4CIFA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cifA00
4DTUA 2JGUA 1D5AA 4CJ3A 3ZSRA 3MXIA 2FBYA 4LSNA 2YNHA 4CEQA 3MAQA 4CF1A 1SKWA 3M8RA 4C8LA 1RBVA 2IS3A 3VQPA 4CGJA 4CHZA 2OZSA 4FZXC 2WOMA 2KTQA 2D0AA 3SZ2A 2X6NA 4DU3A 4W5NA 4ZTFA 2XO7A 1ZBIA 3LAMA 4M3RA 4FJGA 3C95A 4AHSA 1HYSA 2ITGA 3DM2A 1RTIA 5DMRA 3ZSWA 1TKTA 4M45A 1BCMA 4W5OA 5J2PA 3OS0A 2B6AA 3NGZA 2Y1IA 1DTQA 1NK9A 3DOLA 3G0ZA 3AVKA 5FRNA 4Y1CA 1RBRA 4ID1A 4FZYA 4FLXA 3SYZA 1IKWA 4CJTA 3CM5A 3KK1A 4EZ9A 1C1BA 4O44A 3NCIA 4M3UA 2G8IA 4H8KA 3HYFA 4N47A 1Z26A 3OY9A 3NH0A 1A5VA 2O4GA 3A2FA 2OPSA 1TL3A 4ICLA 1CXQA 3NE6A 3QLHA 4JRQA 4QCLA 1RT1A 2YNIA 3B6PA 4BDZA 3QO9A 1VRUA 1WSIA 1ZBLA 1I3AA 1JL2A 4MFBA 4CJKA 3AVLA 2NUBA 2A1SA 2DFHA 4FW1A 4OGCA 3OJSA 3KTQA 4KHWA 3HK2A 4O5BA 3SPYA 2HHQA 3OYLA 1BQMA 3EYZA 3K5NA 2XY8A 1BHLA 3RMBA 1RDAA 1QTMA 3SUNA 4E7KA 4B9VA 1KFDA 1YTAA 4FJJA 1WNSA 4OGEA 4E89A 1JXBA 3AVAA 1W0HA 3ISNC 3VQ8A 4CIEA 5T7BA 4F2SA 4KHSA 4PUOA 2IAJA 4M3TA 4CJ4A 4NCAA 5CYMA 4JLHA 4KV8A 1YVUA 2QK9A 4N76A 1WSFA 4KO0A 3DRPA 4HCBA 4CJPA 1U49A 4B8CA 1S5JA 4IG3A 3HL8A 3PY8A 4Z4GA 2DY4A 4CK2A 1L3UA 4FLVA 4IG0A 1LWCA 3SCXA 3RRHA 1R0AA 4DQRA 1XWLA 3VA3A 1I39A 4I2QA 4K8ZA 2OA8A 4NYFA 3AVHA 3V9XA 3TAEA 2HHXA 4DQIA 3AVMA 3MEDA 1KLMA 3NHGA 4CJ5A 1VRTA 4B9LA 4CEAA 4E19A 1S1XA 2OPQA 4LSLA 4CIGA 3LDSA 3HP9A 3HXMA 1F21A 1W9HA 1IKYA 4DSIA 2FBXA 1KSPA 3DMJA 3MECA 3NF9A 3K58A 4LY7A 4RG8A 4L8RB 1ZBFA 3KLIA 3OYMA 3VQAA 4CJQA 4DQPA 4ZTJA 5JS2A 1RILA 5KGWA 1CZBA 2WONA 5HLFA 3LWMA 1LW0A 4OKEA 4DSEA 5C42A 1Y97A 2XY7A 2EHGA 3SUPA 4QOZB 1C6VA 3DRRA 2P5OA 3D0PA 4E0DA 3ZCMA 3V9SA 1IKXA 1BCOA 1RCHA 4FVMA 4KPYA 4CE9A 3DOKA 1NK5A 4FZZA 3UIQA 3ZSYA 1N6QA 4E1MA 1G15A 4CJLA 1BI4A 4YNQA 3L2QA 1ZBHA 3O4NA 3HVRA 5C24A 1VSDA 3P5JA 3V9UA 4DTRA 3AA2A 3U3GA 3U6FA 3RMCA 4OVLA 1Q9YA 3KD5E 2OPPA 5I42A 1FXXA 4NCGA 1REVA 1Z25A 2Z1JA 3LP2A 4WE1A 3OYFA 5HROA 4F3OA 3K2PA 3KLEA 4W5RA 3HM9A 3M8PA 4CFAA 2ZD1A 4B9UA 2OZMA 1O1WA 4ZHRA 2FBVA 1NOZA 3DLBA 4YFUA 1FK9A 4KB0A 1TAUA 4OKKA 4CHPA 2W42A 3L2UA 4FJNA 5HRRA 3OS2A 5E41A 3K59A 3ZSZA 2HHUA 4EP4A 4FM0A 3L3VA 2HHVA 2IDOA 1NK4A 4CEFA 3G10A 4BDYA 4J2EA 3CM6A 4Z0UA 4BDPA 4OLBA 1DTTA 4J2DA 2QKBA 1BQNA 4CGIA 1NJZA 2PZSA 2O4IA 3K5MA 1KFSA 3NF6A 3LP3A 4CECA 1RT3A 4O4GA 3VQBA 4E7JA 4KI4A 3QNNA 3JSMA 5I3UA 1GOCA 1VSFA 2HNZA 1IKVA 4PA1A 1EP4A 3NAEA 3V9WA 5HRPA 1HYZA 4OJRA 3ZT1A 3AVJA 2HB5A 2GBZA 5KGXA 3AA3A 1J54A 3VN5A 3LWLA 5C25A 3WNEA 3QETA 3NGIA 4LD0A 3P1GA 4DF4A 3VQCA 4CHOA 3TANA 4KRFA 1T7PA 3QINA 1RTJA 2HNDA 1IO2A 2G8KA 1X9WA 1BIUA 3VQQA 4CF2A 3PX4A 3KKRA 1WSHA 3LP0A 4RW8A 4CGHA 1IG9A 1NJYA 3AVIA 3TAPA 1L3SA 3MXJA 4M3ZA 3K5LA 2DFFA 5EU7A 4FYDA 1U47A 4KB1A 4AILC 1L5UA 3VQ6A 1X1PA 1QQCA 1HPZA 4DFKA 2XY6A 1B92A 3VQ9A 4FJIA 4KHNA 4E7LA 3H08A 2QXFA 1JLFA 3L2VA 3PX6A 1SKRA 4K8XA 4FJ7A 4CEZA 5HRSA 4Q0BA 1NK0A 5KTQA 1SL2A 3HSTB 2RF2A 4DSJA 4FJ8A 3CFPA 1T05A 1Q8IA 2B5JA 4FLTA 2P1JA 3BDPA 2XHBA 1C0UA 1FKOA 3HP6A 1X9MA 4FJXA 2KFZA 4N56A 3RMDA 3RMAA 1TKZA 4B08A 3V1QA 4CIFA 3CFRA 4HUFA 3S3NA 2IC3A 3VQEA 3OYAA 4B9SA 2F96A 2YNFA 4M3YA 4TSXA 1YT3A 3RTVA 4HCCA 1L3TA 3HT3A 3O3GA 4NYNA 5KI6A 4FCYA 4FM2A 1KLNA 1DLOA 2QKKA 1U45A 3SQ0A 2OYQA 4FJLA 3I0RA 1GOAA 2F8SA 4FJ5A 1NKCA 4HVJA 2P5GA 3QEPA 3OYNA 4CGDA 3PO4A 1A5XA 3D45A 4FLZA 3C94A 4C8OA 4I2PA 1UWBA 2IGIA 1FKPA 3K57A 3ZSVA 4DQQA 4ELUA 4CEOA 3AV9A 3CQ8A 2R7YA 2Q3SA 3ZT4A 4CJUA 3TAGA 4DSLA 1TVRA 3NFAA 3HJFA 3V1RA 4CF9A 4CK3A 3O3HA 3AVCA 4DTXA 4HHTA 1ZYQA 1KVBA 1RBUA 1U48A 3TARA 2Z1GA 3LPUA 1RT7A 5CYQA 4BWMA 4N5SA 4KHYA 3QEIA 3ZT0A 4Y1DA 4CHYA 3IAYA 2KZMA 4CEDA 2BE2A 3HVTA 5J2MA 1XHZA 5D3GA 1EXQA 1TGOA 3SNNA 4G1QA 1ASWA 4I9LA 3WNFA 1S6QA 5CZ1A 3L3UA 1BL3A 3S3OA 3KK3A 1QSLA 1XI1A 4B9MA 3V1OA 3U3YA 3QNOA 4NCBA 4CGFA 2VG6A 5FROA 4CJEA 3NF8A 3I8DA 4FLUA 3SUQA 3LANA 4O55A 1UAXA 2KFNA 1HMVA 4CHQA 3EY1A 3EZ5A 4DLGA 4ELVA 4IKFA 1RDDA 1K6YA 4CFDA 1LAVA 1ASVA 3KIOA 4KHUA 1S1UA 1LWFA 2HHSA 3V4IA 3BGRA 3NGYA 2B4JA 3NH2A 4BE1A 4F2RA 1JKHA 3QIPA 4Z4FA 1RNHA 4CHNA 3F9KA 2BDPA 3AVFA 1WSJA 3SUOA 1KRPA 4DTMA 2Z1HA 5CY4A 4DU1A 3PO5A 3ITHA 2LSNA 3AVBA 4FK0A 2HVIA 2G8FA 4DFPA 1CZ9A 3DI6A 3AVGA 1JLGA 1QSSA 5FRMA 4FW2A 1EX4A 2YKMA 4E7HA 1SUQA 3CFOA 4I9QA 3AO2A 3NBPA 4E1NA 3OYCA 2E6MA 3I0SA 4KTQA 1WAJA 3T1AA 4C8NA 3THVA 4FK2A 1S1TA 4BWJA 3SQ2A 1S1WA 2Y1JA 1D9FA 1JLCA 4CF0A 1HNVA 3ASMA 2PYJA 4DFJA 4KHQA 2VWJA 2VG7A 4QAGA 1TK0A 3WNGA 4EP5A 4OKJA 1TKDA 3QERA 3ZSOA 2G8UA 4PQUA 3IRXA 3KLFA 3DYAA 4F4KA 2F8TA 3F73A 4HUEA 1JLAA 3V6DA 3TAFA 2FBTA 2X74A 4KKOA 1C0TA 1GOBA 4H4MA 1QS4A 1JLEA 4Z4EA 1JXEA 3ZT2A 2RPIA 5KRTA 3NDKA 4RW6A 3OYIA 3AO5A 4GW6A 2XRIA 4AHCA 3PV8A 1NKEA 3CYMA 4ID5A 3RR8A 3E01A 4DTSA 1TK8A 4OLAA 2KW4A 3QEVA 3RRGA 1RT6A 4DWIA 1NK7A 3AVNA 2HMIA 4LH4A 3C6UA 3MXMA 1D8YA 4OPKA 1VSIA 4RW7A 4KFBA 4RW4A 1KVCA 2I5JA 4HUGA 1JL1A 3TAQA 1VSKA 1S9GA 1Q9XA 2EX3A 4GVMA 4CERA 3ZSQA 1TK5A 4CJWA 2FC0A 3T3FA 2ATQA 2HHTA 5HBMA 2KZZA 1XC9A 4C8KA 4AHRA 3HO1A 3OYKA 1SKSA 4IFVA 3DLHA 1VSEA 2YHAA 3MEEA 2XY5A 3RWUA 5SWMA 1KTQA 3FFIA 3OYEA 4CFCA 4M3WA 1BIZA 3TABA 1QE1A 5HRNA 3QEWA 4KREA 1CLQA 4JS4A 4R5PA 3SV4A 4O0JA 2GV9A 1LAWA 3JYTA 4O0IA 1KCFA 1N5YA 1VSMA 2D5RA 4BE2A 4DS4A 1RT5A 1VSLA 1MU2A 4Z4HA 4DU4A 4DTOA 3QIOA 4CK1A 1NJXA 1VK0A 1KVAA 3OYDA 3VQ4A 1ZBUA 2KQ2A 1SL0A 4N41A 2G8WA 1TAQA 4FK4A 3SJJA 2DTUA 5K14A 3KLGA 3V9ZA 4M3XA 1BISA 3P83D 3SQ4A 3ALYA 2E4LA 3IG1A 4MQ3A 4CEEA 3SQ1A 2YV0X 4DF8A 1J53A 3TR8A 2AJQA 3C6TA 1T03A 2VG5A 4F3TA 3L2WA 4JRPA 4DFMA 3DLKA 4E3SA 5KRSA 4JS5A 1U4BA 1X9SA 1RDCA 3AA5X 2A1RA 4UQGA 4DSKA 1WN7A 4IFYA 5J2QA 4AH9A 3S9HA 2RN2A 2DFEA 1UOCA 2RKIA 4FLYA 1NOYA 3VQ7A 4DTJA 3DLEA 1UA1A 2PYLA 5SZTA 1VSJA 3V81A 4H4OA 4FLWA 3KD1E 4J2BA 4PY5A 2X6SA 4E7IA 4CCHA 4BACA 2JLEA 2P51A 2X78A 4IDKA 3HPHA 3AA4A 5J2NA 3T19A 1NK6A 4B9NA 3WNHA 4W5QA 1NKBA 4B9TA 3LAKA 1LWEA 3AO4A 3VQDA 2YHBA 1S9EA 4CEBA 4CFBA 3KJVA 3PX0A 3NH1A 3ULDA 1S1VA 2GUIA 3MEGA 1EKEA 3LALA 4CF8A 4DLEA 4CGGA 1EETA 2VWKA 3DLGA 4C8MA 4FXDA 4CJRA 4KTWA 5J1EA 1WAFA 4AHVA 3LZIA 1ASUA 3LZJA 4Z4IA 1BI4B 3QESA 1WLJA 3AO1A 4M41A 3LP1A 2HNYA 3OVNA 3KLHA 3TWHA 3KK2A 4B3OA 4XIUA 1J5OA 1JLBA 2ZE2A 3ZT3A 4AHTA 4F8RA 1J9AA 1SV5A 2ZQBA 1TV6A 1RBTA 3O4QA 3PUFA 2IOCA 4CESA 1UA0A 2BGGA 1TKXA 2D0BA 2BANA 1RTHA 3K5OA 3L2RA 3QEXA 1TL1A 3SV3A 1NK8A 3OYGA 1JLQA 1RT4A 1SL1A 2G8HA 4FJ9A 5CZ2A 4M42A 4CJVA 4W5TA 4CJFA 5FDLA 4CJSA 3DLRA 4DMNA 1C0MA 4HTUA 1LW2A 1T8EA 1HNIA 2HHWA 5HP1A 3NF7A 3SPZA 1A5WA 3O3FA 4Q5VA 3SI6A 1L3VA 2G8VA 2OPRA 3CG7A 2HW3A 4DS5A 3OJUA 1D9DA 2D0CA 3VA0A 4GMJB 1RT2A 4DTNA 1HQUA 1BGXT 1HJRA 3M8QA 4FM1A 1U04A 3RR7A 4FJKA 2ETJA 5DK5A 1ITGA 1B9FA 1S6PA 3LPTA 4RW9A 4AHUA 1HQEA 4Z4CA 3OYHA 3TAMA 4DQSA 1NJWA 3OYBA 3HPOA 5JS1A 4DSFA 1QHTA 1RBSA 4KTZA 1RTDA 4EZ6A 2HVHA 1CXUA 1IH7A 3AO3A 3KKSA 4B8AB 4KAZA 1C1CA 3IS9A 4PWDA 1WSGA 4FJMA 1WSEA 1YTUA 2Z1IA 1C1AA 1HRHA 4OPJA 3ZSXA 4LH5A 3M8SA 1B9DA 3HPGA 3VQ5A 4FJHA 4I7FA 3L8BA 3B6OA 3OS1A 4DG1A 3OYJA 1XHXA 3DRSA 3TI0A 2PY5A 4IBNA 3S3MA 1HYVA 4BE0A 4ELTA 4J2AA 2YKNA 1VSHA 1LV5A 1RDBA 2YNGA 1QSYA 4KI6A 2E6LA 4DTPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A5NC 1D5AA 2J4RA 3O9TA 3ZX0A 4LSNA 1FW6A 4C8LA 2IS3A 4CGJA 2KTQA 4FJGA 4AHSA 1HYSA 1KC8O 3DM2A 3DJCA 5DMRA 3W0LA 3GG4A 1BCMA 4W5OA 1T44A 3NGZA 3I56N 3SLCA 3G0ZA 4NB4A 4C23A 1VQLN 3AVKA 2ASPA 4GV9A 4FLXA 3D2EA 3SYZA 1IKWA 1SZ2A 2YX6A 4CJTA 3SK3A 4EZ9A 2E2QA 1CXQA 3VEXA 2D4WA 2QM1A 1SAZA 3B6PA 4YOVA 3OJSA 4OGCA 3CC7N 2HHQA 1WBDA 2P9SB 2PFUA 3ATVA 2GUPA 4DV1K 4A62A 4E7KA 2QWQA 1KFDA 5JMVA 4FJJA 1KAXA 3AVAA 4CJ4A 5I9EB 4JLHA 4KV8A 4NXNK 5F2RA 4BR4A 1X3MA 1Q18A 2JWKA 4HCBA 2F9WA 2E1YA 4Z4GA 3MCAB 1MWMA 4CK2A 3VA3A 1I39A 3AVHA 3TAEA 2P9NA 4CEAA 1YHQN 4XH1A 4BR7A 4LSLA 3M5RA 3LDSA 3HXMA 2YHWA 3U8XA 4XEIA 1QVFM 3CPWM 1KSPA 3VEZA 3MECA 4H5NA 1YJNN 4BRAA 4H5TA 1K8KA 3CMAN 4BVPA 4ZTJA 5JS2A 4B3SK 4CVNE 3G6EN 1LW0A 4UY8O 1TYQB 3SUPA 1IKXA 4FVMA 1VQMN 3ULEA 2W41A 1N6QA 1G15A 1BI4A 5C24A 4DTRA 3U3GA 1HNXK 3LM2A 5I42A 2P9IA 1REVA 1GLEG 4ILGB 3DLLL 4W5RA 3HM9A 4B9UA 1OVYA 5EXWA 4K41A 4WFAL 2OTLN 5BREA 1FK9A 4KB0A 1RGIA 4H0OA 4OKKA 4CHPA 2W42A 5HRRA 2HHVA 1NK4A 4IO9L 2VCPA 4OLBA 4JKGB 4J2DA 3IFRA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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