4EKPA

T4 lysozyme l99a/m102h with nitrobenzene bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ekpA00
1XEPA 1T6HA 1CU0A 2RBOA 1G0MA 3NY9A 1P64A 122LA 144LA 216LA 253LA 1QT5A 2B6WA 2RH1A 1L07A 4W54A 1QUOA 4I7RA 1QTZA 4W59A 1QTCA 4W56A 1OYUA 198LA 1LI2A 262LA 3L2XA 1LYHA 2Q9DA 219LA 1T8FA 212LA 1QT4A 1ZURA 206LA 1P7SA 1L01A 1DYCA 4I7KA 242LA 2RBQA 1CV0A 1D3JA 1L29A 1DYBA 4LDLA 3V2WA 3CDVA 4LDOA 129LA 1L14A 4IAPA 3K2RA 1L72A 3DN6A 241LA 1D3MA 1JTNA 1L94A 1L39A 1QT8A 249LA 3OE0A 3SB8A 3HH3A 2CUUA 3DMVA 3ODUA 3SB5A 2B6XA 228LA 1LYJA 1L92A 163LA 3HDFA 4I7OA 148LE 1C6DA 109LA 259LA 3G3VA 1OWZA 3NYAA 1SX7A 1OWYA 1C6LA 1L80A 1C62A 3GUKA 2ANVA 1L75A 3HTBA 2LC9A 196LA 3RZEA 3DN8A 251LA 4I7MA 4K5YA 1L17A 1C6EA 4GBRB 143LA 3GUOA 248LA 1L55A 4E97A 1G0KA 1L56A 3EMLA 4ARMA 1TLAA 3SBAA 7LZMA 1L49A 3OE9A 1C6HA 2LZMA 3LZMA 1L46A 1ZYTA 2B72A 1QUHA 4ARQA 140LA 4LDEA 1C6FA 178LA 3DN1A 139LA 149LA 102LA 1L33A 4EKQA 157LA 3C80A 3HUQA 1G1WA 1T97A 3FA0A 1LYDA 2NTHA 1L98A 1L18A 1KS3A 3C7ZA 2ANXA 236LA 3SBBC 1L90A 4YXAC 1C6KA 1LGWA 1ZWNA 2Q9EA 3CDOA 4DKLA 4ARJA 1XJUA 161LA 234LA 1P37A 210LA 231LA 2IGCA 1JQUA 3UONA 1D2YA 1T8GA 1L65A 186LA 4PJZA 245LA 1G07A 3C83A 3DN0A 174LA 1L37A 4EXMA 118LA 192LA 156LA 3CDTA 3G3WA 3QAKA 1L96A 1LI3A 1L91A 1QS5A 1L10A 107LA 4ARLA 128LA 258LA 1PQJA 1DYEA 1WTHA 1CU6A 2B6YA 2RB0X 158LA 1C6GA 1P2LA 130LA 1L87A 3OE8A 104LA 1L28A 131LA 3GUNA 1C60A 217LA 1XJTA 1LPYA 1KY1A 1L25A 3C8QA 237LA 1QTHA 3DMXA 1L52A 238LA 4I7SA 1C64A 2QARC 4W53A 1C69A 2RAZX 2RB2X 2F47A 1L82A 160LA 151LA 1CUQA 2Z6BA 1C63A 1L74A 173LA 2HUKA 165LA 3C7WA 3JR6A 2A4TA 1L31A 1CV5A 211LA 188LA 183LA 4S0WA 1OVHA 215LA 2OE4X 1CV3A 1PQDA 1P36A 120LA 1L54A 6LZMA 159LA 218LA 1L86A 4EKRA 1DYAA 3HT6A 190LA 1CV1A 1L70A 4PK0A 235LA 230LA 1KW7A 1L76A 3F8VA 1L44A 4LZMA 244LA 175LA 1L69A 3GUPA 2O79A 3GUJA 2B6ZA 1LGXA 4I7NA 1CTWA 1SX2A 1L83A 1QTVA 138LA 1OV7A 1C6MA 3HU8A 1CV4A 1OVKA 1QUGA 3FI5A 1QSQA 220LA 1L95A 4YXCA 2B7XA 3SB9A 250LA 1L79A 205LA 1L85A 2LCBA 3HU9A 1L59A 201LA 4EKSA 1CU5A 1L88A 4EPIA 1L40A 223LA 2B75A 4I7TA 5I14A 3HH4A 191LA 4ARMB 213LA 1L02A 1L45A 164LA 2OE9X 4EKPA 4DJHA 1LWGA 2OE7X 3L64A 1L09A 1CU2A 4W51A 187LA 1CVKA 1L04A 1C61A 1L43A 150LA 1L06A 1LI6A 170LA 1L12A 1L81A 1QT7A 2OU8A 4ARQB 1I6SA 225LA 4ZPUA 260LA 254LA 1L27A 2HULA 1LYIA 4I7QA 5LZMA 1LGUA 141LA 2O7AA 1P6YA 2B6TA 137LA 3OE6A 3RUNA 3DMZA 185LA 199LA 142LA 1L68A 4AQNA 1L63A 167LA 209LA 195LA 162LA 1QUDA 232LA 2RAYX 2NTGA 3C82A 1KY0A 1C68A 1L41A 1P2RA 4W58A 1L15A 1D3NA 108LA 1SWYA 2OTYX 3HTDA 4I7LA 1PQKA 2RBSA 1L35A 2HUMA 2L78A 1LYEA 3HWLA 3DNAA 1L64A 3HT8A 1L00A 257LA 1L36A 227LA 1C6BA 3PBLA 1JTMA 1KW5A 1L62A 1QT6A 3HT7A 3HT9A 255LA 1L24A 214LA 1L30A 221LA 177LA 1B6IA 1PQOA 112LA 2RBPA 152LA 1CUPA 197LA 1LW9A 1DYGA 4ARPA 1D3FA 4YX7C 1L0KA 261LA 239LA 1PQIA 1CX6A 1NHBA 3DN4A 1L60A 2B74A 1G06A 1SWZA 115LA 4W52A 3C8SA 4EJ4A 1CU3A 1G1VA 2OTZX 246LA 2B70A 166LA 229LA 1L38A 1L66A 1L73A 1L19A 3FADA 1CX7A 2O4WA 2OU9A 1C6PA 222LA 1P3NA 1QTDA 1L0JA 3DN3A 1L47A 1K28A 126LA 1P46A 1L50A 1P5CA 3D4SA 3V2YA 2OU0X 1C6TA 3VW7A 1CV6A 3DN2A 189LA 3SB6A 1G0QA 1D2WA 169LA 1L51A 3PDSA 1L84A 2F32A 4DAJA 1C66A 4W55A 3DKEX 3SN6R 1QS9A 243LA 2RBRA 224LA 3GULA 1L08A 1L53A 2QB0B 1G0LA 1L20A 1C6IA 1G0GA 1EPYA 184LA 147LA 145LA 1C6QA 1L21A 1QTBA 1C6JA 3GUMA 3HH6A 1L97A 3C8RA 1C6CA 3HH5A 1OV5A 1QSBA 1SSWA 3C81A 182LA 3GUIA 1L11A 4W57A 226LA 3NY8A 1L58A 1OVJA 2OEAX 1T8AA 1LYGA 1L05A 171LA 1L71A 233LA 1L48A 1L03A 252LA 113LA 180LA 1SSYA 1G0JA 1DYDA 1L93A 111LA 125LA 4I7PA 2RB1X 1L42A 1QT3A 200LA 1L23A 172LA 127LA 1L61A 3HUKA 110LA 1PQMA 1L16A 123LA 3C7YA 3CDRA 1G0PA 2B73A 1C65A 3F9LA 1L32A 1L89A 3G3XA 155LA 1L77A 4GRVA 256LA 119LA 1L34A 146LA 1L13A 1P56A 2RBNA 1C6AA 3CDQA 1LYFA 247LA 176LA 1C67A 1L22A 3HDEA 4I7JA 4EPFA 3HUAA 1DYFA 103LA 1L26A 3SB7A 1KNIA 1LWKA 2F2QA 168LA 181LA 1L57A 240LA 1L99A 1C6NA 1L67A 114LA 1LLHA 1D9WA 3HTGA 4OO9A 3HTFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TDYA 1BWJA 2F4AA 4FDYA 3D9AC 1G0MA 1LZYA 4DD1A 1WQPA 216LA 2EPEA 4YEMA 4DQJA 4WM5A 1L07A 4NFVA 1QTZA 1BGIA 4WLDA 1GD6A 5DLAA 3L2XA 2Q9DA 219LA 2ZQ3A 4I7KA 1LMQA 1O23A 3T6UA 1LZ1A 4LDLA 1L14A 1VATA 3N9CA 3TXGA 3K3TA 1L94A 3CT0A 1QT8A 1EQ5A 2ZQ4A 3CT5A 3ODUA 3TXDA 2BAAA 228LA 4TX7A 4WM1A 3AW7A 109LA 1LJFA 1IP2A 3HTBA 1HEPA 3DN8A 1I1ZA 1CJ7A 1IP7A 2HU3A 1BHZA 3HFMY 1UIAA 1IOQA 3RU5A 1L56A 2A7DA 1OQMA 7LZMA 1OUFA 3TXFA 1XGRC 3LZMA 2BQHA 5B1GA 1QUHA 4Z46A 4LDEA 4WLXA 1C6FA 4WG7A 4G4CA 2Z38A 2D4JA 3DN1A 139LA 3VWOA 4ANRA 4XJDA 102LA 2DQFC 1XGQC 2CGIA 1L98A 1L18A 236LA 2Z39A 3SBBC 3A6CY 4YXAC 5LAGA 3QNGA 1ZWNA 1CNSA 4H94A 2FBBA 4DKLA 1C10A 231LA 2BQLA 1L65A 1DXJA 3CB7A 1D9UA 1B7OA 174LA 118LA 3CDTA 4BADA 3G3WA 5KXTA 1L10A 3P68A 258LA 2Z19A 3A91A 3CT1A 1C6GA 1HEWA 1OUIA 131LA 4H9IA 1C60A 1JISA 1LPYA 1HFYA 1KY1A 1LZ5A 4GLVA 3DMXA 1C64A 2QARC 3A95A 5KXSA 6LYTA 1B5VA 4NWEA 4W53A 1LSPA 5HLLA 1C69A 2RAZX 2RB2X 1L82A 2DBTA 4LYTA 1CUQA 1GFRA 3WMKA 2D91A 4WM2A 1LZRA 3IJVA 183LA 4S0WA 4QEQA 215LA 5LYZA 4DQ7A 4BAFA 2HEEA 2Z12A 4EKRA 3LZ2A 190LA 4ML7A 2DQDY 2CDSA 4YF2A 4HTQA 2BQEA 175LA 4WM3A 2DQEY 3AB6A 4XJIA 4HJZA 5B05A 4LT2A 4GCBA 5KXRA 3SP3A 1CTWA 1GFJA 1ZMYL 2F30A 1C6MA 1BB5A 1DI3A 1OVKA 1GFEA 3FI5A 1QSQA 3CQLA 1LZ8A 2B7XA 4LYCA 250LA 2LCBA 4NG8A 3P65A 5LYTA 1YL0X 2B75A 4UWNA 3W6AA 5F14A 1UIFA 4ARMB 4BAPA 1L45A 2OE9X 1IWTA 3TXEA 4QY9A 4NGWA 1L09A 5KKJA 3FI7A 150LA 1L06A 1L12A 3A3RX 1I6SA 2MEEA 1OUBA 1IR8A 4HPIA 260LA 1L27A 2HULA 4XJHA 4M6DA 1BWHA 141LA 1JTTL 3RUNA 2LZTA 1PZYA 2YBMA 3ZEKA 4IJ4A 4AQNA 1GFGA 133LA 209LA 4DC4A 2G4NA 1KY0A 1C68A 4NGKA 3ZVQA 1E8LA 3HTDA 1D3NA 1LJJA 3AW6A 4OWAA 194LA 4BS7A 1B7PA 1KW5A 4PHIA 1EQEA 3HT7A 3HT9A 255LA 2W1YA 1B6IA 2RBPA 197LA 1D0MA 1NF5A 1DYGA 1LZGA 2F4GA 4ARPA 4WL7A 4GCEA 1D3FA 1TEWA 1L0KA 1SLYA 1UIBA 5AMYA 3DN4A 2B74A 4W52A 115LA 1FLYA 4NGYA 1JUGA 1CU3A 1J1XY 5IELA 1IWXA 1GB3A 3ATNA 193LA 246LA 2DQGY 1REZA 3AZ4A 5KXOA 1L38A 1LJHA 4AXTA 3WPJA 1VDQA 2O4WA 2OU9A 1L0JA 3DN3A 3D4SA 1GB0A 189LA 1UC0A 1GDWA 1G0QA 1D2WA 169LA 1J1PY 4DAJA 3SN6R 1QS9A 5FCPA 1IWWA 1L53A 2QB0B 1EPYA 4J0LA 1UIDA 1LMCA 1QTBA 3HH6A 5I53A 5F9UA 3AJNA 1L97A 1BB7A 1OUEA 3C8RA 5B07A 2Z2FA 1YKYX 182LA 3NY8A 1L58A 1HC0A 1YILA 1L05A 3WVYA 1IWVA 1L03A 4ZFPA 5FEKA 3WU9A 6LYZA 5LVIA 1GF4A 200LA 127LA 1PQMA 3HBDA 123LA 1B7NA 3CDRA 1LZTA 1IVMA 3A94A 1L77A 1QDTA 119LA 1RI8B 3ATOA 1L22A 1IP5A 1LCNA 103LA 1L26A 1KNIA 1LWKA 2F2QA 3LYMA 5B59A 4DWXA 1NWGA 1GBSA 1LLHA 3AGIA 4UWVA 3HTGA 1LYSA 5LVGA 4TSBA 3TMXA 1UIGA 1B0DA 2FYDA 2RBOA 1HELA 2YSSC 1D6PA 1REYA 144LA 1DI4A 2LZ2A 2RH1A 4I7RA 3LYZA 1BB6A 1OYUA 198LA 1LI2A 1T6VL 2IHLA 4J1AA 4N5RA 1QT4A 3RW8A 206LA 1Z55A 4H91A 4D9ZA 1P7SA 5LVKA 4LYBA 1LMTA 1CV0A 3WUAA 4TWSA 2ZNXY 4H9EA 3CDVA 1L72A 241LA 1D3MA 249LA 3QY4A 2CWIA 5HNLA 1JKBA 2B6XA 1L92A 4LFXA 4NHIA 3HDFA 3HBEX 1B5XA 1C6DA 1GB8A 2HU1A 1KIQC 1LZ4A 1V7SA 2G4QA 1B5UA 4HV1A 2LC9A 196LA 3RZEA 3T36A 1BB3A 4WM6A 1L17A 1VDSA 248LA 154LA 3FE0A 3WH1A 5L9JA 5KJ9A 3CSRA 4II8A 4ARMA 1XEJA 1TLAA 3SBAA 4O34A 2ZWBA 3OE9A 1GE1A 1C08C 1B9OA 1C6HA 2LZMA 1XEIA 1TAYA 1IC7Y 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1TDY A;  1BWJ A;  2F4A A;  4FDY A;  3D9A C;  1G0M A;  1LZY A;  4DD1 A;  1WQP A;  216L A;  2EPE A;  4YEM A;  4DQJ A;  4WM5 A;  1L07 A;  4NFV A;  1QTZ A;  1BGI A;  4WLD A;  1GD6 A;  5DLA A;  3L2X A;  2Q9D A;  219L A;  2ZQ3 A;  4I7K A;  1LMQ A;  1O23 A;  3T6U A;  1LZ1 A;  4LDL A;  1L14 A;  1VAT A;  3N9C A;  3TXG A;  3K3T A;  1L94 A;  3CT0 A;  1QT8 A;  1EQ5 A;  2ZQ4 A;  3CT5 A;  3ODU A;  3TXD A;  2BAA A;  228L A;  4TX7 A;  4WM1 A;  3AW7 A;  109L A;  1LJF A;  1IP2 A;  3HTB A;  1HEP A;  3DN8 A;  1I1Z A;  1CJ7 A;  1IP7 A;  2HU3 A;  1BHZ A;  3HFM Y;  1UIA A;  1IOQ A;  3RU5 A;  1L56 A;  2A7D A;  1OQM A;  7LZM A;  1OUF A;  3TXF A;  1XGR C;  3LZM A;  2BQH A;  5B1G A;  1QUH A;  4Z46 A;  4LDE A;  4WLX A;  1C6F A;  4WG7 A;  4G4C A;  2Z38 A;  2D4J A;  3DN1 A;  139L A;  3VWO A;  4ANR A;  4XJD A;  102L A;  2DQF C;  1XGQ C;  2CGI A;  1L98 A;  1L18 A;  236L A;  2Z39 A;  3SBB C;  3A6C Y;  4YXA C;  5LAG A;  3QNG A;  1ZWN A;  1CNS A;  4H94 A;  2FBB A;  4DKL A;  1C10 A;  231L A;  2BQL A;  1L65 A;  1DXJ A;  3CB7 A;  1D9U A;  1B7O A;  174L A;  118L A;  3CDT A;  4BAD A;  3G3W A;  5KXT A;  1L10 A;  3P68 A;  258L A;  2Z19 A;  3A91 A;  3CT1 A;  1C6G A;  1HEW A;  1OUI A;  131L A;  4H9I A;  1C60 A;  1JIS A;  1LPY A;  1HFY A;  1KY1 A;  1LZ5 A;  4GLV A;  3DMX A;  1C64 A;  2QAR C;  3A95 A;  5KXS A;  6LYT A;  1B5V A;  4NWE A;  4W53 A;  1LSP A;  5HLL A;  1C69 A;  2RAZ X;  2RB2 X;  1L82 A;  2DBT A;  4LYT A;  1CUQ A;  1GFR A;  3WMK A;  2D91 A;  4WM2 A;  1LZR A;  3IJV A;  183L A;  4S0W A;  4QEQ A;  215L A;  5LYZ A;  4DQ7 A;  4BAF A;  2HEE A;  2Z12 A;  4EKR A;  3LZ2 A;  190L A;  4ML7 A;  2DQD Y;  2CDS A;  4YF2 A;  4HTQ A;  2BQE A;  175L A;  4WM3 A;  2DQE Y;  3AB6 A;  4XJI A;  4HJZ A;  5B05 A;  4LT2 A;  4GCB A;  5KXR A;  3SP3 A;  1CTW A;  1GFJ A;  1ZMY L;  2F30 A;  1C6M A;  1BB5 A;  1DI3 A;  1OVK A;  1GFE A;  3FI5 A;  1QSQ A;  3CQL A;  1LZ8 A;  2B7X A;  4LYC A;  250L A;  2LCB A;  4NG8 A;  3P65 A;  5LYT A;  1YL0 X;  2B75 A;  4UWN A;  3W6A A;  5F14 A;  1UIF A;  4ARM B;  4BAP A;  1L45 A;  2OE9 X;  1IWT A;  3TXE A;  4QY9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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