4CHQA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4chqA00
4E19A 1LAWA 4ELUA 3K5LA 3SV4A 3U3GA 4FM0A 1VSHA 3HL8A 3RMBA 3HJFA 3HO1A 4RG8A 3VQ5A 4B9TA 4KREA 2B4JA 2ATQA 4Q0BA 1RTIA 1TAQA 4Z4HA 4IG0A 1BCOA 1RDDA 3M8PA 4EP4A 1SKWA 4CJ5A 1XHZA 4HVJA 2OPRA 2YKMA 3AA5X 3RWUA 4FK0A 1WAJA 4Z4EA 1HMVA 4DTNA 4JLHA 4DQIA 3C6TA 4ICLA 3T1AA 1SV5A 5HRNA 4E7LA 4IDKA 3QNNA 3LP1A 2P1JA 4O0IA 1JXBA 3SPYA 1J53A 2WOMA 2KTQA 1RNHA 3ULDA 3SUOA 3AO2A 1QS4A 4KTWA 5E41A 3IAYA 3AVKA 3KK1A 2RKIA 4AHVA 3LPUA 4DFKA 2DFFA 4JRPA 2VG5A 3OYHA 4F3TA 3L2UA 4BDZA 3OYJA 3OYNA 1RTDA 3ZSQA 4CHNA 2KZZA 1F21A 4E1MA 5HRRA 3V9ZA 4O5BA 2HVIA 3CG7A 4FJNA 2VWJA 2A1SA 4CK3A 1BQMA 3RMCA 5J2PA 1NK8A 1LWEA 4FLYA 3HPGA 4EZ6A 1BQNA 4PQUA 3OYBA 4AH9A 3RMAA 4M3UA 1FKPA 1MU2A 2G8KA 4FYDA 2VWKA 4OGCA 1SL1A 2IDOA 1SL2A 3NF8A 3KD1E 1D9FA 4CEEA 3KLFA 2E4LA 1Y97A 4C8NA 1IG9A 5CYMA 3S3MA 5CZ2A 2PYLA 1QHTA 2B6AA 1IKYA 4Q5VA 4DTUA 4FXDA 3AVJA 3NF9A 5KRSA 1Q9YA 4G1QA 4KO0A 4DSIA 2G8VA 1D9DA 3F73A 2XY7A 1RBUA 1TKZA 3HP6A 2ZQBA 4EP5A 4BE2A 4KHNA 1ASWA 3VQCA 3OJUA 1C0MA 4M3WA 2I5JA 3ZT3A 3L2VA 1TK5A 1L3TA 2XHBA 1DTQA 3FFIA 2Q3SA 4HUEA 4FLZA 3I0SA 1UOCA 3TAFA 3TANA 2BANA 2RPIA 4CE9A 4CGDA 4B9NA 3SQ1A 1ZYQA 1RILA 1S9EA 4H8KA 4E7JA 3SZ2A 3PUFA 1KVAA 2QXFA 2DFHA 4FK4A 3NAEA 3AVFA 4CJEA 3EZ5A 3NH2A 3P83D 2HVHA 2IGIA 1UWBA 4OKKA 5J2QA 4DS5A 4J2BA 1CXUA 4BE0A 2XY6A 1NOZA 3KKSA 4IFVA 4RW6A 4FJLA 3SCXA 2FBYA 3O3FA 4C8KA 3VQ8A 3AO3A 4Z4FA 4FJMA 4CGIA 4W5NA 3DLBA 4CGGA 3S3OA 4CGFA 2X6NA 4KPYA 1X9MA 1VSFA 4Z4CA 4KB1A 1IKWA 4MQ3A 2X6SA 3KK3A 1U48A 3MXMA 1VSEA 1NKCA 3ASMA 2HW3A 4H4OA 1U45A 4CJUA 1KSPA 2X78A 3ZT4A 4F8RA 4B9VA 1LW0A 5J2NA 3PY8A 1EP4A 1Z25A 1KTQA 1RBSA 1JLEA 2YV0X 4B08A 3HVTA 3NF7A 3AV9A 3M8QA 3AO5A 3QEWA 4DQRA 3DM2A 3QERA 1TAUA 4XIUA 4HCBA 3DLGA 2Y1JA 3A2FA 4FJXA 3RMDA 1WLJA 3C94A 2HNDA 3OS1A 3L8BA 4CJWA 1ZBUA 4O44A 3VQ6A 2Z1HA 4DQSA 3DRSA 3TAEA 1NJYA 1D8YA 5CY4A 2YNGA 2ZD1A 4BWJA 3V1RA 4CK1A 1S6QA 1RDAA 3T19A 3QINA 4QOZB 3DLEA 4E7IA 4DQPA 4CIFA 1VSIA 1W9HA 1IO2A 4B9MA 3AO4A 3NDKA 4DU4A 1SKRA 1WN7A 3TAQA 1VRTA 1RDCA 3UIQA 3P5JA 3SUPA 4IFYA 3QEVA 4OGEA 1X9WA 4FJ7A 4FZZA 3CFPA 3V81A 4M3RA 3VA3A 1L3SA 3OYDA 1JL1A 5CYQA 2R7YA 3HPOA 2KFNA 3D45A 4FW1A 5FROA 4DLEA 1KLNA 2PY5A 5HRPA 4DSEA 3V4IA 1BIZA 4F3OA 4O55A 5HLFA 1JXEA 3B6OA 2FBVA 1U04A 1VSMA 3VQAA 1A5WA 4UQGA 1TL3A 1C1CA 1GOBA 2RF2A 3P1GA 4N56A 3CFRA 4YFUA 1UA1A 4KHQA 1YT3A 3VQ4A 4FJKA 2W42A 1RCHA 3ZSWA 3EY1A 1DLOA 5J2MA 1U49A 4KHYA 3NGYA 1B92A 1BHLA 5KRTA 3QEPA 5I3UA 1T05A 1B9DA 3CM5A 1RT7A 3RRHA 3SJJA 1S9GA 4LH4A 3L2QA 4FJ9A 2O4GA 1C1BA 3M8SA 1BISA 4CFCA 4FJ5A 1BCMA 2OPSA 4GMJB 5HP1A 1SKSA 3L3VA 3WNFA 2HHXA 1XHXA 2HMIA 1HQUA 1RT1A 2ZE2A 4DSJA 1ZBFA 1XWLA 1Q8IA 3LP3A 1JLGA 4CHZA 3NHGA 3ZT1A 3TARA 1WSEA 3K2PA 1HPZA 3V6DA 2JGUA 4CIGA 1RT2A 2IS3A 3ALYA 1J5OA 4L8RB 4N41A 2O4IA 1LWCA 4CEZA 3KD5E 3C95A 3ITHA 3LALA 4OVLA 4B8AB 1X1PA 4CJFA 3HPHA 4OKEA 3RRGA 4Y1CA 1TKTA 4B8CA 3KLEA 4I2PA 3NE6A 2HHVA 3ZSRA 3AVNA 3RTVA 1HJRA 2HHWA 3IRXA 1S1XA 3JYTA 3K5MA 4DTPA 4CF0A 1NJZA 4ELVA 3I0RA 3DRPA 3SPZA 3L3UA 4CEQA 5FRMA 4BACA 3DOKA 3LPTA 2RN2A 2HHUA 5KGXA 2DY4A 4DQQA 1FXXA 1HQEA 3QLHA 4AHUA 3SUNA 4ID5A 2D0BA 1RBRA 2WONA 4CJRA 1UA0A 4NCBA 4FLTA 2G8IA 3SUQA 4CJ3A 1EETA 4HHTA 3AVHA 1L3UA 4CF9A 1VSKA 1QTMA 3QEIA 5K14A 4CJPA 2XY8A 3MEDA 1C6VA 4CGHA 4CJLA 1UAXA 3ZSZA 3VN5A 4CHQA 3HYFA 3OS2A 3KK2A 4PUOA 4MFBA 3LANA 3LWMA 2VG7A 1KVCA 1KVBA 2EX3A 3TABA 4DSFA 3LP2A 3OYIA 1GOCA 4RW8A 3V9UA 2YKNA 1RBVA 3AVGA 4OKJA 4I7FA 3OYGA 2OYQA 3DLRA 2HNZA 1N5YA 5J1EA 4AHRA 1NK0A 3PO5A 4E7KA 3H08A 4Z4GA 4ID1A 5C42A 4KHWA 5DK5A 2G8HA 3NH0A 4PWDA 4M45A 2P51A 3WNHA 1QSSA 2B5JA 4CIEA 4YNQA 4CEOA 2P5GA 2IAJA 1VSDA 4KKOA 3AVIA 4NYNA 2BE2A 4OPKA 4EZ9A 1TK8A 1T7PA 3DLKA 3I8DA 2G8UA 3PO4A 5CZ1A 1HNVA 3AVLA 3DYAA 1QQCA 2QKBA 3HK2A 1WNSA 4M42A 3OY9A 1Q9XA 1RT4A 4QAGA 4CHOA 1RT3A 5C24A 1DTTA 2E6LA 1JLAA 3AVAA 3L2RA 3TWHA 3CYMA 3LP0A 4KTQA 1NOYA 2KZMA 4E0DA 2Y1IA 1JKHA 3BGRA 2KQ2A 3NH1A 3PX4A 4KB0A 2OPPA 1L5UA 3AVCA 1QE1A 1VK0A 4M3YA 5HBMA 1R0AA 2P5OA 4DF8A 4C8LA 1EKEA 4W5OA 4F2RA 1J9AA 1JLQA 2D0AA 2A1RA 3AA2A 1NK4A 4FZXC 2HHSA 3L2WA 1Z26A 3K57A 3SQ4A 3E01A 4FVMA 4M41A 1VSJA 4AHSA 1SL0A 4OLAA 4M3TA 4CEFA 3SQ2A 1NKEA 1EXQA 1KCFA 2D5RA 3CFOA 3U3YA 4KI6A 4LY7A 3O3HA 3DRRA 1ZBLA 3MEEA 4QCLA 3VQBA 2LSNA 4BDPA 3OYKA 3M8RA 3V9SA 1B9FA 1D5AA 1WSGA 2NUBA 1YVUA 3LWLA 3LDSA 3QEXA 4F4KA 2OZSA 1RT6A 1NK6A 1CZBA 4O0JA 5KTQA 4OPJA 4DG1A 3PV8A 3KIOA 4CESA 4KFBA 4KV8A 2ITGA 5HRSA 4CGJA 3O4QA 4LSNA 1CLQA 2QKKA 3F9KA 3VQQA 2XO7A 3TAMA 2KW4A 1NJXA 3SQ0A 4FZYA 4AILC 4FJHA 3OVNA 2BDPA 4PY5A 3VQEA 1TKXA 4DLGA 1NKBA 1S1VA 3LAMA 3O4NA 1NK9A 4CK2A 4J2EA 1U4BA 3MAQA 4FLVA 5KI6A 1RTHA 3PX0A 1QSYA 2HHQA 3VA0A 4Z4IA 5HROA 4KRFA 2HHTA 3V9XA 3RR7A 3THVA 1LV5A 3U6FA 2F8TA 1S1UA 1LWFA 1RBTA 1HYVA 1W0HA 3QETA 3EYZA 3CM6A 2YNFA 5SWMA 1T8EA 4AHTA 4DMNA 3G10A 3MEGA 4GW6A 5D3GA 1LAVA 4RW4A 3ZSYA 3OYEA 1BL3A 4DFPA 4FW2A 2VG6A 2FC0A 4FLXA 1TKDA 1ZBHA 4NCAA 1RDBA 4WE1A 3SI6A 3WNGA 5FRNA 2YHAA 4CJKA 1BIUA 3OS0A 3IG1A 4Z0UA 2Z1JA 4FJIA 1JLBA 3T3FA 3AA4A 3LZIA 2PYJA 3OJSA 1HYZA 2JLEA 1NJWA 3ZT2A 4CJSA 4FLUA 1BI4A 4FCYA 4CJVA 3KLGA 1S1WA 2YHBA 4BWMA 4I2QA 4CF8A 1NK5A 2ETJA 3KKRA 4AHCA 3K5NA 3CQ8A 4E89A 1NK7A 1KLMA 1T03A 2E6MA 1JL2A 4FK2A 4IG3A 4KI4A 3NGZA 1WSHA 4I9LA 3QIOA 1BGXT 1I39A 3ZCMA 4NYFA 3NFAA 1JLCA 1L3VA 2G8FA 4R5PA 3DLHA 1TGOA 4LSLA 4DFMA 1KRPA 1A5VA 3VQPA 3ZSOA 4O4GA 3LZJA 4DS4A 4KHSA 3OYMA 3HT3A 4DFJA 1QSLA 4M3ZA 2QK9A 5JS1A 4JS5A 3TR8A 3RR8A 1S1TA 4CCHA 2X74A 4KHUA 3ISNC 4W5QA 1GOAA 3TAPA 4N76A 4M3XA 1A5XA 4DTXA 5T7BA 3KLHA 4DTMA 4DSKA 4W5RA 3AVMA 3HVRA 4DF4A 5EU7A 4CJTA 4FJJA 3S3NA 3G0ZA 1ASVA 2DFEA 2GV9A 3QNOA 1TV6A 2GBZA 4CJQA 1IKVA 4CJ4A 2PZSA 1IKXA 1WAFA 4LH5A 4RW7A 4IKFA 4CHPA 1IH7A 4E1NA 1REVA 2EHGA 3K59A 3SNNA 1TK0A 3AO1A 1EX4A 2KFZA 1TL1A 2D0CA 3K58A 1HYSA 3V1QA 2IOCA 4HCCA 1C1AA 1VRUA 1SUQA 4OLBA 3ZSXA 5SZTA 3TAGA 4OJRA 3OYLA 2OA8A 2DTUA 4KAZA 4CHYA 4CECA 4CEAA 4CF1A 4FM1A 1TVRA 3QIPA 2FBTA 1ITGA 4C8MA 3HP9A 3BDPA 5DMRA 4B3OA 4FJ8A 3WNEA 3VQ7A 3ZT0A 2F96A 3HSTB 4B9SA 4LD0A 4FM2A 2AJQA 3DMJA 2FBXA 4CEDA 5JS2A 1S5JA 4H4MA 4ELTA 4DSLA 4CERA 2HB5A 3AVBA 3MXIA 4E3SA 2Z1IA 5KGWA 1I3AA 3MXJA 4CFDA 2F8SA 1FK9A 1K6YA 1YTAA 4J2AA 3IS9A 1S6PA 2YNHA 4BE1A 4KTZA 2BGGA 3HXMA 1CZ9A 3D0PA 3ZSVA 2HNYA 4RW9A 4W5TA 4DTOA 1KFDA 3NBPA 4TSXA 4CFBA 3DI6A 3HM9A 1BI4B 1C0TA 4BDYA 1HRHA 3KJVA 3JSMA 4JRQA 1U47A 3TI0A 4B9UA 2OPQA 4HUFA 3OYAA 3NCIA 4C8OA 3PX6A 4K8ZA 4CEBA 3VQDA 1ASUA 1RTJA 1CXQA 3NF6A 3OYCA 4HUGA 4IBNA 2IC3A 3V1OA 4DTJA 5I42A 3B6PA 4JS4A 4ZTJA 4Y1DA 4GVMA 1X9SA 4PA1A 4DU1A 2GUIA 3DOLA 3SYZA 4B9LA 1WSIA 2G8WA 2YNIA 3SV3A 2Z1GA 3S9HA 3KTQA 4CF2A 4K8XA 1G15A 2XY5A 4N5SA 1O1WA 3QESA 4ZTFA 1RT5A 2OZMA 3MECA 1JLFA 4N47A 4HTUA 3O3GA 4DTRA 4DWIA 4CFAA 4ZHRA 1C0UA 5FDLA 3OYFA 3V9WA 4E7HA 3C6UA 4DTSA 5C25A 1ZBIA 3K5OA 1FKOA 3KLIA 1WSJA 1LW2A 2XRIA 4DU3A 1XC9A 1XI1A 1KFSA 1VSLA 1WSFA 4J2DA 1J54A 4FJGA 3AA3A 3LAKA 1YTUA 1HNIA 1N6QA 4FLWA 4F2SA 4NCGA 3NGIA 3VQ9A 3QO9A 4I9QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQMA 3KHYA 4B9TA 2ATQA 1YIJN 4Z4HA 1RDDA 2VYPA 2YKMA 1HMVA 4XEIA 4JLHA 3C6TA 5AQNA 3T1AA 5M1NA 1KXPA 5HRNA 3LP1A 4MDBA 4O0IA 2WOMA 1BU6O 1FW6A 5E41A 1QS4A 3O1BA 2RKIA 4AHVA 2P9KB 4FPAA 1RTDA 3M1FA 3ZSQA 2KZZA 1F21A 3ZEUB 1U6ZA 4FJNA 2VWJA 1BQMA 1BQNA 1NGEA 1MU2A 4JD2B 4OGCA 3NF8A 3P39A 5TKWA 3KLFA 4BVPA 1D9FA 1Y97A 1IG9A 2PYLA 4DTUA 4FXDA 1ILYA 5KRSA 2O8EB 4G1QA 4PL8A 4DSIA 3OHRA 5AQPA 3LDOA 1V4SA 3SAHA 2NRRA 4BRAA 3KWGA 2QTDA 1L3TA 1DTQA 3FFIA 2Q3SA 4HUEA 4DUYK 3TAFA 3FE1A 2BANA 4BR5A 4JKGA 4E7JA 1KVAA 3NAEA 2QA4N 3EZ5A 3NH2A 2IGIA 4DS5A 1QQMA 4BE0A 4IFVA 3TTFA 4FJLA 3SCXA 3O3FA 3S3OA 3VGMA 4BRMA 2UXDK 1X9MA 2ZGZA 1HNZK 2HW3A 2X6SA 1W2BM 1NKCA 1VSEA 1H1VA 3NVMA 1U45A 2P9IA 3SK3A 4JKEA 1KTQA 2CH6A 3HVTA 3KWIA 3AV9A 5EOYA 1TAUA 2HNDA 3UKUB 1ZBUA 4DV0K 2Z1HA 3DRSA 1NJYA 4PKGA 3U4LA 4JI2K 5CY4A 3D2EA 2HBMA 4QOZB 1MWKA 1VSIA 1GLJO 3AO4A 3NDKA 3A5OC 1VRTA 3O80A 1RDCA 1HNXK 2OTJN 4BGBA 3QEVA 3Q7BA 2V52B 1NG9A 1JL1A 2R7YA 2KFNA 3HPOA 4H5RA 4DHYA 5FROA 1KLNA 3BEXA 4DSEA 4GNIA 1BIZA 3MX2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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