4CJTA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 58
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjtA00
4IBNA 2G8IA 4I7FA 2B6AA 4OGCA 3VQQA 4E7HA 4JS5A 3LZJA 3T19A 3OJUA 5KGWA 3T1AA 1HNIA 3AVHA 3WNFA 4DQQA 4OPJA 2QK9A 3NGIA 1UA0A 4RW4A 2HHSA 3NGZA 4CF1A 1X9WA 4Z4FA 3U3YA 1TGOA 4KI6A 2KZZA 3LWMA 3KLGA 3VQEA 1RBSA 2IC3A 4CGHA 4FJ5A 4DTJA 4KFBA 3ZT0A 1CXQA 2ZE2A 1RBRA 4OVLA 3LP0A 4AH9A 4CGIA 1UAXA 1KVAA 3WNGA 4KB1A 4OPKA 4M3ZA 1FXXA 1YT3A 5HRRA 3HPGA 1NK9A 3VQ4A 3K5NA 5J2MA 1LW0A 2YNHA 3LP3A 4NYFA 4CESA 3QERA 4LD0A 4PA1A 1QSYA 2G8WA 2ZQBA 3HYFA 3SUQA 3SPZA 1TKXA 3AVFA 4E89A 3G10A 1KRPA 4DTXA 4QCLA 5KTQA 5CYMA 3AO4A 1NOZA 3WNEA 4CGGA 3HVRA 3K5OA 3CG7A 2ETJA 1VRTA 4FM1A 3QEIA 4M41A 1S1TA 4YNQA 3KTQA 4ELTA 4W5NA 4UQGA 2JLEA 2YNGA 4CF0A 2XY6A 3SQ1A 3SYZA 3O4QA 2HHWA 3ZSXA 1BHLA 2XRIA 1BQNA 1U49A 4OJRA 1IO2A 1SKRA 2HHXA 3VQ7A 2FBTA 3HK2A 4CFAA 3ZSWA 1CZBA 2R7YA 1ZBIA 1KLMA 1Z25A 4O44A 4M3RA 3AVAA 4DU3A 3L2WA 1JLGA 3AV9A 3K5LA 4C8KA 2DFHA 2FBYA 3L8BA 4Z4IA 1BI4B 1IKWA 4YFUA 1MU2A 2LSNA 3KD5E 4KHYA 1UOCA 2PY5A 1KCFA 1XWLA 3OYAA 1I39A 2YHBA 3HXMA 4DQRA 2HMIA 2BE2A 2KTQA 1NK0A 4CJWA 4BE1A 2OYQA 2RF2A 2RPIA 4B8CA 4CECA 3V4IA 4ELVA 3OS2A 4CIFA 1TAQA 2XY5A 5JS2A 3DLBA 3RR8A 2VWKA 3O3FA 3B6PA 4DMNA 1Y97A 2KQ2A 3ZCMA 4R5PA 4FLUA 4F2RA 1JLBA 4E0DA 3TAMA 1RTDA 3OS1A 4H4MA 3RWUA 4DG1A 4W5OA 2KFZA 4O55A 3OVNA 1W0HA 2D0BA 4FJIA 2GV9A 3L3UA 2O4GA 4M45A 1Q9XA 1VSKA 3QEWA 2DTUA 1L3SA 4I2PA 3U6FA 4FVMA 4ID5A 2FBXA 4CEQA 3V9ZA 4LH5A 4CJUA 3IAYA 4N41A 1GOCA 1RT6A 4NCAA 3LDSA 1WNSA 3ZSQA 4FK4A 3OYEA 3PX4A 1RT5A 1JLFA 3ASMA 1N6QA 2HNYA 3SUPA 3JYTA 1KSPA 3DLRA 4FJXA 1VSMA 1K6YA 4ZTJA 4FZXC 1U04A 3LAKA 3OS0A 1BISA 1VK0A 2FBVA 1GOAA 3AA4A 3NCIA 4DTPA 2QKBA 3V1OA 2D0AA 3OYIA 2IAJA 1WN7A 4B9LA 4CEAA 4CGJA 1NKEA 2PZSA 2YNIA 2YKMA 3DRSA 3SQ0A 3DLKA 1EKEA 1KTQA 1WSEA 1J53A 3HSTB 3AVLA 4GW6A 3SQ2A 4B9TA 2HB5A 3KLHA 4KREA 2HW3A 5J2NA 4FCYA 5HROA 4CEDA 1X9SA 4KPYA 3NF7A 4IDKA 4RW7A 4OLAA 2HHVA 3VQDA 4EP4A 4DFJA 4FJ7A 4DSLA 2HVHA 1RILA 4FLZA 4FYDA 3OYNA 3K2PA 4AILC 1XHZA 3MECA 4K8ZA 3QO9A 5C42A 4DQIA 3AO3A 3VQ6A 2E6LA 4PWDA 3G0ZA 4AHTA 1RTIA 1IH7A 2X6NA 1TAUA 2YHAA 4CF9A 4KHNA 4QAGA 4AHCA 1RBTA 3TAEA 3SV3A 1CLQA 3LALA 1A5VA 1RTJA 2W42A 1IKXA 4BACA 4OKKA 1EP4A 1JKHA 3AVCA 4CJLA 4CK1A 3HP6A 4DF8A 3VQAA 1F21A 3V1QA 2PYLA 3IG1A 3AA5X 1XHXA 5CZ1A 3CQ8A 4DTUA 2D0CA 4KTQA 1ASUA 1C0TA 4NCBA 4FLTA 3DLHA 4RW6A 4CK3A 3S3NA 3D45A 3ZT3A 4AHUA 3HM9A 5I42A 3AVMA 3NAEA 4DLEA 1HRHA 2HNZA 1RBUA 1HYVA 4ID1A 4CJEA 4CCHA 1S9GA 2A1RA 4CEBA 4CHPA 3C95A 2BANA 4PQUA 1WSFA 2E6MA 1NJZA 4DSJA 1W9HA 1BIZA 1ASWA 3TABA 4DTRA 4KHSA 4CHQA 5FDLA 2YKNA 4E7IA 4LH4A 3ALYA 3VQ5A 3OJSA 4ELUA 2QXFA 2Y1IA 4F8RA 4CEEA 3L2QA 1TKDA 3P1GA 3U3GA 3NH0A 3IS9A 4B8AB 4DSKA 1HQEA 3MEGA 2B5JA 1WSGA 3THVA 1HNVA 3K58A 3O3HA 3LP2A 4F4KA 3OY9A 3DLEA 3OYLA 4IFYA 4NCGA 4EP5A 5SZTA 1S9EA 4JRQA 2XHBA 1ZBLA 4CGDA 3AVNA 1IKYA 1VSJA 4W5QA 2IDOA 3F9KA 4CJ5A 4KO0A 4Z4CA 4CFBA 3DOKA 3KLEA 4HUGA 4FM2A 4E7LA 3SNNA 2Q3SA 1LAWA 2BDPA 1CZ9A 3HL8A 3ZSZA 3VA0A 4DF4A 3V9UA 1WSHA 1QQCA 1VSIA 1TKTA 3C94A 4CK2A 3C6TA 1B9FA 2F8SA 4I2QA 1JLCA 1RTHA 4CHYA 3AVKA 3RRHA 5I3UA 1T05A 3BGRA 3TAQA 4BDPA 1EXQA 1WAJA 3LZIA 3QEPA 3DYAA 4MQ3A 1WSJA 3PY8A 4Y1CA 4B9NA 2G8VA 3V6DA 2A1SA 3DLGA 3VQ9A 4B9UA 3SQ4A 4DTOA 4M42A 3RMBA 3DM2A 1FK9A 3KD1E 3QIOA 4KAZA 4M3UA 1BCMA 3I0SA 4CGFA 1ZBUA 1VSDA 4KV8A 3NBPA 3F73A 2IS3A 1L3VA 4GMJB 5CZ2A 1B9DA 4ICLA 3CFRA 5K14A 1S1WA 1VSFA 2D5RA 4B9MA 5D3GA 4WE1A 1KVBA 5KI6A 1JL2A 1RT4A 2E4LA 2GUIA 2JGUA 2ZD1A 3I0RA 3ZSYA 3VA3A 5E41A 4DS4A 3MXJA 4C8OA 1RNHA 3KK1A 1QHTA 4JRPA 5EU7A 3OYCA 2OPQA 1DTTA 3HT3A 2HVIA 2KZMA 4HTUA 2OZMA 3L2UA 1ZBFA 1C1BA 3RRGA 4TSXA 5KRTA 4DFPA 3HPOA 4CHOA 1DLOA 3ULDA 1C1AA 4Z4GA 3KK2A 3DRRA 3I8DA 4O5BA 2Y1JA 3OYKA 3DI6A 4CF2A 1T8EA 4FK0A 4KTWA 3M8RA 3OYJA 4HUFA 1YTAA 1QS4A 4C8NA 2NUBA 4PUOA 1J54A 3NFAA 4CEZA 2X74A 1YTUA 3NF6A 3NF8A 2P5GA 2G8HA 4H8KA 1KFDA 3QEVA 1EX4A 2GBZA 3VN5A 1HQUA 4KHQA 1BCOA 3ZT4A 3H08A 1RT1A 2OPRA 3NGYA 5T7BA 4J2BA 1QTMA 4DSEA 4FJHA 1ITGA 1XI1A 3SPYA 2IGIA 3MEDA 4RW8A 3A2FA 3PV8A 4CJ3A 4BWJA 1VSEA 4LSLA 2WOMA 3KKRA 3L3VA 3KJVA 3MAQA 4KKOA 3QEXA 1TVRA 1TL3A 2F96A 3SUOA 2G8KA 4KHUA 3LP1A 1QSLA 4CE9A 1JLEA 3OYGA 1KLNA 3SJJA 3NF9A 5FRMA 2P5OA 2X78A 3CM6A 3KK3A 4Z4EA 3OYDA 3KKSA 1SUQA 5FROA 3S3OA 3C6UA 3K57A 5J2QA 1CXUA 3MXMA 2DFFA 1FKOA 4G1QA 4F3TA 3TI0A 4NYNA 5J1EA 4DQSA 1NK4A 1BIUA 4FJKA 3VQCA 3OYMA 3TWHA 4IG3A 1O1WA 4HVJA 4FLWA 1BI4A 4CJRA 1WLJA 3V1RA 4DSIA 1JXEA 1I3AA 3DRPA 4FLVA 4B08A 1ASVA 4JS4A 1U48A 4OKEA 4FJMA 4E19A 2G8FA 5C24A 4CJKA 1BGXT 3M8QA 2IOCA 4FJJA 3AVJA 3S3MA 1VSHA 3ZT2A 4CHNA 3JSMA 3CFPA 2KFNA 3AO1A 2G8UA 1SL2A 3KIOA 3AA2A 5HRNA 3QLHA 4W5TA 2DFEA 5DK5A 1S1UA 1S6QA 1RDBA 5J2PA 3TAPA 2VG6A 3FFIA 3ITHA 1LWCA 4DTSA 1RBVA 2XY8A 5C25A 1HYSA 5FRNA 3SCXA 4E3SA 4HCCA 1DTQA 1HYZA 3L2VA 4MFBA 4AHVA 4CJFA 3RMCA 4KHWA 2Z1IA 5JS1A 4CJSA 4HHTA 3TARA 1LW2A 3HO1A 5HRSA 2PYJA 4FJGA 4M3TA 4GVMA 2P51A 4Q0BA 4O4GA 1NKCA 1UA1A 4DFMA 3AO2A 3P83D 1C6VA 1NJWA 3CM5A 5CY4A 3L2RA 3TAFA 3OYHA 4FW2A 5HRPA 3EY1A 2X6SA 4H4OA 4N47A 4BE2A 3QESA 2KW4A 3ZSOA 3NHGA 4FZZA 2VG7A 1QSSA 2EX3A 3OYBA 1D9FA 1Q9YA 4ZHRA 3AVBA 5HLFA 3NE6A 4DQPA 4LY7A 3HP9A 3VQ8A 1A5WA 1ZBHA 3SUNA 1SKWA 4IG0A 2VWJA 2HHUA 4CJQA 3RMDA 3PX6A 3LWLA 4FJLA 4AHRA 4E7JA 1N5YA 5SWMA 4DFKA 4LSNA 1WSIA 3V81A 2WONA 1LWFA 4KRFA 1RCHA 1C0UA 5CYQA 1TKZA 1RT3A 1VRUA 3RTVA 4M3XA 4DS5A 1Q8IA 1IG9A 2YNFA 3PO5A 1UWBA 2O4IA 3DOLA 1WAFA 4KTZA 5HP1A 3KLFA 1NK5A 4FM0A 4N5SA 1S5JA 1NJYA 1T03A 2OPSA 3LPTA 4F2SA 3NH1A 1TV6A 1D8YA 2HHQA 4RG8A 1ZYQA 2OZSA 4IKFA 1NJXA 1A5XA 2DY4A 3HPHA 4Z4HA 3AVIA 4Y1DA 1NKBA 3MEEA 4BDYA 1RDAA 1R0AA 3LANA 4CHZA 4CJPA 1T7PA 3UIQA 1VSLA 1B92A 3TAGA 5KRSA 4HUEA 4B9SA 4EZ6A 3QETA 3EYZA 3OYFA 3ISNC 1C0MA 2Z1HA 2RKIA 4CJ4A 3RMAA 1TK0A 2P1JA 4FLXA 1Z26A 4L8RB 4J2AA 1JXBA 1X9MA 3QIPA 4K8XA 5HBMA 2ATQA 4AHSA 3QNNA 4N56A 3DMJA 3AO5A 3V9SA 4CJVA 3NH2A 3QNOA 1NK6A 1HMVA 1SKSA 4E1MA 2F8TA 4KB0A 4DSFA 3RR7A 4FJ8A 1YVUA 1LAVA 4JLHA 4B9VA 1SL1A 1U4BA 3B6OA 4DLGA 4CFDA 3SV4A 1L5UA 3V9XA 2QKKA 3BDPA 1RT7A 3QINA 4W5RA 4I9QA 3WNHA 4O0JA 1TK8A 3T3FA 1U45A 3CFOA 1NK8A 2ITGA 1L3TA 4CEFA 2BGGA 4BWMA 2OA8A 1TL1A 1S1VA 2XY7A 2I5JA 1KFSA 3SZ2A 4B3OA 4CJTA 3LAMA 3PUFA 4CEOA 1SL0A 4DWIA 3TR8A 4ZTFA 4EZ9A 4FZYA 4I9LA 2Z1GA 4OGEA 4CFCA 3ZSVA 3SI6A 4C8MA 3VQPA 3ZT1A 3MXIA 4E7KA 1JL1A 1GOBA 3AVGA 1X1PA 3O4NA 1RT2A 4CF8A 2EHGA 2XO7A 1NOYA 4J2DA 4FJ9A 1D5AA 4IFVA 4KI4A 2HHTA 1RDCA 3ZSRA 4CIGA 3K59A 3PO4A 1JLQA 4Z0UA 4FLYA 1C1CA 2FC0A 1KVCA 1REVA 4OKJA 1HJRA 1LV5A 3LPUA 4FW1A 3O3GA 4DU4A 3CYMA 4OLBA 3NDKA 3IRXA 3TANA 1SV5A 3KLIA 1BQMA 3M8SA 3S9HA 3P5JA 3HVTA 4M3YA 2OPPA 2RN2A 2Z1JA 4CERA 1XC9A 1L3UA 4FK2A 4Q5VA 3E01A 4E1NA 1FKPA 5KGXA 3K5MA 4RW9A 4PY5A 3M8PA 1D9DA 1JLAA 1S1XA 2HNDA 3EZ5A 1NK7A 3VQBA 4FJNA 4M3WA 1IKVA 1BL3A 1QE1A 2VG5A 4O0IA 4CIEA 4DTMA 2B4JA 1RDDA 4C8LA 3AA3A 3PX0A 2YV0X 1LWEA 2AJQA 1U47A 4HCBA 3D0PA 3HJFA 4QOZB 4BDZA 3V9WA 4F3OA 4DTNA 1TK5A 4DU1A 1J5OA 4BE0A 4FXDA 5DMRA 1S6PA 1HPZA 4J2EA 4N76A 1G15A 1EETA 4XIUA 1J9AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B6AA 5KPTA 3BEXA 1NGGA 4H5TA 4E7HA 3LZJA 3T19A 3OJUA 3T1AA 4RW4A 1VQMN 3BF3A 4CF1A 4H5RA 4NLBA 4DTJA 1RBRA 2Q2RA 4OVLA 4CGIA 1UAXA 1KVAA 1NGAA 4IO8A 5J2MA 3VGLA 4NYFA 1GLJO 4CESA 4A59A 2G8WA 4CZEA 3HBTA 1TKXA 4E89A 4A5BA 1KRPA 4QCLA 3WNEA 3QEIA 4YHHK 4FM1A 1XC3A 4B1ZA 1Z05A 4W5NA 1BWFO 2YNGA 3UKRB 3SQ1A 1ZXOA 2HHWA 3A5MC 4FWQA 2XRIA 1VHXA 3DXMB 3HK2A 3BP8A 3ZSWA 4AM7A 1Z25A 3AVAA 3C65A 3L2WA 3K5LA 2DFHA 3L8BA 1BI4B 3KD5E 1MU2A 2LSNA 4KHYA 1I39A 2QWMA 3HXMA 5C10A 5M1NA 2KTQA 3M6GA 3HOTA 2RF2A 3OS2A 2XY5A 1T44A 3RR8A 5C12A 2P9LB 3O3FA 1Y97A 3ZCMA 4FLUA 3TPQA 1JLBA 4E0DA 3RWUA 2JWKA 3OS1A 2UUCK 1EWQA 2QA4N 2UUBK 4FJIA 1HR0K 1L3SA 4WYBA 4I2PA 4ID5A 5HL7L 2NZTA 3P4IA 4CZGA 1JLFA 2P9PA 3ASMA 4RCHA 2GEMA 4ZTJA 4H5NA 1U04A 4F9OA 1VK0A 1GOAA 3NCIA 2QWLA 3CJBA 1EQYA 1NM1A 1WN7A 1FJGK 3EL2A 2YNIA 1EKEA 2HW3A 2OANA 1BOTO 3LM9A 3UKRA 4FJ7A 4A62A 2HVHA 1RILA 3NVMA 4FYDA 3ZETB 4QS8A 1XMOK 4JI4K 4BREA 3DXMA 3ATUA 3AO3A 1IJJA 2UU9K 3J8AA 1XNRK 3CJ1A 3F9MA 1IH7A 2YHAA 4YDUC 3TAEA 2D0PA 1CLQA 1A5VA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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