4ER1E

The active site of aspartic proteinases
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords ENDOTHIAPEPSIN
publication title The active site of aspartic proteinases
pubmed doi rcsb
source organism Cryphonectria parasitica
total genus 80
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 1990-10-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4er1E02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4er1E01
3EKQA 5I3VA 1T7IA 5P8VA 3ZL7A 3SM1A 3EL4A 5P2IA 3CIBA 3KFNA 5P0BA 2MIPA 2QZLA 2V10C 3NDXA 3PWRA 2PWCA 5P4ZA 5CONA 2V12C 2AZ9A 2BJUA 4RVIA 3SA4A 3PHVA 3QS1A 4Y3YA 3L5FA 3LPKA 3T7XA 2G1NA 4EPJA 5P2WA 5P8PA 5IE1A 4K4RA 5P2QA 3BXSA 3FV3A 4FRJA 5AHAA 5P03A 4J0ZA 5P3CA 5OZOA 3AIDA 3UPJA 5P3ZA 2V00A 5KQZA 5OZ6A 1FQ4A 2AIDA 5P2UA 1RV7A 2A1EA 5P2BA 4RRNA 3LPIA 1AVFA 4GJCA 4GJ6A 4QGIA 1Z8CA 5P1DA 4KUPA 1GNOA 1EC1A 3PGIA 5B18A 3Q3TA 1U8GA 5P5QA 1XL2A 5P7CA 3EKPA 5TOLA 5P4XA 5ENMA 4A6CA 1BILA 2AOIA 3BHEA 4RVXA 5ER2E 4Q1YA 5P2CA 2RENA 1HSIA 4I0ZA 2IS0A 5DQ5A 4J1KA 5P5OA 5P2SA 1G0VA 2P3DA 2G1SA 3SKGA 5P39A 5DR4A 1MVPA 4NPUA 4DQEA 3O9LB 5OZXA 5AGZA 5KQXA 5OYWA 4HEGA 4NPTA 5P6BA 1CZIE 3WZ6A 4YCYA 2P8HA 3VF3A 4TRYA 1ODYA 5OYYA 5P1YA 3EMYA 2I1AA 4Y37A 4J5JA 5P70A 3TKGA 2XYFA 3OXVA 5P4HA 4OBZB 3PBDA 5KR8A 3VFBA 5P6FA 5P8SA 3FKTA 4B78A 3QBHA 4Y3SA 2NTRA 4PZWA 5P37A 2FXEA 5OZ7A 1QBSA 5P1CA 5P38A 2AZ8A 5P6OA 3TPJA 3I6OA 4OD9B 2QI1A 1HRNA 2IENA 3QROA 3DV1A 1BWAA 3ECGA 4YD6A 4Y3RA 3U7SA 3K5FA 3EKTA 5P04A 5P5BA 5P4VA 1EAGA 2VJ6A 1BBSA 3VV8A 3LINA 4K4QA 4BELA 3BUHA 5P2ZA 5P10A 1TZSA 1A8GA 5KR2A 5P5JA 5F01A 3S43A 1D4IA 4Y3EA 4QJ8A 4CPUA 1IDBA 4IVTA 3PRSA 1TCXA 1EPNE 1MESA 3JVYA 1IZDA 3SA5A 5OZYA 2AOJA 2WF1A 5P42A 5P5HA 1APWE 3HVGA 5P6LA 5P29A 3N4LA 4FCOA 5P0WA 5P8FA 1GVXA 3Q5HA 3UDPA 4PYVA 2QD6A 3OOZA 5P4DA 2H6TA 4NJSA 3O9DA 5I70A 5OZAA 1UPJA 3IXJA 2B7ZA 6APRE 2OHMA 5P4CA 4Y4BA 5P6TA 3O9GA 2B8LA 3K1WA 5P8NA 3C9XA 2QP8A 1Q9PA 2OHUA 4J0VA 3H0BA 4HA5A 5HDZA 4TRWA 1LYWA 4J1FA 5P6CA 1LZQA 3PWMA 5P1BA 5P0NA 4RCEA 3LZUA 5P27A 3KN0A 5P78A 5P0SA 4MC1A 2P4JA 3EXOA 2NNKA 4AA8A 1YG9A 5P8QA 5OZ8A 4DFGA 3O99A 2Q11A 1HPVA 5BS4A 5OZJA 5P8BA 3ZMGA 4LP9A 2RKFA 3I2LA 4Y5LA 4Y3ZA 1NPAA 5P5PA 5P68A 1HTEA 5P7HA 3PMYA 1UH7A 2OAHA 3O9AA 2FMBA 4M8XA 2FNTA 2BPYA 2BQVA 2FGUA 3D1XA 4CPXA 4ER1E 1E82E 3DUYA 5DR8A 5P57A 2R8NA 3RVIA 4HLAA 4B1DA 3DK1A 4NKKA 5P52A 4COEA 3S53A 4I0HA 4I0JA 5P3NA 2QNQA 5AHCA 5P0PA 3HVPA 5DR7A 2HPEA 3OU1A 4J0YA 5P3SA 5OZGA 4Y4ZA 3SO9A 1B6PA 2ZHVA 4XX3A 4Y4EA 1K2CA 4OC6B 4J1EA 5P7NA 3OUDA 3INFA 2FS4A 1FMUA 1MEUA 4Y38A 1ZSFA 5UPJA 3WB4A 5P28A 1B6KA 1BV7A 3WB5A 1YM4A 5P5DA 5P8AA 3OUBA 3N3IA 2J9KA 4HDBA 5OZDA 1E80E 1SDTA 3NSHA 5OZNA 1LYAB 5P83A 1LYBB 4MC2A 5OYVA 5IS4A 5AHBA 3NU9A 5P2OA 5P4LA 3OUCA 5IVTA 3SA6A 4EYRA 1PFZA 2UPJA 2AOEA 4EP3A 5OZKA 5P71A 2PSGA 5P87A 4RROA 3FNSA 5P5IA 5P32A 5ISJA 5P25A 5P85A 1FLHA 2OHLA 5C9FA 1MT7A 3NXNA 5P3KA 2QMFA 1NH0A 4B77A 5P0AA 4DJUA 4J1HA 3IN3A 5P6DA 3S85A 4RCDA 3BUFA 5P75A 3G72A 7HVPA 3OTSA 1FB7A 4YHQA 2F3EA 1A94A 1T3RA 1KJ4A 2NMYA 5KQFA 2ER6E 3OADA 2F8GA 1ODXA 5P80A 3QP0A 4Y43A 4Y3GA 5OZQA 1QRPE 5P8UA 2ZGAA 4Q1NA 5C9BA 3UF3A 2IKOA 1QBRA 3LIZA 3NXEA 1OEWA 4Y5PA 5P1XA 3TPRA 2G24A 9HVPA 1FMBA 3UDNA 5P7SA 3D1ZA 2O4NA 4AUCA 1HIHA 5P3PA 4K8SA 5SXNA 5EZXA 3NUJA 5IVRA 4RVJA 4B0QA 1N49A 5OZZA 3QN8A 2WEDA 3OAGB 4L6BA 5P5LA 1B5FA 5P5WA 1F34A 2ER7E 4I0IA 5J25A 3G70A 3O9IA 2I4WA 4YOAA 1APUE 4L7JA 4ZSRA 3NYGA 3LZYA 1HTFA 3I7EA 2WF0A 5P79A 3PSUA 3K5GA 5P20A 4BFDA 5P1FA 3APRE 3FIVA 5OYXA 5DPZA 5KAOA 4DQCA 3NR6A 5P8OA 3SA9A 2G1RA 3SLZA 1HXBA 4Y3LA 5P0XA 1IZEA 2VIYA 2WEAA 5P1PA 5P5GA 4FAEA 4Y5BA 5P3UA 3AUPA 5HU1A 1IBQA 2VJ7A 1FQ8A 1MERA 4Y3DA 2HS2A 1FMXA 2OF0A 4OBGA 2Q3KA 3EL0A 2BPWA 3OQDA 5P49A 2V13A 4DJXA 2IEOA 3UDHA 1MUIA 3DCRA 1OEXA 3R0WA 1LF4A 3ZKNA 2AOHA 2G21A 5OYZA 5OZ5A 1ZPKA 5P3DA 1KZKA 4FM6A 2IDWA 2G22A 1ZBGA 3L59A 1ZP8A 5P61A 1YM2A 3OU4A 1CMSA 1BV9A 5P09A 5HVPA 1KJFA 1EC2A 4Y5GA 3PJ6A 1BVEA 5OZ3A 3QRMA 4DJVA 5P89A 4YBFA 3GW5A 5P58A 4J1IA 3GI4A 5P64A 5P2AA 5OZCA 4Y9WA 2PSUA 4DH6A 4BEKA 5P7KA 4ZPFA 5P0HA 5P56A 5P6MA 3PEPA 5P0LA 5P33A 5P1HA 3TTPA 2ZJLA 5P3VA 4U7VA 5OZBA 1MIQA 4GJAA 5P43A 3S2OA 5P16A 1YX9A 3EL5A 4CKUA 1META 1FQXA 1A30A 3LITA 5P67A 3LIYA 3MWSA 4J54A 5P8GA 5P36A 3EKVA 3QVCA 5P1KA 2P3BA 3RTHA 3ZKXA 1QBTA 5SY2A 5OZIA 4KE0A 4B00A 3CKTA 2R3TA 5OZHA 3UQPA 3UHLA 4GYEA 1PSAA 4TRZA 1YTJA 5JODA 5HCTA 3TKWA 4EWOA 5P3BA 4ZSPA 3VG1A 2OHKA 4DQFA 5OZEA 5EZZA 5P0ZA 5P1QA 5HE5A 3T3CA 4LXMA 3EKXA 2Z4OA 4R93A 1W5VA 5AH9A 2G69A 5P0JA 5P7PA 4Z22A 4Y5EA 1EPQE 5P1JA 5P4EA 4PPHA 3EM4A 5P0DA 3FNUA 5P24A 3UQUA 4PZXA 1QDMA 3L58A 1TCWA 4Z50A 4Y6MA 3OXWA 5P2EA 5P3WA 1SBGA 5HD0A 5OZVA 3GI0A 1IZHA 2R43A 5ENKA 3QI1A 3VYFA 4ZLSA 1XDHA 3TOFA 2I4UA 3UFLA 5P8KA 3BUGA 2QAKA 4QJ9A 2AVSA 4FE6A 3BVBA 3ST5A 3T6IA 4BFBA 4Y5NA 2OHQA 4YOBA 2WF3A 4Y41A 5P48A 1KJHA 4H3IA 1PSNA 4Q1WA 5P2MA 3K4VA 1EBZA 5P14A 5P5AA 1HHPA 5P7GA 4Y57A 4HVPA 2AOGA 2AQUA 4Y5KA 1FFFC 5DQ1A 3TNEA 2O4KA 1K1TA 2BPVA 1K6TA 5P8RA 2FNSA 5JG1A 1K2BA 1CPIA 1SGUA 1SIPA 3CICA 5P6XA 3EC0A 4Y56A 2I4VA 1E81E 1AXAA 1MSMA 3INDA 7UPJA 4YE3A 4RYGA 3OHHA 2PH8A 1ODWA 3UDMA 3NU6A 2HPFA 4FAFA 2BBBA 4IVSA 1C6XA 4M8YA 1APTE 1FQ6A 3SAAA 4Y3JA 2G26A 3RTMA 5P72A 4L7HA 4JECA 2WF2A 4FGXA 3BGBA 2BB9A 1A8KA 4ZPEA 1DW6C 2AVQA 3O9LA 4QJ6A 4HZTA 4YCKA 1TQFA 1C6ZA 1LYWB 3QRVA 4I12A 2ZJMA 2FDDA 3PI0A 5P35A 5P4TA 3RSVA 5DGWA 5P0TA 3CKRA 5P63A 1HVHA 4QJ2A 5P4MA 3SM2A 4OBZA 5P7UA 4CMSA 3D1YA 4I0EA 3ZKGA 1W5WA 1EBKC 3NDWA 5P59A 3PB5A 3ZPSA 5P0YA 1FQ7A 5HDUA 1D4YA 2QI0A 5P3LA 1W6HA 4OD9A 3SPKA 4L1AB 1APVE 5AH8A 8HVPA 1D4JA 3OQFA 3F9QA 3QAAA 3UFNA 3PBZA 4Y47A 3MSKA 2PK5A 5P8HA 3VSWA 1QS8A 4U7QA 5PEPA 1GVVA 5P1IA 2FDEA 2R9BA 4WY6A 3QPJA 2ZE1A 1EEDP 2Q5KA 4D89A 3S56A 4QLHA 1W6IA 1HBVA 5P3MA 2B42A 1PSOE 1OD1A 5P5FA 2AZCA 5KR1A 2CEMA 5P11A 5P1GA 2I0DA 5P69A 4I8WA 3OQKA 4I0FA 2JE4A 5P2VA 5ISKA 4Y4XA 1HWRA 2P3CA 1HVCA 2VNNA 3LIQA 3UDYA 4YD5A 1NPVA 3S8IA 1ZAPA 3WZ8A 1HVLA 2NNPA 2ZHSA 3DV5A 5P5UA 2WEZA 1DPJA 5P6SA 3ZKQA 5P8JA 3DM6A 4Y36A 4DJRA 3DJKA 4Q1XA 2Q15A 1DP5A 5P02A 3RSXA 4EJLA 5P7ZA 1VIJA 4Y4JA 1LF2A 4LAPA 5P5CA 2QI4A 1FF0C 3O9CA 5P7DA 4APRE 3RU1A 2VIJA 5T4SA 3SACA 2VJ9A 2XFKA 3TOHA 4CPQA 5P3XA 5P2JA 4XX4A 3B80A 3VCMA 5P0UA 4TVHA 1GVWA 5OZ9A 4Y5MA 2G27A 2FIVA 3OGPA 4FM8A 4ZSQA 3SFCA 2OHSA 5P73A 1EPPE 3OGQA 3D3TA 3IVIA 3LZVA 4Y3MA 3OXCA 1K6PA 3QIHA 1FG8C 4APEA 1T6GA 4FIVA 5P7IA 3CIDA 3PCZA 5P08A 5P74A 1BXOA 1PPLE 4R95A 4FSEA 5P5ZA 4D83A 5P7QA 3URIA 5P0MA 5P8MA 3OU3A 2CENA 5P7OA 3A2OA 4ZPGA 5P4NA 1JLDA 3KMYA 4MC9A 4Y48A 5P7RA 4QJAA 5P1WA 2P83A 3CYXA 1T7KA 4LL3A 5P4OA 5DQCA 4RGHA 3U6AA 5P4RA 1EC3A 3R1GB 5KQYA 4WTUA 4U8WA 1A9MA 4EQ0A 2AVMA 1RL8A 5P0KA 4DJOA 4FRIA 5P4KA 4CPSA 2QI7A 5JFUA 2ZJHA 5P7LA 3D91A 5P3GA 3DCKA 5P54A 5P53A 5P4SA 3HD8A 3TOGA 3EM3A 1B6MA 2VIZA 3S7MA 3FNTA 4EP2A 2ZYEA 4FSLA 1MRXA 4RRSA 1WBKA 2PSVA 5P22A 3ZOVA 3ZPUA 1BDLA 2NR6A 5JFPA 3QBFA 3LPJA 2G20A 4I10A 3I25A 2WL0A 5P2YA 4OC6A 2J9JB 3PLLA 5P5VA 1PROA 2ER9E 2O40A 5F00A 3SKFA 3K4VC 5P45A 2AOCA 5P07A 4ER4E 5P23A 3BXRA 4JP9A 4DPIA 4YBIA 2PYMA 1IIQA 2CEJA 2HC0A 4DJQA 1YT9A 1K6CA 1AJVA 3T11A 5P60A 5P3RA 3UQXA 5P0OA 3INHA 1LYAA 3K5DA 1HSHA 3ZLQA 1LYBA 1BVGA 5P3TA 4RLDA 3OTYA 5OZLA 1RPIA 5HDVA 5P12A 1FKNA 4YD7A 2NMZA 5HCOA 5P7EA 5OYRA 2QI5A 3H5BA 2QZKA 1FIVA 2V11C 3GI6A 4YCTA 5DR0A 2WJOA 5P1MA 2XFJA 1UH8A 5P0EA 4D85A 5P1UA 5P66A 5OZ0A 5P8DA 5P05A 1HPOA 2G1YA 1HPXA 2ZJJA 5P4IA 5P30A 5P5NA 3JVWA 4HDFA 4D8CA 2QK5A 3ZPTA 1NPWA 5P81A 5P5MA 3IN4A 5P4JA 5P0QA 1UH9A 1D4LA 4GMIA 2EWYA 4R5NA 1EPLE 3UDRA 2VA5A 5P3AA 5P7XA 4EXGA 4F76A 3R4BA 4CPWA 1MTBA 5P44A 3VLAA 1GKTA 5HU0A 1C70A 4S1GA 2BPZA 3IXOA 4Y4WA 1K6VA 4NJVA 5P6KA 5E5JA 3IXKA 4DJPA 3APPA 2OHTA 1QBUA 2APRA 3OAGA 2XYEA 1BIMA 1B11A 2FXDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EKQ A;  5I3V A;  1T7I A;  5P8V A;  3ZL7 A;  3SM1 A;  3EL4 A;  5P2I A;  3CIB A;  3KFN A;  5P0B A;  2MIP A;  2QZL A;  2V10 C;  3NDX A;  3PWR A;  2PWC A;  5P4Z A;  5CON A;  2V12 C;  2AZ9 A;  2BJU A;  4RVI A;  3SA4 A;  3PHV A;  3QS1 A;  4Y3Y A;  3L5F A;  3LPK A;  3T7X A;  2G1N A;  4EPJ A;  5P2W A;  5P8P A;  5IE1 A;  4K4R A;  5P2Q A;  3BXS A;  3FV3 A;  4FRJ A;  5AHA A;  5P03 A;  4J0Z A;  5P3C A;  5OZO A;  3AID A;  3UPJ A;  5P3Z A;  2V00 A;  5KQZ A;  5OZ6 A;  1FQ4 A;  2AID A;  5P2U A;  1RV7 A;  2A1E A;  5P2B A;  4RRN A;  3LPI A;  1AVF A;  4GJC A;  4GJ6 A;  4QGI A;  1Z8C A;  5P1D A;  4KUP A;  1GNO A;  1EC1 A;  3PGI A;  5B18 A;  3Q3T A;  1U8G A;  5P5Q A;  1XL2 A;  5P7C A;  3EKP A;  5TOL A;  5P4X A;  5ENM A;  4A6C A;  1BIL A;  2AOI A;  3BHE A;  4RVX A;  5ER2 E;  4Q1Y A;  5P2C A;  2REN A;  1HSI A;  4I0Z A;  2IS0 A;  5DQ5 A;  4J1K A;  5P5O A;  5P2S A;  1G0V A;  2P3D A;  2G1S A;  3SKG A;  5P39 A;  5DR4 A;  1MVP A;  4NPU A;  4DQE A;  3O9L B;  5OZX A;  5AGZ A;  5KQX A;  5OYW A;  4HEG A;  4NPT A;  5P6B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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