4CHZA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
155
structure length
151
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 151
sequence length 155
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4chzA00
4DF4A 1HQEA 3NBPA 1A5XA 5JS1A 3VQ5A 3OYHA 2HHTA 3VQBA 4HTUA 2HHVA 1LW2A 3C95A 4MQ3A 4KREA 5KGXA 4DQSA 4O44A 3VQCA 4NCGA 5C25A 3AV9A 4J2BA 3TR8A 1KVCA 4JS4A 2XHBA 2X6SA 3WNFA 3NDKA 2Y1IA 3MEEA 2Z1IA 2YKMA 2YNGA 3ZSYA 3OJSA 3TARA 2BGGA 1O1WA 4DWIA 3AVFA 2HVHA 4Z0UA 3DMJA 3V1OA 4CFBA 4DG1A 4E1NA 3KK1A 3KJVA 4PUOA 2E6LA 4O4GA 3SPZA 2X74A 4DF8A 1JXEA 4CESA 1ASUA 4HUGA 1TAQA 3S3NA 3ITHA 4NCAA 4O5BA 4DLGA 3HM9A 1CZ9A 2ETJA 2F96A 3AA4A 4FZZA 1WAJA 2Z1HA 3AVCA 3KK2A 4OLAA 2QKKA 1Z25A 1LW0A 4OPKA 3DI6A 1NKBA 3LPUA 3V9XA 1C1BA 4I2PA 4NCBA 3KD5E 1LWCA 2HVIA 4DSIA 1HYSA 4CHNA 1HYZA 3B6PA 4DQIA 1NK9A 4N76A 1F21A 1EP4A 1YVUA 3LP1A 5JS2A 4CFAA 5HROA 2OA8A 1BQMA 1WN7A 2FBXA 3O3GA 3LPTA 3AO3A 5CYQA 1WAFA 2JGUA 4K8ZA 3VA3A 4KHWA 4DSLA 2X6NA 4JLHA 3HL8A 2O4IA 4KI6A 5E41A 1FKPA 4E3SA 4DTMA 3KLHA 2YHAA 3IRXA 2A1RA 4LSLA 3LZJA 3PV8A 4F3TA 1GOAA 5CZ1A 4FLYA 3TAPA 4B9SA 1TK8A 2OYQA 3DLBA 1WNSA 1ZBHA 1BL3A 3WNEA 3AVNA 5KGWA 1LAVA 4AILC 4QOZB 2VWKA 1HNIA 4RW4A 3OYGA 3V81A 1I39A 4DTUA 5HBMA 1TKXA 4DTJA 1YT3A 1JL2A 1T8EA 3OS2A 4IFVA 1GOBA 3ZT4A 1L3TA 3KK3A 4I9QA 4HVJA 3O4QA 1D9FA 1HYVA 4O55A 1UOCA 3HYFA 2G8HA 4B9NA 1EETA 4Q5VA 1RT1A 3KLIA 4DFKA 1ITGA 1HRHA 2YKNA 3VQ7A 4AHRA 4CJ5A 1SKSA 1SL2A 3K5NA 3HPGA 3NGYA 4OGEA 1VSDA 4CGFA 4FK4A 1NKEA 4FJNA 2F8TA 1U04A 4IBNA 4CGIA 1TL3A 4ID1A 4FJMA 3PX4A 2HHXA 2GV9A 4M45A 1RDAA 5T7BA 3AVGA 1VSFA 3MXJA 3ALYA 3H08A 1U47A 4W5QA 3G0ZA 4CJKA 1C0TA 4UQGA 1EKEA 1BISA 3HVRA 1S5JA 3K5OA 4M3XA 4CJUA 4GW6A 3TWHA 3NH1A 3IS9A 5HP1A 3PY8A 4B9UA 4IG0A 4BACA 3THVA 4ZTFA 2E4LA 3C6UA 3OYCA 2HNZA 4M41A 4B9VA 1W9HA 4DTXA 3NH2A 3SUNA 1C1AA 1VRTA 1LAWA 2YNHA 3QERA 1XHXA 1NJWA 1U45A 4HCBA 4ICLA 4C8MA 2W42A 3OJUA 3LP2A 2ZQBA 3OVNA 3EY1A 1U4BA 3NGZA 1JLQA 3V1RA 5J2MA 2A1SA 2PZSA 4DFPA 3LAMA 5HRSA 3QEVA 1FXXA 4DSEA 1WSEA 3AO1A 3SUOA 1HNVA 4CJEA 1RT2A 3CG7A 1DLOA 1QSSA 4J2EA 4M3RA 3ZCMA 2GBZA 2KTQA 3LZIA 2VG7A 2QK9A 2WONA 3T1AA 1IKXA 1QQCA 4KHSA 3RTVA 4BDPA 3L3UA 4B9LA 5EU7A 1RDCA 1Q8IA 4F2RA 2BDPA 1KLMA 3NCIA 3NF8A 3C94A 4W5RA 4E7HA 4E1MA 4CFCA 1HMVA 1RTIA 4CERA 4YFUA 3ZSVA 4DS4A 1RT4A 2DFHA 4E7JA 3HPOA 2G8WA 4O0JA 3OY9A 4GVMA 4F3OA 4FK2A 2E6MA 3PX6A 3O4NA 4F8RA 1BIUA 1RBTA 5KI6A 2ATQA 3CFOA 3SPYA 4CEOA 4DSFA 3NF6A 4LY7A 5DMRA 3HK2A 4FJGA 1VSJA 3DLHA 1ZBUA 3AVHA 1KCFA 3QEWA 1UWBA 3SQ1A 3L2UA 1NK4A 1VK0A 5J2NA 1ZYQA 1A5VA 2IS3A 3RR7A 3LAKA 4CJLA 1NJZA 3NHGA 4FCYA 3VQ4A 3MECA 4H4OA 1T7PA 2B4JA 1NK5A 1LWEA 4QAGA 4CHZA 3CQ8A 3L2WA 4Q0BA 3OYEA 3WNGA 1S9EA 3F9KA 2LSNA 1L3SA 3HT3A 3L2RA 4OKKA 3ZT0A 3LWLA 4CF9A 4OPJA 4FLWA 4B9MA 4Z4FA 3SZ2A 2KZMA 4M3ZA 2HB5A 1TK5A 1JLCA 1SUQA 1Q9XA 4J2DA 4CJRA 2RPIA 3NE6A 1VSMA 1RBSA 1HPZA 1WSFA 1BQNA 3A2FA 1S1TA 3P1GA 1RBUA 2IOCA 4B8CA 5HRNA 1RBRA 1UA0A 3AO2A 3SUPA 2G8VA 4C8OA 3D0PA 4M42A 1CXQA 1TV6A 4B8AB 3RRGA 1NKCA 1VSHA 4RG8A 1W0HA 4KTWA 4CJ3A 5FDLA 3VQAA 4CF2A 1SKWA 2PYLA 3KTQA 1TKDA 4DTPA 4ELVA 3QEXA 1N5YA 4Y1CA 4FXDA 4FW2A 1BI4A 4OKEA 1JL1A 4CEFA 1ZBFA 3O3HA 3TI0A 4H4MA 3SNNA 4E19A 2EX3A 1RTHA 4C8LA 1QS4A 4MFBA 3QO9A 3OYKA 4ID5A 1NJXA 1QSYA 3DOLA 2D0AA 4BE0A 4FW1A 3KIOA 3AVKA 4BDYA 3AVBA 3DM2A 3V4IA 4CGGA 1JLAA 3CM6A 1BGXT 4CEEA 4R5PA 3DLEA 3D45A 2DFFA 4IKFA 1C0MA 2EHGA 4IG3A 4IDKA 4BWMA 1D9DA 4KTQA 4FJ7A 4JRPA 4PY5A 2XY5A 1K6YA 2G8IA 4CGDA 3VQEA 3QINA 1A5WA 3OS0A 4CECA 3WNHA 3BDPA 4N41A 3AVIA 1YTUA 3OYJA 3CM5A 4YNQA 2VG6A 4DU1A 1HJRA 2P51A 4OJRA 1RBVA 4DLEA 4O0IA 4CJPA 1L5UA 3EZ5A 4CJWA 4N47A 4W5OA 4KHQA 1JLBA 4KTZA 4TSXA 3S3OA 4GMJB 4CGHA 3DOKA 4E0DA 3M8SA 1TKZA 4ELUA 3QIPA 1CZBA 3JSMA 1XI1A 3L2VA 3V6DA 3AO5A 3I0RA 5C42A 4DS5A 4CE9A 4F2SA 3MXIA 1SV5A 4F4KA 3AA5X 1ASWA 1RILA 1RDDA 2JLEA 5KRSA 3HP9A 3K2PA 1NJYA 4CIEA 3RMAA 5K14A 1CLQA 4KAZA 2AJQA 2PY5A 4CFDA 4B9TA 1NOZA 3AA3A 3IAYA 2D0BA 3MXMA 4HHTA 2FBVA 1UAXA 4I2QA 4CJTA 4DQPA 3V9SA 1IO2A 1N6QA 1JXBA 4AHVA 4CEQA 3RR8A 1BIZA 3HPHA 4BE2A 4QCLA 3T19A 3QEIA 2OZSA 3LP0A 5FROA 3SQ4A 1SL0A 2P5GA 1QHTA 4DTRA 1RT7A 3KKRA 3PUFA 1B9FA 4LD0A 4AHTA 3ZSOA 4CEDA 4HUEA 4BDZA 4PWDA 3RWUA 4IFYA 4Z4EA 3JYTA 4I7FA 4CK3A 3T3FA 1KVBA 1J53A 4Z4HA 3LWMA 3TAFA 5HRRA 1WSIA 2P5OA 4KPYA 4KB1A 4RW8A 4H8KA 5HLFA 3AVLA 4CEZA 4CK1A 1NK7A 1TAUA 2G8UA 4RW9A 2RKIA 4CEBA 2FBYA 2HHQA 1X9MA 3L3VA 1R0AA 3M8QA 1S1XA 4CF8A 2RN2A 4CCHA 5D3GA 5FRNA 2KQ2A 4CJFA 3QEPA 3VQQA 5KRTA 2VG5A 1C1CA 1FKOA 3QNOA 1YTAA 4M3WA 3AVMA 4E7IA 1BCMA 4FZYA 1RT6A 4G1QA 4CIFA 3SV3A 2KFZA 3SCXA 3OYFA 3SJJA 1IKWA 2QXFA 4CHOA 2XRIA 3QETA 3LANA 4ZHRA 3OYLA 4DTOA 2OZMA 3KLFA 4FLXA 2DTUA 3SQ0A 4AH9A 3ULDA 2BE2A 2HNYA 4FJLA 3K57A 2R7YA 4ELTA 3OS1A 3HJFA 3S3MA 1NOYA 3DRSA 5I42A 2NUBA 3LALA 3VQPA 2D5RA 3F73A 3NAEA 2XY8A 4DTSA 1D8YA 3NF9A 2OPSA 2HMIA 3V9WA 3UIQA 4N56A 1VSKA 3DLRA 3VA0A 1TGOA 3OYMA 3V9UA 3ISNC 3QNNA 4BWJA 4DSKA 3TAGA 1KVAA 1RTJA 3M8PA 3QESA 4DSJA 1JLEA 3QIOA 4Z4GA 1HQUA 3K5LA 4OLBA 3RRHA 3ZSQA 3ZSZA 4FVMA 1KFSA 3I8DA 1LWFA 3NGIA 2IC3A 2KFNA 1T03A 2KW4A 3I0SA 3K5MA 3MAQA 3PO4A 2QKBA 2HHSA 5I3UA 3TAEA 3PX0A 1SL1A 3L8BA 2WOMA 1RT3A 4OVLA 1J54A 2X78A 4CF1A 4N5SA 4DMNA 3U6FA 3DLGA 3NFAA 4RW7A 4XIUA 1XC9A 3OYAA 1S1VA 1BI4B 1C6VA 1L3VA 1TVRA 3PO5A 1JLFA 3AVAA 4FLZA 1QSLA 4W5NA 4LH5A 3DRRA 2ZE2A 2IGIA 1RCHA 4EZ9A 1U49A 2XO7A 2IAJA 1IH7A 3C6TA 4FJHA 5J1EA 2PYJA 1CXUA 3KLGA 4FLTA 3V9ZA 1REVA 1D5AA 2BANA 3ZT2A 4AHCA 3RMCA 2OPQA 3NH0A 4FM0A 3SI6A 1NK8A 4B3OA 2KZZA 3OYBA 2Z1JA 1S9GA 4CK2A 4CJQA 4Z4CA 1S6QA 5CZ2A 4NYFA 4OGCA 4FJXA 4DFMA 1S1WA 1IKVA 4CJSA 2HHWA 1FK9A 2YV0X 4CJ4A 1X1PA 4BE1A 1RT5A 5SWMA 1XWLA 1KRPA 2I5JA 4CJVA 3MEDA 2B6AA 1I3AA 4LSNA 1B9DA 1S1UA 2GUIA 4C8NA 4DU3A 3OYIA 3KD1E 3VQ8A 2RF2A 1ZBLA 2YHBA 2HW3A 3S9HA 2ITGA 3OYNA 4DQRA 2Z1GA 1SKRA 3KLEA 4FJ8A 4PQUA 1X9WA 2Q3SA 4CEAA 1T05A 3CYMA 1WSJA 3HVTA 1C0UA 1Q9YA 3HXMA 1Z26A 4FJJA 5KTQA 4DU4A 4KHYA 1S6PA 3KKSA 1X9SA 2O4GA 4C8KA 3E01A 1VSLA 1TKTA 4K8XA 1WSHA 3AVJA 1KSPA 4FJ9A 3P83D 4RW6A 4AHSA 3L2QA 4DQQA 4KKOA 3SUQA 3VQDA 2HNDA 3ZSXA 1G15A 4L8RB 4E7LA 1RDBA 5SZTA 4I9LA 2ZD1A 4HUFA 2G8KA 4KI4A 4FYDA 4B08A 3HSTB 3IG1A 3DRPA 4FZXC 3CFRA 4DTNA 2DFEA 4EP4A 4AHUA 4HCCA 4OKJA 3SQ2A 4KHNA 3OYDA 1IKYA 5J2PA 3U3GA 3TABA 4E7KA 4CHQA 3ASMA 4NYNA 4ZTJA 3TAQA 3AA2A 3VQ9A 3P5JA 1UA1A 2DY4A 4FLVA 1J9AA 1Y97A 2OPPA 2VWJA 3RMDA 1IG9A 2G8FA 3SYZA 3DYAA 1TK0A 5HRPA 4FM1A 4KB0A 1MU2A 1KTQA 3LDSA 2P1JA 1KFDA 3DLKA 3ZSRA 3G10A 4JS5A 1KLNA 2YNFA 4JRQA 4KRFA 3EYZA 4CGJA 3B6OA 4M3TA 4KFBA 3MEGA 3FFIA 1EX4A 4KV8A 3TANA 1RNHA 4E89A 4PA1A 3K58A 1TL1A 2HHUA 4W5TA 1J5OA 3RMBA 1VRUA 5C24A 4FM2A 2Y1JA 1DTTA 2XY6A 3K59A 4KO0A 4M3YA 3M8RA 2F8SA 3VQ6A 5CYMA 1B92A 5DK5A 3BGRA 1QE1A 4CIGA 2D0CA 4Y1DA 3U3YA 1L3UA 3HO1A 3ZT3A 4FLUA 1JLGA 3LP3A 3NF7A 3SV4A 4DFJA 4CF0A 1RTDA 5FRMA 1WLJA 4WE1A 2IDOA 3TAMA 5CY4A 4M3UA 2FBTA 4Z4IA 2B5JA 1WSGA 4CHPA 4EP5A 4J2AA 4FJIA 1GOCA 3AO4A 4KHUA 4CHYA 4FK0A 1BHLA 1QTMA 2FC0A 4LH4A 1ASVA 3VN5A 1DTQA 3HP6A 1VSEA 3ZT1A 1JKHA 2YNIA 2XY7A 1U48A 4FJKA 5J2QA 3QLHA 3ZSWA 3V1QA 1XHZA 1NK6A 1EXQA 1LV5A 1ZBIA 4FJ5A 4EZ6A 1BCOA 3O3FA 1NK0A 2OPRA 3CFPA 1VSIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DF4A 5ADXH 2HHTA 3VEOA 3C95A 4KREA 4BRPA 4XH1A 5AQFA 2YHXA 4FWMA 4PKHA 3D2FB 5BREA 3NDKA 3WNFA 4GVEA 2YNGA 3ZSYA 3TARA 3E9LA 2BGGA 5E26A 4CFBA 3V1OA 4DG1A 2E6LA 3OBWA 4O4GA 4CESA 1ASUA 3ITHA 3P39A 1FW6A 3AA4A 2IIRA 4FZZA 4OLAA 2Z1HA 3KK2A 3CC7N 3D7EO 1LW0A 4OPKA 3V9XA 3HTVA 2O8DA 3LDOA 1NJIO 4DSIA 4B3TK 3O1WA 3B6PA 4N76A 1NK9A 3GDQA 1F21A 1EP4A 4OPHA 2OA8A 2FBXA 3CJCA 3LPTA 3AO3A 1WAFA 4BREA 3VA3A 4DSLA 2O4IA 3FFKB 1FKPA 4WYBA 2A1RA 4LSLA 3PV8A 1RDWX 4F3TA 5CZ1A 4B9SA 1NWKA 4DR3K 2OYQA 2D0PA 5LMNK 4WQ5C 1BU6O 4BRAA 3S41A 4IEIA 4RW4A 3V81A 3D6RA 1RGIA 1TKXA 3OS2A 5GIPA 4IFVA 4I9QA 1L3TA 1X3NA 3ZETA 3VENA 3O4QA 1VQLN 4K0KK 3O08A 1ITGA 2P5OA 2YKNA 4WFAL 4FJNA 2F8TA 4FJMA 1TL3A 4ID1A 2HHXA 3PX4A 4M45A 4JI7K 2WUSA 2YHWA 3G0ZA 4CJKA 1ESVA 4M3XA 4CJUA 2JWKA 4GW6A 5HP1A 4ZTFA 2P9IB 2E4LA 3U9ZA 3N4QA 4A2AA 3CJAA 2OCEA 1VRTA 1U2VA 1XHXA 3J81O 3MWPA 3EY1A 3C6HA 2A40A 3LAMA 2HSTA 1WSEA 3AO1A 2OANA 4Y0WA 1IV0A 1QSSA 3ZCMA 3LZIA 4JI8K 2VG7A 3T1AA 3SBGA 4XEIA 4B9LA 4F2RA 4CZJA 1DGKN 4E7HA 4CFCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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