4CERA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cerA00
5SZTA 3HT3A 5J2PA 3PV8A 1J54A 1BCOA 2DFFA 1DTQA 4CHNA 4Z0UA 3QEVA 2PZSA 3NBPA 1WN7A 4B9TA 1KVAA 4E19A 4W5OA 3VQ8A 4E7KA 4CHOA 4J2EA 2F8SA 4B9NA 3ZSVA 4DSIA 2X6NA 1S1WA 1EXQA 3LWLA 1VSHA 5HRNA 4BE0A 2FBYA 3KD1E 3OYAA 4FJ5A 4EP4A 4JRPA 3DYAA 1UA1A 1L5UA 3LPTA 3OY9A 3C6TA 2OZMA 4DU3A 2YNGA 2FBTA 4CK1A 4FJNA 2DY4A 3CYMA 3HPOA 4C8KA 2GBZA 3T1AA 2X74A 4RW7A 1WSJA 4DFKA 3VA3A 1HNVA 2IC3A 3AVKA 3NH0A 2VWJA 4Z4FA 3ZT0A 3RMAA 1RTDA 5FROA 3MEDA 3DRPA 4RW4A 1QQCA 3VQBA 4HHTA 1FK9A 1RT7A 4DSJA 3OYKA 1B92A 1ZBLA 4RW6A 4E7JA 4AH9A 3KTQA 2GV9A 3CM5A 5CZ1A 1KVBA 2E6LA 3AO1A 4ICLA 5KRSA 5HLFA 1NKCA 4PQUA 4KHQA 3NHGA 4O44A 3RWUA 4BACA 4OVLA 3RR7A 3VQQA 1HQEA 1TKXA 3ZSZA 2YKMA 4DLGA 4W5TA 3QNNA 3F9KA 3LP0A 4CJWA 3SQ2A 1RT1A 2PYLA 2A1SA 3FFIA 4DTJA 1REVA 1NOYA 4CIEA 3IS9A 1XHXA 4LD0A 4E7HA 4KKOA 1RT6A 1S9GA 2RKIA 1KLMA 4Z4GA 1S1UA 4JS5A 1S5JA 3OYBA 2F8TA 2ZQBA 1RT3A 1RTJA 1BQMA 1ZBIA 3HVRA 1TL1A 3HP6A 4KREA 1BQNA 3ZSQA 3RMBA 3BDPA 4DQPA 1HYZA 4KRFA 3NDKA 2YHAA 1JXBA 1J53A 1SV5A 3SCXA 1RTIA 4M42A 4FXDA 1HMVA 1K6YA 3THVA 1RDAA 2HMIA 4UQGA 1SL0A 2HNDA 1W9HA 4MQ3A 2KW4A 2VG5A 3QETA 1VSJA 2Y1JA 3HSTB 2X78A 3TARA 1EKEA 3V1QA 4F2SA 4QOZB 3OYGA 3VQAA 1L3VA 2EX3A 3KK1A 5C42A 4DTRA 3AO4A 3P83D 3V1RA 1J9AA 3AVLA 3I8DA 3S3OA 3OS0A 4KHSA 2B6AA 2Z1HA 4CGIA 5J1EA 4NYFA 4O0JA 2PY5A 1WSEA 5C25A 4CHYA 1NK8A 3QIPA 2DTUA 2HVHA 3CFRA 1C1BA 2IGIA 2YHBA 3HM9A 3TR8A 1TK0A 3L2WA 4OGCA 4KPYA 4OKKA 1KCFA 3S9HA 3SJJA 4FYDA 1T03A 3OYNA 2FBVA 1YVUA 1IO2A 4JLHA 1S6PA 3OYHA 2RF2A 3LZIA 4AHVA 1DTTA 1XHZA 4B8AB 3SNNA 4CEZA 4DLEA 3EYZA 3WNHA 3O4QA 2G8FA 2QK9A 3RRGA 1RBSA 3AO3A 3AVHA 4CF0A 3VQ4A 4YFUA 4R5PA 3OJSA 3OVNA 4FZXC 1CLQA 5KI6A 2G8HA 4DSEA 4KTZA 3D0PA 3JSMA 5J2MA 4CGJA 3OYDA 1NK0A 2XY7A 4B9VA 5SWMA 3VN5A 2PYJA 1NJZA 3VA0A 3TAEA 1BL3A 2DFEA 1U47A 3AA2A 1WNSA 3LALA 1SL1A 2NUBA 4E7IA 4I2PA 3SYZA 4NCBA 1TAUA 3QEXA 3TAFA 3CM6A 4KHWA 3H08A 2ITGA 3HJFA 4CEAA 5HRSA 4O5BA 3RTVA 4B3OA 1Q9YA 4ELTA 3QNOA 3B6PA 1LWCA 3OS2A 3LP2A 4IBNA 2KFNA 1QSYA 4GVMA 1JXEA 1TKDA 3PX4A 1A5VA 2OPSA 3U3YA 4F4KA 1BHLA 3SQ0A 3HO1A 4DTMA 2D5RA 3LPUA 4M3TA 3ZSRA 1RBUA 4F8RA 4PA1A 4C8OA 1U45A 1BIZA 3NH2A 3AVBA 3V9ZA 3RR8A 2YNHA 4FLZA 3SUQA 4N76A 3S3MA 3CFPA 4CJRA 1J5OA 3V9UA 1Q9XA 4DMNA 1BGXT 1RDCA 4CHQA 1KRPA 3DLEA 1D9FA 1VSFA 3NF9A 3OYLA 4CHPA 1RDBA 4L8RB 1TV6A 2BE2A 2WONA 1T7PA 1TGOA 3AO2A 4Q0BA 1LWEA 1ZBUA 3NCIA 4CF1A 3NE6A 4FJ8A 4DU1A 3NF8A 4CJQA 3LDSA 3RMDA 1ASUA 1JL2A 1VSIA 4G1QA 4BWJA 1ZBHA 1Q8IA 4BDZA 1JLEA 4HTUA 4FJMA 1RILA 4K8ZA 1CXQA 4CJ5A 3M8QA 3C95A 4Z4CA 5EU7A 2XHBA 4DU4A 4KI6A 4OGEA 1FXXA 3TABA 1U48A 5CY4A 1EETA 4CFDA 4KHNA 1X1PA 4IDKA 5CZ2A 3NGIA 3DLKA 4M3ZA 4ZTFA 2P1JA 4FK0A 2HHTA 2A1RA 4CIGA 1UA0A 2LSNA 3G0ZA 5KRTA 1TKTA 2HHWA 1S6QA 3E01A 3ZSWA 2ETJA 4FLVA 4IKFA 1WAFA 2ZD1A 2KQ2A 4CJUA 1T05A 3QERA 3L2QA 3EY1A 3TAQA 4EZ9A 1LV5A 3C6UA 3QINA 4BDPA 1I39A 1HYSA 2OPRA 3G10A 4DF8A 4PY5A 4ZHRA 4ELUA 4E7LA 1KFDA 5T7BA 3VQDA 3U3GA 4FLTA 5KGWA 4CIFA 3SUNA 1NJWA 1BI4B 4FM1A 3MECA 3CFOA 3KK2A 1NKBA 4F3TA 1JLBA 4Y1DA 4QAGA 4CJTA 1DLOA 2F96A 1YTUA 4FZYA 3DLBA 4CGDA 3AA3A 1RDDA 3K5OA 3DOLA 1HNIA 2BGGA 1VRUA 2HHXA 2Z1GA 1GOCA 1S1TA 3MEEA 2HHQA 1WSHA 2QXFA 3NGYA 3L2UA 4DS4A 4DTNA 4M3YA 4DQSA 3AO5A 2YNFA 2YKNA 4CK2A 3O3HA 3QLHA 1LWFA 1MU2A 4OLBA 3HPHA 3L3UA 4AHUA 1IKVA 4Z4HA 4H4MA 4HCBA 1VSEA 3L3VA 3KLFA 2YV0X 4ID5A 3OJUA 1NKEA 2HHSA 1CZ9A 3NFAA 3NF7A 4LH5A 1XWLA 2R7YA 4E1NA 4C8MA 4DSLA 3QIOA 4CESA 1UAXA 1NK9A 3HXMA 1N5YA 4B9MA 5JS1A 1L3SA 3I0RA 4KB0A 2KZMA 3AVGA 1U4BA 2G8WA 4B9SA 4FJIA 1N6QA 1SKRA 3LP1A 4CE9A 1IKYA 4AHSA 3VQCA 4FJXA 4FJGA 3F73A 4CFAA 3V1OA 4WE1A 4I9LA 2D0AA 5FRNA 1B9FA 1C0MA 1QSLA 4B9LA 3I0SA 4CF9A 3V4IA 4TSXA 1X9WA 1QSSA 2OPPA 4DWIA 1FKOA 1R0AA 4M3XA 4NCGA 3AVNA 4YNQA 4FLUA 3PO5A 5DK5A 3SQ1A 4KI4A 1UWBA 1VSDA 3T3FA 4DS5A 1HPZA 1Z26A 2E6MA 4IG3A 3AV9A 2KZZA 1JLGA 1SUQA 4DFMA 3IRXA 4CJSA 3TAPA 1JKHA 3V9SA 1XI1A 1IKWA 3K5LA 4DQIA 4FJLA 4FJ9A 1GOAA 4K8XA 1TL3A 2VG7A 2Z1IA 1KTQA 3AVIA 2KFZA 1WSIA 4OKJA 5C24A 4HUEA 3VQ7A 3OYFA 1S9EA 4FVMA 3KKSA 5J2NA 1ZYQA 2QKBA 4B08A 1B9DA 3ULDA 2QKKA 4BE1A 1VSLA 4M45A 1HRHA 1RBRA 1JLFA 4ZTJA 3KD5E 1CXUA 4N47A 4CJ4A 4KO0A 1G15A 3SUPA 4ID1A 2G8UA 4PWDA 5DMRA 1NOZA 4DTUA 1A5WA 2Y1IA 2JGUA 4CCHA 3JYTA 2VG6A 4E0DA 4FM0A 3NF6A 4JS4A 3AA5X 4CEEA 4QCLA 4IG0A 3MEGA 3OYIA 3RRHA 3TWHA 3ZT2A 3QEIA 1TVRA 1Y97A 4CFBA 3VQ5A 1C0UA 3AVJA 1QHTA 1I3AA 4LY7A 4DF4A 3SPZA 3IAYA 5K14A 4O0IA 3HK2A 1WAJA 2BANA 3AVMA 1NJXA 4CEOA 4CJ3A 2Q3SA 1C1CA 3A2FA 5CYMA 3SUOA 3C94A 1TK5A 3LWMA 3RMCA 1U49A 2VWKA 3V6DA 4ELVA 4CGFA 1BI4A 4CEDA 4DTPA 2FBXA 3OYMA 1LW0A 4BWMA 1F21A 1YTAA 3VQ6A 1ASVA 3O4NA 4DQRA 5KGXA 4I2QA 2XY6A 4H4OA 4CGHA 4RW8A 2DFHA 2HNYA 4HUFA 1NK6A 4LSLA 3TAMA 1RT4A 1VRTA 2RPIA 1UOCA 3DOKA 2G8VA 3MAQA 3ZT1A 2X6SA 1NK5A 1GOBA 2IS3A 1JLCA 1RT2A 2AJQA 4NCAA 2P51A 4CK3A 4CGGA 3PX6A 3SPYA 3P1GA 3WNEA 3LANA 4DFPA 3O3FA 1TKZA 3ZT3A 3IG1A 1RCHA 4GMJB 4Y1CA 3EZ5A 4DTOA 1KLNA 3QO9A 3K58A 2HB5A 3L8BA 4CHZA 1QTMA 1ITGA 4B9UA 3AVAA 1S1VA 2YNIA 4J2DA 4N41A 3O3GA 3ZSYA 3NH1A 1VK0A 1WSFA 3ZSOA 4I9QA 3MXIA 4W5NA 5FDLA 1JL1A 1IG9A 3MXMA 3HYFA 3ALYA 1TAQA 5JS2A 2WOMA 3KLGA 2P5OA 1X9MA 1O1WA 4CJFA 3AVCA 3OYEA 5I42A 2RN2A 3TAGA 2G8KA 1S1XA 3DLGA 4LH4A 4BE2A 4RG8A 2GUIA 4FJJA 4FK2A 4KB1A 4FK4A 1SKWA 4CERA 5D3GA 4JRQA 4HVJA 4CECA 1FKPA 1WSGA 3K5MA 3UIQA 4O55A 1ASWA 1EX4A 4DTSA 3M8PA 3SQ4A 4OKEA 3SZ2A 1SL2A 4CJLA 3SV3A 2XY8A 2ZE2A 4N5SA 4AILC 1VSMA 1X9SA 4FJ7A 5HP1A 3KK3A 2W42A 2IDOA 2JLEA 1NK4A 4OPJA 1EP4A 4DQQA 3L2VA 4FJKA 4HCCA 3K59A 4CEFA 2O4GA 4BDYA 3CQ8A 4CJVA 3VQEA 1QE1A 4GW6A 1RBVA 4KHUA 1LW2A 3VQ9A 1ZBFA 2B4JA 3PO4A 4CFCA 1TK8A 2HHUA 3DLHA 1NK7A 1C6VA 3OYJA 3DLRA 1QS4A 4KTQA 4M3RA 3T19A 1VSKA 3HPGA 4IFVA 4DTXA 2OYQA 5FRMA 3ITHA 3DI6A 4FJHA 2BDPA 3AVFA 3CG7A 3KIOA 4W5RA 4HUGA 2OPQA 4CJEA 4KHYA 3KLHA 3SI6A 3MXJA 1T8EA 3PUFA 1KFSA 4J2AA 1C1AA 3QEWA 5J2QA 1LAVA 4M41A 4FM2A 4I7FA 1D8YA 4DSKA 4AHTA 4MFBA 3B6OA 3AA4A 3L2RA 4E3SA 4Z4EA 1HYVA 1RT5A 3HL8A 3HP9A 1U04A 4LSNA 1A5XA 1KVCA 2EHGA 1HJRA 3ZSXA 4FLXA 5I3UA 2IOCA 4KTWA 4E89A 3M8SA 4RW9A 4O4GA 2D0BA 1BIUA 2B5JA 3WNGA 5HBMA 1L3TA 1RTHA 2OZSA 4CJPA 1BISA 2ATQA 3ZT4A 4EP5A 1D5AA 1C0TA 4KV8A 2XO7A 4XIUA 4FLYA 4C8LA 4M3WA 2FC0A 3TI0A 4F3OA 4KAZA 4F2RA 3LP3A 4FCYA 3DRSA 2Z1JA 3V9WA 1YT3A 3S3NA 3DM2A 4CF8A 3M8RA 3QESA 5HROA 2D0CA 1BCMA 3D45A 3HVTA 4CF2A 5CYQA 3K5NA 4CJKA 1NJYA 3PY8A 4M3UA 3TANA 3V9XA 3DMJA 1L3UA 3KJVA 4PUOA 5E41A 3SV4A 2HW3A 4C8NA 3V81A 1XC9A 4FLWA 4OJRA 4Z4IA 4N56A 3NAEA 1LAWA 4DG1A 4DSFA 1IKXA 5HRPA 3KLEA 4CEBA 3VQPA 1JLAA 1JLQA 3ASMA 2IAJA 3P5JA 3KKRA 4B8CA 4EZ6A 4AHRA 4OPKA 1D9DA 3PX0A 3LAKA 4E1MA 1HQUA 4FW2A 4FW1A 2E4LA 1KSPA 1RNHA 2G8IA 1W0HA 4H8KA 3NGZA 3LAMA 3ZCMA 1IH7A 4Q5VA 2I5JA 4AHCA 2O4IA 2HNZA 3K2PA 1RBTA 1WLJA 5HRRA 3DRRA 4W5QA 3OYCA 3WNFA 2XY5A 3LZJA 3QEPA 2OA8A 4J2BA 4OLAA 2HVIA 3K57A 4CEQA 4FZZA 2HHVA 2P5GA 4NYNA 4IFYA 1SKSA 2KTQA 3BGRA 2XRIA 1Z25A 3ISNC 4DFJA 1CZBA 3KLIA 3OS1A 3U6FA 4KFBA 5KTQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3W3DA 5J2PA 1BCOA 1DTQA 5AQUA 4LFCK 3WQUA 3JXUA 4AQYK 4M7XA 4J2EA 4B9NA 4DSIA 2D0OA 2VQFK 5HRNA 4BE0A 4BRGA 4EP4A 4MDAA 4BG9A 1L5UA 1KC8O 2OZMA 4DU3A 2FBTA 3HPOA 4C8KA 2X74A 1EQYA 4XH5A 3D2FA 3MN9A 3ZT0A 3RMAA 1RTDA 3DRPA 1KAZA 4HHTA 4DSJA 1B92A 4RW6A 4AH9A 4DB3A 4KHQA 3NHGA 2ZF5O 4O44A 3RWUA 4JI1K 1TKXA 3ZSZA 4IXCA 4OX9K 2QWPA 3QDKA 3LP0A 5BREA 3E66A 4EHTA 1REVA 2CGLA 4KKOA 1RT6A 4Z4GA 1KLMA 1S1UA 1S5JA 5FPMA 3ZYYX 2ASPA 1N34K 4MO4A 2CGJA 4NO7A 3DXMB 3HP6A 3ZSQA 1X3NA 5AQLA 1HYZA 1JXBA 2YHAA 4B3SK 2Q1NA 1HMVA 2HMIA 2YX6A 2HNDA 5M1OA 5LY3A 3TARA 4WFAL 3A5MC 1QQMA 4FO0A 3MDQA 2EX3A 3CJCA 4KHSA 5J1EA 4CGIA 4BG8A 4A62A 4CHYA 5DM6L 4DUZK 3PLAA 4BRKA 3D7EO 3J80O 5HOOA 5GAGP 5IWAK 4OGCA 4KPYA 3OYNA 3A5NC 3AAPA 4X62K 1DTTA 1XHZA 2E8AA 3SNNA 3O4QA 5GIPA 2G8FA 2NNWA 3RRGA 3SAHA 1EO1A 1VHXA 4YFUA 5EXWA 3ENOA 5AQIA 3D0PA 1YJ9N 4B9VA 4H5WA 4CZKA 3R6MA 4CBUA 1NJZA 2DFEA 2YCHA 3AA2A 1SL1A 2PBDA 1MDUB 4EFHA 4I2PA 1TAUA 4WF9L 1HLUA 1VQ4N 1DGKN 1V4SA 5HRSA 3KZBA 3B6PA 1YJNN 2KFNA 1N8RO 4IBNA 1QSYA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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