4CEDA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cedA00
4IDKA 4B9TA 2HHXA 1RBRA 2WOMA 4F8RA 4FJ8A 1RT3A 3ZSYA 3SPZA 4O0IA 1R0AA 3TAMA 3AO3A 3V1QA 2P1JA 3RMAA 1RBVA 1YVUA 2WONA 5E41A 3NGZA 4E7IA 4Z4EA 4LH5A 4Q0BA 3V9ZA 3SUOA 3M8SA 1NK6A 4OGCA 5T7BA 4NCBA 3WNGA 2D5RA 2FBTA 4LD0A 3HL8A 4DSEA 1SL2A 3C6UA 1G15A 3NH0A 3KD5E 4RW9A 4KO0A 3WNEA 3V9SA 5C25A 4CFAA 1XC9A 3ZSOA 3DRPA 4E7HA 3SV3A 3UIQA 3KK1A 4W5QA 4KKOA 4FLUA 2YKMA 3NF7A 1CZBA 2D0CA 2YHAA 3LP2A 3S3MA 2ZE2A 4BDYA 1SUQA 3I8DA 4RW6A 4DF8A 3SQ1A 3V81A 4KHWA 1QSSA 4CJ5A 3AVKA 5HLFA 1LW2A 2B6AA 3TAFA 4IFYA 1ZBFA 4DTXA 3PO4A 3SQ2A 4FLVA 3TABA 4QAGA 3KLHA 3CFOA 1BIUA 4KV8A 3SUQA 1BL3A 3VQ5A 4CF2A 3KLGA 5HRPA 4O44A 3TR8A 1T03A 2GUIA 4FCYA 4C8MA 1NK4A 4B9VA 1C0MA 2PYLA 4YFUA 2GV9A 1KCFA 1S6PA 4TSXA 3NBPA 2YKNA 3AVNA 4CJSA 4CF8A 5SZTA 1LWCA 3BDPA 5I3UA 1Z25A 2X74A 3V1RA 2P5GA 1NOZA 4AHUA 1C6VA 4B8CA 4FLYA 1NJZA 3AO2A 5CZ2A 4CIGA 3HVTA 2DFEA 4CECA 3TAQA 1WNSA 1RT7A 4FJMA 1KLNA 4J2DA 3VA3A 1SL0A 1JXEA 3QNOA 4FW2A 1VSIA 1U47A 2PZSA 1FK9A 1CZ9A 4LSLA 3K58A 2HHVA 5K14A 1FXXA 4FJNA 4CHQA 3SUPA 1YTAA 3K5LA 1BQMA 1UWBA 3QNNA 4EZ6A 3QEIA 3ZT2A 1Z26A 2ATQA 5J2MA 2Q3SA 4CEBA 4N76A 4DG1A 1NJWA 4HVJA 4M3TA 4FM1A 4DTOA 4OGEA 4DQIA 3RR8A 1WSFA 3VQ4A 2F96A 4ELTA 3LDSA 1J9AA 1B9DA 3B6PA 4BACA 4N41A 4F2SA 4NYNA 1EETA 3VQCA 3ZT3A 3CM6A 2LSNA 2BANA 4GVMA 5KI6A 3HM9A 1BCMA 4CEDA 3F9KA 3RMDA 3TI0A 4CEQA 2OZSA 1CLQA 1C1BA 1D9DA 1IKYA 2KZZA 3TAPA 3RR7A 1C0TA 3MECA 4CEOA 3AVMA 4I2QA 4B8AB 3SI6A 4CGIA 1ZBUA 2JGUA 3TAEA 1HQUA 3L3UA 3NGIA 4FJ5A 1TV6A 3MEGA 1ASWA 3C94A 3OS2A 1L3UA 4FM2A 1HMVA 4N56A 1X9MA 4FW1A 4NCAA 3KK3A 4FJKA 1EP4A 5CY4A 1VSDA 4DTNA 3CQ8A 3OS0A 5EU7A 5HRSA 5FRMA 1RT5A 3AVIA 1LW0A 3M8QA 1DTTA 1C1AA 2IOCA 2KFZA 2HHQA 1VSJA 1I3AA 3QLHA 2W42A 4NYFA 4O5BA 2QKKA 3DLGA 1JL1A 4OPJA 1SKRA 2IDOA 3L8BA 3SZ2A 1RDAA 4BE1A 3BGRA 1X1PA 2YHBA 3O3GA 3ZSVA 3DYAA 2OPSA 1C0UA 3U3YA 3SCXA 5FDLA 3PY8A 2NUBA 4M45A 4AILC 4M3UA 3T3FA 5C24A 4FJ9A 3TARA 1BGXT 1S9EA 2HVHA 2A1SA 3ZSWA 3VQDA 4DTRA 4IFVA 1TAQA 4ZHRA 1QSLA 4DU1A 4W5NA 1RDDA 4QCLA 1HNVA 2FBYA 4DU4A 4CCHA 1TL1A 4CGJA 4KPYA 1T8EA 1DTQA 3HK2A 4CJFA 4DF4A 1KVCA 3AO4A 3ZT1A 1KLMA 4ELVA 1WSGA 2IS3A 2E6LA 1ASVA 4ZTJA 3NHGA 1X9SA 4JLHA 3KD1E 4I2PA 2OA8A 2QK9A 3DLKA 3ISNC 4CHZA 2Z1GA 1SL1A 5HROA 4DLGA 3PX0A 1GOBA 1DLOA 2G8FA 1LAVA 3NCIA 2XY6A 4C8LA 3T19A 4PY5A 3AVHA 2A1RA 1EXQA 1L3SA 2DY4A 1UA0A 3ALYA 4M3YA 4HCBA 4W5OA 1N5YA 4J2BA 4CJWA 3K59A 3C95A 3LPTA 3U3GA 4CJPA 3HT3A 4FLTA 4B9UA 1JLQA 4B9LA 4JS4A 4CK2A 4F4KA 3DLRA 1JLBA 4LSNA 4FJGA 4IG3A 4UQGA 5I42A 2FBXA 3DRRA 1B9FA 4F3TA 3AO5A 3LWMA 1B92A 4CFCA 3QO9A 3NF9A 2IAJA 3L2QA 4FJXA 3CM5A 4DTPA 4B9NA 3V9UA 4KB1A 4FJHA 4GW6A 4ZTFA 1IKVA 4DTJA 4FVMA 1J53A 5J2PA 4FM0A 1VSMA 1JKHA 4DWIA 4R5PA 3L3VA 4JRPA 4DFPA 5DK5A 4FZXC 4Z4FA 4E7KA 3AA4A 1JLAA 3VN5A 3OVNA 3NH2A 4EP4A 3IG1A 3L2UA 4Z4CA 3OYCA 1KSPA 1RDCA 3SQ0A 2ZQBA 4CIFA 1RT1A 2XO7A 3ASMA 1EX4A 2VG7A 1JLFA 2R7YA 4DSKA 1QSYA 4K8XA 1SV5A 3S9HA 3I0SA 3OYEA 3D0PA 3L2WA 2O4IA 3ZCMA 3SQ4A 4KHSA 4YNQA 1NJYA 4BWJA 4CF9A 2D0BA 4DFMA 1WSIA 4CJKA 1Q9XA 4KTQA 1L5UA 5FRNA 4DTMA 2Y1IA 4JS5A 4E1NA 5FROA 4CJUA 3AA3A 3DOKA 1BIZA 1BQNA 2F8SA 2RN2A 4CEZA 4FZZA 5CYQA 3WNHA 2ITGA 1HYVA 1WSHA 3DRSA 3HYFA 3FFIA 4M41A 3MAQA 1QE1A 4CJ4A 3O3HA 1YT3A 1D5AA 1WLJA 4CIEA 3KLFA 4I9LA 4C8OA 4Z4IA 1TL3A 1K6YA 4DU3A 2FBVA 4DTSA 4OKJA 4OLAA 1D8YA 4DS5A 1S1VA 5HRRA 3QEVA 4IKFA 3QEPA 1XHZA 4E7JA 1TKXA 3KLEA 1EKEA 4K8ZA 3OYLA 4AHRA 4EP5A 3I0RA 3A2FA 4C8NA 4KTWA 3P83D 3OS1A 1HPZA 1NKCA 4FXDA 1NJXA 4FLZA 1NK8A 5CYMA 3QERA 3AVBA 3RMCA 3TAGA 1HNIA 2Z1IA 1NOYA 1A5WA 3IRXA 5DMRA 1W0HA 2YNIA 4O55A 4FJLA 2HHWA 4WE1A 2G8UA 1UAXA 1WN7A 3NE6A 1S6QA 2XY8A 3CYMA 4CGFA 3ZSRA 4M3XA 4OVLA 4ICLA 1VSLA 1RBTA 4J2AA 1RNHA 1HQEA 1UA1A 5KGWA 4CJ3A 4CJLA 4XIUA 1F21A 3ZT0A 3NAEA 3TWHA 1NK0A 3NFAA 3VQ6A 3KTQA 4DSLA 3AA5X 1JLCA 3PUFA 2KW4A 4KAZA 3OY9A 2Z1HA 2P51A 4I7FA 2X6NA 5J1EA 3JYTA 1ZYQA 3AVLA 2BGGA 4RW4A 1N6QA 3DOLA 3K57A 3HSTB 2HNDA 3QINA 2KFNA 3HP9A 1TVRA 3OYDA 2Z1JA 4PQUA 1S1UA 2VG5A 1T7PA 5HRNA 3DMJA 2OPPA 4DFKA 5HP1A 2E4LA 1HYZA 1KVAA 1BISA 3AVAA 4CK1A 3LZJA 4E89A 3OYFA 3LZIA 1JLEA 3KIOA 1RBUA 1XHXA 3LAKA 4O4GA 1QHTA 1TGOA 1QQCA 4RW7A 2G8HA 3OYGA 4L8RB 1LV5A 4KHYA 3VQBA 3OYNA 4OKEA 3CFPA 4OLBA 4CF1A 3KKSA 3IAYA 3CG7A 4BDPA 3LPUA 1ZBLA 2E6MA 4PWDA 2HVIA 1TK0A 4DS4A 4DSFA 3PX4A 1VSKA 4H4MA 4CESA 1WSEA 4O0JA 2QXFA 4DFJA 4E0DA 2G8WA 1VSFA 1ZBHA 2RF2A 5JS2A 2JLEA 3EY1A 4HUGA 1U04A 1L3VA 2HHUA 4B08A 4E7LA 3RTVA 4DQSA 1I39A 4FJIA 3RWUA 3DLBA 1A5VA 1VRUA 2ETJA 1J5OA 2F8TA 1IH7A 4J2EA 2B4JA 4DQRA 1MU2A 3SPYA 1XI1A 2OPQA 3NGYA 2HW3A 1TK8A 2OZMA 1TKTA 4N47A 1RT4A 4JRQA 3OYAA 2QKBA 3EYZA 2AJQA 3B6OA 3M8RA 1IO2A 4CGHA 1L3TA 3NH1A 4KB0A 3SYZA 3F73A 3V4IA 4W5RA 1U48A 1RTHA 2G8VA 4Y1CA 3QEXA 2P5OA 3VA0A 4CJQA 3O3FA 3QEWA 3IS9A 4Z4GA 1LWEA 4CFBA 1RDBA 4BE0A 2PYJA 1FKPA 3KKRA 2OPRA 4ID5A 1D9FA 3EZ5A 4FK2A 3O4NA 2PY5A 1C1CA 2HHTA 3K5NA 1KFDA 3G10A 3HPHA 4KHNA 3QESA 2G8IA 3LAMA 3LANA 1KFSA 4B3OA 1Q8IA 2O4GA 2YNHA 4KREA 2KTQA 3NF8A 4NCGA 4AHTA 1RTJA 1RILA 3V6DA 1NK5A 1W9HA 3HPGA 4DTUA 5KTQA 3QETA 3NF6A 3JSMA 4CGDA 1UOCA 4CFDA 2Y1JA 1FKOA 4FK0A 2XY7A 5CZ1A 1VSHA 4G1QA 4CEEA 3ZSXA 3V9XA 1J54A 3OYHA 1NKEA 4FYDA 3VQAA 1IG9A 1CXUA 4IBNA 1Q9YA 4FJJA 4CHNA 1TK5A 3HO1A 3HJFA 1WAJA 4RW8A 4KHUA 4DQPA 4KI6A 2I5JA 3VQPA 3VQEA 3ZSQA 2KZMA 3P5JA 1WAFA 4KI4A 4M42A 4BE2A 1GOCA 3ITHA 4HUFA 5D3GA 1IKXA 1BHLA 4CHOA 5KRSA 4LH4A 2HB5A 2BDPA 2HMIA 1VK0A 4BWMA 4Z0UA 3LWLA 3V9WA 4CHYA 3ZSZA 3OJUA 4CJEA 1NK9A 1RT6A 4CEFA 2OYQA 1T05A 1TKDA 3RRGA 3PO5A 4FZYA 4KFBA 3G0ZA 4CE9A 1IKWA 3D45A 3HP6A 3S3OA 1HRHA 4CJRA 2DFFA 2ZD1A 3DLEA 1X9WA 1S1TA 3MEDA 3AVJA 3H08A 3PV8A 4EZ9A 1HYSA 3E01A 1LWFA 4OPKA 2IC3A 3HXMA 4DMNA 1SKWA 2YNFA 4F2RA 1ASUA 2YNGA 3LALA 3M8PA 4ID1A 3OYMA 3PX6A 1U45A 3DLHA 4PUOA 4M3RA 3VQ7A 3KJVA 3MXIA 3TANA 4DSIA 3AV9A 4CJVA 1JLGA 3V1OA 2VWJA 4HTUA 4AHCA 3SNNA 4HCCA 3U6FA 4E19A 4FLXA 4GMJB 4Z4HA 3K5MA 1A5XA 2VG6A 4KTZA 3VQ8A 1TAUA 4OJRA 4E1MA 5C42A 1LAWA 2RKIA 1REVA 3THVA 3ZT4A 1CXQA 1KTQA 3DI6A 1RT2A 2GBZA 4CGGA 1QS4A 4DSJA 3MXJA 1YTUA 4LY7A 3KLIA 1BI4B 3K5OA 3LP0A 3O4QA 3OYBA 1JL2A 3OJSA 1SKSA 1S1WA 1Y97A 3DM2A 4AH9A 4Q5VA 4I9QA 4AHSA 3QIOA 2KQ2A 5SWMA 5HBMA 2X78A 4FLWA 3AA2A 5J2QA 3SJJA 2HNZA 3RRHA 1VSEA 3OYIA 4MQ3A 1KRPA 4N5SA 2X6SA 4KRFA 4CHPA 2FC0A 4CEAA 4CJTA 2HHSA 3AO1A 4ELUA 1BCOA 2BE2A 2VWKA 3VQQA 3HPOA 5KRTA 3K2PA 4CERA 3KK2A 4H8KA 5KGXA 1U4BA 1WSJA 4IG0A 2XRIA 2D0AA 4RG8A 5J2NA 1HJRA 3P1GA 4CK3A 1TKZA 1XWLA 4CF0A 3SV4A 2B5JA 5JS1A 3C6TA 1RTIA 1O1WA 3RMBA 4M3WA 3L2VA 4BDZA 2XY5A 1S5JA 2RPIA 4OKKA 1RBSA 3MXMA 4C8KA 3AVFA 4H4OA 4DLEA 1KVBA 3WNFA 1S9GA 1VRTA 4W5TA 2HNYA 3AVCA 2IGIA 3NDKA 4FK4A 3T1AA 4B9MA 3OYJA 1JXBA 3QIPA 3MEEA 3CFRA 1BI4A 4AHVA 3HVRA 4E3SA 2DTUA 3LP3A 4F3OA 2YV0X 1NKBA 4HHTA 4DQQA 3AVGA 4PA1A 1S1XA 2XHBA 3ULDA 4HUEA 3S3NA 1GOAA 1U49A 4KHQA 1QTMA 4M3ZA 4FJ7A 3VQ9A 4QOZB 4B9SA 4MFBA 3SUNA 1RTDA 3L2RA 2EHGA 3LP1A 1ZBIA 1ITGA 4Y1DA 1NK7A 3OYKA 2DFHA 2G8KA 2EX3A 1RCHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3R6MA 2HHXA 1RBRA 4FJ8A 1FJGK 2GEMA 4GKKK 4BR7A 2P1JA 1RBVA 1YVUA 5E41A 1C0FA 2FSJA 4Z4EA 4Q0BA 3E9PA 4YOVA 4RW9A 3UIQA 3VF6A 5BN8A 2YJFA 4YOXA 3NF7A 1CZBA 4G9ZA 3LP2A 4FWQA 4IEIA 2ZE2A 4FVUA 3CJ7A 5LJVA 1IBKK 4FWSA 4KHWA 1QSSA 5BN9A 3GE1A 1LW2A 2B6AA 4H5NA 3SJHA 4FLVA 1XUPO 3D6RA 3WEEB 2VGMA 4CF2A 3KLGA 2WUSA 1NBWA 4FCYA 2PYLA 1S6PA 4TSXA 3CMAN 2QEXN 1LWCA 5I3UA 2P5GA 1NOZA 4AHUA 5CZ2A 3ZX3A 3TAQA 1WNSA 5AQQA 3K9JA 4NLBA 3G71N 1U47A 1FK9A 4LSLA 1DEJA 4FJNA 2VWBA 3SUPA 3PIPL 3QNNA 2UXDK 3FZFA 2F7TA 2ATQA 4BRCA 1HNZK 4AF1A 4M3TA 4DTOA 3VQ4A 1J9AA 1B9DA 4BACA 5CE3A 1K8KB 3H1VX 4NYNA 2NRXA 3ZT3A 5KI6A 2D0PA 4CEDA 3F9KA 2ZJRL 3TI0A 4IO8A 4CEQA 3HZ6A 2KZZA 4CD3A 1C0TA 4CEOA 3AVMA 3SI6A 3L3UA 5E26A 3C94A 5BPLA 1HMVA 5LY3A 2P9NA 4NCAA 2E2QA 4B3RK 3M1FA 4BR0A 4F9OA 3BZCA 2O8FB 2FF3B 1I3AA 4NYFA 1GLJO 4PL8A 4OPJA 3SZ2A 3O4WA 3MN6A 3ZSVA 3AAQA 1C0UA 4ILHA 5FDLA 5AZIB 3TARA 4DTRA 4IFVA 1ATSA 1TAQA 2P9SB 2FBYA 1TL1A 4KPYA 3P38A 1T8EA 4KHPK 1KAZA 3M6GA 5EXWA 1KVCA 3AO4A 5GAGP 1KLMA 4I6MB 5AQRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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