4CEAA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ceaA00
4CIGA 3NH2A 4HUFA 3DOLA 3IG1A 3OYLA 1XC9A 2P5GA 4FJKA 3I0RA 1REVA 1VSFA 5KRTA 4GMJB 2KZZA 2OYQA 4HUGA 3ZT1A 1JXBA 2IDOA 3AVHA 3VQ6A 1JKHA 3OYBA 3KLEA 4JRQA 4DTJA 4E89A 3ZSXA 1C1BA 3T19A 5E41A 2XY6A 4CGHA 3HP6A 3QESA 3SUNA 3DYAA 4Y1DA 5CZ1A 1RDDA 1WLJA 1Y97A 2ZQBA 4KFBA 1HQEA 1S9EA 3MXIA 1D9FA 3AVJA 4C8MA 1X9WA 1ZBUA 4NCGA 4FLTA 4FZYA 4C8KA 3ZCMA 3ULDA 1RT3A 4B9NA 4FK4A 5D3GA 1UWBA 1JL1A 2ZE2A 2X6SA 4W5RA 4M3XA 2HVIA 1MU2A 3ASMA 3HJFA 4EP4A 1SKSA 3RMAA 1ASVA 3L2WA 1EKEA 2Y1JA 4E7LA 2AJQA 1IKWA 3O3HA 5HRSA 3OYKA 4DQSA 1SKRA 4AHVA 5HRNA 4BWMA 3AA4A 3TANA 4B08A 1RT4A 4ID1A 4ZTFA 2RKIA 4AHSA 2XY7A 1S5JA 1WSHA 4CJLA 1HJRA 4YNQA 3C95A 3LPTA 3AA3A 4CEBA 1R0AA 3SNNA 3VQ8A 4O0JA 3AO4A 3NHGA 3DLGA 4DTMA 1UA1A 4ZTJA 3H08A 2O4GA 3CM5A 4KREA 2F96A 3K57A 3SUPA 3K5LA 4DS5A 3IRXA 2R7YA 4CFCA 3SUOA 2QXFA 5SZTA 2P5OA 1I3AA 3DLKA 3ZT3A 1WSFA 1WSGA 4CJKA 1RT2A 4AH9A 4M42A 4AHUA 3NDKA 1UA0A 4PQUA 4N41A 1T03A 1RDAA 1S1TA 2BE2A 2LSNA 4IG0A 4OKEA 3OY9A 2HNZA 3ZSVA 3V1QA 3HT3A 4DU4A 4DSLA 4DTSA 5KRSA 2VG5A 4LH4A 3PX6A 2P51A 4CESA 4BDPA 3TR8A 4NYFA 3KK1A 3L2RA 4KRFA 1Q9XA 3CG7A 3V9SA 1WSEA 3EY1A 3P83D 3AA5X 1B9FA 3AO2A 1LWFA 4FW1A 4LY7A 4LSNA 4M3ZA 1BI4B 1JLEA 4H8KA 2B5JA 2D0BA 2OZMA 2HHSA 4EP5A 1TK5A 3ZSYA 1QQCA 1VK0A 3HL8A 4DMNA 4L8RB 1WN7A 1NJXA 2F8SA 2XY5A 2FBVA 5CYMA 4CGIA 1RBSA 1BL3A 3L3VA 4F3OA 4AHRA 3MXJA 3KLGA 3AVCA 1QHTA 4N47A 1IKXA 1FXXA 4CEFA 3F73A 1CLQA 1KFDA 3QETA 1IKYA 4RW8A 3RRHA 1SL1A 1YT3A 2NUBA 3SQ2A 4CEQA 1XWLA 5KGXA 3SYZA 2E6LA 3QEPA 2DFFA 4Q5VA 3TAGA 4KTWA 3NGYA 3HVTA 3T1AA 3OYNA 3PO4A 3M8RA 4KHQA 4W5NA 4DF4A 4CE9A 4CJPA 4ELUA 1S1WA 5DK5A 5C42A 2RPIA 4H4OA 4N56A 1LAVA 3SQ4A 4B9LA 4I9QA 4I9LA 2X6NA 4CK2A 4FJMA 4Z4HA 1WNSA 1HNVA 3B6OA 2IC3A 5HP1A 3L2VA 2OPSA 3CFPA 1C1CA 2G8VA 4KAZA 5HBMA 2IOCA 2KFZA 2QKBA 1Z26A 2FC0A 2Z1GA 4HVJA 4HTUA 4J2DA 4FJ7A 4CF2A 3VA0A 3NFAA 3QLHA 3BDPA 4B9TA 4CEEA 4CEZA 1TKDA 3G0ZA 1U4BA 3PO5A 4FK2A 1CZBA 4NYNA 4FLZA 1Z25A 3LP1A 3P5JA 1LAWA 1C6VA 4CGDA 3V9ZA 4FJ5A 4K8XA 3TI0A 3MXMA 1KRPA 3EYZA 4OKKA 4KO0A 4PUOA 3DRSA 4DTRA 1NOZA 1HYVA 1TK0A 1WSIA 3LWLA 4AILC 1T8EA 4GVMA 4O44A 1HRHA 3MECA 2OPPA 2I5JA 2ZD1A 1C0TA 1NK8A 1L3SA 2FBXA 1QSYA 3SUQA 4CFBA 1EX4A 1D8YA 4EZ6A 3DLEA 2ETJA 3LANA 4CGJA 3OJUA 3NE6A 3D45A 1TL3A 4CJEA 4DFPA 4Z0UA 1TAQA 4ELTA 2X74A 1L3VA 1KCFA 1S1XA 4W5TA 2G8UA 2YHAA 1JL2A 2JGUA 3OVNA 4N5SA 1WAJA 2D0CA 1WAFA 1BCMA 4JS5A 4I2QA 4E1NA 3HXMA 2HB5A 3KLFA 4DS4A 2X78A 5HLFA 1CXUA 4BE1A 4B9SA 4OKJA 3ZSZA 3VQQA 4FJHA 1C0MA 1F21A 1RILA 2VG7A 1HYZA 2RF2A 3LZIA 1TVRA 2WONA 4DWIA 4FLUA 1RBRA 3SQ1A 1FKPA 1HQUA 5I42A 4CGFA 3S3OA 4M3UA 3C6TA 3VQBA 3OS2A 4JRPA 2OPRA 3WNHA 3TWHA 4FLVA 1KSPA 1BISA 3VQEA 5J2NA 3IAYA 3V6DA 3HSTB 3VQ9A 1G15A 2HHQA 3JYTA 3AVGA 3QNNA 1NK7A 1RNHA 1X9SA 1L5UA 2HHXA 3VQAA 3SPYA 3LWMA 3LPUA 1Q9YA 4IDKA 4CJ4A 3C6UA 2EHGA 4CK3A 1XI1A 3K59A 2WOMA 3NGIA 3E01A 4IFYA 3MAQA 3LZJA 3DLHA 1NK9A 1GOCA 5J2PA 2G8KA 4M45A 1T7PA 4WE1A 4CECA 4NCBA 2KW4A 3SI6A 1X9MA 2OA8A 1U45A 4DFKA 1BQMA 3MEDA 4CFDA 1NKBA 2KZMA 4F4KA 3QEIA 3LDSA 3K58A 1ZBLA 1LWEA 2OZSA 2GV9A 2DTUA 3V9XA 1S1VA 4DG1A 3M8SA 4B9VA 1NKEA 4M3RA 4Z4EA 2B6AA 3ZSOA 3VA3A 1ITGA 1B9DA 1VSHA 5KGWA 4OLBA 1T05A 1JLAA 3KIOA 4FM0A 1TGOA 4CHYA 1BIZA 2YNHA 2FBTA 1KVCA 1RCHA 4KHWA 1RBTA 5CZ2A 4DQPA 1S6QA 3AO1A 4BACA 1EP4A 3AV9A 3KLIA 3I8DA 3LP2A 1GOAA 4DTOA 4OLAA 3SJJA 4DFJA 4CIFA 4FZXC 1W9HA 5T7BA 4CHOA 3AO5A 3QINA 1NK4A 1RT5A 3SCXA 1I39A 3OYHA 2P1JA 1NKCA 4B9UA 4W5QA 4HHTA 4CHPA 4FVMA 2E4LA 4FJJA 3HPOA 4BDZA 3LP3A 3THVA 2Z1HA 3S9HA 5C25A 2HMIA 4KI4A 2Q3SA 1S1UA 2PYLA 1DTQA 3O3GA 3NF7A 1U48A 2KTQA 4FLWA 4FLYA 1K6YA 3OYAA 2YV0X 5FDLA 4CERA 4DQQA 1N5YA 1RTHA 1HPZA 4FM1A 2GUIA 2G8WA 1J54A 3LAMA 4H4MA 3BGRA 1EETA 2IAJA 4E1MA 3L8BA 4BWJA 4B9MA 4DLGA 4E7IA 4LH5A 2XRIA 4CEOA 3HK2A 4Z4GA 4KI6A 3AVKA 1C0UA 4RW7A 3QO9A 3HVRA 3A2FA 1O1WA 4QAGA 1SL2A 4ID5A 4Q0BA 4Y1CA 3LALA 3TAFA 4F3TA 1KLMA 1CZ9A 1DTTA 1VSMA 4HUEA 3SQ0A 3AVNA 1BI4A 4FJ9A 2PY5A 3M8QA 5KTQA 1RT6A 3G10A 1RTIA 3QERA 1VSDA 1KTQA 2BDPA 3ITHA 4KB0A 4CJQA 3VQCA 2JLEA 2BGGA 4KPYA 1JLFA 3TAEA 4FW2A 1S6PA 3WNEA 4C8OA 2YNGA 4DSIA 2IGIA 1QE1A 3QIOA 2XY8A 2YNIA 3QEVA 3NAEA 3TAPA 3O4NA 3DLBA 3SZ2A 3K5OA 5HRPA 1ZYQA 3OJSA 3TAQA 4Z4FA 2E6MA 3O3FA 1JXEA 4N76A 4UQGA 3PX4A 5JS1A 5JS2A 1JLQA 4CJFA 4QCLA 1FKOA 4FJXA 5HROA 3MEEA 3HM9A 4CK1A 3LP0A 4BE0A 3SV4A 5I3UA 3RR7A 2Y1IA 4C8LA 4KHUA 4F8RA 2W42A 4KHNA 4KB1A 4DTNA 3KTQA 1CXQA 1VRTA 3KD5E 4RG8A 4E3SA 2F8TA 1LWCA 4DLEA 1A5XA 3F9KA 2IS3A 4O4GA 3V4IA 1TKZA 1TKXA 4AHCA 3NH0A 5FRMA 3TARA 3OYIA 2B4JA 3KKSA 1JLGA 4E7HA 1NK0A 1IG9A 3RWUA 3OYJA 2VG6A 1W0HA 3C94A 3CM6A 5HRRA 3WNGA 3VQDA 1L3UA 3IS9A 4ZHRA 4IG3A 3UIQA 3RRGA 4RW6A 4EZ9A 1J53A 5KI6A 3T3FA 3MEGA 4TSXA 3CFRA 4FM2A 1NK6A 1BIUA 2OPQA 3L3UA 1KVBA 4KHYA 4F2SA 1XHZA 1XHXA 4J2EA 1WSJA 4OPKA 3O4QA 3U6FA 2QK9A 4DQIA 1RDCA 2YKNA 1C1AA 4MFBA 2O4IA 2Z1JA 3HPGA 4IFVA 4DFMA 3VQPA 1ASUA 1D9DA 3AVMA 3VQ4A 3OYMA 4C8NA 2BANA 1YTUA 3QEWA 3VN5A 2Z1IA 2RN2A 1QS4A 3FFIA 4CJ3A 1VRUA 4E19A 3OS0A 4FJNA 2HHUA 2VWKA 4CF1A 3AVAA 4JS4A 4CHQA 4AHTA 1RTDA 1JLCA 4E0DA 3K5NA 5K14A 1QSSA 4QOZB 3M8PA 4LD0A 4CJSA 2VWJA 1GOBA 2G8HA 2G8IA 4ICLA 4CJRA 4JLHA 2D5RA 1X1PA 3SPZA 1NJYA 1LW0A 3ZT0A 1JLBA 1YTAA 4FYDA 2DFHA 1RT1A 4G1QA 1YVUA 2HNDA 1BGXT 4XIUA 4CHZA 2QKKA 4M3YA 1LW2A 1VSKA 3ZSQA 1IH7A 1L3TA 5DMRA 4GW6A 3ZT4A 1SUQA 4DF8A 2HW3A 4KV8A 4DSJA 1FK9A 3LAKA 4PWDA 3OS1A 3KJVA 1UOCA 3B6PA 4CJ5A 1VSEA 4R5PA 3ZSRA 2KQ2A 1D5AA 3CFOA 3RR8A 4DU3A 4K8ZA 3TAMA 5J2MA 1BQNA 3QEXA 1KLNA 3HPHA 1NK5A 4CF9A 3VQ7A 3V9WA 3NH1A 3KLHA 4B3OA 4Z4IA 1ASWA 5CY4A 4FJIA 4O5BA 5J1EA 3CQ8A 4FLXA 2ITGA 3AA2A 3NF9A 1VSLA 2XHBA 4DSFA 1TAUA 3NF6A 3PV8A 1BCOA 2YKMA 3OYDA 3DOKA 1TV6A 4LSLA 3VQ5A 4IKFA 4IBNA 1J9AA 4CIEA 3V9UA 1HNIA 3V1OA 3RMCA 1U49A 3HO1A 1NOYA 4OPJA 3SV3A 3OYCA 4BDYA 4NCAA 1A5WA 1RT7A 4I7FA 4KTZA 4ELVA 2ATQA 4B8CA 4DTPA 3AVBA 4DSKA 3CYMA 4HCBA 4RW9A 1QSLA 3PUFA 3L2UA 4DTXA 2DFEA 3L2QA 1J5OA 1DLOA 4PY5A 3PX0A 4KTQA 4OJRA 4CJVA 3NBPA 2HVHA 2HHWA 1RTJA 4CEAA 4CJTA 4CJUA 4FJ8A 3V1RA 3DLRA 5SWMA 1HYSA 1SV5A 4FJLA 4PA1A 4M41A 4BE2A 1ZBFA 1HMVA 3HYFA 4M3TA 3I0SA 3DI6A 1TKTA 4OVLA 1EXQA 3K2PA 5CYQA 4E7KA 3D0PA 1VSIA 2A1SA 2PYJA 3PY8A 3OYFA 4O55A 4I2PA 3DRPA 3K5MA 1LV5A 1VSJA 3AVLA 3ZT2A 4O0IA 4KKOA 4J2BA 2DY4A 1KVAA 2FBYA 1NJWA 1TL1A 3QNOA 3RMBA 1U47A 4CJWA 1QTMA 4CF0A 1ZBIA 1A5VA 1TK8A 3KKRA 4DU1A 2HNYA 3ISNC 3AO3A 2A1RA 4CEDA 5FRNA 3DRRA 4FZZA 3DMJA 5J2QA 3NGZA 2D0AA 4CCHA 3ZSWA 3V81A 4FJGA 3WNFA 3JSMA 4DSEA 4FCYA 1N6QA 4M3WA 3RMDA 1BHLA 3RTVA 1ZBHA 1RBVA 4J2AA 3QIPA 4CFAA 4CF8A 3OYGA 3DM2A 2XO7A 1SKWA 3NCIA 4W5OA 1KFSA 1UAXA 5FROA 4CHNA 4E7JA 1U04A 3AVFA 4MQ3A 3EZ5A 4FK0A 4OGEA 4DTUA 3TABA 3NF8A 2PZSA 4HCCA 4KHSA 1NJZA 4OGCA 3S3NA 1B92A 4Z4CA 3AVIA 3KK3A 3OYEA 4RW4A 4B8AB 5C24A 3S3MA 4F2RA 1SL0A 5EU7A 2HHTA 1Q8IA 3HP9A 1IKVA 2GBZA 4CGGA 2YNFA 2HHVA 1RDBA 3P1GA 4YFUA 4FXDA 2EX3A 1RBUA 4DQRA 2G8FA 3KD1E 3ALYA 1IO2A 1S9GA 3U3YA 2KFNA 3U3GA 2YHBA 3KK2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NH2A 3IG1A 2P9SA 2E8AA 5KRTA 2KZZA 2OYQA 3CCRN 4PKHA 1JXBA 2IDOA 3VTHA 3ZT1A 4JRQA 4ILGB 4E89A 4A62A 2XY6A 3MN6A 3HP6A 1NGHA 1Q86O 5CZ1A 1HQEA 1D9FA 3TSQA 1JCGA 4C8KA 2NNWA 1RT3A 3THXB 3S41A 2X6SA 5GADP 3ASMA 5F0XA 1ASVA 3WEEB 1EKEA 4EAHD 1SKRA 4DQSA 4AHVA 3U4LA 4BWMA 3BEXA 4B08A 1RT4A 2XY7A 3CJAA 3KWIA 1S5JA 4YNQA 1YF5L 4O8UA 3C95A 2RHKA 3AA3A 3VQ8A 4O0JA 1UA1A 4ZTJA 2F96A 2P9IB 3K57A 3ZLJA 4DS5A 3A5NC 4CFCA 1N32K 1KAYA 1I3AA 1WSGA 1OVQA 1NJIO 4M42A 5ADXA 4PQUA 4IOCL 3ZSVA 3V1QA 3FE1A 4JKDA 3PX6A 2P51A 1NBWA 4BDPA 4JK9A 4KRFA 3CG7A 3V9SA 2ZGZA 2F9WA 2P9UB 3AA5X 1B9FA 3AO2A 2HHSA 4KHPK 4Y0WA 2E5LK 2XY5A 4F3OA 3VF6A 4JI0K 3AVCA 4JKGA 1QHTA 1FXXA 4CEFA 1GLEG 3UKUA 4RW8A 1VAZA 3DXMA 3SMSA 2NUBA 5KGXA 4Q5VA 1VQMN 3HVTA 3T1AA 3PO4A 2A42A 3JS6A 1K9MO 3CCMN 4DF4A 4ELUA 3SQ4A 4H4OA 3O1WA 2X6NA 1WNSA 1YJNN 2A6AA 3L2VA 3CFPA 4KAZA 2PBDA 1HKBA 2IOCA 2KFZA 3GDQA 1Z26A 3QLHA 4CEEA 1Z25A 1C6VA 3D2FB 1KRPA 3EYZA 4JI5K 1MWKA 2GUPA 4OKKA 4KO0A 2UUCK 2O8FA 1HYVA 4AILC 1T8EA 1HRHA 1XUPO 2OPPA 4JI8K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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