4DH6A

Structure of bace-1 (beta-secretase) in complex with (2r)-n-((2s,3r)-1-(benzo[d][1,3]dioxol-5-yl)-3-hydroxy-4-((s)-6'-neopentyl-3',4'-dihydrospiro[cyclobutane-1,2'-pyrano[2,3-b]pyridine]-4'-ylamino)butan-2-yl)-2-methoxypropanamide
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
387
structure length
367
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQATPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and preparation of a potent series of hydroxyethylamine containing beta-secretase inhibitors that demonstrate robust reduction of central beta-amyloid.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 367
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dh6A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dh6A02
4GIDA 4MC9A 4FLGA 3OU4B 2I0AA 4OBGA 4B70A 3OUAA 4DQHA 3KF0A 4RZ1A 5OYRA 3WB4A 3VLAA 5OZGA 1SIPA 4Y54A 5DQ1A 2QD6A 3O9HA 4OC6B 4J54A 4YD5A 5APRE 5I3VA 5P4TA 5FIVA 4ACUA 3OWNA 2IKUA 3EL5A 1HTEA 3FV3A 4GJ9A 5AH9A 5P3PA 1MT8A 2HC0A 1BXQA 1AVFA 3IA9A 2P3DA 5P1IA 2QD8A 3R0WA 5P1MA 1OEWA 3IN3A 5P10A 2QI4A 4Y35A 4FS4A 2Q63A 4EWOA 1HXWA 5OZFA 2IS0A 3ZKNA 3KDDA 3TL9A 1TSQA 3OTSA 5COPA 3FNUA 2WF1A 4S1GA 3PSUA 1EPPE 1MSNA 3RTNA 5KQXA 4YE3A 1D4LA 5P8RA 1SDUA 5P76A 1FQ8A 3ECGA 3S8IA 3ZPSA 3OXCA 4I8WA 3MWSA 3PLDA 5P2LA 3QN8A 2V11C 3NU4A 6APRE 2QNNA 4Y3SA 2MIPA 1F34A 4Y41A 5P0SA 3BRAA 2OHTA 4CPRA 2QZKA 4RLDA 4I12A 1PSNA 2Q54A 5P2WA 5AH7A 1APVE 3KM4A 5P3RA 3IXJA 5P77A 1XS7D 1EC2A 4QJ7A 1NPWA 3O9FA 1MTBA 5P3HA 1LEEA 4DQCA 1PSOE 3SKGA 2WHHA 2AOEA 2Z54A 1AZ5A 3HDKA 4H3GA 1A30A 1EBWA 4Y58A 2ER7E 5P4AA 3DUYA 3EKWA 3HW1A 3ST5A 2V00A 5P18A 4YCYA 3O9CA 3VYEA 5P42A 1EBYA 2B7FA 4LBTA 4RCFA 2VIZA 2Q11A 3KFNA 4AA9A 3UDNA 4LXKA 3OU1B 4DV9A 4CKUA 1FF0C 1LYWA 1M0BA 1ENTE 1SIVA 2VNMA 2WEDA 3UDMA 4IVTA 1G35A 1MTRA 3FNSA 4ZSQA 5P5VA 1HSIA 4M8YA 5P13A 4Y5PA 4R91A 3OXWA 2G20A 4FRIA 3D1XA 3HBOA 3TPPA 5KR0A 3D91A 1SMEA 4DPIA 4J1EA 5P0NA 5P66A 1YTJA 3KFPA 5P5TA 5P6FA 3PLLA 5COKA 3EM3A 5P5EA 1K2BA 3QBFA 1CZIE 3QVIA 4DJOA 4K4PA 2G22A 3VCMA 3K5GA 2HB2A 1TCXA 4I0GA 1GVTA 3O9BA 5P4DA 4GMIA 1NH0A 5OZWA 2Z4OA 5P3OA 4YDGA 5P85A 4WY1A 5C9FA 2Q3KA 4HLAA 2FGVA 3SPKA 1RPIA 4YBFA 4TVGA 3PMUA 3SM2A 3LIQA 5OZ1A 1HVLA 1UH8A 5P5RA 4HDPA 5P0BA 5OZMA 5P1JA 2R5QA 4J1IA 1EC3A 2AOCA 3NSHA 1B6LA 1B6KA 1APWE 3S7MA 3RSVA 1WBMA 3VV7A 5OZ2A 5P7SA 4QJ6A 5P3DA 5P47A 5P06A 4PEPA 3I25A 5OYWA 5P68A 5P4QA 3S43A 5P1ZA 3DK1A 4EJLA 5P6XA 3UQWA 4CPUA 4L1AA 5SY2A 2FS4A 2NXDA 2G21A 2HAHA 5P5YA 2OHRA 3QVCA 5P6TA 2HS1A 5P8SA 1VIKA 2B60A 5OZDA 3DM6A 4OBDA 4Y4EA 3L5EA 5P2RA 3KDBA 2ZHRA 5P2CA 1Z1RA 4Y3JA 5DR4A 4J5JA 2QNQA 4I1CA 1ER8E 3H5BA 2VIYA 2FDEA 5P6BA 5P1AA 1C70A 5P0TA 4AA8A 1MT7A 2P3BB 3U71A 3BXRA 3ER5E 4J17A 1UPJA 5P0WA 5P32A 4E43A 1FQ4A 5AH6A 2AOGA 5P51A 1BILA 1PSAA 2G1OA 1HVRA 5P19A 5P2DA 3URJA 3M9FA 5SY3A 3CICA 4B1DA 1SGZA 3EKVA 3BGBA 4ZSMA 3O9LB 5OYYA 2OHNA 5P84A 4Y57A 2WF2A 2WKZA 3GGXA 3I7EA 4D85A 5OYQA 4RVXA 4B78A 3OQAA 3UF3A 1FMUA 4F76A 4GZFA 3VF7A 5P7YA 5HCTA 3DJKA 5P4VA 5P1OA 4OD9B 5P5NA 3F9QA 5P2UA 3EL4A 3FSMA 3O9GA 3K4VA 5P7AA 2ZJMA 1C6ZA 2ZGAA 1U8GA 3TPLA 5P4SA 4FSEA 2QI1A 1D4KA 4Q1XA 1PPLE 5P12A 3L5BA 4A4QA 5P54A 3LPJA 4YCTA 5P4KA 2A1EA 2O4KA 5ENKA 5P3WA 4ZIPA 5P3SA 1EPQE 4FRSA 4BFDA 4Q1YA 5SXNA 2I4QA 3URIA 5IVRA 3BXSA 5JODA 1YTIA 5P23A 3WZ8A 4YD3A 3AIDA 5P6GA 2CEJA 5P5AA 3T6IA 4ER4E 2O4LA 4XKXA 4Y43A 5P2VA 3OADB 3UDRA 1IDAA 5P6IA 1QDMA 1MERA 3NR6A 4RGHA 4Y38A 4JOOA 2QK5A 1APTE 1A8KA 1FG8C 4Z2ZA 1HIIA 3EXOA 4HZTA 2QNPA 4K4QA 4Y48A 5AHCA 4Y4XA 2UPJA 4EJKA 3WZ7A 1KZKA 1QBTA 5P2FA 5P2GA 5KOQA 3OGPA 4GJ7A 2HPFA 5P59A 4GJAA 3KT2A 3ZLQA 4D89A 5P0EA 3ZKMA 5P7XA 4I0JA 5PEPA 2G69A 3EKYA 2PQZA 5P25A 4MC6A 4KE0A 5P44A 5OZXA 4FAEA 3EKTA 5P4RA 2BKTA 1Q9PA 4RCDA 2QCIA 2WEBA 1DMPA 5OZUA 2IKOA 5P14A 3CKTA 4PYVA 2AOFA 4FIVA 2VIEA 4ZSRA 3SACA 1FQ7A 3PM4A 4YD6A 2O40A 3EKQA 1ZJ7A 3UDKA 5P1WA 5ER1E 3OTYA 3AUPA 1BVEA 2PMAA 1SDVA 1DW6C 5P6CA 1BV9A 5P8CA 5DQ5A 3NDUA 4D83A 5HU1A 5P1PA 3UQXA 3LIZA 2QZXA 5P1UA 6UPJA 5BRYA 5HE7A 3L38A 1C6YA 1W50A 4FL8A 2P8HA 2OF0A 3INEA 5OZLA 2VJ7A 5OZ5A 5P35A 2QI0A 1KJFA 2ZJLA 2OHQA 5P1TA 5EZZA 1NPVA 5P0KA 2AZBA 5P3GA 3KA2A 1GVVA 5P0UA 4DJUA 1GNNA 4Y39A 5P4MA 3VF3A 3RU1A 3NUJA 1MRXA 5P36A 4ACXA 4LXMA 4ZEAA 5P3XA 3ZKSA 3APPA 4ZLSA 5HDVA 2OHKA 3EL1A 1Z8CA 1B11A 1ZPKA 2OHMA 3IAWA 5HVPA 2FNSA 1FG6C 1MRWA 5AH8A 4A6CA 2AVMA 1FMXA 4HE9A 5E5JA 2O4NA 5P5KA 2ASIA 5P4OA 5P7VA 4LP9A 5P87A 1HTRB 2F3FA 3K5FA 5P7TA 1RQ9A 3RTHA 3QRVA 5P0ZA 3QI1A 3T3CA 5P62A 3LZYA 4CPQA 1EC1A 2ZHTA 1LZQA 1FQ6A 5P0LA 5P7QA 5P64A 3U6AA 5P39A 2B8VA 1D4SA 3ZPTA 3ZL7A 1SBGA 5P65A 1B5FB 5P7JA 4DQBA 4GYEA 7HVPA 1LF3A 4OBJA 1KJHA 2AODA 4ZPGA 3UQUA 1QBRA 5P3CA 5P83A 5DR3A 5P8PA 1F7AA 3KT5A 3I8WA 4Y5LA 5P28A 3R2FA 4J0ZA 3UTLA 2HS2A 5AHBA 4BEKA 3EKPA 2WJOA 3CYXA 5C9DA 3QBHA 5P6AA 1A8GA 3PEPA 5P2ZA 1HPSA 4EHCA 5P0FA 2AQUA 4GJBA 2AOHA 5P4JA 1HBVA 2VA7A 5P86A 4R5NA 3TOGA 5P5OA 1SP5A 1HIHA 2B7ZA 4AMTA 4Y5EA 5P75A 1FQ5A 5P1KA 4H3IA 4TRWA 4L6BA 3LPIA 2JJJA 3EL0A 1UH7A 5OZTA 4R92A 5P58A 3PSGA 1XN3A 5KR8A 1DP5A 1TQFA 3NYGA 4CMSA 5CONA 3QS1A 2QMDA 5P4WA 1BBSA 3JVWA 1K6PA 5P04A 1LF4A 1XE6A 4HDFA 2CENA 2ZHSA 5P27A 4Q5MA 1YT9A 3EM6A 3BUGA 3SA7A 2BPWA 3PI5A 1OEXA 2BPVA 5P3MA 4K8SA 4Y3YA 1BIMA 5P4FA 3OUDB 5P67A 5P08A 2BPYA 2ZJHA 4J0VA 1BDLA 4Y5GA 5OYVA 1IVQA 1D4YA 2VKMA 3INDA 1GNMA 5OZVA 5P16A 1FIVA 4FM7A 2R38A 4EQ0A 3OOZA 4MC2A 3FNTA 5P6KA 3S7LA 3VLBA 5DPZA 5OZJA 1PPKE 1IZHA 1T6EX 3ER3E 3TOFA 2I4WA 4EXGA 5OZAA 1EBKC 1IZIA 2O4SA 5OZYA 5P5WA 2I4UA 4RYGA 4AUCA 4I0HA 1E80E 1W51A 2NNKA 5P1RA 3FKTA 3MSLA 5OZNA 3Q5HA 5P4ZA 3LINA 4ZSPA 1MUIA 5P0GA 5OZ9A 5I3XA 2R8NA 3KDCA 3EL9A 2IRZA 3I6OA 3SAAA 2JXRA 5ISKA 3K5CA 4L7JA 1A9MA 1MIQA 1E82E 3S85A 1EEDP 3TPJA 3D3TA 5OZQA 5P3LA 3OU4A 5P2AA 4ZPEA 4Y5CA 3ZKGA 2QU2A 4OBZB 5P1LA 5P1HA 2ANLA 2HM1A 4Y4AA 5P7WA 2QI6A 3BGCA 5P8FA 3KMYA 3NU9A 3PVKA 5OZOA 3SA8A 1E5OE 2AZ8A 2P4JA 5KAOA 3TH9A 4OC6A 1LYAB 5P2OA 5P0IA 5P79A 4XXSA 2QD7A 5P1VA 3Q6YA 1XL5A 2BJUA 4Y4TA 4Y4DA 5P2YA 3PCZA 3S53A 5ENMA 1YM4A 4EJDA 1BAIA 3INHA 4EP3A 2B8LA 3LZUA 1K6VA 4FM8A 1ZTZA 2BB9A 4NKKA 5DQ2A 2NXMA 4DFGA 3NXNA 5DR0A 3DCKA 2Q64A 3C9XA 4J1HA 5P0HA 1EPOE 5P0MA 2HB4A 3U7SA 3Q70A 1EBZA 2QI5A 4Y51A 1LS5A 4R8YA 5P6UA 4Y5NA 5P72A 5OZPA 1BXOA 2G24A 1BDRA 2V0ZC 3PBZA 4R93A 5KOSA 5P6JA 2R5PA 5OZ0A 2B42A 1CPIA 2WF3A 4RROA 5P6QA 2IDWA 4RYCA 2IEOA 3RTMA 5IE1A 4R95A 3DOXA 2G1YA 4DJQA 1YTHA 2J9JB 3QAAA 5P56A 4Y37A 4RCEA 2ZJKA 3NLSA 5P3KA 1HSHA 5IVTA 3CMSA 4YCKA 5P22A 4WTUA 3HVPA 5HE5A 5OYSA 3SA9A 5P3JA 5SZ9A 3NUOA 3EMYA 5EZXA 5JFUA 1HVHA 3HAWA 3BUFA 5OZCA 3IVHA 2PSUA 5OZZA 3ZPUA 2FLEA 4DQFA 4BFBA 3OU1A 2CEMA 3VSWA 5P1QA 4EQJA 3L3AA 4Y4JA 3L5CA 5P1BA 3VG1A 4HEGA 5OZ7A 4L7HA 4EJ8A 3VYFA 2R9BA 5P5UA 1TW7A 4J0PA 1B6MA 2V13A 4Y4WA 5P3AA 4YA8A 5P7NA 5P1FA 1QBUA 4QJ2A 5P2BA 4DPFA 4FGXA 3NWQA 3K5DA 3BC4A 2G1NA 1W6HA 2PYMA 1T6GA 2XYFA 1T7KA 1BV7A 3OOTA 3IXOA 4Z4XA 1HVIA 4NJVA 4HDBA 5P1EA 3TKWA 1TZSA 1FFIC 5P5BA 4KUPA 3NWXA 4Y3NA 3UDJA 3NXEA 3BHEA 3B7VA 3HD8A 3OHFA 1HWRA 1LV1A 5P82A 4Y5BA 1E81E 5KR2A 1TSUA 5P4LA 4B77A 2G1RA 4YDFA 3CYWA 3SFCA 4Y3EA 1HPXA 1META 3SLZA 3PI0A 5P6ZA 4DJWA 5P2MA 5KR1A 1ZAPA 5P0YA 2QHYA 2ZE1A 4NPUA 4EXHA 1N49A 2FXEA 3IN4A 5P4HA 1EPNE 4DQEA 3D20A 4U7QA 2UY0A 1SDTA 2VA5A 3CIBA 5P2TA 5P4UA 1XL2A 1AIDA 1YX9A 4GJ6A 4Y36A 5P8JA 4J1FA 1HTFA 3A2OA 4YOAA 3S54A 1W5YA 3QP0A 4DJRA 4FM6A 1MT9A 4EP2A 4H1EA 4Y5MA 4YD4A 2NXLA 5P6WA 2PWCA 5P6SA 4LAPA 4UPJA 1SGUA 5OZEA 2QP8A 4I0EA 2AOIA 2G1SA 3LZVA 5P3FA 3WSJA 5OZIA 4F73A 3TKGA 2FMBA 2I0DA 4D8CA 1HOSA 3PWWA 4RRSA 2F81A 4FCOA 1EPRE 3R4BA 2P3BA 3S56A 5P7IA 1MPPA 5P29A 4Y9WA 1ME6A 1HEFE 3GGAA 1NPAA 4DJVA 5P00A 3PMYA 2JJIA 2IGYA 3LHGA 5F01A 2QI3A 2PSVA 2VIJA 3NDTA 4YHQA 5OYUA 3GI0A 3O9LA 1G0VA 1ZBGA 4Y4GA 4B05A 5P4NA 1KJ7A 3HAUA 3UDQA 5P4BA 3HZCA 2I4XA 1LYBB 1XDHA 3G72A 1HHPA 4OD9A 1FMBA 3TTPA 1GVWA 2V10C 2AZ9A 1W5XA 3PSYA 5AHAA 1RNEA 5TOLA 1ODWA 5IS4A 4PPHA 5P5SA 4GJ8A 3LIXA 4QJAA 2ER9E 5P2EA 1FGCC 1XN2A 3T7QA 5B18A 4DH6A 4X7IA 4CPSA 1APUE 2V16C 1LF2A 5P73A 1JLDA 1T3RA 3KFRA 2QMPA 5P2HA 3O9IA 3OQKA 5DR8A 4Y3RA 2UXZA 5P20A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GID A;  4MC9 A;  4FLG A;  3OU4 B;  2I0A A;  4OBG A;  4B70 A;  3OUA A;  4DQH A;  3KF0 A;  4RZ1 A;  5OYR A;  3WB4 A;  3VLA A;  5OZG A;  1SIP A;  4Y54 A;  5DQ1 A;  2QD6 A;  3O9H A;  4OC6 B;  4J54 A;  4YD5 A;  5APR E;  5I3V A;  5P4T A;  5FIV A;  4ACU A;  3OWN A;  2IKU A;  3EL5 A;  1HTE A;  3FV3 A;  4GJ9 A;  5AH9 A;  5P3P A;  1MT8 A;  2HC0 A;  1BXQ A;  1AVF A;  3IA9 A;  2P3D A;  5P1I A;  2QD8 A;  3R0W A;  5P1M A;  1OEW A;  3IN3 A;  5P10 A;  2QI4 A;  4Y35 A;  4FS4 A;  2Q63 A;  4EWO A;  1HXW A;  5OZF A;  2IS0 A;  3ZKN A;  3KDD A;  3TL9 A;  1TSQ A;  3OTS A;  5COP A;  3FNU A;  2WF1 A;  4S1G A;  3PSU A;  1EPP E;  1MSN A;  3RTN A;  5KQX A;  4YE3 A;  1D4L A;  5P8R A;  1SDU A;  5P76 A;  1FQ8 A;  3ECG A;  3S8I A;  3ZPS A;  3OXC A;  4I8W A;  3MWS A;  3PLD A;  5P2L A;  3QN8 A;  2V11 C;  3NU4 A;  6APR E;  2QNN A;  4Y3S A;  2MIP A;  1F34 A;  4Y41 A;  5P0S A;  3BRA A;  2OHT A;  4CPR A;  2QZK A;  4RLD A;  4I12 A;  1PSN A;  2Q54 A;  5P2W A;  5AH7 A;  1APV E;  3KM4 A;  5P3R A;  3IXJ A;  5P77 A;  1XS7 D;  1EC2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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