYNFMNRSPNQPTEKYEFKLFDEVMLAPLALFFPQIFKLIRTSSHKNSSLEFQLPESRDLFTNELNDWNSLSQFESKEGNLYCDLNDDLKILNRILDAHNIIDQLQDKPENYGNTLKENFAPLEKAIVQSIANASITADVTRMNSFYSNILIVGGSSKIPALDFILTDRINIWRPSLLSSASFPQFYKKLTKEIKDLEGHYVNAPDKTEDENKQILQAQIKEKIVEELEEQHQNIEHQNGNEHIFPVSIIPPPRDMNPALIIWKGASVLAQIKLVEELFITNSDWDVHGSRILQYKCIFTY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Nuclear protein
molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8
publication title Interactions between the Nucleosome Histone Core and Arp8 in the Ino80 Chromatin Remodeling Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 185
structure length 623
sequence length 623
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am7A01
3.30.420.580 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am7A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4am7A02
4BRPA 3CHWA 2BTFA 3C7NA 4JNEA 3LDOA 5AQUA 4CZKA 1RDWX 1OKJA 2ASMA 2VCPA 1KXPA 1XUPO 2I7PA 3R6MA 3EKUA 2AP1A 4H0VB 4C23A 5BR9A 2FSNA 4FWOA 1JCGA 4BRMA 4BR2A 4MLHA 3A8YA 5FPNA 3VEVA 4BVPA 1YUWA 1NGIA 3VGMA 1CZAN 4H03B 2GEMA 3A5MC 3D2FA 1NM1A 1Z6RA 3L0QA 1HX1A 5ADXA 4H5TA 3I8BA 1HUXA 4FL9A 1V4TA 1MWMA 4Y0WA 2YJEA 2YJFA 3FR0A 4K41A 5F2RA 4BRGA 3ENOA 3EZWA 5KQDA 3ATVA 4BG8A 4GNIA 1LOTB 1BWFO 4FPBA 5AQMA 4FOIA 3CJ1A 5E26A 2P9PA 3HTVA 2V7ZA 3IUCA 4AM6A 3JXUA 2Q36A 1XQSC 4FPAA 3FZKA 5AQRA 1DKGD 3H6EA 5JMVA 2KHOA 4ISEA 2V7YA 5KPZA 4NB4A 4H5VA 4JHDB 5BREA 1NGFA 3FZLA 3H1VX 2Q97A 2GWJA 1TUYA 3QICA 4FSVA 5AQTA 3GG4A 5LJVA 3VEYA 4H0YB 3WEEB 1QQMA 1NGDA 3S41A 1BOTO 1NGEA 4JD2B 4XH4A 2P9KB 5TKYA 4M7YA 5AQIA 3WQUA 2QWQA 4BR4A 4RCHA 1KAYA 4ISGA 4RWTA 3DAWA 2NLXA 4F9OA 2P9UA 4J8FA 4CZMA 3R9PA 3CJCA 4B1WB 1E4FT 2EWSA 2P9KA 3O1BA 4BRNA 5AZIA 1C0GA 2P9IB 3QBWA 3VF6A 3H3OB 3F9MA 1T6DA 4BRQA 1NBWA 5AQKA 2ZGZA 5AQGA 5AQWA 3CJ9A 3O5BA 4CD1A 5AQPA 1GLFO 3KZBA 4DB3A 4QS7A 1BDGA 1LCUA 1K8KB 3CJ7A 5KPTA 4IJAA 5AQSA 1QHAA 3FE1A 1BO5O 1QQOA 4B1YB 4EIAA 2A3ZA 3QB0A 3U9ZA 3C7NB 1WOQA 4FWKA 5F1XA 1G99A 4H5RA 2HF3A 4BGBA 4O8KA 2W40A 2OANA 2W41A 4H0TB 1TYQA 3LDNA 2A40A 3MMVA 4NO7A 4CBXA 4B1VA 4CZGA 4E1JA 2IVOA 4ISFA 2IVPA 4BR5A 1E4GT 3VPZA 5KQ8A 5EXWA 3VF4A 4BC5A 3LDQA 3O80A 4PKGA 3GBTA 2YHWA 4BRDA 4FWPA 4B1XB 3D2FB 1Y64A 1SZ2A 2YCHA 2A42A 2E1YA 4BQLA 4BR9A 5AQFA 5AQYA 4AM7A 4CZLA 4PL7A 1R59O 2ZGYA 3KVGA 3WXIA 3H45C 1NMDA 2FSJA 4WQ4C 5BRDA 3ZX3A 1ZC6A 3BP8A 3P4IA 2HOEA 4MLEA 1GLLO 1HKBA 4HWIA 2P9PB 2QWNA 3H46O 1MA9B 5AQHA 3DXKA 3O4WA 1H1VA 2CH6A 4WQ4A 4GY2B 4CZEA 2FSKA 3RSEA 3WQTA 1X3MA 3JS6A 1NGCA 3BF3A 4FWLA 5BRHA 3H1QA 4H5WA 4H5NA 1BU6O 4JN4A 1S3XA 5EOYA 1XC3A 1U2VA 4FWRA 4BREA 4CZFA 4PKHA 2GTDA 3DJCA 4BR0A 3MDQA 5KPRA 3B8AX 2E2PA 3WUHA 1T6CA 3VETA 2QW9A 4CD3A 2FXUA 4WYBA 5EVZA 5BPMA 2F9TA 3IMXA 5AQZA 2Q1NA 3CJBA 5FPDA 3U4LA 5LY3A 1NWKA 3A5OC 3FZHA 1NGGA 2Q0RA 3O08A 2P9UB 3GOIA 5AQQA 3VGLA 2I7NA 4XH1A 4M7XA 3GDQA 4IXCA 5AZIB 2CH5A 4BGAA 3VEXA 1P8ZA 3A0IX 3QFUA 3WXKA 3VF2A 4B9QA 1QZ5A 2CGJA 3LL3A 1YAGA 2F9WA 2NZTA 3QBXA 1BG3A 1YVNA 4CJ7A 2D0OA 3MN6A 2FF6A 2ASOA 2E2QA 3VEZA 3AAQA 3HZ6A 1HKGA 2A41A 1QQNA 4BRCA 4XH5A 3L4IA 3WT0A 1GLBG 4IWVA 2HMPA 3A5NC 4DHYA 1SAZA 1TUUA 1QZ6A 2FLOA 2QWMA 2Q2RA 1MDUB 1NGAA 4O5FA 2GUPA 5BRFA 2J4RA 3VERA 1TYQB 2QWRA 3O8MA 3BF1A 2Q31A 2E88A 3BUZB 2IIRA 3EN9A 4HTLA 4YDUC 3ZEUA 1HPMA 4QS8A 1U6ZA 4RTFD 3UB5A 2YHYA 5AQOA 2D4WA 2QWLA 2CGLA 2Q0UA 3AARA 4FOEA 4CZHA 4BRAA 1X3NA 4BRIA 3M3ZA 3MCPA 3U8XA 4B1ZA 4MO4A 3W0LA 3ID8A 4YDUA 3VGKA 3ULEA 1C0FA 5FPEA 1BA1A 2P9LA 1NGBA 1JCFA 3UKRA 3MN9A 5AFUH 5EY4A 1D4XA 1GLEG 1ZBSA 3SMPA 3ENHA 4EFHA 5BPNA 3CQXA 1NGHA 4WQ5C 4A2BA 4BG9A 1BA0A 3A5LC 3ZX2A 1ATRA 3DWLA 3DXKB 5FPMA 2QWPA 3R8EA 3UKUB 1ATSA 2VWBA 4LC9B 3D2EB 1V4SA 1NLVA 2ZWHA 4K43A 3RSEB 3J8AA 3SJHA 1EQYA 4I6MB 1ESVA 2QWOA 2H3GX 2E2NA 2P9NB 2BUPA 2NRHA 2YI1A 4WQ5A 1BUPA 3ATUA 5AZJA 1U2VB 3TPQA 5JLFA 2D1KA 1YXQA 4L3QA 1GLCG 4A2AA 1SQKA 3HSCA 2E2OA 3UKUA 1Q18A 4BROA 5E84A 3CETA 1MWKA 4I6MA 3VEWA 3VENA 2P9NA 3D2EA 3EL2A 3CIPA 4BRLA 2QM1A 2E8AA 2P9SB 5ELZA 3VESA 4K25A 1T44A 3M6GA 1HKCA 5AQNA 5AFUA 3LDPA 4IJNA 3L6QA 1HJOA 4BRHA 4CBUA 4JAXA 2FF3B 3AY9A 4CZJA 3FZMA 3I33A 4MO5A 3MN7A 3ZETB 3LDLA 5BN8A 2ZF5O 4FWNA 5JICA 3QDKA 2P9SA 4A62A 4FWMA 4BRKA 2V52B 2ITMA 1J6ZA 2A5XA 2PBDA 4BVOA 3H3NO 5LJWA 4QS9A 3ZETA 4EHUA 5I9EB 2WUSA 3WXLA 1GLAG 1S22A 3IFRA 3UE5A 4EHTA 1DGKN 1IG8A 3MK6A 5AQLA 2HF4A 1DEJA 1GLJO 3IDHA 2UYTA 1RGIA 3GE1A 3FFKB 1ATNA 4BC4A 3WXJA 4BR7A 2D0PA 2GELA 2AA4A 3CQYA 4A61A 4EAHD 4BRFA 1RFQA 2IVNA 3DXMB 3EO3A 3BEXA 2GWKA 2VYPA 4JHDA 4CI6A 4FWQA 1IJJA 1X9JA 5F0XA 3D7EO 1JCEA 4CBWA 1KAZA 4PKIA 3ZEUB 5BN9A 1NGJA 5JLHA 4BC2A 4IZ9A 3O1WA 3VEOA 3AAPA 2ASPA 3FLCO 3WEEA 1GLDG 5AQXA 3QMLA 4H0XB 4JD2A 4Z94A 2QXLA 1KAXA 1ZXOA 4H0OA 3DXMA 4DQ8A 5CE3A 3SMSA 4FO0A 2E1ZA 3ULEB 2PAVA 2P9LB 3FZFA 1WUAA 3W3DA 3UKRB 3OHRA 4BQZA 3MN5A 3M1FA 4KBOA 3C0BA 4XEIA 3EKSA 3U9DA 4FWSA 3FGUA 2E20A 3O6WA 3HI0A 4BC3A 3G25A 4M63C 3HM8A 4K42A 5B8HA 4H0PA 3LM2A 2P9IA 3LM9A 2DPNA 5ADXH 5AQVA 2V51B 5EX5A 3TU5A 4IO8A 5AZJB 3KHYA 3CI5A 1K8KA 5AR0A 3CJAA 5AQJA 3SK3A 3GL1A 3QFPA 1Z05A 3HBTA 3VOVA 5BPLA 3CERA 2A6AA 2CGKA 4PL8A 4B1UB 3SLCA 4CZIA 3ZX0A 4DCHA 2YHXA 1HLUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJFA 3LDOA 4CZKA 1RDWX 2ASMA 3A2FA 1NK5A 2VCPA 4KV8A 2WONA 3EKUA 2AP1A 4H0VB 1LWCA 4C23A 2P5GA 2FSNA 4IOXA 1Q8IA 3G6EN 1WSFA 1YUWA 4Z4FA 1VSHA 1NGIA 1CZAN 3D2FA 3VQBA 1S9GA 3G71N 3MCAB 4H5TA 4C8OA 3AGKA 1MWMA 4KPYA 4Y0WA 2YJFA 3FR0A 5F2RA 4M3UA 4BWJA 4BRGA 2RF2A 1YIJN 4F8RA 1BWFO 4FPBA 2KZZA 4FOIA 4I2PA 5C42A 3C65A 1SKRA 4DTMA 1NJZA 3ZT3A 4CK1A 3IUCA 3TABA 1IKVA 2NRWA 3C6HA 2Q36A 1XQSC 5AQRA 1DKGD 1UOCA 1VSFA 4JKGA 1DTQA 3ZSWA 2HHUA 5BREA 1QSLA 2HHVA 1NGFA 3FZLA 4F2SA 3LZJA 4Q0BA 3THYB 2XY8A 4CEBA 3AVHA 2HBJA 1VQKN 4H0YB 1G15A 1ZBUA 1N36K 5J2QA 1CXQA 4DTUA 1BOTO 4JD2B 4JK8A 4DQPA 3NF7A 4CFBA 3PY8A 3BY5A 3BZKA 4BR4A 4FM2A 2F8TA 4ISGA 1EETA 2EHGA 4CZMA 3P39A 3R9PA 3ZSQA 4YY3K 3O1BA 3LP2A 2B5JA 1C0GA 3QBWA 1RT7A 2BGGA 2DFEA 1NMNA 5C25A 3U6FA 5AQGA 2A1RA 3R1XA 3CQ8A 2YKNA 3CJ9A 3O5BA 5AQPA 1DLOA 3IAYA 5KPTA 2HMIA 1QHAA 3FE1A 1RILA 4B1YB 4BDPA 3QEIA 3EE9A 3PIOL 3F5TA 1KSPA 2JWLA 1Z26A 3QB0A 3S9HA 1NOZA 4DR6K 5F1XA 4O5BA 2HF3A 4B9LA 1TYQA 3ZSRA 4ILGB 4FXDA 4O4GA 5KGXA 4ISFA 1E4GT 1HQEA 3J7ZO 2W00A 4WE1A 3OBWA 5DMRA 4PKGA 4NCBA 4LH4A 4FLWA 1QVFM 4DV7K 2VG6A 2YCHA 1A5XA 2O8BB 3F9KA 4BR9A 3OYAA 4AM7A 4O0IA 2ZGYA 1TGOA 2Z1HA 3VQEA 3M8QA 2HVHA 1RT1A 1IBLK 3VQ5A 4DS5A 1ZBFA 5C10A 1HKBA 2P9PB 3AA2A 4IFVA 1VSIA 5JS1A 4CJKA 3KLEA 2CH6A 1N33K 1RCHA 3BF3A 4FWLA 3H1QA 3P38A 3TAQA 1BU6O 2WOMA 1VQNN 2RHKA 5EOYA 4E7JA 4E7LA 2G8WA 3HOSA 1FKPA 1U2VA 4FWRA 4BREA 1YHQN 4OPHA 1XWLA 4CZFA 4DR4K 3PO4A 3MDQA 4I7FA 4XJXA 1Q7YO 4LFCK 3VETA 2QW9A 4ELVA 5EVZA 1IBMK 5AQZA 3CJBA 1JLEA 3A5OC 3FZHA 1BIUA 1UA1A 2OTLN 2Q0RA 4DTOA 3TAPA 2P9UB 1RBSA 2O4IA 3SQ2A 4CJQA 4B3RK 2UXDK 3K5LA 4IXCA 1OH5A 5AZIB 2CH5A 4BGAA 3VN5A 4IG0A 3VF2A 1QZ5A 2CGJA 3OTOK 1MU2A 3SBGA 4CJ3A 3THXA 1RDDA 2D0OA 1WB9A 2ASOA 3L2VA 2YNGA 4CF1A 3AAQA 3HZ6A 2HB5A 1QQNA 4JKAA 2DFFA 4FJJA 4MQ3A 1RTJA 4DSKA 3A5NC 3U3YA 3DLHA 4DHYA 3AO4A 3PIPL 1OH6A 1XNQK 4I9LA 3M8RA 3AVAA 1NJIO 3NGYA 4KB1A 4U7BA 3O8MA 3B6PA 4CJWA 2E88A 2VGNA 1JL1A 3UIQA 4Z4IA 3QEWA 1EKEA 4NCGA 3ZEUA 4IO9L 4Y1DA 2QI2A 4IOAL 4FM1A 4FJKA 2CGLA 4DF8A 1XC9A 4FOEA 2KW4A 4BRAA 3K58A 4Z4EA 4YDUA 2Y1JA 3ULEA 4EP5A 3AA3A 5DK5A 3O9SA 5FPEA 1BA1A 2P9LA 3K0SA 1BQNA 4DSIA 4JLHA 3MXJA 5EY4A 4DSJA 4CJ5A 5BPNA 3KLGA 1IH7A 4AF1A 3DXKB 2VWKA 3CFPA 4JKBA 5FPMA 4CK3A 3JSMA 3ZSXA 3NDKA 4N5SA 1KD1O 5HBMA 1VRUA 1NLVA 1RT5A 1CLQA 4I6MB 2E6MA 2H3GX 1W97L 2NRHA 1D9FA 4WQ5A 3ATUA 3T3FA 5M1QA 5JLFA 5E41A 4A2AA 4OGEA 5FDLA 3O3HA 3CC7N 3PSFA 5TKWA 3J81O 3N4QA 3JYTA 3HP6A 3SPYA 4OLAA 4JEPA 2E8AA 5ELZA 4N41A 5AQNA 4IJNA 2GUIA 4CBUA 4JAXA 2XY6A 4F3TA 2KZMA 1KRPA 4CHPA 4MO5A 3MN7A 3E9LA 4JK9A 2NRXA 4F2RA 2BH1A 1Q86O 3MEDA 5JICA 1K8AO 4DV2K 3DLEA 1M90O 3VQ6A 4IFYA 4DTRA 4FJ7A 4YORA 4BRKA 2V52B 1TL3A 4ICLA 3CG7A 2ZQBA 3AO2A 4DQRA 2PYJA 3H3NO 5KRTA 2NRRA 3BZCA 3LP1A 3ZETA 4EHUA 3WXLA 1N34K 4B8AB 1DGKN 3CC2N 4OKJA 3CCJN 2X74A 2UU9K 3GE1A 3FFKB 1S6QA 4RW4A 4LF5K 3WXJA 2D0PA 1TKXA 4LY7A 1JLBA 2HBLA 4CGHA 5DM7L 3EO3A 4DUZK 3PLAA 2WFBA 3PSIA 3I55N 3HSTB 3P5JA 5C2DA 2G8VA 4BE7B 1JCEA 4OPJA 1KAZA 4PKIA 3NE6A 3CFRA 4E0DA 1NGJA 1VQ4N 4G9ZA 3AAPA 3OS0A 2XY7A 1GLDG 4DR2K 3CYGA 1YTAA 4DG1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3QER A;  3LAM A;  3V6D A;  1JCF A;  3SQ0 A;  5AFU H;  2GBZ A;  1ZBS A;  3RTV A;  4EFH A;  2YHB A;  4DFM A;  3CQX A;  4WQ5 C;  2VQF K;  1BA0 A;  1L3U A;  4NXN K;  4R79 A;  1KC8 O;  4B9V A;  3E01 A;  3R8E A;  3UKU B;  1ATS A;  2VWB A;  5KRS A;  5SZT A;  4FJH A;  4CVN E;  3MAQ A;  4K43 A;  4FJ5 A;  3RMD A;  3OBY A;  1EQY A;  3NFA A;  1ESV A;  4W5Q A;  3PO5 A;  2QWO A;  2P9N B;  2E2N A;  4JYA K;  2BUP A;  1EX4 A;  1C0M A;  5AZJ A;  2O8E A;  1HNV A;  1VSM A;  4E1N A;  4DTP A;  1Q18 A;  3G0Z A;  4BRO A;  4A5B A;  2D0B A;  1MWK A;  4J2A A;  4I6M A;  3WNG A;  3EL2 A;  3D2E A;  4BE2 A;  1DTT A;  2P5O A;  5HRN A;  1S1X A;  3CIP A;  2QM1 A;  2PY5 A;  4FK4 A;  2P9S B;  1HKC A;  5AFU A;  3LDP A;  3L6Q A;  1HJO A;  4KI6 A;  3PUF A;  1W2B M;  3AY9 A;  3LPT A;  3FZM A;  3G10 A;  3I33 A;  1VSK A;  4LF4 K;  4TSX A;  1WSH A;  3ZT2 A;  4KHU A;  1HPZ A;  4IFE A;  5GIP A;  3QDK A;  2R7Y A;  2FBY A;  2BAN A;  4FWM A;  1JKH A;  3VQ4 A;  2O8F B;  5HL7 L;  3AVC A;  1J53 A;  5GAD P;  4QS9 A;  4PWD A;  1YVU A;  3VTI A;  4FLU A;  2WUS A;  4E3S A;  1S22 A;  4HCB A;  3IFR A;  3UE5 A;  2KQ2 A;  4FLZ A;  4EHT A;  4GW6 A;  4KAZ A;  1IG8 A;  1RTD A;  2HF4 A;  3WNH A;  1DEJ A;  3CCQ N;  2G8U A;  4MFB A;  4B9S A;  5IT9 O;  4EAH D;  4BRF A;  3AVM A;  1ASW A;  2Z1I A;  4LH5 A;  4JHD A;  2KLA A;  4M3Z A;  2HHI A;  1J54 A;  5J2P A;  3VQP A;  1JLF A;  5BN9 A;  4Y1C A;  2BDP A;  4FZY A;  4BC2 A;  2P1J A;  2ASP A;  1L3V A;  3WEE A;  4B08 A;  1JLG A;  2HNZ A;  3TAE A;  1NK0 A;  2QXL A;  4OJR A;  1KFS A;  3SUQ A;  1RTI A;  5CE3 A;  4AHR A;  4N76 A;  3UKR B;  4CFA A;  1Z25 A;  3M1F A;  4JS4 A;  1NK9 A;  4KTQ A;  3EKS A;  4CGJ A;  1D5A A;  1TK8 A;  3O6W A;  1I94 K;  4CHZ A;  4BC3 A;  1VQ7 N;  1Q82 O;  2IAJ A;  3AV9 A;  4FJL A;  4J2E A;  5B8H A;  2P9I A;  4LF9 K;  2DPN A;  4CES A;  3HM9 A;  4C8N A;  1LV5 A;  3G4S N;  1RDU A;  3MXM A;  2FC0 A;  3CI5 A;  3E9O A;  3VQQ A;  1JLQ A;  3CJA A;  3MEG A;  2IDO A;  3NVM A;  3AA5 X;  4DSL A;  2A6A A;  5T7B A;  3V9Z A;  3SQ1 A;  3ZX0 A;  4CJU A;  4CJV A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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