4CJRA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjrA00
2GV9A 4OPJA 1Y97A 3IAYA 1TAUA 4CJFA 2G8KA 1UA1A 3B6PA 1X9SA 4KREA 4CJSA 4E19A 2X74A 4CJ5A 4CF2A 4CEDA 1X1PA 4W5TA 3OYDA 5J2MA 1CZ9A 3V9XA 3CFRA 4LD0A 3V6DA 3ZCMA 2DFHA 4BE2A 4M3UA 4FZYA 1WNSA 3M8RA 5CYMA 2KW4A 1FK9A 3LPTA 1TK0A 1S1TA 1DLOA 4HVJA 1B92A 4PUOA 1A5XA 2VG5A 1KFDA 4HTUA 3C95A 4E1NA 1SUQA 1YT3A 4E89A 4DFJA 2BE2A 3NH0A 4W5RA 1CXQA 3C6UA 3PO4A 1IO2A 4FZZA 1B9FA 3O4NA 4H8KA 4OLAA 2VWJA 4CJPA 1S5JA 3QIPA 5DMRA 1TK8A 3SQ4A 1YTUA 4W5NA 2OPSA 1T03A 4CIGA 5K14A 4G1QA 4O44A 1D9FA 4KI6A 4XIUA 2YNIA 3ZSOA 5C24A 3HVRA 1RT4A 4CESA 1JLEA 3LWMA 2WOMA 1VSJA 3SQ0A 4OVLA 2I5JA 3ITHA 1W9HA 1GOCA 1WSGA 4FW2A 1SL1A 1QHTA 1A5VA 1ZYQA 2YNGA 3NGZA 1S9GA 1HPZA 3JSMA 4QOZB 2NUBA 2ZD1A 4DSEA 4BACA 3VQ5A 3VN5A 4M41A 3AVNA 3OYHA 3D0PA 4FLYA 5HROA 1D5AA 2O4GA 4HUGA 1B9DA 4ELUA 4KKOA 5KRTA 2ZE2A 4CJLA 3DMJA 1RDDA 4LH5A 3OYIA 3QEPA 4KHYA 4IG0A 4CGJA 1NOYA 4IDKA 3HM9A 5FDLA 3AO5A 3TARA 4KAZA 2ETJA 4AHVA 2XO7A 1L5UA 1QE1A 3V81A 3NDKA 2Q3SA 3PX6A 4CHYA 3V9ZA 4B9TA 1U04A 1S1VA 4M42A 3DI6A 1KSPA 4Z4GA 2IAJA 4GW6A 3LP2A 2HNZA 1GOBA 4Z4HA 3HYFA 2W42A 4FZXC 3HL8A 4WE1A 4DTUA 3NHGA 2X6SA 3DLGA 4CEQA 1ZBUA 3TI0A 4AHCA 2A1RA 1RT1A 3RR8A 3QESA 3SPYA 2P5OA 4OKJA 4FLUA 4FYDA 4FJMA 4DF4A 2D5RA 3AO3A 1BCOA 2B5JA 4CERA 4CJUA 3KLFA 3AVJA 4KTWA 2GUIA 4DLGA 2PYLA 4OLBA 3E01A 3K59A 3AVAA 1BI4B 1VSMA 1RBRA 5SWMA 3TABA 1IH7A 4FJHA 1IKWA 1TGOA 1Z25A 5CZ2A 3HJFA 4EZ6A 2HW3A 3QERA 4DG1A 2HNDA 4KHSA 3SV3A 4Z4EA 4O0JA 1RT5A 2HVIA 1JL2A 1VRUA 3DLHA 3HP9A 1XHZA 1BISA 1RTJA 2P51A 4DMNA 3VQ8A 1HJRA 1LAVA 5D3GA 1CXUA 3VA3A 3L2WA 1TKXA 4DWIA 3RWUA 2FBXA 3V9WA 4LSLA 2LSNA 5J2NA 3S9HA 1U48A 1LWFA 4CF9A 1TV6A 3BGRA 3QO9A 4DU1A 3V1RA 4NYNA 1RBVA 1VSFA 3ZT3A 2F8TA 5JS1A 4N5SA 2FC0A 4Q0BA 3WNHA 3HPGA 2X78A 4EZ9A 3M8PA 4DSLA 3MEDA 3KK1A 3TR8A 3MECA 4HCBA 4H4MA 1LW2A 3QEWA 3AA4A 3PO5A 1BIZA 1W0HA 1LWEA 4FXDA 4LH4A 3HSTB 4DSFA 5HLFA 4GMJB 3NBPA 4QCLA 3OYBA 3F73A 4DFPA 1IKXA 3SUNA 4E7HA 5T7BA 5JS2A 1D9DA 4CHNA 3KLGA 3L3UA 2E4LA 4DQIA 4OKEA 1S1XA 3IRXA 2B4JA 3VQ7A 1VSKA 4FM1A 1XWLA 1T05A 3S3MA 4ZTJA 3DLRA 4KI4A 2FBTA 4FLVA 4M3WA 3O4QA 4B3OA 1N5YA 4KTZA 4DF8A 1KFSA 1WSJA 5FROA 3U3GA 4CJ3A 2KZZA 4E7KA 1QSLA 4W5OA 4E7IA 5HRRA 3AVGA 4IG3A 4CIEA 4DTJA 1SL0A 4F8RA 2F8SA 1U45A 2VG6A 4E7JA 4FK0A 1HNVA 1EKEA 3AVFA 3TAMA 1NKEA 1TL3A 4CFAA 2G8VA 1MU2A 5HBMA 2KTQA 1WAJA 3AVMA 3G10A 2JLEA 4B9VA 3ZSZA 3P5JA 3OYMA 3ULDA 1J54A 4CEAA 4I2QA 4YNQA 4KB0A 2O4IA 4DQSA 4W5QA 1ASUA 1ZBFA 5SZTA 3SPZA 3TAEA 4F2RA 1JLQA 4DLEA 3TAFA 2HMIA 4B9SA 4O4GA 4KHUA 1RBSA 1C6VA 2DFFA 3QINA 4M3TA 4BDZA 4DTMA 5I42A 4DSIA 1RDCA 1C0UA 1I3AA 3LZJA 4R5PA 1TKDA 1TKTA 4F3OA 4CE9A 3S3NA 1KTQA 1WSEA 2VG7A 1BL3A 1QQCA 1ZBHA 2Z1GA 2IDOA 4BWMA 3LWLA 3AA3A 4PWDA 4O55A 3KJVA 3QETA 1O1WA 4ELTA 3AVHA 4M3ZA 3NF9A 4OKKA 4JRPA 3KKSA 4GVMA 3ZSYA 2IGIA 4RW4A 1HYVA 1XI1A 3TAQA 1DTTA 1Q8IA 3AA2A 4MQ3A 2XY5A 1UA0A 3SUPA 2PY5A 1YTAA 1C1CA 3PV8A 3QIOA 2GBZA 1SKWA 4JLHA 4CFDA 1RCHA 3AA5X 3KIOA 3K58A 3VQ9A 1QSYA 4F4KA 2HHTA 3ISNC 3NF6A 1LW0A 2YV0X 4CJEA 4CGHA 4FJLA 3SJJA 3SCXA 1NKBA 4B9NA 4CEZA 4AHRA 1S9EA 3MXMA 1VK0A 1KLNA 1UAXA 2OZSA 1NK4A 3ZSXA 4C8MA 4RW9A 4CEEA 3VA0A 3MEGA 3S3OA 5CZ1A 4B8CA 4DU3A 3U3YA 3NE6A 1RBTA 5EU7A 5KTQA 1L3UA 3L2RA 1UOCA 1NJYA 2G8UA 3HO1A 4CJWA 3NF8A 3LAMA 4AILC 1NJWA 4FLTA 3RRGA 1VSEA 2IS3A 4KB1A 5FRMA 2DTUA 2Z1HA 4CEOA 3H08A 4E0DA 4JS4A 4B9LA 2Y1IA 1JL1A 4DQRA 1HQUA 4DQQA 4DTPA 4FJIA 3P83D 4K8XA 2A1SA 3O3FA 3V9UA 4CJQA 3DRPA 3OYFA 3ZSQA 4JS5A 1JLAA 4DU4A 4Y1CA 1HNIA 3AVCA 2XHBA 4M3XA 4QAGA 2IOCA 1BGXT 4FJ8A 2VWKA 4KRFA 3NF7A 3LDSA 1VRTA 1FKOA 3SQ2A 1JXBA 3VQDA 4PY5A 1RBUA 1LWCA 3VQAA 4FCYA 3VQPA 4IBNA 3V9SA 4DTRA 3DYAA 4CK3A 2G8IA 3VQBA 4OPKA 4CEFA 3OY9A 1JLGA 4FM2A 2EX3A 3QLHA 1S1WA 4O5BA 2HHXA 4L8RB 1VSHA 2QKBA 2RN2A 4Z4CA 4PQUA 4NCGA 2G8WA 2YHBA 4BDPA 3ZSWA 3ZT1A 4CEBA 2FBVA 3MEEA 4CF0A 1Q9XA 4C8OA 2D0BA 5FRNA 4MFBA 4BDYA 3KLEA 2BANA 3DOKA 2HNYA 3C94A 3I0RA 3MXJA 3NGYA 4AH9A 4FJ7A 2KFNA 1SKSA 1VSIA 1CLQA 4NCBA 3NH2A 1KLMA 4CK1A 4N41A 2ATQA 3K2PA 4EP5A 3WNGA 3O3HA 4ELVA 4FJ5A 1JLFA 3DRRA 4RW7A 4CF8A 3TANA 3U6FA 4YFUA 1I39A 3DRSA 3LALA 3AV9A 3K5OA 3P1GA 2DFEA 3V1OA 3OS2A 3OYCA 1WLJA 3IS9A 3L2UA 3SZ2A 4B08A 1CZBA 3CM6A 4KO0A 2QXFA 3HPOA 4NCAA 4ID1A 4AHUA 3LP3A 3HVTA 4CGGA 3OYNA 3KD1E 5HRNA 2X6NA 3LZIA 4CFCA 2HHQA 1IKVA 3CFOA 3HT3A 4CECA 5J2QA 3QEXA 2YKNA 2G8HA 3B6OA 1KVCA 2JGUA 4CHQA 2XY7A 2ITGA 3QNOA 3PX4A 2OYQA 1A5WA 3RMDA 1WAFA 3NAEA 4C8NA 3PUFA 2OA8A 4BE1A 4KPYA 4F2SA 1X9MA 3V4IA 2YNFA 3SQ1A 4UQGA 3DLEA 4CJTA 4CJVA 4E1MA 3ZT0A 4KHWA 1K6YA 4HUFA 3KLIA 4O0IA 3OVNA 1EX4A 5DK5A 5KGWA 1QTMA 3D45A 3CFPA 4DSKA 2HHSA 4IFVA 4CFBA 3OYLA 1S6PA 1ZBIA 3LAKA 3M8SA 5C42A 4FLXA 2D0AA 5J1EA 4DTNA 4ID5A 3SV4A 1C1BA 3L3VA 3NFAA 1WSIA 3ZT4A 2E6MA 2Z1IA 3K5MA 3QNNA 1LV5A 1J53A 1C1AA 1C0TA 5HRSA 1KVBA 2OPRA 4DTXA 4J2BA 4FK2A 4FLWA 4CCHA 1LAWA 4AHSA 4RW8A 4HHTA 1RTDA 1NKCA 4I9LA 3O3GA 3TAPA 1G15A 3OYKA 2R7YA 1FXXA 1TVRA 3K5NA 4B8AB 4NYFA 2PZSA 4OGCA 1BQNA 3ZSRA 1N6QA 4CK2A 4AHTA 3LPUA 1EXQA 1HRHA 1J5OA 1NK6A 1Q9YA 4N47A 1RNHA 1RILA 3DLKA 1RT6A 3VQQA 3HK2A 1U49A 4Z0UA 5I3UA 3VQ4A 5J2PA 3SNNA 4C8KA 2IC3A 1F21A 1NK0A 4FJ9A 1YVUA 3VQEA 2WONA 3ZSVA 2RF2A 1ITGA 4Z4FA 1GOAA 1KCFA 4PA1A 1Z26A 3AO1A 3PX0A 1NJZA 4FLZA 3SI6A 2HB5A 4OGEA 3KTQA 2KZMA 3AVBA 4B9MA 3KK3A 2F96A 4LSNA 2XY6A 3K5LA 1ASVA 3RRHA 3RMBA 1BHLA 1REVA 3C6TA 1XC9A 4J2EA 4FJJA 3WNFA 2OPQA 4CHPA 3OYJA 2QKKA 3KLHA 4OJRA 5CY4A 4BWJA 3WNEA 3UIQA 3QEIA 3CYMA 4BE0A 2P1JA 3VQCA 4I7FA 3AO2A 1HYZA 3ZT2A 1NK7A 2HHVA 3T1AA 1KVAA 3EY1A 3CG7A 3IG1A 2KQ2A 3KD5E 2HHUA 3OJSA 4CJKA 4FW1A 4FVMA 4KTQA 1VSDA 3V1QA 4CJ4A 1HMVA 2HVHA 1BIUA 2RPIA 4JRQA 1T7PA 4FJKA 1HQEA 3KK2A 1R0AA 2OZMA 4K8ZA 1BI4A 1SV5A 4DQPA 4KHNA 3CM5A 2Y1JA 1TKZA 1TL1A 1S6QA 4M45A 3F9KA 3KKRA 1WSFA 2G8FA 3DOLA 4ZHRA 1NOZA 1T8EA 2ZQBA 1TK5A 2DY4A 1C0MA 4DTSA 4CGIA 3OS1A 3TWHA 1JLCA 3HXMA 4C8LA 3HP6A 4FM0A 5HP1A 1SL2A 1RDBA 3NH1A 3PY8A 1RT7A 3OS0A 4J2DA 1ASWA 5KI6A 4FJGA 4DTOA 4CGFA 4TSXA 4FJNA 1S1UA 4B9UA 3FFIA 4CHOA 2P5GA 5CYQA 4I9QA 4E7LA 3EYZA 4DS4A 2BGGA 1VSLA 3L8BA 1RDAA 1UWBA 2BDPA 3HPHA 1ZBLA 1IKYA 4N56A 2XY8A 3RTVA 1NJXA 4DFMA 4CGDA 3JYTA 1JXEA 3K57A 3OYGA 1L3SA 3TAGA 3VQ6A 4HCCA 1L3VA 2RKIA 3SUOA 1JLBA 1FKPA 3EZ5A 3OYAA 2YKMA 1RT3A 4H4OA 1QS4A 5KGXA 2D0CA 3OYEA 4FJXA 3ALYA 3LP0A 1TAQA 4ICLA 4RW6A 3CQ8A 5E41A 3ASMA 3I8DA 4IKFA 4EP4A 2QK9A 1EP4A 5C25A 1U47A 4Z4IA 3QEVA 3L2QA 1RT2A 3RMAA 2FBYA 4CF1A 4FK4A 2YHAA 1BCMA 3NCIA 4KV8A 4ZTFA 3A2FA 3BDPA 1RTHA 4IFYA 5KRSA 4DS5A 1IG9A 2B6AA 2YNHA 4M3YA 2HHWA 4E3SA 4N76A 1EETA 2Z1JA 1L3TA 1WSHA 1D8YA 3OJUA 3NGIA 1DTQA 4LY7A 4Q5VA 1SKRA 2E6LA 3AO4A 3AVLA 3G0ZA 3LANA 1NK9A 3AVIA 3LP1A 3SUQA 4KHQA 4J2AA 3RR7A 3THVA 1U4BA 1X9WA 4HUEA 4RG8A 3RMCA 4CHZA 1BQMA 4Y1DA 3MAQA 4CIFA 1NK5A 4F3TA 2KFZA 2OPPA 3T3FA 3M8QA 2AJQA 2XRIA 4M3RA 1JKHA 1QSSA 3AVKA 4CJRA 2PYJA 1XHXA 1HYSA 1RTIA 3T19A 3DLBA 1J9AA 4DFKA 1KRPA 2EHGA 3MXIA 3SYZA 3DM2A 4I2PA 1WN7A 4KFBA 1NK8A 4DSJA 3L2VA 5HRPA 3I0SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZM6K 2G8KA 4A2AA 3BEXA 4X62K 5J2MA 3VTIA 3A5MC 3ZCMA 4BE2A 3O9TA 4M3UA 1IV0A 3DJCA 1FK9A 3EN9A 1YJ9N 1S1TA 3UE5A 1B92A 4PUOA 1DEJA 1A5XA 3C95A 2A41A 4E89A 2BE2A 3NH0A 1CXQA 1IO2A 1B9FA 4H5WA 3QIPA 2DPNA 3SQ4A 4PHTX 4K0KK 5K14A 5GIOA 1C0GA 4KI6A 3HVRA 1HJOA 3LWMA 1VSJA 4OVLA 3ITHA 2WUSA 1ZYQA 1NGGA 1S9GA 3JSMA 4JHDB 5AQKA 3FFKB 3VN5A 3WXMB 3AVNA 2BUPA 5KRTA 3PSIA 4CD3A 3QEPA 4IG0A 4A62A 4CGJA 1NOYA 4K43A 2ETJA 2W41A 2YJEA 3OW2M 1QE1A 3CJ7A 3V81A 3NDKA 1QHAA 3PX6A 3V9ZA 1U04A 5LY3A 4Z4GA 3LP2A 1GOBA 3HYFA 4WE1A 4FWQA 4A5BA 4DTUA 4JI0K 4BR5A 4DR2K 1KC8O 1RT1A 2FSJA 3QBXA 3QESA 3L6QA 2D5RA 1BCOA 3KLFA 4DLGA 3CCLN 2NRWA 1BI4B 1RBRA 2HW3A 4BR4A 3VEVA 3QERA 5M1FA 3H1QA 1RT5A 1JL2A 2FLOA 5GADP 4DMNA 1WBDA 5D3GA 5BR8K 1CXUA 4FOEA 5J2NA 2LSNA 1LWFA 3U4LA 4B1ZA 3LM2A 4DU1A 2PAVA 2QWMA 3VGLA 3V1RA 5JS1A 3KHYA 2FC0A 4N5SA 3WNHA 3A5LC 2X78A 3PO5A 2HBKA 5DM7L 4LH4A 3HSTB 3ENBA 3GE1A 4GMJB 3WXKA 3F73A 3SUNA 3L3UA 2VGMA 3ENOA 1X3MA 4FM1A 1XWLA 4ZTJA 5EXWA 2HHHK 4KI4A 2FBTA 1N5YA 3CCMN 4K42A 3CCRN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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