4CFDA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cfdA00
2G8UA 3AO5A 3ZSYA 2HHSA 4FLYA 2D0CA 2Z1JA 4IG3A 3TABA 3KIOA 3LAMA 1JLCA 3KJVA 3SCXA 3DLEA 3NGYA 4B8CA 3AA3A 3M8PA 3OS0A 4FJKA 2HNYA 3VQPA 3ZSZA 1NK4A 4M3XA 3PX6A 5I3UA 4M42A 3KD1E 1JXEA 5SWMA 1BCMA 1I39A 1S1TA 3TANA 5DK5A 4CJEA 2BDPA 1Z26A 3SUQA 1JLAA 2LSNA 3QEWA 5KGXA 3DOLA 4Z4CA 3OJSA 4CCHA 4ZHRA 3AVAA 2OZMA 2RF2A 4BACA 4BE2A 4FLTA 3KLIA 4DFPA 3RMDA 1EX4A 4ELVA 4B9SA 1FKPA 3UIQA 1S1VA 3NHGA 1RT2A 2YV0X 3MECA 2Z1GA 4RW6A 3KTQA 1G15A 3RMBA 2YNHA 4M45A 4JRQA 2ZD1A 3TWHA 4BE0A 5EU7A 3AVBA 1RNHA 2HHVA 3LWMA 4FJGA 3NH2A 2IOCA 1VSDA 1RT7A 1BQMA 3LP1A 3C95A 3T1AA 1ZYQA 4PUOA 4PQUA 1HYSA 4HUEA 1S1UA 3O4QA 1CXUA 3QIOA 4OGCA 4FLWA 4CHYA 1S1XA 4B8AB 3OVNA 1VSEA 4H4OA 4CIEA 3RRHA 3K5MA 4F4KA 3QIPA 4KHNA 2KZMA 4JS4A 3NBPA 4B9TA 4CF8A 4DTPA 3V4IA 2YHBA 1IKXA 1WSFA 2FBXA 2Z1HA 3AVMA 3I0SA 3ULDA 5KRSA 3L3UA 1A5VA 1JL2A 3RTVA 3SQ0A 4KTQA 1RDDA 3SQ4A 2X6SA 3HT3A 1XI1A 4DQIA 1TK0A 4N47A 3CQ8A 1BISA 1Q8IA 4KHSA 3DI6A 3SQ2A 2PZSA 2DTUA 3LZIA 4CJVA 4DTOA 2JLEA 2B4JA 3D45A 4CHPA 3MXMA 4CJUA 1VSKA 1TKXA 1QSLA 3ASMA 3HVTA 4E19A 4CIFA 4LY7A 4E7JA 1J53A 1JLGA 4AILC 5SZTA 4CEBA 3HPGA 4CK1A 2FBVA 4AH9A 1SKSA 1WSJA 3VQ8A 4W5NA 3A2FA 4CJ4A 1WSGA 4E3SA 4FM0A 4GMJB 3TR8A 2RN2A 4OVLA 4F8RA 4NCBA 1C6VA 1W9HA 1RT5A 1TKDA 4OPJA 2BE2A 3T19A 4N56A 3TAGA 2P5GA 3QEXA 4DS5A 4C8NA 4R5PA 2HMIA 4CHQA 4CFBA 1SV5A 1YTAA 3KK1A 4I2QA 4Q5VA 3KK2A 4E7LA 3HK2A 1NOZA 3LDSA 1CLQA 1BHLA 1HJRA 4CJTA 4QCLA 2OPQA 4YFUA 4GVMA 3HM9A 2ZQBA 4CJSA 3OY9A 2XY5A 4M3ZA 4PA1A 4IG0A 2OPRA 4EZ6A 2KZZA 1JL1A 3NGIA 4B08A 5J2QA 3HPOA 3NF7A 4O0IA 3AO3A 4AHUA 1HYVA 4CIGA 3OS2A 3O3HA 3E01A 4CJPA 3AVFA 2YNFA 3QEVA 2YKMA 3ZSQA 3U3GA 1TL3A 3C6TA 4CFCA 4CGGA 4DMNA 5HLFA 4FLZA 1GOAA 3TAQA 3RRGA 2RPIA 3RMCA 1B9DA 4LH4A 3AVNA 4CECA 4W5TA 2XY6A 1HYZA 1SL1A 2GBZA 1B92A 3PV8A 5HP1A 4FLVA 1RT4A 3NE6A 1LV5A 1T8EA 2VWJA 4KV8A 4CF2A 3RR8A 4KI4A 4HVJA 4F3TA 4KTWA 1SKWA 3NCIA 4JLHA 1A5WA 3DMJA 4DTMA 1NJYA 4DFJA 2BGGA 2HVHA 4Z4GA 1TGOA 3QERA 4FJNA 1YTUA 1TAQA 4E0DA 4DG1A 2Z1IA 1X9MA 1KSPA 3QETA 2D5RA 5T7BA 1KFSA 1T7PA 1BI4A 4CJLA 2G8VA 4N5SA 4FJIA 2NUBA 3AA4A 2YNGA 1RILA 4QAGA 4AHSA 2ATQA 1T05A 4RW9A 2XY7A 4DTJA 4M3WA 3NAEA 1RT3A 4KRFA 4DTRA 3K5LA 3AVJA 1UA1A 4FJHA 2B5JA 3JYTA 3SQ1A 4FXDA 4N41A 2WOMA 1HRHA 1NK9A 1NKCA 3CM6A 1JLEA 1QTMA 4UQGA 4O55A 4C8KA 3CFOA 4DSFA 3JSMA 4M3TA 4IFVA 4I7FA 3EY1A 3HVRA 1LAVA 4K8ZA 1Q9XA 4DFKA 2IDOA 4AHTA 3O3GA 4FJ5A 1Q9YA 1DTQA 3HSTB 4CK2A 1VSMA 2X78A 3KLFA 3PX4A 3SUOA 1FXXA 1KVBA 1ZBFA 4RW8A 3TAMA 3V6DA 3DM2A 3DYAA 3LP2A 3MEDA 4HTUA 1U49A 4ZTFA 4IFYA 1RTIA 2VG5A 3ZSRA 4DU4A 3ALYA 3S3MA 2IS3A 1W0HA 3K59A 3HPHA 2OPSA 3KD5E 3VQ7A 1LWCA 1KLMA 4CJRA 4FLUA 4KHUA 4J2BA 4KB1A 3TAFA 3F9KA 3OYLA 4DTSA 1NK0A 2VG6A 5CZ2A 3K5NA 2KQ2A 4K8XA 1D8YA 1EETA 3VQ6A 3V1QA 1TKTA 3V9ZA 4CF9A 1TK8A 1U48A 4HCBA 4E7KA 1EXQA 2ITGA 2A1RA 4E7HA 1L3VA 4FJ8A 4XIUA 4KHYA 3QEPA 1GOCA 2KTQA 3VQ9A 5JS2A 1NK6A 4CGHA 3IG1A 1RBTA 4H8KA 1J9AA 3P83D 3ZT3A 2W42A 1SUQA 3NDKA 2AJQA 1J54A 5HRNA 1FK9A 2Q3SA 1IH7A 4CGFA 1L3TA 3I0RA 3HP6A 1L3UA 1HPZA 4KTZA 4I9QA 3ZSWA 1X9SA 3B6OA 3CFPA 2RKIA 4J2EA 4B9MA 3RMAA 4BDPA 3EZ5A 1EP4A 3ZCMA 4J2DA 2O4IA 4EZ9A 4CE9A 2OZSA 3QINA 3DRSA 4Z4EA 2KFZA 1RCHA 1L5UA 2HVIA 5C25A 4LH5A 3PO4A 4W5OA 2EHGA 4CERA 4FLXA 1KRPA 1F21A 3G0ZA 3AVLA 1KCFA 4CEAA 4BDZA 1NK7A 5E41A 1S1WA 1NKEA 3MXIA 3HO1A 2HHQA 5CYMA 3AVHA 1LWEA 4RW7A 4CJWA 3LWLA 1VRTA 3MAQA 1SL0A 2P5OA 3L8BA 1LW0A 3OS1A 3K58A 4OKKA 5J2NA 1WAFA 4CGIA 4FM2A 2OYQA 4CFDA 1J5OA 3HYFA 4FJ9A 4Z4IA 3EYZA 3KKRA 5D3GA 2HHUA 1C0TA 3SYZA 4C8LA 1X1PA 1VSHA 3SJJA 2G8FA 1C0MA 3IRXA 1NJZA 1LWFA 1KVAA 4I2PA 3L2RA 4ZTJA 3TAPA 1HNVA 1U45A 4NCGA 1L3SA 3LPTA 3L2QA 4CF1A 3OYKA 4FZYA 3I8DA 1DLOA 1D9FA 3RR7A 2HHTA 1QQCA 2G8IA 4KPYA 1C0UA 3OYMA 1IKYA 4ELTA 3WNFA 2XY8A 4AHCA 5HROA 4CEZA 1D5AA 2BANA 4L8RB 1SKRA 4ICLA 1KFDA 3OYDA 4FVMA 2A1SA 1LAWA 3SV4A 1VRUA 4PWDA 1I3AA 1QE1A 3WNHA 4IBNA 3SPYA 1U04A 2QXFA 3AO2A 3IS9A 1NJXA 3QNOA 2QKKA 1BL3A 2VWKA 1WN7A 1VK0A 4FJ7A 3ITHA 4TSXA 4Y1DA 1S9GA 2ETJA 3MEGA 2WONA 2ZE2A 1HMVA 4Z4HA 1RTDA 1RTHA 1Y97A 4EP5A 5CZ1A 3MEEA 4DQPA 3V9XA 3ZSXA 3OYNA 3OYAA 1U47A 3QEIA 1WSHA 4CF0A 4DF8A 3VQEA 3TAEA 4KKOA 2QK9A 1TV6A 1R0AA 1JLFA 2JGUA 1RBSA 2P1JA 3V9UA 4KO0A 3PUFA 1TKZA 3S9HA 2F8SA 2DFFA 2O4GA 4ID1A 4KHWA 4KI6A 2KW4A 4FJJA 2YHAA 3V1OA 1RT1A 3DLRA 1IKVA 1YT3A 5KTQA 4B9NA 4LD0A 2R7YA 3L2UA 1QS4A 3KLEA 4CJFA 1CZ9A 3QNNA 3TARA 3T3FA 3ISNC 4FJMA 4C8MA 1KVCA 4MFBA 4GW6A 4HUFA 4HHTA 3V81A 1S6PA 2I5JA 2P51A 3NGZA 3AVKA 1XWLA 1X9WA 4M3YA 3NF6A 3KLGA 4HCCA 3VQ4A 3K2PA 2D0BA 5KI6A 4CJ3A 4B9VA 1DTTA 1VSLA 1WAJA 4WE1A 3LALA 3V1RA 5FRNA 3VA0A 4DQQA 4DSEA 1KTQA 1JLQA 4O0JA 3ZSOA 4E1NA 4CJKA 1TAUA 3KLHA 2HB5A 1U4BA 4DTNA 2G8HA 4B9UA 4FJXA 4N76A 1TVRA 3OYJA 2HNDA 3SPZA 3S3NA 5JS1A 4W5QA 3THVA 1BGXT 4KAZA 3VQ5A 3HP9A 4FZXC 3FFIA 3OYHA 2YKNA 3F73A 3KKSA 3K5OA 2IAJA 3SUPA 1QSYA 3DLBA 3PO5A 3OYCA 1Z25A 3O3FA 1HNIA 4CFAA 3TI0A 1S9EA 4E1MA 1ASWA 2QKBA 4CHOA 1UA0A 1HQUA 5FROA 2DFHA 3MXJA 1BIUA 2OPPA 1S5JA 1NK8A 2OA8A 2PYJA 3BGRA 3ZT1A 3V9WA 5C42A 4DTUA 4M41A 4CGDA 4W5RA 2G8KA 1WSIA 1K6YA 3KK3A 2HHWA 4J2AA 3AVGA 1BQNA 3DLGA 4DQSA 3ZSVA 3VA3A 1IO2A 1RDBA 1TL1A 3M8QA 4DFMA 3BDPA 4F2RA 2DY4A 2HW3A 1IG9A 4FW2A 1WSEA 3OYBA 4NCAA 1CZBA 2X74A 4F2SA 5HRSA 1UWBA 1NK5A 3RWUA 1EKEA 5KRTA 1NOYA 3HJFA 4FM1A 3L3VA 4M3RA 3C6UA 4FK4A 4DU1A 1NKBA 5HRPA 5CY4A 4QOZB 3LAKA 5DMRA 3WNGA 2E6MA 4FK2A 1WLJA 4DU3A 3QESA 1N5YA 4O44A 1REVA 4OPKA 3SI6A 4DF4A 5J1EA 5CYQA 1ASUA 1RDCA 3VQCA 3PY8A 1ZBHA 1IKWA 1HQEA 3DLHA 1S6QA 1XHXA 4ELUA 1VSFA 4RG8A 3LP3A 3VQDA 4CEFA 1VSIA 4OGEA 1XHZA 3AO4A 1C1CA 1NJWA 5HBMA 3NFAA 4BDYA 3H08A 1SL2A 2F96A 4NYNA 3SNNA 4DQRA 1RBRA 4FW1A 1FKOA 3CYMA 3AO1A 3P5JA 4ID5A 1UAXA 2HNZA 4CHNA 3CM5A 5HRRA 1B9FA 1QSSA 1A5XA 2YNIA 2FBTA 4O5BA 3NH1A 2XHBA 3K57A 3U3YA 4C8OA 4DSJA 4DWIA 4BWMA 5J2MA 3L2VA 1LW2A 1RDAA 3VQBA 3C94A 3ZT4A 4NYFA 4I9LA 1JLBA 3M8SA 5KGWA 2Y1IA 1RT6A 3AA2A 4FK0A 4KFBA 3HL8A 3OYEA 1BCOA 3OJUA 1RBUA 2VG7A 4DLEA 1GOBA 3AVCA 2X6NA 3AA5X 2F8TA 3SV3A 1XC9A 3CG7A 4CESA 4DSLA 3B6PA 1ASVA 1CXQA 3VQAA 3WNEA 3NH0A 1YVUA 2FC0A 5J2PA 1ITGA 2GV9A 3LPUA 3QO9A 4OJRA 4OLAA 3S3OA 1UOCA 1T03A 3P1GA 4Z4FA 2KFNA 1C1AA 1QHTA 2XRIA 4O4GA 4HUGA 2D0AA 4DSKA 3NF9A 4RW4A 2PY5A 3HXMA 4BE1A 4CJQA 3O4NA 3D0PA 3QLHA 4CEDA 4Y1CA 4FZZA 2PYLA 1JXBA 4OKJA 4AHVA 5I42A 3ZT0A 1ZBLA 4G1QA 4LSNA 3DRRA 1RTJA 4YNQA 3OYIA 4BWJA 4OLBA 5FDLA 1JKHA 2E6LA 4DSIA 4DTXA 3DOKA 2XO7A 4H4MA 2G8WA 4F3OA 1VSJA 4FYDA 2Y1JA 3DLKA 3VN5A 4EP4A 4CEQA 3AVIA 2IGIA 2FBYA 3DRPA 4FCYA 3SZ2A 4IKFA 1ZBIA 4E7IA 2EX3A 4CK3A 1O1WA 4DLGA 4IDKA 3ZT2A 4PY5A 3CFRA 4KREA 1MU2A 1TK5A 2HHXA 4LSLA 4OKEA 3LP0A 3LZJA 1KLNA 5FRMA 3LANA 3AV9A 3G10A 4MQ3A 4KB0A 1WNSA 1C1BA 4Z0UA 3OYGA 1D9DA 2GUIA 4CEOA 5K14A 5C24A 4CHZA 4DS4A 1RBVA 4M3UA 4E89A 4CEEA 3U6FA 3IAYA 4B3OA 2B6AA 4JRPA 4Q0BA 4JS5A 4FJLA 4CJ5A 2DFEA 1BIZA 3VQQA 3PX0A 4B9LA 3OYFA 3V9SA 2E4LA 3M8RA 1BI4B 3NF8A 4CGJA 3SUNA 1N6QA 4AHRA 4KHQA 1ZBUA 3L2WA 2IC3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O6WA 4FLYA 2D0CA 4H5WA 4JN4A 2IIRA 3TABA 3LAMA 4B8CA 5AQHA 5M1PA 4M3XA 3OS0A 4DR4K 3KD1E 1BCMA 4BVPA 2P9SA 2P9SB 4J8FA 2P9NB 1IBLK 1Z6RA 2OZMA 4ELVA 1CZAN 3H45C 3ZX2A 4B9SA 1RT2A 3MECA 4EAHD 3RMBA 4LF6K 2ZD1A 4BE0A 2IOCA 1ZYQA 4GY2B 4PQUA 1S1UA 4CHYA 4B8AB 4F4KA 3OVNA 3K5MA 3K0SA 4BR2A 4CF8A 1R59O 3H3OB 2ZGYA 3ULDA 5AQNA 3L3UA 1JL2A 3RTVA 3RSEA 3SAGA 3SQ4A 3HT3A 4DUZK 3RSEB 1XI1A 3CQ8A 3LM9A 1Q8IA 4JKEA 4KHSA 3DI6A 3LZIA 3MCAB 4JKCA 1NGIA 3ZYYX 1N8RO 4AQYK 1TKXA 1VQPN 1YJNN 1GLDG 5SZTA 2VWBA 3HPGA 4CEBA 1SKSA 4W5NA 5JMVA 4E3SA 4GMJB 4JI6K 5BR9A 4F8RA 1C6VA 5JLHA 4ISGA 2A40A 1EWRA 4R5PA 4XH4A 1TYQA 1SV5A 1YHQN 3KK2A 1QVFM 1HJRA 4QCLA 1QVGM 3VERA 2ZQBA 4M3ZA 4WCEL 1ZC6A 2ZF5O 4AHUA 1HYVA 3MN7A 4BROA 2YKMA 4CGGA 4WFNL 2QXLA 3E9OA 1B9DA 4LH4A 4XEIA 1SL1A 4JI1K 5HL7L 2GBZA 4KH5A 4JKGB 3R9PA 1JCFA 1T8EA 3RR8A 4CF2A 4KI4A 1BG3A 3J7ZO 1SKWA 3FLCO 2HVHA 4Z4GA 3CMEN 4FJNA 1YTUA 4FWMA 4FOIA 2WFBA 3QETA 3A5OC 2NUBA 3AA4A 2NRTA 1NJIO 4DTJA 3NAEA 4KRFA 3JXUA 4DTRA 1UA1A 4FJHA 4FXDA 2QW9A 2ITMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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