4B1WB

Structure of the phactr1 rpel-2 domain bound to actin
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
369
structure length
361
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVARPRHQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
total genus 131
structure length 361
sequence length 369
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1wB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1wB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1wB03
3VGMA 3EZWA 4CZGA 3D2EB 3A5NC 4FO0A 5E84A 3DXMB 1KAYA 4J8FA 1MWKA 2GWJA 3VF2A 4JHDB 1BA0A 1E4FT 2QWOA 3VEZA 1GLCG 5B8HA 3F9MA 2E1ZA 4WQ5C 2QWMA 5AQVA 3ULEA 2A3ZA 3WXKA 5KQDA 4BRPA 1G99A 3WT0A 3VPZA 3ZEUB 1C0FA 2FSKA 4ISGA 1BU6O 3BUZB 1IG8A 4JAXA 1SAZA 4B1WB 1DKGD 4H0VB 4MLEA 4CI6A 3RSEA 1HLUA 2W41A 2P9IA 5LJWA 1BWFO 2YJEA 4CZEA 3FZFA 3EKSA 4GY2B 1NGJA 3VEVA 3ZX2A 2YCHA 2P9NA 3UKUA 4JNEA 1QQMA 4IJAA 3O8MA 4ISFA 3H3NO 2NLXA 4BRCA 1TYQA 3CJBA 4CBWA 1GLAG 1U2VA 3GDQA 3KVGA 5I9EB 2P9LA 3WQUA 3DAWA 2AA4A 5ADXA 3M6GA 5FPNA 5AQRA 4JD2B 3LDQA 3AARA 3O6WA 3JXUA 2E8AA 4K43A 3HM8A 3WXLA 2E2NA 2AP1A 2GUPA 3WEEB 4AM7A 4CJ7A 4B1YB 2E2QA 2Q36A 5AZJB 5BN9A 2IIRA 1NGAA 3CJCA 2Q97A 3CI5A 2QWLA 3LDOA 1T6DA 1P8ZA 2E2PA 4XH1A 1NGEA 4PL7A 4IZ9A 4IO8A 4BR7A 2YHXA 4DCHA 5ADXH 2E1YA 3L0QA 3W0LA 4CZIA 3VEOA 3DJCA 4CD1A 4BGAA 4RCHA 1X9JA 3WXJA 3VGKA 4PKIA 4CZFA 2FLOA 3LDPA 2QWQA 4EFHA 5FPMA 4E1JA 1T44A 5BR9A 4H03B 2D0PA 1R59O 1X3NA 3QB0A 1JCGA 4CZMA 4BG8A 3CQXA 1V4SA 2A42A 1U6ZA 2W40A 5AZIB 4BC4A 3FR0A 2A6AA 5BRHA 1J6ZA 3VESA 4EHUA 4YDUA 2P9SA 4WQ4C 5KQ8A 3GG4A 2YJFA 2P9UA 4MLHA 5AQOA 3LL3A 4XEIA 4YDUC 3FZHA 5BN8A 3I8BA 4BRLA 3O5BA 4WYBA 3QBWA 4BRFA 2ITMA 4BRMA 3BP8A 2E2OA 5AQYA 3HSCA 1S22A 4IXCA 4BRNA 2VWBA 4BR4A 1NGIA 5AQFA 2IVOA 4FPBA 4BRDA 1ESVA 3R9PA 5JICA 3O1BA 4FSVA 5EVZA 2CGKA 1D4XA 1NGFA 4BC2A 4CBXA 1TUYA 3QFUA 3L6QA 3B8AX 3FZKA 3ULEB 2QM1A 3O4WA 3HTVA 4BGBA 1K8KA 2IVPA 4A62A 3UB5A 2D0OA 3MCPA 4LC9B 5AQHA 3O1WA 4FL9A 3RSEB 5KPZA 3UKRA 1ATRA 3MN5A 2P9IB 2I7PA 2P9PA 5AQPA 2NZTA 5AQSA 3G25A 5EY4A 1GLJO 3D2FA 2P9NB 4FWKA 3UKUB 2ZGZA 5JLFA 3IUCA 1Q18A 3MK6A 3SJHA 1TYQB 4BRHA 2WUSA 4BRKA 5AQQA 3CQYA 1YAGA 2EWSA 2P9LB 4M7XA 2CGLA 1WOQA 2FF6A 3R6MA 3U4LA 2QWNA 2IVNA 4BRGA 2E20A 5JMVA 1OKJA 1JCFA 1NLVA 1NM1A 3WQTA 4DQ8A 3CIPA 1ZBSA 4XH5A 3VEXA 2Q1NA 2Q31A 3W3DA 3SK3A 3GE1A 3LM9A 1GLLO 4FWQA 1NGCA 1HX1A 3SMSA 4H5WA 3VEYA 3DXMA 4CZHA 2J4RA 5AQXA 4H5TA 4CZKA 4JHDA 3QMLA 3IFRA 3CJ1A 2Q0RA 3LDNA 1WUAA 1Z6RA 1ZXOA 4A61A 4CD3A 4ISEA 3WXIA 3MN7A 3VGLA 4BVPA 3HBTA 4BQLA 1QQOA 3GL1A 4H0TB 3R8EA 4BRIA 3JS6A 4FOEA 3HI0A 5AR0A 4RWTA 4PL8A 4C23A 3S41A 2BTFA 5AQNA 4BC5A 4PKHA 5AQIA 1XQSC 1IJJA 1Z05A 2D4WA 3H46O 4MO4A 3EN9A 2UYTA 2ASOA 4FOIA 2P9KB 3GBTA 4BR0A 5F1XA 1QHAA 4JN4A 3SMPA 2BUPA 2P9SB 1ZC6A 1ATNA 2QW9A 5AQTA 5ELZA 3VOVA 2D1KA 3ZETA 4BRAA 3H1QA 4XH4A 5TKYA 3GOIA 4JD2A 3U9DA 2GEMA 1RDWX 5AQLA 1GLBG 3VERA 4K42A 3P4IA 4EHTA 4DHYA 3CHWA 3FFKB 3EKUA 2A5XA 3L4IA 2V51B 3FZMA 3DXKB 1C0GA 2F9TA 1CZAN 2ZF5O 3KHYA 1Y64A 4HWIA 5F0XA 3KZBA 2F9WA 5BPLA 1GLFO 3ATUA 1K8KB 1HKCA 2CH6A 1DGKN 4B9QA 4DB3A 2OANA 1BDGA 1KAXA 4BVOA 1MWMA 2HOEA 1BA1A 4RTFD 3A0IX 3CJAA 3AAPA 1QZ6A 3UKRB 2CH5A 2P9PB 3IDHA 3TU5A 4IJNA 4I6MA 4A2AA 2FSNA 2ASMA 4AM6A 2ASPA 1JCEA 2V7ZA 3I33A 4NB4A 4B1UB 2YHYA 1LOTB 1BUPA 3M3ZA 5EX5A 3H6EA 1HKGA 2FSJA 2GTDA 2Q2RA 4FWLA 2VYPA 3ZX3A 2KHOA 5BRDA 5AQUA 5AFUA 1SQKA 5AZIA 4Z94A 2CGJA 1H1VA 4QS8A 1MA9B 4F9OA 5BPMA 4M63C 1DEJA 4BC3A 3QICA 5FPDA 3FGUA 3VF6A 1XUPO 2Q0UA 4KBOA 1ATSA 4EIAA 3EL2A 2V52B 4QS7A 1U2VB 2ZWHA 3A8YA 4FWMA 4K41A 1NMDA 3MDQA 3DWLA 3UE5A 3CETA 3CJ9A 4FWOA 5EOYA 5AQGA 4H5NA 4WQ5A 5JLHA 3CERA 2PBDA 5AFUH 3TPQA 4L3QA 3VENA 4QS9A 1XC3A 5AQZA 3FLCO 3IMXA 4FWRA 1NGHA 3C7NA 5BREA 2DPNA 3H3OB 4H0OA 4FWPA 2PAVA 2HF4A 2GELA 3D2EA 5F2RA 3MN6A 1V4TA 4CZLA 3O80A 3FE1A 4K25A 3ATVA 5EXWA 1QZ5A 1GLEG 3ZX0A 4BR5A 3SLCA 1LCUA 4BR9A 3ZEUA 2YI1A 5E26A 2NRHA 3BEXA 1YUWA 3BF3A 3VEWA 5LJVA 2GWKA 1QQNA 2QWRA 3EO3A 2FXUA 3H1VX 2A41A 1HJOA 1X3MA 3A5OC 3ZETB 2ZGYA 4FPAA 5FPEA 5BPNA 1KXPA 2HF3A 4H0YB 3QBXA 4B1XB 2V7YA 4HTLA 1HKBA 3A5MC 5LY3A 1NGBA 3C0BA 3WUHA 2HMPA 3CJ7A 2P9UB 1YVNA 2FF3B 4NO7A 1HPMA 3LDLA 1RGIA 3ID8A 3H45C 2I7NA 1NBWA 3AY9A 4MO5A 5KPTA 4BRQA 4M7YA 1NGGA 1T6CA 3HZ6A 3WEEA 4FWSA 4I6MB 5AZJA 1MDUB 3O08A 4BR2A 1GLDG 1SZ2A 4O5FA 3OHRA 3BF1A 4GNIA 1BG3A 4BG9A 2E88A 4Y0WA 2YHWA 3MN9A 5CE3A 4WQ4A 1BOTO 2P9KA 2VCPA 5AQMA 1NGDA 1HUXA 1EQYA 2QWPA 3ENOA 4H0PA 3D7EO 4CBUA 3D2FB 4H5RA 4H5VA 4BREA 3MMVA 1NWKA 4BQZA 3LM2A 4PKGA 3QDKA 5BRFA 1RFQA 3ENHA 3J8AA 5KPRA 4FWNA 3U8XA 1KAZA 1BO5O 3VETA 5AQWA 3AAQA 5AQKA 3U9ZA 4CZJA 3DXKA 3FZLA 3M1FA 4H0XB 3QFPA 3A5LC 3VF4A 1YXQA 2A40A 2QXLA 5AQJA 4IWVA 4BROA 4O8KA 1TUUA 4A2BA 2H3GX 4B1VA 4EAHD 1E4GT 3C7NB 1S3XA 4B1ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K8AO 4Q5VA 3CC4N 3UIQA 2WC9A 3DXMB 1KAYA 4OLAA 3AO2A 3E9LA 2G8IA 3TTFA 4F3OA 3VQ4A 5KQDA 1VQNN 3PX6A 1G99A 5JS2A 2FSKA 3OYFA 4DTXA 3CCRN 1TL1A 4HUEA 4B1WB 3OVNA 1DKGD 4FLUA 3QESA 4FM1A 5LJWA 4W5QA 2QK9A 4CZEA 2F8SA 4GY2B 4CJLA 4FXDA 3UKUA 3QLHA 4JNEA 3G4SN 3GDQA 1VQKN 5I9EB 4GVEA 4AH9A 1ASVA 4OO1J 2AA4A 2FC0A 5ADXA 4DV1K 3M6GA 3SAGA 1YI2N 3LDQA 3K9JA 3AARA 4DTNA 4DQPA 2NUBA 4K43A 4RW6A 3WXLA 4B9NA 2E2NA 2GUPA 3AGRA 3TR8A 2P5GA 4NLCA 3WEEB 2XY5A 1L3VA 3NH2A 4BE0A 2KZMA 2E2QA 2Q36A 4DQQA 2IIRA 3TWHA 3LP0A 2O8EB 1T6DA 4B08A 1P8ZA 2E2PA 3LZIA 4XH1A 1NGEA 1K6YA 4PL7A 2HHWA 4DR2K 2YHXA 1VQLN 3DJCA 3N4QA 3NE6A 3VQBA 4IOAL 3E66A 1XI1A 4CZFA 4O0IA 5M1NA 3SNNA 1I39A 2P1JA 3RRGA 4J2BA 4BE7B 1EP4A 3CF5L 4H03B 2D0PA 3T1HK 1X3NA 2D0AA 4I7FA 3CCLN 2UUAK 1V4SA 3O3GA 3VESA 2G8KA 3SQ2A 2P9SA 2OPPA 3EEQA 3KJVA 1RT1A 3LL3A 1C1CA 2A1RA 2YKMA 4BRLA 3O5BA 1O13A 4WYBA 4FK0A 3IS9A 1Q82O 4BRFA 2ITMA 4BRMA 3M8RA 5AQYA 4JV5K 3O9TA 1S22A 4DU4A 4JKBA 2VWBA 3KK2A 4BRDA 1J54A 1ESVA 3O1BA 5EVZA 4B3TK 2O4IA 3P38A 1NGFA 4CBXA 1TUYA 3LP2A 3QFUA 3L6QA 3M8PA 3VQ9A 4BGBA 1K8KA 2IVPA 1YHQN 3V9SA 4YOYA 4DF4A 3MCPA 4LC9B 4CGGA 5AQHA 1BISA 3THWA 3UKRA 1ATRA 3UKUB 1SUQA 3NH0A 4FVMA 2ZGZA 4YOVA 2NRZA 4BRHA 2WUSA 1D8YA 2VQEK 5J2PA 4M7XA 3R6MA 4IBNA 3M5RA 4B9TA 4KHPK 1X9SA 3TAGA 3WQTA 1Z25A 1ZBSA 4XH5A 3VEXA 2Q31A 3V9XA 3OYAA 3C65A 3SAFA 2RKIA 4DWIA 4CJ4A 3ENBA 3LM9A 1QSYA 3MEEA 3K57A 4H5WA 2J4RA 2HHVA 3SBTA 4CZKA 1RT6A 2ATQA 4JKHA 1WUAA 1Z6RA 3E1YA 1WSEA 3OYCA 4FLVA 3ZSVA 3ZT4A 3HBTA 2OPQA 3ZT0A 1EXQA 1VQ7N 3GL1A 4H0TB 4CK1A 4FOEA 4YFUA 4AHTA 3V4IA 3RR8A 4PL8A 3OYBA 1HNWK 4OKKA 3CPEA 1JL1A 3BDPA 4DFJA 1IJJA 4ILHA 2D4WA 3H46O 1C1AA 4CGIA 4FOIA 3CQ8A 3SI6A 4B9MA 4RW8A 3SV3A 2F4VK 5KRTA 4GW6A 4BEBA 4DR3K 2BUPA 1WBDA 2P9SB 1KQSM 4KHUA 1C6VA 1XMQK 3RMCA 4BRAA 4XH4A 5TKYA 4ZTJA 4B3OA 4JD2A 2GEMA 2KKZA 2QI2A 5C0YA 1TKDA 3VERA 3P4IA 4EHTA 1RDBA 5K14A 3EKUA 1NOYA 4M3ZA 4OX9K 3FZMA 3K5MA 3DXKB 4AF1A 1VSMA 3HK2A 1VSEA 5F0XA 5BPLA 3NGZA 2WTUA 4B3SK 3KD1E 1GLFO 3HL8A 1K8KB 3L4QA 2CH6A 1DGKN 4DB3A 1LWCA 3SUQA 4JI1K 1L3UA 4G1QA 4RTFD 3AAPA 3THWB 2XHBA 3UKRB 1EWRA 4IJNA 4CJ3A 1BIUA 4KTWA 1JCEA 2YHYA 1BUPA 2F7TA 5CYMA 2Q2RA 3U3GA 4FWLA 3T69A 4JI5K 1KFSA 2VYPA 2OPRA 2KHOA 3B6OA 3C6UA 3SAHA 3P83D 5AZIA 4Z94A 1H1VA 2QEXN 3L2WA 4F9OA 3CCEN 3CPWM 1TAUA 2BH1A 4CF8A 3PY8A 4YOTA 1XUPO 2Q0UA 4M45A 4U67L 3EL2A 3AVIA 1U2VB 5JVGL 4FWMA 4ZHRA 4FYDA 2QTDA 3CJ9A 4B3MK 5AQGA 1SKWA 5JLHA 3G6EN 1IBMK 3RMAA 2PBDA 3CCUN 1OH6A 5AFUH 1TVRA 1VQPN 3DLBA 3WNEA 1XC3A 5AJ3K 1NK6A 4IEIA 4JKDA 4Z0UA 1BQMA 5BREA 2DPNA 3VMFB 2HVIA 3IRXA 2HW3A 4W5OA 5M1PA 3RRHA 1YVUA 1V4TA 4CZLA 2KFNA 3ZSQA 2A1SA 4JI3K 1XMOK 5EXWA 5I42A 4BECA 4QCLA 1GLEG 3ZX0A 5FDLA 4C1NK 4DUZK 3S9HA 2NRHA 3VEWA 1YUWA 4CJRA 5LJVA 1JL2A 3B6PA 3A2FA 4EZ6A 2QWRA 3PX4A 5TKWA 1RBSA 3K9KA 3V6DA 3O3FA 4C8MA 1HJOA 2OZSA 4LH5A 5FRMA 1YJWN 4DV4K 4NXMK 3NVKA 4E1MA 3L2VA 1KVAA 2Z1JA 3MXIA 4AILC 5C10A 3AVFA 1KVCA 1NMNA 1K73O 3HO1A 2HMPA 1YF5L 5KRSA 3OTOK 1ITGA 1K9MO 2P9UB 3MECA 4JS5A 1U49A 4MQ3A 3TSPA 4OKJA 1HPMA 3KLHA 2HB5A 3ID8A 2OZMA 2I7NA 1NBWA 5KPTA 3T3FA 1W97L 2X74A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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