4CJKA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjkA00
3VQ8A 1KTQA 3AVFA 3QEXA 3CFRA 3IRXA 4KHNA 4FJ9A 4E89A 4F2RA 4BE2A 4J2EA 4CEQA 4CCHA 3O3GA 4QOZB 3NDKA 4AHUA 4Q5VA 3ISNC 4M3TA 4AHRA 3ALYA 4FJLA 4DQPA 2E6LA 3TAPA 3VQ6A 4NYFA 2JLEA 4CESA 3K5NA 4XIUA 3ZT3A 1CZ9A 4HUEA 1RDDA 2XY5A 3QNNA 1TAQA 3E01A 4CGJA 3LP1A 4FVMA 4FLXA 4J2BA 4OLBA 1B9DA 3RMBA 1CLQA 4KHUA 1T7PA 4CFCA 3OY9A 1VSIA 4PQUA 3OS1A 3MXMA 4B9VA 4E19A 3SI6A 4EP5A 5KRSA 1BISA 4CGIA 5KTQA 2ITGA 4OGCA 3AVLA 1W0HA 2E4LA 5FROA 4KAZA 4FK2A 2HVHA 1GOAA 3NF6A 1SL0A 4B9MA 3M8RA 1TAUA 2Q3SA 4B9SA 3LP2A 3T1AA 3NBPA 3KKSA 1RBUA 4HTUA 2ETJA 3S3NA 1KRPA 1TK8A 1YTUA 3MAQA 4MFBA 1UOCA 4CGDA 3AO5A 4HCBA 3NF8A 1HMVA 1NOYA 1KLMA 1GOBA 2P5GA 3QETA 2VG5A 2FBYA 2HHVA 3KKRA 4DTOA 1UA1A 1JL2A 3AVHA 3DRRA 4ELVA 3V1OA 4FZXC 4FW1A 4CEEA 1VSJA 3QEVA 1ITGA 5KGXA 4QAGA 1BL3A 2JGUA 1ASUA 3B6OA 2DFHA 2HHQA 3OJSA 4N41A 2RF2A 5SWMA 2F96A 4DTPA 3LAKA 4LSNA 4LH5A 1WSIA 4B9LA 4FJ5A 2X74A 3AVCA 4GW6A 5JS1A 4CGGA 3SQ2A 5EU7A 2G8UA 1NK4A 3RRGA 4E7JA 3WNGA 4I2PA 3K5OA 3VQAA 2P5OA 4FM0A 1U04A 2IC3A 4E0DA 1JLFA 3THVA 5FRNA 1T05A 4DG1A 2DTUA 3P5JA 1MU2A 4M3UA 3NF9A 4KTZA 3LPTA 4CF2A 1TKTA 3C6TA 4CIGA 4W5QA 3OS0A 4DTSA 1L3VA 4O5BA 1HYZA 3QINA 1QE1A 4FJIA 3VQCA 3KLIA 1CXQA 3VA3A 4F3TA 1ZBFA 2B5JA 3L2UA 1VSDA 4AHVA 4FJ8A 2ZQBA 1RT3A 3QIPA 4M3XA 5HRPA 1S6QA 3SZ2A 3ZSQA 3VQBA 1RILA 3HPGA 4I2QA 2XY8A 1FKPA 4E1MA 3MEEA 4B08A 3OYKA 2F8TA 3B6PA 1RDAA 3SUOA 3ZSRA 1Y97A 1XWLA 3V9ZA 2KW4A 1HNVA 3BDPA 4Z4EA 2BGGA 2QK9A 2VG6A 1RTIA 3RRHA 3OYEA 2FC0A 3CM5A 4NCAA 3D0PA 3V6DA 2IOCA 3K59A 2BE2A 3D45A 1VRUA 2YKNA 5J2QA 2Y1IA 3TAMA 4OKKA 1U48A 2VWJA 3HK2A 3PY8A 1SV5A 1G15A 3HSTB 3VQQA 1DTTA 4CEFA 1T03A 3ZSOA 4HUGA 4FJKA 3OVNA 2OZMA 1KVAA 4FLYA 3KK2A 4N76A 4RG8A 2OPSA 4CJUA 1J9AA 2YHAA 2HHSA 1X9SA 1NK9A 1SKSA 2G8IA 1XC9A 3VQPA 3QNOA 4CE9A 4AILC 1HJRA 1TKDA 1RCHA 1RT7A 3KK3A 1BCOA 1ZBIA 3IAYA 4DS4A 4LH4A 1U45A 4IFYA 4CJEA 4CERA 4LY7A 4CF9A 4IG0A 4KI6A 3QIOA 1CZBA 5FRMA 4B9UA 4KHYA 3NFAA 1IKYA 1RBVA 4O44A 1S1TA 4DTUA 4IKFA 4M42A 2OPPA 3I0SA 3OYBA 4C8OA 2G8WA 1N5YA 3LP0A 3DOKA 3SUQA 1W9HA 3PX4A 3SJJA 1RT1A 3G10A 1SKRA 3OYDA 2W42A 4FJGA 2HVIA 1EETA 3DI6A 4BWMA 4DFJA 5HBMA 1NJWA 2PYLA 4J2DA 1C6VA 1VSKA 4CJSA 4WE1A 4O0IA 1WAJA 2I5JA 4Y1DA 1NJYA 3V4IA 1D9FA 3VQ7A 2ZE2A 2FBXA 3AO3A 3OYHA 4FJHA 4O55A 4AH9A 1RDBA 3K57A 3C95A 5CYQA 1R0AA 3TWHA 4BWJA 3OYJA 1VSMA 1C0UA 5HROA 4CEAA 4F4KA 1RTJA 4ID1A 4KKOA 4E7IA 3O4NA 4AHTA 3SPZA 4W5NA 3ITHA 4JS5A 3RR8A 1BI4A 2HHWA 4Y1CA 1LWEA 4DFMA 4M3WA 4E7LA 4HUFA 1QSLA 3PUFA 2PY5A 1IKXA 4LD0A 4CJ5A 1VRTA 1D5AA 1HQEA 2EX3A 3P83D 4H4MA 4RW9A 4N47A 4KI4A 5E41A 2HB5A 4M45A 3OYLA 3AVBA 3DRSA 1SL2A 4KB0A 4KRFA 1RT2A 3VA0A 4O0JA 4DQQA 1BGXT 3L3UA 4CGFA 3MEDA 3CM6A 4W5RA 5K14A 4FJXA 4OKJA 3M8PA 3RMCA 2XHBA 1ASWA 3BGRA 2E6MA 4CJLA 1TL1A 3LDSA 2HHXA 1VK0A 3VQ5A 4DU3A 1U47A 2BANA 3CG7A 4Z4CA 3TABA 1L5UA 1HQUA 3M8QA 2D0AA 5CYMA 3S3OA 4CHQA 2RKIA 3QO9A 4N56A 5HLFA 3VQ4A 1HNIA 4ID5A 1ZBUA 2VG7A 4DLEA 2YKMA 4OVLA 4JRQA 3C94A 4DSEA 2KZMA 3AA2A 3NGIA 1GOCA 3L2VA 1D9DA 3HL8A 5DK5A 1C1CA 1HPZA 3SV4A 1KSPA 4BDZA 5KRTA 2KQ2A 3DRPA 5C42A 2HMIA 4DTXA 1S6PA 5HRSA 4DS5A 4ZHRA 3U6FA 3S3MA 3LWLA 3NH1A 1S5JA 1XHXA 3DLHA 3HJFA 1SUQA 4Z4GA 3DLRA 1WSFA 1RTDA 4M3YA 2F8SA 1QQCA 3NE6A 1NOZA 4OLAA 1KLNA 1RTHA 4Z0UA 5JS2A 1EX4A 3NCIA 3KIOA 1NK7A 1NK0A 3PO5A 4F8RA 4IBNA 1T8EA 1WSHA 4CEOA 4R5PA 2OZSA 1BHLA 3L2QA 4NCGA 1FKOA 2DFEA 2IS3A 3OYIA 4FLUA 1RT6A 4FLVA 1U49A 4E1NA 2YV0X 1WSJA 3DM2A 3RMDA 2GV9A 4KB1A 3HO1A 1EXQA 4CJQA 3O3FA 4M3RA 5CZ2A 1L3SA 1CXUA 1I3AA 2G8FA 1C1BA 1EP4A 1S1XA 1YTAA 4I7FA 4DQSA 3ZSZA 4G1QA 3T19A 2RN2A 4DMNA 2PYJA 4FXDA 4FW2A 3AO1A 4EZ9A 4DU1A 3ZSYA 3SQ4A 1QTMA 3EZ5A 4MQ3A 4ZTFA 1J54A 3OYFA 1Z26A 3VN5A 4B8CA 4YNQA 3KJVA 4FLZA 3V9UA 3AA5X 1TVRA 4DFPA 3TAQA 3V81A 3RR7A 4FZYA 4FJNA 5KGWA 1ZBHA 4FYDA 4EZ6A 1LW2A 4CJ4A 3AA3A 3KLHA 2ATQA 3DLBA 4CFAA 1UWBA 3LPUA 3ASMA 3PX6A 4L8RB 4K8ZA 3IS9A 3DMJA 4FLWA 2D0BA 3DYAA 4FCYA 4CJ3A 2LSNA 4PA1A 3OYCA 3ZSVA 1S9EA 2X78A 3LP3A 4C8KA 1JLCA 2GBZA 3MECA 4JLHA 4O4GA 3F9KA 3VQDA 1QHTA 1WNSA 1JLGA 3ZSWA 3HM9A 4OGEA 3AVNA 4DSKA 1XHZA 1TV6A 1TK5A 4RW7A 1IKWA 1YT3A 1C1AA 1JXEA 3KLFA 2Z1HA 3SNNA 1RDCA 2G8KA 3KD5E 1A5WA 1JLAA 4PWDA 2D0CA 2P51A 3WNFA 1BIZA 2KFNA 4N5SA 3VQEA 3RMAA 2HNYA 1JLEA 3PV8A 4DTNA 3PX0A 4I9LA 2HNDA 5CZ1A 3S9HA 2WONA 3U3YA 5J1EA 3TANA 4FLTA 2YHBA 1QSSA 3K58A 4J2AA 3WNHA 4FM2A 3V9XA 3MXJA 3ZT2A 3OJUA 1TKXA 4KTWA 2IDOA 3SQ1A 4CGHA 4KHQA 2OPQA 1TK0A 4CK3A 2VWKA 1WSEA 4CHYA 4HHTA 4Z4IA 4B3OA 1L3TA 3TAEA 3PO4A 3TI0A 1BIUA 3ULDA 1TKZA 3TARA 3OYMA 4IFVA 3HVRA 4B8AB 3L2RA 3K5MA 3DLGA 3JYTA 4DSIA 2R7YA 2P1JA 1LW0A 4BACA 1J5OA 2NUBA 3A2FA 2YNHA 3K2PA 1JLBA 4DQRA 1BQMA 2Z1JA 4CHPA 3MEGA 4RW8A 2XY6A 4Z4HA 4FZZA 2Z1IA 2G8VA 4KHWA 1IO2A 3SPYA 4OPJA 4CF0A 1ASVA 1KFDA 4AHCA 1VSFA 3KLEA 3LALA 3VQ9A 1U4BA 3CFOA 5HRNA 4HVJA 4KV8A 4GVMA 1NKEA 2IAJA 2XO7A 3HVTA 3L8BA 4CHNA 5KI6A 4B9TA 2HHUA 5C24A 3AO2A 4KFBA 4DLGA 1KCFA 1FXXA 4C8LA 1IKVA 1B92A 4DSLA 2KFZA 2AJQA 3HPHA 2HHTA 5FDLA 2KTQA 1WAFA 4CK1A 3LZJA 2KZZA 3H08A 3F73A 1UAXA 4EP4A 3AVJA 2QKKA 3HP9A 2OYQA 1LV5A 4FJ7A 4PUOA 3QESA 4CF8A 4BDPA 1EKEA 1S1UA 2OA8A 3KLGA 3HYFA 3TR8A 3EY1A 4DFKA 1SL1A 1IG9A 3NH2A 1B9FA 1LWFA 4H4OA 4OJRA 5HP1A 4DTJA 2EHGA 4CJRA 3NHGA 4DSFA 2OPRA 1BQNA 4DTRA 3LZIA 1JL1A 3G0ZA 3AVAA 3NGYA 4TSXA 4CJFA 4CHOA 3TAGA 2RPIA 1X9WA 4GMJB 2XRIA 4CK2A 1REVA 1WSGA 3UIQA 1Q9YA 3CYMA 3V9SA 1UA0A 4BDYA 1WN7A 3U3GA 4NCBA 4I9QA 1VSHA 3CFPA 4CECA 4CEDA 3O4QA 3K5LA 2Y1JA 2G8HA 2QKBA 2FBTA 1DTQA 3WNEA 5SZTA 3OS2A 1NKCA 3IG1A 4C8NA 1QSYA 3AVMA 3L2WA 2XY7A 5D3GA 1X9MA 3L3VA 1JXBA 5J2NA 3TAFA 2X6SA 3HT3A 1J53A 3KTQA 5CY4A 1K6YA 4E7KA 4DU4A 3NGZA 3JSMA 3QERA 2B4JA 5T7BA 1KFSA 3ZCMA 1RT4A 3AVGA 3P1GA 3M8SA 1ZYQA 4KTQA 4M3ZA 4QCLA 3KD1E 3RWUA 1LAWA 4ICLA 3AO4A 1RT5A 4Q0BA 3I0RA 3QEWA 3ZSXA 4CEZA 1NJZA 4CIFA 4W5TA 4DSJA 1S9GA 2FBVA 4DQIA 4KREA 4E7HA 1L3UA 3SUPA 3DLEA 4KHSA 5J2PA 4B9NA 4C8MA 3RTVA 1TGOA 3LANA 4CIEA 1Q8IA 3NAEA 1S1WA 2DY4A 1VSLA 4BE1A 4CEBA 3KK1A 1HYVA 1KVCA 1X1PA 1BI4B 4K8XA 4KPYA 1C0TA 2HW3A 4DF4A 3SUNA 1JKHA 1NK5A 1Q9XA 4W5OA 3ZT0A 3QEIA 2PZSA 1HYSA 4Z4FA 1XI1A 3EYZA 3HP6A 3OYGA 3SCXA 1I39A 4F3OA 5I42A 4JS4A 4RW6A 1FK9A 2D5RA 4ZTJA 1SKWA 1NJXA 4OPKA 1LAVA 1C0MA 5C25A 1ZBLA 1YVUA 1VSEA 2O4GA 1S1VA 1BCMA 2B6AA 3NF7A 3HPOA 4YFUA 3V9WA 3QEPA 3C6UA 4BE0A 1HRHA 2DFFA 4IDKA 4H8KA 5I3UA 2BDPA 4DWIA 4FK4A 2A1SA 1KVBA 1A5XA 4FJJA 1JLQA 1IH7A 2Z1GA 4CJWA 4FJMA 3LWMA 3LAMA 3AA4A 4AHSA 4CFBA 4UQGA 3DOLA 3MXIA 3O3HA 4M41A 4CJPA 4LSLA 4FM1A 4CF1A 1NK6A 2YNIA 3NH0A 4CHZA 4F2SA 1Z25A 4E3SA 1O1WA 1NK8A 1WLJA 2X6NA 4HCCA 1F21A 3CQ8A 1A5VA 1QS4A 5J2MA 1NKBA 2A1RA 4OKEA 1DLOA 4CJVA 3ZT1A 1RBSA 3DLKA 4DTMA 4CJTA 4RW4A 2QXFA 1LWCA 1N6QA 3QLHA 2GUIA 3T3FA 4FK0A 1D8YA 4PY5A 2YNGA 5HRRA 4JRPA 2HNZA 3HXMA 2WOMA 1RNHA 3FFIA 3V1QA 4NYNA 4CFDA 2IGIA 3SQ0A 1TL3A 1RBTA 3V1RA 3AVIA 3I8DA 3OYAA 4CJKA 3SYZA 2O4IA 2ZD1A 3AVKA 3OYNA 4DF8A 4KO0A 2YNFA 4ELTA 3AV9A 4ELUA 5DMRA 1RBRA 3SV3A 3ZT4A 4IG3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VCPA 1KTQA 2P9PB 3CFRA 4CEQA 2GWJA 3LL3A 4QOZB 4AHRA 1EWQA 2I7NA 1XQSC 2JLEA 4CESA 3K5NA 1CZ9A 4HUEA 3E01A 4CGJA 1BDGA 3RMBA 3OY9A 1Q7YO 4PQUA 2NRZA 3CF5L 5EVZA 3MXMA 1BISA 2O8FA 3ENBA 1GOAA 5CHIA 2ETJA 4JK9A 4QS8A 1YTUA 1SAZA 4WQ4C 2Q0RA 1NOYA 5EOYA 4G9ZA 1IBKK 2P5GA 3QETA 3A5OC 4DTOA 3JAMO 1JL2A 1LCUA 4CEEA 3R3LA 1VQ9N 2D0OA 5KGXA 4IOXA 1BL3A 4FWQA 4JHDA 3OJSA 2Q36A 2RF2A 2F96A 3OHRA 4LSNA 3RSEB 4FWMA 1IV0A 4B9LA 2X74A 3ZEUA 1K8AO 5AJ3K 4IZ9A 5EU7A 2YHWA 1NK4A 1WBDA 2G8UA 3RRGA 2P5OA 4I2PA 1U04A 4H5NA 1T05A 4M7YA 2DY4A 4L3QA 5C0YA 4CF2A 1VQ7N 2E20A 4W5QA 4DTSA 4FJIA 1VAZA 1QE1A 4GV3A 4BC4A 1X3MA 2VGMA 1V4TA 3QIPA 5HRPA 3ZSQA 3HPGA 1WB9A 1RGIA 2Q1NA 3O4WA 3B6PA 1RDAA 3Q7CA 4CZLA 1Y97A 1XWLA 4JKEA 3V9ZA 2BGGA 2VG6A 1TYQA 3CMAN 3K59A 3CERA 4FWNA 4JKGB 3CC7N 3TAMA 1S3XA 5AQXA 1T03A 4LF4K 4MDBA 4CEFA 1ATSA 4FJKA 2OZMA 3MK6A 1QVGM 1HUXA 5LJWA 3OTOK 4JKFA 1X9SA 3QICA 2NRRA 1RCHA 1BCOA 1ZBIA 3IAYA 3MN9A 4LH4A 4CJEA 4CF9A 4LY7A 4IG0A 3QIOA 1IKYA 4M42A 4DTUA 3I0SA 2YJFA 2D1KA 1ZXOA 3SUQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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