4AZC | Genus

Total Genus 162

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	162
sequence length	421
structure length	421
Chain Sequence	GSHMEKLAKNKVISIDAGRKYFTLNQLKRIVDKASELGYSDVHLLLGNDGLRFLLDDMTITANGKTYASDDVKKAIIEGTKAYYDDPNGTALTQAEVTELIEYAKSKDIGLIPAINSPGHMDAMLVAMEKLGIKNPQAHFDKVSKTTMDLKNEEAMNFVKALIGKYMDFFAGKTKIFNFGTDEYANDATSAQGWYYLKWYQLYGKFAEYANTLAAMAKERGLQPMAFNDGFYYEDKDDVQFDKDVLISYWSKGWWGYNLASPQYLASKGYKFLNTNGDWYYILGQKPEDGGGFLKKAIENTGKTPFNQLASTKYPEVDLPTVGSMLSIWADRPSAEYKEEEIFELMTAFADHNKDYFRANYNALREELAKIPTNLEGYSKESLEALDAAKTALNYNLNRNKQAELDTLVANLKAALQGLKP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
publication title	Inhibition of the Family 20 Glycoside Hydrolase Catalytic Modules in the Streptococcus Pneumoniae Exo-Beta-D-N-Acetylglucosaminidase, Strh. pubmed doi rcsb
source organism	Streptococcus pneumoniae
total genus	162
structure length	421
sequence length	421
chains with identical sequence	C, D
ec nomenclature	ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date	2012-06-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00728	Glyco_hydro_20	Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1270.90	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2	AF1782-like	4azcB02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4azcB01

4CVWA 2BXZA 2WANA 2JIEA 1JYWA 5E0FA 4EANA 3JUGA 3OLDA 1UKQA 2A3HA 1E9LA 1W9VA 2YA2A 3BCFA 4FLRA 5BCAA 1E4MM 3U7BA 4AD1A 2JFEX 4WJXA 4CGTA 3L4VA 1WO2A 1CXLA 1DWJM 4TVCA 2DH2A 4P7NA 1J10A 5I3DA 3O9NA 2V38A 4MDPA 1J0YA 1RP8A 1VIWA 4L4OA 5FD0A 1VF8A 4JKMA 4NI3A 1YHTA 4W7VA 4WSKA 1W9UA 3OZOA 4CN4A 3QOKA 1GQKA 4S3JA 2QV4A 3E1F1 1EHNA 3CZEA 1KFWA 1ESWA 2GJXB 1E1EA 5CXPA 1K9FA 1B3VA 5A3HA 3ZIZA 2D24A 2VT0A 4QDMA 2V5DA 4PMNA 4JHZA 3W0KA 4M82A 5EBAA 2PBGA 4PTMA 1XYZA 3VDCA 3WDQA 5A2AA 2E40A 3K4AA 2XTKA 3EYPA 3L4WA 3WF1A 4PBGA 1UA3A 2OSYA 1A47A 5A8PA 2C0HA 4IPNB 2W67A 3TTYA 2ZWYA 3RPMA 2C8NA 1EIBA 1PEZA 2VRJA 3TTSA 3OZPA 1BF2A 3K4DA 4D6JA 2W91A 1TFVA 3AI0A 3AS1A 2X2YA 5AC5A 3CZKA 3TP4A 3AIBA 1EOKA 3WIJA 3ZMRA 4MJ4A 3SEPA 2WYSA 4CU6A 2BNJA 1TMQA 3BAIA 3GBDA 2DIJA 3DC0A 4AZ6A 1UWIA 1VB9A 3WBEA 3L4XA 3SUVA 1R7AA 5IHRA 1OGSA 1XD1A 1UD5A 2VCAA 4GPNA 1QOXA 1OWQA 2PB1A 2HISA 3WQ6A 2XYLA 1E4NA 4P8VA 1NH6A 1J9YA 1EQCA 1C92A 1UG6A 3OB8A 3OLGA 1VJSA 1CLXA 1GOKA 1CGVA 1Q6CA 3QHOA 2J75A 1UR0A 4TX6A 4FLSA 5A2BA 3GXIA 1CXFA 6A3HA 5D4YA 3T0AA 5D9MA 2WCGA 4W88A 2OYKA 1VRXA 2YL6A 3VM7A 3N12A 3WENA 3T2PA 8CGTA 2D22A 4YPJA 4QLKA 3VIPA 3NCOA 1XSKA 1LL6A 2WHJA 2OLHA 1QNOA 3VNYA 5A8MA 1HVXA 3KEHA 4JFVA 1J0ZA 1HJWA 1WZAA 1XYFA 4AZ7A 2D0FA 1G94A 3N13A 1LJYA 2AMGA 4WLCA 4A3HA 3AZRA 2GUYA 4M56A 4Z2JA 2XIIA 1CGYA 2O9OA 1OIMA 2WCSA 1WKYA 4MJ2A 2JNKA 3CUHA 1Z32X 3T0BA 1VEMA 2YOCA 2ZX8A 1K9TA 1K9EA 3TOPA 2Y4SA 2QHAA 4P7LA 5C8BB 4LYPA 1BHGA 4H2CA 3W29A 3AISA 1DWGM 4PUDA 4MNJA 5EB8A 1BPLB 4BQ3A 1EO5A 1V3JA 4J7RA 2CHNA 1E6QM 4FLQA 3MUZ1 1JZ5A 4CN1A 4ATWA 4H8HA 6CGTA 3CZ8A 4BZYA 3ZJ6A 3NDZA 1XV8A 2WSPA 2ZOXA 2VTFA 3S2CA 5A6MA 3MMWA 3J7HA 1GUVA 4Z2LA 1UWUA 4EKJA 3K8MA 4P8XA 1JDAA 3WUEA 1UD3A 5AY7A 4C7GA 1H4PA 1A3HA 1KXQA 2BHZA 5JBEA 4PUEA 2YA0A 1R7OA 5A6KA 2PC8A 1GHSA 3RCNA 2ZX7A 1DWAM 1CNVA 3ZR6A 2V3FA 4PCTA 1NM9A 1JNEA 4AZ5A 4MB3A 2G41A 3B9EA 4XV0A 2VR4A 1E6PA 3IK2A 1V0LA 4PCSA 2ZICA 3N11A 1LG2A 4J3XA 3CUFA 2VQTA 2XPKA 2CBVA 1UH2A 3M46A 3APGA 3AIVA 3ARRA 3AS3A 1Q6EA 2QPUA 2CBIA 1KXTA 3UG5A 3QGVA 3A6OA 1V3LA 1PX8A 1QW9A 3MMUA 5DO8A 1NOUA 4KRTA 4J28A 3WMSA 5ABHA 1E6XM 4H41A 8A3HA 2J8GA 1C91A 1NOFA 1EXPA 2Z1KA 3SUWA 1GW1A 2GK1A 1J0KA 1HT6A 5AC4A 3GNRA 5I23A 4C7FA 4F66A 4AIOA 3VIIA 3MMDA 2J74A 3WUBA 4AD3A 1CXHA 1V6XA 2VX7A 1E0VA 4QAWA 1BSIA 1GOQA 3WD2A 2W66A 3UR7A 1XGZA 5A6BA 4E4PA 1U2YA 1VEPA 2VI0A 3NIYA 5BRQA 1XSIA 1EQPA 1RD6A 2X0HA 1JYNA 3FNDA 3D5HA 4D1JA 4MAZA 1XCWA 4L4PA 3PZGA 2PBOA 3AMLA 3AIEA 4NF7A 2XHYA 4MB5A 1HJUA 2EPLX 2O9RA 2ESCA 3RMEA 5CPQA 1CENA 3OLIA 5CPSA 1ODUA 1Q6GA 4E8DA 4U3AA 1CPUA 4OBRA 1UR8A 4URIA 3UERA 4ACZB 2XVNA 3VNZA 5LYRA 2QMJA 3OBAA 4KRUA 4UQDA 4HU0A 5GNXA 3WUFA 5CLTA 4WK9A 3ARYA 4FZPA 1JF5A 2XSBA 3WEMA 5CPTA 5I2UA 3EMCA 1KWKA 2GJPA 2DT1A 4W89A 2CITA 3CHDA 4UQAA 1CZ1A 1G9HA 2VZSA 1UR2A 3A4WA 3I3BA 1FFQA 2JE8A 4PMXA 3W38A 2AAAA 3IANA 3ECQA 2E4TA 1WDPA 2XIBA 1TZ7A 4NZCA 1NWTA 3B9DA 1G5AA 4PMQA 3NSNA 1NP0A 4CKQA 2YIHA 1JAKA 2VQUA 1UWSA 2GDVA 2FHBA 3WY1A 3CBWA 4F79A 4UZUA 3ZJ8A 3WF4A 2WZHA 1PBGA 3WH8A 4MAVA 3CMGA 4HOWA 2D3NA 2ZIDA 4H8VA 4MNKA 4W8BA 2BY1A 3W4RA 2Y8VA 4RE3A 3AIWA 1V0NA 4JL1A 1OB0A 3U5UA 1MXDA 2PI6A 4PTVA 2DEPA 3L4YA 3KE0A 3SIMA 1JZ3A 3FAXA 4A4AA 3GH4A 4HZ6A 1QI4A 5ABGA 2YBUA 2QPSA 1J0HA 1HJVA 4ZXLA 2J7DA 3WUGA 1US3A 1UKPA 3GNPA 4ZEPA 3BAWA 3PZ9A 3W6LA 4JHOA 2BY2A 5KEZA 1LG1A 3FHQA 1UD2A 7CGTA 4JAWA 2EXOA 2ZX6A 3FHAA 1H0GA 3GDBA 3PZNA 1OIFA 3WQ4A 4M8UA 3WDRA 3ZM8A 1QHPA 4UOQA 1LWJA 2Y24A 1WDRA 3II1A 3L2MA 3L4ZA 2DDXA 4HMCA 4GI8A 4UFMA 2W92A 2CXGA 4YHGA 1OD0A 2WVTA 2Y5EA 1UHVA 4PMZA 2YJQA 2XGIA 3WF2A 3VGDA 3AMKA 1XC6A 2J7GA 5ABFA 2XVGA 1FH9A 2ZX5A 4HOXA 1QVBA 4LGXA 1KXVA 2WZIA 4CUCA 2D23A 4HU8A 2CKRA 5A69A 4W7UA 4U5KA 4AXNA 1PZ2A 3A4XA 1HF6A 3BXWA 3U57A 4AEFA 1H09A 4FK9A 1NWUA 1W1VA 3O2LA 2DSUA 2CERA 1QW8A 3ZT6A 1RPKA 4R5EA 4OUEA 3AROA 3BC9A 4IM4A 1KGWA 2DSZA 1CLVA 1X1NA 3NJ3A 4RE2A 1KGXA 3EDDA 1BYBA 5E09A 5BXTA 2IUZA 5GNYA 3NSMA 4EAMA 2EPNA 3QOMA 3GM8A 1KR0A 1JZ2A 4CD5A 4W87A 1BLIA 1QHZA 3FN9A 1GOIA 3WH7A 4CN6A 1AMYA 3QHMA 1W3LA 4PEEA 3VIMA 3POHA 3GNOA 1MWOA 1NOWA 2ZUUA 2WVVA 3EDJA 2HVMA 2XG9A 3HU7A 2O92A 3WSUA 4FMVA 2PWFA 3BAJA 4W8AA 3SCRA 5I0DA 4DWSC 2CEQA 2VJXA 2WMFA 4D6FA 4PMVA 1UWRA 1SFSA 3L4UA 3GH5A 3WH5A 1KGUA 1KBBA 4UOJA 4P7RA 2ZUNA 4AD0A 1Q6DA 1I75A 1FHDA 3VILA 4BA0A 1CGWA 2XVKA 3VGFA 1UR9A 3FAWA 1JZ7A 2ZUWA 3WBAA 2E0PA 3F5LA 3N04A 2WM0A 3GXFA 1GNXA 4PMOA 4MTVA 4HA4A 5CJ5A 3AHVA 1WZKA 3G6LA 3ARQA 2J77A 3RILA 1OGBA 4W5ZA 4JKLA 3W81A 1ODZA 4W93A 4MNMA 3BH4A 3ARWA 1CIUA 3WQ5A 5A6LA 3UCQA 4CD8A 1L8NA 4KMQA 2WVVB 3AIRA 1UD6A 1QI3A 3ALFA 4GI9A 5AYIA 3VINA 2WWCA 2QLYA 1WAWA 1KB3A 1GQJA 3OG2A 4JCLA 3L2LA 4W86A 3CTTA 1HVQA 1W2PA 1IZJA 1JAEA 2WVSA 3AQUA 4DWSB 1KQZA 4B15A 3TONA 1TA3B 1JD7A 1H1NA 2BY0A 2WHMA 4D71A 1E6ZA 2D2OA 3WNKA 1FHLA 3CZLA 1BYDA 1ZBKA 3T0DA 4Q22A 1JZ8A 2WBGA 5C71A 1W9DM 5JUVA 3MV11 4HPHA 3VIHA 2EPMX 3WMBA 4LQ1A 4XX6A 5FL0A 1F4AA 1I1WA 1GOOA 1EHAA 2TAAA 3WNMA 3B8SA 4EK7A 1QI2A 1CYGA 2CPUA 1TR1A 5A2CA 3WQ8A 2PWHA 1MW0A 3K8KA 2A3CA 3ZJ7A 1CWYA 2YDRA 2DQXA 1JG9A 1C8XA 1V0KA 3O6AA 1U30A 4KGJA 3OLEA 4BCEA 3SCVA 2W5FA 4IUGA 1LF1A 1LLOA 4ML4A 2YL9A 3BAXA 3ARSA 2VX4A 1OM0A 1ISVA 3AIUA 2GJRA 5LA1A 1QNSA 3BSHA 2PMRA 1QI5A 1ZBVA 1C7TA 2DSVA 2VURA 1XH0A 1JIBA 4MB4A 4MDOA 1W1TA 2YA1A 3GTNA 2CESA 4X9YA 3N18A 2X05A 4ZFMA 4JKKA 1ISWA 1YQ2A 3NDYA 2PWEA 3IAQA 4D6IA 1JNDA 2F61A 2WAGA 5EFDA 5D9NA 2BVYA 1OINA 3WNOA 1DWIM 1V03A 2J78A 2G4FA 3MU7A 4HPGA 3W25A 3VIFA 1GZJA 3B9AA 1NARA 2WMJA 1AQHA 4AZIA 1W91A 1UZ1A 2EPKX 1MXGA 4FF5A 2DGAA 2OSXA 4HA3A 3AICA 1G1YA 5D8WA 2WMIA 4M29A 4MB1A 3W6MA 3S6TA 5C70A 1BYAA 2CNCA 1GHRA 4M24A 1OT2A 4W8LA 4IISA 4UCFA 1W9XA 3MANA 2RGMA 4ATDA 4HOZA 2O9PA 4PMUA 3BLPX 2QF8A 3VD5A 3VGGA 4D6EA 4HMDA 3UESA 3SUUA 1E1FA 3OA5A 4QFUA 1E70M 3VTRA 5IDIA 2MANA 4NRRA 4GIAA 3T08A 1EDGA 1JI1A 1E6SM 4U3CA 3PZVA 5ABEA 4GZIA 4S3KA 3AS2A 3ZO9A 3W24A 1Y7VA 1JDCA 4CD4A 1EA9C 1QNPA 1HL8A 3ARXA 3AXHA 1ZJBA 4AD2A 2WC4A 4UQEA 4AYSA 4A3YA 1CTNA 3VIKA 1TVNA 4AWEA 2IXUA 2VC9A 4DUXA 2BHUA 4HA1A 3GXDA 3VD4A 4B3KA 1NWSA 1W3JA 4U5IA 1JD9A 4XUYA 4BS0A 2YL8A 3W28A 1OCQA 3MSDA 2IXVA 2ZXAA 3QR3A 4QLLA 2WK2A 4JFTA 2WVUA 2J4GA 3RM9A 4AZCA 4QLJA 1EGZA 2VCBA 1HKIA 2ZUVA 2X8RA 2V3EA 3BGAA 2D1ZA 2F2HA 3EBVA 4UTFA 2XM2A 2W62A 4TXEA 1V3IA 3ZSTA 1TE1A 3PBGA 3PN8A 3AMGA 2AOSA 1FOBA 3OGRA 1ITXA 2DT3A 1FH8A 5I5RA 3VVGA 1HJSA 4UFHA 2OSWA 3K8LA 3GYCA 5GNZA 3G6MA 2OO2A 2A3EA 4P8WA 3VU2A 2FH6A 4KH2A 5BRPA 1UR1A 4E8CA 5FIPA 2XUCA 2G3NA 6TAAA 3RDKA 4AIUA 1SMAA 2W61A 1E72M 3KL0A 1BQCA 3VUPA 1V6WA 1D7FA 2ZUMA 1KCLA 5IXEA 2J25A 3BCDA 3SUSA 3AJ7A 1B90A 5A94A 5BYWA 4AZCB 2J79A 1E4LA 3K1DA 3AZSA 1E5NA 4XZBA 4AZHA 1J12A 1W1YA 4F8XA 3PZUA 2G3MA 3WDPP 4WF7A 1V02A 1JF6A 3A4AA 3CH9A 5DT7A 4GQRA 3WFLA 5CGTA 1HKMA 1GOWA 1EO7A 4R27A 4KWUA 1MFUA 3ARZA 4Y7EA 5I78A 1H5VA 3THCA 1C3FA 3UG4A 5A6JA 3PTQA 3VGBA 2XWDA 4JFSA 4OZOA 4XB3A 2GK1B 3HN3A 4B16A 2YKKA 3UETA 3CPUA 1E0XA 2Y2WA 2VRQA 4LXFA 1IV8A 2EO7A 1W9PA 2BFGA 3AXIA 1NQ6A 1BFNA 5FL1A 1UA7A 1OBAA 4J3UA 1MVYA 1BG9A 3WF3A 5AYBA 3VGHA 2G3IA 1E6NA 3GBEA 2CETA 3FXYA 1W1PA 3A3HA 3WL1A 1V6UA 2X09A 1PJ9A 1DWHM 2VVNA 4ATLA 2G8ZA 2WXDM 4JIEA 3VIGA 1BYCA 1JDDA 2EJ1A 3BAYA 2A3AA 2XFRA 5D9OA 1JFXA 2VX5A 3AFBA 4M1RA 2EBNA 3SCPA 3WNLA 2X0YA 2WB5A 3F4VA 3VIJA 3WNNA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3FJN A;  1Z8A A;  1FA2 A;  1TA3 A;  4CU8 A;  1A0C A;  4NVT A;  4FAL A;  2W79 A;  3LK6 A;  3W1M A;  3UA4 A;  3MI6 A;  3L0N A;  4AD5 A;  2HCV A;  2ADA A;  7PTD A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4AZCB

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