4FE8A

Crystal structure of htt36q3h-ex1-x1-c1(alpha)
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
402
structure length
402
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAMATLEKLMKAFESLKSFQQQQQQQHQHQHQQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Beta conformation of polyglutamine track revealed by a crystal structure of Huntingtin N-terminal region with insertion of three histidine residues.
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein
source organism Escherichia coli (strain k12)
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein,Huntingtin
total genus 120
structure length 402
sequence length 402
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4fe8A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4fe8A02
3FV1A 3MC2A 1UIUA 2UVHA 1RYOA 4EQ7A 2Z22A 3FJMA 4KI0E 4QFOA 4FJPA 3UN6A 5K2XA 1QJMA 1LAFE 4RXLA 1RYXA 2F8DA 2AYSA 4FIMA 4DXBA 1I6QA 2O6AA 1B1HA 3T9VA 3SEUA 5L9OA 2UVGA 2DXRA 1SI0A 1N3WA 5H8NB 4F39A 3CG3A 2DVZA 2Y7KA 4KQPA 3D4CA 1MXUA 2YJPA 3V8XB 2UYFA 5CI5A 1OMPA 4YICA 2V3UA 3LR1A 3LSXA 1MH4A 1B05A 5JK4A 1FTLA 2NWJA 3CRBA 1B1XA 2DQVA 3TPAA 4G68B 3SERA 1B5HA 3CSGA 3H6WA 4N07A 3S9NC 1PB9A 3FUZA 3ONMA 1NFTA 4NF5B 1SD3A 3B7DA 2F6PA 4QFNA 4I9DA 1B32A 1RKMA 2ANJA 2F34A 1JW5A 3EHSA 4FE8A 3PUYE 3HN0A 3G3HA 3T9UA 3SEYA 1NKXA 3PU5A 3IOWA 1MPBA 4P11A 1A54A 5FHMA 3RPWA 5H8QA 1USYE 3D4GA 1MM7A 4OTEA 1CB6A 1B58A 1WVJA 4G4PA 4R2FA 4OFOA 3TZAA 3OO9A 4Q5TA 4F19A 2F6GA 1PC3A 4NWDA 1NNPA 2V84A 3U1OA 3O2AA 1FQDA 1ZIUA 4QFKA 4JSOA 2XD3A 3O9PA 3VDFA 3IAZA 5I57A 3LSWA 5ITPA 1MXWA 5AA4B 1EZOA 1A55A 4IB2A 3OELA 3I5OA 3H6VA 1HSJA 2IEEA 3IR1A 4ZE9A 1IZ1A 3R7XA 3SEWA 1MXZA 3BBRA 1PDAA 5TPAA 4OVJA 2I4BA 2RKMA 3KGCA 5JTYB 3Q25A 2H98A 1ZMGA 2XXVA 3CFLA 4G2ZA 4O3BA 3TYHA 1Z7NE 2DXYA 4IGRA 3TMGA 1GR2A 5TP9B 4IY6A 2E1SA 4M4GA 1D9VA 1UIVA 2XXQA 4ISUA 1GVCA 5LOMA 4R72A 4ZS9A 1WODA 5DTBA 2DWJA 5CMCA 5B70A 1LAHE 3ZKLA 5I58B 3A3UA 1P1QA 2DS9A 1IIWA 3SETA 3N6TA 1JVXA 2Q89A 4YB7A 1B7HA 2RC7A 3LBSA 3DM0A 4F1YA 3HO7A 1A40A 4GWOA 4LZ7A 2QMWA 3K6UA 2D21A 3KFMA 4ZEBA 1QUIA 3B6TA 5M2VA 2DYXA 2A5TA 1B40A 3HHGA 3LC8A 3VLUA 3M8UA 4R6YA 3RTFB 1N76A 1O64A 4XXUA 5KZTA 3RNNA 4ZEIA 3VXBA 3HPIA 4QFLA 2NVUB 4DCYA 1Y3NA 1URDA 3U8QA 3M3FA 4GFRA 4NF6A 5EHMA 2PT1A 3KOSA 4TLMB 3OXNA 4U1OA 5EHSA 3GBAA 3WAEA 2B3BA 4HCYA 2UXAA 3C34A 5A5XA 3RUMA 3QIMA 5FTHA 3O66A 3S2VA 2P0SA 3S4UA 3U94A 1FQAA 3TFLA 2DWIA 1T0KA 1XHYA 2GFEA 3L6GA 1FTKA 1BKAA 2LAOA 3W9WA 3P7IA 2Y84A 1JQFA 3FIRA 4RYAA 1YAEA 3IORA 2HEUA 2I49A 3KOTA 3N6UA 4KYDA 5IAIA 1ANFA 3S9LC 5FHOA 3QAXA 1MDP1 4MLQA 3MVZA 2F78A 2I6EA 1LCTA 4EXLA 1US5A 2XX7A 2Z23A 5K2YA 3KN3A 1OVTA 1B6HA 3RT6B 4TOZA 1MY2A 1Y4TA 3MPKA 5CBSA 3CFZA 5ITOA 3UA8A 1M5BA 3BKIB 2GRVA 2PVUA 3FXUA 5I56B 1QKBA 2R71A 4YKJA 2HAUA 2QPQA 2AL4A 3IB1A 4WKMA 3TCGA 4G8HA 4XKQA 1Y9UA 1II5A 2M8CA 2ZMBA 2DVCA 3UP9A 3V83A 3PGFA 2H25A 3TDJA 4C1TA 1LBCA 1LB9A 5CMKA 4KYEA 1A99A 1TFAA 3V5AA 3M3KA 1ZTYA 1FQEA 4IO6A 3TODA 4H1XA 2D3IA 2XXUA 1MXXA 3OO7A 1N84A 1YCJA 1H3DA 2Q88A 4RJZA 3MQ9A 3OENA 4OERA 3G3FA 2D5WA 2Q9TA 1NMUA 4X1DA 2DWHA 1GTKA 1TFDA 4YKPA 2V3QA 2I0BA 1IITA 2AIXA 4GIZA 4H5GA 3RTWB 3E4RA 4BDQA 4DDDA 1SYHA 1MQJA 3TTMA 1D4NA 4HCWA 2RCBA 5KDTB 2XD2A 1IXGA 2QL3A 3O28A 3KZGA 4QRZA 3SEXA 4H6DA 1AH5A 3WAFA 4MH5A 4G68C 4RA1A 4Q30B 1Y20A 3H06B 1N3XA 4FEBA 4JWXA 4NF4A 2H9BA 2ZYOA 4U4XA 4ECFA 5I59A 1P1NA 4ELQA 3T22A 4MBPA 1NH7A 4OFLA 4YZZA 3MZBA 2THIA 3KN7A 4PE5B 2F97A 4GXAA 3N94A 1DOTA 3PD9A 2PMSA 1QUKA 3CSBA 1MQIA 4AB6A 3CR9A 1M5DA 2Y7RA 3ZSFA 1EH3A 4I62A 5L9SA 1IUDA 3IO6A 4Q8RA 1MRPA 5CMMA 1VE4A 1JETA 4G8NA 5H8HB 5DEXB 3E3KA 2A5SA 1JEVA 2G93A 4ND9A 1Y1ZA 3QXMA 5H8SA 1IXCA 3FASA 5ICTA 4OEUA 3IO4A 1TXFA 2HCAA 4AB5A 3TTRA 1IXIA 4EQBA 4ZECA 3PPNA 4XIGQ 2OWTA 1B51A 1US4A 1Y4CA 1UTHA 4NTLA 2RF1A 4OWDA 4ESXA 2OJTA 4RPNA 1BP5A 4BDRA 1B9JA 3C4MA 5H8FB 1NNKA 3H03A 3VV5A 3H6UA 2F7CA 1EZ9A 3E9XA 1B5IA 5BUUA 1M5EA 4LQ5A 4LA9A 2QS1A 4THIA 2ESNA 4FATA 2O51A 1NH8A 2PBWA 3MVXA 4R2BA 5AA2B 4R74A 3UK4A 1R6ZA 3PUXE 2XHDA 1H76A 4Z7EA 2VD3A 5I2NA 1D3KA 2KLFA 4EF1A 2VP1A 1D9YA 4RNSA 4G8MA 4FAJA 3VXCA 4BLAA 1LFHA 3TUSA 3KSJA 4DZ1A 1MY0A 5L8DA 4FECA 3A3CA 2QS2A 2BJJX 2Z8FA 4KFQA 3F11A 5KCJA 1XOCA 1JW1A 3MBPA 4BDMA 1ATGA 4XKRA 2FNCA 4R9GA 3K01A 2I0CA 3IX1A 5DT6A 3O29A 2XXWA 4YB5A 5AE4A 3MW0A 4R75A 4GL8A 1EZPA 4QSCA 4K3FA 4OESA 4U2RA 1BTJA 1B3FA 3PUWE 1LGBC 2HXWA 5BWJA 3JYRA 2XXIA 1MQDA 2Q8JA 4GD5A 4F1VA 3TQWA 1VR5A 1N0TA 1MXVA 3USDA 2VOZA 1B46A 4Q0CA 3FVGA 4NF8B 5J1DA 5I56A 3IJOB 5CRYA 2Z8EA 4F3SA 5EYFA 5AA3A 1N7WA 5I2KA 3K1PA 1F9BA 4O3AA 2ONKE 3IK6B 4YB6A 1Q35A 1S7YA 4IGTA 1DPPA 4P0IA 1DSNA 2DE2A 1SBPA 1SW4A 2HZKA 2O1MA 4IO5A 2DOJA 1LAGE 1XVXA 3O97A 3SDFA 3S9EA 1L5TA 3IOUA 4OQOA 1POY1 4IO2A 4N13A 3TELA 2DP8A 2XXYA 1Q1KA 2P2AA 3O6HA 3FJ7A 3T9XB 3HSTA 2XXHA 5JEIA 4F1UA 4JXIA 4OMBA 3QYTA 4BDNA 2DE3A 1YTVA 1A8EA 2CZLA 2Q2CA 3BFUA 1B3HA 2NUVA 4PP0A 3T93B 4PETA 3CIJA 2WKYA 4DXCA 3KJ7A 3K4UA 4WEDA 4LUBA 4F3BA 2FYIA 3OOAA 3FV2A 3OMBA 3KG2A 2NOOA 2R9JA 4GXSB 4XKNA 3MP8A 3OSRA 3H3GA 4NE4A 2RINA 4EXKA 4QSEA 3MAMA 3KEIA 5H8QB 2X7PA 3GLBA 1QW0A 5ELVA 5IKBA 4ZE8A 1MPCA 3RT8A 3LSLA 4WXJA 5TU0A 1BIYA 3PPOA 5F1QA 2X7QA 2XXPA 1H45A 4OETA 3R26A 2RC8A 3CG1A 3T66A 3OEKA 4JWOA 3OO6A 1FTMA 4X48A 1MQGA 5FHNA 1MH3A 1MS7A 4LZ8A 2I3WA 1OQGA 2XXTA 3CFXA 1P1UA 5I57B 5CC2A 5H8NA 3RY3A 1LFGA 4JWYA 1CE2A 2UVJA 1ZKBA 2UVIA 3UORA 4I8CA 5FTIA 4LONB 5TPAB 4F3GA 3U72A 3DELB 1FQCA 2I3VA 4KYSA 1PBQA 4EUOA 4G68A 1B7UA 1MPDA 3T9HB 1B5JA 4LVQA 4NF5A 4LZ5A 3KN8A 3FGSA 3K6VA 1SQYA 1WDNA 1YPNA 1GGGA 1N7XA 2XX9A 1DMBA 1SYIA 3OEMA 1TWYA 2QS3A 1R1NA 2XX8A 3THIA 3G7WA 3TTLA 3MJNA 4I1DA 1SW1A 4F3PA 5DVIA 3U92A 3GXAA 3RN8A 3CVGA 4NMYA 4F22A 3N5LA 4C0RA 1OQHA 4F2OA 1B3GA 4GQOA 3ECRA 2V25A 1A7LA 1HSLA 2OWSA 1SW2A 1M5FA 1H43A 4NEDA 1Y3QA 3K6WA 2P1SA 1O63A 5HPQA 3S9MC 4H5FA 3HCQA 1AMFA 2HAVA 1KWHA 2ZXTA 2DSFA 4HS7A 2PYYA 4LP2B 2A5TB 3U93A 3G3KA 3K1NA 4M1VA 3DP4A 3TCHA 4H8IA 3MZ1A 4KR5A 4TQUQ 3MUQA 3W15C 1JVYA 4DIGA 2ONSA 5AA4A 2XXRA 4YU0A 3O6GA 2V3TA 3JV9A 2ONRA 3HV1A 4NF6B 1SVXB 2PT2A 1B4ZA 3VLVA 3VVFA 4PFUA 4KD5A 1VFDA 3O6IA 5HBCA 5A5XB 5JTYA 3FXRA 1GV8A 2DE4A 1BLFA 4NWCA 2YPNA 5CM6A 1H44A 1IXHA 2Y7WA 1A8FA 4DLDA 1MQHA 2F35A 3B6QA 3PPQA 4NF8A 3VVDA 3LSFB 2QS4A 2GH9A 5TP9A 1P1WA 2ZNSA 2OBGA 1PB8A 1VFEA 1XS5A 4ZEDA 2W7YA 3K02A 3K6XA 5B7DA 1I6AA 1Z7ME 3ZS6A 1IQ7A 4BDLA 3PPPA 1LCFA 2OLBA 4OHNA 4MLVA 3FXQA 4H0WA 1SDXA 3TEPA 3FD3A 1LBBA 1N04A 1ZJLA 1FCKA 3UGWA 1B4HA 3V89B 4ZZAA 5I58A 3DP8A 4YKIA 4LQ2A 4ZDMA 1NNFA 1B0LA 3I3VA 2F36A 4DXUA 3TCFA 1ZU0A 4IO3A 3PPRA 3QSLA 2DWAA 4F2QA 3G3IA 3HHFA 2O7UA 4GF8A 4DE8A 2O68A 3MPLA 4GVOA 1Y1MA 3M3LA 1QULA 4GLIA 4H65A 3I6VA 4E0WA 4ZEKA 1URSA 1AL3A 1Y3PA 3TTKA 3G3GA 2Q2AA 3C31A 4R6HA 4H67A 5I84A 2NXOA 3IB2A 3MP6A 2YLNA 1QUJA 2PX1A 4KPTA 3SKPA 3A09A 4R73A 1AOVA 3FVNA 4OFJA 4ELPA 4E0XA 3C32A 5DYHA 1ZLQA 4F29A 3CI8A 4C1UA 2Y7IA 2QMXA 1XC1A 3B6WA 3RGYA 3QUFA 1DTGA 4RK2A 3LUYA 1R9LA 3H6TA 5F7VA 2O7IA 4UA8A 1XT8A 4MFIA 2VD2A 2Y7PA 2R6GE 1FTJA 3EHTA 3K2DA 1MY4A 4H8JA 4PFWA 4YAHX 2QSXA 3PMWA 2OCUA 4NF4B 2X26A 3IOTA 3ODBA 2O1LA 2RC9A 4ELRA 5I59B 3VE1B 4KHZE 4XTCQ 1NL5A 4U23A 1VSOA 1UTBB 2XXXA 4ESWA 4P0GA 5DVJA 2ZYMA 4X9TA 1S50A 5AA2D 4F18A 1LFIA 3TKDA 2OK2A 4POWA 4OZ9A 3K1MA 1I69A 4QSDA 1B3LA 5HM4B 5ICQA 2GHBA 4OYVA 2E0SA 4RY1A 3JZJA 2ALUA 2H5YA 5CMBA 3E13X 1FTOA 4ELOA 4LATA 3H4ZA 4ZZEA 3RQTA 2IA4A 4JBZA 1O7TA 4OEVA 2F7AA 1LSTA 4KCDA 5L9MA 5DVFA 2G29A 4ZEFA 4GL0A 1OLCA 3PUZE 3VFJA 4EDPA 3C9HA 3G3JA 3MVWA 1FW0A 2REJA 2HFBA 3IB0A 3FATA 3MVYA 3ZKKA 3KSXA 3UIFA 1MM6A 1MXYA 1UTHB 4OXVA 3PV0E 3IOVA 5KDTA 3PMXA 4U21A 2HQ0A 2RCAA 4AQ4A 2HZLA 1FQFA 3C33A 1URGA 3Q28A 2QJEA 3T96B 3GZGA 1UQWA 3FJGA 1B3EA 1B7ZA 2ZYKA 3VVEA 4BDOA 4GRKA 3OO8A 1MY3A 3TTNA 4PFTA 2H4IA 4Z0IA 3OD7A 1B0HA 4IO7A 4POXA 1B52A 2UYEA 2AL5A 1LLSA 5I2NB 3C35A 4WEPA 1EU8A 1SI1A 1FQBA 4U1ZA 4RPOA 4R6KA 3W9VA 3KJTA 3AXFA 1QKAA 3MWBA 2I58A 3H7MA 2QRYA 3Q29A 4RK9A 5KCJB 2ZNTA 4JB7A 3MZ9A 3ILUB 1AIVA 4IY5A 4QFPA 2Z8DA 1LB8A 1M5CA 3DLNA 5AA1A 3EF7A 5H8HA 3SESA 1MY1A 5DEXA 2O69A 1JNFA 1S9TA 4MF3A 3OSQA 3EHUA 4L17A 1USYH 3PMVA 4EF2A 4HTGA 4DCXA 2O84X 3ILTB 2I48A 2ABHA 1NNTA 3N26A 4U4SA 2VGQA 1OIBA 3PUVE 4XKPA 3Q27A 2CMOA 1PEBA 4FORA 4QF9A 3FVOA 3KBRA 4PFYA 5H8FA 4U22A 3DP6A 3TAJA 2FA7A 5I2KB 5CBRA 1JW4A 4YMAA 1QVSA 4HW8A 3FZVA 3TQLA 4EQ9A 1OVBA 2F5XA 1POTA 4QHQA 5AA2A 3VLWA 4YKKA 1PBPA 3IL1B 3K0VA 3MP1A 1HSEA 3FVKA 1ELJA 3SEVA 3BFTA 2H99A 3IJXB 3EQ1A 3EN3A 4PQJA 4TLLB 1P99A 2REGA 2V93A 2VHAA 2OZZA 4JDFA 4F31B 1J1NA 1P1OA 1SW5A 4OENA 1R9QA 4GOTA 4N6PA 2F7BA 1PB7A 1LAXA 3QUJA 1IEJA 3Q26A 3QK6A 3PD8A 2B65A 3L6HA 4IO4A 5ISUA 3RLFE 3EPEA 1OLAA 1DPEA 1TT1A 1MDQA 4G77A 2ZNUA 1DTZA 4KCCA 1XVYA 3C36A 4UACA 3K00A 2GHAA 1I6BA 1JEUA 4ONYA 1MG1A 1ZBMA 4JSDA 2ZYNA 4R9FA 4O3CA 3R6UA 1UTBA 3GBBA 2I4CA 2B3FA 4YMBA 4FEDA 1B2HA 4X1BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FV1A 2CZHA 1UIUA 3MC2A 2UVHA 1RYOA 4EQ7A 2Z22A 3FJMA 4HE1A 4KI0E 4QFOA 4FJPA 3UN6A 4P47A 1QJMA 5K2XA 1LAFE 1FSAA 5J16A 4RXLA 1RYXA 2F8DA 2AYSA 4FIMA 4DXBA 1I6QA 2O6AA 1B1HA 3T9VA 3SEUA 5L9OA 2UVGA 2DXRA 1SI0A 1DK4A 1N3WA 1FTAA 4P8BA 5H8NB 4F39A 3CG3A 2DVZA 1FPKA 2Y7KA 4KQPA 3D4CA 1MXUA 2YJPA 3V8XB 2UYFA 5CI5A 1OMPA 4YICA 2V3UA 3LR1A 3LSXA 1LBWA 1MH4A 1B05A 1EYIA 1FPJA 5JK4A 4GX6A 1FJ6A 1FTLA 2NWJA 3CRBA 1B1XA 2DQVA 3TPAA 4G68B 1IMDA 3SERA 1B5HA 3CSGA 3H6WA 4N07A 3S9NC 1PB9A 3FUZA 3ONMA 1NFTA 4NF5B 1SD3A 3B7DA 2F6PA 4QFNA 4I9DA 1B32A 1RKMA 2ANJA 2F34A 1JW5A 3EHSA 5DW8A 4OVSA 1NV7A 5IZ1A 4FE8A 3PUYE 4GWXA 2Q8MA 3HN0A 3G3HA 3T9UA 1LBZA 3SEYA 1NKXA 3PU5A 4G61A 2PFYA 3IOWA 1MPBA 4P11A 3SZPA 1A54A 5FHMA 3RPWA 5H8QA 3E78A 1USYE 1K9YA 3D4GA 1MM7A 4OTEA 1SPIA 1CB6A 1B58A 1WVJA 4G4PA 4NX1A 4R2FA 4OFOA 3TZAA 3OO9A 4Q5TA 4F19A 4PGPA 5ET8A 2F6GA 1PC3A 4NWDA 1NNPA 2V84A 3U1OA 1NI9A 3O2AA 4QFKA 1FQDA 1ZIUA 4JSOA 2XD3A 1FBHA 4P1LA 3O9PA 3VDFA 3IAZA 5I57A 4GWYA 3LSWA 5ITPA 1MXWA 5AA4B 1EZOA 1A55A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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