4EKRA

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-cyanophenol bound
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 63
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ekrA00
186LA 4I7QA 1L20A 1QT4A 2RBRA 1PQJA 1L64A 1QT3A 1L51A 1LGXA 1L69A 1P64A 4I7MA 3CDRA 3GUOA 157LA 1C6EA 2HUKA 1G1VA 4K5YA 5I14A 4OO9A 2F2QA 2RB2X 1C67A 1C6PA 1CX6A 163LA 149LA 1L44A 6LZMA 1L21A 122LA 1L59A 262LA 1L01A 1L60A 1OYUA 191LA 3SB8A 220LA 4YXCA 1OWYA 2B6YA 2RAZX 224LA 3G3XA 1C6NA 1PQKA 1C64A 110LA 1SWZA 1L43A 1JQUA 216LA 1LYEA 3HUAA 1PQDA 222LA 1L72A 3C7ZA 1JTNA 258LA 4W52A 3C81A 1L30A 3DN8A 4EPFA 2B7XA 1LYIA 1L40A 209LA 2OE4X 2RBOA 4LDLA 102LA 3SN6R 225LA 1EPYA 219LA 3PDSA 213LA 177LA 1P37A 1PQOA 1L65A 3GULA 1L97A 1DYDA 3F9LA 1LYHA 1L34A 2RBPA 4EKRA 4EKSA 3GUJA 2OE9X 1L92A 1L70A 3DN4A 182LA 3DMXA 1XJUA 1L03A 4I7PA 125LA 4DJHA 1LYJA 3NYAA 1C6MA 1L57A 1L41A 210LA 1CU2A 3V2YA 1T8GA 2RBQA 111LA 1ZYTA 1P36A 187LA 1G0KA 196LA 1CU0A 1L56A 1XEPA 1C6IA 3OE9A 4W59A 3DN2A 1QTVA 3C7WA 3HTDA 240LA 1L79A 3PBLA 1L29A 1C6JA 4ARPA 1L61A 161LA 1LI2A 2L78A 3FI5A 1L71A 1DYFA 4PJZA 160LA 2HUMA 3QAKA 4I7NA 1CU6A 3HTGA 1C6QA 1KY0A 1L63A 142LA 1QS9A 3HT7A 4ARQB 2B73A 214LA 1L62A 243LA 3GUMA 3FADA 2Q9DA 4I7JA 139LA 1L07A 1D3FA 236LA 1KS3A 5LZMA 1CUPA 1L84A 1L24A 3L2XA 3GUIA 4S0WA 1XJTA 168LA 1C6AA 1DYEA 3D4SA 1KY1A 1LW9A 137LA 3SB6A 1QUDA 3CDQA 1NHBA 3C80A 2B72A 1L99A 4W54A 1OV5A 4W55A 1OV7A 4AQNA 1L47A 1CV0A 188LA 1D2YA 212LA 1KW7A 1L00A 1QS5A 3K2RA 2RAYX 1L91A 2QARC 178LA 119LA 1L87A 4ARMB 3HDFA 4EXMA 1D3MA 171LA 1QT7A 4DKLA 3SB9A 229LA 1LI6A 1L75A 1L80A 130LA 1D3JA 1G0MA 1CU5A 2ANVA 3DNAA 4DAJA 197LA 1L22A 1DYGA 254LA 148LE 1QTDA 1L53A 1QT6A 2NTGA 169LA 162LA 1P5CA 1LGUA 261LA 3RZEA 1L18A 3NY9A 1L11A 1L42A 1C6HA 1JTMA 223LA 1C6TA 3DKEX 3SB5A 1KW5A 2Q9EA 2O79A 1CVKA 2F32A 4LZMA 218LA 4GBRB 107LA 1L96A 1PQMA 3OE8A 3OE6A 2Z6BA 1T6HA 3CDTA 167LA 1L67A 198LA 4E97A 255LA 4ARLA 1L32A 1QTCA 1CUQA 227LA 1C68A 3DMVA 1L04A 1OWZA 1L26A 1DYCA 4I7LA 152LA 3UONA 3GUPA 1C69A 1P2LA 3NY8A 175LA 1CV4A 221LA 1L88A 4W53A 1QTZA 199LA 1QTBA 1CX7A 143LA 4IAPA 1C6CA 3DN3A 3FA0A 1L76A 1TLAA 1SSWA 172LA 1L12A 1G0JA 4ARQA 1C66A 3VW7A 2F47A 141LA 211LA 1LWGA 1C65A 1G0GA 1D3NA 2B70A 244LA 4EJ4A 1C6KA 4I7KA 140LA 1QSBA 2RB0X 1L45A 1L0KA 1QT5A 230LA 3JR6A 4W58A 3HH6A 2RBSA 1L31A 1ZWNA 1L74A 1G0QA 3GUNA 1C6GA 1T8AA 2OU9A 150LA 1P3NA 131LA 1CV6A 1QT8A 253LA 138LA 1G07A 3CDOA 3EMLA 1L35A 127LA 1SX7A 1G1WA 250LA 2RB1X 256LA 242LA 1L05A 2O7AA 2RH1A 1C6DA 2ANXA 1LWKA 1L86A 129LA 3HT6A 1T97A 4I7SA 3V2WA 4ARMA 3C8RA 1P7SA 4YXAC 3HU9A 3GUKA 2RBNA 1LGWA 4PK0A 1L08A 4GRVA 1L02A 235LA 1L09A 1OVJA 1QSQA 1L58A 3SB7A 205LA 4EKQA 3HTFA 226LA 189LA 238LA 1G0LA 1L15A 2B6ZA 180LA 1C63A 1C62A 1QUOA 2OE7X 1L13A 1L98A 2OTYX 4LDEA 2OEAX 1L23A 1CV3A 3C7YA 3HWLA 156LA 259LA 1L49A 1L95A 4W57A 1G06A 2IGCA 165LA 1L16A 2B6WA 3LZMA 232LA 1L27A 1L77A 2B6TA 195LA 1L93A 174LA 217LA 4LDOA 2OU0X 3C8SA 108LA 1L89A 2LC9A 4W51A 260LA 200LA 4ARJA 1LYFA 2LCBA 1PQIA 3HH4A 1L39A 248LA 1LYGA 1P56A 3ODUA 1P2RA 126LA 1L0JA 7LZMA 239LA 170LA 2B6XA 1D9WA 246LA 2QB0B 103LA 3L64A 1L52A 1L38A 3HH3A 1L55A 181LA 249LA 1LYDA 1L37A 155LA 144LA 192LA 4EKPA 1QTHA 1P46A 2NTHA 3HT8A 1L83A 1CTWA 1T8FA 1L85A 1ZURA 1C6BA 245LA 3DN0A 3G3VA 4I7TA 1L17A 1CV1A 2A4TA 114LA 158LA 3DMZA 151LA 228LA 2LZMA 241LA 1D2WA 2OU8A 231LA 247LA 4W56A 1L50A 115LA 1SSYA 2OTZX 234LA 1CU3A 3F8VA 1L28A 104LA 123LA 1LLHA 146LA 3G3WA 3RUNA 1DYAA 1L81A 1I6SA 1CV5A 1G0PA 2B75A 190LA 173LA 1L19A 1L14A 3SBAA 1C61A 1L10A 1L68A 3DN6A 1SX2A 3SBBC 3DN1A 1P6YA 1L90A 1L33A 1L46A 166LA 3HT9A 176LA 1L06A 1C6LA 1K28A 4I7OA 252LA 183LA 4EPIA 1L25A 1C6FA 3C83A 201LA 1OVHA 1WTHA 233LA 1L36A 4I7RA 1OVKA 3HUKA 1B6IA 4ZPUA 2CUUA 3CDVA 3HDEA 3HU8A 145LA 120LA 164LA 1L73A 257LA 1L66A 3HUQA 109LA 3C8QA 1DYBA 1KNIA 112LA 113LA 1QUGA 1L48A 184LA 1QUHA 2HULA 118LA 1L82A 1LI3A 3HH5A 128LA 1LPYA 3OE0A 185LA 237LA 215LA 147LA 159LA 2O4WA 3HTBA 1C60A 4YX7C 3C82A 1L94A 1SWYA 206LA 2B74A 251LA 1L54A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z2EA 4I7QA 2RBRA 2FBDA 4OWAA 3WXUA 1L64A 1QT3A 3IJVA 1GDWA 1OP9B 3GUOA 4NGOA 4DD3A 4PHIA 4BADA 2A7FA 3LN2A 3WPKA 4DD9A 1LHLA 6LZMA 1IOTA 191LA 1VDQA 1EQ5A 4NGIA 1C6NA 4WM3A 1PQKA 1C64A 1D0KA 1IP3A 1JQUA 216LA 1JKAA 222LA 4LYCA 1D9UA 4W96A 1JUGA 1XGTC 1GFRA 1GFAA 3A90A 3A3QA 219LA 1HENA 1UBZA 1P37A 1PQOA 1LSAA 3GULA 2LYOA 3B0IA 1LYHA 2RBPA 4LT0A 2OE9X 1L92A 208LA 3WU7A 182LA 1L03A 3W6FA 3NYAA 210LA 3RZ4A 3V2YA 2RBQA 3ATNA 3TXBA 187LA 1LJNA 1G0KA 4H8XA 196LA 1LSZA 4LYTA 3OE9A 240LA 1IR8A 1L79A 5DM9A 4X3BA 1C6JA 161LA 1L71A 1DYFA 4G4HA 1UC0A 160LA 3AB6A 2HUMA 3QAKA 1HNLA 5KXSA 1AKIA 4B49A 1DQJC 5APEA 3HT7A 142LA 1UCOA 1GB9A 2DQCY 1L62A 243LA 154LA 3FADA 1IO5A 236LA 5A3ZA 1LJKA 1CUPA 3GUIA 4EMNA 1C6AA 1RJCB 1GF4A 1LW9A 4PRQA 2HEEA 1YAPA 3CDQA 1LSMA 4NHQA 2ZNXY 4AQNA 4CJ2A 1D2YA 1L00A 4DD1A 4RLMA 1IY4A 2G4NA 4XJHA 1L91A 1L87A 4EXMA 3ATOA 4N8ZA 171LA 1LMNA 2YBNA 9LYZA 229LA 1L80A 1YILA 1YKZX 4NGKA 1I20A 1B7LA 1IOSA 1HEQA 1L53A 5E9RA 1ZV5L 261LA 3RZEA 1L18A 1LZ9A 3DKEX 5KY1A 1VDTA 1GF3A 2LZ2A 3OE6A 5HMVA 1JJ3A 167LA 4LYZA 4HP0A 1B0DA 4ARLA 1QTCA 1W6ZA 4XJIA 1DI5A 4H9BA 1P2LA 3QE8A 2Z12A 1CV4A 1LSDA 1QTZA 1CX7A 1OUGA 4M4OA 1UIBA 172LA 2BQAA 3HBEX 1NQIA 1GDXA 211LA 4H1PA 4EJ4A 1C6KA 2MEHA 1SLYA 1KXXA 4NG8A 1QT5A 4DC4A 3HBHA 4W58A 4RW2A 1NWGA 1ZVYB 3GUNA 1P2CC 1T8AA 2MEEA 2DQDY 2OU9A 150LA 3AW6A 1CV6A 5LVGA 1LMOA 2HUBA 3WL2A 5LAFA 1G07A 127LA 1SX7A 250LA 2RB1X 2BQIA 1SQ2L 3A8ZA 1L05A 4XYYA 3LHMA 1DI4A 1LJEA 1LWKA 2Z19A 4ARMA 1IC5Y 1B7QA 4ZEEA 3HU9A 2RBNA 1LGWA 4YEOA 2BQBA 3WUNA 2H9KA 3W6DA 4J1AA 4DYGA 1UIDA 3M18B 238LA 4RDSA 2OE7X 1HF4A 1QUTA 1CV3A 3HWLA 156LA 1EQ4A 259LA 2F4GA 2XBSA 165LA 1L16A 2XJWA 4NGLA 3D3DA 232LA 1L27A 195LA 4LDOA 2ZYCA 4N1CC 3C8SA 3W6AA 5LXWA 2LC9A 2ZQ4A 4C5FA 3AZ4A 5JENB 1HEWA 1WVUA 239LA 170LA 1D9WA 2QB0B 103LA 1L52A 1OUCA 4NSHA 4CFOA 3KAMA 4WM6A 4LT2A 1LYDA 1CJ6A 4XN6A 4DD2A 1C43A 1L85A 2ZNWY 4I7TA 4YOPA 1HEMA 2A4TA 158LA 3DMZA 241LA 1IEEA 2DQFC 1XGPC 1L50A 5HQ1A 1IWYA 234LA 1QQYA 1LSNA 2I6ZA 104LA 5IELA 1QUSA 2VB1A 1FLQA 3RUNA 1BWJA 1B7PA 133LA 190LA 173LA 4GN4A 1L14A 1INUA 4G4BA 3DN1A 1LSEA 3P68A 1GB3A 3RU5A 4I7OA 3AGIA 1UIFA 183LA 1C6FA 3C83A 4QY9A 2MEIA 1YAOA 5LVJA 1GB6A 1FLYA 4I7RA 1OVKA 3HUKA 1B6IA 1BB6A 1GFUA 1B5UA 3CDVA 2DKVA 3WU9A 5DLAA 3HUQA 3EMSA 3C8QA 1JEFA 1GXV2 2I25L 1ZVHL 128LA 1WVVA 2DQGY 1LZEA 3HTBA 1CKGA 1F6RA 2XBRA 4YX7C 1C08C 206LA 2B74A 1GB8A 2GV0A 4G49A 1BB4A 4WO6A 4N5RA 1B2KA 1PQJA 1F10A 3TXHA 1JTPL 4XJFA 1P64A 2YVBA 1LSYA 1C6EA 1B5YA 1G1VA 3TXKA 3BKHA 1UACY 5I14A 3OJPA 5LYZA 4OO9A 2BQHA 2RB2X 3ZVQA 3P4ZA 149LA 5AMYA 1L21A 1IOCA 1OUJA 122LA 1L59A 1JWRA 1L60A 1OYUA 4L41A 2HECA 4EOFA 1FN5A 4YXCA 4GCDA 2B6YA 3AGHA 2RAZX 3G3XA 2Z39A 110LA 1L43A 1HEPA 4WLYA 1PQDA 5F9UA 3WPLA 3WXTA 1L72A 3C7ZA 1HELA 5LYTA 3DN8A 4LFPA 1L40A 2OE4X 1MELL 1H6MA 4LDLA 225LA 1REXA 213LA 177LA 4KT3A 4B0DA 1L65A 1UIGA 7LYZA 4ML7A 1GFEA 1L34A 1XFPL 1IVMA 1L70A 4NIJA 125LA 4H9CA 1YKXX 3CSQA 1P36A 3WYHA 1L56A 1XEPA 4NHIA 5L3IA 1QTKA 1QTVA 4NEBA 3TXGA 3AZ6A 3FI5A 1ALCA 4PJZA 5C6JA 1FKQA 4W94A 4LYMA 134LA 1JSFA 3GUMA 4H93A 139LA 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1IWWA 1L23A 3IJUA 2CJLA 1L95A 4W57A 2H9JA 2IGCA 2BPUA 3LZMA 2W1XA 1NF5A 1L77A 1GBSA 1L93A 174LA 3AZ5A 1LMQA 1CKCA 5FEKA 108LA 2EPEA 4W51A 5B1FA 4ARJA 5FSTA 2LCBA 3WH1A 5APCA 1T6VL 3FE0A 1LYGA 1P56A 4N1EI 126LA 2ZYPA 7LZMA 3EXDA 4HJZA 3W3EA 4GCBA 2B6XA 4RLNA 246LA 3BKVA 5L3HA 1LCNA 3L64A 1L38A 4H92A 1REZA 1NBZC 1GPQC 3HH3A 1GD6A 4QDNA 3WW6A 181LA 1G7JC 144LA 1FBIX 1P46A 1L83A 4PJ2C 3G3VA 1VDPA 114LA 5B1GA 5IHGA 4C3WA 1AZFA 2BLYA 1SSYA 3N9AA 3F8VA 1L28A 1JJ0A 123LA 1OUBA 2IFFY 1L81A 2YBIA 1CV5A 1Z55A 2EKSC 2W1MA 1L10A 1L68A 1L46A 2LHMA 4CGEA 2HU1A 176LA 3TXJA 1K28A 1XGUC 1LSPA 4G9SA 201LA 1OVHA 1KIPC 1NKHA 2ZWBA 1LYYA 1L36A 2HEBA 1NDGC 2D6BA 2CUUA 4HTQA 120LA 1L73A 109LA 112LA 1WTNA 1OUAA 5LA5A 1QUHA 2HULA 3HH5A 1L82A 185LA 215LA 159LA 1GB5A 3AZ7A 1KXWA 3C82A 1XEKA 4DWXA 4B4EA 251LA 4ZIXA 3OK0A 5KXKA 2MECA 2X0AA 4WL7A 2EQLA 5KXMA 2F2QA 1IWTA 1CX6A 5KXZA 5LVKA 163LA 5I5QA 1L44A 262LA 2HU3A 1LZCA 1CKDA 1JPOA 1LAAA 224LA 3A6CY 1IORA 4NGJA 4WOAA 1HFYA 4II8A 5FCPA 4GCCA 1LYEA 2Z2FA 4KL7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2Z2E A;  4I7Q A;  2RBR A;  2FBD A;  4OWA A;  3WXU A;  1L64 A;  1QT3 A;  3IJV A;  1GDW A;  1OP9 B;  3GUO A;  4NGO A;  4DD3 A;  4PHI A;  4BAD A;  2A7F A;  3LN2 A;  3WPK A;  4DD9 A;  1LHL A;  6LZM A;  1IOT A;  191L A;  1VDQ A;  1EQ5 A;  4NGI A;  1C6N A;  4WM3 A;  1PQK A;  1C64 A;  1D0K A;  1IP3 A;  1JQU A;  216L A;  1JKA A;  222L A;  4LYC A;  1D9U A;  4W96 A;  1JUG A;  1XGT C;  1GFR A;  1GFA A;  3A90 A;  3A3Q A;  219L A;  1HEN A;  1UBZ A;  1P37 A;  1PQO A;  1LSA A;  3GUL A;  2LYO A;  3B0I A;  1LYH A;  2RBP A;  4LT0 A;  2OE9 X;  1L92 A;  208L A;  3WU7 A;  182L A;  1L03 A;  3W6F A;  3NYA A;  210L A;  3RZ4 A;  3V2Y A;  2RBQ A;  3ATN A;  3TXB A;  187L A;  1LJN A;  1G0K A;  4H8X A;  196L A;  1LSZ A;  4LYT A;  3OE9 A;  240L A;  1IR8 A;  1L79 A;  5DM9 A;  4X3B A;  1C6J A;  161L A;  1L71 A;  1DYF A;  4G4H A;  1UC0 A;  160L A;  3AB6 A;  2HUM A;  3QAK A;  1HNL A;  5KXS A;  1AKI A;  4B49 A;  1DQJ C;  5APE A;  3HT7 A;  142L A;  1UCO A;  1GB9 A;  2DQC Y;  1L62 A;  243L A;  154L A;  3FAD A;  1IO5 A;  236L A; 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