4CK2A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ck2A00
3NF6A 4AHRA 4M42A 3O4QA 2FBTA 2PYJA 1DTTA 3TAQA 4PUOA 3HPOA 3LANA 1S1UA 2YV0X 3JYTA 3DRPA 3MEEA 1T03A 2G8VA 4OKKA 2I5JA 3SUQA 1ZBFA 2D5RA 1NK4A 1F21A 3E01A 4KPYA 4OLAA 2RPIA 3NGZA 4CGHA 4E1NA 1XWLA 1JLAA 1VSMA 1U48A 4FLTA 3CQ8A 4OJRA 3DLBA 4FJHA 3AV9A 3QNNA 4CJTA 3QEXA 3HL8A 3OYBA 3DLKA 3AVJA 4FLWA 3AVGA 1RDCA 3CYMA 4FCYA 3V9UA 4FJKA 4FJ8A 3C94A 4M3ZA 1EETA 3AVBA 4CJWA 4OPJA 4FJXA 3ZSOA 2QKKA 4ELUA 2HB5A 3KLEA 1RBRA 2LSNA 4G1QA 4R5PA 1D8YA 4DTUA 3TAEA 3RMAA 4H4OA 1GOAA 3AVHA 4F2RA 4B9UA 1WLJA 1WAFA 2YHBA 1WSGA 4AHTA 4YFUA 2XY8A 3ZSVA 2OA8A 2WONA 4CGDA 3V9WA 4CERA 1NJYA 3LP2A 4I9LA 3DLHA 3QLHA 1RT3A 1RT6A 2HHTA 3HJFA 3PX0A 1Z25A 4CHNA 1BQMA 1S1TA 4CF1A 3TABA 2G8WA 4B9VA 4K8XA 1RBUA 1NOYA 1ZBHA 5C42A 2Z1IA 1L3UA 3L2RA 2OZSA 4B3OA 4BACA 3SI6A 3ASMA 5KRTA 1J9AA 2P51A 3VQ4A 1BGXT 4M3WA 3NFAA 3NCIA 3B6PA 2DY4A 4KHNA 2P5GA 4BWJA 3RMCA 1VSHA 2DTUA 4F3TA 5HROA 2IDOA 4FJ9A 4XIUA 2JLEA 4CEAA 4FYDA 2DFHA 1IO2A 3U3GA 4OPKA 3K5NA 2DFEA 4M3RA 4CFDA 5FROA 1NOZA 3ISNC 4KTWA 3ZSWA 4JS5A 4FK2A 2IAJA 2Q3SA 5SWMA 3CFOA 1LV5A 3EY1A 1RT2A 3S3NA 3IS9A 4FJJA 3HPHA 4J2AA 4DTOA 2KFZA 3KJVA 3AVMA 4AH9A 1BL3A 4MQ3A 1BCOA 4Z0UA 5SZTA 5FRMA 3ZT2A 4FJ7A 5HRNA 1JLBA 1CLQA 4RW8A 4KREA 4CJUA 2GV9A 3OYCA 2NUBA 1B92A 4FJLA 2HHVA 2VWJA 3QERA 4W5QA 4DSKA 1A5WA 3VQ8A 5JS2A 2O4GA 1FXXA 1UA0A 1N6QA 3QETA 3IRXA 4TSXA 3VQCA 3U3YA 2HHWA 3KTQA 4B08A 1C1CA 3K2PA 5HLFA 3VQ6A 4CGFA 4CGIA 1VSKA 2G8IA 1LAVA 3OYIA 4CEFA 1ZBUA 2EHGA 1X9WA 1TV6A 2X6SA 5E41A 1U4BA 3HP6A 3V4IA 4HCCA 1UOCA 2ZE2A 3L3UA 3LP3A 2E6LA 3S3MA 1J54A 1VRUA 1VSLA 4RG8A 4IFYA 3OJSA 1XHZA 4DQPA 3EYZA 4JS4A 3MXMA 2Y1JA 1QSSA 2RKIA 5DK5A 4DG1A 4HHTA 4HTUA 3C6UA 4FVMA 2E4LA 3PUFA 4KTZA 1SL1A 1IKXA 4C8NA 1X9MA 4K8ZA 1RT1A 4N47A 2YNFA 3VQQA 3RMBA 2KQ2A 2KTQA 4FJMA 1VSDA 4KB1A 2IOCA 4KKOA 3MXIA 4E0DA 2YNGA 4FJNA 3LDSA 4QOZB 1U45A 3MXJA 1C0UA 5HRPA 3KLGA 4AHUA 3HT3A 4FW2A 2AJQA 1C0TA 4CEEA 4CJRA 4KHQA 2BGGA 5HP1A 4O44A 4FW1A 1S1VA 3OYAA 3ZSRA 2B4JA 3L2VA 4AILC 4CECA 4DF4A 4FJIA 3SUPA 4M3TA 1NKCA 3DLEA 4E7LA 3HM9A 1QSLA 4N56A 2PYLA 4B8AB 3SV4A 1S1XA 4L8RB 3AVKA 4M3UA 3PO5A 1RDAA 4DLGA 3DRRA 3V1QA 4CF9A 3OYLA 5KGWA 4JRPA 4CK1A 3MECA 1BIUA 3T3FA 1LWEA 1BHLA 2IGIA 3DYAA 1TGOA 4DTSA 2HNYA 2Z1GA 4RW4A 4ZHRA 5KRSA 1SL2A 1RT4A 1YVUA 2YKNA 4DTMA 2D0CA 4EP5A 2F8TA 1HJRA 4Y1CA 3AO5A 4B9LA 4O55A 3QINA 1WSHA 4FZYA 1QHTA 2G8FA 4OGCA 1RT7A 3SJJA 2BDPA 1QTMA 1RILA 2X74A 3O3GA 3RMDA 2KZZA 4KFBA 3DRSA 1SKRA 1SKSA 2GBZA 1U47A 5JS1A 4O0JA 3RWUA 3V9ZA 4CJVA 1REVA 1SUQA 4LD0A 1QQCA 3T19A 3ZT3A 3S3OA 3OS1A 5D3GA 3QIOA 4OVLA 2G8KA 1VSIA 4CJEA 4DMNA 5J2NA 1L3VA 1JLQA 3I0SA 1YTUA 3RRGA 1TAQA 2KZMA 4DQSA 4BDPA 3M8RA 4CEQA 1IKVA 4O5BA 3SQ0A 4BWMA 4W5TA 5C24A 1DTQA 5HBMA 3RR7A 1S6QA 3CFRA 1W0HA 4CHPA 1YT3A 3K5OA 1C6VA 3AA2A 3WNFA 4PQUA 3TAFA 1NK5A 3KD1E 2QXFA 3QEVA 5FDLA 2XO7A 4CCHA 3VQEA 3HYFA 1KLMA 2ITGA 3DLRA 3FFIA 3KLFA 2XY7A 1R0AA 4CIGA 1X9SA 2PY5A 1LW2A 4CJFA 1KCFA 2BE2A 4M41A 3CFPA 4Z4CA 2VWKA 4FZZA 4DS5A 1QS4A 4HCBA 4HUEA 1JXEA 1NJWA 1UWBA 3VQ5A 3SZ2A 1HQUA 3K59A 3KIOA 1JL2A 3M8QA 1HYZA 1Y97A 1XC9A 3M8PA 1NK9A 1CZBA 1FKPA 1RBSA 3C95A 1Z26A 1BISA 4NYFA 1HNIA 3CM5A 3HO1A 1X1PA 5CZ1A 5CYMA 1KFDA 3KK1A 1LWFA 4JRQA 4J2EA 3ZSZA 2B5JA 1TK8A 1NJXA 1WAJA 4C8KA 3AVLA 1WNSA 3VQAA 1BIZA 4O0IA 4CFAA 3NDKA 2ZQBA 3VA3A 3WNGA 4CHZA 1TKTA 3LWMA 1T8EA 1SL0A 1J5OA 3ZSXA 3OYNA 4DFKA 3WNHA 4GVMA 4DFMA 1NJZA 4E7IA 1XI1A 1ZBIA 1RTDA 3O3FA 4QCLA 1SV5A 3CG7A 1TKXA 4E19A 3NAEA 3U6FA 4PY5A 4MFBA 1ITGA 4FK0A 1A5VA 4Z4IA 1TL1A 4DS4A 2IS3A 4F8RA 1RTIA 3TAMA 1B9FA 4W5OA 1NK7A 4KHYA 1DLOA 1KVAA 3AA4A 4CK3A 3TAGA 1N5YA 2G8UA 1MU2A 2F8SA 1YTAA 3AVIA 2YKMA 3KKSA 4F3OA 3O4NA 3SQ4A 2JGUA 2E6MA 4IG0A 4CJ5A 1KLNA 3P83D 2R7YA 3RR8A 4AHSA 3L8BA 1HYVA 3OVNA 2RF2A 1KFSA 1FK9A 2HNDA 2OYQA 4KV8A 2B6AA 3B6OA 3TR8A 4I2PA 4CEZA 3TANA 4OLBA 3UIQA 3NHGA 4O4GA 2XHBA 3OY9A 1U49A 1SKWA 1S9EA 1B9DA 2HVIA 3SQ2A 2YNIA 3KLIA 3VQ7A 1ASVA 3F73A 4HUFA 4DSFA 4C8OA 1D9FA 4KI6A 4NCAA 4Z4EA 4OKJA 3NH2A 2OPRA 3V1RA 4IKFA 1RDBA 1L3TA 2KW4A 4LH4A 4M3YA 4W5RA 2BANA 3HVRA 1JLFA 1VSFA 4CHOA 3C6TA 5I42A 3THVA 2KFNA 1JLCA 4KTQA 2HHSA 1KVBA 3KD5E 5KTQA 4CJPA 3V81A 3OYMA 4HVJA 3RTVA 4N76A 3SPYA 4DU3A 3NE6A 3AVAA 4W5NA 3HSTB 3DLGA 2HHUA 3PX4A 4FXDA 3TARA 2D0BA 4LH5A 2OPPA 3L3VA 1BI4B 1KSPA 3QO9A 1JKHA 3I8DA 4CHYA 4DTNA 4DQQA 1WSFA 1JLEA 1RBTA 3HVTA 1VSJA 4CFCA 2O4IA 1HYSA 4NCGA 4BE0A 1HQEA 3P5JA 3SCXA 4M3XA 3SYZA 2FBYA 2VG7A 2XY6A 4ID5A 2ATQA 4FM1A 3TI0A 4KO0A 1TL3A 4ELTA 4I7FA 4NYNA 1K6YA 4CEOA 3NGIA 3JSMA 4NCBA 4IBNA 3PO4A 4CHQA 4Y1DA 3HK2A 1KRPA 1KVCA 3QIPA 4AHVA 4FM2A 2G8HA 2HMIA 4B8CA 3OJUA 1S9GA 4ZTJA 1D5AA 4HUGA 1CZ9A 1TKDA 5EU7A 1C0MA 1T7PA 2P5OA 3V9XA 1O1WA 2OPSA 3H08A 3L2QA 4DTRA 4CEBA 1Q9XA 4CIFA 1W9HA 1RBVA 2FBVA 1ZBLA 3VQ9A 2F96A 3D45A 4DU1A 2YHAA 1S1WA 3AVCA 4PA1A 1IKYA 4AHCA 3NH1A 4CGGA 3OYFA 3LZJA 5J2MA 5J1EA 3EZ5A 4JLHA 1TK0A 4DQIA 2DFFA 3DM2A 4EP4A 1WSJA 4DF8A 1JL1A 3DOLA 3M8SA 2HNZA 3NF9A 1T05A 3NH0A 3QEIA 1VRTA 2HVHA 1XHXA 3DI6A 3OYJA 3ZT1A 1QSYA 4FJ5A 4CJQA 3AA3A 3SQ1A 3I0RA 4BDZA 4E7KA 4FZXC 2X6NA 4QAGA 3OYHA 2A1SA 4EZ9A 4IDKA 4H8KA 3LAMA 1D9DA 1EX4A 4FM0A 3LP1A 4N41A 4ZTFA 1ASUA 4H4MA 4DSJA 3ZSYA 4CGJA 3TWHA 3VN5A 1NKEA 2FBXA 4J2BA 3NF8A 1KTQA 5C25A 3K58A 4E3SA 3BDPA 1HMVA 2OZMA 4FK4A 2QK9A 4E7HA 1Q9YA 2VG5A 1VSEA 5J2QA 2IC3A 4CEDA 4DTXA 5KI6A 3P1GA 1BCMA 3LAKA 3ZT0A 4CF2A 4KI4A 2QKBA 1I39A 3OYGA 1IKWA 4E7JA 4DQRA 4DTJA 1ASWA 2PZSA 3K57A 2EX3A 4B9SA 3ZT4A 1GOCA 1BI4A 5CYQA 4Z4FA 1QE1A 1I3AA 4WE1A 5FRNA 4KB0A 3HXMA 3KKRA 1JXBA 3LPTA 4C8MA 2ZD1A 3AVNA 1NK8A 4YNQA 4KRFA 3LZIA 4CESA 4BE2A 4DFPA 4BE1A 4CJ4A 4GW6A 1TK5A 4KHUA 3CM6A 1HNVA 1LWCA 2A1RA 4KAZA 2XRIA 4FLYA 4CF0A 4Z4GA 2ETJA 3QEPA 3AO2A 3SNNA 3SUOA 3G0ZA 4FLUA 4PWDA 1GOBA 4J2DA 1CXUA 3SPZA 3VQDA 3NGYA 3DOKA 5T7BA 4B9MA 3KK2A 2FC0A 3HP9A 4CE9A 3OYEA 1EKEA 1TVRA 1IH7A 3VA0A 3PX6A 4KHWA 2HHXA 1S5JA 1Q8IA 1TAUA 1IG9A 1C1BA 1RDDA 3QESA 1J53A 3PV8A 3AO1A 5DMRA 3LPUA 2W42A 4DSLA 4I9QA 1NK6A 1CXQA 1EXQA 4I2QA 1HRHA 4FJGA 3MEDA 4DSEA 2Z1HA 4RW6A 1S6PA 4CK2A 4E89A 3AA5X 3ZCMA 3VQPA 5K14A 3SV3A 1L5UA 4DWIA 2YNHA 2P1JA 3OYDA 4C8LA 3A2FA 2HW3A 4FLVA 4Z4HA 3VQBA 1JLGA 3KK3A 2RN2A 4CF8A 1RT5A 4N5SA 2HHQA 3V9SA 1LAWA 4GMJB 5CZ2A 3RRHA 4FLXA 3K5MA 3AVFA 5J2PA 4DU4A 1NK0A 3OYKA 4LSNA 3NF7A 3WNEA 3QNOA 4LY7A 4F2SA 2WOMA 3BGRA 4RW7A 4CJLA 4CIEA 3F9KA 5HRRA 1RTJA 3LALA 1WSEA 1UAXA 2D0AA 5CY4A 1EP4A 3O3HA 1NKBA 4B9NA 1TKZA 2Y1IA 1RCHA 3V1OA 4LSLA 4CJSA 2GUIA 4OKEA 3T1AA 4FLZA 3OS2A 3AO3A 3NBPA 3D0PA 3TAPA 3ZSQA 3QEWA 4E1MA 3G10A 4ELVA 3LP0A 1G15A 3ITHA 4IFVA 4ID1A 4ICLA 1LW0A 1A5XA 4M45A 4EZ6A 4B9TA 4F4KA 3L2WA 1RNHA 3L2UA 3ULDA 3V6DA 4OGEA 3HPGA 4CFBA 1C1AA 4CJ3A 4BDYA 4DLEA 3ALYA 3MAQA 5I3UA 1UA1A 4Q0BA 4UQGA 3S9HA 3OS0A 1VK0A 2OPQA 1WN7A 3LWLA 2X78A 2XY5A 4RW9A 5KGXA 4Q5VA 3K5LA 3MEGA 2Z1JA 1ZYQA 1L3SA 1RTHA 3AO4A 3DMJA 3IG1A 4IG3A 4DSIA 2VG6A 4DFJA 1WSIA 4KHSA 3KLHA 1HPZA 1U04A 4DTPA 3SUNA 1BQNA 1FKOA 4CJKA 3IAYA 3PY8A 5HRSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AHRA 4M42A 2FBTA 2E20A 2QTDA 4PUOA 1KAZA 3DJCA 3R6MA 3HPOA 3C7NB 3MEEA 2W6KA 2G8VA 2QWMA 2NRTA 3HTVA 2P9LA 5AFUA 1IV0A 4I6MA 2RPIA 4FWRA 5KPTA 5GADP 5C12A 1NGHA 3OTOK 2UUAK 5JLHA 4YY3K 3CMEN 4CJTA 1S3XA 1RDCA 3CYMA 1EETA 3AVBA 4OPJA 2NRWA 4ELUA 1RBRA 4MO4A 4R5PA 1D8YA 3TAEA 3CETA 3QFUA 4B9UA 1WSGA 5LL6Z 4AHTA 3SJHA 1NJYA 4RCHA 4I9LA 3DWLA 4A5BA 4X65K 4B9VA 4CF1A 1K8KB 3KHYA 1W2BM 1KC8O 5KRTA 1J9AA 3T69A 5JVGL 2DY4A 3B6PA 1MWMA 2NNWA 4IOXA 4JI4K 4YORA 3VEYA 5HROA 2A5XA 3FZMA 1G99A 1DGKN 4OPKA 3K5NA 4JD2A 4DR7K 2ZWHA 3ISNC 4JNEA 4KTWA 4KH6A 2IAJA 1LV5A 1HNZK 1RT2A 3I55N 3SBGA 3VEVA 3OBYA 3HPHA 2P9SB 1BL3A 4MQ3A 5SZTA 3ZT2A 3QBWA 1JLBA 4RW8A 2GV9A 1B92A 3CQXA 2YJFA 5JS2A 2O4GA 1FXXA 4IWVA 3UKRA 2UYTA 5JICA 3OYIA 4BC4A 1ZBUA 2X6SA 1U4BA 4HCCA 2D0PA 3LP3A 4QS7A 2OTJN 4IFYA 3CIPA 1XHZA 2P9KA 4JS4A 1QSSA 1N34K 5DK5A 3A5NC 4KTZA 4A59A 1RT1A 3RMBA 3O9RA 2IOCA 2P9UB 4QOZB 3MXJA 3ZETB 5AR0A 3J7YP 4CEEA 4B9QA 3CPWM 3P39A 3ZSRA 4CECA 2CGLA 4E7LA 3TSQA 3HM9A 4JKGB 2PYLA 4L8RB 1NGFA 2GWJA 1J5EK 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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