4B1VA

Structure of the phactr1 rpel-n domain bound to g-actin
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
370
structure length
352
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRSYVGDEAQSLTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
total genus 133
structure length 352
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1vA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1vA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1vA03
3H1VX 3VF2A 4CBUA 4B1ZA 1S22A 1EQYA 4JHDA 4MO4A 3EN9A 2P9SA 5AQLA 1NWKA 1YAGA 3VGLA 3RSEA 3F9MA 5E26A 4QS8A 5AQFA 4CBWA 3BP8A 2CGKA 4GY2B 5AQSA 5BPMA 1YVNA 3BEXA 4FOEA 5EX5A 3BUZB 1BO5O 3CJ1A 1RDWX 1RFQA 1X9JA 3VGKA 1JCGA 1BDGA 4RCHA 4A2AA 4AM7A 3EKUA 3QICA 3CHWA 1XC3A 3C7NA 4BC2A 3SLCA 4XH4A 3DAWA 3LDNA 3UE5A 2Q97A 5AQQA 1ESVA 5AZJB 3AAPA 4CI6A 3I33A 2YJFA 3FZMA 1NGDA 2QWPA 3ULEB 3TPQA 4M7XA 5KPTA 1KAXA 1X3NA 3D2FA 3VEVA 4BG9A 3O8MA 4HWIA 4H0OA 2D0PA 2A5XA 5AR0A 4MO5A 3JXUA 4BR0A 4A2BA 2QWRA 1RGIA 2HMPA 3IUCA 4LC9B 3DXMB 2CH5A 2E2PA 4H5TA 3ZETA 2YHXA 2HF3A 1NGEA 2E20A 5AQHA 4AM6A 3ZX0A 2ASOA 4CZKA 3A0IX 4ISFA 4H5WA 3CQXA 5AQZA 5AQOA 3WEEA 2YHWA 4Z94A 5AQVA 3VOVA 4GNIA 5BRFA 1D4XA 1IJJA 2CGJA 1NGJA 1NLVA 4JN4A 3B8AX 4IZ9A 2QM1A 3VEWA 3GDQA 4BG8A 2QWNA 1X3MA 4FWLA 1R59O 1E4FT 1WUAA 1BU6O 1QHAA 2GEMA 3WXIA 3UB5A 3M3ZA 1NBWA 1U6ZA 5JICA 4EFHA 3VF4A 1CZAN 4NB4A 1BWFO 4IXCA 3ENOA 3O5BA 4BRCA 3LM9A 1HKCA 2IVOA 4RWTA 1OKJA 1DGKN 2ASMA 1J6ZA 4RTFD 3CJCA 4O5FA 2QWOA 3IMXA 4CJ7A 3DXKB 4B1YB 5LY3A 2J4RA 2QWQA 3L0QA 3P4IA 2FXUA 3H3OB 2FSNA 4BRDA 4CZLA 1TYQB 4BGAA 2ZGZA 5BRDA 1GLEG 4BVOA 2F9WA 4K25A 2YCHA 3VENA 1LOTB 3GOIA 2AP1A 5FPEA 3OHRA 2P9IB 1QQOA 5JLFA 4Y0WA 2IVPA 5AZJA 5ADXH 2CGLA 5BN9A 5KPRA 3VEXA 2E2NA 4FPBA 1HJOA 2IIRA 4I6MB 3CJ9A 5BPNA 1ZXOA 3SMPA 1ZC6A 5AQRA 4FWMA 3ULEA 2D1KA 1KAYA 2A6AA 4BRQA 3ID8A 4XH1A 3GBTA 3FZLA 3G25A 3D7EO 4MLHA 4BRIA 3O4WA 3VEYA 2GWJA 2CH6A 1MWKA 5BN8A 4EIAA 4FPAA 1LCUA 1NGBA 3IFRA 3M1FA 5FPDA 3FGUA 3DXMA 4JD2B 3CJBA 2A41A 3EO3A 2QW9A 1T44A 3QFPA 1U2VB 4FOIA 5JLHA 2P9UB 2I7PA 4C23A 5CE3A 3HTVA 4XH5A 1G99A 2VYPA 2ZWHA 4H5RA 3H1QA 2W40A 1Z6RA 4NO7A 1ATNA 2FF6A 2P9NB 3BF3A 4IWVA 4PKHA 3VETA 1QZ5A 4WQ4C 3I8BA 2P9KB 1Z05A 3H45C 3KZBA 4CD1A 3C0BA 2NZTA 4IO8A 4H5NA 3MMVA 3D2EB 3HBTA 1T6CA 3FZFA 2P9LB 5AQPA 2KHOA 3W0LA 2ASPA 4EHUA 3FZHA 3MN9A 2GUPA 3A5LC 1T6DA 3JS6A 3DXKA 4BREA 4WYBA 5KQDA 2FSJA 3CETA 3HZ6A 1XUPO 4CD3A 1TYQA 4L3QA 3QMLA 4BVPA 5AQYA 4BRGA 4CZGA 4B9QA 1NMDA 4CZEA 5AQIA 2ITMA 2P9IA 1IG8A 4J8FA 5EVZA 2FLOA 5ELZA 1QZ6A 2E1ZA 1E4GT 2YHYA 4A62A 3HI0A 5EXWA 3SK3A 4I6MA 3UKUB 1GLCG 4WQ5C 4PL8A 5AQMA 2EWSA 2GWKA 2QWLA 4MLEA 1SAZA 2BUPA 1JCFA 3ATVA 3VGMA 5AFUH 3MCPA 4IJNA 4BGBA 2WUSA 4H0VB 3AARA 5F1XA 3KVGA 4E1JA 1NGGA 1Y64A 5KPZA 4K42A 3CQYA 4PKGA 1YXQA 3CJAA 4JD2A 1S3XA 4ISGA 2NLXA 1QQNA 3WUHA 2A42A 3LDPA 2Q2RA 3A5OC 5E84A 5BREA 5AZIB 3VEZA 1GLFO 1U2VA 4WQ5A 2P9UA 2ZGYA 3H6EA 4DCHA 5LJWA 1HLUA 3FE1A 4BC4A 2P9PB 4ISEA 1GLLO 2Q31A 4B1VA 1GLAG 3VERA 3LDLA 1P8ZA 4DQ8A 5EOYA 5JMVA 4CZHA 4DB3A 4BRPA 3ZX2A 2V52B 1GLJO 2FF3B 4EHTA 1YUWA 3D2EA 3U8XA 5BPLA 2FSKA 3S41A 1HUXA 1V4SA 3O80A 2P9LA 2YI1A 4BRAA 3R6MA 3UKRB 1HKBA 4H0YB 1H1VA 4HTLA 3VPZA 5AQKA 4B1UB 4BRMA 5BR9A 3BF1A 3CIPA 4M63C 4XEIA 4BRFA 1JCEA 1HKGA 3WQUA 2D4WA 4H0TB 3VESA 1HX1A 3WT0A 4DHYA 1XQSC 1BA1A 2ZF5O 5TKYA 4BRNA 3ZEUB 4FWSA 1NGHA 1GLBG 1MA9B 5ADXA 3HM8A 1WOQA 3HSCA 2AA4A 2IVNA 3H46O 1KXPA 3WXLA 3CERA 2E1YA 1ATSA 3FR0A 4CZMA 1K8KB 3IDHA 3EZWA 2GTDA 1BA0A 3UKUA 2V7ZA 4FO0A 5AQUA 4KBOA 4H0PA 4F9OA 4H5VA 3U4LA 2V51B 2A40A 2DPNA 3A8YA 2E88A 3FLCO 1BOTO 3L6QA 3QFUA 4BR2A 3QBWA 4IJAA 3DWLA 3W3DA 2VCPA 3MK6A 3O1WA 4H03B 4BR7A 2NRHA 2D0OA 4QS9A 3LL3A 2A3ZA 2QXLA 1HPMA 4BR4A 3LDOA 2BTFA 2I7NA 1Q18A 3J8AA 4FWRA 1NGFA 5AZIA 4WQ4A 3MN6A 3CI5A 5AQJA 5EY4A 4B1XB 3FZKA 3U9DA 1TUYA 3R9PA 4BROA 2P9PA 1BUPA 3GG4A 2QWMA 4EAHD 2Q36A 4FWNA 3QB0A 1GLDG 3ATUA 5FPMA 5KQ8A 1SZ2A 4JHDB 5BRHA 5LJVA 4K41A 2P9SB 5F2RA 3QBXA 3QDKA 3WXJA 2GELA 4YDUC 4JAXA 3RSEB 1MDUB 3AY9A 3ENHA 5FPNA 3WQTA 2VWBA 4FWOA 1NGCA 4M7YA 3UKRA 4CZIA 2UYTA 2PAVA 3O08A 3EL2A 1V4TA 2OANA 3C7NB 1ATRA 2HOEA 4PKIA 4QS7A 5AQGA 2E2QA 4PL7A 1DKGD 4BR9A 3ZX3A 5B8HA 3VEOA 2YJEA 3O1BA 1NGIA 2H3GX 4YDUA 4CBXA 3ZEUA 3U9ZA 4FWPA 4BRHA 2Q0RA 2Q1NA 4FWQA 4CZFA 1C0GA 1NM1A 1C0FA 4BQZA 3GE1A 3O6WA 3D2FB 4B1WB 2P9NA 3GL1A 2HF4A 3A5NC 3WXKA 3VF6A 1K8KA 4CZJA 3L4IA 3DJCA 2E8AA 1BG3A 5AFUA 2P9KA 3R8EA 4BC3A 2PBDA 3ZETB 3M6GA 1MWMA 4FL9A 1DEJA 5AQWA 1TUUA 3EKSA 4FWKA 1NGAA 3MDQA 3CJ7A 4A61A 4BR5A 2Q0UA 3AAQA 3LM2A 5AQTA 3WEEB 3H3NO 3SJHA 4JNEA 1QQMA 2W41A 3KHYA 3MN7A 4K43A 4FSVA 4BQLA 5I9EB 3MN5A 5AQNA 4H0XB 5F0XA 2E2OA 1ZBSA 4O8KA 4BC5A 1KAZA 3LDQA 3FFKB 3TU5A 2V7YA 4BRLA 3A5MC 1SQKA 3SMSA 4BRKA 5AQXA 2F9TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CBUA 4FM2A 1VQ4N 4N47A 1YF5L 1ZBIA 3BZKA 3BP8A 2CGKA 3BEXA 3N4QA 3NGIA 1BO5O 4IDKA 4FJKA 1BDGA 1XC3A 3C7NA 3K5LA 3SLCA 2KZZA 4RG8A 3DAWA 3LDNA 3MWTA 4DV7K 4CVNE 1XHZA 1S9EA 3SI6A 3OYJA 4CF9A 4KO0A 5GADP 4B9NA 3NH2A 3ULEB 4EP5A 4JKGA 3D2FA 4CJQA 4W5OA 4H0OA 1S1TA 5LMNK 1RBSA 1TKXA 1VSHA 3TTDA 4MO5A 4BR0A 3MEDA 4A2BA 1FKPA 3TAQA 1RGIA 2HMPA 4HCBA 2CH5A 3G4SN 3G0ZA 4J2EA 3ZETA 2HF3A 1NGEA 1YTUA 4CZKA 3HYFA 3L2WA 3TTCA 1ZYQA 3T69A 3SQ2A 3MX2A 2YHWA 1KSPA 2D0BA 4Z94A 5C10A 4GNIA 5BRFA 2OZSA 1O1WA 3AA4A 1D4XA 2CGJA 1BL3A 4B3RK 1NLVA 4JN4A 3D0PA 4DTUA 1FKOA 4LFCK 1S72N 1DTQA 1BU6O 3HVRA 1QHAA 1YI2N 2VG7A 3M3ZA 1NBWA 1TKZA 3VF4A 4M3WA 2HHVA 2O8BA 3J7YP 3O5BA 4A59A 4YOVA 4DR7K 3OYLA 3OA9A 1OH5A 1DGKN 2ASMA 3Q7CA 2D0CA 3LANA 3LP1A 4CJ7A 1X9WA 1XNQK 4PY5A 4O44A 3J80O 3ZLJA 2QWQA 3L0QA 4KH5A 1BIZA 2FSNA 2ZGZA 3U3YA 2F9WA 1KFSA 2YCHA 1S5JA 3OHRA 4AHSA 2IVPA 3AGKA 3NMUA 3VEXA 4XJXA 1QSSA 3SCXA 4BECA 3CJ9A 3RRGA 2GBZA 1RTIA 1GOCA 5AQRA 5HL7L 3WNEA 5D3GA 4XH1A 3TAGA 4FVUA 3FZLA 3SJJA 4NCAA 4I2QA 3CCJN 3TAPA 4LD0A 4AHCA 1S6QA 4ILGB 4JV5K 4FPAA 1LCUA 5CYMA 3M1FA 3K5MA 3MAQA 4JD2B 3PO4A 2O4IA 3S5TA 4DU3A 3R1XA 5JLHA 3OS2A 4FOIA 2P9UB 2YNIA 3HTVA 4F3TA 4LFBK 1BI4A 3I55N 2ZWHA 1ASVA 2VWKA 4WE1A 4B3TK 1SKWA 4CEAA 3NH0A 4HTUA 1QQCA 4DSFA 3C0BA 3QNNA 3J7ZO 3TSPA 3HK2A 3K0SA 3MMVA 2UXBK 4U7BA 1HNVA 4KH6A 5AQPA 4CIFA 1Q82O 1YVUA 1QVFM 3OVNA 4E7HA 3R3LA 3A5LC 4K8XA 3AO1A 4BREA 4WYBA 1NOYA 3HZ6A 1XUPO 2OPSA 1T05A 4GMJB 3QMLA 5AQYA 4KH4A 2O8FB 4KHYA 3KLHA 4CESA 3CC4N 3NH1A 2W6KA 5ELZA 1HRHA 3NBPA 4GKJK 2HNZA 1E4GT 2YHYA 5KI6A 1NJWA 4CJFA 3SK3A 3OBYA 3P5JA 3HPGA 4FW2A 1EWRA 2BUPA 2C1GA 5AFUH 4IJNA 2WUSA 4H0VB 5KGXA 4G9ZA 4DSLA 5SZTA 4CE9A 4DTPA 3KWGA 3B6PA 1EO1A 2A42A 2G8WA 3MEEA 5T7BA 3VEZA 1U2VA 2ZGYA 3H6EA 1D9FA 5M1OA 4B9VA 4BDYA 4ISEA 1GLLO 1J5EK 5J2MA 2DFEA 5EOYA 4CECA 1KTQA 3AVNA 1CZ9A 1B9DA 4BRPA 4DV1K 4YY3K 4EP4A 2LSNA 4CJPA 1T3VA 4CGHA 3LAKA 1Z26A 4FM0A 4LF4K 3U8XA 3O80A 4BRAA 1HKBA 4E3SA 3BZCA 4BRMA 3CMAN 4JI1K 5C2DA 3BF1A 1YHQN 1UAXA 4M63C 4CEZA 4FK2A 3T1YK 4L8RB 4N41A 4DMNA 4BRFA 2BGGA 3CPEA 3TANA 1HKGA 2YKNA 3KKRA 2D4WA 3VESA 3WNGA 3OBWA 3CFOA 4BRNA 5GAEP 2X6NA 2OPQA 3OYEA 4IDHA 4DF8A 3ZEUB 1MA9B 3HVTA 3LWMA 1K9MO 4YHHK 2IVNA 3CCLN 1KXPA 4F3OA 5JVHL 4E0DA 3FR0A 2KLAA 1TKTA 3EZWA 3IAYA 3MXIA 4X66K 5AQUA 4H0PA 4JRPA 2XHBA 5EU7A 2A40A 3A8YA 3HL8A 4WFBL 1WLJA 4BWJA 4C1NI 3RR7A 3ZT4A 1NJIO 3L6QA 2WBNA 3CCMN 3QBWA 2O8CB 3CFRA 3DWLA 2VCPA 3MK6A 4KRFA 2QI2A 3C95A 2RF2A 1C1BA 1EWQA 1RTJA 2QXLA 3U3GA 1HYSA 2ITGA 3LDOA 3AVLA 5C0YA 1ILYA 3J8AA 5AZIA 4CERA 3CI5A 3CD6N 4F2SA 3ULDA 4E7IA 4B1XB 4ZTJA 3NF6A 1BUPA 2UU9K 2QWMA 1NNEA 3CCSN 4GW6A 3VA0A 5FPMA 1VSDA 3V6DA 5KQ8A 4JHDB 5BRHA 1C1CA 3OYGA 3QDKA 4JAXA 1JXEA 5M1KA 1HYZA 5LMUK 5FPNA 3F73A 4J2BA 4NCBA 1OVYA 3VQDA 4M7YA 1NGCA 1DT9A 3O9UA 2OANA 4E89A 5B8HA 4FJ9A 4CF2A 4Z4CA 5JVGL 3THYA 1KLNA 4OPJA 3KLIA 2ZM6K 3OYHA 1NGIA 1NJXA 1N8RO 1VQ6N 4JI3K 3AA5X 4CBXA 4O0IA 3U9ZA 2Q0RA 4B9LA 4FWQA 4LF5K 4DR6K 1T03A 1NU0A 2F7TA 2VQEK 4DTNA 2OTLN 2HF4A 3E9PA 3QEWA 1K73O 1QSLA 2GX9A 3WXKA 1WAFA 3L4IA 4LH5A 3K9KA 4GVMA 3R8EA 4BC3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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