4CHOA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4choA00
3L8BA 4N56A 1B92A 1GOBA 4M3RA 1RTDA 1RT7A 1WNSA 3WNHA 4CJPA 3NGZA 4E3SA 2E6MA 3LP3A 2KTQA 4JRPA 2GBZA 1NK5A 4IG3A 3CG7A 2Z1JA 3VQ6A 1CXUA 1IKXA 1JLFA 2ETJA 2X74A 3LAKA 3SZ2A 1X1PA 4B9NA 1ITGA 4ICLA 2NUBA 1TKTA 1VSLA 3A2FA 3QESA 1LV5A 2G8WA 3K5MA 3HSTB 2R7YA 4B9MA 3HJFA 2DFEA 3KK3A 3M8RA 3RWUA 4CHZA 4KHYA 1LWFA 2Y1IA 4WE1A 1BQNA 1C0UA 4I7FA 2PZSA 4FJNA 4KHNA 1WLJA 3DMJA 3TANA 1YTAA 4B3OA 2DTUA 1X9SA 1B9DA 1QSYA 1VRTA 1RT5A 4FJGA 5HRSA 1VSJA 3V9XA 1WSFA 4LSNA 1SV5A 4YFUA 4FLUA 3CYMA 3NBPA 3P5JA 4ID5A 2P1JA 4H8KA 4FJXA 2B6AA 3C95A 5KRTA 4CK3A 3SUPA 3V9SA 2O4IA 1O1WA 3P83D 4I2QA 4CHYA 4CIEA 4J2DA 3PV8A 1WAJA 3V1OA 3L2VA 1UAXA 1FKOA 1FKPA 2BANA 5KTQA 4B8AB 4BE0A 1C6VA 4DTOA 1NK0A 1IKYA 3LP0A 1ZBUA 2HHTA 1D9DA 1W9HA 5KRSA 1RDDA 3HM9A 3LP1A 4CEBA 1KRPA 1BI4B 3SV3A 3EY1A 2AJQA 3RMBA 1GOAA 2VWKA 5C42A 4CJ4A 1MU2A 4QOZB 3V1RA 3AO5A 1C0TA 4AHCA 3WNEA 4FJLA 3G10A 2XO7A 4CGGA 4OPJA 1U49A 5KGXA 1CZ9A 1QHTA 1REVA 1NJYA 3DRPA 4CJSA 4PY5A 3V4IA 2P51A 4MQ3A 1NOYA 2RN2A 1SL0A 4M42A 3AVAA 4FLZA 2WOMA 3AV9A 4FLTA 1WAFA 1C1BA 3LWMA 4BE1A 3S3MA 4KHSA 4CHQA 1UWBA 4F8RA 1KCFA 2FBTA 3D45A 1TAUA 3HVRA 3DRSA 4CESA 1HRHA 2FC0A 2FBXA 3VQDA 1RCHA 3D0PA 1XI1A 3AVNA 2QKBA 3TABA 2IDOA 5CYMA 3LZIA 2OPPA 4HUEA 1L3VA 4Z4IA 2A1SA 3TAGA 4CJVA 3O3FA 1KFDA 4DTMA 1KVBA 3QLHA 4FZYA 3QNNA 2KZZA 1JLBA 3ZSXA 4ZTFA 1YVUA 4CJUA 4CE9A 3QEXA 4CEEA 3CFRA 3LZJA 4FJKA 1TVRA 1Q9YA 3RR8A 1HNIA 1J5OA 4F2SA 3MEDA 1JLCA 4O0IA 3AO1A 4PUOA 1KTQA 3V9ZA 1LW2A 2HNZA 2QKKA 5HBMA 3NE6A 3L3VA 4KTQA 1SKSA 3TAEA 4OGEA 4CERA 1QS4A 3SV4A 4LSLA 4RG8A 2P5OA 1NKCA 1JLQA 4CJKA 4EZ9A 1IKVA 3DYAA 1BCMA 3OS2A 3TAFA 1KVAA 3KLIA 3LP2A 4OKJA 3VQEA 3WNFA 4KFBA 4TSXA 3SPYA 3AVFA 3TAQA 1X9MA 4ZTJA 4L8RB 3QO9A 4DQQA 4BE2A 1ZBLA 3U3YA 1LWCA 1UA1A 1TK5A 2B5JA 3PO5A 1YTUA 4RW9A 5HLFA 4CEAA 3MXMA 4H4MA 3I0SA 1XHXA 3ZSQA 1Z26A 4AHVA 3OYLA 4M45A 3RMAA 4IDKA 3DM2A 3OYNA 1IKWA 3U6FA 4CGIA 4E7LA 4AHUA 1VSIA 3TAMA 3V9WA 4I2PA 4NCBA 4QCLA 2IAJA 1BI4A 1NJXA 2HHWA 1VSDA 1U48A 3OYBA 4BWMA 3KKRA 3DLEA 1ZBFA 4B8CA 3VQBA 3CM5A 4C8MA 5E41A 3B6PA 3IG1A 1QE1A 4DU3A 1S6QA 1GOCA 4CJRA 2ZD1A 1T8EA 3SI6A 4W5TA 3KJVA 3ZSWA 1BQMA 4FVMA 3SPZA 4FJJA 4CF2A 1U4BA 2JLEA 3T19A 4NCAA 4NYNA 3VQ8A 3ZSRA 4OGCA 4CJFA 1HMVA 4FJ5A 1BCOA 3QEVA 1NOZA 3HPHA 1BISA 2YNHA 3C6TA 3DOKA 4O0JA 1CZBA 4FJHA 4I9QA 1TV6A 3F9KA 3NH0A 4IFYA 3QEIA 1Z25A 2YNGA 5C24A 3OS0A 3QEPA 1XC9A 2EX3A 3TAPA 3KLFA 4HTUA 4CJWA 4FM2A 4KAZA 1RBSA 1C1AA 2PYLA 4J2EA 1RT3A 4CEOA 3AVLA 1HJRA 4OKKA 3O3HA 5J2PA 2XY6A 4DF4A 1JL2A 1RT2A 4IG0A 4RW6A 4DSKA 2HNYA 2G8IA 2G8FA 4Z4GA 1QTMA 2D0CA 4FLYA 1WSGA 4Y1DA 3NAEA 2BDPA 3ULDA 1L3UA 1KVCA 4LH5A 2X6NA 3OJSA 3NCIA 3SQ2A 1KLMA 3ZSYA 3SQ0A 3QEWA 4JS5A 4O5BA 1NK7A 2D0BA 4OPKA 3HK2A 1L3SA 3ALYA 2I5JA 4F3OA 4RW7A 4FJ7A 4DS5A 1HYZA 4C8OA 4CK2A 1S9EA 3OYJA 3K57A 4R5PA 1VRUA 5SZTA 3V6DA 1EP4A 5I3UA 2GUIA 3SYZA 4DFPA 1RTHA 4NYFA 4B9UA 2F96A 1RT1A 4CIGA 3L2UA 3HP9A 3KD1E 1ASWA 1YT3A 2OZMA 3QETA 3VQPA 1BHLA 1NJWA 3MXJA 4RW4A 4CFDA 4DSJA 3NDKA 1RDBA 5FRMA 3OYIA 4GW6A 4CHNA 2RKIA 2Y1JA 4HVJA 4N76A 1VSFA 2FBVA 3ZT2A 1ZBIA 2E4LA 3H08A 4GVMA 1WSEA 5HROA 5CZ2A 4K8ZA 3RMDA 4I9LA 2IGIA 3L2WA 1U04A 3ZT3A 4W5OA 4Z4FA 1N6QA 4OLBA 3HP6A 5J1EA 2VWJA 4DSIA 4CHPA 2DFFA 3DLKA 2HHQA 4FJ8A 3HL8A 4B08A 1D8YA 1TL3A 4BACA 3QINA 4KPYA 2IOCA 3BGRA 1IH7A 3TARA 3HYFA 4CF9A 1RTIA 5T7BA 3VA0A 4FZXC 1VSMA 5C25A 4KHQA 2A1RA 2HHVA 4Z0UA 4NCGA 3F73A 4Q0BA 5I42A 5HP1A 2Z1IA 2O4GA 2HW3A 3VQCA 4DG1A 1S1UA 1W0HA 3B6OA 1RBVA 3NF7A 1LAWA 1ASVA 4AILC 5FDLA 3PX4A 3QIOA 1QSLA 3MEEA 4FJMA 4DQPA 3I0RA 4BDPA 4M3TA 1X9WA 4G1QA 4JRQA 1J54A 4Q5VA 4MFBA 3HXMA 1L3TA 1QQCA 4W5NA 4CGJA 2XRIA 3M8SA 4DSFA 4DTNA 3S3OA 2OPSA 4E1NA 2OA8A 4M3XA 5CY4A 4FXDA 4M3YA 3OVNA 4CEDA 4FZZA 2ZE2A 3E01A 4DFMA 2IS3A 2YNIA 3KTQA 4AHTA 3AVBA 3DRRA 4DTRA 1CXQA 3TWHA 4DF8A 3VQQA 3ZCMA 3M8PA 4XIUA 3THVA 3HO1A 4PWDA 3NGYA 3PUFA 2G8KA 3EZ5A 1TK0A 4F3TA 1T7PA 4M3WA 2E6LA 5K14A 2OYQA 2KW4A 3AO2A 3HPOA 4B9SA 2F8TA 4HCCA 3NF9A 4ELTA 3OYEA 1BGXT 3O4QA 3OYCA 1BIUA 5CZ1A 3OYDA 1ZYQA 1S1VA 1RILA 3AVJA 3K2PA 3HVTA 4JLHA 1KFSA 3AA2A 3UIQA 4ZHRA 2ATQA 2PY5A 4CFAA 1FK9A 2EHGA 3TI0A 4KB0A 3AO3A 3IAYA 3DI6A 3KD5E 1TAQA 2P5GA 1JXEA 1SKRA 1VK0A 3MECA 5HRNA 3JYTA 3KLGA 4B9TA 1VSEA 1WSHA 1DTTA 3ZT4A 3NH2A 1KSPA 4CGHA 3ASMA 4FW1A 5SWMA 3C6UA 1K6YA 4CJEA 2KQ2A 4O4GA 3CQ8A 1RBTA 4KHWA 3U3GA 3DLRA 3M8QA 4LY7A 3AA5X 4OVLA 1NK8A 1EETA 1FXXA 4KHUA 1Y97A 1HPZA 3LANA 4IBNA 3LPTA 4DLGA 1HQUA 3SUOA 2G8VA 4CECA 2LSNA 1I39A 4DLEA 3AVMA 4O55A 1HNVA 1U45A 4PQUA 4DSLA 4EP5A 4CJQA 1TL1A 3HPGA 3AA3A 3K5OA 3KLHA 4CK1A 4FM1A 4CF1A 3ISNC 1KLNA 4Z4HA 3OYFA 4FLVA 5FRNA 1TKXA 1SKWA 4HCBA 2VG7A 3CFPA 3T3FA 2BE2A 3ZSVA 3EYZA 4FLWA 3NHGA 1S5JA 4KI6A 1HQEA 2YHAA 1NK6A 4KKOA 2WONA 3AVIA 4F2RA 1LWEA 3VQ4A 4Z4CA 4IKFA 3RMCA 3MAQA 2YKMA 2Z1GA 3RRGA 3OYMA 3LALA 4EP4A 3OS1A 4DTUA 4M3ZA 1A5VA 1RBRA 4F4KA 1WSIA 3VQ5A 2KZMA 4CF8A 1BIZA 1Q8IA 1J53A 5DK5A 4FK0A 5D3GA 4DTPA 3VN5A 4HUFA 4RW8A 3ITHA 3VA3A 2D0AA 5J2QA 2YV0X 2Q3SA 5JS2A 4E19A 5JS1A 3TR8A 3K5LA 1RT6A 3AVCA 2XHBA 1VSHA 2FBYA 3AA4A 3AVHA 3P1GA 4OJRA 3WNGA 4CEZA 2W42A 3LAMA 1T03A 4B9VA 2HVHA 3V81A 1JXBA 2YNFA 3DOLA 2RPIA 4BDZA 4ELVA 3SUQA 5KI6A 1NKBA 2F8SA 2D5RA 1L5UA 1UA0A 4CFCA 4E1MA 4LH4A 3G0ZA 3RRHA 3KKSA 4DQRA 3QNOA 4H4OA 2B4JA 3ZT1A 1JLEA 2PYJA 1R0AA 2DY4A 5J2NA 5EU7A 4ELUA 4C8LA 1G15A 3NF6A 4Z4EA 3MXIA 4BWJA 3OY9A 4N5SA 3DLHA 3OYAA 3VQ7A 2YHBA 2IC3A 3NF8A 4PA1A 3PX6A 4J2BA 3KK2A 1VSKA 4E7JA 1SUQA 4ID1A 4Y1CA 4CJ3A 3OYKA 4HHTA 1JL1A 1RDCA 3L2QA 3I8DA 4BDYA 3L3UA 4KTWA 4DTXA 1BL3A 4FK4A 3QERA 2HNDA 1JLGA 3T1AA 2RF2A 3KK1A 4W5RA 3AVGA 2X6SA 1WN7A 4OKEA 3MEGA 3VQAA 2HB5A 2Z1HA 5HRPA 4M41A 4CHOA 3DLBA 4FW2A 1HYVA 5DMRA 1IO2A 1SL2A 1SL1A 4O44A 3FFIA 1UOCA 3V1QA 3NGIA 4CJLA 3OJUA 4E7IA 1C0MA 4HUGA 3QIPA 4DFJA 4AH9A 1CLQA 3RTVA 2OZSA 1LAVA 3IS9A 3C94A 4CIFA 5FROA 2KFNA 4KTZA 4KV8A 4DQSA 1NKEA 1IG9A 1NK9A 4DS4A 1DTQA 1TGOA 3NFAA 5CYQA 4J2AA 2VG6A 3IRXA 3AVKA 1QSSA 3ZSOA 4DMNA 3LPUA 4CFBA 1RTJA 2ZQBA 4E7HA 2YKNA 2XY7A 3SQ4A 4W5QA 4N41A 1RT4A 4N47A 4DU4A 1LW0A 2G8UA 4FK2A 3S3NA 4C8KA 3BDPA 4K8XA 3S9HA 2OPQA 4CCHA 4DWIA 2JGUA 3O3GA 4OLAA 3SNNA 2HVIA 3LDSA 1N5YA 3OYHA 1WSJA 4IFVA 2XY5A 3KIOA 4C8NA 1D5AA 4E7KA 3SJJA 2X78A 1C1CA 4DQIA 4AHSA 1A5XA 1NJZA 1ASUA 2HHUA 2KFZA 4KREA 2ITGA 1S1XA 4DTSA 2DFHA 3ZT0A 2GV9A 1EXQA 4FYDA 4CJ5A 3SCXA 4KI4A 3L2RA 4LD0A 4DTJA 1TKDA 3CM6A 2G8HA 4B9LA 4CF0A 3PX0A 4DFKA 1B9FA 4E0DA 4GMJB 2VG5A 4YNQA 4AHRA 3AO4A 4FLXA 3SUNA 3SQ1A 3OYGA 4DSEA 1RDAA 4CGFA 4FJIA 1A5WA 1RBUA 1S1TA 2XY8A 1U47A 3K59A 1S9GA 4UQGA 4FM0A 3K58A 1S1WA 3PO4A 5J2MA 3HT3A 1TK8A 4EZ6A 1J9AA 1HYSA 1S6PA 2BGGA 3DLGA 4CEQA 4CEFA 3O4NA 1DLOA 3V9UA 4FJ9A 3KLEA 4KB1A 1Q9XA 3RR7A 4M3UA 3JSMA 1NK4A 4CGDA 3ZSZA 3K5NA 1TKZA 1XWLA 2QXFA 3CFOA 4CJTA 2OPRA 1T05A 4KO0A 5KGWA 4DU1A 1I3AA 1ZBHA 3VQ9A 2HMIA 2QK9A 1EX4A 4KRFA 4QAGA 2HHXA 4E89A 1D9FA 4JS4A 4FCYA 1XHZA 3NH1A 1JKHA 3PY8A 3LWLA 1F21A 1JLAA 2HHSA 1RNHA 5HRRA 1EKEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1N8RO 1GOBA 1RT7A 3ZYYX 4CJPA 3NGZA 2VWBA 3ID6A 4E3SA 4JK9A 4G9ZA 2O8DB 2GBZA 4IG3A 3CG7A 3CQYA 2X74A 1M1KO 5FPMA 1ITGA 2NUBA 3EKUA 4DV3K 3K5MA 3HSTB 4B9MA 3CC7N 2DFEA 3M8RA 3EZWA 4HTLA 4WE1A 4I7FA 4KHNA 2NLXA 2PZSA 3DMJA 4H0YB 1P90A 1B9DA 3GE1A 4FJGA 5HRSA 1WSFA 4LSNA 1SV5A 4FLUA 3CYMA 4BRHA 4UY8O 3V9SA 3J7YP 4IO8A 4CBXA 1JCGA 1C6VA 4YOUA 4BREA 3FLCO 4CEBA 2VQFK 1BI4B 1VQPN 3WNEA 4N41A 1QHTA 2P51A 4M42A 2QXLA 4FL9A 4FLZA 4FLTA 2E8AA 4KHSA 1NGHA 4K25A 2BTFA 3TTCA 1UWBA 2FBTA 1QVGM 3K9JA 1NGEA 3QMLA 4CESA 2FC0A 1XI1A 3D0PA 5JLFA 4Z4IA 3LZIA 2OPPA 4DKWA 5JVHL 4DTMA 1WBDA 1KVBA 3QLHA 1O13A 4ZTFA 5AQUA 3H1VX 4CE9A 4CEEA 1VQ7N 1JLCA 4O0IA 3AO1A 3V9ZA 1LW2A 5HBMA 3L3VA 1ZXOA 1QS4A 3D2EB 2P5OA 3OS2A 1JCFA 4KFBA 4BR9A 3AVFA 5EOYA 4RTFD 1UA1A 4BE2A 1YTUA 4FWOA 2ITMA 3EN9A 4CEAA 3MXMA 4FO0A 4H4MA 4A5BA 2P9NB 3OYLA 5AQOA 4M45A 4IDKA 2W6KA 5TKYA 3ZX2A 1IKWA 2WTUA 4F9OA 4CGIA 4E7LA 1W7AA 4QCLA 3TAMA 1KAXA 4XH1A 2IAJA 3O9UA 2HHWA 1VSDA 4BWMA 2W41A 4C8MA 4DU3A 1QE1A 4CJRA 2ZD1A 1T8EA 4FSVA 1BQMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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