4CK3A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ck3A00
2Q3SA 3QIOA 4YFUA 4KV8A 2HW3A 4EZ9A 4OVLA 4Z4CA 1FKOA 4O5BA 3OYAA 3DOLA 4IG3A 2A1RA 3OYLA 2QKKA 3WNEA 4CEFA 1BI4B 4M3RA 3K59A 4M3TA 5HLFA 2KQ2A 4K8XA 1J9AA 4OKEA 3K5NA 3U3YA 3CYMA 1JLAA 1DTQA 1EETA 3TAQA 3OYEA 2R7YA 1BHLA 1ASVA 4RG8A 4DTPA 1JL1A 1TAQA 3VQAA 3I8DA 3OYCA 1IKVA 3NDKA 1X9SA 2Z1GA 1SL2A 3LALA 3JYTA 3NH2A 1B92A 4E7HA 3LP1A 5I42A 3V4IA 4OLBA 4ID1A 3CFOA 4FJNA 4OKKA 4HTUA 3DRRA 1WSGA 3MEGA 2IC3A 1NK0A 3K2PA 1BI4A 4NYFA 3I0RA 1IH7A 5E41A 1UWBA 1IKXA 3C6TA 4DQIA 4AHTA 3ZSVA 1TL3A 2PYJA 3QINA 4E3SA 3G0ZA 4I7FA 5CZ1A 4DLEA 3V81A 3D45A 3VQCA 3V1RA 4OJRA 1JXBA 3RMCA 4CEEA 3ZT1A 4FZXC 1LAVA 2Z1IA 4CESA 1BL3A 3LP0A 3OJUA 3KJVA 4AILC 3SPYA 3BGRA 1LWCA 3VN5A 4FW1A 3L2UA 3QEIA 4DQSA 3KLEA 3SNNA 2G8VA 4EP5A 2XY5A 4KTQA 2W42A 4CGGA 2G8WA 1VRUA 2YKNA 3MEDA 1SKRA 4PWDA 4CK2A 4CHZA 4N56A 4CIEA 4W5QA 4BACA 2P5GA 5D3GA 1T05A 4DTMA 3MXJA 4ZTFA 4Y1CA 1Z26A 4ELUA 2D0AA 1VSFA 1HNIA 2OPRA 3LAMA 2HNYA 4C8KA 3OJSA 3T3FA 1RNHA 4UQGA 4DFPA 3PX0A 1RTDA 3M8RA 4CCHA 4B9VA 4B9NA 4DSKA 5CYQA 4C8NA 5KTQA 3D0PA 3NE6A 2LSNA 3U6FA 3TAFA 1IO2A 3G10A 4NYNA 2DTUA 4CEQA 4HUFA 3PX6A 3IAYA 3ISNC 1RTJA 1VSJA 2YV0X 1JXEA 3S3MA 1T8EA 1KVBA 4HCCA 4W5OA 3O4NA 3TANA 3AA2A 3AVBA 1Z25A 2P1JA 1Q8IA 3HVTA 4RW8A 5HRPA 1QSYA 4I9QA 3ZSOA 4CJWA 4FLUA 1BIUA 4DTNA 4CEAA 4CHNA 1NKEA 2BDPA 3HK2A 1HJRA 2HB5A 4CJQA 2NUBA 4L8RB 3IRXA 1SV5A 4FJKA 4J2EA 1GOAA 1D9DA 2B4JA 3MXMA 3NF8A 4E19A 4B8CA 4TSXA 2IGIA 3S3NA 3CQ8A 4FJIA 1JLQA 4DTOA 1JLFA 3DLBA 2FBXA 3ZSYA 2KTQA 3K58A 1O1WA 1TKXA 3AV9A 4GW6A 3H08A 2XY6A 2OPQA 3ZSQA 4CF9A 1S9EA 3VQ5A 3JSMA 4CECA 2XY7A 3KKRA 4WE1A 3SUPA 4ID5A 4KHSA 4ELTA 1WN7A 1NJXA 2QKBA 1U49A 1JL2A 1VSDA 3TR8A 1TAUA 4FZYA 2HVHA 4FXDA 4K8ZA 3RMAA 3NH0A 3ALYA 5J2MA 4ELVA 4FM2A 3THVA 3VQBA 4FK0A 4IKFA 3VQ4A 1NK6A 1KLNA 1ASWA 4CGDA 2RKIA 3L3VA 1VSEA 1ZBUA 1KFDA 4AH9A 5FROA 3EYZA 4AHCA 4DTSA 2HNZA 3LWMA 4HHTA 3SJJA 2OZMA 1QHTA 3VQDA 3VQ9A 5EU7A 1YVUA 3CM6A 4GMJB 1CZ9A 1TK0A 3IG1A 1L3TA 4FJMA 3K5OA 3L8BA 3L2RA 4CJFA 1J54A 3AVGA 3LAKA 1WSFA 3DM2A 4RW6A 4OPKA 4BDZA 3AVAA 3V6DA 1L3SA 4CIFA 3AA5X 3KD5E 3C6UA 1RBSA 4F2RA 2YHAA 3VQ6A 2F8TA 2YKMA 4KPYA 1IKYA 1S6QA 4FM1A 1S1UA 3KD1E 2ATQA 4F8RA 3QEVA 1NK9A 4G1QA 1A5VA 3SYZA 5FRNA 1JLCA 1JLEA 1CXUA 3ZT4A 2GUIA 3DRPA 2YHBA 1Y97A 3NBPA 3OS1A 3LPUA 1U45A 4CGFA 1RT5A 3NH1A 4AHSA 4FJLA 4B9TA 4M45A 2YNHA 4JRQA 4DF8A 2DFFA 2HNDA 4E0DA 4PUOA 3LZJA 4B3OA 1S1WA 2DFEA 5C24A 3ZCMA 1SKWA 1D8YA 1Q9XA 1VSMA 1VK0A 4M3XA 3SUQA 1NJWA 3L2WA 1F21A 3CG7A 1TKDA 4ZTJA 3KLFA 3WNFA 1D5AA 3LZIA 4CEZA 3HPOA 3AVJA 4OPJA 3AVIA 2PY5A 4J2AA 4AHRA 1S1VA 4Y1DA 2OZSA 3KLGA 2HHSA 4ZHRA 5HRSA 3KTQA 4JS5A 4MQ3A 4B8AB 3NF7A 4FLXA 4DS4A 5FDLA 4CGJA 1JLGA 4DU4A 1WSEA 3OVNA 4M3ZA 4Z4FA 3LDSA 3V9XA 4KKOA 3V1QA 1NK4A 3K5LA 4CHYA 3PO5A 3RRGA 1T7PA 1C1BA 3NHGA 3VQ8A 3NAEA 3ASMA 3O4QA 1MU2A 1VSHA 3KK2A 4F4KA 4QCLA 4PA1A 4HUEA 3OS0A 1B9DA 4FZZA 4KREA 1D9FA 2PZSA 2JLEA 1RT7A 3EY1A 2ETJA 4AHVA 3VA0A 3CFRA 3LP2A 4H4OA 4CFDA 1N6QA 3OYNA 4LD0A 3ZT0A 4DFMA 4OGEA 3NFAA 2XO7A 1U04A 4Z4IA 1VSLA 2YNFA 2OPSA 3AVLA 3NGIA 4F3OA 2IDOA 1HMVA 1REVA 2VG5A 4O0IA 3HXMA 1R0AA 4KI4A 3RWUA 1ZBHA 3ZSRA 1QQCA 1LWFA 4DLGA 3SUNA 1RBUA 1RDBA 2D5RA 1U4BA 3AA3A 2VWKA 1WSIA 3HP9A 3M8SA 1WAFA 4FCYA 2RN2A 3AO2A 1LWEA 3AO4A 4AHUA 1TKZA 5HP1A 4E7KA 4HUGA 2E6LA 3OYMA 2QXFA 4Z4HA 4FVMA 4FK2A 4Z4EA 4BWJA 1TGOA 2B5JA 2EHGA 1NOZA 5HBMA 4J2DA 1KSPA 1HYZA 4DQPA 2VWJA 3TI0A 2O4IA 4E7LA 1BISA 4CHPA 3TAEA 3PUFA 2HHUA 1TK8A 3OYFA 1TVRA 1RTIA 1SKSA 3KKSA 4QAGA 1UOCA 3HYFA 3M8PA 1C6VA 3OYKA 4EZ6A 4FLYA 3O3FA 4KB0A 3NF9A 3AVKA 4R5PA 3DYAA 4M41A 3ZSWA 1XI1A 4PY5A 4DS5A 1RBTA 1S5JA 3U3GA 4CFBA 4DTJA 4KTZA 3HT3A 1BIZA 2GV9A 3VQQA 3L2QA 3V9WA 4CJRA 1NKBA 1BCMA 1RT6A 3NGYA 5CY4A 4OKJA 4B08A 2RPIA 4CGHA 1FK9A 1I39A 2XRIA 4EP4A 1RDAA 4CERA 3K5MA 1QE1A 1HQEA 3PX4A 4FJ9A 2EX3A 4Z4GA 3VA3A 4CJSA 4FK4A 1GOBA 2FBVA 3F9KA 1TK5A 3AO3A 1CLQA 4ICLA 4BWMA 4CF2A 4CHQA 3DLGA 2X6SA 3KK1A 4CEBA 4CK1A 1NOYA 3BDPA 1RT3A 4E7JA 4C8LA 3PO4A 4YNQA 5HROA 4NCGA 4DU1A 2KFZA 1GOCA 2KFNA 2E4LA 3T1AA 1EKEA 5HRRA 4HVJA 1J5OA 1EP4A 5CZ2A 3WNGA 4W5NA 4W5RA 4KRFA 1NK8A 3KIOA 1BQNA 2F8SA 4FM0A 3AVCA 4KAZA 4DQRA 2HHWA 3ZT2A 1HRHA 2WOMA 3DOKA 1HPZA 4B9UA 4M42A 2A1SA 2DY4A 1L3UA 4N41A 4DTRA 1TKTA 1HQUA 4IFYA 4CGIA 4CJ3A 2G8IA 3QLHA 4LSLA 1RT2A 3C95A 4JLHA 3I0SA 3OYHA 4BE2A 3SV3A 2O4GA 3OYDA 2YNGA 4CJEA 4FLVA 1L5UA 1ZYQA 3TAPA 3O3HA 4FJJA 2ZQBA 2B6AA 3UIQA 3LANA 2OA8A 3E01A 4C8OA 3V9SA 4BE0A 1NK5A 5FRMA 4DSFA 1N5YA 3K57A 1YTAA 5J2QA 4N47A 2IAJA 2X74A 3B6PA 3P5JA 3ITHA 1SL1A 4KTWA 1DTTA 2BANA 3S3OA 3RRHA 5KI6A 3QESA 3QNOA 1L3VA 1LAWA 4CHOA 4NCAA 1VSKA 4XIUA 1TV6A 4DFKA 4CJTA 1ZBIA 4I9LA 1YTUA 4FJ5A 3SZ2A 4M3UA 3HSTB 3SQ0A 2VG7A 3HJFA 4I2PA 2HHQA 3TABA 4RW7A 2G8FA 2XY8A 3MEEA 3MAQA 2BGGA 1XWLA 3C94A 4CJPA 3NF6A 4JS4A 4LH5A 1HYSA 1KLMA 3AVFA 1KTQA 1BCOA 3CM5A 2X6NA 2F96A 4RW9A 4Z0UA 3L2VA 1C0UA 1I3AA 4FLZA 5K14A 3DRSA 4N5SA 4F3TA 4Q5VA 3KLHA 3M8QA 1C1CA 2IS3A 3DMJA 4H4MA 3T19A 3ZSZA 5KGXA 1XHXA 4CF8A 1XHZA 2I5JA 1KFSA 4LH4A 1YT3A 3QEWA 1LW2A 2Z1HA 4DG1A 5C25A 4BDPA 3QNNA 3SUOA 4J2BA 4CEDA 4DSLA 3HPGA 1X1PA 1EX4A 1S1XA 4BE1A 3B6OA 4M3WA 1A5WA 2E6MA 1X9WA 1DLOA 1CZBA 3ZSXA 2BE2A 3DLRA 4FLWA 5CYMA 3SQ2A 5KGWA 1QSSA 4DSIA 3SCXA 1EXQA 2AJQA 3AVNA 4DWIA 2KZZA 1RT4A 1JLBA 4IG0A 1VRTA 3NCIA 2Y1IA 3LPTA 2WONA 2JGUA 4H8KA 1C1AA 4DTXA 3TWHA 2G8KA 4O4GA 4FJXA 1ASUA 2HHTA 4IBNA 4DMNA 2G8UA 2HMIA 4O55A 2HVIA 5KRTA 1CXQA 4CJ4A 3QIPA 4FW2A 1G15A 2ITGA 3SI6A 3VQ7A 1J53A 4KI6A 3AO1A 4DFJA 1JKHA 1UAXA 3SPZA 1KVCA 1B9FA 2ZD1A 4O0JA 5SZTA 3OYBA 3HP6A 4E7IA 3L3UA 1C0TA 3HPHA 4KHNA 1NKCA 2RF2A 2YNIA 5DK5A 3KLIA 1XC9A 4FJ7A 1UA1A 3AO5A 5J2PA 2P5OA 4NCBA 2QK9A 1RBVA 1HYVA 3FFIA 4FJHA 1NJZA 1WSJA 1WLJA 1S6PA 4N76A 3QEPA 4QOZB 3O3GA 5J1EA 1VSIA 4CIGA 3RR8A 3VQEA 3RR7A 4C8MA 1RBRA 4LSNA 3HL8A 1TL1A 4I2QA 3SQ4A 1A5XA 4DSJA 4IDKA 4CJLA 1X9MA 3RMBA 1IG9A 4KB1A 4FJGA 3SQ1A 2Z1JA 2PYLA 4KHQA 5JS1A 2IOCA 3IS9A 4KHYA 2ZE2A 2D0BA 2XHBA 1HNVA 4KFBA 3TAGA 2FBYA 3RTVA 4DTUA 3DLHA 1WNSA 4BDYA 3QERA 1W9HA 4GVMA 2HHVA 3OYGA 3SV4A 1LW0A 4Q0BA 3OY9A 3QEXA 5DMRA 1C0MA 1W0HA 5JS2A 1SUQA 1RT1A 4OGCA 5C42A 1SL0A 1BQMA 1ZBLA 3KK3A 2KZMA 4E89A 1S9GA 2X78A 1KCFA 2HHXA 4KO0A 4OLAA 2G8HA 2P51A 4B9MA 3NGZA 1Q9YA 4PQUA 1WSHA 4FYDA 3AVMA 4KHUA 1UA0A 4CJUA 1RILA 5T7BA 4F2SA 4IFVA 4CJVA 1RDDA 2VG6A 4MFBA 3F73A 1QTMA 4HCBA 1FXXA 1ITGA 1IKWA 4JRPA 4FLTA 5J2NA 4CF1A 3LP3A 3ULDA 3V9UA 4CJ5A 1T03A 3DI6A 1RTHA 3PY8A 2GBZA 2DFHA 1LV5A 1NK7A 4B9SA 1KRPA 2FC0A 2OPPA 1K6YA 3OYJA 4M3YA 3HO1A 5I3UA 1U47A 4LY7A 2KW4A 3ZT3A 2Y1JA 5KRSA 1FKPA 3TAMA 3TARA 4CK3A 4E1NA 1NJYA 4RW4A 3PV8A 2OYQA 3DLKA 4KHWA 3AA4A 3HM9A 1S1TA 3P83D 4CFCA 3QO9A 3A2FA 5HRNA 3LWLA 3HVRA 3RMDA 1BGXT 4CEOA 4DSEA 3S9HA 5SWMA 3MXIA 3OS2A 1QS4A 1U48A 4B9LA 2D0CA 4CFAA 4CF0A 4DF4A 3VQPA 3WNHA 2FBTA 4DU3A 1WAJA 1ZBFA 1RDCA 3MECA 1KVAA 3AVHA 3V9ZA 4DQQA 3QETA 1QSLA 3P1GA 1RCHA 4CJKA 4FJ8A 4W5TA 3V1OA 3OYIA 3CFPA 4O44A 4CE9A 3DLEA 3EZ5A 4E1MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5M1OA 3CQXA 4IG3A 1BI4B 4M3TA 3U3YA 4ISEA 2ITMA 3ULEA 1BHLA 1W7AA 1JL1A 1X9SA 5AQXA 1WB9A 1SL2A 4ISGA 4M63C 2QWLA 4QS9A 1HX1A 3CFOA 2I7NA 1BI4A 5F2RA 1IKXA 1TL3A 3O9SA 4E3SA 3NVMA 3D45A 3THWB 4FZXC 3FZFA 2Z1IA 5AQYA 3BGRA 1KAXA 3L2UA 4JI4K 2D0OA 4DQSA 2G8VA 2IIRA 1M1KO 4KTQA 4PWDA 4W5QA 4BACA 1T05A 3CCRN 4Y1CA 1Z26A 3DAWA 2QTDA 3MN7A 1VSFA 3THWA 2OPRA 2HNYA 3T3FA 4AF1A 4PHTX 1RNHA 3PX0A 3M8RA 4B9NA 4WQ5C 4C8NA 3ZETB 3U6FA 3TAFA 1IO2A 4NYNA 4HUFA 1VSJA 3ENOA 2PAVA 3VF2A 1YIJN 3OBYA 1KVBA 4IEIA 4W5OA 3VENA 2YHXA 1E4GT 5HRPA 1BIUA 3HK2A 4FO0A 3QMLA 3IRXA 1SV5A 3AARA 4FJKA 1GOAA 3MXMA 3M3ZA 3NF8A 4TSXA 3ZETA 3SJHA 3A8YA 5BPLA 4FJIA 3OW2M 3K58A 4GW6A 1TKXA 2XY6A 1S9EA 3A5MC 5CR4A 3VQ5A 3BZKA 3JSMA 2XY7A 4WE1A 4KHSA 4DV2K 5LJWA 4JAXA 1U49A 4FZYA 4YOUA 3VQ4A 3QICA 3ATVA 1KFDA 4AH9A 1SQKA 2UUCK 4HHTA 3SJJA 1KAYA 2O8DB 1X3NA 5AQVA 1BA0A 4CJFA 1J54A 4BDZA 1ATSA 3VPZA 1RBSA 1K73O 2YHAA 3CI5A 4I6MB 4KPYA 1S6QA 4FM1A 4F8RA 2Q36A 3SYZA 1JLCA 1CXUA 2O8DA 3NBPA 2FF6A 4CGFA 1RT5A 4BREA 4AHSA 4FJLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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