The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
109
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structure length |
109
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Chain Sequence |
SQSKIDTFGRYFLTYYFSQEKNQENYQSSLRTYVSEKVDISDWKALGKTLKSVNYYGSEQTKKGYSVEYLLNVSVDNRSKMQKITFEVEPTKNGFLVTTQPKLTDFSFN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Unknown function
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| molecule keywords |
Putative uncharacterized protein
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| publication title |
The 2.5 A Structure of the Enterococcus Conjugation Protein TraM resembles VirB8 Type IV Secretion Proteins.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Enterococcus faecalis
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| total genus |
23
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| structure length |
109
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| sequence length |
109
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-03-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4EC6 A; 3UB1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2C11 A; 2W9P A; 4HYZ A; 1I2F A; 1YNV X; 5AYS C; 1N8R 4; 4H61 A; 1B27 A; 1B2Z A; 4WYK B; 1FGO A; 3WA2 X; 1NWW A; 1VQN 3; 3NBJ A; 3CU3 A; 3SOA A; 3BU4 A; 1QAF A; 1C7H A; 3GSP A; 2V1L A; 1G96 A; 1RGH A; 3LTD A; 1CH0 A; 1D6U A; 3URP A; 4DKI A; 4FCJ A; 1RGF A; 1TFK A; 1GMQ A; 2L1S A; 3MYT A; 6RNT A; 3CCU 3; 3G0K A; 3GWR A; 3PCR A; 5KP4 A; 2GU1 A; 4GL6 A; 2B24 B; 1TP6 A; 2E2T A; 2BIR A; 3F40 A; 1CYV A; 1V58 A; 4KVH A; 3QK9 A; 1DYU A; 1NDO B; 1JZO A; 1IU7 A; 2KAA A; 4N6N B; 1OHS A; 5IG3 A; 1MWU A; 2LYX A; 3FF2 A; 1M1K 4; 1VQK 3; 4HZ9 B; 2CFL A; 2IY2 A; 1SPU A; 1S72 3; 3GRD A; 3EX9 A; 3MKI A; 1BRS A; 1O7N B; 2WOH A; 1RSN A; 4L7K A; 1IK3 A; 4BL3 A; 1N9J A; 2Y73 A; 1RGC A; 2MF7 A; 3K5T A; 2QIY A; 3PGB A; 1K73 4; 2L4V A; 1TU5 A; 1JKG B; 3BNE A; 3FLJ A; 1BRJ A; 1UCI A; 6GSP A; 5HOH A; 2FNQ A; 1IT7 A; 2GXF A; 3LML A; 3JVC A; 1YJN 3; 4TX4 A; 2CFG A; 2HMJ B; 2GEY A; 8RNT A; 1LQM B; 1RGA A; 1BGS A; 1I3I A; 1CQS A; 3FG1 A; 1OUN A; 2HML B; 3D9R A; 3K7C A; 3JUO A; 3KCH A; 3KII A; 3OWS A; 3DGN A; 1Z1S A; 1K9M 4; 1RRL A; 3NM7 A; 4HKV B; 4I5Q A; 3EE1 A; 2AAD A; 1S5A A; 3PZW A; 5KP3 A; 2H0I A; 1BOX A; 1O7M B; 3WDG B; 1N5P A; 4AKY A; 1BAO A; 1N9E A; 3RDE A; 1I8V A; 2F5M A; 1N8Q A; 3VGN A; 4L8P A; 1JV2 B; 1UI7 A; 2ZDJ A; 1MNL A; 3U1W A; 1IYY A; 1GY6 A; 4HM3 B; 3EC9 A; 4EW5 A; 3S28 A; 3GZB A; 1UGH I; 4NPB A; 1D6Z A; 1EG9 B; 3NUV A; 3CME 3; 1TJD A; 9RNT A; 2RSX A; 2YFL B; 2P05 A; 3AGO A; 3EF8 A; 1IQY A; 1UDI I; 2OTL 3; 3AMO B; 3WMD A; 1CYU A; 1K8A 4; 2AAE A; 2KF5 A; 1PU4 A; 1UW1 A; 1AV4 A; 1UCL A; 4RNY A; 5EVH A; 4IIA A; 3KSP A; 3NQY A; 2F86 B; 3OWU A; 3NX0 A; 3CCS 3; 2XR8 B; 3NV0 A; 2IA7 A; 2CH9 A; 1FGQ A; 4K1V A; 4XBT A; 3B4P A; 2OTJ 3; 1GS3 A; 2RNT A; 2P38 A; 1GMP A; 2W04 A; 1JZD A; 1JN5 B; 1W6G A; 3BNC A; 4H3U A; 4MEI A; 4R4K A; 5ELJ A; 4WP5 A; 1W4N A; 3JUP A; 3J7Y d; 3MG3 A; 2C4B A; 1ROA A; 3JUN A; 2HMM B; 3X42 A; 3FG4 A; 3X3X A; 2OQE A; 4AEQ A; 2HMO B; 1BSB A; 3WOD G; 4GHO A; 1W2B 2; 5IF6 A; 2CW9 A; 2RFR A; 1RJO A; 2W0Q A; 4FMB A; 3KN4 A; 3CCL 3; 1YHQ 3; 1FW7 A; 3MG2 A; 2F5W A; 1K41 A; 1RGG A; 2BU4 A; 4CJN A; 3OW2 2; 4FMC A; 4N6T A; 1ASK A; 2OOV A; 2BT3 A; 2WOF A; 3CMA 3; 1ULI B; 1DET A; 1BIR A; 5M1A A; 2E2V A; 3T8U A; 3X3Z A; 1AR0 A; 5D83 A; 1RHL A; 1VQM 3; 5IW9 A; 3BB9 A; 1B20 A; 2R41 A; 2XSO B; 1RRH A; 2QA4 3; 2STD A; 1KC8 4; 2Q07 A; 3N54 B; 2RBI A; 3LT8 A; 3V99 A; 2KRT A; 3JUQ A; 1NJI 4; 4RNZ A; 2R4I A; 1BRG A; 1BUQ A; 1KQS 2; 5LC7 A; 5CLK A; 3LTB A; 3NXJ A; 1RN4 A; 1DVD A; 4RNT A; 2CKF B; 2OCT A; 3STD A; 1OPY A; 3O8Y A; 4LYL B; 3HZP A; 1DE3 A; 2XFS A; 1BAN A; 1Q7H A; 2XGN A; 5FW5 A; 1F8N A; 3EJV A; 3HI7 A; 3GZR A; 1RN7 A; 4PEJ A; 2KXG A; 3F8H A; 3CC2 3; 1YI2 3; 5HGR A; 1T2H A; 4KFD A; 4LMI A; 1FUW A; 5AEU B; 3D5I A; 3H3H A; 2CFD A; 1QAK A; 2BMQ B; 3DY5 A; 3H51 A; 3FZW A; 1J2B A; 1OHP A; 2W03 A; 4KFF A; 4EC6 A; 3DXO A; 3UNL A; 1TRP A; 2WGQ A; 2CIU A; 4FCZ A; 2W9Q A; 3I56 3; 4U13 A; 1SIH A; 3EHC A; 1ISK A; 2CWV A; 3AGN A; 1W5Z A; 3JUM A; 2J8X B; 2F4Y A; 3SED A; 1VQ7 3; 1LOW A; 2W2C A; 3B7C A; 1JRQ A; 4ILF A; 1OH0 A; 2FGT A; 2CG0 A; 3SYU A; 1B2S A; 1RTU A; 4HM5 B; 1JB5 A; 3KE7 A; 3CXC 2; 4KT3 B; 3RNT A; 3T0U A; 3X3Y A; 5JBS A; 1M90 4; 3SXX A; 4CDL A; 1A90 A; 3BND A; 4GB5 A; 3HOH A; 1TRQ A; 4N6V 0; 1BU4 A; 3GZX B; 4ZM8 A; 1K28 A; 1SQW A; 1US1 A; 2BMO B; 2XGL A; 1IT8 A; 3Q90 A; 2QGU A; 4K90 B; 4EYC A; 4LSO A; 1RGE A; 1W6Y A; 1QMA A; 1T5Y A; 4STD A; 2CWT A; 1WNH A; 3DM8 A; 1VQO 3; 1ZS7 A; 5DRE A; 5AYR B; 2CX0 A; 3N8B A; 3ZG0 A; 3V98 A; 2IUK A; 2XF3 A; 1DVC A; 3KKG A; 4NRE A; 1RDS A; 4BL2 A; 5DRV A; 4BU4 A; 5A0O B; 2PNC A; 2UUG C; 1VQ5 3; 3S67 A; 3S5C A; 4HBR A; 1B2X A; 3EN1 B; 4O02 B; 2KCD A; 3E99 A; 2ZL8 A; 4L8O A; 2HMK B; 1ZO2 A; 1I3F A; 3OXA A; 1RGL A; 2GBW B; 1Q40 A; 1FZU A; 1YVS A; 2SBL A; 4JRF A; 1AVL A; 1Y4K A; 1JJ2 2; 1FGR A; 4K61 A; 1Q7Y 4; 3LOY A; 3G8Z A; 3NV0 B; 4HM2 B; 5CF2 A; 3GZY B; 1TIJ A; 4BTY A; 2CG1 A; 4BTX A; 1A2V A; 1LOX A; 2KF3 A; 2Z7A A; 2KF6 A; 3KZT A; 1YJ9 3; 1B2M A; 1LVN A; 4N6U A; 2YX9 A; 1GY5 A; 3G71 3; 1B21 A; 3PYJ A; 1PFP A; 5CXO A; 3K63 A; 1HZ1 A; 1EUI C; 3HK4 A; 1WMO A; 1BNJ A; 1X1W A; 4ORL A; 1RLS A; 2BMR B; 1GMR A; 2INX A; 4OUQ A; 7GSP A; 4HM6 B; 3NBR A; 1YVB I; 5CF1 A; 1M1X B; 2BO9 B; 4WWU C; 1KSI A; 1W00 A; 1VZZ A; 3EBT A; 4KFE A; 1Q9E A; 1G0T A; 3CCR 3; 3CD6 3; 5IG0 A; 2P09 A; 5I97 A; 1W02 A; 1VQ4 3; 2CC3 A; 3HX8 A; 1GD3 A; 4BTW A; 1OAC A; 1FUT A; 1Q81 4; 1CEW I; 1BRI A; 2LQV A; 3CC7 3; 5ELU A; 5JPP A; 3F14 A; 3DGM A; 4LEH A; 5IG4 A; 3EQQ B; 1GOV A; 3CC4 3; 1MWS A; 2JDI H; 5IG5 A; 4HM0 B; 2C10 A; 4LGQ A; 2D42 A; 2PZV A; 2SAR A; 1RCL A; 3VF1 A; 3B4O A; 2CFW A; 3FKA A; 2CK3 H; 1I70 A; 1B2U A; 1E3V A; 3IJE B; 1QJG A; 3ER7 A; 3DGL A; 3CNM A; 4OVM A; 1O7W B; 1Q82 4; 5G1K A; 3FGY A; 1E97 A; 3DGO A; 3FH1 A; 3M8C A; 1BNG A; 1QAL A; 3LXU X; 1GSP A; 5AII A; 1B3S A; 1JBS A; 4HM8 B; 4HVN A; 1HKX A; 2XRX B; 5BXQ A; 3NM2 A; 3NQZ A; 1LRA A; 3F8X A; 4N3V A; 3K9M C; 3CCQ 3; 2P0M A; 4QWT A; 3KFQ C; 3PS8 A; 5BIR A; 2Z77 A; 3U97 A; 3Q1C A; 4R80 A; 5AIH A; 3BIR A; 1SJW A; 3OX9 A; 3G4S 3; 1TUH A; 4O8S A; 3UL6 A; 2KF4 A; 1UI8 A; 4O2H A; 5AI1 A; 2IUJ A; 1D6Y A; 1TTO A; 1V74 A; 3MPH A; 1VQP 3; 3ZG5 A; 5AIG A; 1YGW A; 3NHX A; 1DMQ A; 1W6C A; 1BNR A; 2XFT A; 4R9K A; 1YJW 3; 1GY7 A; 3A76 A; 2W56 A; 3OV4 A; 3K0Z A; 1FUS A; 2OQE C; 3PXM A; 4RBN A; 4XBY A; 1RKY A; 5M18 A; 4G1M B; 1BRH A; 1G02 A; 1OF5 A; 2CFK A; 1YIJ 3; 1FYS A; 1WMN A; 5GSP A; 1A2K A; 3CCE 3; 1BVI A; 2YFI B; 2XSH B; 3GAX A; 2CX1 A; 3Q2P A; 3SVA A; 4EXR A; 5IEO A; 3WHO A; 2OOV C; 2O9U X; 1LOV A; 1Q42 A; 1T2I A; 2WGO A; 5D81 A; 1FA3 A; 5BU4 A; 2P0X A; 2GU3 A; 1KD1 4; 1UCJ A; 1LOY A; 3F9S A; 1RGK A; 1LXE A; 4XDV A; 4RZM A; 1W2Z A; 1RN1 A; 2GBX B; 3L0R A; 1WTH A; 2RCD A; 4J8T A; 1IVU A; 1Q40 B; 4XDW A; 1GD4 A; 5JPU A; 1FGT A; 1STF I; 1BNI A; 1UCK A; 3ECF A; 2Z6B A; 1BSD A; 5G1L A; 1IV7 A; 4LZI A; 3CPO A; 3X40 A; 4HJL B; 1GOY A; 1VQ6 3; 2I9W A; 1LNI A; 3AHS A; 4AKZ A; 5G2G A; 1N5H A; 4KZ1 A; 1JBR A; 3EN8 A; 2ML5 A; 3PCS A; 4K1U A; 3WR2 A; 1EA2 A; 1O7G B; 1OGZ A; 1EEJ A; 2BHM A; 3B8L A; 3KSE D; 1MOL A; 3WA3 A; 1RCK A; 3CCV 3; 2B1X B; 1BNF A; 1FGM A; 1MWR A; 2E2U A; 2H0H A; 5LC6 A; 2F56 A; 4EV2 A; 1R4C A; 3LTA A; 1UGI A; 2K3D A; 3D4A A; 1KWI A; 3DH2 A; 1AQZ A; 3F7X A; 5TGN A; 1BSA A; 4GSP A; 3SOY A; 1SAR A; 3D79 A; 4HZB B; 4JF8 A; 1OHO A; 4EBG A; 2O3O A; 1RMS A; 2IMJ A; 2XH9 A; 5KP1 A; 2W6J H; 4WYK A; 2A15 A; 3ROB A; 2K0M A; 3FCS B; 4FCM A; 2UGI A; 5EEO A; 3X41 A; 4I4K A; 1Q86 4; 1U8C B; 1X1X A; 3LTC A; 3D5G A; 1YIT 3; 1UUW B; 1X1U A; 1R4Y A; 3S27 A; 1BRN L; 4WFO A; 3RGR A; 2HOH A; 1VQL 3; 1ULJ B; 4IPB A; 4CPK A; 5RNT A; 4EV5 A; 1V57 A; 1O7H B; 3ZFZ A; 4NHF A; 1IDP A; 4CCV A; 1I2E A; 2IYJ A; 1BNE A; 1DMM A; 1AY7 A; 1OCV A; 3LZA A; 4HM4 B; 4XB5 A; 5M19 A; 4BIR A; 4XM4 A; 2ZHX B; 1W01 A; 1MGR A; 3A5E A; 2OWP A; 3EB8 A; 3IMA B; 1EQK A; 1ZGX A; 5D82 A; 1JKG A; 2CWU A; 4OK0 A; 3I0Y A; 2GSP A; 4FR9 A; 1SII A; 2Y74 A; 3VSY A; 3DGY A; 3AHW A; 3I55 3; 1L5G B; 1PY3 A; 2MC8 A; 3SLU A; 3N9H A; 1PYL A; 3WOE B; 3F7S A; 1OGX A; 2ZA4 A; 1JNQ A; 2D1W A; 1STD A; 2QEX 3; 3D3L A; 4MMY B; 3T8N A; 1TFO A; 1M9G A; 3LH4 A; 1C54 A; 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4MMZ B; 1E3R A; 1VQ9 3; 1I2G A; 1GYB A; 3BLZ A; 1LNH A; 1NB3 I; 4Q53 A; 2K54 A; 1JBT A; 3FG3 A; 1JB4 A; 3MWZ A; 1IVX A; 3HIG A; 1WMP A; 1A67 A; 5STD A; 2UX0 A; 3CCJ 3; 4HM7 B; 1QVG 2; 4HOH A; 1NU3 A; 1U5O A; 5IEN A; 3UL5 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2C11 A; 2W9P A; 4HYZ A; 5AYS C; 1N8R 4; 4H61 A; 3WA2 X; 4WYK B; 1FGO A; 1NWW A; 1VQN 3; 3NBJ A; 3CU3 A; 3SOA A; 1QAF A; 1C7H A; 2V1L A; 1G96 A; 3LTD A; 1D6U A; 4FCJ A; 1TFK A; 3MYT A; 3CCU 3; 3G0K A; 3GWR A; 3PCR A; 5KP4 A; 2GU1 A; 4GL6 A; 2B24 B; 1TP6 A; 2E2T A; 3F40 A; 1CYV A; 4KVH A; 3QK9 A; 1DYU A; 1NDO B; 4N6N B; 1IU7 A; 5IG3 A; 1OHS A; 1M1K 4; 3FF2 A; 2LYX A; 1VQK 3; 4HZ9 B; 2CFL A; 1SPU A; 1S72 3; 3GRD A; 3EX9 A; 3MKI A; 1O7N B; 2WOH A; 4L7K A; 1IK3 A; 1N9J A; 2Y73 A; 2MF7 A; 3K5T A; 2QIY A; 3PGB A; 1K73 4; 2L4V A; 1TU5 A; 1JKG B; 3BNE A; 3FLJ A; 2FNQ A; 1IT7 A; 2GXF A; 3LML A; 3JVC A; 1YJN 3; 4TX4 A; 2CFG A; 2HMJ B; 2GEY A; 3FG1 A; 1CQS A; 3K7C A; 1OUN A; 2HML B; 3D9R A; 3JUO A; 3KII A; 3OWS A; 3DGN A; 1Z1S A; 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