4CJQA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjqA00
2KW4A 3NH0A 1HNVA 4E7JA 3LALA 4FLZA 4E7KA 4Z0UA 4WE1A 1SL2A 4IDKA 1RBSA 3QLHA 4Z4GA 3ZSQA 1X9SA 4CHQA 4TSXA 2Z1JA 3NF9A 3DRSA 4Y1DA 5K14A 4DTJA 4EP4A 2E6MA 3P5JA 4DTNA 1SL0A 4FJJA 4N76A 2HW3A 4KHUA 1XHZA 3AVHA 3DOLA 1U49A 4DSJA 1S6PA 3KLIA 3AA3A 3OYCA 3ZSXA 1WN7A 2O4GA 2OZMA 3K5LA 3SCXA 4H8KA 2G8VA 4K8ZA 1FKOA 3ZT4A 4OVLA 3PV8A 4RG8A 4N47A 2X78A 1QE1A 3NF8A 1T03A 1RDCA 3M8RA 4HTUA 4ELVA 4CHPA 2XRIA 2VG7A 4CGHA 3V4IA 5DMRA 1BQNA 3C94A 3M8PA 3WNHA 4AHTA 4RW7A 1IKYA 1LAWA 4AHUA 2XY6A 3NGIA 3AVGA 5JS2A 3QEWA 1TKDA 4YNQA 1Q9XA 5CYQA 5DK5A 4NYNA 3RRHA 4DFKA 4ELUA 2D0BA 4FW1A 5C42A 3NH2A 3V6DA 1D9DA 3DRPA 3OYDA 3M8SA 4KHQA 1HPZA 5KGXA 1WSFA 4FM2A 4FLVA 1IKVA 3DM2A 5J2NA 2FBTA 4KHNA 1IKWA 1IG9A 1FXXA 5HRSA 3NFAA 2IS3A 3RWUA 4Z4IA 2BE2A 3RRGA 3QESA 2Z1HA 4FLYA 1VRTA 4FVMA 4PUOA 3C6UA 4CIGA 3OYBA 4DTRA 1VSLA 1SV5A 4HUFA 2XY5A 1HRHA 3C95A 4HHTA 4EP5A 4FLXA 4M3UA 4BWMA 1HNIA 2KTQA 1TAUA 1YTUA 3AVBA 4YFUA 4F4KA 1U48A 3OJSA 4DLEA 5SWMA 2Z1GA 3NH1A 3MEEA 4GVMA 3AVMA 3NF6A 3IS9A 4LSNA 3U3GA 1F21A 5FROA 3QNNA 4CGFA 1RT5A 1NJYA 2VWKA 3ZSOA 2D0CA 5KGWA 2F96A 5C24A 1EETA 2RF2A 4ID1A 3CQ8A 1NK4A 1QSSA 2BGGA 4B9UA 3FFIA 2HMIA 1GOAA 2G8HA 1BQMA 1LWCA 3LP3A 3KD5E 5HRNA 4IBNA 3HPOA 1TK5A 4CF8A 3DLGA 1UOCA 1JLAA 3EZ5A 2HHVA 1G15A 3V9UA 5KTQA 4H4MA 4OKJA 2G8FA 2R7YA 5CY4A 1KLMA 1C0TA 4HUEA 3TAEA 3OYKA 2YV0X 1D5AA 5C25A 1KVCA 2D0AA 1NJZA 1TVRA 4DMNA 4KKOA 3V1OA 4HCBA 5FRNA 4PWDA 3T19A 4OKKA 4M41A 4M45A 5KI6A 4KO0A 3VQ5A 3VQBA 3RMAA 1NK8A 4FJ5A 2QKBA 4DU4A 4FJLA 3SV4A 3VQCA 4O5BA 1HYSA 3PO4A 5J1EA 4I9QA 3AO2A 1VSMA 3VQAA 2I5JA 3SYZA 4CF2A 3QIPA 4FK0A 3K2PA 4OGCA 4FCYA 1BI4A 4OGEA 3PY8A 5T7BA 4B9TA 4FLUA 3SI6A 1U4BA 1J9AA 4IG0A 4CJ4A 3D0PA 3SUOA 1GOCA 2KQ2A 3RTVA 1JL1A 4M42A 3NF7A 5HRPA 5I42A 1I3AA 3L2WA 4OLBA 1S1XA 3SV3A 3K5MA 4UQGA 2DTUA 4FLTA 3S3MA 4DSEA 4E7LA 3L2UA 3NHGA 3MAQA 3OS1A 3OS0A 3HVRA 4KFBA 1X1PA 4NCBA 1YTAA 3G0ZA 4Z4FA 1Q8IA 3AO1A 1TL3A 3B6OA 1CXQA 3ZT1A 4HUGA 2G8KA 3QEXA 1RBVA 2FBVA 2ZD1A 1DTTA 1HQEA 4Z4EA 1S1TA 1W9HA 3JSMA 4DQIA 3ASMA 2A1SA 4F2RA 1XWLA 4C8MA 1NKCA 3AVIA 3ZT0A 1RDAA 3VQDA 2HNZA 4CEDA 4R5PA 3VA3A 3QNOA 3RMBA 2IOCA 4L8RB 3ITHA 3QINA 3KK1A 2HHXA 3V9ZA 4ZTJA 4CJUA 1QTMA 3ALYA 4E1MA 2YNGA 1VSDA 1L3UA 3L3VA 3LZIA 3LP1A 1B9FA 4CJVA 3VQ4A 3TAMA 2ZE2A 4PQUA 3MXIA 1JLEA 1FK9A 3IG1A 3VQEA 4OPJA 3OYIA 3QERA 4KHYA 2OA8A 1LV5A 2E4LA 1WSHA 2FBYA 1U47A 3NGYA 3O3HA 4XIUA 1TKXA 3HJFA 2LSNA 3LP2A 3TANA 3KLGA 4KTWA 1WNSA 2DY4A 3AVAA 1EP4A 1L3VA 3IAYA 1A5VA 4DG1A 4FJKA 3AVLA 1RNHA 1CZ9A 1RT4A 4RW9A 5HRRA 3G10A 5CYMA 1CXUA 2P5GA 4BE2A 4ZTFA 3ZSYA 4B8AB 1BI4B 1SKSA 4KB0A 1TGOA 4F8RA 3ZT3A 3S3OA 1JXBA 4CF9A 4Z4HA 4FK4A 1D9FA 4JRQA 1Z25A 4FJMA 1WSEA 2KFNA 3LAMA 4CJKA 1S9EA 2B6AA 3LPTA 4KV8A 1JL2A 3CM5A 4LSLA 4CFAA 1CZBA 3DLRA 4CEZA 3RR7A 4I9LA 3M8QA 2VG6A 1VRUA 4DTPA 3S9HA 1ZYQA 2PY5A 3NE6A 3HPGA 3VQ6A 4F2SA 3SZ2A 1WSJA 1KFDA 3ZSWA 4CERA 3PX6A 4CJQA 3OYEA 1XHXA 4DU1A 4DFJA 3U3YA 1BISA 2Q3SA 4KTZA 4DTSA 3U6FA 3TARA 4KTQA 1QHTA 4DSFA 3C6TA 3DLKA 1T8EA 4B9NA 3PX4A 3VQ9A 2X6SA 1EXQA 5SZTA 4DFPA 4BDZA 2Y1JA 4BWJA 2NUBA 3K5OA 4ELTA 4FJXA 1GOBA 3AVKA 5J2PA 2EHGA 1BIUA 4DQSA 1TL1A 3SUQA 3SJJA 1L3TA 1NK0A 1ZBFA 1NOYA 3VQ8A 4CF1A 2P5OA 3DYAA 4EZ9A 4QCLA 3O3GA 2DFEA 3AVFA 1WSGA 3AO3A 4IKFA 1T05A 4G1QA 3KKRA 1SKWA 3AA2A 4FZYA 3OYFA 4FJIA 3HM9A 4RW8A 3L8BA 5JS1A 3KLEA 1KVBA 3S3NA 3VQ7A 2ATQA 4FJNA 4DWIA 4CF0A 4FM1A 2B5JA 3NBPA 1I39A 1YVUA 1RTDA 2YNIA 4FZXC 1C1BA 1KLNA 3DMJA 3LP0A 3OYAA 4BDYA 1KVAA 1KFSA 4F3TA 1TK0A 4GW6A 4J2AA 3VN5A 3DLEA 1R0AA 3WNGA 3VA0A 4DSKA 3CYMA 1N5YA 1B92A 4LY7A 1HYZA 3TR8A 3K58A 4CEEA 1RTIA 2WONA 2X6NA 3HP9A 3AA5X 3QEIA 3AO4A 4BE1A 4CHNA 4KRFA 2WOMA 2O4IA 3VQQA 4JS4A 2HVHA 3P83D 3SPYA 3ZT2A 3TWHA 4W5QA 4ID5A 3L3UA 4CHOA 2IAJA 3A2FA 4JRPA 3CM6A 4CJ5A 1NK6A 1C0UA 3DLHA 1RDBA 4CJLA 1Y97A 4O0IA 3PUFA 4IFYA 4B3OA 4FJ8A 3H08A 4H4OA 2YNHA 1FKPA 4I2PA 4O4GA 3LWMA 1TKZA 4DSIA 3NCIA 2YHAA 3OYJA 1VSFA 1ZBIA 4JLHA 4N5SA 3RMCA 4W5NA 1WAJA 4DQRA 3RR8A 1L5UA 4QOZB 2OYQA 4AHVA 2HB5A 4DLGA 1NKBA 1S1VA 2XHBA 1L3SA 4B9VA 4CCHA 4Q0BA 3V81A 4CGGA 4FM0A 4GMJB 3HP6A 3CFPA 4RW4A 4C8NA 4E7IA 1J5OA 3BDPA 3THVA 3KD1E 4NCAA 4M3TA 2F8SA 4O44A 2EX3A 4NCGA 5HBMA 5KRSA 3SQ1A 3HO1A 4AHSA 4IFVA 3AVCA 1JLGA 1ASWA 1B9DA 3D45A 3LDSA 3LZJA 1XI1A 1XC9A 4KPYA 3MEDA 3OYNA 4EZ6A 3RMDA 4MQ3A 1NKEA 3VQPA 3SUNA 1JLCA 2P51A 4CJSA 4DTMA 1WSIA 5CZ2A 3F73A 1VSIA 4AILC 4CIFA 3QEVA 3MXJA 1TKTA 3NAEA 4CEAA 4W5TA 3E01A 4CJRA 1N6QA 1JKHA 4OLAA 3ISNC 5EU7A 3ZSZA 4DTXA 4DSLA 3KK2A 4DTUA 1IO2A 3OY9A 1LW2A 2YKNA 1VSJA 4M3RA 2Y1IA 1HYVA 4E0DA 4FW2A 4FJ7A 4AHRA 1DLOA 3V1QA 2HHSA 4BACA 4E1NA 1C6VA 4Y1CA 2P1JA 1W0HA 3P1GA 4M3WA 4M3YA 3SQ4A 3MEGA 1BCOA 3SQ0A 1BIZA 1EX4A 1NK5A 1RT6A 1JLBA 1ASVA 4CGJA 3AO5A 3CG7A 4KREA 3SPZA 3PX0A 1T7PA 5CZ1A 1DTQA 4MFBA 3HXMA 4FLWA 4I2QA 2PYJA 1JLQA 1J53A 2D5RA 3O4NA 4LH4A 3SQ2A 1RTHA 2Z1IA 3F9KA 1Z26A 3TABA 4CJEA 2E6LA 4B8CA 2YNFA 2IGIA 4B08A 1QSLA 4DS5A 1X9WA 2FC0A 2QK9A 2QXFA 1C1CA 1WAFA 2BDPA 2W42A 3BGRA 3KKSA 2VWJA 3CFRA 2PZSA 4C8OA 4KAZA 2IC3A 3NDKA 3DOKA 1C0MA 1S5JA 3LPUA 3KJVA 4FXDA 3O3FA 3K59A 1TV6A 4FJHA 4RW6A 3WNEA 3TAFA 3OYHA 1KRPA 1QSYA 3NGZA 3SUPA 4JS5A 4J2BA 2HHQA 4E89A 4CK3A 4BE0A 2XY7A 1NK9A 4CJWA 1S6QA 2RKIA 1VK0A 3DRRA 4F3OA 4NYFA 3IRXA 3MXMA 4CJ3A 2QKKA 1NOZA 3QO9A 4CJPA 2A1RA 2HHWA 4AH9A 4J2DA 4K8XA 3KLHA 3L2VA 2JGUA 3JYTA 1ZBUA 3AVJA 4Z4CA 1RT1A 4CFBA 4FYDA 4OKEA 4HCCA 4KHSA 4CK1A 2JLEA 1JLFA 4CHZA 1JXEA 3EY1A 2DFFA 3WNFA 3T3FA 4ZHRA 3QEPA 3ZSRA 4CEOA 4Q5VA 3V9WA 2B4JA 2G8WA 1KTQA 1O1WA 3HSTB 4KB1A 1QQCA 4QAGA 1C1AA 3KIOA 2HVIA 1BCMA 3QIOA 4B9MA 1CLQA 1VSHA 4KHWA 2KFZA 3HVTA 2PYLA 2AJQA 1S9GA 4E19A 3PO5A 1VSEA 2XO7A 1EKEA 5HROA 4KI6A 3DLBA 4CESA 2G8IA 1MU2A 4FJ9A 4CGIA 4CFDA 2HHUA 1ZBLA 1UWBA 2OPSA 4O55A 4PA1A 1VSKA 4OJRA 1NJWA 2ZQBA 1KSPA 4AHCA 4CEQA 4CFCA 3K5NA 3DI6A 1RT3A 2DFHA 4LD0A 3L2QA 3TAPA 2RPIA 3LANA 4DQPA 1BGXT 4DFMA 1UA1A 1LWEA 4DS4A 2ITGA 2OPPA 2F8TA 1WLJA 1U45A 2OPRA 3V1RA 2KZMA 4N56A 1UA0A 2FBXA 1TAQA 1KCFA 1LAVA 4DTOA 1IH7A 1BL3A 1X9MA 2KZZA 1NK7A 3AA4A 1RTJA 3KLFA 1HJRA 1QS4A 2GV9A 5J2MA 2GBZA 3LAKA 4E7HA 5J2QA 4C8KA 3HPHA 4DF4A 4CJTA 1A5XA 4I7FA 4DQQA 4HVJA 3OJUA 3SNNA 3I0RA 4M3ZA 3AVNA 2HNYA 4FJGA 5FDLA 2VG5A 2GUIA 1J54A 4LH5A 3T1AA 3HT3A 3LWLA 3TAGA 4B9LA 4FZZA 3K57A 3OVNA 4N41A 4J2EA 1U04A 1YT3A 1A5WA 4B9SA 4FK2A 1S1WA 1NJXA 4W5RA 3KTQA 3UIQA 2HHTA 4CHYA 4CEBA 3TI0A 3KK3A 1TK8A 3AV9A 1SUQA 5KRTA 4BDPA 1S1UA 5HP1A 1ASUA 1ITGA 3HK2A 4CEFA 2XY8A 2OPQA 1RT2A 4M3XA 3I0SA 3MECA 3OYMA 5HLFA 3V9SA 4OPKA 1RILA 2HNDA 3HL8A 4DU3A 2OZSA 1RDDA 2RN2A 1BHLA 1RT7A 3TAQA 5I3UA 2X74A 1SL1A 4CGDA 5FRMA 2G8UA 2ETJA 3ULDA 1RBUA 1REVA 4CECA 2IDOA 1LWFA 4CE9A 1HMVA 4O0JA 1LW0A 3L2RA 2YKMA 1HQUA 1Q9YA 4IG3A 3OS2A 3OYGA 1RCHA 3OYLA 3HYFA 4DF8A 4ICLA 3CFOA 3ZSVA 1RBRA 3QETA 3V9XA 1K6YA 3I8DA 1D8YA 4KI4A 2YHBA 3B6PA 3EYZA 4C8LA 4E3SA 1ZBHA 4CIEA 2BANA 4CK2A 1SKRA 1UAXA 4W5OA 3O4QA 5E41A 1IKXA 1RBTA 4PY5A 5D3GA 3ZCMA 4CJFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TYQB 4Z0UA 4LF8K 2A41A 3ZETA 5ADXA 2OTLN 2UUBK 3CIPA 4CHQA 3BUZB 2Z1JA 3LM2A 4XH5A 4DTNA 4EP4A 4FJJA 4M7XA 1XHZA 1T6DA 2NRVA 2Q0UA 3K5LA 1BU6O 1FKOA 3PV8A 2E5LK 2P9KA 3M8RA 4BR4A 1N33K 2XRIA 3WNHA 3CI5A 1IKYA 3QEWA 4DR1K 2UXCK 1Q9XA 5CYQA 4QS9A 4ELUA 2D0BA 1HNWK 5FPDA 5C42A 3DRPA 3OYDA 1SZ2A 4KHQA 5KGXA 4FM2A 1KAXA 1Q18A 1O13A 4KHNA 2GWJA 3RSEA 3VEXA 3RWUA 1P90A 2BE2A 4JI4K 2E88A 3UKUA 1VSLA 4DV4K 1WBDA 4AF1A 4M3UA 4BWMA 1TAUA 4YFUA 1U48A 2O8CB 1NMDA 5SWMA 4GVMA 3ATVA 3IS9A 4GV3A 3QNNA 3ZETB 3A5OC 5FLXO 3R3LA 4WQ5A 4BQZA 3SLCA 2RF2A 4ID1A 1GLBG 3VEYA 4MO5A 2BGGA 4B9UA 1GOAA 3VEOA 4B1VA 2G8HA 1BQMA 1LWCA 4IFEA 3HPOA 4CF8A 3DLGA 1UOCA 4BR5A 2GEMA 4KH6A 4YORA 4YOUA 2R7YA 1KLMA 3MK6A 2P9KB 2YX6A 2YV0X 3UE5A 1BO5O 5C25A 3L4IA 1TVRA 4KKOA 3V1OA 4HCBA 3RMAA 5JLFA 5AQKA 2QKBA 4FWOA 3D2FA 4O5BA 4I9QA 5J1EA 3AO2A 1VSMA 3VQAA 2I5JA 3SYZA 3BY5A 4CF2A 3PY8A 4FCYA 3CMEN 3IDHA 1J9AA 3RSEB 4IDHA 3G71N 2KQ2A 4M42A 1IBKK 3L2WA 3UKUB 3K5MA 4H0XB 3S3MA 3MAQA 3G0ZA 3LDQA 4YOYA 2UXDK 4DV1K 1Q8IA 3B6OA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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