4CFBA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cfbA00
3V9ZA 3KKSA 2ZD1A 4KTZA 4ID5A 1Q9YA 1IO2A 4FK0A 4DTNA 1TL3A 2XY6A 4YNQA 4FVMA 4DG1A 3CQ8A 4DTUA 1TKDA 1RNHA 1HRHA 1VSMA 1U48A 1HPZA 1BCMA 3K5OA 3EY1A 1UA1A 3KK1A 2RKIA 2YKNA 4EP5A 3S9HA 4NCAA 1N6QA 3TAQA 2RPIA 2IC3A 3KK2A 3RMBA 4DS5A 4CHZA 1NK0A 5J1EA 1D8YA 4CIGA 3OS1A 4BDPA 3DLHA 4AHVA 4KFBA 4O55A 1NK7A 1BQNA 5KI6A 3U6FA 4PQUA 5KRSA 3OYJA 5K14A 4KTQA 1UWBA 3VQPA 4K8XA 3QEXA 4KPYA 1SKRA 3ZT4A 1RTJA 1WLJA 3SZ2A 3HP6A 4E1MA 2X6SA 3K2PA 2YNGA 3NGYA 4FYDA 3MEEA 2HHXA 1QHTA 3NH0A 3L8BA 4E7HA 4FJKA 4CJSA 4QCLA 4E0DA 2EHGA 4EZ9A 3L3UA 5SWMA 1YVUA 1RILA 1D9FA 4ZTJA 4Z4CA 5JS1A 4IFYA 4B3OA 1S1XA 4HTUA 4QAGA 4W5NA 1O1WA 3OVNA 2DFHA 3CM5A 3TANA 1RBVA 4CF8A 2FBTA 3SV3A 4JRQA 5I3UA 1UOCA 4E89A 1S1UA 4CHOA 3QIPA 4FJ5A 4BDZA 4JRPA 4FM2A 4KREA 1Z25A 4R5PA 4Z4IA 3EZ5A 3HO1A 5CYMA 4KHNA 1RDAA 3K58A 3SQ2A 4K8ZA 4O5BA 4NCBA 4BE0A 4F3OA 5FRNA 1BIZA 3HL8A 1QTMA 3RWUA 2GV9A 3NGIA 1KLNA 1ZBLA 2VG5A 3T19A 3CYMA 1VSLA 1QSYA 2G8KA 2OPPA 3C6TA 3OYNA 3RMAA 4M41A 3G0ZA 1B92A 1S9EA 4FJNA 3NDKA 1KFDA 2JGUA 1C0MA 4C8LA 3RRHA 1VSJA 4CJKA 4FJ7A 1J5OA 3ZSVA 1HNIA 3PO4A 1IKYA 3T3FA 2FBVA 3PX4A 5CZ1A 3B6OA 3AVAA 1VSIA 3TAMA 3SUOA 1C1CA 4FCYA 1D5AA 1NK8A 3VQDA 4ZTFA 1JLBA 2B5JA 2YKMA 3FFIA 4DTOA 3QNOA 2HW3A 2HNZA 2E4LA 3SUQA 3F9KA 4RW7A 3ZCMA 3VQ4A 4E19A 3L2RA 1U4BA 1BCOA 3B6PA 1EKEA 4N47A 2XHBA 2BE2A 2KZZA 3ZSZA 3KJVA 4E3SA 1U49A 2O4GA 2GUIA 3OYGA 4DSIA 4WE1A 4FJIA 1BGXT 4IG0A 4DQRA 4B08A 1JLAA 1JLQA 1EETA 3VQQA 3ITHA 2PYLA 4PWDA 3A2FA 3OJUA 1LAVA 4DQSA 4NYFA 3RRGA 2WOMA 1NK6A 4Z4FA 4MQ3A 1ASVA 2XY8A 1X9WA 4BE2A 4B9LA 3HVTA 3L2VA 3AA4A 4KV8A 1NK4A 4Y1DA 4J2BA 4CEZA 2G8HA 4CFDA 4FK2A 1LWCA 3VQAA 4CJLA 3K57A 1QS4A 3NF8A 3KD1E 4FLTA 4RG8A 1GOAA 3HPHA 3O4NA 1DLOA 3M8SA 3SPZA 4EZ6A 4CHYA 4FLZA 3CFPA 3AVFA 3TAEA 1NJXA 3M8PA 4FM1A 4CFCA 2HHVA 4KI4A 4GMJB 2IGIA 4FJ8A 2XO7A 2BDPA 3QETA 1FKOA 4CHQA 3OYHA 4CERA 3VQ5A 4E7KA 4LY7A 3OYIA 4DTXA 1EP4A 1C0TA 4DQIA 4DLGA 3KD5E 3HXMA 3NE6A 4BWMA 4C8MA 1JLFA 4CEFA 3AVHA 3IRXA 4J2DA 3LWLA 4DTSA 2PZSA 3E01A 1TGOA 4W5TA 4FJGA 1HMVA 1KVAA 1TKZA 3HK2A 2Y1JA 1S9GA 4FJMA 1IKXA 3DOKA 1SKSA 2ZQBA 4OKEA 4O44A 2OPSA 3VQBA 3OJSA 3KK3A 1SKWA 1RT7A 1C1AA 3HYFA 1F21A 4CHPA 3SV4A 1MU2A 2OYQA 1TK0A 4DSLA 2HHQA 2HNYA 4CFBA 1WAFA 3O3FA 3OYKA 3AVGA 3DLGA 2EX3A 3P83D 5C25A 4N56A 4BACA 4FLVA 4CF1A 3JSMA 4KRFA 3SQ0A 3OS2A 3TAFA 3H08A 5KGWA 3OYFA 4CK3A 3NHGA 2FBYA 3HPGA 2HMIA 1BHLA 3T1AA 3OS0A 1J9AA 2ZE2A 3DM2A 4I2QA 5C42A 4OPJA 4E7JA 4DTRA 4KHSA 1HNVA 1Q8IA 3DRPA 3ZSWA 1KTQA 1CXUA 1HJRA 3LPUA 4H4MA 4CJTA 1RTIA 2Z1IA 4M45A 3NH2A 1LWFA 3HVRA 2E6MA 3SCXA 4JS4A 3HPOA 4PUOA 1QSSA 3AVCA 3HP9A 5EU7A 2X6NA 4CIEA 3AO2A 1TV6A 4CEEA 5DK5A 4CGHA 4DTPA 3LDSA 3MEDA 4M3XA 1N5YA 3O3HA 2RN2A 1RT1A 2YV0X 4TSXA 3DLKA 1WAJA 3MECA 5CY4A 4DFKA 3S3NA 4W5QA 4DSJA 4C8KA 2E6LA 1XI1A 3K5MA 3V4IA 3RR7A 2F96A 4BE1A 3IAYA 3AVBA 5FRMA 1A5WA 1NOZA 4DTMA 4CJ3A 2FC0A 2G8FA 2Z1JA 4KHYA 3KKRA 2HHTA 4H4OA 3LZJA 5HBMA 4CE9A 1I3AA 3AA2A 2Y1IA 1Q9XA 4MFBA 3HJFA 3NF6A 1ASUA 2IDOA 1RBUA 3TI0A 3HT3A 1NKBA 1SUQA 4F8RA 3OYLA 3VQCA 3P1GA 4CGJA 3AO5A 3K5NA 5HROA 3L2QA 4FW1A 3I8DA 4LH5A 5HRRA 5SZTA 3U3YA 2YNHA 1ZBFA 1UAXA 2D0CA 4B9UA 3O3GA 4FJHA 2QKBA 1TAUA 3KLGA 3NAEA 4OKJA 3OYBA 3AO3A 1NK9A 4F2RA 2NUBA 4PY5A 4ELUA 1VSFA 3C94A 3P5JA 4CJ4A 1RT3A 1B9FA 4AILC 2KW4A 1RDCA 4DU4A 4CK1A 2OZSA 3CFRA 2P5OA 1WSHA 1EXQA 3ZT2A 4CIFA 3QEVA 3WNGA 3MXIA 5CZ2A 3VQ6A 5KRTA 3C95A 5HRPA 1RBTA 5I42A 4CJQA 4KO0A 3QERA 4M3WA 1D9DA 3AV9A 1VK0A 1RT4A 2QXFA 2R7YA 4RW6A 1WSJA 1ZBUA 4HVJA 1T05A 4HUGA 4AHCA 1ZYQA 3M8QA 3ALYA 3AVIA 3V1RA 3HSTB 4W5RA 1TK8A 4G1QA 4O0IA 4M3YA 3OYCA 2VWJA 1JKHA 3MXMA 4IKFA 4I9QA 4CHNA 3LZIA 4KI6A 4DF8A 1NOYA 2G8UA 3U3GA 2IS3A 4LD0A 1U04A 1GOCA 3PX0A 1I39A 4CJFA 4B9SA 1HYSA 4CF9A 1WSIA 1CZ9A 3S3MA 4FJJA 4DS4A 1TAQA 3VQEA 3DI6A 4IG3A 4CF2A 1VRTA 3AVJA 5FDLA 1HQEA 4W5OA 3LPTA 1TL1A 1RT6A 2IAJA 1X9SA 1TK5A 4DMNA 4J2EA 1A5VA 1GOBA 4HHTA 4Z0UA 3DYAA 3CFOA 4JS5A 4I9LA 1XWLA 4E1NA 3AVKA 3DLEA 1QE1A 3PUFA 4Z4GA 2HHWA 2JLEA 4IDKA 1Z26A 2BGGA 3TARA 2WONA 3DOLA 4OLBA 4O4GA 3OYMA 1DTQA 3RMCA 4ELTA 3TWHA 1XC9A 5HLFA 3M8RA 3QO9A 3VQ9A 3DMJA 4FK4A 1T8EA 1T03A 4CJPA 5E41A 3OY9A 1NJYA 4I2PA 4Z4HA 3NH1A 1KVBA 3ZSXA 1SL0A 3OYAA 3V9WA 1YT3A 2XRIA 4DU1A 4LH4A 1S6QA 3TAPA 1K6YA 3NF9A 1SL1A 4KHWA 1X9MA 2OZMA 1J53A 3SQ4A 3LP1A 3S3OA 4H8KA 4DQQA 1L3VA 3IS9A 5KTQA 3SUPA 3LP2A 1VSHA 1ITGA 4NYNA 3SUNA 3I0RA 2P51A 3KTQA 1RCHA 1CXQA 4DSEA 3QESA 1ZBHA 2RF2A 3WNFA 4CGDA 4E7LA 3SI6A 3BDPA 1JL2A 4FXDA 2G8WA 3RTVA 1BL3A 4GVMA 4C8OA 4F4KA 1C0UA 2HNDA 4DU3A 1IH7A 4CEDA 4OGEA 1XHZA 3ZSQA 2VG6A 3KLHA 1JL1A 1LV5A 2ITGA 2KFZA 4OKKA 1TKXA 3AA5X 3WNEA 2DTUA 4AHSA 1NKCA 2FBXA 1JXEA 1S1VA 2XY7A 4CEBA 4KTWA 3LP3A 3NFAA 1NKEA 4OLAA 1HYZA 1S5JA 3LAMA 4LSNA 1WSEA 3ISNC 4YFUA 3DRSA 1UA0A 1ZBIA 4M42A 4C8NA 3BGRA 1X1PA 4OVLA 4FJXA 2DY4A 4NCGA 1L3SA 3QEIA 1WSGA 1IKVA 1JLCA 4KKOA 3DLRA 3NGZA 3TAGA 4KHUA 4FLWA 1KRPA 2DFEA 2GBZA 1LWEA 3AVNA 1SV5A 1BI4A 1S1WA 1U45A 3KLEA 1BIUA 3VQ7A 3MAQA 4FJ9A 1W0HA 4DF4A 1KSPA 3PV8A 3V1QA 3V9XA 2G8IA 3NF7A 4IBNA 5J2PA 4J2AA 4AHUA 3L2WA 4KAZA 3IG1A 4GW6A 3TABA 4HCBA 1FXXA 3AVLA 4DWIA 3MEGA 4CCHA 1B9DA 3SPYA 3HM9A 4OGCA 4FZYA 2QK9A 2LSNA 2YHBA 5FROA 4QOZB 1RDBA 2Z1HA 4JLHA 1LW0A 3ZT3A 4FM0A 3DLBA 4FJLA 2VG7A 4AH9A 1VSKA 1RTDA 1W9HA 3O4QA 3K5LA 3SQ1A 1R0AA 4OPKA 3SJJA 3LWMA 4O0JA 5C24A 1IG9A 4KB1A 4UQGA 3PY8A 4HCCA 1JLEA 4M3RA 3ZSYA 4HUEA 4M3UA 3CM6A 4CESA 4CJEA 1WNSA 1BQMA 4DFMA 3QNNA 2HVHA 5J2MA 1XHXA 4CEOA 3UIQA 1KVCA 1LAWA 2W42A 1RT5A 4B8CA 4CK2A 1KFSA 1C1BA 3TR8A 4CGIA 1VSEA 3PX6A 3KLFA 3D45A 4RW8A 1S6PA 1L3UA 4AHTA 3AVMA 5HP1A 2VWKA 2F8TA 4ICLA 4M3ZA 3KLIA 3L3VA 3LAKA 3AO4A 4KB0A 1NJWA 4CFAA 4N5SA 1EX4A 5HRNA 3V6DA 3CG7A 3KIOA 2B6AA 5D3GA 4FLYA 2IOCA 2HVIA 1RDDA 1RT2A 4DQPA 4IFVA 4CJWA 4FW2A 4Z4EA 4FZZA 2A1SA 3THVA 4ID1A 3ZSOA 2ETJA 1J54A 4L8RB 1G15A 4CECA 4RW4A 5HRSA 1T7PA 3G10A 5J2NA 2D5RA 2F8SA 3V1OA 4CGGA 1RBRA 3WNHA 2KFNA 4Q5VA 3VN5A 3V9SA 2YNIA 4Q0BA 1REVA 3LP0A 5JS2A 4N76A 1C6VA 3VA3A 4LSLA 1RTHA 3JYTA 4I7FA 2B4JA 2YNFA 1TKTA 4CGFA 4DLEA 4B9MA 2O4IA 1JXBA 1ASWA 1KCFA 5T7BA 2Z1GA 4CEQA 1BI4B 1Y97A 4F3TA 4OJRA 1VSDA 3L2UA 4M3TA 4FLXA 4F2SA 4B9VA 2OPRA 1RBSA 1QSLA 3ZT0A 3NCIA 1S1TA 3QIOA 4HUFA 3LANA 3QINA 4FLUA 3SNNA 3DRRA 4BDYA 4Y1CA 1VRUA 4DTJA 4DSKA 2HB5A 4CF0A 3SYZA 1U47A 2HHUA 1CZBA 3I0SA 3VA0A 3ZT1A 2Q3SA 3PO5A 3QEWA 1KLMA 3C6UA 1WSFA 4B9NA 2KZMA 1L3TA 4DFPA 4RW9A 2OPQA 2X78A 3QLHA 3ZSRA 2KQ2A 3VQ8A 1L5UA 4CEAA 2OA8A 5CYQA 5KGXA 4EP4A 2AJQA 2HHSA 2X74A 2BANA 1QQCA 3ASMA 4PA1A 1YTUA 4FZXC 4E7IA 3AA3A 4AHRA 2D0AA 1YTAA 4DFJA 4ELVA 3AO1A 4CJ5A 4BWJA 1FK9A 2D0BA 2XY5A 1NK5A 1LW2A 2ATQA 2DFFA 3EYZA 3ULDA 3QEPA 1SL2A 1IKWA 2YHAA 1WN7A 3OYDA 3RR8A 2I5JA 3V81A 1CLQA 4CJUA 4CJVA 1JLGA 3NBPA 3MXJA 1FKPA 1BISA 5DMRA 4XIUA 1A5XA 4N41A 4B8AB 4CJRA 2KTQA 4KHQA 5J2QA 1HQUA 3OYEA 3RMDA 4DSFA 4B9TA 3V9UA 3F73A 2QKKA 1DTTA 3LALA 2A1RA 1HYVA 1TVRA 2PY5A 2PYJA 2G8VA 1NJZA 4ZHRA 3D0PA 2P5GA 3K59A 2P1JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KKSA 1TL3A 3CQ8A 1RNHA 1HRHA 4NB4A 2VQFK 3K5OA 4NCAA 3EY1A 1UA1A 4EP5A 3A0IX 1HX1A 4BC3A 2IC3A 3RMBA 1VQ9N 4ILJA 4CIGA 4KFBA 5GAGP 4R79A 5KRSA 3VEXA 1UWBA 3SAHA 4KPYA 3ZT4A 4A5AA 4FYDA 1YJWN 2HHXA 3L8BA 4E0DA 3CD6N 1YVUA 1D9FA 2V51B 1WOQA 4IFYA 3HBTA 1S1XA 3D7EO 1O1WA 1ATSA 2DFHA 4H5RA 1XUPO 4E89A 4AF1A 1XNQK 4JRPA 4FM2A 4KREA 1QVFM 4R5PA 3HO1A 3THWA 3WQUA 3K58A 1ATNA 4BE0A 2KHOA 4FWRA 3HL8A 3RWUA 3T19A 4M41A 3FZHA 1B92A 1KAYA 1S9EA 4FJNA 1C0MA 4CJKA 3VEVA 3ZSVA 1IKYA 1YI2N 3IKMA 1YVNA 4WYBA 3WXIA 4IOAL 3TAMA 1C1CA 4FCYA 4ZTFA 2YKMA 4DV2K 4FVUA 3F9KA 4RW7A 3MDQA 3R1XA 3CCUN 1VQ7N 3CETA 4IDHA 3WEEB 4LC9B 3H46O 1J5EK 2NRRA 4FPAA 4EAHD 4DQRA 4LF5K 4PWDA 3A2FA 3AGRA 4NYFA 4ILHA 2WOMA 1NK6A 4Z4FA 5AQKA 3GL1A 1M1KO 3GBTA 5MLCQ 3AA4A 4YOVA 4LF8K 1BDGA 2O8BA 2P9UA 1LWCA 3G71N 3CQXA 3KVGA 3U4LA 5IWAK 4RG8A 1GOAA 3O4NA 3M8SA 4YORA 4RTFD 3TAEA 1RFQA 3FLCO 4FM1A 3MWPA 2BDPA 1FKOA 4E7KA 4DTXA 3OYIA 2F9WA 5AQVA 3LDOA 4C8MA 3AVHA 1VAZA 3IRXA 3OA9A 4FJGA 1TKZA 2O8FA 1S9GA 2NZTA 3TU5A 3OJSA 4O44A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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