4EKSA

T4 lysozyme l99a/m102h with isoxazole bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4eksA00
2O7AA 2OE4X 3K2RA 1G06A 4GRVA 1CV3A 3OE8A 246LA 1QSQA 2A4TA 1L13A 3C8SA 155LA 161LA 188LA 1L69A 168LA 242LA 1T8FA 4ARMB 217LA 1WTHA 1L00A 1L80A 1L52A 4AQNA 3RZEA 1L28A 2B6XA 1JQUA 1LYEA 4I7NA 138LA 1L75A 1QUGA 3HWLA 3LZMA 2QB0B 1C6TA 1C6KA 1C6JA 1G0PA 1EPYA 107LA 2F47A 127LA 1LPYA 3NY9A 4W51A 3DN4A 4ARMA 1CX6A 254LA 4S0WA 235LA 1JTMA 158LA 164LA 2ANXA 119LA 1CV0A 2HULA 1QT5A 4W59A 226LA 171LA 1L48A 238LA 3HU8A 120LA 1C6PA 4I7QA 3C7ZA 1DYCA 244LA 1LGWA 1L63A 1L62A 1SSWA 1LW9A 1NHBA 2OU0X 1L77A 1G1WA 3NYAA 1L83A 1L29A 4K5YA 2OTYX 1XJUA 3GUMA 3SB8A 189LA 3HT9A 1LYFA 1OWYA 150LA 152LA 2B74A 3QAKA 4W52A 1L10A 186LA 2LC9A 243LA 197LA 198LA 1L24A 1L86A 112LA 216LA 2NTGA 1P6YA 3RUNA 115LA 2F2QA 1L84A 3SB9A 3HUQA 1C6LA 211LA 1P2LA 1QTZA 1QT3A 2B6TA 1QT4A 141LA 1L25A 2OE7X 1L94A 1C6QA 1L38A 3HU9A 1L73A 3DN1A 1OV7A 2L78A 118LA 1L22A 1L15A 3FA0A 1LLHA 1SX2A 3HT6A 1L57A 147LA 151LA 3SBBC 1QUOA 1G0QA 2OEAX 2RBQA 1QUDA 1L66A 3CDVA 4YXAC 4I7JA 1CU2A 4EKPA 3DMXA 169LA 3HTGA 1L76A 1PQDA 261LA 210LA 1L01A 3C7YA 3CDRA 1L26A 3HT8A 111LA 1DYFA 3NY8A 122LA 1QTHA 3FI5A 2Q9EA 6LZMA 108LA 183LA 3DN6A 4PK0A 3SBAA 196LA 137LA 3SB5A 195LA 209LA 109LA 185LA 1L33A 123LA 1CV6A 215LA 218LA 3GUOA 125LA 1T97A 4LDEA 4W56A 1C64A 2LZMA 1C63A 1LGUA 3GUJA 4OO9A 1XEPA 1C65A 1P36A 4W54A 214LA 1L41A 1L43A 1L19A 1LI3A 4I7LA 1QUHA 1SWZA 1L79A 2RB2X 160LA 1C6DA 1QT6A 249LA 1L35A 1DYGA 1LI6A 3DN3A 1C6CA 2O79A 144LA 3SB7A 2B72A 1D2YA 1T8AA 2OTZX 2QARC 201LA 1L82A 2ANVA 1I6SA 1D9WA 1G0MA 3DNAA 159LA 4I7RA 1KY1A 1L98A 2RBPA 230LA 184LA 3V2WA 1PQMA 3CDQA 2OE9X 3HDEA 1P3NA 4ARQB 4W53A 2RBOA 1L0JA 1L49A 1C6GA 1OV5A 1KS3A 2RBRA 1CV4A 1G1VA 1KY0A 1DYAA 4I7OA 1L21A 1P64A 256LA 3HTBA 3CDTA 221LA 3D4SA 3HTDA 191LA 237LA 167LA 4I7KA 253LA 4EKQA 1G0LA 2RAYX 178LA 1C6BA 1L95A 3C80A 3PBLA 1L36A 4EXMA 2OU8A 4IAPA 229LA 4YXCA 1C6AA 102LA 236LA 1CU5A 3DN8A 1D3JA 3HH6A 1L07A 1L08A 1QT8A 1L40A 1T8GA 146LA 3G3WA 1L37A 1L27A 1QTVA 233LA 227LA 3DMVA 4LDOA 3F8VA 3OE6A 1G0JA 103LA 1P46A 3V2YA 3G3XA 4EJ4A 2RB1X 180LA 1DYDA 225LA 1C6NA 1LI2A 3C82A 1L45A 222LA 3GUNA 1C60A 4DJHA 166LA 2CUUA 3UONA 110LA 165LA 4I7SA 1KNIA 1LWKA 250LA 1KW7A 3DN0A 1OVJA 3EMLA 1L16A 2O4WA 3C8QA 156LA 1CU6A 1L85A 3HT7A 2F32A 1LYJA 247LA 1QTBA 5LZMA 1D3MA 3C83A 3CDOA 1PQKA 1OVKA 228LA 1L64A 4YX7C 260LA 4EPFA 1SSYA 2HUMA 2Z6BA 1L92A 1LYIA 3VW7A 148LE 1L71A 1L12A 1C6MA 143LA 1G07A 1ZWNA 1L81A 3C7WA 1L18A 3L2XA 139LA 3DKEX 3L64A 2RBSA 1L96A 3GUKA 1L88A 1L91A 1L03A 1QTDA 3C8RA 4EKSA 162LA 4DAJA 1DYEA 4I7PA 190LA 1L60A 4EPIA 1L99A 1L56A 1OWZA 2B6WA 1LYDA 2RBNA 1C6HA 1L34A 113LA 172LA 1C61A 2OU9A 2B73A 192LA 1PQJA 212LA 1L97A 255LA 3HUAA 126LA 1QTCA 1L17A 240LA 2B6ZA 1C6FA 1L58A 173LA 239LA 4W55A 1L42A 3GUIA 1P5CA 1L23A 241LA 213LA 1P2RA 1L20A 1SX7A 3HH5A 1CUPA 1OVHA 4GBRB 1P56A 2B70A 3SN6R 5I14A 1C6IA 1CTWA 1CUQA 2B75A 149LA 1K28A 129LA 1C68A 1CVKA 4W58A 3SB6A 1ZYTA 1LWGA 1L87A 142LA 3C81A 1L74A 205LA 4LDLA 3PDSA 4DKLA 4ARLA 177LA 245LA 1L30A 1LGXA 248LA 259LA 4ARQA 176LA 1QT7A 1LYHA 4ARPA 1CU3A 4EKRA 128LA 1KW5A 223LA 3G3VA 1D2WA 4ZPUA 2B7XA 1L02A 1C62A 4W57A 1TLAA 1JTNA 1L65A 3F9LA 1CU0A 2LCBA 3OE0A 130LA 224LA 1CX7A 1L04A 3DMZA 234LA 3HTFA 4I7TA 3HH4A 231LA 114LA 1P37A 3JR6A 1C67A 1L59A 1L93A 2HUKA 2Q9DA 3GULA 1G0KA 1L89A 1L54A 1C66A 187LA 1L09A 206LA 181LA 1G0GA 1P7SA 1L70A 232LA 1L05A 1L44A 1XJTA 1L46A 1DYBA 1QS9A 2RH1A 1L72A 1LYGA 174LA 1QS5A 4E97A 1C6EA 182LA 1CV5A 3HUKA 131LA 3DN2A 1L47A 145LA 1D3NA 1ZURA 1L55A 1T6HA 1CV1A 1L39A 1L0KA 2B6YA 3OE9A 199LA 1PQOA 1L14A 157LA 1B6IA 1D3FA 1L11A 1L31A 4LZMA 140LA 220LA 2IGCA 4I7MA 1OYUA 1L61A 262LA 1L67A 1QSBA 251LA 3ODUA 200LA 252LA 257LA 2RB0X 3HDFA 1L32A 4PJZA 3HH3A 7LZMA 1L53A 2RAZX 163LA 2NTHA 1C69A 3FADA 219LA 170LA 3GUPA 4ARJA 1SWYA 1L50A 1L68A 104LA 1L51A 1PQIA 258LA 1L90A 175LA 1L06A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2O7AA 3K2RA 4LT1A 3WW6A 3GXKA 1L13A 3C8SA 155LA 1T8FA 1LSNA 1V7SA 1WTHA 1L00A 7LYZA 1F10A 1L80A 1L52A 3RT5X 3RZEA 3WU8A 2B6XA 5KXPA 2ZWBA 1LJIA 1JQUA 3J4GA 1LHLA 4GN5C 4I7NA 1QUGA 3HWLA 3LZMA 3WUNA 1C6TA 3WXTA 5L3IA 1C6JA 1HMKA 254LA 1GFGA 3OK0A 1IY3A 1JTMA 2YBMA 1ZV5L 2BQAA 1FKVA 1QT5A 4DDAA 3CSQA 3A93A 171LA 3HU8A 4I7QA 3C7ZA 3A95A 5DL9A 5KXRA 2RSCA 1L62A 3CSRA 1GBWA 1LW9A 4B4EA 4J7VA 1YANA 4J1BA 1UIFA 3TMWA 4NHTA 4DQ5A 189LA 4WLYA 4IJ4A 4H92A 4W52A 1HFZA 2LC9A 198LA 112LA 1D0KA 4DQJA 4WG1A 211LA 4II8A 2BQLA 1QT3A 5DN4A 5LVIA 4GCBA 1UUZC 1DI4A 1L94A 1C6QA 3HU9A 3B72A 1LSDA 3A92A 6LYZA 1HEPA 1LYOA 1L15A 5AMYA 1LLHA 4B1AA 2A7FA 1L57A 4NGZA 147LA 151LA 3TXGA 1VATA 3FE0A 4HJZA 4EKPA 3DMXA 2NWDX 1IVMA 2HU1A 4HP0A 3HT8A 111LA 4ETDA 1QTHA 1QQYA 4H9HA 4WM1A 4NGYA 183LA 3DN6A 1JEFA 3SBAA 1GFKA 4YENA 4DD3A 4B49A 109LA 185LA 1XEJA 1GDWA 4NGOA 125LA 4QEQA 2MEDA 5FDJA 5LYZA 3KAMA 1XEPA 1P36A 1L41A 3W6AA 2EIZC 1Z55A 1BB3A 4DD2A 1IX0A 1WQOA 3B0IA 1DYGA 4NEBA 1LJFA 3DN3A 3SB7A 2B72A 1INUA 3LZTA 5FCPA 1B5YA 1WQPA 4WO9A 1B7LA 1V7TA 5LA8A 2HEBA 1I6SA 1HENA 3DNAA 2BQOA 4HSFA 3WPKA 5J7CA 184LA 5D5CA 3WL2A 3V2WA 2WARA 4W53A 4GCDA 4B0DA 1L49A 1LZGA 2DQAA 3T36A 4GCFA 4I7OA 1OQMA 221LA 3D4SA 5HMVA 1GHLA 5KXNA 4OOTA 1CKFA 1J1XY 3WW5A 167LA 1UC0A 2RAYX 4DD0A 3PBLA 2MEFA 3D9AC 1LMPA 153LA 4HTNA 3LHMA 102LA 4NSIA 1KIRC 1IWVA 3HH6A 4NG8A 5APEA 1VAUA 4WM2A 1L40A 1LMOA 146LA 3G3WA 4RLNA 4N1CC 1QTVA 1MLCE 3OE6A 1G0JA 3V2YA 5LVHA 180LA 1B5XA 5KXLA 1C6NA 1LI2A 1L45A 166LA 1B5ZA 3EMSA 1KW7A 2ZIKA 2MEIA 1IR7A 2O4WA 1LJGA 2XJWA 4NWEA 1L85A 1BWIA 5LZMA 1RI8B 2CGIA 3CDOA 4NHPA 4KPMA 260LA 4EPFA 1SSYA 2HUMA 2Z2EA 1GB0A 5IDDA 1C6MA 1L81A 4AXTA 1IC7Y 1I56A 1HMLA 5LINA 4I0CA 2EPEA 208LA 1LAAA 3G3BB 4EKSA 4DAJA 1H87A 1LTMA 2FYCA 2Z12A 2F4GA 1VDTA 1C6HA 113LA 1W08A 4C3WA 5DM9A 2B73A 2X0AA 3HUAA 1GF6A 1JUGA 5M1YA 1JSEA 1IWWA 4MCKA 1LYSA 1XSFA 1HNLA 1DQJC 5IELA 3HFMY 1L23A 213LA 1JKBA 1UACY 1HELA 1LJEA 3SN6R 1J1PY 1OUCA 1CTWA 1UIEA 1LSFA 1LHJA 4W58A 1TCYA 4NHSA 2CDSA 2DQGY 3C81A 1IWZA 1JKAA 3PDSA 1G7LC 3TMXA 2BAAA 4RW1A 177LA 1L30A 5L9JA 248LA 1C46A 5I54A 259LA 1GF7A 4ARPA 1B2KA 1KW5A 1LSMA 4PGJB 4ZPUA 2B7XA 1L02A 1C62A 4W57A 3A67Y 3M18B 4DC4A 1JTNA 2ZNXY 4YEOA 3P4ZA 1KXWA 1C7PA 4NSHA 1GF4A 130LA 224LA 2YBLA 5DN5A 3FI7A 3HTFA 1WVVA 6LYTA 3J6KA 1L59A 1IP7A 3GULA 1G0KA 3T6UA 1L54A 1JIYA 5C6LA 1L09A 3A91A 1IP1A 1HFXA 1LSCA 1L44A 1XJTA 1L46A 1DYBA 2DQDY 174LA 1B7OA 3MGWA 4H94A 4E97A 2MEEA 1UIDA 131LA 3DN2A 3WMKA 1A4VA 1CV1A 2LYZA 2B6YA 3CT0A 1LZBA 1ZMYL 140LA 1GAYA 1GFRA 1OYUA 4Z98A 4CFOA 1IR8A 2BPUA 200LA 252LA 1GXXA 2FBBA 7LZMA 3FADA 2XTHA 170LA 3GUPA 4ARJA 1LZDA 1PQIA 1L90A 2VB1A 175LA 1G06A 4GRVA 9LYZA 3OE8A 246LA 4IATA 2Q0MX 2A4TA 161LA 1L69A 168LA 2Z39A 1GB7A 1LZSA 1LMCA 4UWVA 1YAMA 1LYEA 1UIAA 1IP3A 1IWXA 5FEKA 1DZBX 1C6KA 1EPYA 2F47A 1LPYA 3NY9A 4W51A 1CX6A 1YROA 1P2CC 4PHIA 2IHLA 1CV0A 1QIOA 2FBDA 5KXOA 1GF0A 4WL7A 4LGKA 1XGPC 1WTMA 1DPWA 3CT5A 3W6DA 3VWOA 3SP3A 1IR9A 2HEAA 1LKRA 244LA 2HECA 1C43A 1L63A 1YAQA 1NHBA 1JWRA 3AGIA 4XJGA 1NDGC 1G1WA 3NYAA 1REYA 4L41A 3HT9A 4P2EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2O7A A;  3K2R A;  4LT1 A;  3WW6 A;  3GXK A;  1L13 A;  3C8S A;  155L A;  1T8F A;  1LSN A;  1V7S A;  1WTH A;  1L00 A;  7LYZ A;  1F10 A;  1L80 A;  1L52 A;  3RT5 X;  3RZE A;  3WU8 A;  2B6X A;  5KXP A;  2ZWB A;  1LJI A;  1JQU A;  3J4G A;  1LHL A;  4GN5 C;  4I7N A;  1QUG A;  3HWL A;  3LZM A;  3WUN A;  1C6T A;  3WXT A;  5L3I A;  1C6J A;  1HMK A;  254L A;  1GFG A;  3OK0 A;  1IY3 A;  1JTM A;  2YBM A;  1ZV5 L;  2BQA A;  1FKV A;  1QT5 A;  4DDA A;  3CSQ A;  3A93 A;  171L A;  3HU8 A;  4I7Q A;  3C7Z A;  3A95 A;  5DL9 A;  5KXR A;  2RSC A;  1L62 A;  3CSR A;  1GBW A;  1LW9 A;  4B4E A;  4J7V A;  1YAN A;  4J1B A;  1UIF A;  3TMW A;  4NHT A;  4DQ5 A;  189L A;  4WLY A;  4IJ4 A;  4H92 A;  4W52 A;  1HFZ A;  2LC9 A;  198L A;  112L A;  1D0K A;  4DQJ A;  4WG1 A;  211L A;  4II8 A;  2BQL A;  1QT3 A;  5DN4 A;  5LVI A;  4GCB A;  1UUZ C;  1DI4 A;  1L94 A;  1C6Q A;  3HU9 A;  3B72 A;  1LSD A;  3A92 A;  6LYZ A;  1HEP A;  1LYO A;  1L15 A;  5AMY A;  1LLH A;  4B1A A;  2A7F A;  1L57 A;  4NGZ A;  147L A;  151L A;  3TXG A;  1VAT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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