4EYRA

Crystal structure of multidrug-resistant clinical isolate 769 hiv-1 protease in complex with ritonavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Insights into the mechanism of drug resistance: X-ray structure analysis of multi-drug resistant HIV-1 protease ritonavir complex.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4eyrA00
5KR0A 4TVGA 2VNMA 2HS2A 4Y3NA 4NPUA 3EL4A 5DQ4A 5P6QA 4I8WA 4Y4EA 4NJSA 1KJ7A 3LZUA 3LPKA 4J54A 3C9XA 1ZPAA 5P5UA 5AHAA 4EXHA 3LNKA 2PWRA 3VG1A 5OZAA 8HVPA 5OYSA 5JODA 4Y3GA 3SQFA 4B77A 3NDUA 4QJ2A 1HPSA 3EKXA 1HTRB 3U6AA 2HAHA 3CKPA 4OC6A 3FSMA 1EC3A 4Z50A 4Y3QA 1C6YA 2WEZA 1ZSRA 5P2OA 1HTFA 5P8RA 1EC1A 5P75A 3EL1A 4FIVA 5OZYA 5ISJA 3DCKA 1BDQA 4D8CA 4RRSA 5OZMA 1WKRA 4HZTA 4YD6A 4RLDA 3L38A 5DR0A 5HE7A 1HRNA 2O4LA 3PBZA 1NH0A 5OZCA 4DQHA 5P25A 5P3RA 9HVPA 1DIFA 3PLDA 1HIHA 3QBFA 4Y4XA 3DK1A 5P3JA 2I4UA 3K1WA 1YG9A 5P7UA 3KYRA 5P1OA 5P5FA 3CMSA 2A4FA 3OXVA 4F76A 1FQ7A 2G22A 3O9IA 1HTEA 4GIDA 5P1VA 3BC4A 4F74A 1A8KA 2PSGA 2Q55A 3OU3A 3ZLQA 5P60A 5HU1A 4NJVA 5P51A 4Z2ZA 5P73A 3NDTA 3UFNA 5P77A 1GVXA 1CZIE 5P1LA 1EPME 2HB2A 3JVWA 2V00A 1NSOA 1MESA 3DV5A 4Y3PA 3O9LA 2OHMA 2O4NA 5P2DA 5P1WA 2Q3KA 2F80A 2F81A 2UXZA 3UDYA 2RKGA 3QBHA 1F7AA 5P11A 1A30A 5P39A 3R4BA 2ZJMA 1ZTZA 1GNNA 5P0XA 1HTGA 5OZKA 1SGZA 5P3NA 4DQFA 2NXMA 3PB5A 3AUPA 5AH9A 2AOHA 1FQ5A 5P2FA 5IVTA 3EKPA 1HIVA 3EKWA 5OZ5A 4LC7A 1HVCA 2B7ZA 1RQ9A 3SO9A 1BWAA 4ZEAA 3O9GA 3S56A 2AOJA 2QZKA 2NXDA 1GKTA 4FRJA 1AXAA 2FNSA 2OHNA 3I7EA 5P06A 5HU0A 3BVAA 5P6AA 3S43A 4BFBA 3OU4B 1AAQA 3I2LA 3INDA 4KE0A 3GGVA 1FMXA 5HCOA 4L1AB 5P6IA 4YBFA 4RZ1A 1XN3A 2ZHSA 1OHRA 5P0WA 3VSWA 1XS7D 5P46A 5P6MA 5P6SA 3QRMA 4ER4E 3QVCA 5AH8A 5OYRA 5P1SA 4Y3ZA 3ER5E 3PM4A 2NMYA 4CP7A 3OUBA 3GGAA 1B6JA 3GW5A 3PI5A 3ZMGA 2P3BB 4EJDA 4I0JA 2Q5KA 2WHHA 2FDEA 5P8MA 1IVPA 2IRZA 3EL9A 5P8PA 4DPIA 2JXRA 3A2OA 5J25A 3MXDA 5P4MA 5P0KA 5OZ6A 3OQKA 3VEUA 4Q5MA 5P7TA 2WF3A 1UH8A 4Y5BA 3VYDA 4APRE 4DJQA 1GNMA 4Y3LA 2I0DA 3INFA 1TCWA 4GB2A 4ACXA 4Y5CA 4DH6A 4Y4ZA 1D4HA 4Y6MA 5DR7A 4KUPA 2FDPA 5P3MA 1B6LA 2WEDA 4Y56A 5I70A 4H1EA 1T6EX 4GYEA 5P3OA 4ACUA 2QU3A 5HDUA 4GJ9A 1KJ4A 3NYGA 2VNNA 5P5TA 1SDUA 3SA3A 2V10C 3PWMA 4K9HA 3NSHA 3IA9A 5P4VA 2AOGA 3PJ6A 2B7FA 4QGIA 1G2KA 1WBMA 3SAAA 3MXEA 3O9EA 3K4VC 1LYAA 3ZOVA 5I3VA 4OBKA 5P1HA 4S1GA 3IXKA 3K5CA 4LAPA 3OAGB 3NWQA 4DJWA 2I4DA 3HAUA 4Y38A 5P1EA 1PPME 4N00A 3TTPA 5P3CA 3VV8A 5P0BA 3O9BA 5P8CA 1T3RA 2QI3A 4RVJA 5IVSA 3DV1A 2F8GA 5P57A 4EQ0A 5P0DA 1AJVA 1W5VA 1XDHA 4FM6A 5P68A 3KT5A 2WECA 5OYYA 3Q6YA 2ZYEA 1BDRA 5P6FA 5P3YA 4I10A 5P0PA 4D88A 5P1GA 3ZKGA 3L5BA 4B05A 3NXEA 1K2BA 2BB9A 1YTJA 5OZ7A 5P6UA 4L7JA 2AVVA 4Y3TA 4WY1A 1PPKE 2VA6A 4GMIA 4FRSA 5P0CA 4GJ6A 5P6VA 5P80A 4DQEA 5P0FA 5OZUA 1FMUA 5T4SA 3B7VA 2WKZA 5P5KA 1G0VA 4RCFA 5OZNA 5ISKA 5P7NA 2ER6E 3T7QA 2ASIA 4I12A 4I0IA 1HSGA 1FF0C 3N4LA 4YD4A 1Q9PA 5P3DA 3WB5A 5P2SA 5OYZA 4YOAA 2WF1A 5P1CA 2QI0A 5P86A 4Y39A 3TOFA 2QNNA 5P2HA 3UQRA 3EL5A 5KQYA 3OXCA 1APUE 2JJIA 4Y4DA 5DQCA 1YX9A 4HLAA 5E5KA 2EWYA 5OYTA 4JPEA 2I4VA 1HHPA 3HAWA 1ZSFA 3VF7A 2QZXA 4J0PA 3LHGA 4TRZA 3NU9A 1T7JA 2ER0E 2G26A 2HPEA 1PPLE 2QK5A 4HDPA 4J0ZA 2QZWA 4FM7A 5OZSA 5P4RA 1EPPE 2PK5A 5P0HA 5P3WA 5P2VA 5P5PA 2R3WA 2P4JA 3LIYA 4YHQA 5P0SA 5P2EA 5P2RA 5IE1A 3UDRA 1BILA 1K6CA 1ME6A 1QDMA 5P67A 2AVQA 1BWBA 5P0NA 1AVFA 1IBQA 3CIBA 1OEXA 3ZL7A 1E80E 4I11A 5C9DA 1D4JA 4K4QA 4DJYA 1EAGA 1LF3A 3MSKA 4FRIA 4I1CA 4RCEA 5CLMA 3EXOA 1IZIA 3BUHA 5P3EA 5P27A 2QI5A 4DJVA 2QI6A 4GJAA 1APWE 2J9KA 3LZSA 4L6BA 3OQAA 2B8VA 2ZHVA 3IAWA 4IVTA 1W6HA 2QMPA 3VUCA 5P1DA 2QI4A 2IS0A 3FKTA 5P7AA 4U7VA 1FG6C 4K8SA 4OBJA 2FXEA 4AUCA 4DJUA 2IKOA 3KMYA 1ZJ7A 3OGPA 3TH9A 3TKGA 2AOIA 3S2OA 2I4WA 4GZFA 1C70A 2BKSA 4BEKA 4Y3WA 5P0OA 3KDBA 1PSAA 3G6ZA 3KA2A 3HD8A 2WL0A 1PSOE 3EKQA 2AIDA 1HSHA 3SA4A 5P38A 4Y3FA 2AOEA 5P2IA 4AZYA 5P4BA 4AA8A 2V12C 2VJ6A 1W5YA 5FIVA 1HVRA 2QI7A 2HC0A 4PPHA 4DQCA 1APVE 2ZJJA 3VSXA 1LYAB 5P88A 5P8VA 1HEFE 3Q5HA 5OYXA 3EC0A 1HOSA 4BFDA 1LEEA 5P4EA 3PI0A 4TRWA 4B0QA 5P4FA 5OZLA 1MUIA 3EL0A 4DI2A 2P3AA 3EM3A 5P76A 5OZGA 3APPA 5P1QA 1U8GA 4Y45A 5P81A 3SLZA 3N3IA 4J17A 2FS4A 4YDGA 5P6DA 1HPOA 4ZLSA 4D85A 3K5FA 3BVBA 4B1DA 5P52A 2PYNA 5P5AA 4XX3A 5AH6A 5P40A 4Y4UA 3HDKA 1W51A 5P3FA 2I4XA 2BPWA 4YBIA 5P1KA 5P3BA 4B1CA 2O40A 3OWNA 4YDFA 3PSUA 5P32A 5HVPA 3UQXA 5P54A 3PGIA 1ZPKA 4FAFA 3I25A 4TVHA 3HBOA 5BRYA 4GJ8A 3FV3A 1G35A 2RENA 2Q11A 5P8UA 2FGUA 2IDWA 3HLOA 3INHA 5P8IA 4H3FA 4OBGA 5P0TA 3OTSA 5P55A 1GVWA 3LITA 1HWRA 1E82E 1K2CA 4LL3A 5P7XA 3QRSA 4OBHA 5P5MA 2CEJA 1XE5A 4Q1NA 3DJKA 5P3UA 3KF0A 1T7KA 2OHTA 5P1UA 2J9JB 4I0FA 1IDBA 7HVPA 2P3DA 3PEPA 1MSMA 2WF2A 3QN8A 4ER1E 3L58A 5P7GA 2ZDZA 1UPJA 5P1NA 3TPJA 3UDMA 3O9CA 3D1YA 5P0QA 2RMPA 1K6PA 3O9HA 3S53A 1LYWB 2ZJHA 4H3GA 1N49A 3M9FA 1FLHA 3DOXA 1MTRA 5P6OA 1MTBA 1IZHA 1RNEA 3UDQA 3S8IA 3UPJA 3Q3TA 5P7CA 5P2GA 5P7RA 5P5XA 1PFZA 5P2ZA 4APEA 5IVQA 4FSEA 1SDTA 1EPNE 4Y36A 1HVSA 3PVKA 1B5FA 3D3TA 4NJTA 4Y9WA 2PMAA 2G20A 5P18A 2PH6A 5P8EA 3IN3A 2APRA 4EWOA 5HE5A 5P0AA 3VF3A 5P28A 1VIKA 2FXDA 3U71A 2MIPA 1ER8E 5P3QA 4YOBA 4Y5PA 3O9AA 3OGQA 1HVLA 5P0RA 1GVTA 3UDHA 5P8GA 4J1KA 3T7XA 1ZAPA 5P1TA 3D20A 5P48A 5P07A 2R38A 1FQ6A 4LXAA 3EKVA 3TKWA 2ZJKA 5F00A 4Y3RA 4YCTA 5P2JA 5P08A 2FLEA 2PSVA 5P3XA 3VF5A 5P5GA 2OAHA 2PH8A 1BVEA 1DP5A 5P37A 2QNPA 5OZDA 3IVIA 1FQ8A 5OZOA 5P4JA 3KFNA 5I3YA 5P3KA 2ZHUA 1AIDA 2PC0A 6APRE 3I8WA 3WZ7A 4Y4AA 2PYMA 2NR6A 5P6LA 3RTHA 3HVPA 4BELA 1EPQE 2XFIA 1JLDA 5P4IA 5APRE 5P4QA 5SZ9A 2XFKA 1W5XA 5P42A 4DJOA 1LYBB 2IQGA 2IL2A 5P0IA 3SKGA 2BBBA 2VS2A 1HIIA 2PSUA 2PK6A 2WEBA 5P23A 4Y3JA 3VYFA 2OHRA 4EYRA 5OZ9A 2HS1A 5ER1E 5P1AA 4ZPGA 2G27A 4R95A 4Y3SA 5P85A 4I0DA 1RV7A 3IXOA 5P6NA 2ER7E 1ODWA 3R0WA 5P7SA 5P53A 3ZPSA 5P15A 1SIPA 4PZXA 5P04A 4L7GA 4AMTA 4COEA 4ZSQA 3WZ8A 3D1ZA 3VYEA 1CPIA 2OHPA 5P1YA 5P1FA 3UQPA 5P3PA 5PEPA 5P5HA 2VJ7A 4DJRA 2R8NA 3OTYA 5P05A 4QJ7A 5P59A 5P65A 3QS1A 5DGUA 5P5CA 1GVUA 4DUSA 3S85A 5P4LA 3UQUA 5P50A 4Y5KA 3ST5A 4YCKA 1RPIA 3K4VA 4JECA 5P56A 5P7HA 5KOQA 2B60A 5P8HA 1DMPA 4EJKA 4OC6B 1FFFC 2WF4A 2NMZA 3T11A 5P5IA 3S7MA 5HCTA 4J1FA 2FNTA 5P5EA 4PHVA 1K6TA 1ZLFA 3BXSA 4Y58A 5P00A 1TQFA 5P83A 5C9FA 1D4SA 3OQ7A 2G1SA 4EQJA 1MRWA 3GI0A 2PQZA 4Y50A 3R2FA 5P5OA 5P6XA 5P3ZA 3DM6A 3SA8A 3NDXA 2RKFA 3SM2A 3CKTA 3O9FA 3SABA 3GGXA 3CIDA 2V16C 2FGVA 1IIQA 1K6VA 5P6RA 1D4LA 5EZZA 3O99A 3PSGA 4FLGA 4B72A 3L5CA 5HDVA 2AVOA 5P4DA 5P6PA 1MERA 3T3CA 5SY2A 5P58A 4YD7A 1YT9A 1XL5A 5OZPA 2Q54A 4Y4JA 4F75A 1BVGA 1MT8A 1T6GA 4GJBA 2I1AA 4J5JA 3UCBA 3OADA 2VIZA 5DQ1A 2AQUA 2FMBA 1LZQA 1SDVA 3FNSA 5P7BA 5P36A 1VIJA 5P6YA 5HTZA 2I0AA 1CMSA 2ZHRA 2AODA 3O9LB 4Y3XA 4CPXA 4DJXA 2JYSA 3TNEA 4B00A 2XYEA 2XFJA 5P8NA 1ZBGA 1QBTA 1DAZC 5JG1A 1BBSA 2QCIA 3OU1A 4YE3A 3PBDA 3BGBA 3ZKIA 2I4QA 2ER9E 3FNUA 5P5VA 3WZ6A 3R0YA 5P66A 2QMFA 5OYQA 4ZSPA 5P0GA 4Y4WA 3NR6A 5P7OA 3TOGA 1E5OE 2AOFA 4DV9A 4NJUA 3LPJA 3MWSA 2G94A 4LHHA 4Z4XA 2BJUA 1AJXA 1META 4HA5A 3OK9A 2B42A 2BPVA 2O4PA 5COPA 5P70A 5P6TA 1GVVA 4PEPA 2B8LA 4R93A 4X7IA 3QROA 5P0MA 2HB4A 5ER2E 2JE4A 3UDNA 5P4XA 4Y54A 2O4KA 5KQZA 4RVXA 4FM8A 5P4SA 4MC6A 3S43B 1Z8CA 1FQXA 1M4HA 3KT2A 4MC2A 3CYWA 4ZPFA 3TOHA 5P5NA 3KDDA 3MSLA 3RTMA 3BXRA 2G69A 2IGYA 3INEA 1RL8A 2ANLA 2P3CA 1EC0A 4Y51A 2UPJA 2HB3A 3ZKMA 5P5SA 4A6CA 4ZIPA 5P8FA 5OZFA 1FIVA 3EMYA 5P82A 3LIVA 1LF2A 1XL2A 1HVKA 4Y4TA 4HDFA 2XYFA 1YTIA 3PWRA 4GJCA 2R3TA 2QZLA 2CENA 4CMSA 1Z1RA 4RYCA 1TZSA 4PYVA 2HIZA 3VV7A 1IDAA 3GI5A 5DR3A 2BKTA 4QJ8A 4ZSRA 5HD0A 3NU4A 5OZQA 2VIYA 5KQFA 5P79A 1MEUA 5C9BA 3VV6A 1TW7A 3OXWA 4OBDA 5TOLA 1BV9A 3FX5A 4ZPEA 5P2UA 3APRE 4RCDA 2P83A 3LPIA 3PCWA 5P7QA 4U8WA 1ODXA 5P6CA 1FMBA 3PSYA 2HM1A 4YD3A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KR0 A;  4TVG A;  2VNM A;  2HS2 A;  4Y3N A;  4NPU A;  3EL4 A;  5DQ4 A;  5P6Q A;  4I8W A;  4Y4E A;  4NJS A;  1KJ7 A;  3LZU A;  3LPK A;  4J54 A;  3C9X A;  1ZPA A;  5P5U A;  5AHA A;  4EXH A;  3LNK A;  2PWR A;  3VG1 A;  5OZA A;  8HVP A;  5OYS A;  5JOD A;  4Y3G A;  3SQF A;  4B77 A;  3NDU A;  4QJ2 A;  1HPS A;  3EKX A;  1HTR B;  3U6A A;  2HAH A;  3CKP A;  4OC6 A;  3FSM A;  1EC3 A;  4Z50 A;  4Y3Q A;  1C6Y A;  2WEZ A;  1ZSR A;  5P2O A;  1HTF A;  5P8R A;  1EC1 A;  5P75 A;  3EL1 A;  4FIV A;  5OZY A;  5ISJ A;  3DCK A;  1BDQ A;  4D8C A;  4RRS A;  5OZM A;  1WKR A;  4HZT A;  4YD6 A;  4RLD A;  3L38 A;  5DR0 A;  5HE7 A;  1HRN A;  2O4L A;  3PBZ A;  1NH0 A;  5OZC A;  4DQH A;  5P25 A;  5P3R A;  9HVP A;  1DIF A;  3PLD A;  1HIH A;  3QBF A;  4Y4X A;  3DK1 A;  5P3J A;  2I4U A;  3K1W A;  1YG9 A;  5P7U A;  3KYR A;  5P1O A;  5P5F A;  3CMS A;  2A4F A;  3OXV A;  4F76 A;  1FQ7 A;  2G22 A;  3O9I A;  1HTE A;  4GID A;  5P1V A;  3BC4 A;  4F74 A;  1A8K A;  2PSG A;  2Q55 A;  3OU3 A;  3ZLQ A;  5P60 A;  5HU1 A;  4NJV A;  5P51 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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