4DVFA

Crystal structure of bace1 with its inhibitor
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
388
structure length
374
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cyanobacterial Peptides as a Prototype for the Design of Potent beta-Secretase Inhibitors and the Development of Selective Chemical Probes for Other Aspartic Proteases
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 94
structure length 374
sequence length 388
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dvfA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dvfA02
2QI7A 4AUCA 5P14A 5DR4A 1SGUA 2OHTA 4DQCA 4I11A 4H3FA 5OYWA 4J54A 3CIDA 1ODWA 1MT7A 1G2KA 1B11A 2G69A 5P49A 3O9HA 3LZUA 5IVSA 3QBFA 4Y3ZA 1SP5A 1HVRA 5P1HA 1T6GA 1MERA 5P3LA 2VIZA 4RLDA 1XL5A 2NMYA 3OQAA 3R0YA 4QJ8A 1F7AA 5OZNA 3G6ZA 5P38A 2I4QA 5ISJA 5P5KA 5P8VA 3NYGA 1HHPA 3IN4A 3DJKA 4H3IA 1IZIA 5P7JA 3WZ6A 2I4DA 1QBUA 3INEA 3L59A 2J9JA 4JP9A 3TOGA 5OYYA 2Q11A 5P0OA 2XYEA 1OD1A 5OZOA 3FNUA 5P8MA 2QI0A 5P16A 4RCDA 2P3CA 1LYBB 1IVQA 1AM5A 3R0WA 5P3XA 2IGXA 4ZLSA 5P3RA 3ZKIA 3RVIA 1UH8A 3CICA 2I4WA 4QJ6A 4B77A 5P6LA 2AQUA 3OHFA 3HW1A 5HU0A 3EC0A 2ZJKA 2AOGA 2OHQA 3OOZA 2QNNA 1TW7A 3KFNA 3OU4A 1HVJA 5P17A 5OYVA 2QZXA 1K6CA 1VIKA 3Q3TA 1SDUA 1MEUA 5P66A 5P2JA 4RCFA 1F34A 1OHRA 1BVGA 3HAWA 3VYDA 4Y4DA 3SABA 1K2CA 5P4XA 1PFZA 5DQ5A 4OD9B 3Q4BA 1ZTZA 4ER2E 1W5WA 2OHRA 5OZHA 2V11C 5P0TA 1G6LA 2QI3A 2ZJIA 5P0RA 3K4VA 5P6CA 4COEA 5OZ9A 1D4KA 1B6PA 2AVVA 5OZ4A 5P4SA 2UXZA 4GJBA 1N49A 1CMSA 3GI4A 3OADB 4FCOA 2R5QA 4GJ8A 5P70A 3SAAA 2NXDA 3SA6A 3GGXA 1KJGA 1KJHA 3QRSA 5HCTA 5SZ9A 5P8OA 2Q64A 1FG6C 2ER9E 4FS4A 3T7PA 1Z1HA 5HD0A 4KUPA 4OBZA 5OZPA 5IVTA 3EL9A 5P8QA 1EPOE 4UPJA 4LXMA 3L58A 1DIFA 3VUCA 4NJSA 4TRYA 5P6TA 3SQFA 5P8RA 5EZXA 2F8GA 1HPVA 3TPPA 4J1CA 2G1OA 5P6JA 4OC6A 3AIDA 3U71A 2FNSA 5P0GA 3EBZA 4Y4UA 4FM8A 1HIHA 4GJAA 1U8GA 4Y4EA 4OBFA 3UDHA 3BGBA 1XE5A 5P5OA 5P2FA 5P2MA 3L5CA 1TQFA 3S56A 4QLHA 5P4CA 4HVPA 5P0MA 3PRSA 3EL4A 4Y3DA 1B5FA 4QJ9A 4YD6A 2G1YA 5OZRA 4EXGA 5P12A 5P4JA 3OY4A 4J0VA 3O9FA 3D1YA 2ER7E 1BV7A 5P4ZA 4EP3A 2ZJJA 4AA9A 3PCZA 5P3FA 2Q63A 4GZFA 1FGCC 3SKFA 3URJA 4H3JA 3RTNA 2F3FA 3BVAA 5P80A 5P6QA 4Y54A 4KE0A 2WECA 3PWRA 3ER5E 4GIDA 4Y3TA 3LINA 3UDYA 1B6KA 5P4BA 5P20A 3PLLA 4Y3NA 4Y3SA 1LZQA 2VNNA 2HPEA 2QK5A 2RMPA 3NU9A 5P1JA 2AOCA 2O4NA 2VNMA 2VJ7A 1LF4A 2H6TA 3UDKA 5P4HA 3K4VC 3EKTA 4EP2A 2VIYA 2FDEA 3VF5A 1T6EX 2QU2A 2FLEA 4BELA 2WF1A 3WB4A 2FIVA 5C9DA 5P67A 3PB5A 5P37A 1E82E 5OZKA 2HB4A 4Z22A 1HTRB 2B8VA 2G20A 4LAPA 2G26A 5P00A 4J17A 5P48A 2BPZA 3UDQA 3QIHA 3JW2A 2B60A 2P3DA 3S54A 1HVCA 3ZKMA 3BVBA 3LPIA 4Y5KA 3EL0A 5DQCA 3LPJA 3LIQA 3D1XA 2V16C 5P0LA 4B70A 4Y5AA 3IVHA 5DR0A 4L6BA 3Q70A 5OZBA 3R4BA 4YOAA 4ACUA 1SH9A 3B7VA 5P26A 3DCKA 3OQFA 3RSVA 4HE9A 5P6RA 1BDRA 1MPPA 4X7IA 4R91A 3UDJA 3FKTA 5OZ7A 5P7YA 5P1FA 3PJ6A 1IZHA 2G1SA 3LIZA 4U8WA 1LF3A 2AVQA 5P46A 5P34A 4L1AA 3S7MA 5P0ZA 5OZ5A 4DJQA 1A30A 5P22A 5P6GA 1RV7A 3TH9A 1ZPAA 5P1EA 1EEDP 5P5FA 1WKRA 2BJUA 1ODYA 3GI5A 5P8FA 1MTBA 4RCEA 3K1WA 5P2NA 3VSWA 4B1CA 2IKUA 5P7CA 4FM6A 1AJVA 3UDRA 4NPUA 1EC3A 2IS0A 4QJ7A 3VEUA 5P0IA 5P4OA 3NU4A 1LV1A 5P1VA 1MRXA 5TOLA 3D1ZA 4I8WA 3OXXA 4Y56A 3JVWA 3ZL7A 1NPVA 3GI6A 4Y51A 4F74A 4YD7A 1QBRA 3OU1A 3UTLA 1FQXA 5DQ2A 4GJ7A 1UPJA 1LYWB 1A94A 5P6BA 2BB9A 1FQ8A 1MTRA 4YE3A 2R38A 3TPJA 5P8HA 4PPHA 1LYAB 1SDVA 4EXHA 5P54A 6APRE 4IVSA 2WL0A 1ZJ7A 4HDBA 5DGWA 2QD7A 5P31A 1EBZA 5P0FA 1E80E 4L7HA 5P68A 2AOHA 5P7AA 1YTHA 5P07A 4LXKA 3IXKA 1GNMA 4F76A 2OHKA 7UPJA 2Q15A 5PEPA 3UDNA 4ZSMA 5P63A 1D4JA 5P1TA 3KFPA 9HVPA 3EKWA 3NSHA 1Q9PA 1TSUA 3QAAA 2QD8A 4A6CA 3EKYA 2ZYEA 3R2FA 4A6BA 2G1NA 5ENMA 5P65A 2FXEA 1YTJA 1W5YA 5P3VA 3UQUA 1WBMA 2WF4A 3GGVA 4LHHA 4J0TA 3GI0A 2NNKA 4Y5EA 5P71A 1D4LA 4I0HA 4Y5CA 5OYRA 5P01A 3UQWA 2V13A 4RRSA 3PVKA 5P3ZA 5P2AA 4Y4ZA 4DQEA 4DV9A 1XDHA 1T7KA 5P86A 5P4PA 5P6NA 5P08A 5COOA 1HVHA 5P89A 5KAOA 2QD6A 4K8SA 2FNTA 3NXNA 4EWOA 5P3EA 2ZGAA 3O9LB 5P11A 3WZ7A 1E81E 5P0SA 3NDWA 3QS1A 4B00A 3CYWA 2PYMA 3VFBA 1K2BA 3DUYA 3O9AA 5P44A 1EC1A 1HIIA 3GW5A 5P3AA 2BKSA 3OQDA 1KJFA 5P1MA 3NU6A 5P7SA 2I4UA 3CYXA 3OGPA 4B1EA 2NPHA 4BFDA 3NUOA 4Y41A 3GGUA 4YD3A 4Y36A 1D4IA 2Z54A 4Y37A 1BV9A 3BUHA 4TRZA 2CENA 2VJ6A 2WEDA 5P82A 4Y3LA 2VKMA 3UDMA 5P4RA 3L5FA 2J9JB 1EBWA 4J1FA 4NJUA 2VIJA 5OZAA 3IA9A 5SY3A 1PROA 1TCWA 4Y3PA 4EJDA 4AZYA 3SACA 2FMBA 5P4NA 4CPRA 5P57A 3EKXA 3URLA 4CPXA 1RL8A 3BXRA 2G1RA 5P35A 4YCYA 3DCRA 5P4QA 3KFSA 5P3IA 5P0VA 3NU5A 5JG1A 5P4EA 5BRYA 2OAHA 5P74A 4WY1A 1KJ4A 2QCIA 3OU4B 2O4LA 4FLGA 1HXBA 5P0EA 3OUBA 5P4VA 1HVLA 3PMUA 4R92A 3QROA 5DPZA 2QP8A 2PSVA 2ASIA 2FS4A 4FGXA 1YM2A 3QVIA 3TKWA 4F73A 4YBFA 1BAIA 1HPOA 4OBGA 2BPWA 2QMGA 5P81A 1HEGE 4WTUA 3DOXA 1FMBA 3I7EA 4J55A 3OHHA 4Y4AA 4DVFA 1MVPA 4Y48A 1META 5OZJA 1PSOE 2V00A 4Z4XA 3CIBA 5AHCA 2FGVA 4Y3XA 3ER3E 2HS1A 4FAFA 4M8YA 5AGZA 5BWYA 4JPEA 1FFFC 3ZKSA 4Y38A 1XN2A 3HBOA 4Y3YA 5P0YA 4MC6A 3PEPA 2VIEA 4Y5PA 1E5OE 4S1GA 3I8WA 1QBTA 5P85A 5P6MA 1FQ7A 5P6HA 4ZEAA 2QZKA 4Y50A 3PWMA 5P0NA 1K1TA 4I0DA 4XX3A 2QMDA 5HE4A 5P24A 5HCOA 5P87A 5P69A 5P51A 2QU3A 5P3DA 5P5PA 4Y3WA 2VA5A 3VV6A 4Y57A 1MSMA 3K5CA 4Y39A 2ER6E 2A4FA 5HDVA 4ZPGA 5P58A 5P5VA 4YDGA 5P59A 4ZSQA 5J25A 3CKRA 2R9BA 3QP0A 2AZ8A 5P7MA 5P41A 4ZPEA 3OQKA 1NH0A 1FF0C 2PMAA 2I1AA 2PC0A 5HDUA 5P79A 3APRE 5P4IA 5P6ZA 4CP7A 1MUIA 3T11A 5P2XA 5P1SA 1B5FB 5HE7A 5P5JA 2QMFA 3SA5A 3G70A 3QVCA 5P7VA 5OYZA 2QAKA 3HD8A 5P7XA 3PCWA 1LYBA 1D4HA 5P3TA 3OAGB 1W5VA 4NJVA 5COKA 4D83A 3INHA 5P2UA 5F01A 5P7RA 4DPFA 5P6EA 4DQFA 2IL2A 5P0CA 5P5NA 5P1PA 3VCMA 1NPWA 5P1OA 3OQ7A 4DJRA 1K6VA 1GVVA 4LP9A 5OZ0A 5OZGA 3NXEA 4A4QA 3TPRA 2CEMA 4CPUA 3WSJA 2XFIA 5P7FA 3A2OA 3EXOA 4DJPA 4J1EA 5P56A 1K1UA 1BXOA 4RROA 4FE6A 5CLMA 3INDA 1C6YA 3VF7A 4Q1WA 1M0BA 1ME6A 3PWWA 5P5TA 3DK1A 3K5GA 5P8IA 4I0ZA 1EPPE 5P3HA 3UFNA 4DH6A 3CKPA 4GJDA 3SO9A 5P8LA 3N4LA 1HOSA 5I3YA 3BUFA 1SIVA 3PBZA 3KDCA 3O9IA 2O4SA 4JECA 4B72A 2P83A 3OADA 1BDLA 1AZ5A 5P7LA 5P30A 5P8PA 2ZJNA 4YCKA 3HAUA 2IGYA 3SA3A 1HXWA 1PPKE 2OHLA 1DPJA 1APTE 1KJ7A 5P5QA 5P13A 5T4SA 4LXAA 2RKGA 5P4AA 3T7QA 5P04A 4D8CA 4K4QA 1NPAA 4TVHA 1HSHA 5OYQA 4ER1E 1APVE 5OZ2A 5HTZA 2VA7A 1XS7D 3SLZA 3KA2A 5P2WA 1XN3A 3U7SA 4NPTA 3EL1A 4DJUA 1BDQA 2O4KA 2WF2A 3UDPA 1QRPE 3HZCA 3H0BA 5P5BA 3KMXA 5P15A 3NLSA 5JFPA 1XL2A 5P6OA 5P5GA 3Q6YA 4ZPFA 1W5XA 2F3EA 4Y4TA 3TL9A 2P3AA 2FGUA 2RSPA 4Y3MA 2QHZA 5P7UA 2AODA 5P61A 5APRE 4I1CA 5P6SA 3OUDB 1SDTA 4YDFA 5P6VA 3FNTA 5P4MA 5I3XA 3ZOVA 3IXOA 3TTPA 3TLHA 5P2DA 4MC2A 1FB7A 3PBDA 3OTYA 1EPRE 3EKQA 3VV8A 3PLDA 3S2OA 3MXDA 2JJJA 5P0BA 3RTMA 1APWE 1EC2A 5P27A 3SM1A 5P0AA 4FIVA 1FQ4A 2ANLA 4J1IA 5AH7A 3NUJA 3EM4A 5AHAA 4Y5LA 4I0FA 5OZ6A 5P3MA 3SPKA 1ZBGA 4DJOA 2AOEA 4LBTA 3LIYA 5SXNA 4Y3FA 1EPME 5OZDA 4Y5GA 2PK5A 3PSYA 3EM6A 2BBBA 3NDXA 1VIJA 2BPYA 2Q55A 3TKGA 2AZ9A 3OU1B 2BPVA 3KDDA 2PWCA 2PWRA 1BWAA 4XXSA 4Y3QA 2F3KA 5P29A 3ZPSA 3LZVA 1MT8A 4GJ9A 4GJCA 2AVOA 2B7FA 2F81A 3T6IA 4FRSA 5P6XA 1ZAPA 5P5DA 2AZBA 4MC1A 3LHGA 3VFAA 2R3WA 4J0ZA 4Q5MA 2G94A 1HRNA 5JODA 1FKNA 1TCXA 4GJ6A 5OZ3A 2UPJA 1HWRA 4R95A 4PEPA 3RSXA 5OYSA 2F80A 5P6WA 4K9HA 4LC7A 4TRWA 4JOOA 3IVIA 3TNEA 2EWYA 1BIMA 5P50A 3S85A 3ZKXA 1GNNA 5P2SA 5P3YA 5P7GA 3HLOA 2FDPA 5P0PA 2WF0A 5P60A 1EPQE 5P0JA 1IBQA 5KR0A 4DFGA 2WJOA 3ZLQA 4Z50A 3FX5A 3T7XA 5P3OA 5KOSA 5P02A 1RPIA 1ZSFA 4EHCA 2IEOA 5P1KA 3IAWA 4Y43A 2P3BB 2R8NA 3PGIA 5P84A 5FIVA 2QHYA 1M4HA 1GVTA 4R8YA 5P1YA 4DQHA 5JFUA 4N00A 5P1BA 2NMZA 5P5SA 3TOFA 1T7JA 5P3KA 3S43B 3F9QA 3PI5A 1FFIC 3TPLA 2G21A 5AH9A 2BQVA 2SAMA 3IN3A 4DJWA 5P2VA 4CPQA 1EBKC 5P2HA 3O9BA 1IDAA 4NJTA 2WEBA 1QDMA 1DW6C 5P2IA 1TSQA 4I0EA 5P5CA 5P5WA 2O4PA 3KMYA 1IZDA 5P5RA 4KB9A 4EQ0A 2HIZA 3QN8A 5I3VA 4YBIA 5I70A 4H3GA 4CPSA 4AA8A 3IXJA 8HVPA 4JPCA 4RGHA 4M8XA 3ZPTA 4HDPA 3OK9A 1PPLE 3LNKA 5P8CA 1M43A 2B42A 2HC0A 1ENTE 1OEXA 5P1QA 1T7IA 1PSAA 1LF2A 2AOIA 3OUAA 1FG8C 4GYEA 1ODXA 3D91A 3MSJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QI7 A;  4AUC A;  5P14 A;  5DR4 A;  1SGU A;  2OHT A;  4DQC A;  4I11 A;  4H3F A;  5OYW A;  4J54 A;  3CID A;  1ODW A;  1MT7 A;  1G2K A;  1B11 A;  2G69 A;  5P49 A;  3O9H A;  3LZU A;  5IVS A;  3QBF A;  4Y3Z A;  1SP5 A;  1HVR A;  5P1H A;  1T6G A;  1MER A;  5P3L A;  2VIZ A;  4RLD A;  1XL5 A;  2NMY A;  3OQA A;  3R0Y A;  4QJ8 A;  1F7A A;  5OZN A;  3G6Z A;  5P38 A;  2I4Q A;  5ISJ A;  5P5K A;  5P8V A;  3NYG A;  1HHP A;  3IN4 A;  3DJK A;  4H3I A;  1IZI A;  5P7J A;  3WZ6 A;  2I4D A;  1QBU A;  3INE A;  3L59 A;  2J9J A;  4JP9 A;  3TOG A;  5OYY A;  2Q11 A;  5P0O A;  2XYE A;  1OD1 A;  5OZO A;  3FNU A;  5P8M A;  2QI0 A;  5P16 A;  4RCD A;  2P3C A;  1LYB B;  1IVQ A;  1AM5 A;  3R0W A;  5P3X A;  2IGX A;  4ZLS A;  5P3R A;  3ZKI A;  3RVI A;  1UH8 A;  3CIC A;  2I4W A;  4QJ6 A;  4B77 A;  5P6L A;  2AQU A;  3OHF A;  3HW1 A;  5HU0 A;  3EC0 A;  2ZJK A;  2AOG A;  2OHQ A;  3OOZ A;  2QNN A;  1TW7 A;  3KFN A;  3OU4 A;  1HVJ A;  5P17 A;  5OYV A;  2QZX A;  1K6C A;  1VIK A;  3Q3T A;  1SDU A;  1MEU A;  5P66 A;  5P2J A;  4RCF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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