4CHPA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4chpA00
3ZSZA 3LAMA 4CEDA 1NK4A 4CF8A 3ZSRA 1RBSA 3KLFA 2KTQA 4LD0A 3SV4A 1BIZA 4R5PA 4PWDA 1U04A 2B6AA 1KFDA 1C1CA 4HUEA 3BDPA 1IKWA 4Z0UA 3CFRA 1S1VA 2HNYA 2YKMA 1U49A 2B5JA 4W5QA 1Y97A 1RBRA 4RW7A 4G1QA 1S9GA 1IKVA 1I3AA 4B9LA 2E6LA 4DSIA 4HCBA 4E7IA 3B6OA 4FZYA 4KREA 4CJUA 2XY7A 2QKBA 4FLXA 4ELUA 3D45A 4B9UA 4FLZA 1F21A 4Y1CA 3ZCMA 4AHCA 4Z4FA 2OYQA 2D0BA 3CYMA 3VQBA 3LALA 3WNGA 3MEDA 4RW8A 3NGIA 1SL0A 4F3TA 4IG3A 3TR8A 3NH1A 1S6PA 1B9DA 1S1UA 4QAGA 4CJFA 4BE1A 1L3UA 4CFBA 2OPPA 2FBTA 1FXXA 3MECA 5KRTA 3NAEA 2FBYA 3TABA 2IGIA 1GOBA 4B9MA 4N5SA 3C95A 2E4LA 2F96A 3QEPA 2WONA 1YTAA 3KKRA 4FJ5A 1TKTA 3E01A 2RKIA 4CK1A 4FJIA 2O4IA 1T8EA 1D8YA 2D0CA 4E19A 3D0PA 1KLMA 3ZSWA 3HT3A 3MEEA 1S1TA 4FW2A 3RMCA 3LWMA 4CFDA 4AILC 1K6YA 2EX3A 4GW6A 3DLHA 5J2QA 1JL1A 2GUIA 3AO1A 4J2EA 4CJEA 1RT1A 3RTVA 4FJXA 3OYBA 1IKYA 3AVBA 1QE1A 1RT4A 3DLKA 4JLHA 1SUQA 1DLOA 3C6TA 5J2PA 1QSSA 1KCFA 4CJWA 3L2UA 4DFPA 3HPGA 1HNVA 3LDSA 4KV8A 5DMRA 1NJYA 1VK0A 2BGGA 4DU3A 4CIEA 2OZSA 4AHTA 4F3OA 4M3XA 5D3GA 3QO9A 1NK7A 3P1GA 1J53A 4BDPA 5HLFA 3H08A 2KFZA 1RNHA 3V1QA 4CHPA 1XC9A 3QIOA 1YVUA 4GVMA 1Q9XA 2P5GA 4O4GA 5HRRA 1JXBA 4DFJA 1GOCA 1ZBUA 4FLWA 3ULDA 3DMJA 3CM6A 3V9UA 4OLAA 2ZQBA 4B9SA 4Z4CA 1HYVA 5I42A 1RTHA 1EXQA 3KK1A 3RMBA 3AVFA 3TARA 3V6DA 1X9SA 4K8XA 1KTQA 2ZD1A 4E7HA 3LP0A 1U4BA 4B9VA 4FJGA 1GOAA 5C25A 3LP3A 1BGXT 4NCBA 3SUOA 4LY7A 3ZT3A 3QEIA 3LP2A 3OYHA 5CYQA 3TAQA 4PUOA 3SZ2A 3CQ8A 3VQQA 1TV6A 4CJ4A 1LW0A 3QEXA 3OY9A 1C1AA 1JLFA 1X1PA 4DFKA 3V9ZA 3DYAA 4E7JA 3QERA 3PV8A 1CLQA 2QK9A 4CEFA 3IG1A 2OA8A 1WSJA 4DTRA 3ZSOA 1VSDA 4B08A 3ZSQA 4IFYA 4XIUA 3EY1A 3AA2A 3IRXA 1WLJA 3O4QA 1QSYA 4DSLA 4CF0A 4KHNA 3OS1A 5KGXA 4CK3A 3NE6A 1QS4A 4J2DA 4DTPA 4M45A 1ASWA 1TK8A 3OYNA 4OJRA 4B9NA 1XHXA 5J2NA 4O0IA 4OPJA 3NHGA 3V81A 3PO5A 1UA1A 1X9MA 1FKPA 1RTJA 3ZT4A 5HRSA 3SUNA 1C0MA 3QETA 3PX4A 2XY5A 1ZBFA 2VG6A 2ITGA 2A1RA 3C6UA 2P5OA 1KVBA 2JLEA 4ID5A 3AVAA 3NF9A 1NJWA 1VSMA 2X6NA 3G0ZA 5FROA 4OKEA 3HVRA 4B3OA 4PQUA 4FZXC 2GV9A 4O0JA 1HQUA 4ID1A 4CIFA 4AHVA 4DMNA 3SQ0A 1S9EA 2PZSA 4J2AA 3FFIA 1W9HA 4AHUA 4DFMA 2PYJA 2OPQA 2OPRA 1VSLA 3AVHA 5K14A 5C24A 2VWJA 4FK4A 4DQQA 1RDCA 1U48A 4HUFA 3G10A 3SI6A 2XO7A 3VQ8A 1LWEA 4OVLA 4HTUA 4Z4IA 4BDYA 4DSEA 1ASVA 5HROA 1WSHA 4C8KA 1Q9YA 5CYMA 3K5NA 4N47A 1RDDA 3P5JA 4NCAA 2Z1GA 3MXJA 3L2VA 4DTJA 3QESA 3QEVA 1NK8A 3VQEA 2HHUA 1HJRA 5KTQA 3AA4A 3NF7A 2Z1JA 1VRUA 3QINA 1TKZA 4CFCA 4CJLA 3OYAA 2OZMA 4KB1A 5CY4A 3SQ1A 4OGCA 3LWLA 2YNHA 1NOYA 1CZBA 1DTTA 2YNFA 3RR8A 3DRRA 3ZT0A 5FDLA 4RW4A 1TK5A 3PY8A 3M8RA 1G15A 1KVCA 1SKSA 1C1BA 3KLIA 3CM5A 4IBNA 3L2WA 4FJ8A 4HHTA 3K57A 3T3FA 1BHLA 1CZ9A 2D5RA 3OYFA 4FLTA 4CJQA 3V9XA 4DTOA 2X6SA 3NF8A 4UQGA 4B8AB 5KRSA 1BCOA 4KHQA 3K59A 4N76A 1IG9A 3QIPA 3S3MA 4C8OA 1U47A 3PX0A 1TKXA 4CF9A 4FLYA 2HHQA 3AVKA 4CHYA 4Q0BA 2DFEA 3V9SA 2E6MA 1NK6A 4DSFA 4FW1A 1XWLA 3HSTB 3NFAA 4KTWA 4RW9A 5HBMA 3VQAA 3MXIA 1RDBA 4FM1A 3RR7A 3ZT1A 3HPOA 4O44A 1UOCA 2ATQA 1T03A 4LSNA 3KK3A 4CHOA 3DLBA 4FJNA 4IG0A 4O5BA 1BQNA 4CJKA 1TL3A 2FBXA 4KAZA 4KRFA 2RF2A 1YTUA 2D0AA 1LW2A 1WN7A 4CJTA 4FJLA 1BISA 1TVRA 4KKOA 3KIOA 1VSFA 1J54A 4CJPA 3VQ7A 3L8BA 4JRQA 3AO2A 4CK2A 1TAUA 3L2QA 3KTQA 3DOKA 1XHZA 5CZ2A 3C94A 3OJUA 3TI0A 4ZHRA 2KZZA 4ZTFA 2YHAA 1LAVA 5KGWA 3JYTA 1WAFA 3AVGA 3F9KA 2Y1JA 1U45A 1WSIA 3NBPA 3SNNA 3TANA 5T7BA 3L3VA 2FBVA 2HNDA 4F2SA 3AA3A 3HYFA 3LPTA 2Z1HA 2Z1IA 4CE9A 4YNQA 1CXQA 2YNIA 3ZSXA 4LH4A 3HP9A 1SL2A 4CGGA 4CHNA 4JRPA 1WNSA 3K5MA 2RPIA 3SUPA 3TAMA 3ALYA 3HO1A 2HVHA 1IH7A 1HMVA 4C8MA 1D9DA 1HQEA 3V9WA 4N56A 4M3TA 1NJXA 4CF1A 2PYLA 1WSGA 1RBVA 3THVA 4FK0A 1D9FA 1RT5A 2YNGA 2IS3A 3DRSA 1A5VA 3DLEA 3HL8A 3TAGA 2F8SA 2X74A 2I5JA 3VA0A 4FZZA 4CJSA 4OPKA 1RTDA 1EP4A 3O3GA 1UA0A 3U3YA 3SQ2A 5J2MA 2B4JA 1UAXA 3K2PA 3HXMA 1NOZA 1ASUA 1VSEA 3OVNA 1RT3A 4BWJA 3A2FA 4CEAA 4I9LA 5HRPA 2RN2A 3TAFA 3NCIA 1ZBHA 4FXDA 2DTUA 4BE2A 1RT2A 3AVMA 4CEQA 1C6VA 1HPZA 3AO4A 3VQ9A 4CJVA 4Z4GA 1QSLA 4EZ9A 3F73A 4DTXA 1LAWA 3VQ4A 4CGIA 1RT6A 4E89A 3M8QA 3JSMA 1WSEA 2ETJA 1RTIA 4RW6A 3QEWA 1JLCA 4FM0A 1BI4A 4OGEA 1R0AA 1IKXA 1XI1A 3LAKA 1L3TA 1S1XA 2ZE2A 3ISNC 4CJ3A 3AVLA 1UWBA 1C0UA 4KB0A 2DY4A 1REVA 3L3UA 5SZTA 3V1OA 4ELTA 4CESA 3O3FA 4DS5A 3OYDA 4NCGA 1JLBA 3AO5A 1JLQA 4KHYA 4M3YA 3VQDA 4F8RA 3VQCA 2XRIA 4OKKA 1D5AA 3SV3A 5HRNA 4FCYA 2WOMA 3KLGA 3RRHA 3RMAA 1LWFA 3AVIA 1HRHA 1BCMA 1ZYQA 1L5UA 4DSJA 1CXUA 3I0SA 1NK9A 4MFBA 4CEOA 3S3NA 2HHXA 2IC3A 1L3VA 2JGUA 3AV9A 3KD5E 4BACA 4PA1A 3IS9A 4C8NA 4L8RB 2EHGA 3SPYA 1B9FA 5I3UA 2HHWA 4DU4A 1RCHA 4CFAA 1WAJA 3AO3A 2HHVA 3HP6A 3S3OA 4KI6A 1HNIA 1NKCA 1JLEA 4O55A 2QKKA 1RBTA 1TAQA 4NYNA 1JXEA 1VSJA 3HPHA 1N5YA 1DTQA 1QQCA 2DFHA 3WNHA 1EETA 1KSPA 4FLUA 4B9TA 1BIUA 1S5JA 1FKOA 3VQ6A 4DTNA 3ASMA 3MXMA 2HVIA 4E7KA 4FJKA 2GBZA 5JS1A 2G8FA 4ZTJA 1HYSA 3K5OA 3K5LA 4BWMA 3V1RA 4CJRA 4B8CA 3M8SA 2KFNA 3HJFA 1LWCA 4CEBA 4DF4A 2QXFA 4TSXA 1MU2A 3O3HA 2KQ2A 2A1SA 3M8PA 4ICLA 1J5OA 2YV0X 2BDPA 4NYFA 2Y1IA 4CJ5A 1KLNA 1ZBIA 4CHQA 2Q3SA 1YT3A 3I8DA 1SKRA 3UIQA 4I2QA 2G8IA 3VA3A 2KW4A 4AH9A 4I7FA 2R7YA 3NH0A 4BDZA 3CG7A 4DTMA 3NF6A 4F4KA 1IO2A 3U3GA 3KLEA 1KRPA 3I0RA 4FJHA 3CFPA 4DQRA 1NKBA 4M3RA 1RILA 5SWMA 4KHUA 1A5XA 4FJMA 3U6FA 4AHSA 3KK2A 3QNNA 3TAPA 2IOCA 4CGDA 1BL3A 4CECA 4LSLA 1ZBLA 1L3SA 4IFVA 3TAEA 2KZMA 1BQMA 1FK9A 4JS4A 4FJ9A 2P51A 3HK2A 2G8VA 1KVAA 3ZSVA 5E41A 3AVCA 4HUGA 1JKHA 4CEEA 3OJSA 4KO0A 4CGJA 4HVJA 4JS5A 1SKWA 4OLBA 3L2RA 2DFFA 2HNZA 4N41A 2X78A 3AVNA 3VQPA 4FJJA 5DK5A 4DLEA 3OYIA 4FVMA 3KKSA 4KTZA 1Q8IA 1VSKA 4E0DA 4KHWA 1JL2A 4DU1A 2OPSA 3WNFA 4QOZB 4KTQA 4W5OA 4W5RA 4MQ3A 3NDKA 4DF8A 5JS2A 3SJJA 1RDAA 3AA5X 4YFUA 3PUFA 4H4MA 5KI6A 1TGOA 1QTMA 3OS0A 4AHRA 2HW3A 4EP5A 2AJQA 4OKJA 1EKEA 1VRTA 3HM9A 4K8ZA 3KLHA 4CERA 5FRMA 1EX4A 1JLAA 2VG7A 4W5NA 1S1WA 1S6QA 1N6QA 1W0HA 2XY6A 1X9WA 4W5TA 3DI6A 3OYEA 3EYZA 3OYLA 3OYGA 1SL1A 4CGHA 4DS4A 2IDOA 4CCHA 4KPYA 4FM2A 3S9HA 2BE2A 3DLGA 5CZ1A 4E7LA 3SUQA 1T05A 4M41A 3SYZA 1T7PA 4C8LA 2W42A 4F2RA 2VG5A 3LANA 1J9AA 3EZ5A 4E1MA 5FRNA 1SV5A 3DOLA 4CEZA 3BGRA 1RBUA 3DM2A 1VSHA 1TL1A 1ITGA 3QNOA 4QCLA 3B6PA 1NK5A 2IAJA 1LV5A 3T19A 4DQIA 4FK2A 2HHTA 3SQ4A 1TKDA 2O4GA 4HCCA 3LP1A 4FLVA 4DQSA 3IAYA 3RWUA 2YKNA 2G8KA 4CF2A 3QLHA 2FC0A 4WE1A 3O4NA 3OYKA 1WSFA 3KJVA 3SPZA 1B92A 3OYJA 2HB5A 3AVJA 3PX6A 3PO4A 5C42A 4DWIA 2G8HA 4Z4EA 2HHSA 4M3ZA 1Z26A 3CFOA 3KD1E 1KFSA 4LH5A 4DTUA 1C0TA 3MAQA 4EP4A 4IKFA 3ZT2A 1NK0A 2LSNA 1JLGA 4Y1DA 4BE0A 3SCXA 3T1AA 3HVTA 4Z4HA 4J2BA 3NGZA 4KHSA 3MEGA 3P83D 1QHTA 4Q5VA 3OYMA 3RMDA 4M3UA 2BANA 3ZSYA 1NKEA 1TK0A 3VQ5A 1BI4B 4CHZA 4CGFA 1I39A 3ITHA 1A5WA 4E3SA 4FJ7A 4CIGA 2P1JA 3TWHA 4EZ6A 4E1NA 2YHBA 4DQPA 4PY5A 2F8TA 2VWKA 4GMJB 4KI4A 4IDKA 3NGYA 3DLRA 2PY5A 3VN5A 4DG1A 1RT7A 3DRPA 5J1EA 4I2PA 4I9QA 1O1WA 5HP1A 4M42A 3LPUA 4H8KA 1VSIA 3LZIA 1HYZA 2XHBA 4DSKA 4ELVA 3LZJA 4KFBA 4DTSA 2XY8A 4RG8A 2NUBA 4H4OA 3WNEA 3OS2A 4DLGA 3V4IA 1NJZA 2G8UA 2HMIA 4FYDA 1Z25A 4M3WA 3OYCA 2G8WA 3RRGA 5EU7A 3K58A 3NH2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CEDA 2O8FA 3KLFA 4DCHA 4LD0A 3CQYA 2P9IA 3I33A 3KWIA 3SV4A 3ZX3A 1XC3A 3J80O 3VF4A 4JK8A 3BDPA 1C1CA 2E2NA 2YKMA 2FSKA 4YY3K 4B9LA 4H0VB 4DSIA 3GOIA 3R6MA 4FLZA 3ZCMA 4JKAA 3LALA 2P9NA 3SJHA 3NH1A 1S1UA 1VQNN 1NLVA 3MECA 4IDHA 3NAEA 2FBYA 4CJ7A 1GOBA 2E4LA 1Q81O 2WONA 1YTAA 3TTDA 5EX5A 1TKTA 2RKIA 4U7BA 4FJIA 3CHWA 4M7YA 3BF1A 3IKMA 4FWMA 3ZSWA 4EFHA 4LC9B 2IVNA 5AQXA 4GW6A 4J2EA 4FJXA 3VENA 1IKYA 3CCQN 1RT4A 5J2PA 4CJWA 4DV3K 3WQUA 3LDSA 1NMNA 1ZBSA 2BGGA 5GAEP 4F3OA 1J5EK 3QO9A 1NK7A 5HLFA 4B3RK 2PAVA 1RNHA 1YVUA 2P5GA 5HRRA 4DFJA 3QMLA 4CZMA 3V9UA 2FF3B 2ZM6K 2OANA 1EXQA 3KK1A 3AARA 1GLEG 3AVFA 4B1VA 2V7ZA 4FPAA 4H0TB 4IJAA 4PL8A 1NGJA 5C25A 3SUOA 3OYHA 5CYQA 3VQQA 1TV6A 1LW0A 3J7AP 4MLHA 1X1PA 3WXMB 4CEFA 3ZSOA 2QWLA 4IFYA 3ZSQA 1QSYA 4ILHA 4KHNA 4FWNA 5KPRA 3NE6A 1N33K 4DTPA 5HL7L 5I9EB 4CI6A 4DR3K 1XHXA 3QDKA 1LOTB 5AQJA 5BPMA 1UA1A 1X9MA 1FKPA 3ZT4A 3J8AA 5HRSA 1C0MA 1ESVA 2VG6A 2A1RA 4DR1K 3FZFA 1BOTO 2JLEA 4WCEL 4JN4A 3HZ6A 5BN9A 4FZXC 2GV9A 4JKGB 1HQUA 4ID1A 4CIFA 2PZSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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