4CI6A

Mechanisms of crippling actin-dependent phagocytosis by yopo
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNSPAMHVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAAASTSLEKSYELPDGQVIAIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETVYNSIMKCDVDIRKDLYANTVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTIKTKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPGIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase/structural protein
molecule keywords ACTIN
publication title Yersinia Effector Yopo Uses Actin as Bait to Phosphorylate Proteins that Regulate Actin Polymerization.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia enterocolitica
total genus 114
structure length 358
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ci6A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ci6A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4ci6A03
2FSJA 2YHXA 3I33A 4BC5A 5JLHA 2QWRA 3MN7A 1V4SA 1E4GT 1XC3A 5AQJA 2QWMA 3UKUA 2QXLA 3H46O 4K43A 4A62A 3O08A 3DXMA 4A61A 2CGKA 3KHYA 3F9MA 3U8XA 2NLXA 1GLLO 3SMSA 1DEJA 3MN6A 4BRKA 2I7PA 2IVNA 3VF2A 1KAYA 5F1XA 3VEOA 1X3NA 5AQUA 3DXKB 5ADXH 4O8KA 3BP8A 4IZ9A 1TYQA 3W0LA 2ZGZA 2D0PA 3TPQA 4EHUA 2FLOA 4H5NA 1T6DA 4BGAA 1MWKA 2ZGYA 4CBWA 3WXLA 5TKYA 4FWQA 3JXUA 3LDQA 1YUWA 3FLCO 4AM7A 3WT0A 3O80A 5AFUA 4IJAA 3B8AX 4JNEA 2A6AA 2P9PA 4CBXA 2E1ZA 2H3GX 3EL2A 5KQDA 1GLJO 1CZAN 5AZJB 4QS9A 2QWPA 2PAVA 3ZETA 4H5TA 3R6MA 3O8MA 3MN5A 1QHAA 2Q0UA 2GTDA 3A5NC 1LOTB 3LDPA 3CJCA 5BRDA 3A5LC 3H45C 3GOIA 2E2QA 3VERA 2J4RA 5AR0A 4FPAA 4PL8A 3CJBA 3VENA 4B1ZA 1T44A 3HTVA 4H0PA 4JHDA 3VEXA 2YHYA 3CJ1A 5FPMA 1NGJA 4H5VA 3LM2A 2YI1A 4XH5A 4BRGA 1GLDG 1Q18A 1G99A 1SZ2A 2FSKA 3ID8A 4BRQA 4WQ5C 3CHWA 5JICA 3LM9A 1C0GA 5EY4A 5KPTA 1LCUA 4ISEA 4MLHA 1YXQA 3M1FA 1NBWA 3CJ9A 3UB5A 1XUPO 2Q97A 4CZLA 4CJ7A 2D1KA 2P9UA 3ZX3A 4B1XB 1BG3A 1U2VA 2D0OA 4BR7A 5BRFA 2HOEA 2DPNA 5I9EB 4CI6A 4H0OA 2P9IA 3MMVA 4FO0A 4WQ5A 4BQZA 4IXCA 1IG8A 4HWIA 2QW9A 2KHOA 3HI0A 3WEEB 4EFHA 5BN8A 4QS7A 1K8KB 2CH5A 2CH6A 2FSNA 2IVPA 3GG4A 1RDWX 5AQRA 4J8FA 3D2EA 4AM6A 1SQKA 1HKBA 3O1BA 2P9SA 3M6GA 3UKRB 4CZHA 2P9LA 3GDQA 3CI5A 5FPDA 4JD2B 4CZMA 3H3NO 2I7NA 4IJNA 1D4XA 3O4WA 3BF1A 2AP1A 4DQ8A 3VPZA 3BF3A 2VCPA 1GLEG 2P9NB 1JCFA 3VEWA 4BC2A 1ZBSA 3GL1A 3IDHA 4MO4A 3ZEUB 4RWTA 4ISGA 2QWLA 1NMDA 5AQXA 4LC9B 3HZ6A 4Y0WA 2Q31A 2VWBA 3FZFA 5E84A 3SMPA 3KZBA 3MDQA 3ATUA 3D2EB 4XH4A 3FZKA 3A5OC 2D4WA 4M7YA 5EVZA 1NGGA 2Q2RA 4WYBA 3RSEA 3AARA 5KQ8A 4I6MA 5EX5A 1YVNA 3DWLA 5KPRA 1JCEA 2YJFA 2Q1NA 1ATRA 3ATVA 5AQVA 2YCHA 1BWFO 4BGBA 3VGMA 4FWKA 3IUCA 4FWPA 3H1VX 4O5FA 3UKUB 1NGAA 2GELA 1P8ZA 3QFPA 4H03B 4BR9A 3GE1A 4PL7A 4B1YB 1GLFO 1NGEA 1QZ5A 3DXMB 3HM8A 4CD1A 3C7NA 4BRPA 3A5MC 4IWVA 4WQ4C 4BR4A 2VYPA 1T6CA 5AQIA 2Q0RA 4I6MB 2P9KA 3LDNA 4BRAA 3O6WA 3G25A 3J8AA 1EQYA 2W40A 3LDLA 3ULEA 1TYQB 1DGKN 2GWJA 3H6EA 2A3ZA 5AQLA 1NLVA 3ENOA 2V7YA 3QBXA 4CZFA 5AZIA 3CJAA 5AQOA 2IIRA 4BRIA 3A0IX 4JN4A 3FFKB 3M3ZA 4WQ4A 4EHTA 3FE1A 3IMXA 5LY3A 1BDGA 1X3MA 3C7NB 3S41A 4BC4A 4FWLA 1RFQA 4M7XA 1DKGD 2P9PB 4BR2A 3FZLA 2HF3A 3MCPA 4BR5A 2QWNA 4L3QA 3VGLA 2V51B 1BA1A 3ZETB 5FPEA 1HLUA 2Q36A 5AQWA 4CBUA 4PKIA 4DHYA 2V7ZA 1ATSA 3MK6A 5AQFA 2ZWHA 4FWSA 3CQXA 1NGBA 4KBOA 2ZF5O 1R59O 3A8YA 1KAXA 1WOQA 3VEYA 5AFUH 1ATNA 3QICA 4DB3A 4B9QA 2YJEA 1GLCG 4JHDB 2QM1A 5EOYA 2FF6A 2FXUA 5BN9A 3AAPA 3L0QA 3CQYA 3UE5A 4CZGA 4BRNA 4BRMA 4DCHA 3D2FA 2E8AA 5BR9A 2E2OA 5BPMA 1HPMA 4M63C 1QQMA 5AQPA 1S22A 1ESVA 1BOTO 4B1VA 2ASPA 4BG9A 1QQNA 5BPLA 2P9UB 5ADXA 2A40A 1X9JA 3QDKA 1C0FA 1GLAG 4FL9A 4BRLA 1U2VB 4XH1A 4BRDA 1NM1A 3VOVA 4EIAA 2ASMA 2HF4A 5AQHA 3SK3A 3ENHA 5E26A 3CJ7A 2CGJA 5AQQA 1SAZA 4H0TB 3WXKA 2P9IB 3VESA 3CETA 4Z94A 1NGIA 3VETA 5BPNA 2NRHA 1KXPA 3ZX2A 1U6ZA 3R9PA 3D7EO 4FOEA 3VGKA 3JS6A 3KVGA 1NGHA 1MDUB 2ASOA 2A5XA 2NZTA 3DXKA 3EKUA 2E20A 3DJCA 3W3DA 4BG8A 4ISFA 1XQSC 2P9SB 3HSCA 5BREA 2P9LB 5JLFA 4C23A 1E4FT 1BO5O 1HX1A 1OKJA 4RTFD 4A2AA 4FWRA 3VF6A 3FZHA 4HTLA 3ZX0A 4E1JA 1BUPA 3QFUA 4FPBA 3CIPA 3DAWA 1Z6RA 3H1QA 2WUSA 2ITMA 5CE3A 4NO7A 2A42A 4K41A 4YDUC 1TUUA 2BTFA 2QWOA 5B8HA 1NGCA 1QZ6A 2A41A 3U4LA 5BRHA 1TUYA 3FZMA 2IVOA 3WXIA 3BEXA 1ZXOA 2YHWA 4IO8A 5AQMA 5AZJA 4K42A 2V52B 2E2NA 4H5WA 1KAZA 5F2RA 4BQLA 1H1VA 3AAQA 4EAHD 4MO5A 5KPZA 3EZWA 3RSEB 3EN9A 3VF4A 1HKCA 3L4IA 1BA0A 2E1YA 3LL3A 1QQOA 4FSVA 3WXJA 4YDUA 3H3OB 5LJWA 4CZEA 4H0XB 5EXWA 3EKSA 1GLBG 4FOIA 3TU5A 1Y64A 4CD3A 1HJOA 5LJVA 1HKGA 1V4TA 1JCGA 2HMPA 2PBDA 5FPNA 4BC3A 4F9OA 2EWSA 4JAXA 2GWKA 4PKHA 3HBTA 4CZIA 3CERA 1S3XA 2GUPA 3OHRA 4BR0A 3LDOA 4RCHA 4CZKA 3VEZA 5AQSA 3O5BA 4H5RA 2P9KB 4BRCA 1MWMA 1ZC6A 1NWKA 4K25A 1BU6O 4BRFA 4H0VB 4MLEA 3R8EA 3ULEB 5JMVA 4FWMA 1NGFA 2UYTA 2BUPA 3MN9A 3AY9A 5AZIB 3GBTA 5AQNA 5AQYA 3WEEA 4BRHA 3SJHA 4FWNA 1K8KA 1RGIA 1WUAA 1IJJA 1MA9B 3IFRA 4QS8A 2E2PA 1HUXA 2E88A 4BROA 4BVOA 5F0XA 4BVPA 2W41A 5AQZA 3UKRA 5AQTA 3WUHA 4A2BA 1Z05A 1YAGA 4JD2A 3P4IA 4XEIA 2QWQA 3FGUA 4BREA 3QMLA 4B1UB 3L6QA 4PKGA 3SLCA 3U9ZA 1J6ZA 2P9NA 4NB4A 5AQGA 3FR0A 3I8BA 4FWOA 1NGDA 2F9WA 3ZEUA 3QB0A 5AQKA 3VEVA 3WQTA 3QBWA 2F9TA 4CZJA 3BUZB 5ELZA 2OANA 2FF3B 2CGLA 3U9DA 3WQUA 3EO3A 3O1WA 4B1WB 4H0YB 4GY2B 2AA4A 4GNIA 3C0BA 2GEMA 3D2FB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TAQA 3I33A 5JLHA 5KGXA 5SZTA 4JS4A 5I3UA 4A5AA 2O8CA 1S9GA 4KKOA 2HBJA 1UOCA 5DM7L 3RR8A 4IFYA 2OPQA 3EE9A 3MEEA 3J7ZO 3OYAA 3H46O 4K43A 3O4NA 2XY7A 3U8XA 4CEAA 1UAXA 3MN6A 4BRKA 1YVUA 2YKNA 4HVJA 3EE8A 3LWLA 1RNHA 3KD1E 3QLHA 3ZSVA 3R1XA 3AVIA 3DXKB 3ID6A 4O8KA 3BP8A 4IZ9A 3TANA 2F96A 3MXJA 4MDAA 3TPQA 4H5NA 4DFJA 1HPZA 3LWMA 4ZTFA 5C2DA 5TKYA 3MCAB 4XIUA 3MAQA 1YUWA 3WNGA 4JNEA 2A6AA 2IC3A 1QSYA 5D3GA 4CBXA 3OY9A 2H3GX 3V9WA 4F8RA 5AZJB 3ITHA 4DLGA 3OYMA 3R6MA 2FBVA 3VQAA 3MN5A 2WONA 1J5OA 2GTDA 3LDPA 3SQ4A 3CM6A 3A5LC 3GOIA 4JLHA 2J4RA 4PUOA 3D45A 3VENA 1Z25A 5HRSA 1O13A 3HTVA 4HUEA 2RN2A 4JHDA 1DLOA 3E1YA 4Q5VA 4H5VA 1QSLA 3LM2A 4CF9A 4NCAA 2YI1A 1RDUA 4DQIA 3HOSA 1GLDG 1SZ2A 3RWUA 4IKFA 3CHWA 3H08A 4JK7A 5M1KA 2VG7A 2OCEA 1NBWA 3V4IA 4ELVA 1RT7A 2VWJA 3K58A 1TK5A 2O8BA 5BRFA 3S5TA 2HOEA 5I9EB 4JI3K 1LWCA 2P9IA 3TABA 4BQZA 4IXCA 3CMEN 3S9HA 3CCRN 1S6QA 2KHOA 4JV5K 1SKWA 5CZ2A 3DRRA 3GG4A 1RDWX 3DLRA 2OA8A 2C1GA 2P9SA 3BY5A 3CI5A 5FPDA 4GW6A 3ZSYA 3H3NO 1N6QA 4CECA 1S1VA 4B08A 2NRRA 1HQEA 3CC7N 2P9NB 3J80O 1VSJA 3T1YK 4C8NA 4DSIA 2WBNA 3V9ZA 1ASVA 2QWLA 4DQSA 4DR5K 4FJ7A 3KLHA 1BISA 3IRXA 3MDQA 1FKOA 3FZKA 3A5OC 1LWEA 1KSPA 3OJUA 2YNFA 4LF6K 4I6MA 4CF0A 3NF7A 5C24A 1JCEA 4CEBA 1T7PA 4XJXA 1YJWN 3IG1A 2Q1NA 1JLAA 2FBTA 4M45A 4DG1A 3SV3A 4EZ6A 3VQEA 2O8CB 4DSJA 4KH6A 1VQKN 3ZSZA 3RMCA 4YOUA 1TAUA 4CHPA 4DTSA 2W42A 2GELA 1WAJA 1P8ZA 2W6KA 3QFPA 5HBMA 4JI7K 4PL7A 1QZ5A 4G1QA 3LAMA 1KD1O 4WQ4C 1T6CA 3SUNA 4B3MK 4CEFA 3NH2A 3G25A 4AHRA 1XHXA 3G0ZA 1KVCA 1DGKN 3ENBA 4HCCA 2HBMA 3ENOA 3AGKA 4DV0K 4CZFA 4LSNA 4CFDA 3AO4A 1UA0A 4OVLA 3B6OA 2YNGA 5LY3A 4FVUA 4CHNA 1RFQA 4GV9A 1D5AA 4CERA 3WXMB 4BR5A 4DR6K 3OYKA 2OTLN 1IKXA 3TR8A 2V51B 2Q36A 2V7ZA 4C8MA 1O1WA 3DRPA 4FWSA 1U47A 1ZBHA 4DFMA 1KAXA 3AO2A 5FROA 4DQPA 5AFUH 4B9VA 4NLCA 1RBUA 1Y97A 1RTDA 2G8VA 4JHDB 5EOYA 1HYSA 4RW9A 4HHTA 4I9QA 3NH1A 3UE5A 5EU7A 2E8AA 1RDCA 2LSNA 2E2OA 1RBRA 3O3FA 3KK1A 4M63C 2KLAA 5GADP 1ESVA 3K9KA 2ASPA 4IEIA 3PLAA 2P1JA 5BPLA 5ADXA 2A40A 1B92A 4F4KA 3QDKA 3CYGA 4FL9A 1QHTA 4BRDA 4XH1A 4EIAA 4B9MA 3VOVA 2O8BB 5AQHA 5I42A 1SUQA 2OYQA 5E26A 2CGJA 1D9DA 1NMNA 2P9IB 3VESA 2UXDK 3RMDA 1TL3A 2EX3A 4E89A 3K2PA 1VRUA 2RPIA 1KLMA 3AO5A 3R9PA 3MEDA 1RT1A 1Z26A 3KVGA 4DUZK 1S9EA 4FJJA 3EKUA 3W3DA 1XQSC 2P9SB 2HNDA 5JLFA 2E5LK 2GBZA 4C8OA 4FWRA 1JKHA 4LH4A 3ZX0A 3I0RA 3H1QA 1K8AO 1NJYA 2ITMA 5CE3A 3IAYA 1VQLN 3VQDA 4O55A 3D0PA 2A41A 2UUAK 3U4LA 3WNEA 1TUYA 3FZMA 2IVOA 3AVBA 4YHHK 4IO8A 4OGCA 5AQMA 4EP5A 3THWA 4CJPA 2V52B 5M1NA 4E3SA 4H5WA 4OKKA 3VA0A 3AAQA 3EZWA 1TKTA 3L4IA 4GVEA 1CZ9A 1QQOA 4FSVA 3HPHA 2Z1IA 4CZEA 2Q3SA 5GINA 1RTIA 3TU5A 1Y64A 1HKGA 3QEVA 3SYZA 4I2PA 1P90A 2HMPA 2OPSA 1IKYA 3QNNA 4JI0K 2EWSA 4JAXA 4F2SA 3SCXA 4PKHA 4DV5K 4JRQA 3VQ6A 4CZIA 1VSIA 2VWKA 1VQ4N 4RCHA 1VQON 3VEZA 3M8QA 4CK1A 3V1OA 4NXMK 1KFDA 2GX9A 1MWMA 4K25A 1BU6O 4BE0A 4H0VB 4MLEA 3T69A 3A2FA 3O9UA 5HP1A 4IG3A 1IG9A 3J7AP 4DSLA 3MN9A 3AY9A 4X62K 1EWQA 5AQNA 4Z4IA 5AQYA 3UIQA 1NNEA 4CESA 3PY8A 1IJJA 4CIFA 4E7HA 1U04A 3VQQA 4DR2K 4BROA 4BVOA 4NCBA 2W41A 5AQTA 5C12A 1YAGA 2QWQA 3JSMA 4BREA 3CPEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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