4DI2A

Crystal structure of bace1 in complex with hydroxyethylamine inhibitor 37
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
391
structure length
375
Chain Sequence
KKGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and synthesis of potent, orally efficacious hydroxyethylamine derived beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme (BACE1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 375
sequence length 391
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4di2A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4di2A02
3KFSA 5KR0A 1XL5A 5P6CA 5I3VA 5P20A 1HWRA 2O4KA 1HPOA 3O9BA 5P5IA 3RTHA 2I0AA 3VFBA 5P0XA 5P8TA 1ZPKA 4RYGA 2ZDZA 2PYMA 5P6NA 4U7QA 5P54A 3FNSA 2R9BA 2ZYEA 3VFAA 5TOLA 1HTGA 1VIJA 5OZQA 1IDAA 2ZJNA 5P3XA 1KJHA 2AVSA 5P6FA 5OZNA 1MSNA 4BELA 3ZPTA 1W6HA 4B1DA 5P2TA 1IIQA 2JYSA 1K1UA 4DJYA 3B7VA 3D1ZA 3CICA 5P6JA 3NDUA 3Q4BA 5P4CA 5P5OA 1WBKA 4YOAA 5P6HA 1GVXA 2WL0A 4AUCA 2FXDA 4I0HA 3OU1B 4H3IA 3PHVA 4Y5GA 3EKXA 5P48A 4CKUA 2R43A 1W6IA 4JPEA 5OZJA 5P3PA 2I4UA 4J1KA 5P2DA 4EJKA 1MESA 3KN0A 1ODXA 3R0WA 5HE4A 3OUCA 1MEUA 5C9BA 3DV1A 4HDBA 3DCRA 5P1GA 5COOA 5P1JA 3SA3A 1PPLE 4KB9A 4R92A 6APRE 5DR3A 2NMZA 4L7JA 5P3LA 5P0SA 1FQ4A 5P5CA 3SABA 3N3IA 2OHTA 5APRE 5P5FA 1YT9A 1BAIA 3L5EA 1G6LA 5P7RA 2PWRA 5P0FA 1W5XA 3FIVA 4H3FA 4QJ6A 1BXQA 2WF0A 4YD4A 5P4BA 5P46A 4R93A 2APRA 3KT5A 3UQRA 4GB2A 2HPFA 2QNNA 4LP9A 5P2JA 3LZVA 5P2NA 1SMEA 3QPJA 5P0GA 1FFIC 5P5NA 4EP2A 1AM5A 2R38A 3WZ6A 1UH9A 2HB4A 2HB2A 3Q6YA 1FB7A 3KT2A 3O9EA 5P0KA 1EAGA 5COPA 1D4YA 5P7WA 4CPRA 5P5UA 4ACUA 5OZLA 4ZPGA 3T6IA 1EEDP 3CIDA 4PEPA 5DGUA 1LEEA 2HS2A 4MC1A 5P70A 1LYWA 2QU2A 5OZKA 4FRIA 5P2GA 3LPIA 4COEA 3Q5HA 4FAEA 3CKRA 2VA6A 1HVCA 4EHCA 5P55A 2NXLA 5P3AA 2QMGA 2IGXA 3CMSA 2F81A 2AOIA 3OTSA 5P7LA 2HAHA 3DM6A 5P58A 5P6UA 3HD8A 5EZXA 2ZHSA 3LZYA 1MSMA 5OYVA 3SACA 4QJ2A 1HEGE 1NSOA 5P86A 1APTE 1NPAA 3QRVA 1BV9A 5OZGA 1E81E 5BWYA 3NXNA 1SIPA 5P4FA 3NLSA 3UDRA 1T7KA 4X2LA 3LPJA 5OYXA 3S45A 2QP8A 5E5JA 5P06A 5P3TA 1KJFA 4Y51A 4JECA 4S1GA 3S54A 5P1NA 3TKGA 5P4OA 2QHYA 2QZKA 1HVHA 4JPCA 3ZOVA 4QJ9A 5OZ9A 5P3ZA 2G1NA 1OEXA 2G22A 2AOCA 4Y3RA 4F75A 3QN8A 4J1IA 3QVIA 5P8OA 5P14A 1AZ5A 1HVIA 1LYBA 4I0ZA 2V16C 4LXAA 3S43A 1RNEA 5ER1E 3WB4A 5P0CA 1TZSA 3KFPA 3PEPA 2AODA 2O4NA 5P4PA 3L38A 2G24A 2AOJA 4CPSA 4A6BA 5P0BA 2BPVA 1M43A 1K2BA 3MXDA 2F80A 1BILA 2PYNA 5P7XA 2WF4A 4IVTA 1IZDA 3BXRA 5P35A 3ER3E 5P89A 5P8HA 5P6QA 3BRAA 4L1AB 4YD7A 5P7QA 5OZCA 5CLMA 5P1AA 5HCTA 4A4QA 4I12A 3R4BA 2EWYA 5AGZA 3UDKA 4AZYA 2HIZA 3OQKA 3SM2A 3OWNA 5T4SA 5P0AA 2PQZA 1EPLE 5P6YA 5P1VA 2F3KA 1BDRA 3VF7A 2FLEA 3O99A 2R3TA 5P2RA 2F3FA 3TOFA 4FM6A 5P3SA 2PH8A 3WZ7A 5P2IA 2WJOA 5P4UA 3OXXA 5P6MA 5KQZA 4NPUA 4J1EA 1MRWA 2VIJA 2PH6A 5P3BA 4YE3A 2WEBA 3VF5A 5P0IA 2WEDA 5P40A 4Y4WA 1ZP8A 3INHA 2OHMA 2P4JA 1YTGA 5HU1A 5P3YA 5P5WA 4LL3A 5P3EA 5P6EA 1Z8CA 3OU4B 5P7VA 5P1EA 3TH9A 5HVPA 3BUGA 5P8KA 2QI3A 1AIDA 1E5OE 3VLBA 5AHBA 1TSUA 3PI0A 4Z2ZA 4Y54A 1NPWA 5OYQA 5P1IA 4ZPFA 4Y3YA 4Y5BA 4Y4BA 4HDFA 5P63A 5OZHA 1DPJA 3OGPA 5P0QA 1RPIA 2OHRA 5DQ4A 1MIQA 3UTLA 4Y4XA 5P5MA 3JW2A 1HTEA 4EWOA 5KAOA 7UPJA 5UPJA 3CKTA 3CYWA 3BHEA 2Q11A 3UQWA 5P4JA 5P6SA 3KYRA 3UDNA 1YM4A 3MSLA 5JFUA 5P12A 4J1HA 4DQHA 2QZWA 3QS1A 2FDPA 3OXVA 3OGQA 5P64A 1T6GA 2AOFA 1BVEA 5P2OA 4ZSPA 1FFFC 5P1SA 2PSVA 4Y3DA 2A1EA 3O9FA 3SKFA 2ASIA 2P3DA 4YCKA 5P26A 3NU6A 5KR8A 2ANLA 3GGVA 4RCEA 3Q70A 2PC0A 1M4HA 5OZUA 4FGXA 4I0EA 1T7JA 2HB3A 3D20A 3RVIA 1IZIA 3I6OA 3PLLA 3O9IA 4DQBA 5P45A 5AH9A 5P0LA 5OZXA 3LIVA 5HDXA 1HHPA 3IXJA 1HXWA 4Z50A 2IKOA 1FKNA 5IVQA 4OD9B 4DH6A 3VEUA 4GJAA 4RYCA 4KE1A 1OEWA 3S7LA 3TOHA 3VSXA 5P0DA 1UH8A 2V11C 3FKTA 5P30A 4PZWA 5FIVA 1BWBA 2QI5A 2SAMA 2V12C 3EL4A 4EQJA 5P5DA 2R5PA 3NDTA 5P7AA 2G21A 2AOHA 2VNNA 2MIPA 1EBYA 1SP5A 3PI5A 3H0BA 5P60A 4DJWA 5P1FA 1EPNE 5P7IA 1B6MA 2OHUA 5P00A 3HZCA 5P5XA 4DVFA 4Y3XA 4U8WA 3NSHA 4ER2E 4FAFA 5P5YA 3HW1A 1HSHA 3NU4A 4YD3A 1CZIE 1GVWA 5P2AA 3NR6A 4QGIA 2P3BB 3NU9A 3K4VA 2WF3A 3OADB 1WKRA 2J9JB 5P6IA 1BV7A 2IL2A 4Y5MA 3ZKSA 5P2ZA 1IVQA 1Z1HA 4Y48A 2P3BA 3O9CA 1DAZC 2ZHRA 3AIDA 5P74A 3OADA 1UH7A 4Y44A 4GZFA 3EBZA 5P2BA 5P6BA 3UF3A 4LBTA 1SDTA 3APPA 2I0DA 2P8HA 3URJA 5P5KA 1EC0A 4Q1YA 3SA5A 3OUBA 3VSWA 4OBKA 2QMDA 5P2WA 5P3NA 4EXGA 4Y5EA 3D1XA 5P6AA 1QS8A 4HDPA 4F73A 1D4KA 4HA5A 3SA6A 4ER4E 4XX4A 4BFBA 1IZEA 4FRSA 4M8YA 1AJXA 5P15A 2I4VA 3CKPA 4R91A 4NJSA 3VUCA 4FSLA 5P2FA 4Q1NA 4DQFA 2XFKA 4GMIA 1DP5A 4PZXA 3K4VC 4FLGA 5HU0A 2B7FA 5AHCA 1MTRA 3TPJA 2O40A 3M9FA 5OZ3A 5P4MA 4Y4AA 5P3RA 5P71A 2V00A 4OC6A 3URIA 2WEAA 4YBFA 5ISJA 5OYTA 1PPME 1D4HA 2ZJIA 1EBWA 1D4JA 5P3GA 4ZIPA 5KOQA 3KA2A 1LF2A 4K4QA 5P5EA 1F34A 3D91A 3TPRA 4Y37A 5P22A 5HE7A 5P0PA 1ME6A 5P5ZA 5P6WA 3BVBA 2AOGA 1RL8A 4DUSA 4GJ6A 1DW6C 5P1OA 5SXNA 5P1YA 3KF0A 5P6TA 4RVXA 4Y5PA 3LIQA 3ER5E 2BPZA 5OZIA 1HOSA 1N49A 3U71A 3HBOA 2Q64A 3FX5A 3IN3A 5P7GA 3OQDA 4RZ1A 1YX9A 5P3DA 5P4HA 1ZTZA 4Y4UA 3BVAA 2O4SA 3EXOA 4N00A 2HS1A 5IVRA 4Y53A 2PSGA 1GVVA 3ECGA 1HSGA 5P10A 3HAWA 1KZKA 2OHKA 1T7IA 5P2MA 5JODA 3UQUA 4YHQA 3NUOA 4Y3GA 4XX3A 3D3TA 4J55A 3OQ7A 1MVPA 1W5WA 4ZSMA 2JE4A 5P69A 2QHZA 1AJVA 2VJ7A 2AOEA 4Y57A 2HM1A 3FNTA 1ZJ7A 4B78A 3DV5A 1APVE 3LZUA 5SZ9A 1FF0C 3KMXA 3ZKIA 3TKWA 3WB5A 3PMUA 1EPOE 4Q5MA 3PWRA 5P67A 4Z22A 1LYAA 5P8EA 1EBZA 4K4PA 3OHFA 3INFA 1BBSA 2RKGA 3U6AA 3BUFA 3G72A 4YOBA 5P5GA 2G27A 2XFJA 1A30A 5OZPA 3ZKQA 5I70A 4TRWA 4DJXA 5P3WA 5IVSA 4H1EA 5P13A 2JXRA 6FIVA 5F01A 5P8AA 4Q1WA 5P7SA 1MRXA 4Y5CA 4DPFA 3IGBA 3MSJA 2OAHA 5P8UA 2G1RA 4DJOA 2QHCA 3EL1A 4YDFA 3QIHA 5P2HA 1LYWB 5P01A 5OZTA 3CYXA 3UDJA 3OUDA 3UQPA 3MSKA 2BKTA 4AMTA 5P1XA 2VS2A 2QK5A 5P4QA 1EPQE 1EC1A 3QRMA 3EKYA 4R5NA 1XE5A 4J1FA 2NPHA 4B72A 3SLZA 5P4GA 1FQ6A 2FDEA 4CPWA 5P7DA 3L59A 2AVQA 1B6JA 1JLDA 1YTIA 5P36A 5P7CA 1QBSA 3SFCA 3SO9A 5DR4A 1TCXA 2ZE1A 2IRZA 1Z1RA 5DR1A 4GYEA 3UPJA 1G0VA 4LXKA 4KUPA 4PYVA 4U7VA 3SAAA 3NWQA 4RROA 3FV3A 5P2EA 3CIBA 3UDHA 2QCIA 2WECA 4J17A 2V10C 5P3OA 5P81A 5P8RA 5P05A 4NJVA 3OY4A 1LYBB 5P2CA 4Y50A 3PBDA 5OZBA 3LPKA 3S43B 1C6ZA 2F3EA 2QI0A 3EKVA 2OHPA 3OQAA 2I4WA 5P6ZA 4FIVA 2JJIA 2BKSA 2B60A 5P0ZA 5P47A 2Q5KA 5P4TA 2VA7A 4XKXA 1NH0A 2WKZA 5P0OA 1B5FA 4HZTA 1EPRE 2OF0A 1MERA 4ZLSA 4EXHA 3DOXA 3UFNA 2F8GA 2QZXA 2JJJA 4Y3WA 1QBTA 5P73A 3T3CA 1DIFA 4D88A 5P4ZA 3EL0A 3U7SA 1C70A 3SPKA 1MT8A 1FLHA 5P3JA 5P0UA 3HDKA 4HVPA 1IZHA 3L5CA 2B7ZA 5P2KA 3ZL7A 4D89A 4Y3NA 3RTNA 5P1CA 1EPPE 1FGCC 5P8MA 3VYDA 1EPME 5ER2E 3G6ZA 4D8CA 4MC6A 5P8CA 2G1OA 2P3CA 5AH8A 4I0JA 3QP0A 3QROA 4E43A 5P3FA 4Y4JA 1C6YA 3O9AA 2G69A 2FXEA 2AQUA 4QLHA 2FDDA 2OHNA 5JG1A 1TSQA 5P82A 3FSMA 2NNPA 4DJRA 5P4NA 4B1CA 3KFRA 2B8VA 2I4XA 5P1DA 1OHRA 1ZLFA 3INDA 4J0VA 5P43A 4TRYA 4ER1E 3LHGA 5OZRA 1APWE 3LZSA 5P75A 5P0VA 4GJ8A 2QU3A 2FMBA 3K5FA 3PVKA 5OYSA 1PSAA 1B6KA 5SY3A 2Z4OA 1EC2A 3RSVA 3GI6A 5P7UA 2CENA 2RKFA 3T7PA 5HDUA 1PROA 2QNQA 5P52A 1SGUA 5C9FA 5CONA 3DK1A 3GGAA 1BWAA 4Y3EA 5P2XA 5P09A 4DQGA 4YD6A 2V0ZC 3PSYA 5P24A 3EMYA 4H3JA 2ZJJA 4TVHA 1ZSRA 3GI4A 2Q54A 1RQ9A 5P4RA 3VYEA 4Y3JA 2PK5A 4K9HA 2Q3KA 5P78A 5P3CA 1FIVA 5P19A 3L5DA 3MWSA 3NXEA 5P6DA 4CMSA 4Y5NA 5OZYA 3NDWA 5OZ2A 4A6CA 5P1PA 1SH9A 3PSGA 4I0FA 4RCDA 5P2LA 3ZMGA 4B05A 2FGUA 4L7HA 4Y38A 1D4SA 3L58A 4QJ8A 1K1TA 4OBFA 4FRJA 5P8QA 5COKA 4YDGA 2NNKA 2QI4A 5P4KA 3URLA 4Y58A 3BUHA 3UCBA 2IKUA 5P08A 5OZ4A 4J0ZA 5P5HA 2VNMA 1ODWA 3I7EA 3PBZA 2CEMA 2P83A 1HEFE 3ZKMA 2AZ9A 5P62A 5P0MA 4NJUA 3R0YA 5IS4A 5P1RA 5P02A 4BEKA 5P1QA 4FS4A 4Y3SA 5P51A 4Y3LA 5C9DA 3N4LA 3PCZA 5P8JA 2ZJHA 5P31A 3UHLA 5IE1A 3JVYA 4R95A 1CPIA 5DR0A 3VG1A 1MPPA 2P3AA 5P1TA 5P72A 1FQ7A 2VIEA 5P4LA 5P87A 1HTRB 1XN2A 4FM7A 1FMUA 5P6KA 5AH7A 1MTBA 2ZHVA 5F00A 5P1MA 2IDWA 1HTFA 1MT7A 4BFDA 4LC7A 4OBJA 3SM1A 3LIYA 3GGUA 5P61A 3SA4A 3BC4A 3GI0A 3I2LA 3LIZA 1HPVA 4CPTA 2O4LA 3L5FA 5P0RA 3UDPA 5P25A 1HPXA 4DJPA 1G2KA 1AXAA 4GJDA 5I3YA 4J1CA 3OOZA 4OBDA 5P4EA 4GJ7A 3IXOA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KFS A;  5KR0 A;  1XL5 A;  5P6C A;  5I3V A;  5P20 A;  1HWR A;  2O4K A;  1HPO A;  3O9B A;  5P5I A;  3RTH A;  2I0A A;  3VFB A;  5P0X A;  5P8T A;  1ZPK A;  4RYG A;  2ZDZ A;  2PYM A;  5P6N A;  4U7Q A;  5P54 A;  3FNS A;  2R9B A;  2ZYE A;  3VFA A;  5TOL A;  1HTG A;  1VIJ A;  5OZQ A;  1IDA A;  2ZJN A;  5P3X A;  1KJH A;  2AVS A;  5P6F A;  5OZN A;  1MSN A;  4BEL A;  3ZPT A;  1W6H A;  4B1D A;  5P2T A;  1IIQ A;  2JYS A;  1K1U A;  4DJY A;  3B7V A;  3D1Z A;  3CIC A;  5P6J A;  3NDU A;  3Q4B A;  5P4C A;  5P5O A;  1WBK A;  4YOA A;  5P6H A;  1GVX A;  2WL0 A;  4AUC A;  2FXD A;  4I0H A;  3OU1 B;  4H3I A;  3PHV A;  4Y5G A;  3EKX A;  5P48 A;  4CKU A;  2R43 A;  1W6I A;  4JPE A;  5OZJ A;  5P3P A;  2I4U A;  4J1K A;  5P2D A;  4EJK A;  1MES A;  3KN0 A;  1ODX A;  3R0W A;  5HE4 A;  3OUC A;  1MEU A;  5C9B A;  3DV1 A;  4HDB A;  3DCR A;  5P1G A;  5COO A;  5P1J A;  3SA3 A;  1PPL E;  4KB9 A;  4R92 A;  6APR E;  5DR3 A;  2NMZ A;  4L7J A;  5P3L A;  5P0S A;  1FQ4 A;  5P5C A;  3SAB A;  3N3I A;  2OHT A;  5APR E;  5P5F A;  1YT9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2PK6 A;  4NPT A;  4X7I A;  4FE6 A;  4Y41 A;  1B11 A;  2UPJ A;  3ZLQ A;  5P7F A;  1A94 A;  3NU5 A;  5P23 A;  1QDM A;  2FIV A;  4RVJ A;  3Q3T A;  5DQC A;  1AVF A;  2R5Q A;  1ZAP A;  3VCM A;  1OD1 A;  5P7B A;  4I1C A;  4Y47 A;  4DFG A;  5P7K A;  5P0N A;  3QAA A;  2A4F A;  1XDH A;  1XN3 A;  4I0D A;  2AZB A;  1SGZ A;  2PWC A;  3HLO A;  4OD9 A;  2BB9 A;  2BBB A;  4J0T A;  3S53 A;  1NPV A;  1FG8 C;  2OHS A;  2PSU A;  3TLH A;  3VLA A;  5OZS A;  2QMF A;  1YTJ A;  3TOG A;  4Y3Q A;  3OUA A;  4APR E;  5P8I A;  1SDU A;  4I10 A;  1A8G A;  5P7N A;  2BPW A;  3OAG B;  4J5J A;  4DPI A;  4RCF A;  3I25 A;  4EPJ A;  3OHH A;  1HVR A;  3BXS A;  3EKW A;  5P5B A;  3RSX A;  3PJ6 A;  4EJ8 A;  3OAG A;  1KJ7 A;  2AID A;  1HVL A;  5P1B A;  1ODY A;  2ZJL A;  3ZKG A;  1E82 E;  1ENT E;  2NXM A;  5P1H A;  1GVT A;  5P3Q A;  3SA9 A;  5DQ2 A;  4Y5A A;  3HAU A;  1FQ8 A;  7HVP A;  4JP9 A;  3IXK A;  1FEJ C;  1FMB A;  5P8V A;  4HE9 A;  5HE5 A;  1HSI A;  2J9J A;  3GI5 A;  3C9X A;  3OXC A;  4MC9 A;  4R8Y A;  5P49 A;  2QNP A;  4Y3Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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