4CGHA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cghA00
1A5XA 4HTUA 3KLGA 3V9XA 1KLNA 4W5RA 1RBUA 1T03A 1DTQA 2EHGA 1SKWA 3V81A 3ZT0A 3S9HA 1BIUA 2Z1HA 3VQEA 4C8LA 4FJXA 1A5VA 1D9DA 2X78A 3C6TA 4CEAA 3DLRA 4B9SA 4CFDA 4FLYA 3LWLA 2Z1GA 3CFOA 4DSFA 4CHNA 2DTUA 4RG8A 2JGUA 4GVMA 3L2VA 3T3FA 1X9MA 1Z25A 1IO2A 4FLTA 1XHXA 4CK2A 3MEGA 3ZCMA 3V9ZA 5CZ1A 3OYDA 4UQGA 3EYZA 2DFEA 4CJQA 4FK2A 4Q5VA 3L2UA 3OVNA 4DG1A 2WOMA 3AVCA 3DOKA 5EU7A 4CEBA 3D0PA 4DQQA 4F3OA 4DU1A 1ZBFA 4R5PA 3ULDA 3KD5E 3T19A 4O55A 1NK0A 2DFFA 2RN2A 4FVMA 1U4BA 1TVRA 1JXEA 4CJWA 4DFMA 3U6FA 4HHTA 2E4LA 1BL3A 5KGWA 4BDPA 3CM6A 4FK0A 4NCGA 2PYLA 3SPZA 4DTNA 3MECA 4CF9A 1RBSA 1IH7A 1K6YA 3PO5A 1NK8A 3V9WA 3HPHA 3K5OA 1UA0A 1TAUA 2YNIA 1WAFA 4KHSA 3SUPA 1U49A 2F8TA 2ZQBA 4J2AA 4RW9A 2HVHA 4W5QA 3RRHA 4AILC 4C8NA 1S1UA 3I8DA 4Q0BA 3M8SA 1LWFA 3V1RA 1ZBHA 3AVKA 3VQ7A 3AVJA 1RBVA 1C1CA 1WSIA 2I5JA 2IDOA 3AVFA 3LPTA 3EZ5A 3U3YA 2Z1JA 4I9LA 2XY7A 1LW0A 3TAPA 2G8IA 4ZTJA 1SUQA 3QINA 4CJ5A 1RT3A 3KK1A 2YKMA 4KKOA 4BE1A 4CEZA 3NF6A 3TAQA 2IAJA 4RW4A 3ZSZA 1D9FA 2E6MA 4HUFA 3PX6A 4QOZB 4I2QA 4E19A 1BQMA 1KVCA 4AH9A 3UIQA 3QESA 1CLQA 4DTUA 1RT2A 4O0IA 4FXDA 3AO1A 2XY8A 4NYFA 4M3RA 4CJSA 4DF4A 1WAJA 4F8RA 4L8RB 2BANA 4BWMA 2DY4A 4B3OA 3DMJA 3M8QA 4CJTA 3ITHA 4ZHRA 3TAGA 5D3GA 1B92A 4AHVA 3IRXA 4OKEA 3NF9A 4B8CA 2EX3A 3OY9A 3K57A 3SUOA 4FJLA 5KI6A 2RF2A 3VQDA 3OJSA 3TARA 1J9AA 1WLJA 3DM2A 3JSMA 2YNHA 3AO4A 1J54A 1BISA 2A1RA 4CHYA 1G15A 4B9MA 4PA1A 4KTQA 3AO5A 5KTQA 3V1QA 3HP6A 5SWMA 3TANA 2ZE2A 1VK0A 1ZBUA 1TKXA 3VN5A 3KLFA 1TK0A 4DSLA 4PQUA 4M3ZA 5HRRA 1NKEA 4FLXA 3AVBA 4J2EA 3V4IA 2D0AA 4Z4CA 5HROA 3QETA 2YHBA 3OJUA 4Y1DA 4AHRA 4M3WA 4BWJA 3L3UA 4E7HA 1LW2A 4M3TA 1NK5A 1Z26A 5E41A 3L2QA 3ZT2A 1QSLA 5HRSA 3V9SA 3K2PA 4KTWA 4N41A 3DLGA 1BQNA 1ASUA 4FK4A 4HUGA 2X74A 4IFYA 3NF8A 5K14A 2F96A 5C24A 4OKJA 3VQ4A 3SCXA 1QHTA 2KZZA 1SKSA 1S1VA 3HO1A 3PV8A 2AJQA 5KGXA 3DI6A 4ELUA 4O0JA 4CIFA 4CGHA 3V6DA 3PX0A 4C8OA 3TAEA 2ATQA 3ZSXA 4PUOA 4AHUA 4DU3A 4O4GA 4FJJA 4B9LA 3HL8A 3THVA 1SKRA 1BCMA 1KVBA 2VWKA 1VSDA 4CHPA 4DTOA 1KRPA 3AO2A 1RT1A 4CJFA 3CQ8A 3BDPA 3G10A 4OVLA 3O4NA 1T8EA 1QTMA 4CEFA 3ZSRA 4DTRA 1HNVA 3I0RA 4NCAA 2HNYA 3SQ1A 5FRNA 2QK9A 3LP1A 4H4OA 3EY1A 3OYJA 1C0MA 4CK1A 4E89A 1Q9XA 4CHZA 2E6LA 5SZTA 3QEXA 1KFSA 3O3HA 4DSKA 4KB0A 5CZ2A 4B8AB 4FJMA 3ISNC 1MU2A 3SUQA 1BI4B 1A5WA 3C94A 4H4MA 4W5NA 3ZT4A 4FJ5A 1RILA 4CIGA 4CFAA 1SL1A 3AVHA 4IDKA 3AVNA 1N6QA 3WNFA 2FC0A 3AA4A 3O3FA 3S3MA 4XIUA 4RW7A 4E7LA 2FBTA 3D45A 3QO9A 5CYQA 2KFNA 1RCHA 2XO7A 3SV4A 1JL2A 3AVAA 3ZSYA 3LAKA 4J2DA 3CYMA 4CGIA 3LANA 3AVMA 1TKTA 4CJ3A 3WNGA 3TABA 3VQCA 4FJ7A 1REVA 3LDSA 1WSEA 4FLWA 3LP3A 3QEPA 1S5JA 1QSYA 1LAVA 5T7BA 5DK5A 1XI1A 4KI6A 4FM0A 4CEQA 1I39A 1JLEA 1Q9YA 1KLMA 4M41A 3SQ2A 4IKFA 2P51A 1RTIA 1Q8IA 2OZSA 2Z1IA 1X9SA 4FW1A 4CEEA 3RR7A 3LZIA 2Y1IA 3MAQA 4I2PA 2ZD1A 4OPKA 4FCYA 4M3YA 4F2SA 2HHXA 1LWEA 3VQPA 4M3XA 2GV9A 3T1AA 4CJUA 3F73A 4N47A 3TR8A 4ELVA 1IKWA 3ZSVA 4DTXA 2D5RA 1NJYA 4CF2A 1T05A 1EP4A 1W0HA 1HYVA 2NUBA 3TI0A 4FZYA 1YTUA 2QKBA 1RT7A 3LWMA 1NOZA 1TKZA 1BHLA 1KTQA 2FBYA 5HLFA 4DSEA 2O4GA 3AA2A 4DQSA 3VQ5A 1KSPA 3NE6A 1LAWA 3CG7A 3SI6A 3NF7A 3RTVA 2OYQA 1CXUA 2R7YA 3CM5A 1WN7A 4IG3A 1U47A 4HCBA 3QNOA 1WSFA 1CZBA 1ZYQA 2XHBA 3K5MA 5J2NA 4O44A 4OGEA 2P5GA 1NJZA 3HYFA 1VSLA 2IGIA 4FW2A 1HYSA 4O5BA 3OYCA 2HHWA 4RW6A 3VQAA 1TL3A 4OLBA 2VG6A 2D0CA 4NYNA 3RMDA 1NOYA 3OYNA 4DSJA 3LAMA 1VSKA 3VA0A 4ID1A 3AVLA 3DLBA 3DLHA 3IAYA 1KCFA 3ZSQA 4KO0A 5FROA 3S3OA 2HNDA 3CFPA 2YHAA 4CGDA 2DFHA 4KFBA 3HVRA 4KTZA 1F21A 1C1BA 4Y1CA 2YKNA 3DLEA 2BE2A 1BGXT 4LH5A 3DOLA 1R0AA 4WE1A 5FRMA 4LSLA 3AO3A 4E1NA 4DTPA 1JLQA 4CFCA 1JLCA 2HHSA 3QEIA 3FFIA 3MXJA 1BI4A 3KKSA 4ZTFA 3O4QA 1RTDA 4KV8A 1CXQA 3NGYA 4HVJA 4JRQA 4HCCA 3KIOA 4FLUA 1JXBA 4KPYA 4DMNA 1S9EA 1L3VA 1QSSA 1QS4A 4PY5A 1D8YA 4BACA 1VSMA 1L5UA 4K8ZA 4NCBA 1FKOA 2P1JA 3OYKA 3ZSWA 1RTJA 4DF8A 3QIOA 3MXIA 1NJWA 1NKCA 4FJIA 1S9GA 2G8HA 4JLHA 4CHQA 2HHTA 4ICLA 1KVAA 1VSFA 4DU4A 3TWHA 4J2BA 3HK2A 1D5AA 4E7JA 3ALYA 1B9FA 1IG9A 4DQPA 1XWLA 3KK2A 3KTQA 3RRGA 4KHNA 3NBPA 3M8RA 4FJHA 3SJJA 3RMBA 1S6PA 2OPPA 3O3GA 4BE2A 4B9TA 1UWBA 3BGRA 1LV5A 2QKKA 3PY8A 4BE0A 2YNFA 3DYAA 3V1OA 2A1SA 3HPGA 3NH0A 3K59A 4TSXA 4IG0A 3IG1A 3RR8A 1JKHA 4GW6A 4I7FA 5J2MA 1B9DA 3H08A 4OPJA 4W5TA 3DRPA 3P1GA 4ELTA 3G0ZA 4H8KA 5HP1A 3VQQA 4OLAA 4CESA 3OYFA 4Z4EA 4CJLA 1GOBA 3QLHA 2ITGA 2O4IA 1U48A 4LD0A 2YV0X 1RT5A 2QXFA 3KLEA 2X6NA 2JLEA 1JLBA 1XC9A 1ASVA 3RMCA 1WSGA 3CFRA 4JS5A 4LSNA 1KFDA 3SV3A 4IBNA 3KKRA 1EX4A 3ASMA 3P83D 1L3UA 3OS0A 1UOCA 3NH1A 4E7KA 4FJ8A 3K58A 4KRFA 3OS1A 4FLVA 3QEWA 1YT3A 2VWJA 3JYTA 4DFKA 3QERA 4CJEA 4EZ9A 2HHVA 2IOCA 5JS2A 1S6QA 3AVIA 5J1EA 3OYEA 1SL0A 1DLOA 5CY4A 1NK9A 4CGFA 2F8SA 4I9QA 3OYAA 3KLHA 3B6OA 3HPOA 3DRSA 2OPSA 1VSHA 2WONA 4DLGA 1NJXA 3V9UA 1BIZA 2PYJA 1TAQA 2HNZA 4K8XA 4FZXC 4E1MA 1WNSA 1IKVA 4AHSA 4BDYA 4FM2A 3LZJA 3SUNA 1TKDA 2HHUA 5J2QA 3AVGA 1X9WA 4LH4A 1BCOA 4BDZA 4M45A 4AHCA 3SQ4A 4DSIA 4DQIA 4KB1A 2HHQA 1L3SA 3L2WA 1RT4A 1JLAA 3NCIA 1EETA 4CJ4A 3OYIA 3MEEA 1TK8A 1RT6A 4JRPA 1J53A 3VQBA 5FDLA 3PX4A 2D0BA 2HVIA 5KRSA 1UAXA 3QEVA 4KHWA 3KLIA 2KW4A 5DMRA 4DTSA 4YNQA 4KHQA 1DTTA 1HQUA 1VSEA 5C25A 2Q3SA 4LY7A 4OGCA 4DTJA 1C0TA 4FJ9A 4DQRA 4DWIA 1HJRA 4DTMA 2OZMA 1LWCA 4E3SA 2OPRA 1JLFA 2Y1JA 1RBRA 1RDAA 3ZSOA 3WNHA 1QQCA 4CF0A 4CJVA 3OYMA 3SZ2A 2XY5A 1L3TA 4N76A 3OS2A 4EP4A 2RKIA 4HUEA 1HMVA 4EP5A 3PO4A 2B5JA 1NK6A 2B6AA 5HRPA 4RW8A 1EKEA 4F4KA 4B9UA 2BDPA 3LPUA 4CGGA 3OYLA 2P5OA 3ZT1A 4M42A 4FJGA 1GOAA 4CJPA 5C42A 2HW3A 1VSJA 2PY5A 3DLKA 5J2PA 4CE9A 2KQ2A 1FXXA 2KZMA 1C1AA 4DFPA 1NK7A 4CJRA 1VRUA 1FK9A 3TAFA 1IKYA 4B08A 3DRRA 2G8KA 1W9HA 4CF1A 3NHGA 4G1QA 3SNNA 2G8VA 2PZSA 4FYDA 1X1PA 1S1XA 2XRIA 3C6UA 3VA3A 4FLZA 1IKXA 3NH2A 1RDDA 1SV5A 4PWDA 4CK3A 4OKKA 4C8MA 4Z4HA 4Z4FA 3SYZA 1ZBLA 4IFVA 1WSJA 1HYZA 4CFBA 2LSNA 3NAEA 4E0DA 1RDBA 3P5JA 4FM1A 4QCLA 4ID5A 3L3VA 1NKBA 3NGIA 2RPIA 5JS1A 4E7IA 4DLEA 4F2RA 1S1WA 1QE1A 4CGJA 4CJKA 3NGZA 4OJRA 4FZZA 2KTQA 1TK5A 4KHYA 2FBXA 4N5SA 2GUIA 2OA8A 3HSTB 3AA5X 1JL1A 3KK3A 3HP9A 3HJFA 3QNNA 3WNEA 1C0UA 3TAMA 1I3AA 4W5OA 4KI4A 3A2FA 1HPZA 1ITGA 3K5NA 5I42A 3C95A 2ETJA 5CYMA 5HBMA 1U45A 2BGGA 1CZ9A 1C6VA 2OPQA 2B4JA 3OYGA 2G8WA 2YNGA 1N5YA 4KAZA 1RDCA 2GBZA 4MQ3A 4MFBA 2VG5A 2X6SA 2W42A 3NDKA 1Y97A 2XY6A 4C8KA 1EXQA 4FJKA 4QAGA 4B9VA 1ZBIA 4DFJA 3PUFA 1U04A 3VQ6A 2HB5A 3OYHA 1TV6A 2FBVA 3LALA 4CF8A 1YTAA 3ZT3A 3L2RA 4DS5A 1XHZA 4B9NA 4JS4A 1GOCA 3VQ9A 3HM9A 1RTHA 4CHOA 4EZ6A 4KHUA 4CECA 4Z0UA 4Z4GA 4Z4IA 3M8PA 3NFAA 3F9KA 4YFUA 2KFZA 3RMAA 3QIPA 3LP2A 3RWUA 2HMIA 1RBTA 3HVTA 3IS9A 1NK4A 4FJNA 3HXMA 3VQ8A 1HNIA 3B6PA 1FKPA 3LP0A 3L8BA 2IS3A 1VSIA 3SQ0A 4CERA 1JLGA 1VRTA 3E01A 1S1TA 3MXMA 4GMJB 4CCHA 3AA3A 5I3UA 3S3NA 3MEDA 4AHTA 1UA1A 1TGOA 1T7PA 5KRTA 4KREA 4F3TA 1HRHA 1WSHA 1ASWA 4DS4A 1SL2A 3KD1E 1O1WA 2G8UA 2VG7A 3HT3A 3SPYA 4N56A 1YVUA 1J5OA 2G8FA 1TL1A 5HRNA 3OYBA 4CEDA 3AV9A 1RNHA 2IC3A 3U3GA 3KJVA 3K5LA 4M3UA 4CEOA 4CIEA 3I0SA 1HQEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1A5XA 5AQOA 2O8CA 3KLGA 3CI5A 4JK9A 3J7YP 2X78A 4CFDA 3L4QA 4FLYA 3QFUA 2Z1GA 3L2VA 2OTLN 1U2VB 1XHXA 3V9ZA 3OYDA 2OTJN 3EYZA 2DFEA 4BG9A 1TUYA 5EU7A 3D0PA 4K42A 4F3OA 1ZBFA 3T19A 3ZYYX 1TYQA 2RN2A 3U6FA 4CJWA 1NGIA 2E4LA 5BR8K 5KGWA 2A5XA 5LMNK 4JK7A 5AFUA 3V9WA 4MLEA 2JWKA 4FWKA 1U49A 3CCRN 2HVHA 4AILC 4C8NA 1IG8A 4Q0BA 4YOTA 1BG3A 3VQ7A 4CD3A 1C1CA 3CMEN 1LW0A 1JCEA 3A5LC 4ZTJA 4CJ5A 3KK1A 2PAVA 2NRVA 1XNQK 2IAJA 4RW4A 3ZSZA 4IDHA 5BPLA 4I6MB 4HUFA 4JKEA 2P9PB 1QZ6A 2NZTA 4EIAA 1CLQA 4DTUA 4O0IA 4B1XB 3N4QA 3VERA 3AO1A 4NYFA 4CZIA 2BANA 4B3OA 3DMJA 3M8QA 4CJTA 3MN9A 4DQ8A 3TAGA 1B92A 4AHVA 5HOOA 5KI6A 3OJSA 3DM2A 3JSMA 1J54A 4CHYA 2O8BB 4PA1A 3MN5A 4KTQA 1NBWA 3A8YA 1TKXA 3VN5A 4DSLA 3ENOA 4C1NI 3VPZA 1NKEA 4M3ZA 4J2EA 3QETA 4JHDB 4Y1DA 5C2DA 1YHQN 4BRQA 1NK5A 5E41A 2W41A 3L2QA 4DV7K 3K2PA 3DLGA 3HRGA 3NF8A 3SCXA 4OKJA 2YX6A 5C15A 5CHIA 4K43A 4GV6A 4DV5K 4O0JA 1T6CA 4DU3A 4PKIA 4H0PA 3SMSA 4DTOA 1KRPA 3CQ8A 3G10A 4CEFA 2GUPA 3I0RA 3KK7A 3SQ1A 3OYJA 4IEIA 4ISFA 5CR4A 4E89A 1Q9XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1A5X A;  5AQO A;  2O8C A;  3KLG A;  3CI5 A;  4JK9 A;  3J7Y P;  2X78 A;  4CFD A;  3L4Q A;  4FLY A;  3QFU A;  2Z1G A;  3L2V A;  2OTL N;  1U2V B;  1XHX A;  3V9Z A;  3OYD A;  2OTJ N;  3EYZ A;  2DFE A;  4BG9 A;  1TUY A;  5EU7 A;  3D0P A;  4K42 A;  4F3O A;  1ZBF A;  3T19 A;  3ZYY X;  1TYQ A;  2RN2 A;  3U6F A;  4CJW A;  1NGI A;  2E4L A;  5BR8 K;  5KGW A;  2A5X A;  5LMN K;  4JK7 A;  5AFU A;  3V9W A;  4MLE A;  2JWK A;  4FWK A;  1U49 A;  3CCR N;  2HVH A;  4AIL C;  4C8N A;  1IG8 A;  4Q0B A;  4YOT A;  1BG3 A;  3VQ7 A;  4CD3 A;  1C1C A;  3CME N;  1LW0 A;  1JCE A;  3A5L C;  4ZTJ A;  4CJ5 A;  3KK1 A;  2PAV A;  2NRV A;  1XNQ K;  2IAJ A;  4RW4 A;  3ZSZ A;  4IDH A;  5BPL A;  4I6M B;  4HUF A;  4JKE A;  2P9P B;  1QZ6 A;  2NZT A;  4EIA A;  1CLQ A;  4DTU A;  4O0I A;  4B1X B;  3N4Q A;  3VER A;  3AO1 A;  4NYF A;  4CZI A;  2BAN A;  4B3O A;  3DMJ A;  3M8Q A;  4CJT A;  3MN9 A;  4DQ8 A;  3TAG A;  1B92 A;  4AHV A;  5HOO A;  5KI6 A;  3OJS A;  3DM2 A;  3JSM A;  1J54 A;  4CHY A;  2O8B B;  4PA1 A;  3MN5 A;  4KTQ A;  1NBW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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