4CJWA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjwA00
1BHLA 2YKMA 3ZT1A 2HVHA 4KHQA 3BGRA 3HSTB 3OYHA 4FZZA 4KTWA 1C1CA 4W5OA 2G8UA 4DF8A 5KGXA 4RW9A 2X6NA 1RDAA 3K59A 2YV0X 1UWBA 1TV6A 5CY4A 3M8SA 4HTUA 3TANA 2HMIA 4FJLA 4E7LA 2HNZA 4CJUA 4N76A 3ITHA 3TAEA 4CJEA 4DQPA 3QLHA 3F9KA 2DY4A 1ZYQA 4CEAA 4LY7A 2IGIA 1A5WA 2B6AA 3AO5A 3G0ZA 3NF7A 3TAPA 3LP3A 3OYBA 1NJWA 1LAVA 1ZBFA 4KREA 2X6SA 4LSNA 1VSIA 1RNHA 3L3UA 3HPHA 5HRSA 4M3XA 1TL3A 1C0TA 3K57A 3AO2A 4E7JA 2YNGA 1RTJA 4Q0BA 4DSLA 4E3SA 3DRSA 3SV3A 3NGIA 3HPGA 1GOBA 1KCFA 4RW7A 3CFRA 1JLQA 4C8MA 4H4MA 2OZSA 2B4JA 4DSJA 5K14A 3EY1A 1HQEA 4CJ5A 4OLAA 3DYAA 4KV8A 5HRNA 4M3ZA 3IG1A 4DTUA 2F8TA 1RBRA 3NF6A 4C8NA 2NUBA 4CK3A 4FK4A 1TKZA 3AO3A 2E4LA 1S9GA 3QIPA 2XO7A 1KVBA 3AVKA 4DF4A 3AVNA 3ZSQA 4RW4A 1DTQA 3TR8A 4ELTA 4F2SA 2KFNA 5C24A 1MU2A 4BWJA 4DSFA 4CF2A 3KJVA 3TAGA 1T03A 1LWFA 5C25A 2Q3SA 1N6QA 3DLKA 1QQCA 3AVIA 3VQAA 1IKXA 2VWJA 3VQQA 3ZSVA 1FKOA 4O0IA 4JS4A 3K5MA 4PQUA 3I0RA 2XY5A 1TVRA 4BDZA 1X9WA 4B9VA 3LWMA 4FJ8A 3OJUA 3LWLA 3T19A 5CYMA 3SPZA 4CHQA 2PZSA 1T05A 4F3TA 2DTUA 3LP2A 3DMJA 3NCIA 3SQ0A 2VG6A 4CESA 4M3UA 1TAQA 3ZSWA 4CF0A 4FLVA 3CQ8A 3DOKA 3LANA 4IDKA 3LDSA 3V9ZA 3OVNA 1S1VA 1VRTA 4YNQA 1D9DA 4CERA 1L3UA 3WNFA 3QEVA 4CJSA 4CHOA 3AA2A 3THVA 4CGJA 3L2QA 4DU1A 3ZT0A 1NK8A 1IKYA 3P5JA 1C6VA 1HYZA 3OYKA 1WSGA 4E0DA 3NH0A 1EP4A 4CJLA 3LALA 1TGOA 1RT5A 3AVAA 3QERA 1LV5A 1LW0A 4WE1A 1K6YA 1XHXA 2YKNA 5J2QA 4F3OA 4DFKA 1KLMA 3KD5E 4I9QA 1TAUA 3KK3A 4I2QA 3SYZA 1SV5A 2XHBA 4FCYA 3T3FA 4B3OA 1XC9A 2JLEA 3VQPA 4CGHA 3RTVA 1NJYA 3DLRA 3SQ2A 1RT1A 3AVJA 1UA0A 4OGCA 3ASMA 1YTUA 1IH7A 3IS9A 3EYZA 3LAKA 4J2AA 2QK9A 1WNSA 3O3HA 2DFFA 5E41A 2KW4A 5SWMA 4HVJA 2ITGA 2YHBA 4UQGA 1WLJA 4OPJA 3S3MA 3DRRA 5KTQA 1WAJA 3HT3A 4DQQA 3T1AA 1NK0A 4QOZB 1RTIA 5DMRA 4DMNA 1IKVA 4PWDA 5C42A 5DK5A 1C0MA 3AVLA 4CK1A 3L8BA 3KK2A 2YNIA 2ETJA 4F8RA 3IAYA 3ALYA 4CJQA 1FXXA 1ITGA 2X78A 2FBTA 4CEZA 2F8SA 3LP0A 1Z25A 1JXBA 4FJXA 2ZD1A 3SUPA 1U04A 1LWCA 5HRPA 3OS1A 3VQ8A 4ELUA 1HNVA 1NOYA 3SV4A 3WNEA 4E89A 2B5JA 4Z4EA 2D0CA 5CZ1A 1WSEA 2EX3A 1JXEA 1Q8IA 2OPRA 3ZSYA 4NYFA 2OYQA 4LSLA 4FK2A 3O4NA 5CYQA 4FW2A 3DLGA 4I2PA 4B08A 4BE0A 4KI4A 1XI1A 1VSEA 4M3RA 3L2UA 4BDPA 2PY5A 1NOZA 4JRPA 1XHZA 4CEFA 3RMCA 1U49A 4N41A 4AHRA 1C0UA 3AVHA 4N5SA 2F96A 3V9SA 4RW8A 1SKWA 1HPZA 4DG1A 2HNDA 4FJGA 3NGYA 4EZ9A 1D5AA 1I3AA 3DOLA 3MEDA 1O1WA 4FW1A 4JS5A 4CHZA 4Z4CA 5KI6A 1VSMA 1RDBA 3TI0A 3C95A 3NHGA 4HUFA 3OYMA 3QNOA 1J54A 1YTAA 3M8QA 3NH2A 2A1SA 1KTQA 1RILA 3CM6A 1TK0A 1I39A 3QEXA 4CCHA 3WNHA 3LP1A 4ZHRA 3AVBA 4N47A 4N56A 1Q9YA 3CFPA 3VQ9A 2G8VA 1S9EA 2R7YA 3ZT3A 3S9HA 4CJ3A 3CYMA 5HP1A 1J5OA 3L2RA 4W5QA 1BCMA 1U48A 2BGGA 3ZCMA 4FVMA 1VSHA 4CF8A 2VG5A 1RBTA 3VA3A 4B9LA 3K5LA 4FJ9A 5HRRA 4DTPA 1QSLA 4Z4GA 3AA5X 1W0HA 1JKHA 3AV9A 2RF2A 3K58A 4DLEA 4DSIA 1T8EA 4K8XA 3AA3A 1ZBIA 4FM1A 3HP6A 3MAQA 4RW6A 3L3VA 3VQCA 3UIQA 2GV9A 5J1EA 4C8KA 4M41A 2D0AA 1TK5A 4I7FA 2IC3A 1RTHA 1RBSA 4DQRA 4CEOA 1BIUA 4AHVA 1DLOA 4ELVA 4CEBA 4CF9A 1KVCA 2Z1JA 4ICLA 4CHPA 3RWUA 3G10A 1NKEA 3MEGA 3DI6A 1CZ9A 4PY5A 3S3NA 1SL2A 3VQDA 4FLXA 3O3GA 4CJVA 4HUGA 3KLIA 3ULDA 4OVLA 4O4GA 4CFAA 4E19A 2YNHA 3FFIA 3OYGA 3LZIA 1NK6A 2LSNA 2HB5A 1TKDA 1L5UA 2DFEA 3ZSZA 3ISNC 1KLNA 4FJIA 1DTTA 3KTQA 4CGGA 1YVUA 3I0SA 1G15A 3B6PA 4AHCA 1UA1A 4ID5A 1VSKA 4I9LA 1Y97A 1VK0A 4G1QA 4H8KA 5J2MA 2QKKA 5EU7A 2VWKA 1TK8A 2P1JA 3RRHA 4O55A 4KPYA 1CXUA 3KLEA 3TARA 3CG7A 4BACA 4FJMA 4Y1CA 4GVMA 4DTNA 3C94A 1HRHA 2ZQBA 4CJ4A 4CEQA 4KB0A 3OYLA 1JL2A 4CGDA 3OJSA 1KFDA 1RT2A 1BIZA 3HPOA 4FJJA 4NCBA 3QO9A 3JYTA 3SI6A 2IOCA 3KD1E 1NK9A 1VRUA 4E1MA 3OYIA 2G8KA 1RT6A 1VSFA 2QXFA 4HHTA 4CFCA 3CM5A 4FYDA 4M3YA 4FLUA 2PYLA 2JGUA 5CZ2A 3M8RA 4Y1DA 3PX4A 3TAQA 5FDLA 2BDPA 3PY8A 4XIUA 1TKXA 4W5TA 3VQBA 3F73A 1HYSA 3NBPA 3JSMA 3PX6A 1W9HA 4FJ7A 5SZTA 1QS4A 3OYJA 1UOCA 4DWIA 1YT3A 1U45A 4NYNA 2E6LA 4FJHA 3DLEA 4PUOA 5D3GA 1WAFA 1S6QA 3IRXA 4BDYA 1GOCA 1KFSA 4FZYA 2HHSA 2E6MA 4NCGA 5I3UA 1CLQA 2HVIA 1C1AA 3NF8A 3OYDA 4R5PA 4FLWA 4BE1A 4BWMA 1WSIA 2D0BA 1N5YA 1RT3A 2RN2A 4EP5A 4DU4A 1D9FA 1HNIA 2HHXA 1IG9A 1HJRA 3QEIA 1BI4B 4DTSA 1BI4A 4QAGA 4FJKA 4YFUA 2HHQA 3O3FA 3D0PA 4AHTA 2AJQA 4Q5VA 3KLHA 3SUNA 3V9UA 3RRGA 2RKIA 2KZZA 4CHYA 2KTQA 2FBYA 4KHNA 3MXJA 1JL1A 4CEEA 1S5JA 3NDKA 4E7IA 3U3GA 2YHAA 4ID1A 4EP4A 4CECA 3V6DA 2G8FA 2PYJA 1X1PA 3PV8A 3PO5A 1S1TA 1NKCA 3U3YA 4DU3A 2P5OA 1GOAA 3A2FA 4DQSA 3HO1A 1WN7A 4CEDA 3CFOA 1B9FA 1RT4A 3TAMA 3RMBA 1QSSA 2Y1IA 4KO0A 4MFBA 4KKOA 3VQEA 4B9MA 1KRPA 2YNFA 2FBXA 3ZT2A 4L8RB 4FXDA 4CHNA 4FLZA 3ZSRA 1QE1A 4FM0A 1T7PA 4OLBA 4W5RA 3HVRA 5FRMA 2FC0A 4OPKA 1U4BA 1EX4A 4E1NA 3HXMA 4ZTJA 4B9NA 1EKEA 4F2RA 4CJKA 2WONA 3HP9A 4IKFA 1R0AA 4FK0A 4M42A 4KI6A 3DRPA 3PO4A 2HNYA 3OS0A 4CIFA 3SJJA 3RR8A 4JRQA 3WNGA 4KTZA 2OPQA 4FM2A 3B6OA 1SUQA 2I5JA 1NJXA 2BE2A 4HCCA 4OGEA 4IG0A 2DFHA 3L2WA 3SQ1A 1L3VA 1RDCA 2GBZA 2G8WA 3NE6A 2O4GA 1VSJA 4OKKA 4B8AB 4CF1A 4DTMA 1NKBA 4H4OA 1RTDA 4CFDA 1SL1A 4DS5A 1BQMA 1C1BA 3AO1A 4Z0UA 3KK1A 3ZT4A 2KFZA 1BCOA 2KQ2A 3BDPA 4KHWA 1BGXT 2XRIA 4AH9A 3NH1A 3OYAA 4DSEA 3TABA 1X9MA 3MECA 3QEPA 3RR7A 3QESA 4EZ6A 1TKTA 3C6UA 2P5GA 4FJ5A 2Z1GA 3NF9A 4O0JA 3VN5A 3SNNA 4DSKA 1VSDA 1RBUA 1BL3A 5KRTA 1JLAA 1NK5A 2QKBA 2A1RA 3HVTA 3DLBA 2EHGA 2OPSA 1S6PA 4JLHA 4LH5A 4ZTFA 4K8ZA 2D5RA 3DM2A 3MXMA 2KZMA 1FKPA 2HHWA 4W5NA 3LPTA 3V1OA 1F21A 5HLFA 2XY6A 4Z4IA 1L3TA 5KGWA 4KB1A 1QHTA 3M8PA 1CXQA 4O5BA 4CJPA 2XY7A 1NJZA 4CGIA 3OY9A 2ATQA 1JLFA 5FRNA 3OYNA 1ZBUA 1WSHA 2RPIA 1LAWA 4FLYA 2G8HA 2HW3A 4KFBA 4PA1A 2P51A 1X9SA 2HHTA 4DS4A 3SUOA 3SCXA 3K2PA 1WSJA 1ASWA 3HL8A 1SKRA 1EETA 3VQ4A 4J2DA 4IG3A 4NCAA 1BQNA 3HJFA 5J2NA 4Z4HA 1SKSA 1A5VA 1RCHA 4O44A 3HM9A 1QSYA 4J2BA 4GMJB 4DFMA 1HMVA 4KAZA 1JLBA 3LPUA 5HROA 4J2EA 5JS2A 1REVA 3S3OA 1RBVA 1U47A 1NK4A 1L3SA 2O4IA 2XY8A 4HUEA 2G8IA 4KHUA 3C6TA 5I42A 3QINA 4RG8A 4DTJA 3KIOA 4KRFA 1LW2A 4DFPA 2W42A 3MEEA 1ASVA 4C8LA 2IS3A 3KKSA 4FJNA 3K5NA 2OA8A 4CGFA 3OYFA 3SUQA 4IFYA 4E7KA 3SZ2A 3D45A 2GUIA 3QETA 3KKRA 4IBNA 1HQUA 3VQ7A 3OS2A 4B9UA 3OYEA 4DQIA 1B9DA 3MXIA 4CJWA 1J9AA 1ZBHA 1S1UA 4CIGA 4DFJA 1JLCA 2HHUA 3E01A 4OJRA 2Z1HA 3AA4A 4OKJA 3V4IA 3U6FA 3SPYA 1Q9XA 4KHSA 4M3WA 3OYCA 2VG7A 4CK2A 3QEWA 3KLGA 4CJRA 1IO2A 3TAFA 5T7BA 3KLFA 4B9SA 4FLTA 4M3TA 3LZJA 1LWEA 3AVCA 1IKWA 3ZSOA 3AO4A 3AVMA 4DTXA 3V9WA 1J53A 3NGZA 1S1XA 3V9XA 4B9TA 2Z1IA 3V1QA 1FK9A 4DTOA 2HHVA 1ASUA 3VQ6A 4HCBA 1UAXA 4M45A 3RMAA 4C8OA 2IDOA 4OKEA 5HBMA 4E7HA 4Z4FA 1JLGA 3AVGA 3PUFA 4B8CA 2WOMA 3QIOA 4BE2A 3RMDA 1S1WA 1NK7A 4QCLA 1KSPA 3V1RA 3AVFA 5KRSA 3P83D 4TSXA 3LAMA 1BISA 3P1GA 3L2VA 4AILC 1WSFA 3PX0A 1EXQA 1B92A 3HYFA 5FROA 3V81A 3DLHA 4CJFA 3NAEA 3I8DA 3TWHA 1ZBLA 1QTMA 2IAJA 4KTQA 5JS1A 2BANA 4CJTA 1VSLA 4IFVA 3SQ4A 1RT7A 4CFBA 1Z26A 3O4QA 2ZE2A 1D8YA 3ZSXA 2FBVA 3EZ5A 4FZXC 3NFAA 1KVAA 4LD0A 4DTRA 1JLEA 4MQ3A 1XWLA 4CIEA 4CE9A 4GW6A 3QNNA 1RDDA 3K5OA 3VQ5A 1SL0A 1CZBA 1HYVA 5J2PA 2OZMA 4AHUA 3H08A 2OPPA 4DLGA 3HK2A 3VA0A 4F4KA 4KHYA 4AHSA 2Y1JA 4LH4A 1TL1A 1A5XA 2X74A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3BGRA 3HSTB 4KTWA 1YUWA 1E4FT 3E66A 5KGXA 4HTUA 3K59A 5CY4A 4DQ8A 4M7YA 4LF6K 2HNZA 4NXMK 4CJUA 3OYBA 1LAVA 2X6SA 4LSNA 1VSIA 4XH5A 3UKUB 5HRSA 1DGKN 5AQVA 2E2OA 5CR4A 4E7JA 2YNGA 4E3SA 4O8UA 3NGIA 4FWKA 1RDUA 2E8AA 1YXQA 2GWJA 4C8MA 3O9SA 4O5FA 5LY3A 3EY1A 1HQEA 4CJ5A 4FWSA 4NO7A 3IG1A 4DHYA 3ULEB 4DV6K 2O8DA 2E4LA 2XO7A 1Q81O 4DF4A 1V4SA 5AQMA 4RW4A 2KFNA 2BTFA 4CF2A 1LWFA 5C25A 3DLKA 3AVIA 3VQQA 1GLLO 3K5MA 4PQUA 3I0RA 3O9QA 2GWKA 3VGKA 5BN8A 1M90O 3D2EB 3OJUA 5CYMA 4F3TA 3DLLL 3H1VX 3NCIA 3ENOA 1LCUA 3DOKA 3PSIA 4BY9C 4XEIA 3D2FA 1S1VA 3VOVA 3BP8A 4CHOA 3THVA 3R1XA 2QWLA 4CGJA 3L2QA 4JNEA 3ATUA 4DU1A 3P5JA 1OH7A 3AAPA 3LALA 3VEVA 1TGOA 4MDAA 4F3OA 5GADP 1TAUA 4YOTA 4YDUC 3W0LA 1SV5A 5AQKA 2UXDK 3QBWA 3ZETB 4FCYA 4EAHD 2JLEA 1XC9A 3A5NC 3DLRA 5F2RA 1RT1A 3NVMA 3ASMA 4HWIA 2DPNA 2YI1A 3EYZA 5SWMA 1NM1A 4HVJA 4UQGA 3M3ZA 4OPJA 1K8AO 3DRRA 1WAJA 4JI6K 1RTIA 3GDQA 4MO4A 1WB9A 4CK1A 2VWBA 5C10A 1VQON 3A5OC 2ETJA 3HZ6A 2A5XA 3THYB 2FBTA 5LMUK 4KHPK 4BRPA 4X65K 3LP0A 2NRTA 4CW7B 2NLXA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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