4D8CA

Crystal structure of human beta secretase in complex with nvp-bxd552, derived from a co-crystallization experiment
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
388
structure length
377
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of cyclic sulfone hydroxyethylamines as potent and selective beta-site APP-cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: structure based design and in vivo reduction of amyloid beta-peptides
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 377
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d8cA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d8cA02
3SA7A 3PWWA 4TRWA 3L58A 4H1EA 1GVXA 3QRVA 3QBHA 5P47A 4GJ5A 5ISKA 1W6IA 3DUYA 3L5CA 2IDWA 3UPJA 3HVGA 3T7XA 1BDLA 4DUSA 4F75A 3KMXA 4IVTA 1QRPE 5P1UA 3K1WA 2V10C 5P3YA 5ER1E 3BUGA 3ZKSA 2IGYA 1FF0C 3RTNA 3OHFA 1HSHA 4FCOA 5P7KA 4Y5CA 1QBUA 1GNOA 3ZKGA 2R5PA 2QHZA 1ZAPA 2PSGA 2WF4A 1KJHA 5AH8A 5B18A 5P5CA 1ZSRA 2FXEA 3T11A 1SGUA 3APPA 3VCMA 4YBIA 2NMYA 4B0QA 4RVIA 5P0EA 3OADB 5P52A 3PMYA 1OHRA 5P42A 4YA8A 4APRE 4AUCA 4K9HA 4RRSA 3WB5A 2R8NA 1EC1A 3MSJA 2G1YA 3N4LA 3UDYA 4MC1A 2AOFA 5P2ZA 1RNEA 2PYMA 2ZHRA 2G1RA 5P7LA 5P4EA 4Y53A 4JPEA 2Q11A 1BV7A 3CYXA 3DM6A 2VKMA 1HTRB 3BUFA 2QI4A 5P5NA 3ER3E 1D4KA 4OBHA 3NU3A 2G27A 1DIFA 3OADA 1ENTE 3LIQA 2OHQA 1LYAB 1TCXA 3OQAA 4GJDA 5P6XA 2VA7A 2RKGA 5P8VA 5P5BA 2I4WA 3IN3A 2WHHA 2ASIA 5P2KA 5KOQA 1FFIC 4LHHA 1EBKC 5P10A 5P12A 3DCKA 4KE0A 4LBTA 3KF0A 5P1RA 4S1GA 5P0GA 4B70A 3Q3TA 4J1IA 3UF3A 5P1XA 5P2OA 4DPIA 1LYAA 2I0AA 5I3WA 5AH9A 2QI3A 5P2HA 1PSNA 3KN0A 4KUPA 5P7SA 1IZIA 3DOXA 1ZSFA 6FIVA 5P0DA 5OZCA 4OBZB 3KM4A 5P86A 5P0BA 2V16C 2VIEA 5P5ZA 4Y5BA 5P5OA 5P5RA 5P11A 4NJTA 5P6BA 4RRNA 5OZPA 2BPXA 3Q70A 2O4KA 4YDFA 3PBDA 5P1TA 2QI0A 3S2OA 3ZPSA 1T3RA 4Y5GA 5P00A 5P3IA 1QBRA 3OU3A 5P7MA 1T6EX 5HE4A 2OHLA 4Y3PA 3JW2A 2G26A 2BPZA 4OBZA 1HWRA 5P1OA 5OZXA 2OHTA 3HDKA 5P6HA 4OBKA 5P03A 2Q64A 5P5GA 5P1KA 1MUIA 5P50A 4EPJA 2P8HA 3UQUA 4LL3A 5P5IA 2R43A 5KQZA 3M9FA 5P8JA 5P49A 3UTLA 2G24A 5P5WA 4ZSRA 2QI1A 5P2MA 3LPIA 2V00A 3OAGB 5P4UA 1SP5A 5P2VA 2O4PA 5P62A 1B5FB 2QZXA 5P6FA 3UDQA 5P3RA 4EHCA 3FNSA 4RCFA 4D88A 4QJ2A 4HLAA 5P6PA 5T4SA 5OZSA 5JFPA 5P2BA 1OEWA 2IS0A 2PH8A 3EXOA 1K2BA 5P8MA 3SKGA 3INDA 5P1HA 3QIHA 5P7BA 4YBFA 1MPPA 2P3BB 2WJOA 5P2FA 5OZUA 5COKA 5P4QA 5P3VA 3EBZA 1HSGA 1FQ6A 5P3EA 3OAGA 5F00A 3EKQA 4Z2ZA 1B5FA 1FIVA 1IZHA 1SDUA 5P19A 1TQFA 3PWMA 2R5QA 2IENA 3IXOA 4Y9WA 4NPTA 5P2SA 3H0BA 5P5LA 5P7PA 1FGCC 4I11A 1HPVA 5P7IA 1FEJC 3CMSA 3G6ZA 1RPIA 5P7ZA 4Q5MA 5P3MA 1EPLE 1W5XA 5P7NA 3KDBA 1JLDA 5OZBA 3VYDA 1EAGA 1XE5A 5DGWA 1KJ4A 5P27A 5OZRA 2QCIA 5OZ3A 2B8LA 3S54A 2F3EA 3TTPA 2QMGA 3FKTA 4H3FA 1K6TA 3EMYA 2OF0A 4ZPFA 5P8PA 5HVPA 1ZPKA 1D4SA 2AVQA 4Y3AA 5KQXA 5P7WA 5DQCA 2ZJHA 5P20A 3KT5A 1F7AA 4YHQA 1C6YA 5P16A 3BC4A 1U8GA 4OBJA 2I4UA 1A30A 4EQJA 3K4VC 3QVIA 1EPME 4FAFA 3PLLA 4Y3FA 1AZ5A 1HIVA 1K1UA 2WF1A 5P23A 4PYVA 2ZDZA 1B6KA 1C70A 3OU4B 2UY0A 2ZHTA 4Y4AA 5P6QA 3N3IA 1MTBA 2NTRA 2FDPA 5DR0A 2AZ9A 5JFUA 4FM8A 4ZEAA 4F73A 4A4QA 2QNNA 4KB9A 4RCDA 4Y4JA 5P5DA 3IXKA 2WKZA 1A8KA 1BVEA 4FRJA 4QJ8A 5P5XA 1KZKA 1MSNA 5P7RA 4GIDA 4JP9A 2VNMA 2OHRA 3OU4A 1YX9A 5P3BA 3UDNA 1HOSA 3D1XA 2HB4A 4EJDA 1HVRA 3OOTA 4Y57A 5AHBA 4CP7A 3NYGA 4X2LA 5P1PA 2XYFA 5P87A 1SMRA 5P08A 4EXGA 1B6LA 1BWBA 1M43A 1Q9PA 5KOSA 4Y3GA 1C6ZA 4AMTA 4KE1A 2A1EA 3WZ6A 4K4RA 4NPUA 5P1WA 1PSAA 1ZTZA 3CIBA 5OZWA 1AJXA 3GI4A 3PSGA 3TNEA 3ZPUA 3IXJA 4Y3SA 5OZ1A 1APVE 2FGVA 4RZ1A 4FS4A 1NH0A 5OYUA 2AZCA 3OY4A 4Q1YA 4EP2A 5P0WA 4I8WA 4Y5LA 1AJVA 1BBSA 3VUCA 1XE6A 1IIQA 4PHVA 1E5OE 5P2TA 3O9EA 1META 5ER2E 5OZ6A 2HS2A 3GGVA 5P0RA 3UCBA 2BPWA 4J5JA 4ZSPA 1HVIA 2JE4A 3O9IA 1B6MA 3EM3A 3PHVA 2VJ9A 5ISJA 3HAWA 3OTSA 4DJXA 4B77A 5F01A 5P0JA 2I4XA 5OZVA 4EWOA 3DJKA 5P74A 5P1DA 5P78A 4Y3TA 1YTHA 3KDCA 1NSOA 4Y36A 4FRIA 5P3GA 3OXWA 5P55A 2NPHA 5P6DA 2B60A 5P0IA 4I0EA 3KA2A 4CPUA 5P4NA 3TPJA 1DP5A 4DQHA 4XKXA 4K4QA 2BQVA 2BBBA 2V11C 5P1SA 2NNPA 5P8HA 4FSLA 5P5TA 4YCYA 1MEUA 1LYBB 3WZ8A 4QJ7A 2VA6A 4Y50A 3ZKMA 5P7UA 5HDXA 3BGBA 4GB2A 4U7QA 4RVJA 4ZPGA 3SA4A 1CMSA 2QK5A 5P2XA 3L3AA 1EPQE 3QRMA 5ENMA 3H5BA 3R1GB 2BPYA 2QZKA 5P07A 3O9LB 3EKPA 1N49A 2WEDA 1ME6A 4BFDA 2FLEA 1LYBA 5P8QA 3EKXA 3EKTA 1FFFC 2Q54A 3LZYA 3HVPA 5CLMA 2BB9A 3EKVA 1LF4A 4COEA 1K6VA 5DR1A 5P2YA 2QNQA 1FQ7A 1LZQA 5KR0A 4I10A 5P3OA 5P1NA 2WF3A 5P1BA 5OYVA 5P8LA 5P53A 1YM2A 3O9LA 5P1CA 5J25A 4L1AB 2BPVA 2FGUA 2EWYA 5SZ9A 4B78A 5P67A 5P5SA 3ZLQA 1QBTA 2Q3KA 5P6AA 3SQFA 5EZXA 3SACA 5OZLA 4J55A 1FLHA 4Y5EA 5P7EA 5P88A 1CPIA 5P60A 1MT8A 5P57A 1DAZC 1HBVA 5IVQA 5P0UA 2AZ8A 2QAKA 5P5MA 1HXBA 2ZJJA 3SA5A 3I8WA 4YCTA 1EC2A 2ZHUA 1MT7A 5P65A 5P4MA 1PROA 3PGIA 4L1AA 1T7KA 3SM2A 2ZGAA 4Y56A 5HD0A 4Y45A 5DGUA 1ODYA 5P3KA 9HVPA 5BRYA 1SDTA 4XXSA 5P4VA 2AODA 3NDXA 5P63A 2F81A 5P3UA 3OUDB 5P7HA 3TKWA 4D85A 4Y3DA 2HS1A 5P4TA 5OZGA 2VIJA 5P83A 2QZLA 1HVKA 4QGIA 1W5WA 1EPPE 4E43A 4Y3NA 2ZJMA 1WKRA 4DQFA 2B7ZA 3QI1A 2ZE1A 1HVJA 1G2KA 1SIVA 5OZKA 4QJ9A 4GYEA 5P43A 5P6JA 3GGAA 3TPRA 2APRA 1HTGA 5HCTA 5P06A 1BV9A 4GJ7A 4DJVA 4YE3A 3OUDA 2PSVA 4A6CA 5OZAA 4FE6A 4OBDA 3NUJA 4RYCA 2VA5A 1DW6C 2F3KA 5OYSA 3VF3A 4RCEA 3PBZA 5AGZA 4YD6A 4Y4XA 4Y5KA 3KFSA 1HTEA 5P8SA 3SLZA 3IVIA 1DPJA 4Y6MA 2QI7A 5P2AA 1MT9A 1GVVA 5P4KA 4D8CA 1TCWA 4I12A 1RL8A 3KMYA 5OZQA 3HD8A 5P5PA 5P6ZA 1RQ9A 3KDDA 5HE5A 5P0VA 3S85A 3EC0A 3EM6A 4L7GA 4EJKA 4Y39A 2QD8A 3KFPA 5OYQA 2RMPA 1B11A 4YOAA 2QP8A 2PQZA 1XDHA 4Y3YA 2FMBA 4Y3JA 1ODWA 1FMBA 2OHNA 1IBQA 2AIDA 5P6IA 1MSMA 4YD5A 3TOFA 4M8YA 3EKYA 4Z4XA 4YD7A 2AVVA 5P0OA 4J17A 4TVHA 4YOBA 1ER8E 5E5KA 3K5DA 5IVTA 5P1VA 3UFNA 4Q1NA 2Q63A 5OZNA 5P3AA 5P2LA 5P2GA 2NXMA 4MC2A 5P6NA 1Z8CA 3RVIA 3S56A 2V13A 4QLHA 5P1ZA 5P2UA 4X7IA 2VIZA 4CPXA 1AVFA 2PYNA 4APEA 5P26A 3EM4A 3SA3A 3D1YA 1SH9A 1EPRE 5P81A 5P48A 5P6YA 4DQBA 3FX5A 5P4ZA 3HW1A 1W5YA 1APWE 3VFBA 1FQXA 2R9BA 5P25A 5P68A 1W6HA 4FAEA 4Y47A 5P7CA 4DJRA 5P24A 5P1MA 3Q6YA 2IL2A 1A8GA 1LYWB 5SXNA 5IS4A 1OD1A 4UPJA 3UQRA 3G72A 5P7YA 4ZE6A 4FM7A 4J1KA 3APRE 4FSEA 5P7DA 1BWAA 4U7VA 3GW5A 5P32A 3EKWA 3SO9A 3UHLA 4PEPA 4Y3ZA 3OK9A 3HBOA 3MXDA 3C9XA 2RSPA 5P6EA 3HAUA 5P3DA 1CZIE 3OQFA 1RV7A 3VG1A 1LYWA 3Q5HA 1BDQA 4PPHA 5IVSA 4DFGA 5P0QA 2F8GA 2VJ7A 4J0VA 3VV6A 3BUHA 2R38A 4ACXA 4FM6A 4R92A 5P3TA 5DQ5A 5P8EA 5P3CA 4GZFA 2QHYA 1W51A 5P2CA 5P5EA 5P8GA 3SPKA 2AOCA 5P4DA 5OYXA 3LIXA 4J1EA 5KR2A 1MRXA 2P3CA 1LEEA 5DQ2A 3GGUA 2BJUA 5P8IA 2JXRA 3S45A 3BRAA 4Y5AA 5P1LA 3VFAA 5P7QA 1SBGA 2ZHVA 1M0BA 3INHA 2I4QA 2OHUA 4L7JA 5P8NA 4H3JA 5OZJA 1G35A 3PRSA 4Y4EA 2ZJKA 1HVLA 5P8BA 5BWYA 4HA5A 4R95A 3OXXA 5P3PA 1HHPA 1MESA 1LV1A 3O99A 5DR4A 5P8CA 1E81E 1D4LA 1IZDA 5BS4A 5P30A 4CPWA 3BXRA 5HDVA 2QU2A 2QI5A 3RTHA 1EBZA 5PEPA 1D4HA 4Y5NA 5P4OA 1GVWA 5P2WA 1FG6C 3U71A 3SFCA 1VIJA 1DMPA 5P7VA 2OHMA 2Q15A 5I3VA 5OZYA 5P2DA 4GJAA 5P8RA 3NWQA 3I6OA 3R0WA 1HRNA 2VS2A 4NJVA 3OQDA 3QBFA 1D4YA 3L59A 3EL1A 5P82A 2B7FA 4CPSA 1ODXA 5P45A 5P35A 1SMEA 5P7FA 1UPJA 4FLGA 2O4LA 3K4VA 5KQYA 3L5EA 3FIVA 3O9FA 3L5FA 3OGQA 5P0SA 2XFJA 3VEUA 3IAWA 5P77A 5P6OA 5P51A 5OZZA 1MIQA 7UPJA 4Y3RA 5P5UA 3S8IA 5P4WA 5P75A 3NU4A 4I0IA 3ZOVA 4B72A 1FQ8A 3PI0A 1IVQA 1HIHA 4LXKA 4R8YA 4L6BA 5DQ4A 2XYEA 2QU3A 4DVFA 4FGXA 3L5BA 5DR7A 5KR1A 2RKFA 3O9DA 5OZ5A 1EC0A 3R0YA 5P01A 4RLDA 5OZHA 5P2NA 4Y4ZA 5P8OA 2WF2A 4Z50A 3SA8A 3CICA 3GGXA 4TRZA 2QI6A 1MRWA 2HPFA 3T7PA 4J1FA 4WY1A 2AOJA 4XX4A 3B80A 5HE7A 5P3WA 4DJYA 5P4HA 2IKUA 4F74A 1GNNA 4DPFA 1TSUA 4ZPEA 1KJGA 2G1OA 1TSQA 3BVBA 4WY6A 5OZOA 3D3TA 5P4AA 4AZYA 1PFZA 5AHCA 3ZKQA 2ZJNA 1YTGA 2R3WA 5HU0A 5P76A 4DJOA 5P5YA 5P2EA 5DQ1A 3PEPA 5TOLA 3MSKA 5IVRA 3PJ6A 4A6BA 5P1GA 1NPAA 2CENA 2WECA 1EBYA 1KJ7A 3NLSA 5P4SA 5OZMA 5P04A 2HIZA 5P1IA 4HDFA 2NXLA 2B42A 3VLAA 5P2JA 3VSXA 3L38A 5P4CA 4Y41A 3CKPA 5OZTA 4ER2E 3LPJA 3INEA 4B1CA 1J71A 1GVUA 5P33A 3BHEA 3PVKA 4Y3XA 1LF2A 5P6TA 2H6TA 3QVCA 1UH9A 3PMUA 4WTUA 2Q55A 4CMSA 1BXOA 5OYWA 5P02A 4BELA 5P7JA 3SM1A 3LINA 4GJBA 4DI2A 2PSUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SA7 A;  3PWW A;  4TRW A;  3L58 A;  4H1E A;  1GVX A;  3QRV A;  3QBH A;  5P47 A;  4GJ5 A;  5ISK A;  1W6I A;  3DUY A;  3L5C A;  2IDW A;  3UPJ A;  3HVG A;  3T7X A;  1BDL A;  4DUS A;  4F75 A;  3KMX A;  4IVT A;  1QRP E;  5P1U A;  3K1W A;  2V10 C;  5P3Y A;  5ER1 E;  3BUG A;  3ZKS A;  2IGY A;  1FF0 C;  3RTN A;  3OHF A;  1HSH A;  4FCO A;  5P7K A;  4Y5C A;  1QBU A;  1GNO A;  3ZKG A;  2R5P A;  2QHZ A;  1ZAP A;  2PSG A;  2WF4 A;  1KJH A;  5AH8 A;  5B18 A;  5P5C A;  1ZSR A;  2FXE A;  3T11 A;  1SGU A;  3APP A;  3VCM A;  4YBI A;  2NMY A;  4B0Q A;  4RVI A;  5P0E A;  3OAD B;  5P52 A;  3PMY A;  1OHR A;  5P42 A;  4YA8 A;  4APR E;  4AUC A;  4K9H A;  4RRS A;  3WB5 A;  2R8N A;  1EC1 A;  3MSJ A;  2G1Y A;  3N4L A;  3UDY A;  4MC1 A;  2AOF A;  5P2Z A;  1RNE A;  2PYM A;  2ZHR A;  2G1R A;  5P7L A;  5P4E A;  4Y53 A;  4JPE A;  2Q11 A;  1BV7 A;  3CYX A;  3DM6 A;  2VKM A;  1HTR B;  3BUF A;  2QI4 A;  5P5N A;  3ER3 E;  1D4K A;  4OBH A;  3NU3 A;  2G27 A;  1DIF A;  3OAD A;  1ENT E;  3LIQ A;  2OHQ A;  1LYA B;  1TCX A;  3OQA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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