4CJSA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjsA00
4BDPA 3VQ7A 1EXQA 4FM0A 4CJ3A 3HXMA 1QTMA 3FFIA 4CJUA 5HLFA 1TKXA 2KZZA 4IKFA 4CESA 4F2RA 2OPSA 1VSJA 3SCXA 2OPQA 3RRGA 3DRRA 1TAQA 1S1VA 1N6QA 1BQNA 1TL3A 1UAXA 2YNFA 4HUGA 1YVUA 2BE2A 3TAFA 3LZJA 1NOYA 2BDPA 3DLBA 4KREA 2RKIA 3OS0A 4CFAA 3SI6A 3KK3A 3F73A 1BCMA 2E6LA 2D0CA 3SZ2A 3DLRA 1HNIA 3AO3A 5HP1A 2YV0X 4I2QA 4EZ6A 2RF2A 4PWDA 4W5OA 1RT7A 1NK4A 1QSSA 3MEDA 2JGUA 1VSFA 4CF9A 4OLBA 4CE9A 4OKEA 4Z4IA 1D9DA 4J2BA 3A2FA 4DSKA 1O1WA 1NK6A 2XRIA 1D9FA 4FJLA 1NK7A 4OLAA 1GOAA 4KFBA 2VG5A 1RBVA 5FROA 4CJ5A 4CJRA 5KGXA 1LW2A 4JS5A 4LSNA 3O3FA 3KKSA 4FLXA 5J2MA 2YKNA 3V1RA 3HYFA 4M41A 3K5MA 4FLZA 1HNVA 3KLGA 4B9LA 5JS1A 3CFPA 1TGOA 3SUQA 2YHBA 4O4GA 1RTJA 3K58A 5FRNA 2I5JA 4JRQA 4BACA 1ZBLA 3HP6A 4CECA 1JLBA 5J2NA 2O4IA 4KI6A 3NF6A 1WSJA 3L3VA 2G8HA 1HQEA 4CF1A 4C8KA 3LALA 4M3WA 3C95A 4CGFA 1S6PA 3SQ1A 1LV5A 4CF2A 2PYLA 3DRSA 3QINA 3KD5E 4AHUA 4FK0A 1KVCA 3I0SA 4M3XA 2HNZA 4RW9A 5J1EA 4DTPA 3NE6A 3K5NA 4QCLA 4DQPA 3TABA 3RMCA 1NJWA 4I9QA 3HPHA 2FBXA 3SYZA 4KHYA 4PQUA 2HB5A 1JLAA 2QKBA 4MQ3A 3O4QA 3ZT1A 4DS5A 3MXJA 4NCBA 2Z1IA 3QEXA 1T8EA 4PUOA 3SNNA 5SZTA 3AVFA 4M3RA 1NKBA 2Y1IA 1KVBA 4K8XA 3LWLA 1C6VA 1L3TA 3F9KA 1BIUA 1TL1A 3O4NA 2G8UA 1HRHA 5KRSA 4OPKA 1BGXT 4YFUA 4W5TA 1QE1A 1RILA 3AA2A 2HVHA 1G15A 1L3SA 1L3VA 4FVMA 4KB1A 3CYMA 1KFSA 4FJMA 3VQCA 4CFDA 2HHVA 4O0IA 4CJEA 1ASVA 3VQ9A 3LP0A 4UQGA 3CM6A 1SL2A 4I2PA 1JLFA 3ZT4A 3SQ0A 4FXDA 4CF8A 4B9TA 3OYDA 2WONA 4B9VA 1EX4A 1VSIA 3SV4A 1S9EA 4JRPA 1CXUA 2Z1JA 3V9ZA 4DTUA 1EETA 3VA3A 1SKSA 4F2SA 4K8ZA 1RCHA 4Y1CA 4H4OA 3DLHA 3I0RA 3L8BA 2E4LA 2G8IA 2HHWA 1Q9XA 3LWMA 4B9MA 1BQMA 3AA3A 1U45A 4C8LA 3OYLA 3SJJA 4AHVA 1RT3A 4O44A 4OVLA 2A1SA 3QNNA 2KTQA 1TKZA 2HVIA 3AA5X 4NYNA 1FKOA 2E6MA 3L2WA 3HJFA 4KHUA 1D5AA 1FXXA 1IKYA 1B92A 2A1RA 5DK5A 1BIZA 1QSLA 3TAEA 2G8KA 1I3AA 1WSGA 3PV8A 1C1BA 1U48A 2AJQA 4KAZA 3VQ6A 1GOCA 4E7LA 3VQPA 1J54A 1S1TA 3KLFA 2HHTA 3TAMA 3M8SA 1UA1A 3HL8A 1KRPA 3ZSRA 2PY5A 3CFRA 4CEOA 3ULDA 3AO2A 2G8FA 5SWMA 1BHLA 4IDKA 1L3UA 2HW3A 3AVIA 1W0HA 1ZYQA 4DQQA 1ASWA 1LAWA 3CG7A 4CEQA 3NAEA 3KKRA 4KTWA 4DSFA 3RRHA 2XY8A 5CZ1A 3OYNA 4FCYA 1U47A 2RPIA 1IH7A 1J9AA 1XI1A 3QERA 3QIOA 4CHOA 4NYFA 2LSNA 2HMIA 2KZMA 1U49A 4CJTA 2OPRA 3ZSVA 4CHNA 4EP4A 4DF8A 5HROA 1A5XA 1NK9A 4DTXA 3U3GA 3QEIA 4YNQA 1RNHA 3L3UA 4C8MA 1ZBIA 1VSMA 1X1PA 3V9WA 1Z26A 2YNHA 2DFFA 1C1AA 4NCGA 3VQ5A 1S5JA 4W5NA 1R0AA 4B9UA 3RR8A 1RT5A 1TK8A 4FLYA 4Z4EA 2X6NA 4W5QA 1HQUA 1ZBUA 3HVRA 2DTUA 4CGGA 1L5UA 4FLUA 3SQ4A 1X9WA 1RBSA 3M8RA 1JLQA 2ZE2A 4CEAA 4GMJB 4CIGA 3ZT2A 1Q8IA 3AA4A 4IG3A 5C24A 2IGIA 3PO4A 4KTQA 1NJZA 3AVCA 3DLEA 5C42A 2RN2A 1T03A 1XHZA 1YTUA 3K5OA 4KO0A 4DQIA 4I9LA 1HYZA 4AHRA 4CJLA 4W5RA 3KK2A 1SL1A 4AHSA 4ELTA 1QS4A 1ITGA 4B8CA 4JS4A 4ID1A 3DM2A 3QEWA 4DF4A 4O55A 1SKWA 3HPOA 4CEFA 4KHSA 1IKVA 3RMDA 4KB0A 1HYSA 1NJYA 5CYMA 1UWBA 4FM2A 2DFHA 2HNYA 5HRNA 4L8RB 1WNSA 4ELVA 3AO1A 4RW6A 4H8KA 1C0MA 4B08A 3WNGA 4DFPA 3NF9A 2B6AA 1W9HA 2KW4A 3NF7A 3T1AA 4E0DA 4I7FA 4J2AA 3LZIA 4CK2A 3NH1A 3V6DA 4KHQA 2JLEA 4B8AB 1WN7A 4FJJA 3MECA 4FW1A 3KLIA 4E7HA 3UIQA 5KI6A 1S1XA 1SUQA 4JLHA 2BANA 4FK4A 3QIPA 3AVAA 2KFZA 3M8PA 3ZT0A 2IDOA 1ASUA 1DTQA 3ZSZA 4DSLA 3HK2A 3P5JA 3NFAA 4AHTA 3ALYA 5I3UA 1JKHA 1VRUA 3IG1A 3NH0A 3OJSA 1QSYA 4IBNA 3OYJA 2XY5A 3MXIA 3NGIA 3DLKA 4NCAA 3QNOA 4RG8A 2ITGA 3KLEA 3P1GA 3S3MA 4LSLA 1NKEA 4RW7A 2VWKA 1Q9YA 2D0AA 1GOBA 4RW8A 1VSKA 3NBPA 1JL2A 4Y1DA 3NHGA 4B3OA 4Z4GA 2YKMA 3H08A 1HMVA 3KTQA 1KVAA 2GV9A 1FKPA 1SL0A 3AVJA 4HHTA 1U4BA 4DTMA 3AVLA 3QETA 1VRTA 1S6QA 3LANA 4DLEA 1LWFA 1VSDA 4CHQA 5D3GA 1CLQA 2WOMA 5HRPA 4CGIA 3NCIA 1IO2A 3HSTB 1RT4A 4FLWA 2OA8A 4E7JA 4CGDA 4AH9A 4Z4CA 2VG6A 4CJFA 3OJUA 3K59A 2OPPA 2ZQBA 1VSEA 4CEDA 3T19A 4BWJA 5HRRA 1RBTA 1BI4B 2P5OA 3K2PA 4CJQA 4BE0A 3LDSA 3LPTA 1K6YA 1NOZA 3O3GA 3V9XA 1NK0A 3PY8A 3VQBA 5I42A 1RDBA 3OYKA 3L2VA 4BDZA 3JYTA 3KD1E 3ZT3A 3KIOA 3AO4A 2EX3A 1JLEA 2GUIA 3VQQA 4OPJA 3L2UA 3V81A 4CHYA 4DTRA 2X74A 4QOZB 3PUFA 1JLGA 1UA0A 1TK5A 3QEVA 4HCCA 4CJKA 3SPZA 3HM9A 3M8QA 3V9SA 4BE1A 1NKCA 4TSXA 4DSIA 4CJWA 4FM1A 4C8NA 3QESA 2QK9A 4KKOA 3U3YA 1CZBA 3OVNA 4CIFA 4CGJA 4CFCA 1D8YA 4FJNA 4O5BA 1TVRA 1BL3A 1XHXA 3NF8A 1EKEA 3P83D 4DMNA 3PO5A 1NK8A 1ZBHA 5KTQA 5FRMA 4LH4A 1S1WA 5DMRA 1KLNA 3TWHA 2QKKA 1RBRA 3MEGA 1T05A 5CYQA 4HUEA 3SV3A 1C0TA 2NUBA 4DFKA 3HP9A 4OGEA 3ZCMA 1RT2A 4WE1A 5C25A 3EY1A 3NGYA 3T3FA 4LD0A 1RDDA 4Q0BA 4FW2A 4XIUA 1JXEA 1X9SA 2B4JA 5CY4A 4OKJA 3VN5A 4LY7A 4DQRA 3BDPA 1I39A 4DTSA 5J2PA 3K5LA 4DFJA 4IFVA 4B9NA 3ITHA 4FJ7A 1SV5A 2BGGA 4FK2A 3QO9A 2B5JA 1KSPA 4OKKA 1KLMA 3SUOA 1TV6A 3OY9A 3AO5A 2X78A 2YNIA 4IFYA 4CEEA 1MU2A 4LH5A 4AILC 3U6FA 3VA0A 3TAPA 3WNFA 4F4KA 4FJ9A 2HHQA 3CM5A 3TI0A 4CK3A 3AVHA 3CFOA 1Y97A 2Z1GA 3OYEA 3LAMA 3EZ5A 3DLGA 1QQCA 3ZSQA 4CJ4A 4EZ9A 4N47A 3OYMA 1BI4A 4DSJA 1YT3A 4J2EA 1TKTA 4IG0A 3ZSXA 2FBTA 4FLTA 1JL1A 4FYDA 3LP2A 2Q3SA 1RT6A 4M3ZA 4KI4A 4Z0UA 2QXFA 5HBMA 2Y1JA 2W42A 1C0UA 4CEBA 2IC3A 4E89A 2IOCA 2XY6A 4FJ5A 3EYZA 4KPYA 3RWUA 3ZSWA 3SUNA 4F8RA 1C1CA 3OYFA 3PX0A 2DFEA 3OYHA 4FJIA 3TAQA 2PYJA 4N5SA 4G1QA 3G0ZA 4OJRA 3VQ8A 2GBZA 3KJVA 4KHWA 3TANA 4E7IA 2XHBA 3S3OA 4FJXA 1WAFA 1B9DA 3OYGA 4DG1A 2D0BA 1B9FA 3DMJA 3BGRA 3MEEA 2OZSA 4ID5A 2P51A 1QHTA 4O0JA 2VWJA 2FBVA 1XWLA 4F3OA 3AVKA 3NGZA 1NJXA 1WSIA 1CZ9A 1BISA 2YNGA 3L2QA 4KRFA 4ZTFA 3I8DA 2FBYA 3NH2A 4ZTJA 1YTAA 2R7YA 1WSFA 4C8OA 2YHAA 4DU3A 2F96A 4R5PA 1TK0A 1A5WA 2G8WA 2IS3A 3AVMA 3C94A 2DY4A 1TKDA 1RDCA 3OYCA 4ELUA 3AV9A 4DSEA 4FZXC 4DQSA 3VQAA 3OYAA 1CXQA 4J2DA 2X6SA 4CK1A 4B9SA 2OYQA 1RTDA 4E19A 3KK1A 4FJ8A 4MFBA 3TARA 3K57A 3ZSOA 1VSHA 3E01A 5EU7A 3WNEA 2Z1HA 4CEZA 3CQ8A 3PX4A 4KHNA 4FZZA 2ZD1A 1WLJA 1WSHA 4E1MA 3HO1A 1S1UA 3D45A 4HTUA 4N41A 5K14A 1IKXA 3TAGA 4N56A 3OYIA 1RDAA 3LP1A 3HVTA 3VQEA 2F8TA 3KLHA 3MXMA 4DFMA 1SKRA 1TAUA 2EHGA 4KTZA 4CJVA 4RW4A 2KFNA 1EP4A 1VSLA 4E7KA 4GW6A 5E41A 2XY7A 1Z25A 4H4MA 4CGHA 4M45A 2HHUA 1N5YA 3IRXA 2HHSA 4BWMA 2G8VA 4M3TA 3HPGA 4DLGA 4FJKA 5FDLA 4HVJA 4DU1A 1VK0A 4CHZA 1IKWA 4DWIA 5KGWA 1LW0A 4QAGA 2ETJA 4OGCA 5KRTA 4BE2A 1KTQA 1ZBFA 4AHCA 4PA1A 3VQDA 5T7BA 1T7PA 1DLOA 4Z4HA 1XC9A 2KQ2A 3RMBA 3VQ4A 4GVMA 4M42A 1UOCA 3V4IA 4HCBA 3AVNA 3SQ2A 4DTNA 3PX6A 4CCHA 4DS4A 1HJRA 4CJSA 4EP5A 1LAVA 4CERA 4CHPA 3OYBA 3WNHA 4CIEA 4CFBA 3JSMA 4DTJA 3ASMA 4DTOA 3RR7A 4N76A 2F8SA 3QEPA 2HHXA 3SPYA 4E3SA 4BDYA 4FJHA 5JS2A 1J53A 1S9GA 3LP3A 1RTHA 3ISNC 3V1QA 1DTTA 4FJGA 1WSEA 1BCOA 4CF0A 3DI6A 4Z4FA 4KV8A 3OS2A 3LPUA 1REVA 5CZ2A 4DU4A 1NK5A 3O3HA 3ZSYA 1JLCA 1KFDA 2XO7A 3S3NA 1IG9A 2D5RA 2HNDA 3B6OA 4Q5VA 4CJPA 3D0PA 1X9MA 2IAJA 5J2QA 1RTIA 1LWCA 3DYAA 4ZHRA 1LWEA 1U04A 3AVGA 3G10A 1F21A 1HYVA 3L2RA 1RBUA 1A5VA 2PZSA 1FK9A 4E1NA 1J5OA 3MAQA 3S9HA 3IS9A 1HPZA 3AVBA 3DOLA 3V1OA 2O4GA 1RT1A 2P5GA 1KCFA 1JXBA 3OS1A 3NDKA 3C6UA 3RMAA 2FC0A 4FZYA 3LAKA 5HRSA 3QLHA 3V9UA 4PY5A 2ATQA 2P1JA 3IAYA 4M3YA 3DRPA 3TR8A 3THVA 2VG7A 4HUFA 4M3UA 4FLVA 3B6PA 2OZMA 4F3TA 3SUPA 4ICLA 1WAJA 3HT3A 3DOKA 3C6TA 3RTVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QHAA 4BDPA 3VQ7A 1EXQA 5HL7L 1QZ6A 1VSJA 4NXNK 5BPLA 2YNFA 4ISEA 4DV5K 3DLBA 3R9PA 2RKIA 3IFRA 1OH6A 3CQYA 3SZ2A 5JVGL 3AO3A 4EZ6A 3FZHA 1RT7A 1NK4A 1EO1A 2JGUA 2QI2A 2CGKA 3A2FA 3UKUB 2XRIA 4KFBA 4CJ5A 2WTUA 5J2MA 5AQGA 2CH6A 4ILJA 4JV5K 1HR0K 4B9LA 4JNEA 5FRNA 2I5JA 3I33A 2O4IA 1YHQN 2G8HA 5F0XA 5F1XA 5H1SQ 3LALA 3C95A 3QINA 3KD5E 2HNZA 4QCLA 4DQPA 3HPHA 4CZIA 3SYZA 3I8BA 4MQ3A 2P9IA 4DS5A 4BGBA 3QEXA 5SZTA 3ZEUB 2Y1IA 4K8XA 1C6VA 1LOTB 5KRSA 4OPKA 4JKGA 4MO5A 2HVHA 3N4PA 2GTDA 4K42A 3VQCA 4CJEA 1JCEA 1YJWN 3VQ9A 4I2PA 1JLFA 4CD3A 2WONA 5AZJB 4CZEA 4JRPA 2Z1JA 3V9ZA 4BRPA 1P8ZA 3QDKA 3T1YK 4H4OA 3I0RA 2E4LA 3LWMA 1BQMA 3SJJA 4AHVA 3G25A 4O44A 4WYBA 1XQSC 3SK3A 1D5AA 1IKYA 1B92A 5DK5A 4AQYK 3MMVA 1QSLA 2JWKA 3NVKA 1WSGA 4GKJK 2AJQA 2HHTA 3TAMA 1UA1A 3R8EA 3F9MA 3CFRA 3ULDA 3AO2A 5SWMA 1BHLA 2HW3A 4XEIA 1WB9A 1W0HA 4FWOA 3CCVN 4AF1A 3NAEA 4JHDB 1N8RO 1GLAG 4JI8K 4FCYA 2GELA 4PKIA 4CHOA 4NYFA 1E3MA 4LFAK 2LSNA 2HMIA 3ZSVA 5HROA 5AFUA 1RNHA 3L3UA 4YNQA 5AQLA 1D4XA 3OBWA 1X1PA 1Z26A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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