4E97A

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-mercaptoethanol bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4e97A00
1LYEA 4I7PA 2Q9DA 1L52A 3C81A 131LA 3NYAA 3PBLA 4W58A 1G06A 1L54A 1D9WA 147LA 1JTMA 238LA 245LA 1ZWNA 3V2WA 1L15A 138LA 177LA 1L37A 1T8AA 3G3VA 4DJHA 3OE8A 1QT4A 3DMZA 3SB5A 1L23A 3ODUA 1CUPA 1L68A 1L92A 223LA 3SN6R 1L11A 3DN2A 1PQIA 160LA 1L80A 2RAYX 1G0QA 4EKQA 3HUKA 161LA 109LA 1LYFA 1L48A 1L21A 1P36A 4I7LA 6LZMA 1CU0A 168LA 1OWZA 2Q9EA 2RBNA 1G0GA 4I7SA 1L66A 1L86A 1TLAA 1CV3A 126LA 4OO9A 1L47A 188LA 2RB2X 196LA 1D3FA 1OV7A 215LA 4K5YA 1L20A 119LA 155LA 210LA 2B70A 195LA 242LA 1CUQA 241LA 102LA 3GUIA 3PDSA 1CTWA 1QS5A 1D2WA 3C83A 141LA 260LA 1C65A 258LA 151LA 1SSYA 1L02A 2QB0B 1L82A 2Z6BA 1DYEA 1C6BA 1L34A 214LA 1KW7A 257LA 2B6WA 1LYHA 218LA 1L81A 4DKLA 3DN8A 1L25A 4ZPUA 1L51A 1CU2A 244LA 1L29A 1L24A 165LA 180LA 2OE4X 3HTFA 1QUDA 1L00A 233LA 248LA 1LW9A 1SWYA 228LA 4LDOA 200LA 1L41A 1L04A 4GBRB 1LI3A 221LA 1DYCA 1DYFA 1ZYTA 1L79A 4W56A 3DMVA 3HT6A 3RUNA 3L64A 1L91A 230LA 1D3MA 3C7ZA 1L07A 1QTDA 4ARPA 1L73A 1L93A 2F47A 1C6CA 262LA 1K28A 175LA 4I7RA 113LA 1CU5A 1CX7A 123LA 4ARMB 185LA 3HTDA 1D3JA 1KW5A 1LYIA 1C6AA 217LA 261LA 3CDTA 3DN4A 3GUJA 247LA 1CU6A 158LA 1L17A 240LA 125LA 4PJZA 201LA 3SB8A 1L77A 2RB1X 1QSBA 142LA 1L03A 4AQNA 235LA 2OU8A 1QTBA 1L43A 174LA 1SX2A 2B75A 3NY9A 1L01A 3C82A 3C7YA 1C6GA 1G1WA 1L72A 1QUHA 232LA 246LA 2RB0X 3OE9A 197LA 4IAPA 1L38A 1LI2A 118LA 1L06A 220LA 4EJ4A 1LPYA 3LZMA 2OE9X 2ANVA 3VW7A 1CV4A 1PQDA 3DNAA 3HTGA 3HDFA 4ARQB 231LA 1L96A 3QAKA 1L28A 103LA 256LA 1G0JA 1L30A 3C8QA 5I14A 1QT3A 1L97A 3RZEA 3HT8A 1L05A 1L32A 1LGUA 4EXMA 1P3NA 2ANXA 1L08A 2B6YA 1I6SA 1CVKA 1QUOA 237LA 4W59A 1L0KA 1XJTA 251LA 187LA 190LA 1CV6A 243LA 3FADA 1L31A 1L36A 1L56A 1OYUA 1PQKA 225LA 219LA 1KNIA 4EPIA 2B74A 7LZMA 4I7JA 1L33A 1L35A 226LA 181LA 1L12A 167LA 3HUAA 1CU3A 1L70A 4EPFA 3OE0A 1OVJA 2OU0X 164LA 1JTNA 1G0KA 145LA 1L49A 3HH6A 3HH3A 152LA 4EKPA 1L55A 3GUOA 239LA 259LA 1L89A 1C6LA 4GRVA 1KS3A 3SBBC 1QUGA 1C61A 2QARC 3GUNA 1LGXA 4I7OA 1C6PA 1L09A 128LA 211LA 3C8SA 1G0MA 159LA 1DYDA 2O7AA 1L69A 112LA 4W51A 1L40A 127LA 107LA 3CDQA 1T97A 3G3WA 173LA 108LA 114LA 184LA 1L13A 1PQOA 166LA 3CDOA 4LZMA 3HH4A 1C6QA 3GUPA 4YXAC 5LZMA 1L99A 1G07A 1L42A 182LA 3C7WA 129LA 1EPYA 3F9LA 2LC9A 1L57A 1P5CA 3C80A 1KY0A 149LA 189LA 2OEAX 1C6EA 144LA 1C6FA 4I7TA 1WTHA 4EKRA 222LA 1T6HA 4PK0A 3CDVA 1XEPA 2NTGA 1L58A 2B6XA 1DYBA 205LA 104LA 192LA 4I7KA 1C6MA 1L45A 1QT5A 1B6IA 2B6TA 1L94A 252LA 2LZMA 1DYGA 3FA0A 2RH1A 3GUKA 1L61A 1L95A 163LA 212LA 3UONA 2OTZX 1CV0A 1L76A 1P7SA 4W52A 3EMLA 3C8RA 2OE7X 1L90A 3GUMA 115LA 1L75A 234LA 2O79A 130LA 3FI5A 3HDEA 3DKEX 1C63A 1C68A 224LA 1QT7A 2A4TA 1C6DA 1L39A 3HWLA 1T8FA 1L63A 1P56A 3JR6A 3HT7A 1LI6A 4I7MA 1L71A 1C6HA 156LA 1L74A 1D3NA 1G1VA 1QTZA 3F8VA 3K2RA 3CDRA 1CX6A 146LA 1T8GA 3SBAA 1C6NA 1C6KA 2F32A 2B7XA 2RBPA 148LE 1L44A 1OVHA 122LA 3SB9A 1L0JA 1P46A 3L2XA 1L53A 2B73A 1L22A 1L64A 249LA 3OE6A 1DYAA 1ZURA 1CV1A 3DN3A 2B72A 2L78A 3SB6A 1LYJA 143LA 1L88A 3DN0A 1OV5A 1C60A 1L46A 216LA 1JQUA 1L87A 4DAJA 1L26A 3G3XA 1L50A 4YXCA 3DN1A 3SB7A 1P64A 4ARLA 1L67A 3DN6A 4W54A 1XJUA 1C62A 1C6TA 2LCBA 3DMXA 1L27A 3V2YA 1G0LA 3HU8A 1SWZA 3NY8A 1LWGA 3HH5A 186LA 1OVKA 4ARMA 1P2RA 213LA 3GULA 2B6ZA 1L14A 2F2QA 209LA 2CUUA 250LA 1L83A 157LA 2RBQA 2HULA 3HU9A 2OTYX 120LA 4S0WA 1L85A 3HUQA 255LA 1C6IA 4W57A 1L10A 1L59A 198LA 1KY1A 1L60A 172LA 1P6YA 1OWYA 253LA 2RBSA 4I7NA 1QS9A 4YX7C 139LA 140LA 2RAZX 1G0PA 229LA 1C64A 199LA 1LLHA 111LA 4LDEA 2HUMA 4I7QA 1NHBA 1L62A 2RBRA 2OU9A 171LA 1QTHA 1LYDA 170LA 1QSQA 4E97A 4LDLA 1L16A 4ARQA 1C6JA 169LA 2HUKA 1L84A 1L65A 2O4WA 2RBOA 1L18A 227LA 1SSWA 1D2YA 1P37A 4W53A 1QT6A 1LGWA 1C69A 1PQJA 162LA 191LA 178LA 1C66A 1C67A 1L98A 3HT9A 4EKSA 150LA 1LYGA 1PQMA 2IGCA 4W55A 183LA 4ARJA 3HTBA 3D4SA 254LA 1CV5A 236LA 1QTVA 137LA 1SX7A 110LA 1QTCA 206LA 1P2LA 1QT8A 1L19A 1LWKA 2NTHA 176LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H8ZA 3A96A 3PBLA 1G06A 1JTMA 238LA 245LA 1ZWNA 3V2WA 1WVUA 138LA 177LA 4DJHA 2BQFA 4MSTA 3ODUA 1GFEA 2X0AA 2YDGA 1H87A 1WQOA 3CT1A 1G7IC 1XGUC 1PQIA 5KXNA 1JEFA 1HENA 161LA 1LYFA 3ZEKA 1MLCE 4WO6A 2HEBA 1YL0X 1DPXA 168LA 1IP3A 1OWZA 3OJPA 4L41A 135LA 4I7SA 1TLAA 1YAOA 1GBWA 1UICA 1L47A 3WPKA 196LA 5L3IA 4K5YA 1WQNA 242LA 3PDSA 102LA 4WM4A 208LA 4DC4A 1C65A 1SQ2L 1SSYA 1L02A 2Z6BA 3IJUA 2B6WA 257LA 1LYHA 5APDA 1L51A 4ZIXA 244LA 1D0LA 2OE4X 3HBDA 5KXWA 1QUDA 228LA 4LGKA 200LA 4HTNA 1L41A 5APCA 3LYTA 3GXKA 4G4HA 1NKHA 1L79A 4W56A 4DD7A 1G7HC 4IASA 5LYZA 1NWGA 3L64A 2HUBA 1IP4A 1L91A 1D3MA 1GBZA 3N9CA 1GXV2 4ARPA 3ATOA 2F47A 1C10A 1C6CA 262LA 4LFPA 4CGEA 1OUJA 1GFGA 4LYCA 1CX7A 2CGIA 1D3JA 3CDTA 3DN4A 247LA 4H9CA 4WM1A 1W08A 3SB8A 4HTKA 1A4VA 1L03A 235LA 2OU8A 1G7JC 1L43A 1LSEA 2BQEA 2Z18A 1YKXX 4B1AA 4A7DA 3TXGA 2Z38A 1LZ8A 3N9EA 5T3FA 5KXXA 1L72A 1IP7A 2RB0X 3P4ZA 3OE9A 118LA 4EJ4A 1WTNA 2OE9X 2LYZA 3VW7A 4OW1A 2BQAA 1HSXA 5FELA 231LA 3WVYA 1L96A 1L28A 1LHHA 1LYSA 1YL1X 5I14A 1D6PA 132LA 1L32A 1UIHA 3ATNA 1I6SA 1CVKA 237LA 4GLAA 4W59A 1XJTA 1GFRA 243LA 4NWHA 4W96A 7LZMA 1LSYA 4XJIA 1GF4A 5KXMA 4AGAA 5IELA 3HUAA 1CU3A 3WL2A 1OVJA 134LA 4LYOA 1IP2A 1JTNA 1G0KA 145LA 1GDXA 4BAPA 5LXWA 1LHKA 4OWEA 3GUOA 1L89A 5LVKA 1KS3A 3SBBC 211LA 1JITA 1IOCA 107LA 1LZ6A 3CDQA 4ML7A 1T97A 4DDBA 114LA 184LA 1L13A 1HC0A 3CDOA 1GE3A 1LZBA 2BAAA 4LZMA 1UUZC 1C6QA 4XENA 4DDCA 3F6ZA 3N9AA 1GFTA 2Z12A 1QDRA 3IJVA 3F9LA 4QY9A 1P5CA 2IFFY 4TTDA 189LA 2OEAX 4R0FA 2Z37A 4CFPA 3AGGG 4XJBA 1T6HA 3CDVA 2NTGA 5HMVA 1GF6A 1JKDA 3LN2A 1HSWA 192LA 1GEZA 1B7QA 1B5ZA 1ZV5L 1VDPA 3FA0A 5L3HA 3A91A 1LSPA 163LA 4WM3A 4DT3A 3EMLA 1DXJA 1OUDA 2DBTA 115LA 1BHZA 2O79A 4NSIA 5KKIA 1LKSA 5B59A 1UBZA 3TXBA 5LVHA 1FLYA 2DQEY 1JJ3A 5M1YA 4LYTA 1CX6A 1LZ9A 1JJ0A 122LA 3LYOA 1L0JA 154LA 2DQDY 4ETAA 1L22A 4TUNA 4WLDA 1UIGA 1AM7A 249LA 3CT5A 1DYAA 1JKAA 4NHTA 1ZURA 5F9UA 2B72A 2Q0MX 1LYJA 3P64A 143LA 1L88A 3A34A 1OV5A 3B0OA 1JQUA 1JWRA 1L26A 4YXCA 1HEOA 1L67A 2LCBA 5EBHA 1LYZA 3HU8A 1IWWA 4G4BA 3HH5A 4LT1A 5HLLA 3W6FA 2B6ZA 1HERA 1GF8A 2CUUA 3WW5A 2EPEA 4WLXA 1L83A 2RBQA 2DQHY 4S0WA 1L85A 3BKVA 1UCOA 5LAFA 1L10A 1OP9B 1KY1A 133LA 1AKIA 139LA 153LA 1G0PA 229LA 1P2CC 1GPQC 1WVVA 4LDEA 171LA 2DQCY 2ZQ4A 5KJ9A 5B05A 2ZIJA 1QUTA 4E97A 1L16A 1YAPA 2HUKA 1L65A 1LAAA 1L18A 5DLAA 1SSWA 1KIPC 1FKQA 178LA 1BB3A 1C66A 3HT9A 2BLXA 9LYZA 4ARJA 3HTBA 5C6JA 2YBMA 1GBOA 5HNLA 4ETCA 110LA 4HJVA 4NGYA 206LA 1P2LA 1QT8A 1LWKA 4H93A 4I7PA 1L52A 131LA 1SLYA 2HU3A 3LYZA 4FJRA 3TMUA 1RJCB 2I26L 1GE2A 1L15A 1LJHA 1DKKA 4YOPA 3AGHA 4NWEA 1QT4A 3SB5A 1L23A 1L92A 1FLUA 1GBSA 160LA 3RNXA 4WL7A 3ZVQA 3CSRA 1L48A 3CT0A 2YBIA 1L21A 1V7TA 1UIBA 4I7LA 1CNSA 6LZMA 1CU0A 5LAGA 1LZ4A 3A6CY 1L66A 1IWZA 5LVGA 3RZ4A 1HF4A 1QQYA 5I53A 2RB2X 5J7CA 215LA 4WG1A 155LA 210LA 1CUQA 241LA 4LYZA 3AZ7A 1HEWA 1CTWA 2ZIKA 4N1CC 1D2WA 4MR1A 2C8OA 3E3DA 1B5VA 4XJDA 4B4JA 2QB0B 1DYEA 214LA 5I4WA 4J7VA 1XEJA 5KXYA 2D6BA 1L81A 4DKLA 4ZPUA 1CU2A 4DD2A 1AZFA 1L24A 4LT3A 3HTFA 4PRQA 3TXJA 3QE8A 1CKGA 1L00A 233LA 4NHIA 1LW9A 5C6IA 1SWYA 4LDOA 5F81A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4H8Z A;  3A96 A;  3PBL A;  1G06 A;  1JTM A;  238L A;  245L A;  1ZWN A;  3V2W A;  1WVU A;  138L A;  177L A;  4DJH A;  2BQF A;  4MST A;  3ODU A;  1GFE A;  2X0A A;  2YDG A;  1H87 A;  1WQO A;  3CT1 A;  1G7I C;  1XGU C;  1PQI A;  5KXN A;  1JEF A;  1HEN A;  161L A;  1LYF A;  3ZEK A;  1MLC E;  4WO6 A;  2HEB A;  1YL0 X;  1DPX A;  168L A;  1IP3 A;  1OWZ A;  3OJP A;  4L41 A;  135L A;  4I7S A;  1TLA A;  1YAO A;  1GBW A;  1UIC A;  1L47 A;  3WPK A;  196L A;  5L3I A;  4K5Y A;  1WQN A;  242L A;  3PDS A;  102L A;  4WM4 A;  208L A;  4DC4 A;  1C65 A;  1SQ2 L;  1SSY A;  1L02 A;  2Z6B A;  3IJU A;  2B6W A;  257L A;  1LYH A;  5APD A;  1L51 A;  4ZIX A;  244L A;  1D0L A;  2OE4 X;  3HBD A;  5KXW A;  1QUD A;  228L A;  4LGK A;  200L A;  4HTN A;  1L41 A;  5APC A;  3LYT A;  3GXK A;  4G4H A;  1NKH A;  1L79 A;  4W56 A;  4DD7 A;  1G7H C;  4IAS A;  5LYZ A;  1NWG A;  3L64 A;  2HUB A;  1IP4 A;  1L91 A;  1D3M A;  1GBZ A;  3N9C A;  1GXV 2;  4ARP A;  3ATO A;  2F47 A;  1C10 A;  1C6C A;  262L A;  4LFP A;  4CGE A;  1OUJ A;  1GFG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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