4D85A

Crystal structure of human beta secretase in complex with nvp-bvi151
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
389
structure length
374
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of cyclic sulfone hydroxyethylamines as potent and selective beta-site APP-cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: structure based design and in vivo reduction of amyloid beta-peptides
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 374
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d85A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d85A02
5P1YA 3D1ZA 4Q1YA 5P4DA 5P5OA 2IGYA 1YTJA 1A9MA 5P6VA 1FG6C 1FIVA 4CPWA 2QMPA 3URIA 4AUCA 1UH8A 2O4NA 4RYCA 5P8AA 4OBZB 5UPJA 2FXDA 3NU4A 4I1CA 1HBVA 3SA9A 2QI6A 5OYXA 1MT7A 5P4JA 5HE4A 3IVIA 2G1YA 2PK6A 4EYRA 4Y3WA 2P3DA 3MXDA 3URLA 1MIQA 1TZSA 5P7ZA 4ZEAA 3NYGA 3T3CA 5P5NA 2QD7A 4ZPEA 1EBYA 2A1EA 5CONA 1G0VA 4M8XA 1TW7A 5P3ZA 5P3HA 4KUPA 1JLDA 5P0IA 3C9XA 2PWRA 2R38A 1U8GA 1YT9A 3L5DA 5IVQA 3L59A 2ASIA 3OOTA 5P6CA 1XL5A 1BIMA 1SH9A 2ZYEA 4Q1XA 2IEOA 5OYWA 5P3DA 5P8GA 4I8ZA 1PPKE 5P1UA 4Y44A 1T7KA 3O9FA 4Y3JA 5OZ6A 5P4LA 4F74A 2QD6A 3EL9A 4Y3HA 5COPA 3NU5A 5P63A 2PYMA 5P76A 3HZCA 4LL3A 4Y4XA 4DJQA 5KR2A 2CEMA 4EWOA 1HVSA 1YX9A 4FLGA 4OBFA 2P3BA 5P66A 5HTZA 5HCTA 4OBDA 1SDTA 2FIVA 4DI2A 1LV1A 5P68A 5P7GA 5P55A 4DUSA 3EL1A 3PI0A 5P29A 1GVTA 1FFFC 2IL2A 3CICA 5P83A 5P5MA 3O9HA 3OUDA 3CIDA 5P61A 2JJIA 4Q1NA 1XN3A 4APRE 4Q5MA 5P2KA 4TVGA 5P81A 5P35A 2VA5A 1SP5A 3PBZA 3NU3A 5P8RA 4B70A 5P0MA 1QBTA 4DQFA 5P0GA 5P30A 5P1XA 5P26A 5P5DA 3EM3A 4JP9A 5P74A 5P11A 4FRKA 1ZSFA 4YD5A 1FQ5A 3NDWA 8HVPA 5SZ9A 4J1HA 3T7XA 3IVHA 5KQYA 5JODA 3BUGA 3SO9A 5P75A 3LIVA 1LYBA 3VV8A 4RLDA 5DR0A 1B6KA 3UDJA 5P0DA 5P6HA 4NPUA 5BRYA 4RRSA 5AH7A 5P2YA 3UQRA 4RYGA 4RZ1A 5P12A 9HVPA 3VF5A 5P2RA 5P6WA 5P3NA 5OZGA 2HPFA 5P7HA 2XYFA 1HTEA 4YHQA 1MVPA 2RKGA 3PMUA 4TRZA 1FMXA 1MT9A 7HVPA 1LYWA 1W6IA 5P8KA 1PPME 1C6YA 5DQ2A 1W5XA 4YBFA 5KR0A 4Y58A 1UH7A 4NJSA 3NXEA 2BJUA 3VYFA 1HIVA 2VA6A 1EPRE 1OHRA 3OUAA 3MSLA 3NLSA 5P0PA 4ER2E 3FIVA 3VLBA 3ST5A 3OU1A 3OUBA 5P5KA 4GJ5A 2APRA 2PC0A 5OZTA 1HTFA 3NR6A 5E5JA 5F01A 4FE6A 2QD8A 2BPVA 2R3WA 4B00A 2ZHUA 5P4GA 3S7MA 1NH0A 1VIJA 1CMSA 4ZIPA 3GI6A 3CKPA 3VSWA 4B72A 3K4VC 2AOFA 1RQ9A 3OUCA 1SGUA 1EPME 5P5VA 2ANLA 1HIIA 2FDPA 4KE1A 3QRSA 2VIJA 3SM1A 1MRXA 3PWMA 3G72A 2P3CA 1K1TA 5OYZA 4Y3QA 2I4VA 4NJTA 4OBHA 3DCKA 4OBKA 4Z4XA 1EPOE 5OZQA 3OTSA 4Y4WA 4APEA 5IVRA 1HVIA 5P6XA 5J25A 4S1GA 1XL2A 2VJ6A 5P2CA 5P7EA 5P1EA 1K6PA 4L7JA 5KOQA 2ZJHA 4H3IA 5P6RA 5P52A 3LITA 2I4DA 4GJBA 4J1IA 1BDQA 5PEPA 2G1NA 3RVIA 5P7AA 1GVWA 1B5FB 4B1DA 1A8KA 3TPLA 1MERA 2O4PA 5P8PA 1BVGA 3O99A 2VIYA 5P7QA 1OEXA 2PWCA 2WHHA 1T6EX 3OQAA 3WZ6A 5P3XA 4OBGA 1BBSA 3QIHA 5P3LA 4J55A 5P0BA 2RKFA 5P4RA 5P4IA 2AOEA 5P1QA 4Z22A 5OZ7A 5P6AA 5OYYA 5P7SA 4ER1E 3UDKA 2QP8A 1HPSA 3KM4A 4Q1WA 5P8DA 5P1HA 2BB9A 3TPJA 5OZ1A 2R3TA 3U6AA 4CPSA 3QAAA 3BC4A 5OYVA 4GJ6A 3KDCA 1C6XA 4KB9A 4YOBA 4EHCA 5P6PA 5DQCA 3IXOA 5OZCA 1APTE 1PSOE 3O9LA 2G26A 4EQ0A 2PSUA 4FIVA 2VIZA 4EXHA 2I4WA 2P83A 5P89A 2R9BA 4ACXA 4GJDA 1ZAPA 2FDDA 4Y5CA 2F3EA 5P2VA 5I70A 3OY4A 4FAEA 1SGZA 4CPUA 4Y48A 3RSVA 1LZQA 2ZJKA 3WZ8A 3QPJA 1EAGA 3KMXA 1SBGA 5P6QA 3BHEA 2FDEA 4Y4EA 1BWAA 5P7JA 5P1AA 2G22A 5P5LA 5JFPA 5P0YA 3BXSA 5P42A 5P5ZA 2R5PA 1OEWA 2IDWA 3FNSA 3R0WA 3VEUA 4Y4UA 3EKQA 3VYDA 1MUIA 5P43A 4IVTA 5P6SA 3DV5A 3UPJA 3APPA 5OZMA 4R95A 2QHYA 4GB2A 2VNNA 4F73A 2Q3KA 2V10C 1LF3A 4JECA 5P5PA 4R93A 4X7IA 5HDXA 5P8HA 3VV6A 3OXXA 1YTGA 5P80A 3PCZA 3ZL7A 5P09A 4GZFA 5OZ5A 1IVPA 3T7QA 5P0UA 3BUFA 4Y3PA 5P8VA 1IDBA 4OC6A 4FAFA 3O9GA 4DQEA 5HE7A 5P1TA 1FMBA 1RPIA 2J9KA 2H6SA 3I8WA 5AH9A 4DJYA 4EJKA 4Y3RA 2Q5KA 3EKYA 2HC0A 3RTNA 3SA4A 2IQGA 5EZZA 4FRJA 3I6OA 5P2WA 4DQHA 1HVLA 3VV7A 5P22A 1META 4HA5A 4DJRA 3Q5HA 2AZCA 2AIDA 4YCTA 5T4SA 3ZPUA 2G27A 5P7UA 2B7FA 1D4JA 5KQXA 2PH8A 1EC3A 3HDKA 4I0EA 4LC7A 4GJCA 5P49A 5P7DA 4Y4BA 5P4CA 5OZVA 3NSHA 6UPJA 3ZPTA 4QJ8A 4JPCA 1RL8A 4Y4JA 3CIBA 3OK9A 3DV1A 4WY6A 3NWXA 4PEPA 2FMBA 5ENMA 5P1IA 4YCYA 2ZJNA 5P2AA 3NWQA 5P2NA 5AH6A 4JOOA 5P44A 1AM5A 5ENKA 3DOXA 2QNQA 3QP0A 2P3BB 4HDBA 3TKGA 3S43A 1EBWA 5P4KA 5P8LA 4B1EA 2NXDA 3VF7A 4Y3AA 4Y54A 3KT2A 4AA8A 2ZE1A 2B42A 5HDUA 2OF0A 1J71A 4Y37A 5P38A 5P3UA 5AH8A 3D91A 5P2TA 2G24A 4FL8A 1EBZA 4ZSRA 2RSPA 3L38A 3UQPA 4J0YA 4QJ6A 1ZBGA 2OHTA 4A6CA 4J1EA 3KN0A 1EPLE 4RCFA 4J1KA 1Q9PA 2AOJA 3OU4A 4NJUA 5P02A 5P62A 3TPPA 1AXAA 5OZ8A 4A4QA 2R8NA 3NU6A 5P71A 3LINA 1HPXA 1B6LA 3PRSA 5P59A 2G94A 4I10A 5B18A 5P1DA 4MC6A 3HVPA 3TOFA 5HE5A 2QCIA 5OZOA 5COOA 5P1BA 1APUE 4J17A 3UCBA 1A94A 2PMAA 2P4JA 2FLEA 5P3YA 1FQ7A 5P67A 4OD9A 3EBZA 5HU1A 5P3FA 1GVXA 1D4KA 1GNNA 5P3SA 3S56A 3ZKSA 4HDFA 4RRNA 1TCXA 3PSUA 5P2ZA 5P7PA 5P7CA 3EL0A 2UY0A 4J1FA 3B7VA 3M9FA 1E81E 4Y3YA 2IENA 3UQWA 1MEUA 2ZJMA 1HVCA 4PZXA 1HTRB 5OZDA 1B6PA 5OZBA 4WY1A 5DR7A 4XKXA 4GIDA 3UQUA 2G69A 3UF3A 3HAWA 3Q3TA 4EJDA 1KJFA 5OZ4A 5I3YA 2OHRA 3SA7A 2AOIA 2PYNA 5AHBA 5P6IA 5P03A 1IDAA 5P17A 3I7EA 5P56A 2AZ9A 2O4SA 2F80A 5DGWA 5I3VA 3LZYA 4QLHA 1IZEA 1IZHA 4DJVA 1HOSA 5OYRA 5HU0A 1EBKC 3R2FA 5P6FA 2H6TA 4Y43A 5P7KA 2PQZA 3PWWA 4Y5AA 5BS4A 1ODYA 2UPJA 2NTRA 5P6TA 3GI4A 1FGCC 4EXGA 5DR4A 2AOGA 5P7NA 3OQ7A 5P2EA 2ZHTA 3VFAA 3SFCA 3D20A 2QU2A 4R91A 1HTGA 3S2OA 5P2QA 3NDUA 4BFBA 5ER2E 4PPHA 1SMEA 5P0QA 4OBZA 5P4TA 1YG9A 2OAHA 2OHQA 5P5XA 4Y3NA 1K2CA 2B60A 1DW6C 5P2MA 2ZDZA 4Y3SA 5P4WA 3WSJA 3GW5A 5P08A 3SA8A 5P6JA 3U7SA 3IN4A 2G1OA 3URJA 3KDBA 2FGVA 2XYEA 4K4RA 1W6HA 5P10A 4YD7A 3FNUA 4Y6MA 3Q6YA 5P7IA 3UDYA 1HRNA 3EXOA 3ZKQA 4I0ZA 4CPQA 5P50A 5P5GA 1KJ7A 5P5IA 5P86A 3ZPSA 5P4ZA 1APVE 2O40A 4CPXA 4DJXA 3EKVA 5P2UA 3SACA 3UDMA 4CPRA 3PVKA 3IA9A 2Q64A 1B11A 2OHUA 2FNTA 1BXQA 3B80A 5P3TA 2CEJA 5KR8A 4PHVA 3KYRA 3PSYA 5P1JA 2QZKA 1UH9A 4F75A 5P4HA 5P0HA 3HLOA 4Y3TA 3PMYA 3O9LB 1GNOA 5DPZA 3SLZA 4RROA 1ODWA 5HDVA 5IS4A 1QBSA 3SPKA 2I0DA 3OXCA 5P4BA 4ZSPA 3L5BA 4MC1A 5OZRA 2VNMA 5P72A 2NR6A 4Y45A 1PPLE 3T7PA 5P8SA 2UXZA 5P6MA 5P0KA 3O9CA 5OZ9A 1T7JA 5P2IA 5P1WA 1HXWA 2ER9E 1Z8CA 1K2BA 3OHHA 1ZTZA 2BPYA 3UQXA 5P7LA 5P00A 5P3JA 5P5JA 3OQFA 5EZXA 2BPXA 3N3IA 2G20A 1D4SA 4RGHA 2BPWA 4CP7A 5P78A 2OHNA 2V13A 5OZYA 5P40A 5HVPA 3QRMA 4Y5BA 1ZP8A 5CLMA 3F9QA 2AVSA 4L1AB 3LIXA 3UDHA 5P69A 3KFNA 1IIQA 5P85A 5P04A 1E82E 4HE9A 4J0TA 5P7TA 1EEDP 5P5WA 5OZZA 5P7RA 4ZSMA 5P3VA 3OGPA 3K1WA 3LIYA 5P4SA 3KA2A 2ZJLA 3SA6A 3EKWA 4OC6B 1YTIA 5P5CA 1K6CA 3NU9A 4Y47A 2B7ZA 5P6NA 5JG1A 4I8WA 2Q63A 1QDMA 1MRWA 4TVHA 2AVOA 3QVIA 4EJ8A 4L7GA 4FSEA 2CENA 3BUHA 4RVXA 4LHHA 4GJ8A 1W5YA 4B1CA 5P1LA 5P31A 3PM4A 5P0JA 3VFBA 3ZKMA 5P6YA 1HVHA 1KZKA 5JFUA 3MSJA 5P2DA 7UPJA 4DVFA 5DR8A 3G70A 3S7LA 2PH6A 5P15A 1GKTA 1W51A 4WTUA 2OHLA 4H3JA 4EP2A 2WEBA 2I1AA 4NPTA 4I0DA 4Y3DA 3NUJA 1HPVA 1N49A 2A4FA 2FS4A 3O9IA 4Y4GA 5P60A 4HZTA 4EJLA 2QI1A 2QMGA 5P3EA 3EKXA 4A6BA 5P0NA 3SKFA 5P8IA 5OZXA 1FLHA 5FIVA 1KJHA 1BAIA 5P8UA 1QBRA 2PSVA 3LIQA 1VIKA 3K5CA 3VLAA 3EL5A 3HD8A 3S54A 4L6BA 4D8CA 3NDTA 3LZVA 5P2BA 5P4PA 5DR1A 2HAHA 5P6UA 4ZSQA 3OXVA 1LS5A 2ZHVA 4QGIA 1HVKA 4YE3A 4D88A 5P6ZA 2AVMA 2B8VA 3SABA 4EPJA 1HHPA 3KFPA 4D85A 3PEPA 4BFDA 4RVJA 2FXEA 4Y5GA 1BV7A 1LYAA 1IVQA 1F34A 3FV3A 1HSGA 4QJ9A 4ACUA 2AVVA 2F81A 4LXMA 1EPPE 4F76A 3EMYA 2QI4A 4Y39A 3K5DA 3JW2A 5ER1E 1APWE 2BPZA 3LPJA 1MPPA 1BDRA 1CPIA 4YDGA 5SY2A 1NPWA 4Y3ZA 3OU4B 4QJAA 3RTHA 2HM1A 3DCRA 5P88A 1ODXA 1C70A 1XDHA 3BXRA 2NMYA 1LF4A 3OXWA 3JVWA 3OQDA 5SY3A 3WB4A 3ZKIA 2QI5A 3IXJA 4XXSA 3FNTA 3UTLA 3UDRA 5E5KA 4LAPA 1SDVA 1EC0A 4YD6A 5P4NA 4DQBA 1IZIA 3RU1A 2Z54A 5OYUA 4B0QA 3VUCA 3TOGA 2IKUA 3OADA 4EQJA 2NPHA 4YA8A 3VG1A 3AUPA 3OAGA 5AGZA 5P0RA 4BELA 2QI0A 1DPJA 5P16A 5C9FA 1BDLA 3CKTA 4FM8A 5P45A 5P34A 4I0JA 4RCDA 1E5OE 1ZPAA 5P1ZA 1PFZA 4DJUA 5P48A 2WJOA 4Y50A 1Z1RA 3TTPA 3GGVA 4FM7A 4ZPGA 1XS7D 1YM4A 1K1UA 2Q55A 4DPIA 1FQ4A 3KFSA 5ISKA 5P2OA 3Q70A 5P18A 5P5AA 5P7FA 3LZSA 2P3AA 4FM6A 3CYXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1Y A;  3D1Z A;  4Q1Y A;  5P4D A;  5P5O A;  2IGY A;  1YTJ A;  1A9M A;  5P6V A;  1FG6 C;  1FIV A;  4CPW A;  2QMP A;  3URI A;  4AUC A;  1UH8 A;  2O4N A;  4RYC A;  5P8A A;  4OBZ B;  5UPJ A;  2FXD A;  3NU4 A;  4I1C A;  1HBV A;  3SA9 A;  2QI6 A;  5OYX A;  1MT7 A;  5P4J A;  5HE4 A;  3IVI A;  2G1Y A;  2PK6 A;  4EYR A;  4Y3W A;  2P3D A;  3MXD A;  3URL A;  1MIQ A;  1TZS A;  5P7Z A;  4ZEA A;  3NYG A;  3T3C A;  5P5N A;  2QD7 A;  4ZPE A;  1EBY A;  2A1E A;  5CON A;  1G0V A;  4M8X A;  1TW7 A;  5P3Z A;  5P3H A;  4KUP A;  1JLD A;  5P0I A;  3C9X A;  2PWR A;  2R38 A;  1U8G A;  1YT9 A;  3L5D A;  5IVQ A;  3L59 A;  2ASI A;  3OOT A;  5P6C A;  1XL5 A;  1BIM A;  1SH9 A;  2ZYE A;  4Q1X A;  2IEO A;  5OYW A;  5P3D A;  5P8G A;  4I8Z A;  1PPK E;  5P1U A;  4Y44 A;  1T7K A;  3O9F A;  4Y3J A;  5OZ6 A;  5P4L A;  4F74 A;  2QD6 A;  3EL9 A;  4Y3H A;  5COP A;  3NU5 A;  5P63 A;  2PYM A;  5P76 A;  3HZC A;  4LL3 A;  4Y4X A;  4DJQ A;  5KR2 A;  2CEM A;  4EWO A;  1HVS A;  1YX9 A;  4FLG A;  4OBF A;  2P3B A;  5P66 A;  5HTZ A;  5HCT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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