4BI5 | Genus

Total Genus 84

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	84
sequence length	254
structure length	254
Chain Sequence	PARRPFIGGNFKCNGSLDFIKSHVAAIAAHKIPDSVDVVIAPSAVHLSTAIAANTSKQLRIAAQNVYLEGNGAWTGETSVEMLQDMGLKHVIVGHSERRRIMGETDEQSAKKAKRALEKGMTVIFCVGETLDERKANRTMEVNIAQLEALGKELGESKMLWKEVVIAYEPVWSIGTGVVATPEQAEEVHVGLRKWFAEKVAAEGAQHIRIIYGGSANGSNDEKLGQCPNIDGFLVGGASLKPEFMTMIDILTKT

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title	Structural and Functional Perturbation of Giardia Lamblia Triosephosphate Isomerase by Modification of a Non-Catalytic, Non-Conserved Region. pubmed doi rcsb
source organism	Giardia intestinalis
total genus	84
structure length	254
sequence length	254
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2013-04-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4bi5A00

1ZCOA 3G0SA 3W7JA 5EPDA 4NU7A 4UFKA 5AN7A 1F5ZA 4M19A 2P10A 3GK0A 4MJMA 2XN2A 2GVJA 1JCMP 2H8XA 2BTMA 2EKCA 5G5IA 3MHFA 2H3DA 3LBCA 1OHLA 4JX4A 3GR7A 5EY5A 1SR9A 1GG0A 1TV5A 2H3BA 2E6FA 4O4WA 5D02A 3L9CA 1PVNA 3DKLA 3TXZA 4Z1DA 4N9BA 1OK6A 4AXKA 5LNRA 4D2JA 2D73A 3DHDA 3FIGA 3LLFA 4M6VA 1YADA 4KFPA 1Q6QA 3FOKA 5DN1A 3NEVA 2RKXA 2Y88A 1QPNA 1ZNNA 2EAWA 2QUTA 3HBLA 2PC4A 2Y7FA 2ZFAA 5CPMA 4GUJA 5BW6A 3NPWA 3N14A 4FX8A 2WJZA 4NNAA 1QNVA 1W5PA 1F6KA 5F2GA 3SY5A 2YXGA 2O7QA 3GNDA 3WJWA 2VEIA 5D33A 4XKYB 3HGJA 2KZHA 1A5AA 3BG5A 5FF3A 3O16A 4A2SA 4FX7A 1ZAIA 3G1FA 3EEGA 5D37A 1P1XA 2E5DA 4AH7A 1OF6A 2ISVA 1RQEA 1BKSA 4WY0A 5HNRA 4GE8A 4QISA 5DY3A 2NUXA 4JTIA 2WV8A 4HHPA 3A5FA 3DENA 3B8DA 4GC4A 4LVGA 3HPZA 2VFIA 1IGSA 4EVZA 3PVFA 1SW0A 3LXCA 1VYPX 4AF0B 4O0ZA 3JRKA 4Z1AA 1QR7A 1EUNA 3S5NA 1RZMA 1YXCA 3LI0A 1TB3A 3IVTA 1G4PA 3HPXA 1VGAA 1LBFA 1OX5A 5H91A 1YTKA 2NWRA 2V2CA 3BV4A 4UR7A 4HT3A 4JY8A 3TX9A 3S8HA 2W0UA 3W7QA 2WOQA 3WK1A 2VFFA 2CLMA 2HS6A 2J27A 3KAOA 2QF7A 3IGSA 4JEQA 2GQAA 4UTIA 2A7NA 2V2HA 4JXCA 1TCDA 4AWUA 4N9DA 2Z1BA 2OT1A 2ZTJA 5EL1A 2F7FA 3DFOA 3LHTA 3BGJA 5HWJA 1B4KA 4UMBA 3N9SA 4JY9A 3TNOA 1XUUA 4H3DA 2YZRA 1G4SA 1VJIA 4TU1A 3B04A 4UR8A 3TU9A 3SSJA 3QYQA 4ZQRA 1KM2A 4N02A 3P82A 4K38A 3TW6A 1X1ZA 3VCRA 3F4NA 1LOSA 3NDOA 3MUXA 3LCIA 4PFMA 1PHWA 1G7UA 1QPRA 2BX7A 1LDCA 3HOJA 4A22A 4IWWA 4I7WA 2J6XA 1AW2A 1WYIA 5I3HA 2WSYA 1M5WA 5FEZA 3KVLA 3W85A 3LI1A 2FTPA 3SJ3A 2ALDA 1H7OA 3H53A 1IXOA 4DO4A 1UBSA 3L68A 4Y6GA 3UPWA 3SZ8A 3PF3A 5BOOA 4EWND 4IMFA 3K30A 2DZXA 4UTWA 2UV8G 4WJEA 5HUPA 3QMTA 1SZNA 4XKYA 3DFTA 2WO5A 1OX4B 3AJXA 4HPJA 5AHLA 4XUGA 4UFJA 1DL3A 4PC8A 1FCBA 1RVGA 1GPWA 1RR2A 4O13A 3G1XA 1H7WA 4IXXA 1LM1A 1QOPA 5ABTA 3KFTA 5AHMA 2E6YA 3CEPA 2C14A 3ELFA 1VC4A 1Z41A 2FPVA 4LC6A 8TIMA 1TPVA 2A7PA 3UXDA 1UUOA 2Q3OA 3GKAA 2P1FA 5BMWA 1JCNA 3BGGA 1KW1A 4MY9A 2C18A 3W7RA 4AF0A 4AEOA 1TV8A 2ZZ1A 1OFOA 2Y7GA 3PBVA 3LCXA 3HO8A 1H1YA 2OT0A 1TTJA 5D32A 2CFFA 3NL6A 3KRUA 3QC3A 1OX6A 3IVSA 4UCGA 2FQIA 3TAKA 4ADTA 1FDZA 3DI0A 6TIMA 2QAPA 5EA9A 2VELA 3LHVA 1EP3A 3W84A 1JUKA 4K36A 1KBIA 3PG9A 1S3HA 1BWLA 1I2OA 2V82A 4ICNA 4DF1A 1QPQA 1UJPA 3NVTA 1OVDA 3W1RA 1QPOA 4TR9A 2E6AA 3OVPA 2B4GA 3UY8A 4I7VA 3UZJA 3BG3A 1MSSA 4PCFA 3RNDA 3OIXA 5DCEA 3RMJA 4MYXA 1J5TA 1KM6A 3G24A 4RV8A 4FNSA 3S5ZA 1XC4A 2QDHA 4AMAA 5LNSA 1KFEA 3KVKA 4BR1A 2DZSA 4FEZA 4JIQA 3DFPA 3HG4A 4O4VA 4DO6A 3ZR4A 3N34A 1FWWA 3M1ZA 2DJXA 4DBEA 2XN1A 4PL1A 3R12A 2EGZA 5AC6A 3B0PA 3FS2A 3GYEA 3O06A 1PCKA 3TC7A 2G97A 3BG9A 2V5LA 1WOAA 3MO7A 3W2NA 4ZMGA 4O12A 1JJKA 4WY0F 3W72A 3LHZA 3PY2A 1OX4A 1FUYA 5IM51 5F4SA 4CNNA 4ZQPA 2GPTA 4O28A 5DXYA 1LOQA 3A23A 5F2LA 3OHIA 6ALDA 3TV8A 1JCXA 1Q6LA 1RPXA 4UFIA 1OFAA 5K4ZA 1M6JA 1TQXA 2Y70A 1FCUA 4ZL1A 4UUIA 4LU0A 1W37A 2JK2A 3LTYA 2Y7DA 5LNUA 4FNQA 3CLMA 1P5BA 2H6RA 4RCXA 5EBUA 1H7PA 5TIMA 1XXXA 4EIVA 3HIJA 1XCFA 4QAIA 1LOLA 2CLLA 3I68A 2GVLA 4BFAA 5HINA 1LORA 4LC8A 1Z48A 3S6DA 1KTCA 3G1AA 3F1QA 4XQ6A 2VOMA 2W6RA 3PSWA 3GAYA 4XTDA 1F05A 3MI6A 1Q6OA 4YL2A 3OVQA 2ZZ2A 5CPLA 2GJLA 2V30A 3EKZA 2GVGA 5AYZA 5I3IA 5LGXA 3C2FA 2A6NA 4P2VA 3M5ZA 5KZEA 1LYXA 2Q3RA 3GB6A 3NQ2A 4JYEA 5A5WA 4DELA 4JICA 2QCLA 3T7VA 3GDMA 5C54A 1O95A 2CLIA 1KTBA 2J88A 1W3IA 3S9YA 2ZRVA 1RQHA 2Q8LA 4BI7A 4Y96A 3PR2A 4NZFA 1TPH1 3UY7A 1JCLA 4S2BA 2ZRWA 4R7JA 4RR4A 3S5YA 4IMDA 3SR7A 5HJLA 4YLWA 2A2IA 3W74A 1XBZA 1ZENA 2TRSA 3W9ZA 2FB2A 5FEWA 5K4XA 3EX6A 3LRMA 4AHPA 3B0UX 2LLEA 3LCWA 2QJGA 1W5QA 3G0UA 2HSAA 4UTLA 4Y90A 3E12A 3G18A 4UMAA 5DXXA 2QUUA 2B7OA 4RX0A 1W3NA 1NFBA 1LBLA 3NM3A 3TE9A 3MHUA 3GKFA 1SO6A 3QF0A 3ANYA 1SQ7A 3N3MA 3W1XA 3TCEA 3SGZA 1TPC1 5KSWA 3UNDA 2CLHA 3FYPA 2NX1A 2C0AA 1LCOA 4IX2A 4ZVJA 3P61A 2FPTA 3LCGA 1ZAJA 2ZZ3A 5HMSA 1OJXA 4CQ9A 3UWUA 1C9DA 5FESA 3LV6A 1ME8A 1SO4A 2V2DA 1XUZA 3P80A 4JTUA 4O11A 5FEPA 4ALDA 1IXNA 1XKYA 3W2LA 3G3MA 3P8IA 2DORA 4WQ6A 2C16A 2ISWA 3I65A 1N8FA 2PCQA 4OQVA 2ZRZA 1K03A 2QCGA 1JRCA 3TQKA 1A50A 4OE7A 4EOUA 3YPIA 3CT7A 4HNUA 4NJGA 5G1TA 3G3DA 2CLKA 3W7KA 3PSVA 1DJNA 3W7MA 4AB4A 2J9YA 3W7PA 4YWIA 4NZJA 3QMSA 1TPFA 3QRHA 3DZ1A 5K9XA 3GDKA 1U83A 4CQ8A 1R2RA 1G6CA 2QCEA 3TKFA 4LY8A 3C2VA 2C6QA 5LHFA 5CSSA 3W1LA 1FCVA 4WY0B 1FBAA 3W70A 3FFSA 3OBKA 1XM3A 3NQDA 4MIMA 3HF3A 4FO4A 1KM0A 1Z44A 4MVAA 3C8FA 4QM1A 2QCFA 1VCGA 1OFDA 5CZSA 1TPDA 5DELA 3W3OA 4CCEA 3PBUA 3TR2A 1YPIA 1WX0A 3G1HA 4KKXA 4RZ6A 1TPWA 1SFJA 2NWSA 4FIQA 4QIUA 4NVTA 5G4EA 4S2CA 2JKEA 5TBOA 1LLZA 1WQ5A 3IIZA 4JIPA 3MBDA 3P7YA 1GYNA 4LRSA 1JQVA 4I7UA 3CPRA 3OG3A 1NF7A 1U5JA 2H8ZA 4N4QA 3VI2A 3G8RA 1G69A 3NQAA 3W6YA 1W3TA 1IXQA 4UNKA 1I8JA 4A3UA 1KFLA 1YXDA 1XBVA 3TQ0A 3HJZA 3ATYA 5DCDA 1L6YA 2V5BA 3GR8A 3GX9A 4S1FA 5CGQA 5DBTA 5D05A 1W54A 3A24A 1FX6A 3NYZA 4MZYA 1VH7A 2WNNA 3M6YA 3QQ0A 3MI2A 2VXNA 2BZNA 2YSWA 1LZOA 4ZZ9A 4NJHA 2GOUA 1D3HA 2NUYA 3MP3A 3T4CA 1O4UA 2Z2UA 3STGA 2W79A 3O6YX 4JX5A 5KMYA 3N9RA 1EPXA 5D09A 2JBMA 2WNQA 1CI1A 4LVDA 1EB3A 5J5DA 3MYPA 3WFAA 4XTIA 4O0KA 5CZJA 3WJSA 1HFBA 2RFGA 4K7YA 4UIOA 3CEUA 4O18A 3N2XA 4H6KA 1YDOA 1KV5A 1GVRA 4EF9A 3NQMA 1S5TA 3EX4A 1B57A 4XBSA 4FNTA 1H7NA 1QO2A 5U4NA 3LRKA 4WZHA 4OGZA 3HB9A 5FF2A 3NZRA 3GNNA 2ZZ5A 3NPVA 1K8YA 2X2GA 4Q32A 4C1LA 1W5OA 3UPBA 5FEXA 3W2MA 4IMEA 1SSGA 3HGOA 4IGHA 1OYAA 3DBPA 1MEIA 4I9AA 1DKWA 4IOTA 3E0IA 1ZALA 1I45A 3M16A 2J24A 1ICPA 2Y63A 5I3KA 3WK0A 1ML1A 1SZEA 3C61A 5AC8A 5IBXA 2CW6A 4FB7A 1FWSA 4TMBA 3ZWSA 4CNPA 2GUUA 3EX1A 1A53A 3QM3A 4MY1A 3B03A 4UXDA 4UTTA 3EKLA 4GUGA 2R8WA 1R30A 1KLYA 3QZEA 1DVJA 3ABOA 1O5KA 5F4WA 1GJPA 1VLWA 4NX0A 1T96A 3W1MA 5DBUA 5EMUA 4FXRA 1R2SA 2ZCGA 4GUHA 1KM3A 4J9JA 5G2HA 5AHEA 4W9TA 2G95A 1VZWA 2CLEA 4JTTA 2YFNA 2CWNA 2YGYA 3N2MA 5AB3A 5HR6A 3MP5A 1PHQA 4GNJA 2CZDA 4JNMA 3FKKA 4MFDA 2HMCA 1AMKA 4JTGA 1H61A 4RKAA 1S5VA 3LBMA 4JTJA 1NF0A 4WUIA 2G5WA 3EWUA 1WA3A 2QCCA 4A21A 3PG8A 3AO0A 2RDTA 1KFCA 2E5CA 2V8ZA 3M5VA 4LW7A 1GTHA 1XDLA 4MY8A 2VKZG 2QDGA 5AOUA 4Q33A 4UTWC 2ZDRA 5LSMA 2NV1A 4UTUA 2NLIA 3QPZA 3NQEA 3UZ5A 3QEZA 2JGYA 2DP3A 4GBUA 2V0TA 4LNYA 1SPQA 3R5EA 3MW7A 4DEFA 3O6CA 1VHNA 3CB8A 3G8EA 3NOEA 3EWBX 1JCJA 4JDBA 2YFOA 1KBJA 2CU0A 3P84A 2VEKA 4O1BA 2ZBTA 3W7OA 3TUUA 3MYOA 1TTPA 4JYDA 3VNDA 3G1YA 3QQ1A 4JN6A 1ALDA 1VR6A 1FCQA 4HSOA 4A29A 2VFHA 4FNUA 4YXGA 3MI3A 1OFRA 5AYYA 3C4UA 3L0GA 4O16A 3NQGA 4JTHA 4PL2A 2DZUA 1J2WA 3P81A 3Q37A 4JDYA 4K6AA 1W5MA 3NL3A 3SIZA 3JS3A 3M7WA 4CQAA 4B5NA 3LM7A 3G1VA 4Z1CA 1KV8A 5F4XA 3RLVA 2TPSA 3W23A 3CIWA 2PRHA 1YTDA 3E02A 2PURA 2C1HA 3A9IA 4KFOA 2E5BA 3WJYA 2QUVA 3GLCA 4FX6M 4JD4A 2ZA3A 3LXAA 3C52A 1TV7A 3L2IA 4M6PA 3OA3A 1OK4A 3P67A 1OFEA 5CG7A 1IXPA 4POCA 4DPPA 1SZGA 3W87A 4NJJA 1L2UA 3Q58A 4MOZA 2YPIA 3W7HA 1TJPA 5C2XA 2QCMA 2QJIA 4BWLA 4E2BA 2OCZA 4MZ1A 3RF9A 1OG0A 4ZQCA 1IIGA 1LP6A 1H51A 4UFHA 3STEA 3P5YA 3GVGA 3C3NA 2Y61A 5SWUA 4QQ3A 2JGQA 3BVJA 2FPYA 1VQTA 2DJLA 3I7QA 2Z6IA 1QCWA 2FIQA 4MYAA 1PV8A 4MLJA 1QMLA 1BWKA 1NSJA 3SECA 1H7RA 4LVAA 4IJBA 3LOTA 1FWTA 4M7SA 1EP1A 3W7LA 5D2TA 1M7PA 1VLIA 5EYWA 3KVMA 3TIMA 1GZGA 3I7RA 4BF9A 4PH6A 3R89A 1SUXA 4O57A 3C2OA 4DQWA 4AWSA 1FWNA 2NX9A 3H55A 4IMGA 3W1UA 2YYUA 2C15A 3W75A 2HTMA 3DH7A 2Y89A 3A22A 4ADSA 1Q6RA 4AHOA 1ZY9A 1LLWA 1NAL1 3NL5A 1TO3A 1OYCA 1JUBA 1EX5A 4MZ8A 1WAUA 2YDAA 2IQTA 1W0MA 2CZFA 1FXPA 1K7EA 2VFDA 4IUOA 1F73A 2PRLA 3P8JA 1H63A 1FDJA 1TQJA 4LV4A 1JVNA 1F6PA 4WOQA 3O8AA 3B0VC 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4BI5A

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Chain Sequence

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