4CIGA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
152
structure length
147
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 147
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cigA00
2OPQA 4CJLA 4CEBA 2FBTA 3S9HA 2KFNA 4FJMA 3NDKA 1IKXA 3LAKA 1BIUA 3VQ9A 4C8NA 1D5AA 1JLQA 3KK2A 4PQUA 2A1RA 1SL1A 4CCHA 4CJWA 2XY8A 1KRPA 4FLWA 3F9KA 3OYKA 4I9LA 3OYBA 4KV8A 1RTIA 1S1TA 4RW7A 4B9UA 4F2RA 3ASMA 3AVIA 1WLJA 3HP9A 4HHTA 1S6QA 3DM2A 3KK1A 3TABA 3ZSVA 3V9ZA 4LSNA 4FLZA 1JLEA 3NF7A 3K59A 4DQPA 2PYLA 4FJNA 4HCCA 1Z26A 3ZT0A 2XO7A 1N6QA 4GMJB 5CYQA 2R7YA 1SV5A 1R0AA 1D9FA 2JGUA 2KQ2A 3VQCA 1YTAA 4KHQA 2OA8A 4CGFA 4DTSA 1QTMA 4CJSA 5KI6A 4L8RB 4B9VA 2G8UA 3K2PA 2VWJA 4CJRA 4DLGA 1U48A 1RT6A 1L5UA 2OZSA 3ITHA 1WSEA 4RW8A 4LH4A 4WE1A 4BWJA 3VQ4A 1B9FA 4Y1DA 3TARA 4M42A 4KHWA 4KTWA 3VQAA 4H4MA 4BWMA 2Y1JA 3RMAA 1QE1A 1WSFA 1VSIA 2DFFA 3QIPA 3KK3A 3AVAA 4IG3A 1G15A 3O3FA 4O5BA 3OYMA 1NOZA 3S3NA 3LPTA 4JRQA 3RMCA 4DSIA 4FLTA 3LANA 1X9SA 1J9AA 4OGCA 3HT3A 1NKEA 1L3SA 1KFDA 2RN2A 3KKSA 1WNSA 4HVJA 3SJJA 3OYFA 3SV3A 1VSJA 3L8BA 1KVBA 3NH2A 5J2NA 1RDBA 4DTRA 4F8RA 3TAQA 2G8VA 3L2UA 1KLMA 3MAQA 3H08A 3DLGA 4DTPA 2GUIA 2P5GA 3K5MA 2OZMA 4FZXC 3QINA 5HRSA 4PUOA 4LD0A 4AILC 4Q5VA 4M41A 4BDYA 3T19A 3G10A 3HYFA 4FLYA 3PY8A 1WSIA 4E7HA 2DTUA 4Z4IA 3HL8A 1RCHA 4CGDA 1Q8IA 1QSSA 2OPSA 3AVGA 3BDPA 3V1OA 4CFAA 4CF2A 2XRIA 4CHYA 1NK0A 1LWEA 1HQEA 4KHSA 1REVA 1EKEA 1HYVA 3AA4A 3M8RA 1RBRA 1T7PA 4B9LA 4M3TA 3WNGA 3MXIA 2HNDA 3AA2A 3O3GA 1VSMA 3KLHA 1UA1A 3HVRA 3OYDA 3TR8A 2RPIA 2QKKA 2BGGA 1RTDA 4O4GA 5FDLA 4RG8A 3VQ6A 3VN5A 3V81A 1A5WA 2FBYA 4NYFA 4RW4A 3S3MA 4BACA 1EX4A 1C1CA 2Z1IA 3OYEA 2QK9A 1KSPA 1LWFA 3ULDA 1BCOA 1QSLA 4FZYA 2O4IA 4CE9A 3G0ZA 4B8CA 4DFMA 4M3WA 4H4OA 3NGZA 3AVNA 4PA1A 4DLEA 5HP1A 3QLHA 1B9DA 3C6UA 3QEXA 4DQRA 3LP3A 4DFKA 1NK4A 3SQ2A 4ELVA 4O55A 3C95A 4AH9A 3QEIA 4LSLA 4FJKA 1FKOA 1NK7A 1S1UA 3E01A 3LZIA 3LPUA 1T05A 1KLNA 2G8HA 4DSJA 1RT5A 1RT4A 1ZYQA 1GOBA 1BGXT 1RBSA 1ZBUA 3V1QA 3TWHA 3WNEA 4CJQA 4DU1A 3O4QA 4YFUA 1J54A 4FW1A 4AHVA 1ASVA 1CZBA 3ZSXA 3V9SA 3LP1A 1W9HA 1L3TA 3SUNA 4C8LA 4IFYA 3SI6A 4I9QA 1RILA 1Z25A 4Y1CA 2DY4A 4OPKA 1TAUA 4FK4A 4EP4A 4MQ3A 3LP2A 3HSTB 4CJFA 4DQQA 4J2DA 3AA3A 3SCXA 3ZT4A 1B92A 1TL1A 2B6AA 2IOCA 3AVMA 3LDSA 3CQ8A 3SUQA 4ID1A 4RW6A 3DLHA 4F3OA 2P51A 4KHUA 4DFPA 2KZMA 3T3FA 3K58A 2YNGA 2HNZA 2HMIA 3ZSQA 2QXFA 4EP5A 3OYLA 3HP6A 1GOAA 1U45A 2OYQA 3TAFA 2D5RA 2P1JA 3MXMA 2FC0A 4DSEA 2HHWA 1WSHA 2E4LA 1TKTA 1ZBFA 4CIGA 4CJKA 1JL2A 4W5RA 2G8FA 2HVHA 1SL0A 5HBMA 4DF8A 4M3ZA 2F8TA 1VSHA 2YV0X 3CM6A 4CEQA 1ZBHA 4JS5A 4FJGA 3OYNA 1YT3A 4FVMA 4DMNA 3NE6A 1S9GA 4CHPA 5J2MA 3QEWA 4NCAA 3K5LA 1RTHA 1SKWA 1JXEA 3D0PA 3L3UA 3A2FA 4FJJA 5JS2A 1FK9A 2ZE2A 3WNHA 1J53A 3AO3A 5I42A 1CXUA 1NK9A 4CHQA 3RWUA 4OLBA 3BGRA 4RW9A 3ISNC 5KTQA 1BQMA 4CIFA 3QIOA 5DMRA 4ID5A 4UQGA 1LW0A 3HPHA 4R5PA 1NKBA 3ZSRA 1SUQA 3U3GA 4E1MA 4N76A 2ITGA 3QNOA 1BIZA 3DRPA 2NUBA 4IDKA 3NH1A 3HJFA 5JS1A 4MFBA 1NJYA 3OS2A 2WOMA 3DLEA 4FJ8A 2KFZA 4NCGA 2Q3SA 2HVIA 2ETJA 3D45A 4CIEA 2EX3A 3M8QA 3OYJA 1RBVA 4IBNA 4DWIA 1I3AA 4CHOA 3AVJA 3QESA 1X9MA 5T7BA 4HUGA 3THVA 4H8KA 3TI0A 4FJ9A 4KHNA 3NF6A 2HW3A 4F3TA 4E19A 4CJVA 2DFEA 1IG9A 5HRRA 3FFIA 3VQQA 5KGXA 1CXQA 4N5SA 1RDCA 3OS1A 1U47A 2BE2A 3CFOA 3C6TA 4CEEA 3UIQA 4FXDA 3HM9A 4BE1A 1WSGA 4ZTJA 3NH0A 4OVLA 3U6FA 3IRXA 1TAQA 4IG0A 1TKZA 4DSFA 4FJLA 4NYNA 3AO2A 4CGGA 4W5OA 1L3VA 2FBXA 5C25A 3SV4A 3TANA 3NFAA 3PUFA 4CF0A 2XY5A 3RRHA 4FCYA 1QSYA 4DFJA 3TAPA 4KAZA 4JLHA 1CLQA 5E41A 4Z4GA 1TGOA 5J1EA 4F4KA 1LW2A 4OKKA 1WN7A 4AHCA 4CK3A 1VSDA 4DTJA 3SQ1A 3VQPA 4B08A 4B3OA 4CJUA 2OPPA 2IC3A 3TAGA 3ZSYA 1TKDA 2HHUA 3V4IA 4E7LA 1JKHA 1YTUA 1HNVA 1JLAA 3HXMA 2PY5A 1FKPA 3AO5A 3O4NA 3TAMA 3K5OA 4E89A 4TSXA 4CHZA 5J2QA 3U3YA 4CK1A 2O4GA 1A5VA 5KGWA 4CECA 3VA0A 4CJ4A 3V9XA 4DSKA 4FM0A 5CYMA 1D9DA 1S5JA 5J2PA 2X74A 3LALA 2YKNA 4DS4A 4GW6A 4CEFA 1RNHA 2Z1JA 4FLUA 3AVCA 1RTJA 1ITGA 1TK5A 3KIOA 3ZT1A 3PX6A 5FRMA 1TKXA 4GVMA 1EETA 1U04A 3OS0A 2BDPA 3QO9A 5DK5A 3KD5E 1BHLA 1WAJA 4W5QA 3KJVA 1I39A 3NGIA 3MEEA 4HTUA 3NCIA 3MECA 1VSLA 3DYAA 2B5JA 4LY7A 3SUOA 2X78A 1HMVA 4YNQA 1K6YA 4IFVA 3L2VA 4KI6A 4ZTFA 4AHSA 4CJ5A 2YHBA 3AV9A 1VRTA 3EZ5A 3PX0A 3DMJA 3OYHA 1C0MA 1NK6A 4QOZB 3VQDA 2YKMA 4DU3A 4E0DA 1RT2A 5C24A 4ZHRA 3NF9A 1UOCA 5I3UA 4CFBA 1JLBA 5CY4A 1VRUA 1Q9YA 1RT7A 4HUEA 2VWKA 4CESA 3LWLA 2YHAA 2EHGA 3JYTA 3DLBA 4OKEA 4KB1A 4OLAA 1SKRA 1IKVA 2JLEA 4Z4EA 2E6MA 2YNHA 3CFPA 4PWDA 3IAYA 1C6VA 3K57A 4M3RA 4C8OA 4KB0A 5FRNA 4O44A 3L2QA 2X6SA 3SUPA 3KTQA 2HHXA 1VSKA 3P83D 4J2EA 1C0TA 1SL2A 4M3YA 1RT3A 1MU2A 3AVHA 3ZT3A 2PYJA 4C8KA 2F8SA 4N41A 2E6LA 3LAMA 2XHBA 3OY9A 2Y1IA 2IGIA 3OJSA 4QCLA 1A5XA 4AHRA 3HO1A 3KLIA 3WNFA 3KLEA 1C0UA 4DSLA 4HUFA 2PZSA 1QS4A 1JLCA 1D8YA 1U49A 3LP0A 2BANA 2XY6A 4JS4A 2A1SA 2ZQBA 1HRHA 1ZBLA 1RBTA 3ZSWA 2HB5A 3K5NA 3P5JA 4DQSA 4DTOA 1T8EA 4DQIA 1HJRA 1DTQA 4FM1A 4E7JA 2D0CA 3AA5X 3ZSOA 2HNYA 4Z4CA 4E7IA 1S1WA 1X1PA 4AHTA 3I8DA 3F73A 1HQUA 3B6PA 3JSMA 1HYZA 3EY1A 4EZ9A 3DLKA 4CGHA 4CHNA 3QEPA 4KHYA 1X9WA 3VQEA 4CFDA 3AVFA 1WAFA 4OGEA 5HRPA 3SQ0A 3AVBA 1RT1A 4ELTA 1ZBIA 1W0HA 3L3VA 4DTUA 3VA3A 3OYCA 1JXBA 1N5YA 2Z1GA 1O1WA 3ALYA 1XWLA 2FBVA 5EU7A 4CJTA 2GBZA 4LH5A 3AO4A 3LZJA 3O3HA 1TK8A 3V6DA 4KTQA 4FLXA 1UA0A 2G8WA 1XC9A 3IG1A 3SYZA 1IKWA 4DG1A 1IH7A 4BE2A 2RF2A 1J5OA 3RR8A 4FJHA 3NBPA 4FK2A 4W5NA 3KLFA 1KCFA 1KFSA 1NJXA 3M8SA 1LAVA 4AHUA 4JRPA 4KRFA 4OPJA 3TAEA 3NAEA 1F21A 3VQ5A 5SZTA 3V9WA 4KFBA 4CEAA 2X6NA 1TV6A 1JLGA 3VQ8A 4DTNA 4J2AA 4E7KA 4FK0A 2HHSA 3SZ2A 4KPYA 4OKJA 3CYMA 4CF1A 4OJRA 1C1AA 3QETA 1NJWA 3HK2A 3V1RA 4CEZA 1BQNA 1SKSA 4FM2A 3OYGA 3OJUA 4NCBA 1IKYA 1QHTA 1DTTA 3DI6A 1U4BA 3KLGA 3RTVA 2LSNA 3QEVA 3CFRA 4K8XA 2ATQA 2D0BA 4BDZA 3QNNA 4DS5A 1XHXA 1LAWA 4KKOA 1BCMA 3SPYA 3RRGA 4Z4FA 4KREA 1L3UA 1BI4A 2XY7A 2DFHA 3I0SA 2AJQA 2IS3A 5K14A 4CEDA 3SPZA 4ICLA 4W5TA 1KVAA 3HVTA 3LWMA 1JL1A 4B8AB 3PO5A 4J2BA 2KW4A 2P5OA 3VQBA 4E3SA 2G8IA 2YNIA 2KZZA 4DTXA 1HYSA 4CF9A 4E1NA 3HPOA 4EZ6A 5CZ1A 3PX4A 1RBUA 5C42A 1TK0A 4CJ3A 3NHGA 3CM5A 2OPRA 4DF4A 3S3OA 4FZZA 2VG7A 1WSJA 4F2SA 3MEGA 1TL3A 4Z0UA 4CK2A 2VG5A 4CGJA 1UWBA 3C94A 4M45A 4FJ7A 4CJEA 1YVUA 1KTQA 4CEOA 1JLFA 4KTZA 4G1QA 3QERA 2B4JA 4CJPA 4Q0BA 4CERA 3L2RA 3RMDA 2GV9A 4XIUA 5HLFA 1NK5A 1LV5A 4DU4A 2IDOA 4PY5A 3PO4A 2IAJA 5FROA 4N56A 2VG6A 4KO0A 1S1XA 4BDPA 2HHQA 1S6PA 3V9UA 3DRSA 4BE0A 2Z1HA 1GOCA 4M3XA 3P1GA 1HPZA 4IKFA 4FJXA 2HHTA 1BI4B 2YNFA 1C1BA 1S1VA 4I7FA 1QQCA 1UAXA 3NF8A 3AO1A 1RDAA 3SQ4A 1KVCA 1FXXA 3SNNA 3KKRA 5HROA 2F96A 4FJ5A 4I2PA 1XI1A 1NJZA 1Y97A 1VK0A 3DOLA 3DRRA 3IS9A 1BL3A 4QAGA 3B6OA 2D0AA 4O0JA 4DTMA 1NKCA 2G8KA 3NGYA 4C8MA 4FYDA 1CZ9A 1EP4A 1VSFA 2RKIA 4Z4HA 5HRNA 3AVLA 4O0IA 1XHZA 4HCBA 4KI4A 1IO2A 4CGIA 1ASUA 1EXQA 4B9NA 3PV8A 4B9MA 1NK8A 3CG7A 3ZT2A 4CFCA 4FLVA 5SWMA 4B9TA 3DOKA 4M3UA 5KRTA 1HNIA 5CZ2A 4N47A 3OYIA 3L2WA 1RDDA 3HPGA 2QKBA 3VQ7A 3ZCMA 4FJIA 3AVKA 3M8PA 2I5JA 1T03A 2HHVA 1S9EA 3DLRA 1ASWA 3OVNA 3ZSZA 2ZD1A 3RR7A 3MXJA 1NOYA 4ELUA 3T1AA 1DLOA 4I2QA 1BISA 1VSEA 3EYZA 1Q9XA 2W42A 2WONA 3OYAA 4FW2A 5KRSA 1TVRA 4K8ZA 3KD1E 2KTQA 3RMBA 5D3GA 4CF8A 3I0RA 4B9SA 1LWCA 3MEDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OPQA 4CJLA 4BRKA 3S9HA 3NDKA 1BIUA 2E1YA 4C8NA 1JLQA 1H1VA 5FLXO 1VQLN 4CCHA 5LY3A 3OBYA 3HP9A 1DEJA 1S6QA 3KK1A 3ZSVA 4FLZA 4DQPA 3K59A 2PYLA 5ADXA 1Z26A 4GMJB 4BR2A 2R7YA 4X66K 1SV5A 3OBWA 1D9FA 2JGUA 3VQCA 4KHQA 1C0FA 4CGFA 1OH6A 1QTMA 1VQ7N 2E88A 4CJRA 4LH4A 4WE1A 1WOQA 3VQ4A 4BGBA 4DUZK 4FWKA 4BRQA 4JEPA 4H4MA 2Y1JA 3R1XA 5AJ3K 4PL8A 1XC3A 1GLCG 2BH1A 4O5BA 3OYMA 2NRHA 3L0QA 4JRQA 3O9QA 3AAQA 2ZJQL 3LANA 4B1UB 3HT3A 1KFDA 3VEOA 2GUPA 4HVJA 3ZETA 3OYFA 3SV3A 3L8BA 3O1BA 3NH2A 4DTRA 4F8RA 2G8VA 3L2UA 3H08A 1SZ2A 3K5MA 4DV5K 4HWIA 2ITMA 4Q5VA 3T19A 4B1YB 2GEMA 4CI6A 2OPSA 3WQUA 3AVGA 3BDPA 2JWLA 5KPRA 1HYVA 3AA4A 3M8RA 1RBRA 1T7PA 3WNGA 3O3GA 1VSMA 4ISEA 1YI2N 3KLHA 3HVRA 4BRLA 3OYDA 1RTDA 4O4GA 3O9RA 3VN5A 3R8EA 4ISFA 4EHTA 4BACA 2HOEA 4RCHA 5LJVA 1LWFA 2HHHK 1NGJA 1NNEA 1HNXK 3ENOA 4CE9A 2BTFA 4B8CA 4JI8K 4DQRA 3LP3A 3QEIA 4FJKA 1S1UA 5HL7L 4DSJA 4JKDA 4AM6A 3MN9A 1BGXT 1RBSA 5AQIA 3WUHA 4DU1A 1GLFO 3HRGA 4FL9A 1J54A 4FW1A 4A57A 1ASVA 4O5FA 3ZSXA 3BP8A 3LP1A 4C8LA 2P9KA 5EVZA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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