4E96A

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with the inhibitor pfi-1
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
124
structure length
124
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Protein binding/inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Identification of a chemical probe for bromo and extra C-terminal bromodomain inhibition through optimization of a fragment-derived hit.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 43
structure length 124
sequence length 124
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4e96A01
2GRCA 4TU4A 5DLXA 4HXOA 4OGJA 4KV4A 5BT5A 5ENFA 4HXNA 4N4HA 5E9MA 5EK9A 4QR4A 3SVGA 5CQ5A 5JI8A 2YQDA 2DVRA 2G4AA 2KTBB 5HLSA 4ZQLA 2D9EA 4NR8A 5CPEA 4Z1QA 5EWHA 5LKZA 3UV4A 4LC2A 5HEMA 4HBYA 4YYMA 4LZSA 4WHUA 4Z93A 5D26A 4XUBA 4PKLA 5HM0A 3SVHA 4O7EA 4QC1A 5CP5A 5CY9A 4LYWA 4PTBA 5HFRA 3MQMA 3G0LA 2RFJA 4FLPA 4Z6IA 5I86A 5C8GA 3O36A 3MB4A 4QR3A 2DKWA 5CUGA 5J0DA 5EPBA 5EPRA 5L8UA 5L98A 4NQNA 5FE6A 2WP2A 5F36A 5F61A 4O7CA 4UIZA 3IU6A 4QEWA 2YEMA 4QSRA 4A9JA 2WP1A 5COIA 5EV9A 4QY4A 5IBNA 5D3RA 2I8NA 1X0JA 4TTEA 4YYGA 3FKMX 4YYKA 5FE1A 2DVQA 4QR5A 2R0VA 5ACYA 5DKDA 5CGPA 4BW4A 4LZ2A 3G0JA 3Q2EA 3U5PA 4NR5A 5CRZA 5H1TA 5IGKA 2RS9B 5AMFA 5DYXA 3U5MA 5L96A 3ZYUA 4CFKA 3UVDA 4XUAA 4CL9A 4NR4A 5DBMA 5II2A 5G4RA 5FB1A 4CUUA 5FE2A 2F6JA 5E9KA 5EQ1A 2L85A 2NXBA 4ALGA 5DW2A 3O34A 4Z6HA 5L99A 2I7KA 1WUGA 5E74A 5HQ5A 2R10A 5D3HA 5HRWA 4O7AA 2LSPB 3MXFA 5F5ZA 4PCEA 3MULA 4IR3A 5CQ3A 5HCLA 4BHWA 5IG6A 3QZSA 5G4SA 3JVJA 5I29A 5F63A 4UITA 5FE4A 5AD2A 5H1VA 4YYIA 4IR4A 4Z1SA 5A5QA 3HMHA 4LYSA 3NXBA 4XY9A 5H1UA 4NQMA 3LQHA 4YH4A 5I80A 5FG4A 4MR5A 4J1PA 3AQAA 3HMEA 4O7BA 5A5OA 5LVQA 4HBWA 4NR7A 5FH8A 5LJ0A 4WIVA 5L8TA 5HJCA 5I7YA 5LKTA 5E9IA 2YEKA 4YBTA 1JM4B 5D3JA 4E96A 4QEVA 4LYIA 5LJ1A 2DVSA 4O7FA 3UVYA 5IGMA 5D3PA 3DWYA 5E3GA 4CFLA 5HFQA 5ENCA 2MJVB 5ENGA 3U5OA 5KTUA 5CQTA 4O75A 5EP7A 4Y03A 5I89A 5CQ4A 4A9EA 4QUUA 3LXJA 4CURA 4N4FA 5DYAA 5CQ8A 4YABA 5F60A 5BT3A 5I88A 5E3DA 4PY6A 3Q2FA 4YYJA 4QBMA 5CUEA 3U5LA 4UIXA 5IGLA 5LJ2A 2YYNA 5CS8A 2R0SA 1JSPB 5TCMA 3RCWA 5EVAA 4NXJA 4N4IA 5ENJA 4HXPA 4WHWA 4MEOA 4YK0A 4QSQA 2YELA 4TT4A 5EPSA 4GPJA 3O35A 4IOQA 5LUUA 3O37A 5CQ6A 4BJXA 4UYFA 5D0CA 5E0RA 4HBXA 4MEQA 5K29A 2OUOA 4HXRA 4OGIA 4HXLA 4LDFA 5CUAA 4A9HA 5F1HA 4UIUA 5A85A 5CUDA 4MR4A 2RO1A 3UW9A 3I3JA 4UYDA 5HQ6A 4NYXA 5A5PA 4UYGA 3AADA 5TB6A 5DW1A 5D25A 5DYCA 4QUTA 5IIDA 4TYLA 5HENA 5EWWA 5FH7A 1N72A 4O72A 5AMEA 5FG5A 4C66A 5EA1A 5DFCA 5CFWA 5A7CA 1WUMA 4HXKA 5KU3A 5FB0A 4UYEA 4NR6A 3K2JA 4QSTA 4IR5A 4YATA 5FFVA 5EI4A 5F2PA 4LR6A 2E7NA 4NRCA 5L97A 3HMFA 5EISA 5C89A 4YBMA 1EQFA 5F3AA 4MR3A 5AD3A 2YDWA 3P1DA 4TS8A 4YYDA 3QZTA 3UV5A 4KCXA 4QEUA 5CUCA 5F1LA 4O71A 5HELA 4NRAA 4QB3A 4QYDA 5CQAA 5A83A 3P5OA 5C4QA 3UVWA 4YBSA 2RNYA 4TT2A 5CTLA 5JWMA 5EM3A 4BW2A 4YY6A 5A81A 3JVMA 5EWCA 4LRGA 5CRMA 4KV1A 4O78A 3UV2A 5IGNA 2H60A 4AKNA 5D3NA 5FE7A 3O33A 5II1A 4A9FA 4CUQA 3P1EA 5D3TA 4RVRA 4QSVA 5FE8A 4A9LA 3U5NA 5ETBA 2OO1A 5FFYA 2D82A 2F6NA 4ZW1A 5DLZA 5EU1A 3S92A 5E7DA 4IR6A 4TZ2A 5EWDA 2N9GA 5KTXA 4NS5A 2RI7A 5ENEA 4A9OA 5FBXA 4NUDA 5FE0A 5DFDA 5DYUA 4TU6A 5I7XA 4OUFA 1ZS5A 3DAIA 4TQNA 5C7NA 4XYAA 3LJWA 5F25A 3GG3A 3MB3A 4O74A 5E9VA 4UYHA 2RNWA 4QSXA 5KTWA 4O77A 4F3IA 4ALHA 5DKCA 5A5NA 3U5JA 4HBVA 5ENHA 5A82A 4ZC9A 4PCIA 3LQJA 4QSPA 5D24A 5LKXA 4QSSA 5C85A 4MR6A 4LZRA 4NYVA 5EICA 5E9LA 5DKHA 5ETDA 4YYNA 3LQIA 4YH3A 5ENIA 5KO4A 5LKUA 5EWVA 4CUPA 4TZ8A 4MEPA 5FE5A 4QZSA 5C87A 2L5EA 5A5RA 4YY4A 3UVXA 2DWWA 5LVRA 4J0RA 5E73A 5CQ7A 5FDZA 1F68A 2R0YA 4J0SA 4N3WA 3S91A 5D7XA 3MUKA 4A9KA 1E6IA 4UIVA 4QNSA 4IOOA 5F62A 5HQ7A 4PS5A 2E3KA 3IU5A 4N4GA 4QC3A 5EGUA 4NR9A 4BW3A 5HRXA 4A9MA 5FE9A 4J3IA 3ONIA 3JVKA 5KHMA 3U5KA 4CUSA 2E7OA 4MENA 4O70A 4O76A 4DONA 4IORA 4YYHA 5ENBA 5I40A 3QZVA 5I83A 4CUTA 5BT4A 5DFBA 4CLBA 4UYFB 4HXMA 5DY7A 2DVVA 5HRVA 2DATA 3TLPA 5FG6A 5CUBA 4YADA 3P1CA 4HXSA 4UIYA 2FSAA 4TT6A 4QSWA 4XY8A 5A5SA 4QYLA 4X2IA 5I1QA 2L84A 4Q0NA 2RNXA 2OSSA 3D7CA 5E9YA 4A9NA 4NUCA 5CU8A 4BW1A 2YW5A 4UIWA 4YC9A 5D3SA 4QSUA 4YAXA 5FFWA 5DX4A 3P1FA 5H85A 4NRBA 4C67A 4NYWA 5FH6A 5FE3A 3SVFA 4A9IA 5CZGA 4Q0OA 4NUEA 3JVLA 5D3LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GRCA 4TU4A 5DLXA 3VKGA 4HXOA 4OGJA 4KV4A 5BT5A 5ENFA 4HXNA 4N4HA 5E9MA 5EK9A 4QR4A 3SVGA 5CQ5A 5JI8A 2YQDA 2DVRA 2G4AA 2KTBB 5HLSA 4ZQLA 2D9EA 4NR8A 5CPEA 4Z1QA 5EWHA 5LKZA 3UV4A 4LC2A 5HEMA 4HBYA 4YYMA 4LZSA 4WHUA 4Z93A 5D26A 4XUBA 4PKLA 5HM0A 3SVHA 4O7EA 4QC1A 5CP5A 5CY9A 4LYWA 4PTBA 5HFRA 3MQMA 3G0LA 2RFJA 4FLPA 4Z6IA 5I86A 5C8GA 3O36A 3MB4A 4QR3A 2DKWA 5CUGA 5J0DA 5EPBA 5EPRA 5L8UA 5L98A 4NQNA 5FE6A 2WP2A 5F36A 5F61A 4O7CA 4UIZA 3IU6A 4QEWA 2YEMA 4QSRA 4A9JA 2WP1A 5COIA 5EV9A 4QY4A 5IBNA 5D3RA 2I8NA 1X0JA 4TTEA 4YYGA 3FKMX 4YYKA 5FE1A 2DVQA 4QR5A 2R0VA 5ACYA 5DKDA 5CGPA 4BW4A 4LZ2A 4AKGA 3G0JA 3Q2EA 3U5PA 4NR5A 5CRZA 5H1TA 5IGKA 2RS9B 5AMFA 5DYXA 3U5MA 5L96A 3ZYUA 4CFKA 3UVDA 4XUAA 4CL9A 4NR4A 5DBMA 5II2A 5G4RA 5FB1A 4CUUA 5FE2A 2F6JA 5E9KA 5EQ1A 2L85A 2NXBA 4ALGA 5DW2A 3O34A 4Z6HA 5L99A 2I7KA 1WUGA 5E74A 5HQ5A 2R10A 5D3HA 5HRWA 4O7AA 2LSPB 3MXFA 5F5ZA 4PCEA 3MULA 4IR3A 5CQ3A 5HCLA 4BHWA 5IG6A 3QZSA 5G4SA 3JVJA 5I29A 5F63A 4UITA 5FE4A 5AD2A 5H1VA 4YYIA 4IR4A 4Z1SA 5A5QA 3HMHA 4LYSA 3NXBA 4XY9A 5H1UA 4NQMA 3LQHA 4YH4A 5I80A 5FG4A 4MR5A 4J1PA 3AQAA 3HMEA 4O7BA 5A5OA 5LVQA 4HBWA 4NR7A 5FH8A 5LJ0A 4WIVA 5L8TA 5HJCA 5I7YA 5LKTA 5E9IA 2YEKA 4YBTA 1JM4B 5D3JA 4E96A 4QEVA 4LYIA 5LJ1A 2DVSA 4O7FA 3UVYA 5IGMA 5D3PA 3DWYA 5E3GA 4CFLA 5HFQA 5ENCA 2MJVB 5ENGA 3U5OA 5KTUA 5CQTA 4O75A 5EP7A 4Y03A 5I89A 5CQ4A 4A9EA 4QUUA 3LXJA 4CURA 4N4FA 5DYAA 5CQ8A 4YABA 5F60A 5BT3A 5I88A 5E3DA 4PY6A 3Q2FA 4YYJA 4QBMA 5CUEA 3ERRA 3U5LA 4UIXA 5IGLA 5LJ2A 2YYNA 5CS8A 2R0SA 1JSPB 5TCMA 3RCWA 5EVAA 4NXJA 4N4IA 5ENJA 4HXPA 4WHWA 4MEOA 4YK0A 4QSQA 2YELA 4TT4A 5EPSA 4GPJA 1PUOA 3O35A 4IOQA 5LUUA 3O37A 5CQ6A 4BJXA 4UYFA 5D0CA 5E0RA 4HBXA 4MEQA 5K29A 2OUOA 4HXRA 4OGIA 4HXLA 4LDFA 5CUAA 4A9HA 5F1HA 4UIUA 5A85A 5CUDA 4MR4A 2RO1A 3UW9A 3I3JA 4UYDA 5HQ6A 4NYXA 5A5PA 4UYGA 3AADA 5TB6A 5DW1A 5D25A 5DYCA 4QUTA 5IIDA 4TYLA 5HENA 5EWWA 5FH7A 1N72A 4O72A 5AMEA 5FG5A 4C66A 5EA1A 5DFCA 5CFWA 5A7CA 1WUMA 4HXKA 5KU3A 5FB0A 4UYEA 4NR6A 4AI6A 3K2JA 4QSTA 4IR5A 4YATA 5FFVA 5EI4A 5F2PA 4LR6A 2E7NA 4NRCA 5L97A 3HMFA 5EISA 5C89A 4YBMA 1EQFA 5F3AA 4MR3A 5AD3A 2YDWA 3P1DA 4TS8A 4YYDA 3QZTA 3UV5A 4KCXA 4QEUA 5CUCA 5F1LA 4O71A 5HELA 4NRAA 4QB3A 4QYDA 5CQAA 5A83A 3P5OA 5C4QA 3UVWA 4YBSA 2RNYA 4TT2A 1ZKRA 5CTLA 5JWMA 5EM3A 4BW2A 4YY6A 5A81A 3JVMA 5EWCA 4LRGA 5CRMA 4KV1A 4O78A 3UV2A 5IGNA 2H60A 2EJNA 4AKNA 5D3NA 5FE7A 3O33A 5II1A 4A9FA 4CUQA 3P1EA 5D3TA 4RVRA 4QSVA 5FE8A 4A9LA 3U5NA 5ETBA 2OO1A 3D1DA 5FFYA 2D82A 2F6NA 4ZW1A 5DLZA 5EU1A 3S92A 5E7DA 4IR6A 4TZ2A 5EWDA 2N9GA 5KTXA 4NS5A 2RI7A 5ENEA 4A9OA 5FBXA 4NUDA 5FE0A 5DFDA 5DYUA 4TU6A 4AKIA 5I7XA 4OUFA 1ZS5A 3DAIA 4TQNA 5C7NA 4XYAA 3LJWA 5F25A 3GG3A 3MB3A 4O74A 5E9VA 4UYHA 2RNWA 4QSXA 5KTWA 4O77A 4F3IA 3D1BA 4ALHA 5DKCA 5A5NA 3U5JA 4HBVA 5ENHA 5A82A 4ZC9A 4PCIA 3LQJA 4QSPA 4AKHA 5D24A 5LKXA 4QSSA 5C85A 4MR6A 4LZRA 4NYVA 5EICA 5E9LA 5DKHA 5ETDA 4YYNA 3LQIA 4YH3A 5ENIA 5KO4A 3VKHA 5LKUA 5EWVA 4CUPA 4TZ8A 4MEPA 5FE5A 4QZSA 5C87A 2L5EA 5A5RA 4YY4A 3UVXA 2DWWA 5LVRA 4J0RA 5E73A 5CQ7A 5FDZA 1F68A 2R0YA 4J0SA 4N3WA 3S91A 5D7XA 3MUKA 4A9KA 1E6IA 4UIVA 4QNSA 4IOOA 5F62A 5HQ7A 4PS5A 2E3KA 3IU5A 4N4GA 4QC3A 5EGUA 4NR9A 4BW3A 5HRXA 4A9MA 5FE9A 4J3IA 3ONIA 3JVKA 5KHMA 3U5KA 4CUSA 2E7OA 4MENA 4O70A 4O76A 4DONA 4IORA 4YYHA 5ENBA 5I40A 3QZVA 5I83A 4CUTA 5BT4A 5DFBA 4CLBA 4UYFB 4HXMA 5DY7A 2DVVA 5HRVA 2DATA 3TLPA 5FG6A 5CUBA 4YADA 3P1CA 4HXSA 4UIYA 2FSAA 4TT6A 4QSWA 4XY8A 5A5SA 4QYLA 4X2IA 5I1QA 2L84A 4Q0NA 2RNXA 2OSSA 3D7CA 5E9YA 4A9NA 4NUCA 5CU8A 4BW1A 2YW5A 4UIWA 4YC9A 5D3SA 4QSUA 4YAXA 5FFWA 5DX4A 3P1FA 5H85A 4NRBA 4C67A 4NYWA 5FH6A 5FE3A 3SVFA 4A9IA 5CZGA 4Q0OA 4NUEA 3JVLA 5D3LA
chains in the Genus database with same CATH topology
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