4CGFA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cgfA00
4CF2A 3WNGA 4FJIA 4ELUA 1RNHA 1ITGA 4ZHRA 3ZSZA 4CEFA 4C8MA 3LP3A 1RDDA 4KTZA 3B6PA 4BDZA 4DQPA 2HHQA 3HT3A 3HM9A 1WSGA 4FW2A 1VSJA 1HQEA 1KLMA 1I3AA 2E4LA 1LW2A 2DFEA 2XY7A 1RTIA 1BI4A 3SQ0A 1QSLA 1S9GA 4W5NA 3MXMA 1ZBUA 3CM6A 3RRGA 2YNGA 2PY5A 2OPSA 3AV9A 5FDLA 5J2QA 4LH5A 4AHCA 1NK6A 4PWDA 3CFPA 3LPTA 3DRRA 1HMVA 3OYAA 4E0DA 3C6UA 5KI6A 4DU1A 5FRMA 4KREA 2VG7A 3ISNC 1ASWA 4RW4A 3L8BA 3C6TA 3TWHA 4C8NA 3AVIA 3K57A 3SNNA 1VRUA 4Y1CA 3NE6A 3QEWA 1XI1A 4FJMA 3SI6A 3SQ4A 4KRFA 4JRQA 4E7IA 3M8SA 1U47A 1IG9A 4EP4A 3SUQA 5JS2A 1KCFA 3DLKA 4DLEA 4DTMA 2PYLA 1NK4A 2RPIA 4JLHA 1SKRA 3KK3A 4CEZA 2X6SA 2HHSA 3ZT3A 1DLOA 1JL2A 3B6OA 3QEIA 3QERA 1NKEA 2JLEA 1LW0A 3SV4A 3RMBA 1ASUA 5HRNA 5J1EA 3CYMA 4IFYA 3LP0A 5DK5A 4DG1A 4FJ9A 4PY5A 4BDYA 1RTJA 1B9DA 1RT2A 1S1UA 3OVNA 4FLWA 3AA2A 3DOKA 3LAMA 1TV6A 5KRSA 3OYKA 3HXMA 2FBTA 1GOBA 2NUBA 4IG0A 4RW8A 4CEQA 4QCLA 4Y1DA 1D9DA 4IFVA 4ZTJA 1BCMA 1SV5A 3OY9A 4JS5A 1IKWA 1QHTA 1NJZA 4BACA 5HRRA 3KIOA 3M8PA 4R5PA 4KKOA 4M45A 4M3TA 3ZT4A 4FLTA 2HHVA 3QEPA 3FFIA 1RBRA 4RW9A 4Z4GA 1EX4A 3OS2A 1T05A 3SUNA 3HPHA 3V6DA 1WN7A 4EZ6A 1FKPA 1UWBA 3TR8A 3CFRA 1JLBA 3VQBA 4LSLA 4NCGA 4DLGA 3NAEA 1D5AA 1JLGA 1YT3A 1NOYA 1W0HA 2ITGA 4CIGA 3PX6A 2E6LA 3DLEA 4WE1A 1XHZA 4KHWA 3L2RA 3AVGA 3AO5A 5CYQA 4K8ZA 3HL8A 1TL1A 4CERA 1LWCA 1EKEA 3NGYA 3ZSYA 1RT6A 4I9LA 2XY6A 5D3GA 4CFDA 3AO4A 5C25A 1VSLA 4CGDA 1TKDA 4ELTA 4OKKA 3IRXA 3QIPA 3S3OA 2OZSA 4OVLA 5CZ1A 5HBMA 1A5VA 1UAXA 4OPKA 4Z4FA 2HHTA 1CZ9A 4CHQA 4E3SA 1LWFA 4QOZB 1TK5A 5EU7A 1RILA 3LANA 4M3RA 3ASMA 4DWIA 4ICLA 5KGXA 2RN2A 4KFBA 4O4GA 2I5JA 4FZXC 3ZSWA 3K59A 1RBUA 4OLAA 5C24A 2BE2A 4FM1A 3TI0A 3DLHA 3V1QA 1SUQA 3RMCA 4FJ5A 4E1NA 3AVLA 4E7LA 3DM2A 4HCBA 3HJFA 3PO4A 2VG6A 2YKNA 3CM5A 3TANA 4KB0A 4IG3A 4L8RB 1NJYA 4M3WA 3AVHA 4CHNA 1TAQA 2FBYA 4CEBA 1U49A 3OYCA 2HHWA 2A1SA 2HVHA 1TAUA 2D0CA 1RDBA 4CF8A 4YFUA 3SQ2A 4DQIA 1U48A 1S1VA 3O3HA 3ZCMA 4F4KA 2B5JA 2E6MA 2RKIA 4DTRA 1N5YA 3HO1A 4FLXA 1HYVA 4HUFA 3E01A 4CECA 3HP9A 1FKOA 3C94A 4W5OA 4OPJA 2QK9A 1B92A 3NDKA 4DQQA 1L3TA 2Z1HA 4CHOA 4MFBA 1BGXT 4MQ3A 4HUEA 1JXBA 2KZMA 3P83D 4CE9A 1RDAA 2QKKA 1QSSA 4E7JA 1NOZA 1S6PA 3VA3A 3HPGA 1Q8IA 1ZBHA 4J2EA 4AILC 1QE1A 4DS4A 4KTWA 4N56A 3U3GA 3BGRA 3NGZA 4CGJA 2LSNA 3MECA 3VQDA 4KO0A 3TAGA 3SUPA 4FLVA 2G8WA 2DFHA 2IGIA 3NH2A 1KTQA 4J2AA 2DFFA 4KI6A 1LAVA 1HPZA 4FJXA 4RW7A 4GW6A 2QXFA 3OJUA 1SL1A 4E1MA 3OYMA 4B9TA 4OLBA 3AA5X 2KTQA 5JS1A 1D9FA 4AHRA 4FZZA 1CZBA 3KLFA 4OJRA 4DTSA 4Z4CA 1A5XA 4ELVA 2YKMA 4F2SA 3LAKA 1VSIA 2R7YA 2Z1IA 1IO2A 2IAJA 3L3VA 3MEGA 1U45A 2BDPA 3AVFA 1JLEA 4PA1A 4LD0A 1O1WA 1BQNA 5HRPA 4FJ7A 4Q0BA 3LWMA 4CFBA 3LZIA 1S1TA 3QLHA 4CK2A 4IDKA 3ZT2A 4FJHA 1XHXA 4M41A 4KHYA 3NGIA 1JXEA 4F8RA 3O4QA 3M8RA 4DS5A 3VQAA 4KHNA 1QQCA 3SPYA 3EYZA 4EP5A 1B9FA 3DLRA 3CQ8A 4B9SA 1NK5A 4C8OA 4DSEA 3OYNA 1ZBFA 3MEDA 3RTVA 1NJWA 3K5MA 4BE2A 3AVKA 3QEXA 3T3FA 4KTQA 3ZT0A 2IS3A 2OYQA 1R0AA 3LZJA 1X9WA 3DLBA 4DSJA 1Y97A 3O4NA 1VSKA 2FBVA 3SCXA 3QETA 3IS9A 1CLQA 1S1WA 3PUFA 3VQ4A 1TK8A 1J5OA 3G10A 1RT5A 3LPUA 4H4OA 1S9EA 1Z25A 4FW1A 3NF6A 4HVJA 1EP4A 3PY8A 4HCCA 5HROA 2GBZA 3DYAA 4KB1A 1BIZA 4FJLA 4CF1A 3ITHA 1N6QA 5DMRA 2B6AA 2P1JA 3ZSVA 4CFCA 4E89A 4KV8A 3HVRA 4LSNA 3SQ1A 3KK1A 4AHVA 3O3GA 4N76A 3AVAA 3NFAA 4I9QA 4KHUA 1TGOA 2YNHA 3OYBA 2YNFA 1D8YA 2WONA 3AO1A 1SL0A 3OYHA 3DMJA 4KHSA 2G8FA 3NF7A 1Q9XA 3MXJA 2A1RA 1KSPA 3KTQA 2YHAA 3KKSA 1RT4A 1IKYA 1C1BA 3AO2A 2Z1GA 3S3MA 4DTPA 5I42A 3OYIA 1IKXA 4DFJA 1QSYA 4FJGA 4CJRA 3WNHA 4RW6A 2W42A 2B4JA 3V9UA 4JS4A 4M3UA 3U3YA 3MEEA 3DLGA 3LP1A 5KGWA 3OYGA 4CESA 4FM0A 4M42A 4CEOA 4FYDA 4FJNA 3KD1E 3WNEA 4AH9A 3AVCA 4J2BA 2O4GA 4OGCA 1WSJA 1RBTA 4FLZA 3DI6A 3K58A 4B9UA 4IKFA 3TAPA 2G8UA 1A5WA 1KVCA 3VQQA 2WOMA 1CXQA 3DRPA 1J53A 3H08A 3KLGA 3V9WA 4OKJA 1S1XA 1YTUA 2BGGA 2YNIA 2HNYA 1JKHA 4CHPA 3NHGA 2Y1IA 3TABA 1UA0A 4CEDA 4DTJA 3IAYA 3KLIA 4CJQA 3NH1A 2P5GA 1RTDA 3UIQA 3CFOA 1LV5A 3G0ZA 1LAWA 1J9AA 1ASVA 1RBSA 2JGUA 2Q3SA 5KRTA 3VA0A 3O3FA 4DSFA 1HRHA 1TVRA 4N47A 3S9HA 5HRSA 3SZ2A 1L3UA 1Q9YA 2Y1JA 3HSTB 3ZT1A 5CZ2A 4HTUA 3SV3A 4DU3A 2HHXA 4FJJA 1X1PA 4CHZA 1GOAA 3V1OA 3K5OA 2YHBA 1TKZA 1TKTA 1JL1A 3V9SA 1BISA 4AHSA 4FM2A 1HJRA 1NJXA 3K2PA 3EY1A 3AVNA 2HNDA 4M3ZA 1QTMA 1FK9A 2PZSA 4CJKA 1T7PA 4M3YA 1TKXA 5FROA 1X9MA 2X6NA 4AHUA 2IOCA 3ZSXA 1NK9A 2HVIA 1VSEA 1RTHA 3NF8A 1YVUA 4PQUA 4J2DA 1T8EA 3QESA 4CFAA 3THVA 3HYFA 4Z0UA 4CF0A 3S3NA 4FK4A 4Q5VA 1BIUA 4FZYA 4NCAA 2ETJA 4FJKA 4TSXA 2G8IA 1WSEA 2FC0A 1VSMA 3U6FA 1TK0A 4DU4A 4I7FA 4CJWA 4I2PA 3QINA 4DTNA 2QKBA 2P51A 3OYLA 3AVBA 1F21A 3L2QA 2HB5A 3L2VA 2FBXA 3RMAA 4B08A 4BE0A 1RDCA 4DQSA 4GMJB 1C1CA 4O5BA 3LDSA 1WSIA 4F3OA 2VWJA 3TAEA 4GVMA 5J2MA 3KJVA 1JLQA 3EZ5A 1XWLA 1S5JA 4Z4HA 3K5LA 3ZSQA 3L2UA 2XHBA 3C95A 2HW3A 4H4MA 1UA1A 2F8TA 2XO7A 4CF9A 3RMDA 4FK0A 3DOLA 5J2NA 4DF4A 1WSHA 4XIUA 3AA3A 3QNNA 5HLFA 2Z1JA 4CJVA 1VRTA 2OPPA 4W5RA 3QNOA 3SJJA 1XC9A 4KPYA 3AVMA 3DRSA 3TAMA 4M3XA 4NYFA 4C8LA 3D0PA 3M8QA 4Z4IA 1VSHA 2X74A 1C0UA 1WSFA 4DTOA 1KFSA 3OYFA 4NYNA 4DFPA 1NKCA 2RF2A 2KW4A 4H8KA 1YTAA 4FK2A 4CJFA 2KFNA 3KLHA 1C0MA 4N5SA 3KD5E 5CY4A 2P5OA 4LH4A 3ULDA 2G8HA 4CGHA 3NCIA 1S6QA 3CG7A 3V9XA 3F73A 1JLCA 1ZBLA 3AVJA 4CIFA 1BCOA 4UQGA 1SL2A 5I3UA 1DTQA 4O0IA 3BDPA 1KVAA 1WAFA 3T1AA 1RCHA 1KFDA 4CJ4A 3OYJA 3NBPA 1BL3A 4KI4A 1RT3A 2OPQA 4RG8A 3KKRA 4E7KA 4DSLA 5CYMA 1JLAA 2EHGA 1HYZA 1I39A 3LALA 3P5JA 3VQCA 4YNQA 4HUGA 4DF8A 3JYTA 3AA4A 3TAFA 3PV8A 1IH7A 1WLJA 4BWMA 1KRPA 2YV0X 4DTXA 3TARA 3VQEA 3V4IA 1RBVA 3JSMA 3RR7A 4PUOA 3SPZA 3HP6A 4BDPA 1WAJA 1NKBA 1GOCA 2ATQA 4ID5A 3AO3A 4CJSA 4FLYA 4KAZA 3HVTA 2KZZA 4FLUA 3I8DA 1BHLA 5C42A 4E7HA 1CXUA 2IDOA 1KVBA 1IKVA 1NK7A 4O44A 3VQPA 1SKSA 2HHUA 3NF9A 3OS1A 3RR8A 1NK0A 4I2QA 3RRHA 4ID1A 2HMIA 3F9KA 3P1GA 2XY5A 1DTTA 4F3TA 4Z4EA 1VSDA 3PO5A 5SWMA 4B9LA 2VG5A 2ZQBA 4AHTA 3VQ5A 4N41A 3K5NA 4FXDA 4B8CA 4FCYA 3IG1A 1MU2A 4O0JA 4CIEA 2O4IA 3PX4A 3A2FA 1L5UA 2HNZA 4BWJA 3MXIA 1HQUA 1G15A 1BI4B 3OYEA 2OA8A 4F2RA 4CGIA 2F8SA 5E41A 1SKWA 3VQ6A 4W5QA 3L2WA 1Z26A 3RWUA 3VQ7A 4CK1A 2G8KA 5T7BA 1T03A 1REVA 4B8AB 4G1QA 2X78A 3ZSOA 1EXQA 4CJLA 2PYJA 3NH0A 4B9MA 1JLFA 1LWEA 4CGFA 4K8XA 2OPRA 3SUOA 1ZBIA 2G8VA 5FRNA 4OGEA 3LP2A 1EETA 4IBNA 1L3VA 1WNSA 2EX3A 2IC3A 1HNIA 3VQ9A 3I0SA 4CJ3A 4QAGA 2GUIA 1TL3A 3QIOA 4LY7A 4DQRA 1X9SA 4DFMA 1HYSA 4CJTA 3OYDA 1UOCA 1W9HA 3L3UA 4W5TA 2BANA 3WNFA 2DTUA 2AJQA 4DSKA 4NCBA 2OZMA 1RT7A 3SYZA 4CK3A 2D0AA 4CHYA 4B3OA 1C6VA 4HHTA 4B9NA 3ALYA 2D5RA 3V9ZA 2XY8A 2VWKA 4DMNA 4CJUA 3HK2A 4CJEA 4O55A 1VSFA 3MAQA 5SZTA 4CJ5A 5KTQA 3V81A 1ZYQA 2ZE2A 1L3SA 3PX0A 3T19A 3ZSRA 1K6YA 3VN5A 1VK0A 3KK2A 3I0RA 1BQMA 2DY4A 4ZTFA 5J2PA 1NK8A 4JRPA 2KFZA 1RT1A 4DSIA 1QS4A 4KHQA 4CCHA 3LWLA 3D45A 4CEEA 1FXXA 4CEAA 3OS0A 4B9VA 4BE1A 1KLNA 4FJ8A 2D0BA 3QO9A 2GV9A 3HPOA 1U4BA 1U04A 5K14A 1C0TA 2F96A 3VQ8A 3QEVA 3V1RA 4FVMA 4CGGA 2XRIA 1J54A 4C8KA 1HNVA 4DFKA 4E19A 2KQ2A 2ZD1A 4OKEA 3KLEA 5HP1A 4CJPA 3OJSA 4EZ9A 3TAQA 4DTUA 1C1AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YJNN 4BRHA 4CF2A 4ELUA 2KLAA 1ITGA 4JK8A 1RDDA 3B6PA 4CI6A 3HT3A 4FW2A 1BDGA 5AFUA 2P9IA 3SQ0A 3VEOA 1BI4A 3C65A 2YNGA 5J2QA 2O8EA 4LH5A 3LPTA 1HMVA 3OYAA 4E0DA 5AZIA 4DU1A 5FRMA 2VG7A 1ASWA 2HF4A 5HOOA 3AVIA 5AQKA 1EQYA 1VRUA 1HR0K 3CPWM 2P9NB 4JRQA 1S3XA 1T44A 1IG9A 4FWPA 3P38A 3FR0A 3SUQA 4JNEA 4DLEA 4DTMA 5AQJA 1NGCA 3MMVA 1NK4A 3MX5A 1KQSM 2HHSA 3K9JA 3QERA 3IAYA 5HRNA 5J1EA 3CYMA 5DK5A 3LP0A 3U4LA 3A0IX 1RTJA 3F9MA 3LAMA 4I6MA 1D9DA 4IFVA 1OH8A 5IT9O 1BCMA 3ULEA 1IKWA 2D1KA 3R1XA 3WUHA 5HRRA 3M8PA 2HHVA 4K43A 1EX4A 1T3VA 2NRVA 3HPHA 2HOEA 1WN7A 3E1YA 4LSLA 3NAEA 1NOYA 1M90O 5AQXA 1SZ2A 4CIGA 2F9WA 3AVGA 5CYQA 4CERA 3NGYA 1NGFA 4I9LA 2XY6A 4X62K 5D3GA 5GIOA 4CGDA 4ELTA 3O8MA 3S3OA 3IRXA 3BZKA 2OZSA 4O8KA 4OPKA 2O8BA 5EU7A 4KFBA 3K59A 2NNWA 4E1NA 3AVLA 4E7LA 1K8KB 3DM2A 3MN6A 4JKGA 2QWRA 3G25A 2YKNA 3AAPA 3JS6A 4M3WA 2NZTA 3L4IA 3QBWA 4MO4A 4CHNA 3JAMO 4BRPA 1VAZA 1RDBA 1S1VA 1N5YA 3HO1A 4FLXA 2UUBK 2A6AA 4DR1K 3C94A 4OPJA 2NRRA 3CXCM 1BGXT 1GLBG 2KZMA 1I94K 1RDAA 5BN9A 4DV2K 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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