4EKQA

T4 lysozyme l99a/m102h with 4-nitrophenol bound
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 63
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ekqA00
1L99A 1XJTA 4ARMA 1C68A 1G1WA 177LA 164LA 1L31A 130LA 1L92A 119LA 3SBBC 237LA 3HUKA 171LA 1L09A 4ARLA 3V2WA 200LA 4EJ4A 1CUPA 3UONA 113LA 3GULA 1PQJA 4ARPA 212LA 3DMXA 3G3WA 3F9LA 1LYJA 217LA 1CV1A 3C8RA 240LA 1D3JA 1P36A 1OWYA 4I7JA 1L06A 188LA 156LA 3DNAA 227LA 1L74A 151LA 1B6IA 1L82A 1L89A 223LA 4LDOA 2O4WA 1KW7A 1T97A 1DYDA 234LA 1JQUA 1L25A 3C7ZA 1DYBA 1L48A 1QT5A 3RUNA 1L86A 147LA 1CV3A 2RBRA 1C64A 1JTMA 1LGUA 144LA 2Q9DA 1PQDA 220LA 1T8AA 155LA 1G0KA 1L56A 1L93A 4ZPUA 2OTZX 2Z6BA 2B70A 3C7WA 2B7XA 158LA 3GUMA 159LA 3GUOA 138LA 2OTYX 3G3XA 157LA 1KNIA 3G3VA 1C6JA 2RBOA 1L68A 1P46A 126LA 107LA 226LA 1CV6A 2B6WA 3DMZA 1L07A 1C62A 1L05A 1L63A 1L16A 2OE9X 3LZMA 1QTCA 247LA 260LA 1T8GA 196LA 1QSBA 3GUIA 3HT9A 1C69A 4I7MA 254LA 4OO9A 4ARQA 1L73A 1L91A 3CDTA 4I7RA 4S0WA 2NTHA 244LA 1C63A 1LYHA 1G0MA 3HT8A 1C6DA 2LC9A 174LA 1L53A 7LZMA 1P2LA 2LCBA 3DN1A 3OE6A 1L95A 1P64A 3PBLA 230LA 1D3FA 2RBPA 1K28A 1LYIA 2L78A 4E97A 1CTWA 2OE4X 175LA 4ARJA 249LA 1C6EA 161LA 180LA 1CUQA 3HTFA 137LA 118LA 214LA 1L24A 1L36A 1T6HA 2CUUA 1L39A 4I7KA 178LA 1L61A 3L2XA 3HT7A 5I14A 3C82A 1L76A 192LA 3HDFA 2F2QA 251LA 5LZMA 4LZMA 1L00A 184LA 211LA 140LA 1G0QA 1L03A 1QUOA 1L58A 1PQOA 1L04A 243LA 3GUNA 3SBAA 1L83A 1L65A 4K5YA 1G1VA 128LA 3CDVA 3OE9A 2OU8A 170LA 1KW5A 2OE7X 3QAKA 1C6LA 1C61A 195LA 1CVKA 205LA 252LA 1CU2A 1DYEA 3DMVA 1DYFA 1L85A 4YX7C 4EXMA 1L42A 255LA 2B6ZA 1DYGA 222LA 1D2WA 1C60A 2RB1X 206LA 1EPYA 1L57A 3SB7A 2RAZX 236LA 1WTHA 1QUDA 108LA 3K2RA 1L54A 1L02A 1LYGA 3C81A 3HDEA 1LPYA 2IGCA 2RBSA 231LA 1L30A 1CV5A 109LA 102LA 1L37A 1G0GA 1T8FA 4IAPA 1QT3A 1OVJA 4W51A 1LWGA 2QARC 1L97A 3HTDA 168LA 2OEAX 1L18A 228LA 165LA 3HTGA 3C8SA 2ANVA 1L0JA 1L64A 4AQNA 1L35A 2F47A 3JR6A 2HUKA 3DN6A 1L87A 182LA 235LA 3HT6A 3HWLA 1NHBA 4DAJA 1C6NA 2RH1A 4EKSA 1L19A 183LA 1L75A 3HH4A 261LA 197LA 1L62A 1L80A 3SB5A 3HUQA 258LA 129LA 1OVHA 1C6PA 2RB2X 4PJZA 1L14A 1CU3A 218LA 1P6YA 1XJUA 1G0PA 1LYFA 1P56A 1LYEA 1G0LA 4PK0A 1L27A 1ZURA 3F8VA 1L11A 3DN4A 1QTHA 245LA 1I6SA 4EKPA 1QSQA 1LGWA 242LA 1ZWNA 1P7SA 1SSWA 3GUKA 187LA 162LA 1L44A 1QS9A 4ARMB 2B6TA 173LA 3SN6R 3FI5A 3ODUA 1OV7A 4I7PA 1L49A 1LI3A 148LE 1QS5A 1KS3A 1SX7A 1P3NA 2LZMA 141LA 1C6HA 1QUHA 1SWYA 2B73A 1L0KA 186LA 1L46A 150LA 2NTGA 1SSYA 190LA 4I7NA 3HU9A 166LA 3EMLA 3DN2A 169LA 2B72A 4EKQA 189LA 149LA 3DN3A 1L29A 1L52A 1L88A 1TLAA 1CX6A 1P5CA 4EPFA 1CV0A 1XEPA 4W56A 4EKRA 1LGXA 120LA 2HULA 262LA 145LA 1L01A 1L66A 2OU0X 241LA 3GUPA 3DN0A 1C6TA 1OVKA 1L28A 2RB0X 225LA 3DKEX 167LA 1L26A 1L10A 1L77A 3RZEA 1CU6A 1L90A 1L96A 4DJHA 115LA 163LA 1G06A 1LLHA 1L20A 3SB6A 3C8QA 104LA 1LW9A 1OV5A 209LA 1C65A 219LA 1KY1A 1C67A 160LA 3V2YA 1L55A 253LA 224LA 210LA 1D3NA 2ANXA 4EPIA 1L40A 216LA 1D3MA 1C6BA 1OYUA 248LA 1L71A 4I7SA 232LA 1SX2A 125LA 143LA 246LA 1L72A 1L84A 131LA 238LA 1G07A 1LYDA 1QTDA 6LZMA 4ARQB 1CU0A 1QT7A 1QT8A 1L13A 1QUGA 185LA 1QT6A 3HU8A 3NY8A 1L59A 3C7YA 1D2YA 4W54A 201LA 176LA 2A4TA 4DKLA 239LA 256LA 1L34A 1L12A 229LA 4W55A 1SWZA 2HUMA 1D9WA 122LA 4YXCA 1L50A 3DN8A 2Q9EA 1L51A 3HH3A 1L32A 3D4SA 110LA 1QTVA 2O79A 3FA0A 1L60A 4I7QA 3VW7A 1L33A 1L21A 1C66A 215LA 1L17A 112LA 1L69A 152LA 2OU9A 1L70A 3OE8A 3NYAA 259LA 127LA 257LA 2RAYX 4I7LA 1OWZA 3FADA 3HH6A 1C6MA 114LA 1CV4A 3SB8A 198LA 4I7TA 1L98A 172LA 1PQIA 1QTZA 2B6YA 4YXAC 111LA 1PQKA 1L43A 1C6QA 1C6IA 2B75A 1KY0A 1C6AA 1CX7A 3HTBA 4W53A 213LA 1C6KA 1L41A 1L45A 1LI2A 1C6GA 3NY9A 3CDOA 1QT4A 1L94A 2RBQA 4I7OA 250LA 4W57A 4W52A 1JTNA 3OE0A 1L38A 1PQMA 2F32A 1L15A 142LA 3PDSA 4GBRB 4GRVA 3SB9A 191LA 2QB0B 1DYAA 1C6CA 103LA 2RBNA 3C80A 3HH5A 1ZYTA 1QTBA 1C6FA 1L67A 1CU5A 123LA 181LA 1LWKA 3C83A 1P37A 1G0JA 1L08A 1P2RA 1L79A 233LA 2O7AA 3HUAA 1L22A 3GUJA 4LDEA 4W58A 2B74A 1L47A 199LA 4LDLA 4W59A 139LA 1DYCA 146LA 3CDQA 3CDRA 2B6XA 1L23A 221LA 3L64A 1L81A 1LI6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OW1A 4WO6A 1FN5A 4XJFA 1JJ1A 3AW6A 1KXXA 237LA 1IWZA 1L09A 3LN2A 3UONA 1REZA 113LA 3TMXA 1IP1A 1LYJA 3C8RA 4B1AA 240LA 1D3JA 1P36A 1OWYA 156LA 227LA 4DDBA 223LA 1T97A 1JQUA 4HPIA 1L48A 4H1PA 1LZDA 5LVJA 2EQLA 1LZYA 3FE0A 5APFA 1UIFA 1GFTA 4M4OA 1LSAA 5IELA 1HFZA 1JTMA 3W6BA 1LGUA 4BADA 1T8AA 2MEIA 3TMVA 2G4PA 4WG7A 1LMOA 2LYZA 1L93A 4ZPUA 5F81A 2BLXA 4KL7A 1GB3A 158LA 1WVVA 1DI4A 4MSTA 1LJ4A 5I4XA 1LZRA 4UWUA 3G3VA 1L68A 3QY4A 3IJUA 1GFUA 1UIBA 3DMZA 1L07A 1OQMA 1W08A 2OE9X 4GCBA 247LA 1NDGC 1QSBA 1KXWA 4B4EA 254LA 2NTHA 244LA 3HT8A 4GLVA 2LCBA 2MEEA 2XQOA 4DQJA 3CT1A 1P64A 3PBLA 4DD3A 1WQOA 4XENA 1LYIA 4E97A 4A7DA 4HJYA 3WXTA 1CUQA 137LA 118LA 3KAMA 1GF6A 4NEBA 1L36A 4DWXA 1L39A 178LA 1LPIA 1IWUA 3P65A 1B5ZA 192LA 3HDFA 3A3RX 2MEBA 1L00A 1IP5A 1L58A 3SBAA 5LYZA 1LSBA 1L83A 1G1VA 3OE9A 1KW5A 2OE7X 4DDAA 1B0DA 205LA 1DYEA 1G7HC 1IOSA 1L85A 4YX7C 1QTEA 1NBZC 255LA 3WL2A 2BLYA 222LA 1C60A 1GF9A 4GCCA 4H9HA 4QDNA 3M18B 108LA 4QEQA 3C81A 1H87A 231LA 2YSSC 1B7SA 1OVJA 2W1MA 5LIOA 228LA 3HTGA 2ANVA 3D3DA 1L0JA 1NHEA 1BVKC 2DKVA 3T36A 4HTKA 1XEJA 1JTPL 5DLAA 3HT6A 1BWIA 1NHBA 2YBMA 4EKSA 183LA 3HH4A 261LA 1L80A 1B5XA 3HUQA 3LZTA 1OVHA 2RB2X 218LA 1P6YA 3B0OA 4EKPA 1QSQA 1RI8B 1IO5A 3N9EA 3GUKA 187LA 1DPWA 1RFPA 4ETDA 1GE0A 162LA 3G3BB 1IC4Y 1GFJA 2FYCA 2BAAA 1LCNA 1TCYA 4NG1A 173LA 5I5QA 4RW1A 3SN6R 4I7PA 5HNCA 1LI3A 5D5CA 1IR9A 1I20A 3WW5A 1QS5A 4WLXA 1KS3A 141LA 1QUHA 1QUTA 4NFVA 1RJCB 4NSGA 4N1CC 150LA 1CJ6A 166LA 2MEGA 4EKQA 149LA 1UICA 1RE2A 2D4IA 2DQEY 4WM4A 4EPFA 4G4HA 1XEPA 1LGXA 3LZ2A 145LA 1BWJA 2OU0X 241LA 1L28A 1LZGA 2RB0X 4LFPA 1JTTL 3RZEA 3TXHA 1N4FA 1L96A 163LA 2W1YA 104LA 209LA 219LA 1KY1A 4W94A 4PJ2C 3W6FA 1GEVA 1GFVA 253LA 224LA 2DQGY 3CT5A 1NQIA 1GFAA 1VFBC 4EPIA 1C6BA 1OYUA 3LYOA 1LZNA 1B7MA 1YILA 143LA 1CNSA 2ZIJA 1L72A 1L84A 1GBSA 1JKCA 5ILCA 1BB4A 1LMAA 4LT3A 1LSNA 1UIDA 4H91A 4NGZA 2BQBA 1BB6A 1YL0X 1CKHA 1JKBA 1F10A 3E3DA 3LYTA 1L12A 1UIEA 1YKXX 4H93A 1L50A 3DN8A 1LSEA 4DD2A 5IHGA 1W6ZA 2I26L 4N8ZA 3CSZA 1QTVA 3FA0A 1C66A 1B7LA 4B49A 1XEIA 2XJWA 1HFXA 5J7CA 3WXUA 1XGQC 3HH6A 4OWAA 3A96A 1B5UA 3T6UA 2BQKA 3SB8A 1L98A 1LKSA 1PQIA 1QTZA 2CWIA 135LA 4FJRA 1LSYA 1KY0A 1C6AA 1GE2A 2I25L 1CX7A 1HELA 4W53A 2PC2A 2BQHA 4LZTA 1C6GA 3NY9A 154LA 1QT4A 4LGKA 4I7OA 1C7PA 4W57A 3CSQA 1HC0A 4W52A 3EMSA 4LT1A 4J1AA 1GF5A 1WQQA 3PDSA 4H9BA 4NSHA 191LA 5KKJA 1C6CA 103LA 1UBZA 2H5ZA 3C80A 4NGWA 4NSIA 5DL9A 1IVMA 3AZ6A 4NHSA 3C83A 1P37A 1XFPL 134LA 2HEDA 2B74A 2Q0MX 199LA 3A94A 1DYCA 146LA 3WH1A 4ET9A 2YBLA 3WPKA 1LJ3A 1LI6A 5I4YA 5LA8A 1L31A 3B0IA 5M1YA 4AGAA 3SBBC 1JSEA 3WU8A 2DQFC 1YAQA 4EJ4A 1CUPA 2Z18A 1PQJA 212LA 4NIJA 3DMXA 3F9LA 4I7JA 1L06A 1AKIA 4G9SA 2Z12A 2F2NA 1L74A 1L89A 1B6IA 2O4WA 1KW7A 1WQPA 1DYDA 4OWBA 4Z98A 4H9CA 1REXA 1GEZA 4B4IA 1CKFA 4E3UA 1GDWA 1JHLA 1BWHA 1C64A 1B7OA 4XYYA 1LSFA 4TX7A 155LA 1G0KA 1EQEA 2Z6BA 1AT6A 1GF7A 3GXKA 3GUMA 1KNIA 1C6JA 1YROA 2RBOA 1C45A 1IR8A 1TAYA 1HHLA 1ZMYL 5FCPA 1IR7A 1LSGA 1IP3A 1L63A 260LA 4OWCA 1T8GA 4I7MA 1WQMA 4ARQA 1QTKA 1L91A 3CDTA 1KIRC 1OUIA 1C6DA 4CFOA 2LC9A 174LA 7LZMA 3A93A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4OW1 A;  4WO6 A;  1FN5 A;  4XJF A;  1JJ1 A;  3AW6 A;  1KXX A;  237L A;  1IWZ A;  1L09 A;  3LN2 A;  3UON A;  1REZ A;  113L A;  3TMX A;  1IP1 A;  1LYJ A;  3C8R A;  4B1A A;  240L A;  1D3J A;  1P36 A;  1OWY A;  156L A;  227L A;  4DDB A;  223L A;  1T97 A;  1JQU A;  4HPI A;  1L48 A;  4H1P A;  1LZD A;  5LVJ A;  2EQL A;  1LZY A;  3FE0 A;  5APF A;  1UIF A;  1GFT A;  4M4O A;  1LSA A;  5IEL A;  1HFZ A;  1JTM A;  3W6B A;  1LGU A;  4BAD A;  1T8A A;  2MEI A;  3TMV A;  2G4P A;  4WG7 A;  1LMO A;  2LYZ A;  1L93 A;  4ZPU A;  5F81 A;  2BLX A;  4KL7 A;  1GB3 A;  158L A;  1WVV A;  1DI4 A;  4MST A;  1LJ4 A;  5I4X A;  1LZR A;  4UWU A;  3G3V A;  1L68 A;  3QY4 A;  3IJU A;  1GFU A;  1UIB A;  3DMZ A;  1L07 A;  1OQM A;  1W08 A;  2OE9 X;  4GCB A;  247L A;  1NDG C;  1QSB A;  1KXW A;  4B4E A;  254L A;  2NTH A;  244L A;  3HT8 A;  4GLV A;  2LCB A;  2MEE A;  2XQO A;  4DQJ A;  3CT1 A;  1P64 A;  3PBL A;  4DD3 A;  1WQO A;  4XEN A;  1LYI A;  4E97 A;  4A7D A;  4HJY A;  3WXT A;  1CUQ A;  137L A;  118L A;  3KAM A;  1GF6 A;  4NEB A; 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