4CEEA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 59
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ceeA00
4FLXA 3CQ8A 4DFKA 4O55A 4F3OA 4BE1A 4CCHA 5HRRA 2ZD1A 4DTUA 1J5OA 3V9SA 3PY8A 1QE1A 4EZ6A 2D0BA 1L5UA 3MXIA 4DSFA 4L8RB 1HYZA 3SPZA 1S9EA 1WN7A 3TAQA 1RCHA 1QSYA 3L8BA 2EHGA 4DTJA 4KV8A 2PYLA 1I3AA 4DFPA 3WNGA 4FJ8A 3TAFA 3BDPA 3AVNA 3M8QA 3AV9A 4YNQA 1SL1A 1JL1A 2HNYA 3OS0A 4LSNA 3MAQA 1U4BA 3L2RA 4Z4EA 2HHQA 3OS2A 4CJQA 1IKXA 4LD0A 4HUGA 4F4KA 3OVNA 4EP5A 3G0ZA 4CGDA 4CESA 4FLVA 1WSGA 4NYNA 1U47A 5I42A 2OZSA 3I0SA 4K8ZA 1MU2A 3DOKA 2HHWA 2DFFA 2G8KA 4JRPA 3NF7A 1RT4A 3NF9A 4CGFA 1C1CA 4ICLA 3P5JA 4CFAA 4CFBA 3QETA 3VQCA 4OKEA 3AVBA 4OKKA 1WSFA 3TARA 1NJYA 3CFRA 3OS1A 4UQGA 3V1QA 3K2PA 2GV9A 1QSSA 4DTXA 3VQBA 1ZBFA 1NK9A 1NK4A 4DU1A 4RW8A 4J2AA 3IRXA 4FJ9A 3OYAA 4LH4A 4ELTA 1VSJA 2YNHA 3V9WA 3U6FA 1TVRA 3ZSRA 2YKMA 3M8RA 1K6YA 2RKIA 1I39A 1L3UA 4CGHA 3EY1A 4FJGA 1ASWA 2KFZA 3WNEA 1ZBIA 3LANA 4KB1A 3AA2A 2BGGA 3VN5A 1NOYA 3HPHA 4CECA 1QSLA 4DF8A 1VSKA 1VSMA 3L3UA 5HRPA 4GVMA 5HROA 1WLJA 3NF6A 1RILA 4CJ3A 3RR8A 4M42A 1ZBUA 3AVAA 4Z4FA 4KRFA 2HHSA 3L2UA 4F2RA 1ASVA 4FJNA 4FXDA 1A5XA 1WSEA 4GW6A 3MEEA 2G8WA 3AO5A 4FJKA 4KO0A 4E19A 3EYZA 4AH9A 1RTDA 4KREA 1TAQA 4CK1A 4KHSA 1QS4A 4EP4A 3NE6A 1TK5A 4DWIA 1HQUA 1SV5A 3RTVA 2X74A 2NUBA 3AVGA 3SI6A 3KK2A 2GBZA 5HBMA 3M8PA 4DFMA 3V4IA 1R0AA 1D9FA 1KSPA 1KVBA 3V9UA 2G8UA 4CEAA 1NOZA 2FBTA 1HJRA 2JLEA 1VSDA 1JLGA 1BISA 1JLEA 2WONA 3SUNA 3HK2A 1XHXA 4I2QA 3V1OA 4FJIA 3HXMA 4PUOA 4DQIA 2QXFA 4QAGA 1S1XA 1BQMA 1FKOA 1TV6A 1RDCA 3B6OA 2HNZA 4OKJA 3NF8A 3I8DA 4DSKA 1QQCA 4KPYA 1DTQA 1G15A 3SJJA 4BDPA 4CJFA 1LAVA 2Q3SA 4CIGA 4E7KA 3OYIA 1BL3A 3M8SA 3TAEA 4BDZA 1RDBA 3DLHA 1JXEA 4DQSA 4CGGA 4O0JA 2O4IA 3VQEA 3OYNA 1ITGA 2YHBA 3KLEA 3VQ5A 3ZT2A 2A1SA 2GUIA 2KW4A 2ZQBA 4W5RA 1LWCA 1YTAA 3I0RA 3JSMA 4BE2A 4M3WA 1B9FA 3AVMA 5DMRA 4CERA 4F2SA 3K57A 4ZTFA 4IFVA 1DLOA 4ZHRA 4E7LA 5C24A 3QLHA 1L3TA 3H08A 3RWUA 4DTMA 2XY5A 4KHQA 2X6SA 3NDKA 3VQDA 5J2NA 3RRGA 1RTJA 4CIEA 4QCLA 4LY7A 3AO1A 3IAYA 5J2PA 2VWJA 3LWLA 3LP2A 4CEOA 2QK9A 1X9SA 2X6NA 3HPOA 2EX3A 1CZBA 1QHTA 2OA8A 1C6VA 3MEGA 1C0MA 4H4MA 1RNHA 3TAGA 4FJHA 4CFCA 4FLWA 2ATQA 3RMCA 3L2VA 4B9SA 4FM1A 1GOCA 2F8SA 4KTWA 3T1AA 3JYTA 3RMBA 1BCOA 1IKWA 3PUFA 2VG5A 1IKYA 2E4LA 2VG6A 4C8OA 2IC3A 1UA0A 3CYMA 4E7HA 2DY4A 2HMIA 1REVA 3O4QA 3ITHA 2PY5A 3SNNA 1B92A 1TKZA 3KKSA 2OPSA 4Z0UA 3RMDA 3ZSOA 3OYBA 3NGIA 1IKVA 1HPZA 4KI4A 3THVA 2YHAA 2BE2A 3OYLA 5HRSA 1A5VA 3KLHA 4E7JA 2A1RA 3V9XA 5HP1A 2DTUA 2B6AA 4NCGA 1ZYQA 1FXXA 3QO9A 3ZSWA 4CK2A 1VSLA 3K58A 1N6QA 4O5BA 3O4NA 3IS9A 1WSJA 2G8HA 1KCFA 4CJTA 1KRPA 2RPIA 4CF1A 3SPYA 2VG7A 1TL1A 2XY7A 3LALA 3NH0A 1Q9YA 1NJXA 3KLFA 1CXQA 3OYJA 1LAWA 4DLEA 1RT6A 3OJUA 4CEZA 2IGIA 4B08A 2DFEA 4E3SA 5D3GA 4FYDA 3DLGA 4IG0A 4CJPA 1HYSA 1JLBA 3DRRA 4K8XA 3WNFA 4G1QA 3OYGA 1RBUA 3U3YA 1TK8A 1BHLA 4AHTA 2ZE2A 1EP4A 4R5PA 3PX6A 4LH5A 3DLRA 2FBXA 4E1NA 4Q5VA 4DF4A 2KTQA 1CXUA 4J2BA 3KK1A 1RTIA 4N5SA 1JKHA 4FVMA 4M45A 2F96A 3NAEA 4JRQA 3VQ8A 3RR7A 1SKWA 3DRSA 3U3GA 1XI1A 4CJWA 2G8VA 4FZZA 1S5JA 4BDYA 4O44A 3LWMA 1LWEA 4M3XA 1N5YA 4FK0A 2PYJA 3SCXA 4M3UA 3LZIA 2P1JA 4KFBA 1U45A 1T05A 4OLAA 2HVIA 1VSFA 2B5JA 4M3RA 3TANA 1B9DA 4W5TA 1X9WA 4DSLA 5DK5A 1XHZA 3F9KA 4DTPA 1UOCA 4CF9A 4OPKA 4NCBA 3HP6A 3P83D 3SQ2A 1S1VA 4HUEA 4DLGA 4AILC 3K59A 2HVHA 4JS5A 4M3ZA 4FZXC 4JS4A 1A5WA 3RRHA 4B9NA 2HHVA 1S1TA 3KK3A 4FK2A 3TWHA 4CIFA 4ID1A 3ZT1A 1TKXA 3NFAA 4HTUA 1W0HA 4E1MA 3LDSA 4CEBA 4FJJA 4DTOA 3ZSQA 4Z4IA 5EU7A 1NK8A 1TGOA 1WAFA 1O1WA 4HCCA 4DU3A 1JLCA 4CFDA 1WSHA 1JL2A 4PY5A 3TABA 4AHRA 1BI4A 3L2WA 1VSEA 3PO4A 3S3MA 1RBVA 1YT3A 4DSEA 4AHCA 2XO7A 3OYMA 2HHXA 1JLFA 2OYQA 2QKKA 1Z25A 3MXJA 4FM0A 5CYMA 3UIQA 3KD5E 2E6MA 4CE9A 2KQ2A 1VK0A 2YNFA 3ALYA 2Z1IA 5CZ1A 1UAXA 1NK7A 4N41A 1XC9A 1T7PA 5CZ2A 4KAZA 2B4JA 4C8NA 1RBTA 1LWFA 1WSIA 2FBVA 3AVKA 4FM2A 4ZTJA 3VQQA 4CF0A 4CJ5A 3HL8A 3TAMA 3AA3A 3ASMA 3C6TA 1CZ9A 3ZT3A 4CEEA 4CJSA 2KZMA 4GMJB 4KTZA 3QESA 1NK0A 2JGUA 3C95A 4N47A 4KTQA 3ZSVA 1KVCA 4LSLA 3LP1A 4I2PA 4KHNA 1C1BA 4FLZA 3V81A 1CLQA 3V9ZA 2PZSA 2KFNA 4FJLA 3MEDA 3CFPA 1SKSA 4OLBA 3MXMA 2FBYA 1BCMA 4ELVA 2X78A 2XY8A 4C8KA 3K5MA 3SYZA 3D0PA 3HJFA 2OPPA 2Z1HA 3AVFA 2BDPA 4IG3A 4MQ3A 5CY4A 1NKEA 4FW2A 3QEVA 4BE0A 3SZ2A 4KB0A 3C94A 4DFJA 5C25A 1J54A 1S1UA 5SZTA 4B8AB 4CHPA 3SQ0A 1JXBA 3FFIA 4CEQA 5KRTA 4DS5A 1U48A 4DSJA 4O0IA 1TK0A 2D5RA 4FJMA 4IDKA 1FK9A 4Q0BA 3ZSYA 1VSHA 3L2QA 2FC0A 4CGJA 4Y1CA 3DYAA 2ITGA 3NH1A 1TAUA 1LW2A 4M41A 3ZSXA 4CJKA 4QOZB 5K14A 1JLAA 5J2MA 2P51A 1F21A 4Z4CA 5KTQA 4DTRA 3QNNA 4RW7A 3F73A 3KTQA 1T8EA 1ZBLA 4B3OA 1RT2A 3VA3A 1TKDA 5KRSA 3ZT0A 4F3TA 2YNIA 4B9VA 4AHSA 3SV3A 1C0TA 3B6PA 2IOCA 1S6QA 1Z26A 4I7FA 5KGWA 2HB5A 3IG1A 4DSIA 3V1RA 2IS3A 3LZJA 1EKEA 3PX4A 4MFBA 4RW4A 3DI6A 4H8KA 4O4GA 4J2DA 1J9AA 4IFYA 3OYFA 3K5NA 2G8FA 1BGXT 2IAJA 4PA1A 1NK6A 1LW0A 1S9GA 4AHVA 3QNOA 4E0DA 4M3YA 1RTHA 3S3NA 3OYDA 3KJVA 4FLYA 2OZMA 2IDOA 3QIPA 1RBSA 4CJ4A 2O4GA 3SQ1A 3KIOA 3AVIA 2DFHA 3DM2A 3G10A 3HP9A 2Z1GA 1BIZA 4DQQA 4FJXA 4FJ7A 4W5NA 4M3TA 5JS1A 1RDDA 2HNDA 3OYKA 3QERA 4FLUA 1DTTA 4FJ5A 4CF2A 3HSTB 3OYCA 4DTNA 1U49A 2P5OA 4IBNA 3QEPA 2XRIA 1HMVA 1RDAA 3O3FA 3LPUA 3QEXA 3PV8A 5CYQA 5T7BA 3QEIA 1IG9A 1ASUA 1L3VA 2F8TA 3NCIA 4KHYA 3ZCMA 4CHZA 3NHGA 4ID5A 3S3OA 4RW9A 4CHOA 1KVAA 1NJWA 3DOLA 3T19A 2D0CA 3AA5X 3LPTA 2ETJA 4DMNA 4TSXA 4CHNA 3O3GA 3V6DA 4Z4GA 3CM6A 5JS2A 3ULDA 5E41A 3K5OA 4DS4A 1FKPA 3ISNC 1SL0A 1RT3A 4FCYA 2W42A 4NCAA 2QKBA 1JLQA 4DTSA 3KKRA 4FLTA 3S9HA 1EX4A 1VRTA 2P5GA 4FK4A 3P1GA 3TR8A 2Y1JA 4CF8A 4E89A 3CG7A 1RT1A 3C6UA 3OYEA 1C0UA 4NYFA 3ZSZA 3OYHA 4RG8A 3RMAA 3SV4A 1EXQA 1ZBHA 2I5JA 3L3VA 1C1AA 1D8YA 4C8LA 4HVJA 1RT5A 1NJZA 4OPJA 3DLBA 3NBPA 1VSIA 2KZZA 3BGRA 2Z1JA 2YNGA 1W9HA 4DQRA 1U04A 3AO3A 1EETA 4KHWA 1YVUA 2E6LA 4DQPA 4CJLA 3LAKA 3LP3A 3K5LA 3EZ5A 3VQPA 3D45A 1GOAA 4OGCA 2Y1IA 3AVHA 3LP0A 2BANA 3CM5A 2XY6A 1T03A 1UA1A 2RF2A 4AHUA 4YFUA 3DRPA 3KLGA 1SL2A 4J2EA 5FROA 4RW6A 3SQ4A 1HNVA 1KLMA 1QTMA 1S6PA 1KFDA 2YKNA 1NKBA 3HPGA 3NGYA 4CHQA 4B9TA 3TAPA 4EZ9A 1L3SA 3AO2A 3CFOA 5SWMA 4I9LA 3T3FA 3VQAA 3O3HA 4F8RA 1KTQA 3VQ9A 4B8CA 1KFSA 1D9DA 3HO1A 3SUQA 4CJRA 4ELUA 5KGXA 5FRMA 3AVLA 2RN2A 4OGEA 4OVLA 1LV5A 1WNSA 1RBRA 3SUPA 2HHUA 1S1WA 4W5OA 4CJUA 1BI4B 3A2FA 1WAJA 1NKCA 1RT7A 2D0AA 5KI6A 3TI0A 4IKFA 1IH7A 4H4OA 3AVJA 1VRUA 3DLEA 4PQUA 4KKOA 1Y97A 5FDLA 3OJSA 3VQ7A 1X1PA 2VWKA 3QEWA 4E7IA 5HLFA 2LSNA 1YTUA 3DMJA 4B9MA 1BQNA 1HNIA 1XWLA 3HT3A 4B9UA 1SUQA 1TKTA 3LAMA 1HYVA 4N56A 4Y1DA 4BWJA 4BACA 4XIUA 1X9MA 3WNHA 3PO5A 3HYFA 3E01A 4KI6A 1BIUA 3OY9A 5FRNA 3DLKA 3ZT4A 3PX0A 2YV0X 3KLIA 4CEDA 3AVCA 4WE1A 3VQ4A 1Q8IA 5I3UA 1GOBA 5HRNA 3HM9A 2R7YA 2G8IA 3AO4A 3VA0A 3NH2A 1J53A 1UWBA 2OPQA 4FW1A 2HW3A 3MECA 1HRHA 1NK5A 2XHBA 4OJRA 1IO2A 3QINA 4CK3A 4DG1A 3VQ6A 5J1EA 4CGIA 4CHYA 3NGZA 4CJEA 4N76A 2WOMA 4W5QA 4HHTA 4I9QA 4FZYA 4C8MA 1TL3A 4B9LA 1D5AA 4JLHA 4Z4HA 4HCBA 4BWMA 5C42A 5J2QA 2HHTA 4PWDA 2OPRA 4CEFA 4CJVA 3SUOA 3KD1E 2AJQA 3AA4A 4DU4A 1SKRA 1KLNA 3HVRA 4KHUA 1Q9XA 3QIOA 3HVTA 4HUFA 1HQEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VEXA 4DFKA 2NRVA 5AQSA 4EZ6A 2QWMA 1QE1A 1L5UA 3MXIA 5TKWA 4L8RB 3SPZA 3TAQA 4KV8A 4FJ8A 3M8QA 4IDHA 4YNQA 4IO8A 5EOYA 2HNYA 2HMPA 2HHQA 4Z4EA 3OS2A 4JEPA 4FLVA 4A61A 2HHWA 3NF7A 1C1CA 3O1WA 3P5JA 4ICLA 4CFAA 1LCUA 4OKEA 3H45C 4WQ4A 1NJYA 1ZBFA 1NK4A 4QS7A 4J2AA 1HPMA 2QWLA 5AQNA 4IWVA 2RKIA 1HNWK 2KFZA 1ZBIA 3VN5A 1KAZA 1QSLA 1VSKA 3L3UA 4JV5K 2E88A 1ZBUA 3CMEN 3L2UA 3MWTA 1A5XA 1WSEA 4GW6A 4PHTX 3EYZA 2UU9K 4AM6A 4AH9A 3EO3A 1TAQA 4CK1A 5F0XA 1QS4A 3A8YA 4EP4A 4CZEA 3R3LA 5HL7L 3D7EO 3VEZA 4DWIA 1HQUA 1SV5A 1KAXA 3THXA 3AVGA 3BF1A 3SI6A 2GBZA 1KSPA 2NRXA 5FPEA 1BISA 3UKRA 4FJIA 4DQIA 3VGKA 3VESA 4KPYA 1G15A 4CZIA 1S22A 1RDBA 3PSFA 5AZIB 2BH1A 4CGGA 3HBTA 3VETA 3VQ5A 1NU0A 4JNEA 3JSMA 1X3MA 1B9FA 4CERA 4F2SA 4ZTFA 3FZHA 1ATSA 3P38A 3RVCA 1BG3A 3VQDA 3RRGA 1RTJA 5B8HA 1WB9A 4LY7A 4BVOA 2QK9A 4IEEA 3QBWA 3HPOA 1VQPN 2OA8A 4LF5K 1BCOA 3LL3A 1IKYA 2E4LA 2VG6A 4EIAA 1U6ZA 1UA0A 4E7HA 3JS6A 3ITHA 1B92A 4GV6A 4B1UB 4GY2B 3KKSA 4XH4A 5AQKA 3WQTA 4A5AA 1HPZA 3FZLA 2BE2A 5HRSA 5HP1A 2B6AA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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