4CHNA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4chnA00
4LD0A 4CK2A 5C42A 3SUOA 1NJWA 4LH5A 1SL0A 5J2PA 3QETA 3SYZA 1LAWA 2IAJA 3G0ZA 3ZT4A 3M8RA 1BHLA 3TAPA 1NJXA 2G8VA 3C6TA 4NCAA 1RBRA 2X6NA 1SUQA 4BACA 3V1OA 2DFFA 4DTRA 2HHVA 1A5WA 4K8ZA 5HRSA 3KLIA 5EU7A 1J53A 3OYIA 4JS4A 3CM5A 4CJFA 1S6PA 4I9LA 4DFMA 2RN2A 1VSFA 1WSFA 5KRSA 1CXQA 5CY4A 3S3MA 2G8UA 1GOAA 2F96A 1HQUA 4AILC 3HVRA 1RTDA 3DOLA 3CFRA 3K58A 3RTVA 4CEAA 1TL1A 4F8RA 2VWJA 3NF6A 4ELUA 5FRNA 2OPPA 4FYDA 4EZ6A 4JS5A 1QQCA 3LP1A 3ZCMA 1ASVA 4H4MA 4KI4A 3O3HA 4CJ3A 2DTUA 3B6OA 1I39A 4CF2A 4R5PA 3OJUA 1NKCA 3L3VA 3NGYA 3TABA 4OKJA 1S9EA 4FJJA 3LP0A 1WAJA 3T3FA 3NHGA 3KJVA 3LP3A 1QS4A 4Y1CA 1TV6A 4FLYA 4F3OA 4CE9A 4M3ZA 4CHNA 2Z1JA 4ID5A 2X6SA 2KW4A 4CF1A 3K5LA 3K2PA 3RMCA 1KFSA 4IDKA 2OZMA 1Z26A 4KKOA 4OVLA 3SI6A 3CQ8A 4KB0A 1O1WA 3V6DA 1EP4A 3HSTB 2WOMA 4FZZA 4AHSA 4OGCA 1UA0A 2X78A 4CJEA 1F21A 1WSJA 1T7PA 1RCHA 3MEGA 1SL2A 1HRHA 4FLZA 3PUFA 1U49A 3SUQA 4PY5A 3QIPA 3ASMA 3AA3A 4FLTA 2ATQA 4CJKA 4N47A 4DQSA 2HNDA 1U48A 2B4JA 1JLBA 2D0CA 4B9LA 4FM1A 3AVKA 3WNGA 4FLWA 3QESA 1BCOA 3K57A 1NK8A 4B8AB 4DFPA 2VWKA 4KB1A 3AA5X 3QERA 3T19A 4RW7A 4J2BA 4AHVA 3AO2A 3KTQA 4E7HA 4DU3A 4G1QA 4KO0A 4E1MA 2XY8A 2A1RA 1QHTA 4HHTA 3HYFA 4NYNA 2EHGA 2Z1HA 4GW6A 4IBNA 1N5YA 1RDAA 2GUIA 3I0SA 3AA2A 4NYFA 1W0HA 2KZZA 2KFZA 3V9UA 2YKMA 1HNVA 1B9DA 1VRUA 2BE2A 3AV9A 1NK9A 3QO9A 3H08A 4F2RA 2Q3SA 4CGIA 3B6PA 2HNYA 5CYMA 1RT6A 2I5JA 4BDZA 4OJRA 4JLHA 1TAUA 2BGGA 2XO7A 2OPQA 3VQQA 1B92A 4XIUA 4RG8A 5HROA 4FVMA 4O0IA 3BDPA 1BI4B 4MFBA 2FBXA 2YV0X 3HP9A 4HUEA 4FZYA 1NJZA 1IKVA 4AH9A 4CIFA 5HLFA 3RR7A 3ZSVA 1BCMA 4FJLA 4HUGA 3KD5E 3DOKA 3SQ0A 4OLBA 1WSHA 1ZBFA 4BWJA 1UAXA 3VQ9A 2P51A 3EYZA 4FJXA 4EP4A 4JRQA 2G8HA 4CEOA 1BGXT 3U3YA 4I9QA 4B3OA 3G10A 1JLEA 5KRTA 4DSIA 1KTQA 4B9SA 1L3TA 4CEZA 2YNHA 1FK9A 1RDBA 3P83D 4F4KA 3P1GA 3L3UA 4DTMA 4FJHA 3DM2A 4GVMA 4KHQA 5KGWA 1LV5A 3QNNA 1ZBLA 3IRXA 1QTMA 3CYMA 3DLKA 3O4QA 3PX0A 4KAZA 1UOCA 3OYAA 3DRPA 1S1WA 1ASUA 4DFKA 1NK5A 1RT5A 4FXDA 4DF4A 3V4IA 3OJSA 1S9GA 1U04A 1JLAA 1WSEA 4CJQA 1TKTA 1NK0A 4FJKA 3F9KA 4CF9A 4ELTA 1X9MA 3ZT3A 1FKOA 2R7YA 1R0AA 4KV8A 2P5OA 3OY9A 3ZT1A 4FK0A 1CZ9A 1YVUA 3RWUA 2XY7A 4PUOA 3QEXA 1RBSA 1JLFA 4DF8A 2RF2A 4LH4A 4UQGA 4FJIA 3OS2A 4DMNA 3O3FA 3LPTA 3NF7A 4DS4A 3PY8A 4DSJA 4E7LA 3DLBA 3OYMA 4J2DA 3SZ2A 5J1EA 3TI0A 4FJNA 1SL1A 2PYLA 5I42A 4DTNA 1UA1A 4CJPA 3LALA 4OKEA 4BE1A 1JLGA 3M8SA 3AO1A 2HHWA 2Z1IA 3ALYA 3AVMA 3IAYA 1D5AA 3LZIA 3AVBA 3OYCA 3L2WA 4DTSA 3TAGA 2FBTA 3RRHA 4M45A 1S1XA 1Y97A 4CF8A 3AVCA 4HCBA 4Z4GA 4OPKA 1RILA 2W42A 1BIUA 2KZMA 1ZBHA 4CGHA 1C1AA 3HP6A 3BGRA 4Q0BA 3HXMA 3SV4A 4FK4A 1S6QA 3ZSOA 4HVJA 4IFYA 2DFHA 3S3OA 4FW1A 1KCFA 2X74A 2VG7A 1RT3A 2YNFA 3IG1A 4IG3A 3T1AA 3TAFA 2QKBA 4M42A 5T7BA 4DU4A 2A1SA 1VSDA 2HB5A 3NCIA 4M3WA 1TKXA 2ETJA 2PY5A 1VSLA 2HMIA 1C6VA 5HRNA 2D0AA 3RMAA 2RPIA 4O0JA 3NAEA 3CM6A 3K5NA 1WLJA 2XY6A 4TSXA 1KRPA 3QEVA 1RTJA 1NKBA 2Y1IA 2Y1JA 4QCLA 2VG5A 1SV5A 4B9NA 3C94A 4DG1A 1C1BA 3KLHA 4FM0A 3SV3A 3L2UA 3AVLA 2HHXA 4YFUA 3EZ5A 1SKWA 3ZSYA 4CJ4A 4C8KA 1D8YA 5DK5A 3ZSRA 4CJTA 2XHBA 4Z4EA 1TAQA 1Q8IA 3NGZA 4E1NA 3AVGA 4QAGA 2G8KA 1KVAA 2BANA 4CERA 1U47A 4CEDA 1VSIA 2VG6A 5KGXA 3KK2A 3O3GA 4BE2A 2XY5A 3QEWA 4N41A 4FK2A 4M3TA 3D45A 1KVCA 4FLVA 2RKIA 4FJ9A 1NOYA 3C95A 4HTUA 3RMDA 4B9VA 3VQCA 1SKSA 2IDOA 3FFIA 1XWLA 3U6FA 1XHZA 3AVHA 4IKFA 4RW9A 5J2MA 1QSSA 1TKDA 3AVIA 3PO4A 1QE1A 4K8XA 2FBYA 5J2NA 3QNOA 1VSJA 3IS9A 4CHPA 3OYBA 3HPOA 4B9UA 2G8IA 3VN5A 4CHZA 2B6AA 3P5JA 2OZSA 1JKHA 5I3UA 4KHSA 1CLQA 3PV8A 5HRRA 4EZ9A 3HO1A 3O4NA 1RBTA 2G8WA 3VQ8A 4E7KA 4NCBA 1VK0A 1EXQA 1DTTA 2YNIA 4ICLA 4M3UA 1C0MA 3HJFA 4DQIA 3M8QA 3SPYA 2HW3A 3VA0A 4B9MA 1RTHA 3SQ2A 2LSNA 3DYAA 1VRTA 2YHAA 3HPHA 3ZSXA 3TANA 4FJMA 3TARA 3MEEA 4M3XA 2IS3A 1X9SA 1TKZA 4DQRA 3AO3A 3SCXA 3A2FA 3KLEA 1RT2A 3MXJA 4CCHA 2ZE2A 2QK9A 1QSYA 1DLOA 5HBMA 5FROA 4CHYA 4DLEA 4C8MA 4AHCA 3NE6A 3MXIA 4CEFA 3TWHA 2IC3A 4DS5A 4CK3A 3DLHA 1ASWA 4CIGA 1X9WA 4F2SA 3LPUA 4CHOA 3QEPA 4CEQA 1Q9XA 3F73A 1KLMA 4DTXA 4B8CA 4WE1A 4IFVA 3D0PA 1MU2A 4O4GA 1JXBA 3DMJA 4FJ7A 3LANA 4HUFA 4CJWA 3PX6A 1BQMA 2IOCA 1REVA 2G8FA 3ULDA 2E6LA 4CJLA 3OYNA 2D5RA 3DRRA 1A5VA 3L2QA 4DTJA 1N6QA 4DWIA 1HYSA 4N5SA 1UWBA 3KKSA 1LAVA 4O44A 4Z0UA 4M41A 2Z1GA 4W5OA 1ZBIA 5HP1A 4FW2A 3OS1A 4DTUA 2NUBA 3THVA 1FXXA 1RDCA 2HHSA 3NDKA 3V9ZA 4IG0A 1VSKA 4DQPA 4L8RB 5JS1A 3RRGA 3TAQA 5CZ1A 4KHWA 4CFAA 3HPGA 1W9HA 1IKYA 4H4OA 3AVFA 3SQ4A 1TVRA 4CJRA 4JRPA 4KTQA 2ITGA 3KK3A 1D9DA 3HVTA 4OKKA 1GOBA 4CGJA 4FCYA 3LAMA 3JYTA 3SPZA 4E0DA 4Z4FA 1WNSA 4CESA 1XI1A 3OYDA 3AVJA 3KLGA 3V9XA 4FZXC 4QOZB 4DTPA 3AA4A 1Q9YA 3AVAA 1IG9A 3ZT2A 2BDPA 1LW2A 4F3TA 4BDPA 3S9HA 3SJJA 1BQNA 2P1JA 3OYLA 2HHUA 1C0TA 1S1UA 3OYKA 3JSMA 4LSLA 4E7IA 3C6UA 3DLRA 4C8OA 4ELVA 4FJGA 1YTUA 1EKEA 1G15A 3UIQA 5SWMA 4ZTFA 1S1TA 4E19A 1RBVA 1EX4A 3VQAA 3L8BA 4FM2A 1NK4A 1HPZA 2QXFA 2HHTA 3V81A 4J2EA 4KFBA 5E41A 2HHQA 3KD1E 2B5JA 2FC0A 4DSEA 4DLGA 2XRIA 4CGDA 3V9WA 4DU1A 4W5TA 4AHRA 3LWLA 5C24A 1SKRA 3NFAA 4CEEA 4FJ8A 4FLUA 1ITGA 4Y1DA 1RT1A 2E6MA 1YT3A 2QKKA 2O4GA 3TAEA 1TK8A 3CFPA 1X1PA 1S1VA 1CXUA 3EY1A 1JXEA 4AHTA 4OLAA 4KHNA 5K14A 4CFBA 4ID1A 3SNNA 4KPYA 5J2QA 2KFNA 1CZBA 2JGUA 1TK0A 3VQ5A 1L5UA 3VQPA 3DI6A 1DTQA 3TR8A 3I8DA 3L2VA 1WSIA 1J9AA 5HRPA 3NH1A 1LWFA 4KRFA 3MEDA 2YNGA 1B9FA 1HMVA 3CFOA 3DLGA 4ZHRA 3CG7A 3AO5A 2OA8A 5CYQA 2AJQA 1U4BA 3LP2A 3E01A 1RBUA 1RNHA 1T03A 4BE0A 1BL3A 3V1QA 4CFDA 4CJUA 3SUPA 4OPJA 1L3SA 1KLNA 5FRMA 4CK1A 1VSHA 4E89A 3KIOA 1Z25A 3ZSWA 4CGFA 1TK5A 4KHUA 4C8LA 2FBVA 4EP5A 3VQ6A 3NH0A 2D0BA 5SZTA 4CGGA 3LAKA 1HYVA 2OPSA 3OS0A 1NK6A 1HQEA 1I3AA 4O5BA 5C25A 3OYHA 4KREA 3NBPA 3ZSQA 1NKEA 4N76A 1RT7A 4KHYA 3WNEA 1T8EA 4KI6A 3HL8A 4AHUA 4OGEA 4RW4A 4HCCA 4Z4CA 2JLEA 1IKXA 4RW8A 5DMRA 1IKWA 3ZSZA 5KTQA 1LWEA 3VQBA 2DY4A 4PA1A 2YHBA 4B9TA 3RR8A 1J54A 2HVIA 3MAQA 1LWCA 1TL3A 1K6YA 4B08A 3M8PA 2EX3A 1C0UA 5KI6A 1WSGA 3V1RA 3WNFA 4PWDA 4CFCA 2O4IA 3HT3A 4DSLA 4Z4HA 1ZYQA 1D9FA 1BIZA 1C1CA 2GBZA 2ZQBA 3AVNA 4DQQA 2IGIA 3NF9A 1U45A 2F8TA 3K59A 3K5OA 4BDYA 1QSLA 3SQ1A 4DSKA 1KSPA 2DFEA 4C8NA 3TAMA 4CF0A 1EETA 4DTOA 1HYZA 4ZTJA 1L3VA 2F8SA 4CJSA 3MXMA 1GOCA 1KFDA 1JLCA 3NH2A 2P5GA 3V9SA 3ISNC 1NK7A 3ZT0A 1J5OA 4BWMA 1YTAA 3AO4A 4W5NA 1S5JA 1LW0A 2KQ2A 5FDLA 3K5MA 4E7JA 4Z4IA 4LSNA 3QIOA 3VQ4A 4Q5VA 2KTQA 4E3SA 2HNZA 3VQDA 1BI4A 1IO2A 1VSEA 3HK2A 1HJRA 4CIEA 2PYJA 1RT4A 4FJ5A 3QINA 4CECA 3LDSA 3RMBA 3LZJA 2OPRA 3SUNA 3OYJA 1XC9A 3DLEA 3QEIA 3S3NA 1IH7A 1NOZA 3MECA 1KVBA 1RTIA 4W5QA 3VQEA 4FLXA 4RW6A 5CZ2A 4M3YA 3L2RA 2E4LA 3DRSA 3KLFA 2PZSA 4KTZA 4CEBA 1WAFA 5JS2A 3OYFA 3VA3A 2OYQA 1JL2A 3NF8A 1JLQA 3PX4A 1FKPA 4J2AA 1WN7A 3KK1A 3PO5A 4MQ3A 3I0RA 1XHXA 3NGIA 3U3GA 4DSFA 3LWMA 3QLHA 1VSMA 2YKNA 4H8KA 4YNQA 4N56A 1RDDA 4PQUA 2WONA 3KKRA 4DFJA 2GV9A 4I2PA 1HNIA 4LY7A 1A5XA 3OVNA 4I7FA 4W5RA 4CHQA 1L3UA 3VQ7A 4O55A 2HVHA 3OYEA 1T05A 1NJYA 3OYGA 4I2QA 4CJ5A 4GMJB 3ITHA 1JL1A 4M3RA 3HM9A 4CJVA 1BISA 1TGOA 5D3GA 4NCGA 4KTWA 2ZD1A 3WNHA 1ZBUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LD0A 4CK2A 1SL0A 5J2PA 2UXBK 1YF5L 4O5FA 1LAWA 3SYZA 2IAJA 1BHLA 1NJXA 1BUPA 3M6GA 2DFFA 1XNRK 4O8UA 1J53A 3MN5A 3OYIA 4JS4A 3P38A 4I9LA 5KRSA 1WSFA 1CXQA 5CY4A 4R79A 2F96A 2P9LB 3HVRA 4FWPA 4JK8A 3CFRA 3K58A 3RTVA 4CEAA 3MK6A 3JS6A 3NF6A 4ELUA 1K8AO 4H4MA 2A41A 4KI4A 4C1NI 4R5PA 4PKGA 1FW6A 1YAGA 3VF2A 4BC4A 2UXCK 3U8XA 4BRCA 3T3FA 1VQ8N 4OO1J 3KJVA 3LP3A 4CE9A 1MWMA 3SI6A 1O1WA 3V6DA 1T6CA 3HSTB 2H3GX 2WOMA 1S3XA 4FVUA 2PFUA 1SL2A 5DM7L 3PUFA 2ATQA 4CJKA 2V51B 1JLBA 4FOIA 4B9LA 4FM1A 3QESA 1HNXK 4B8AB 3T19A 5TKYA 3AO2A 1XC3A 1N33K 1SAZA 1FJGK 2XY8A 4DV0K 3I0SA 2KZZA 1W0HA 2KFZA 3V9UA 1HNVA 4BRPA 1VRUA 1NK9A 3N4QA 2I5JA 4I6MA 4BDZA 3TTDA 2XO7A 2OPQA 4JKAA 1B92A 4XIUA 4RG8A 5HROA 4FVMA 4O0IA 1VHXA 1IKVA 4AH9A 4CIFA 1BCMA 4YY3K 3T1YK 1C0GA 3EYZA 4JRQA 2JWKA 1NGBA 4I9QA 1JLEA 2P9UA 4PKHA 4B9SA 1FK9A 1RDBA 2KLAA 3ZETA 5AR0A 3DM2A 4A61A 5BR9A 4IJNA 1QTMA 2P9IB 3QICA 3PX0A 3OYAA 2ZM6K 2EWSA 1S1WA 2F7TA 1NK5A 4FXDA 2ASOA 4O8KA 3OJSA 1S9GA 1U04A 1WSEA 4J8FA 2O8FB 4FJKA 4K41A 2GUPA 4FOEA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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